토지와 건물의 양도가액이 불분명한 것으로 보아 양도가액을 「소득세법」 제100조 제2항에 따라 안분계산하는 것이 부당하다는 청구주장의 당부 등

OOO이 2019.2.12. 청구인에게 한 2017년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 OOO의 토지와 OOO 지상 건물의 양도가액을 2017.10.16. 주식회사 OOO이 평가한 감정평가가액의 비율로 안분계산하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

• 가. 청구인은 2017.5.2. OOO㎡(2017.7.20. 전 17㎡는 같은 곳 OOO로 분할되었고, 이를 포함하여 이하 “쟁점토지”라 한다)를 증여로 취득하여, 그 지상에 다가구주택(1층～4층, 연면적 516.62㎡, 이하 “쟁점건물”이라 하고, “쟁점토지”와 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)을 신축하던 중, 2017.7.20. 쟁점부동산을 OOO(이하 “양수인”이라 한다)에게 OOO원에 양도하기로 하는 매매계약(작성된 계약서를 이하 “매매계약서①”이라 한다)을 체결하였고, 2017.7.25. 건축주를 양수인으로 변경하여 준공한 후 2017.9.25. 사용승인을 받았다.
• 나. 청구인은 위 매매계약서①과 별도로 2017.7.30. 쟁점토지를 양수인에게 OOO원에 양도한다는 매매계약(작성된 계약서를 이하 “매매계약서②”라 한다)을 체결하였고, 2017.10.20. 쟁점토지를 양수인 에게 OOO원에 양도한 것으로 하여 소유권이전등기를 하였으며, 같은 날 양수인은 쟁점건물에 소유권보전등기를 하였다.
• 다. 청구인은 2017.11.1. 양도소득세 신고시 쟁점토지의 양도가액을 OOO원으로 하여 양도소득세OOO를 신고하였고, 쟁점건물의 양도에 대하여는 양도소득세를 신고하지 아니하였다.
• 라. 처분청은 2018.10.15.～2018.11.3. 기간 동안 청구인에 대한 양도소득세 세무조사를 실시하여, 청구인과 양수인이 매매계약서①을 작성한 사실을 확인하고, 쟁점부동산을 일괄양도하여 토지와 건물의 가액 구분이 불분명한 것으로 보아, 쟁점부동산의 양도가액을 기준시가로 안분계산하여 쟁점토지의 양도가액을 OOO원으로 하고, 쟁점건물의 양도가액을 OOO원으로 하여 2019.2.12. 청구인에게 2017년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 마. 청구인은 이에 불복하여 2019.3.15. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) (주위적 청구) 토지의 양도가액을 분명히 하는 별도의 계약서(매매계약서②)를 작성하였으므로 토지와 건물의 양도가액이 불분명한 것으로 보아 양도가액을 안분계산하는 것은 부당하다. (가) 청구인과 양수인이 쟁점부동산의 양도가액을 결정하는 과정 에서, 청구인의 아들이 토지를 1년 전 OOO원에 취득하였고, 건물은 신축시 건설업자로부터 견적받은 금액이 OOO원 이상이었으므로 토지가액은 OOO원, 건물가액은 OOO원을 받아야겠다고 주장하였으며, 양수인이 이에 동의하여 쟁점부동산의 양도가액이 OOO원으로 결정되었으나, 신축건물의 경우 건물에 대한 소유권보전등기시 건물에 대한 매매계약서가 필요하지 아니하므로 계약서상 굳이 건물가액을 명기할 필요가 없어 매매계약서①에 양도가액을 총액만 기재하였다. (나) 계약 당사자는 계약내용을 자유롭게 결정할 수 있을 뿐 아니라 일단 성립된 계약의 내용도 자유롭게 소멸시키거나 변경시킬 수 있는 것이므로, 매매계약서①에는 토지와 건물의 가액이 명시적으로 구분되어 있지 아니하였다고 하더라도 2017.7.20. 계약을 체결하고 10일 후인 2017.7.30. 쟁점토지를 OOO원에 양도한다는 매매계약서②를 작성하였으므로 쟁점부동산의 양도가액을 구분하여 거래한 것으로 보아야 한다. 또한, 계약자유의 원칙에 의하여 계약서를 반드시 작성하여야만 법적효력이 있는 것은 아니고, 계약의 법적 효력은 당사자 간의 의사가 가장 중요한 것이므로 쟁점부동산 계약을 체결할 때, 쟁점토지를 OOO원, 쟁점건물을 OOO원으로 하여 총액 OOO원에 매매하기로 합의하였다면 당사자 사이에 합의한 양도가액은 그대로 인정되어야 할 것이다. (다) 한편, 처분청의 조사복명서상 조사반장의 의견을 보면, 당시 조사반장도 쟁점토지와 쟁점건물의 가액이 구분된 경우로 보아야 하기 때문에 쟁점토지와 쟁점건물의 양도가액을 각 OOO원, OOO원으로 인정하는 것이 옳다고 판단하였던 것으로 나타난다.

