양도법인이 과ㆍ면세사업에 공통으로 사용된 재화를 공급하면서 전액 세금계산서를 발행한 경우 처분청이 쟁점매입세액을 과다하게 공제받은 것으로 보아 이를 불공제하여 부가가치세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없음
양도법인이 과ㆍ면세사업에 공통으로 사용된 재화를 공급하면서 전액 세금계산서를 발행한 경우 처분청이 쟁점매입세액을 과다하게 공제받은 것으로 보아 이를 불공제하여 부가가치세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없음
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인이 쟁점부동산의 매입을 위하여 양도법인을 방문하였을 당시, 쟁점부동산에는 탈의실(수산물가공업의 시설 기준에 따른 위생시설에 해당) 및 냉동창고, 절삭기 등의 가공설비, OOO샤워부스가 설치되어 있었다. OOO샤워부스는 단순 보관공장에는 거의 사용되지 않고, 극도의 위생시설을 요하는 가공공장에 설치되는 것이 통상적이므로 청구법인은 양도법인이 갖춘 시설을 통해 쟁점부동산을 단순 보관창고가 아닌 가공공장이라고 판단하였다.
(2) 양도법인은 쟁점부동산 계약 당시 쟁점부동산이 준공되기 이전에 제조가공업을 영위하였다며 영업신고증을 보여주었고, 가공업에 대한 영업허가는 물론 수산물가공업에 대한 OOO인증도 받았음을 설명하였으며, 쟁점부동산 계약 당시 양도법인이 건물에 대한 부가가치세는 별도라고 주장하여 양도법인이 작성한 계약서대로 매매를 진행하였다.
(3) 양도법인의 사업자등록증을 보면 업태는 제조업(냉동수산물가공), 도소매(수산물)로 업종코드 없이 기재되어 있어 세무전문가가 아니라면 업태와 종목만으로는 해당 업종이 면세사업에 해당하는지 판단하기 어려웠고, 양도법인이 발급한 전자세금계산서에도 양도 법인이 냉동수산물가공 제조업으로 되어 있어 양도법인이 면세사업을 영위한다고 예측 하기 어려웠으며, 설령, 양도법인이 면세사업을 영위할 가능성이 있다고 하더라도 과․면세사업을 구분하는 것은 전적으로 양도법인의 의도 및 과거 사실관계 등을 확인해야 알 수 있는 사항이다.
(4) 처분청은 과세전적부심사결정에서 쟁점세금계산서 발급상 하자를 알지 못한 것에 대한 청구법인의 귀책사유가 있다고 보기 어렵다(대법원 1989.10.24. 선고 89누2134 판결, 참조)면서도 가산세는 감면하고 매입세액은 공제하지 아니하였으나, 위와 같이 청구법인은 가능한 최대한의 주의의무를 다한 선의의 피해자이므로 처분청이 인용한 판례에 따라 쟁점매입세액도 공제하여야 한다.
(1) 청구법인은 양도법인의 사업자등록증의 업태 및 종목[제조업(냉동수산물가공), 도소매업(수산업)]만 확인하였더라면 양도법인이 면세사업을 영위할 가능성이 있다는 사실을 충분히 예상할 수 있었을 것이다.
(2) 청구법인은 쟁점부동산에 탈의실 냉동창고, 가공설비(절삭기), OOO샤워부스가 있었고, OOO 인증, 제조가공업 폐업 신고사실 증명원 등을 통해 양도법인을 과세사업자로 판단하였다고 주장하나, 부가가치세법상 원생산물 본래의 성질이 변하지 아니하는 정도의 1차 가공을 거쳐 식용으로 제공하는 것은 면세하는 식료품의 범위로 규정하고 있고, 청구법인이 주장하는 냉동창고, 탈의실 및 절삭기, OOO샤워부스 등은 화학적 변화를 일으킬 수 있는 가열기계장치가 아닌 오히려 단순가공설비 등으로 예측 가능하므로 양도법인을 과세사업자로 보는 것은 청구법인의 자의적인 판단이다. 또한, OOO 인증제도란 위생관리시스템으로 위생을 중시하는 사회적 추세로 인하여 축산물을 단순 포장하거나 소분하여 판매(면세 판매)하는 업체의 경우에도 OOO 인증을 받는 경우가 있으므로 OOO 인증이 양도법인을 과세사업자로 판단하는 근거가 될 수 없다.
