쟁점분양대행수수료는 공통매입세액으로 안분계산하여 과세한 이 건 처분은 잘못이 없음

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 2008.8.29.부터 현재까지 OOO호를 본점소재지로 하여 부동산 매매․임대업 등을 영위하는 법인으로, OOO 소재 건물 일부(상호는 ‘OOO’으로 지하1층, 지상1층 일부 및 11～17층이며, 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 2008.9.4. 취득하여 임대업을 영위하다가 내부 리모델링공사 후, 2018년 중에 일반업무시설과 근린생활시설로 분양하면서 분양대행사에 지급한 분양대행용역수수료 합계 OOO원[OOO 주식회사 OOO원, 주식회사 OOO OOO원, 이하 “쟁점분양대행수수료”라 한다]을 전액 매입세액 공제대상으로 하여 2018년 제1기 부가가치세 신고를 하였다.
• 나. 처분청이 청구법인에 대하여 부가가치세 환급 현장확인을 실시한 결과, 청구법인이 쟁점부동산을 분양함에 따라 그 사업의 실질이 당초 부동산임대업에서 부동산매매업으로 전환된 것으로 보고 과세사업과 면세사업을 겸영(兼營)한 것으로 보아 쟁점분양대행수수료 발생에 따른 매입세액을 공통매입세액 안분기준으로 계산하여 토지 관련 매입세액 OOO원은 불공제하고 건물 관련 매입세액 OOO원은 공제하여 2018.12.5. 청구법인에게 2018년 제1기 부가가치세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.2.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 2008년 8월부터 부동산임대업을 영위하여 오던 중 2014년 11월부터 공실이 늘어 차입금 만기연장이 불가능하여 임대에 공하던 쟁점부동산을 일괄매각 추진하였으나 매각되지 않아 층별로 구분등기하여 분할매각 진행중이며, 부가가치세 신고시 분양대행사에 지급한 쟁점분양대행수수료를 매입세액 공제하여 신고하였으나 처분청은 청구법인을 부동산매매업자로 판단하여 쟁점분양대행수수료에 대하여 공통매입세액 안분계산하여 토지분 매입세액을 불공제하여 이 건 과세처분을 하였다. 그러나 최근 질의회신OOO에 따르면, 부동산임대업을 영위하던 사업자가 과세사업에 사용하던 건물과 부속토지를 양도하기 위하여 부동산컨설팅 및 중개수수료를 지급하면서 부담한 매입세액은 매출세액에서 공제된다고 명시하고 있는바, 토지 자체는 면세이나 토지임대는 과세이고 과세사업에 공하던 자산매각은 사업과 관련된 비용에 해당되므로 전액 매입세액 공제대상이라고 판단한 것으로 보인다. 따라서 처분청이 쟁점분양대행수수료를 공통매입세액으로 보아 토지 관련 매입세액을 불공제하고 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 2017.11.30.부터 2018.6.30.까지 총 OOO원에 쟁점부동산에 대한 내부공사를 실시하면서 기존 한 호실의 사무실을 작게 쪼개어 개수를 늘려 분양하였다. 이와 관련하여 청구법인의 사업수지 현황표를 보면 오피스 분양매출액이 OOO원이고 순현금유입액이 OOO원이 창출되는 것으로 나타나는 등 쟁점분양대행수수료 지급에 따른 매입세액은 단순히 부동산임대업에 공하던 고정자산을 매각한 것이 아닌 분양수익을 극대화하기 위한 일련의 과정으로 쟁점부동산을 각 호수별로 그 부속토지와 함께 분양함에 따라 그 사업의 실질이 부동산매매업으로 전환되어 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용된 매입세액이므로 쟁점분양대행수수료를 공통매입세액으로 보아 면세수입금액(토지공급분)과 과세수입금액(건물공급분)으로 안분하는 것이 타당하다. 따라서 쟁점부동산 분양수입의 발생에 따른 매입세액을 토지의 공급(면세)과 건물의 공급(과세)에 대한 공통매입세액으로 보아 안분계산하여 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점분양대행수수료를 공통매입세액 안분대상으로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 등

(1) 부가가치세법(2016.12.20. 법률 제14387호로 개정되기 전의 것) 제38조(공제하는 매입세액) ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