(2) (예비적 청구) 토지와 건물에 대한 감정평가가액이 있으므로 그 가액에 비례하여 안분하여야 한다. (가) 쟁점토지와 쟁점건물의 양도가액이 불분명한 것으로 본다하더라도, 소득세법 제100조 제2항 및 같은 법 시행령 제166조 제6항에는 토지와 건물의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령 제64조 에 따라 안분계산하도록 되어 있고, 부가가치세법 시행령 제64조 제1호 에서는 ‘토지와 건물의 기준시가가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한 금액’을 토지와 건물의 가액으로 하도록 하면서, 단서 규정에 ‘다만, 감정평가가액(공급시기가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일로부터 공급시기가 속하는 과세기간 종료일까지 감정평가업자가 평가한 감정평가액을 말한다)이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다’고 규정하고 있다. (나) 쟁점부동산은 2017.10.17.(감정평가 심사인증서 발급일자) 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)에서 평가한 감정평가가액이 있고, 그 감정평가서상 쟁점토지의 가액이 OOO원, 쟁점건물의 가액이 OOO원으로 평가되어 있는데, 쟁점부동산의 공급시기(매매계약서 작성일)가 2017.7.20.로 법적으로 유효한 기간 내의 감정평가가액에 해당한다. 처분청은 법적으로 유효한 감정평가가액이 있음에도 불구하고 토지와 건물의 양도가액을 기준시가에 비례하여 안분하였는데, 감정가액에 비례하여 안분하는 경우 쟁점토지는 OOO원, 쟁점건물은 OOO원으로 안분되므로 이에 따라 양도소득세를 OOO원으로 경정하는 것이 타당하다.

• 나. 처분청 의견

(1) 쟁점토지와 쟁점건물은 일괄양도되어 양도가액이 불분명하므로양도가액을 소득세법 제100조 제2항 에 따라 안분계산하는 것이 타당하다. 청구인은 2017.7.20. 양도가액 OOO원에 쟁점부동산을 일괄매매하기로 계약을 체결하였고, 그 계약의 이행으로써 2017.7.24. 쟁점건물의 건축주를 변경하는 신고를 하였으며, 2017.10.20. 쟁점토지의 소유권을 이전하였다. 또한, 청구인은 매매계약서①이 작성된 10일 후에 별도로 매매계약서②를 작성하여 토지가액을 분명히 하였으므로 쟁점토지와 쟁점건물의 가액이 명백히 구분되는 경우로 보아야 한다고 주장하나, 양수인은 청구인과 체결한 쟁점부동산의 진정한 계약서는 매매계약서①이라고 확인하였다.

(2) 토지와 건물 모두 기준시가가 있는 경우 감정가액으로 안분할 수 없다. 부가가치세법 시행령 제64조 제2호 에서는 토지와 건물 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정가액이 있는 경우에 한하여 양도가액을 감정가액으로 양도가액을 감정가액으로 안분할 수 있도록 규정하고 있다. 쟁점건물은 2017.1.1. 시행 국세청 건물 기준시가 산정방법에 의하여, 쟁점토지는 그 토지의 개별공시지가에 의하여 각 기준시가를 산정할 수 있으므로 쟁점부동산은 모두 기준시가 있는 경우에 해당하므로 청구주장과 같이 감정가액에 비례하여 안분할 수 없다.

• 가. 쟁점

① (주위적 청구) 토지와 건물의 양도가액이 불분명한 것으로 보아 양도가액을 소득세법 제100조 제2항 에 따라 안분계산하는 것이 부당하다는 청구주장의 당부

② (예비적 청구) 토지와 건물에 대한 감정평가가액이 있으므로 양도가액을 감정평가가액에 비례하여 안분하여야 한다는 청구주장의 당부

• 나. 관련 법령 (1) 소득세법 제96조【양도가액】① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실지거래가액에 따른다. 제100조【양도차익의 산정】① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

③ 제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다. (2) 소득세법 시행령 제166조【양도차익의 산정 등】⑥ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령 제64조 에 따라 안분계산 하며, 이를 적용함에 있어 상속세 및 증여세법 제62조 제1항 에 따른 선박 등 그 밖의 유형재산에 대하여 부가가치세법 시행령 제64조제2호 단서에 해당하는 장부가액이 없는 경우에는 상속세 및 증여세법 제62조 제1항 에 따라 평가한 가액을 기준으로 한다. (3) 부가가치세법 시행령 제64조【토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산】법 제29조 제9항 단서에 따라 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.

소득세법 제99조 에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률 제2조 제4호 에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.

2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우: 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.