(3) 쟁점세금계산서 수취에 대한 처분청의 이 건 고지결정은 ‘양도법인이 면세사업자 라는 것을 청구법인이 사전에 알았다’는 사실을 전제로 한 과세처분이 아니라, 청구법인이 선의의 거래당사자로 인정받을 만큼의 주의의무를 다했다고 보기 어려우므로 부가가치세법에 규정된 법령에 따라 쟁점매입세액을 불공제하여 처분한 것이다.
리 및 판단
1. 가공되지 아니한 식료품[식용(食用)으로 제공되는 농산물, 축산물, 수산물과 임산물을 포함한다] 및 우리나라에서 생산되어 식용으로 제공되지 아니하는 농산물, 축산물, 수산물과 임산물로서 대통령령으로 정하는 것 제29조【과세표준】 ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.
⑧ 사업자가 과세사업과 면세사업 및 부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(이하 "면세사업등"이라 한다)에 공통적으로 사용된 재화를 공급하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다. 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입 세액은 제외한다. (2) 부가가치세법 시행령 제34조【면세하는 미가공식료품 등의 범위】① 법 제26조 제1항 제1호에 따른 가공되지 아니한 식료품(이하 이 조에서 "미가공식료품"이라 한다)은 다음 각 호의 것으로서 가공되지 아니하거나 탈곡·정미·정맥·제분·정육·건조·냉동·염장·포장이나 그 밖에 원생산물 본래의 성질이 변하지 아니하는 정도의 1차 가공을 거쳐 식용으로 제공하는 것으로 한다. 이 경우 다음 각 호에 따른 미가공식료품의 범위에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다. 제63조【과세사업과 면세사업등에 공통으로 사용된 재화의 공급가액 계산】① 법 제29조 제8항에 따른 과세표준에 포함되는 공급가액은 다음 계산식에 따라 계산한다. 이 경우 휴업 등으로 인하여 직전 과세기간의 공급가액이 없을 때에는 그 재화를 공급한 날에 가장 가까운 과세기간의 공급가액으로 계산한다. 제75조【세금계산서 등의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우 등에 대한 매입 세액 공제】법 제39조 제1항 제2호 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
2. 법 제32조에 따라 발급받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 사실과 다르게 적혔으나 그 세금계산서에 적힌 나머지 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우
(1) 처분청의 국세통합전산망에 의하면, 양도법인은 2012.3.13. OOO에서 주업종을 제조업(냉동수산물가공), 부업종을 도소매(수산물)로 하여 개업한 법인으로, 2016.7.21. 쟁점부동산으로 사업장소재지를 변경한 후 영업을 하다 2016.11.1. 사업부진을 사유로 휴업을 하였고, 2017.5.1. 폐업한 것으로 나타난다.
(2) 쟁점부동산 건축물대장 및 등기사항전부증명서에 의하면, 쟁점부동산은 OOO 외 2필지에 위치한 지하 1층～지상 3층의 건물[지하 1층: 제2종근린생활시설(제조업소), 1층: 제2종근린생활시설(제조업소) 및 제1종근린생활시설(소매점), 2층․3층: 제2종근린생활시설(사무소)]이고, 쟁점부동산은 2016.7.15. 건축주인 양도법인으로 소유권보존등기가 되었다가, 2016.11.29. 청구법인에게 소유권이전이 된 것으로 나타난다.
(3) 청구법인은 2016.11.4. 양도법인과 다음과 같은 부동산 매매계약을 체결하였고, 부가가치세를 제외한 OOO을 지급한 사실이 금융거래증빙으로 확인된다.