7. 면세사업 등에 관련된 매입세액(면세사업 등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액 제40조(공통매입세액의 안분) 사업자가 과세사업과 면세사업 등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업 등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 "공통매입세액 안분기준"이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다. (2) 부가가치세법 시행령(2017.2.7. 대통령령 제27838호로 개정되기 전의 것) 제80조(토지에 관련된 매입세액) 법 제39조 제1항 제7호에서 "대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액"이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액 제81조(공통매입세액 안분 계산) ①법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우를 제외하고 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(비과세공급가액을 포함한다. 이하 이 조 및 제82조에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다. 면세사업등에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × 면세공급가액 총공급가액 (3) 부가가치세법 시행규칙OOO 제54조(공통매입세액 안분 계산) ② 영 제81조 제1항 및 제2항에 따른 총공급가액은 공통매입세액과 관련된 해당 과세기간의 과세사업에 대한 공급가액과 법 제29조 제8항에 따른 면세사업 등(이하 "면세사업 등"이라 한다)에 대한 수입금액의 합계액으로 하고, 같은 항에 따른 면세공급가액은 공통매입세액과 관련된 해당 과세기간의 면세사업 등에 대한 수입금액으로 한다.

③ 과세사업과 면세사업 등에 공통으로 사용되는 재화를 공급받은 과세기간 중에 그 재화를 공급하여 영 제63조 제1항 및 제2항에 따라 공급가액을 계산한 경우 그 재화에 대한 매입세액의 안분(按分) 계산은 영 제63조제1항 및 제2항에 따라 계산한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 부가가치세 환급 현장확인보고서(2018년 10월)를 보면, 다음과 같은 조사내용이 나타난다. (가) 청구법인의 부가가치세 신고내역

1. 매입과세표준에 상응하는 매입세액 전액에 대해 매입세액 공제하였고, 쟁점부동산에 대한 매출은 2017년 제2기부터 발생하였다.

2. 과세표준명세에 의하면 청구법인은 매출과세표준의 대부분을 부동산개발공급OOO으로 신고하였다. (나) 쟁점부동산 취득 및 양도 내역 (다) 2018년 제1기 거래처별 (매입)세금계산서 수취내역 (라) 분양․광고대행 계약OOO

1. 청구법인은 2017.9.13. OOO 주식회사와 쟁점부동산의 지하1층 및 지상1층 근린생활시설OOO과 지상 11층부터 17층까지의 사무실OOO에 대하여 분양대행계약을 체결하였다.

2. 2018년 제1기 과세기간 중 청구법인에게 OOO 주식회사는 OOO원(2017년 제2기 포함 총OOO원), 주식회사 OOO은 OOO원(2017년 제2기 포함 총 OOO원)의 분양대행용역을 제공하였다. (마) 리모델링공사 실시(2017.11.30. 계약)

1. 청구법인은 2017.11.30. 주식회사 OOO과 2017.11.30.부터 2018.2.28.까지 총 OOO원(공급가액, 1차 추가공사액 포함)에 쟁점부동산에 대한 내부 리모델링공사를 계약하였다.

2. 해당 공사는 쟁점부동산의 지하 근린생활시설 일부와 11층부터 17층까지를 약 120여개의 소규모 오피스로 리모델링되었고, 당초 계약과 달리 2018년 2/4분기에 종료되었다.

(2) 이에 처분청은 쟁점부동산 분양사업의 실질이 부동산매매업으로 전환된 것으로 보고 과세사업과 면세사업을 겸영한 것으로 보아 쟁점분양대행수수료 매입세액을 공통매입세액 안분기준으로 계산하여 토지 관련 매입세액 OOO원은 불공제하고 건물 관련 매입세액 OOO원은 공제하여 2018.12.5. 청구법인에게 2018년 제1기 부가가치세 OOO원을 경정․고지하였다. <표> 공통매입세액 안분계산 내역(2018년 제1기)

(3) 청구법인(“갑”)과 OOO 주식회사(“을”) 간에 체결한 부동산 분양/광고대행계약서(2017.9.13.)에는 다음과 같은 내용이 기재되어 있다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 과세사업에 공하던 자산매각은 사업과 관련된 비용에 해당하므로 쟁점분양대행수수료 전액이 매입세액 공제대상이라고 주장하나, 쟁점분양대행수수료는 쟁점부동산을 각 호실(부속토지 포함)별로 매각(분양)하기 위하여 소요된 비용으로 보이는 점, 청구법인이 쟁점부동산을 각 호실별로 구분공사하여 분할등기한 후 매각하는 영업행위는 사실상 부동산매매업으로 볼 수 있고, 부동산매매업은 특성상 토지와 건물을 함께 공급하는 사업으로서 쟁점분양대행수수료에 대한 매입세액은 그 실지귀속을 과세사업과 면세사업으로 명확히 구분할 수 없는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점분양대행수수료 관련 매입세액을 공통매입세액 안분계산하여 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.