3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우: 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점부동산과 관련한 일자별 주요사건 내용은 <표1>과 같다. <표1> 일자별 주요 사건 (2) 청구인은 2017.11.1. 쟁점토지의 양도가액을 OOO원, 취득가액을 OOO원으로 하여 양도소득세OOO를 신고하였고, 쟁점건물의 양도에 대하여는 양도소득세를 신고하지 아니하였다. 이에 처분청은 쟁점부동산의 양도가액을 기준시가(토지: OOO원, 건물: OOO원)로 안분계산하여 <표2>와 같이 쟁점토지의 양도가액을 OOO원, 취득가액을 OOO원으로 하고, 쟁점건물의 양도가액을 OOO원, 취득가액을 OOO원으로 하여 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다. <표2> 양도소득세 신고내역 및 경정내역 (3) 처분청의 이 건 양도소득세 조사내역은 다음과 같다. (가) 처분청의 조사 보충조서상(2018.11.9.) 기재된 내용은 다음과 같다. (나) 매매계약서①․②의 내용은 다음과 같다. <매매계약서①, 2017.7.20.> <매매계약서②, 2017.7.30.> (다) 이 건 양도소득세 조사 기간 중 양수인이 제출한 확인서의 내용은 다음과 같다.

(4) 청구인이 제출한 자료는 다음과 같다. (가) 양수인의 대리인(모친)인 OOO가 작성한 확인서의 내용은 다음과 같고, OOO 부동산 공인중개사가 작성한 확인서에도 같은 취지의 내용이 기재되어 있다. <OOO의 확인서, 2019.2.25.> (나) OOO사무소 소장 OOO가 작성한 ‘공사비 예상 추정치에 관한 소견서(2018.12.21.)’에 의하면 쟁점건물은 등기상 면적에서 제외된 공사가 많고, 공사의 난이도 등을 감안하면 평당 육백만원 정도 소요되었을 것이라는 내용이 기재되어 있다. (다) 과세전적부심사결정서에 의하면, 조사 당시 청구인은 쟁점건물의 신축과 관련한 경비에 대하여 “쟁점건물을 직접 직영으로 공사하다 보니 일일이 관리하기가 힘들었고, 자재비와 노무비 지출을 현금으로 지급하다 보니 증빙을 못 받은 경우가 많았다”라는 확인서와 쟁점건물의 신축비용으로 OOO원이 소요되었다는 자료를 제출하였던 것으로 기재되어 있다. (라) 청구인은 2017.10.16. OOO이 작성한 쟁점부동산의 감정평가서를 제출하였는데, 동 감정평가는 쟁점부동산의 담보를 위해 가평신협에서 의뢰한 것으로, 그 세부내역은 다음과 같다. <표3> 쟁점부동산의 감정평가가액 (마) 청구인은 쟁점부동산의 양도가액을 다음과 같이 수령하였다는 자료를 제출하였다. <표4> 양도가액 수령내역

(5) 청구인이 구분하여 신고한 가액과 소득세법 제100조 제2항, 같은 법 시행령 제66조 제6항 및 부가가치세법 시행령 제64조 에 따라 안분계산한 가액의 차액 비율은 다음과 같다. <표5> 신고가액과 안분계산가액의 차액 비율

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 소득세법 제100조 제2항 에서 양도가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되, 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 양도당시의 기준시가 등을 고려하여 안분계산하도록 규정하고 있는 한편, 제3항에서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 위 제2항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다고 규정하고 있는바, 청구인과 양수인은 쟁점부동산을 일괄 OOO원에 양도하는 것으로 매매계약서①을 작성하였고, 매매계약서①에 기재된 바에 따라 계약금과 중도금 등을 지급한 것으로 나타나는 점, 쟁점토지의 경우 청구인이 신고한 구분 양도가액과 기준시가 등에 따라 안분계산한 가액과 30% 이상 차이가 나타나는 점, 청구인은 쟁점토지를 OOO원에 청구인의 아들이 취득하였고, 건물의 건축비 견적액이 OOO원 이상이라고 주장만 할 뿐, 쟁점토지와 쟁점건물이 합리적인 기준에 의하여 산정되었다고 인정할 만한 객관적인 자료를 제시하지 못하는 점 등에 비추어 쟁점부동산을 함께 양도함에 있어 쟁점토지와 쟁점건물의 가액 구분이 불분명한 것으로 판단된다OOO. (나) 다만, 처분청은 쟁점부동산의 양도가액을 기준시가의 비율로 안분계산하여 이 건 양도소득세를 과세하였으나, 소득세법 제100조 제2항, 같은 법 시행령 제166조 제6항 및 부가가시세법 시행령 제64조에 따르면 토지와 건물의 가액의 구분이 불분명한 경우, 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 안분계산하고, 토지와 건물의 기준시가가 모두 있는 경우 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산하되, 감정평가가액(공급시기가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 감정평가업자가 평가한 감정평가가액)이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한 금액으로 하도록 규정하고 있는바, 쟁점부동산은 양도시기가 속하는 과세기간에 평가된 감정평가가액(2017.10.16. OOO이 평가한 감정평가가액)이 존재하므로 기준시가보다 이를 우선 적용하여 쟁점토지와 쟁점건물의 양도가액을 감정평가가액의 비율로 안분계산하여 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다OOO.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기본법제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.