(4) 처분청이 제출한 심리자료에 나타나는 양도․청구법인의 부가가치세 신고 및 처분청의 경정내역은 다음과 같다. (가) 양도법인은 2016.12.1. 쟁점부동산 중 건물분에 대하여 <표1>과 같이 쟁점세금 계산서를 발급하였고, 2016년 제2기 부가가치세 신고시 과세매출로 신고한 후 납부하지 아니하였으며, 처분청은 2017.3.8. 무납부고지 하였다. <표1> 쟁점세금계산서 (나) 양도법인은 쟁점부동산 신축 과정에서 발급받은 매입세금계산서상 매입세액은 전액 공제받지 못할 매입세액으로 신고하였다. (다) 한편, 청구법인은 쟁점세금계산서를 수취한 후, 2016년 제2기 부가가치세 확정 신고시 쟁점세금계산서상 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고․납부하였다. (라) 처분청은 2018.9.2. <표2>와 같이 쟁점세금계산서상 매입세액 중 양도법인의 직전 과세기간의 면세비율에 해당하는 쟁점매입세액을 불공제하여 청구법인의 2016년 제2기 부가가치세를 경정고지(과세전적부심사청구를 통해 가산세는 감면함)하는 한편, 2019.2.19. 양도법인의 2016년 제2기 부가가치세도 쟁점매입세액에 상응하는 금액을 매출세액에서 차감하여 감액경정하였다. <표2> 쟁점매입세액 계산내역 (마) 양도법인의 부가가치세 신고내역을 보면 <표3>과 같이 2015년 제2기 과세기간까지 줄곧 과세매출로 신고한 금액은 없는 것으로 나타난다. <표3> 과세기간별 부가가치세 신고내역
(5) 청구법인은 쟁점세금계산서 매입세액 중 OOO원은 지급하였으나OOO, 나머지는 쟁점부동산의 하자보수 정산문제, 양도법인 거래처의 소제기, 쟁점매입세액불공제 등의 사유로 미지급하였다고 소명하였고, 관련된 주요 사건은 <표4>와 같다. <표4> 쟁점부동산 관련 소제기 등의 내역
(6) 그 밖에 청구법인이 제출한 자료는 나타나는 내용은 다음과 같다. (가) 양도법인의 사업자등록증(2016.7.21. 정정된 사업자등록증)에 의하면, 양도 법인은 쟁점부동산을 사업장으로 하여 양도법인이 제조업(냉동수산물가공) 및 도소매업(수산물)을 영위하는 일반과세자로 사업자등록을 한 것으로 나타난다. (나) 2018.12.5. OOO이 발급한 ‘영업의 폐업신고 사실증명원’에 의하면 양도법인은 식품제조가공업을 영위하였고, 2016.12.8. 폐업하였다는 내용이 기재되어 있다.
(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 가능한 최대한의 주의의무를 다한 선의의 피해자이므로 쟁점매입세액은 공제되어야 한다고 주장 하나, 쟁점부동산이 과․면세사업에 공통으로 사용되었다는 사실에 관하여 처분청과 청구법인 간의 다툼이 없는 점, 양도법인이 과․면세사업에 공통으로 사용된 재화를 공급하는 경우 부가가치세법 제29조 제8항 및 같은 법 시행령 제63조 제1항에 따라 안분계산하여야 하고, 이에 따라 계산한 쟁점매입세액은 세금계산서의 기재사항이 사실과 다른 경우에 해당하여 공제되지 아니하는 것이 타당한 점, 또한, 청구법인이 양도법인의 사업자등록증을 확인하거나 양도법인의 판매재화를 확인하는 등의 절차를 취했더라면 양도인이 과․면세 겸영사업자라는 것을 알 수 있었을 것으로 보이는 점, 양도법인은 쟁점세금계산서를 발급하고, 2016년 제2기 부가가치세 신고시 과세매출로 신고한 후 납부하지 아니하였으며, 처분청이 이 건 부과처분 이후에 양도법인의 부가가치세를 감액경정하여 납부된 부가가치세가 없는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점매입세액을 과다하게 공제받은 것으로 보아 이를 불공제하여 부가가치세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
“결정내용은 붙임과 같습니다.”