신축주택의 감면대상 양도소득금액을 산정함에 있어 구「조세특례제한법 시행령」제99조의3 제2항 제2호 계산식 중 단서 부분의 적용을 배제하여 달라는 청구주장의 당부

[참조결정] 조심2017서2194

[주 문] OOO세무서장 외 3인(세부내역 ＜별지1＞ 기재)이 청구인들(세부내역 ＜별지1＞ 기재)에게 한 ＜표1＞ 기재 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구인 OOO외 6인(세부내역 ＜별지1＞ 기재, 이하 “청구인들”이라 한다)은 1996.6.29. 등(세부내역 ＜별지2＞ 기재)에 ＜별지2＞ 목록 기재 종전주택을 취득하여 보유하던 중 도시 및 주거환경정비법에 따른 주택 재건축사업을 통해 2005.1.28. 같은 ＜별지2＞ 기재 쟁점신축주택을 각 취득(사용승인)하였고, 취득일부터 5년이 경과한 2017.1.16. 등(세부내역 ＜별지2＞ 목록 기재)에 쟁점신축주택을 양도한 후, 양도소득세를 신고·납부하면서 조세특례제한법(2016.12.20. 법률 제14390호로 일부개정되기 전의 것) 제99조의3 제1항에 따른 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 적용대상으로 하여 양도소득세 감면을 신청하였으며, 이때 감면대상 양도소득금액을 조세특례제한법 시행령(2017.2.7. 대통령령 제27848호로 일부개정되기 전의 것) 제99조의3 제2항 제2호(이하 “쟁점규정”이라 한다)의 계산식에 따라 다음 ＜표1＞과 같이 산정하면서 분모 중 ‘양도당시의 기준시가’에서 차감하는 기준시가를 ‘종전주택 취득당시의 기준시가’로 적용하였다.
• 나. 이후 청구인들은 쟁점규정의 계산식 분모 중 ‘양도당시의 기준시가’에서 차감하는 기준시가를 ‘신축주택 취득당시의 기준시가’로 적용하여 감면대상 양도소득금액을 다음 ＜표1＞과 같이 재산정하여 달라는 취지의 경정청구를 하였으나, OOO세무서장 외 3인(세부내역 ＜별지1＞ 기재, 이하 “처분청”이라 한다)은 각각 이를 거부하였다.
• 다. 청구인들은 이에 불복하여 2019.1.26. 등(세부내역 ＜별지1＞ 기재)에 심판청구를 제기하였다. ＜표1＞ 경정청구 및 거부처분 내용 (단위: 원)

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인들 주장 쟁점규정의 계산식이 2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정되었으나, 그 중 분모 부분의 단서에서 “제98조의3 제1항 각 호에 따른 신축주택”에 대하여만 “종전주택 취득당시의 기준시가”를 적용하도록 규정하였고, 이후 2017.2.7. 대통령령 제27848호로 위 계산식 중 분모 부분의 단서를 “제98조의3 제2항 각 호에 따른 신축주택”으로 개정하였으며, 개정규정의 적용시기를 2017.2.7. 이후 양도분부터 적용하는 것으로 규정하고 있다. 또한, 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세 요건 또는 조세감면 요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다고 할 것이다. 청구인들은 쟁점신축주택을 양도한 후 양도소득세를 신고하면서 위 계산식의 분모에 “양도당시의 기준시가 - 종전주택 취득당시의 기준시가”를 적용하였으나, 쟁점신축주택은 신축주택 취득기간 중에 일반분양된 재건축조합 아파트로서 신축 후 5년이 지나 쟁점규정이 적용될 당시에 양도하였으므로, 쟁점규정에 따라 감면되는 양도소득금액을 산정하여야 하고, 쟁점신축주택은 쟁점규정 계산식 중 분모 단서의 “제98조의3 제1항 각 호에 따른 신축주택”, 즉 미분양주택에 해당하지 아니하므로 계산식의 분모에 “양도당시의 기준시가 - 신축주택 취득당시의 기준시가”를 적용하여 감면되는 양도소득금액을 산정하여야 한다. 나.처분청 의견 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례를 적용할 때 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감되는 “신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”을 산정하는 방법과 관련하여 종전에는 조세특례제한법 시행령(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 일부개정되기 전의 것) 제40조 제1항의 규정을 준용하도록 되어 있었으나, 2016.2.5. 시행령 개정을 통하여 감면대상 양도소득금액 계산방법을 명확히 하였고, 따라서 종전주택을 재개발·재건축하여 취득한 신축주택의 경우 쟁점규정의 계산식을 적용할 때 같은 조 제2항 제1호에 따른 ‘취득일로부터 5년 이내 양도하는 경우’나 같은 항 제2호에 따른 ‘취득일로부터 5년 후에 양도하는 경우’ 모두 계산식 상 분모에 적용하는 양도당시 기준시가에서 ‘종전주택의 취득 당시 기준시가’를 차감하여야 하는 것이다. 청구인들의 주장은 쟁점규정의 감면대상 양도소득금액 계산식 중 분모 부분을 적용할 때 취득일로부터 5년 이내 양도분은 ‘양도당시 기준시가에서 종전주택 취득당시 기준시가’를 차감하고, 취득일로부터 5년이 경과한 후 양도분은 ‘양도당시 기준시가에서 신축주택 취득당시 기준시가’를 차감하여야 한다는 것이나, 신축주택 취득 당시 기준시가를 적용할 경우 취득일로부터 5년 이내 양도물건보다 취득일로부터 5년 후 양도물건의 감면소득금액이 커지는 문제가 있고, 쟁점규정의 계산식 상 분모의 신축주택 취득 당시 기준시가는 신축주택 취득기간 이내에 주택조합 등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택에 대하여 적용되는 사항으로, 종전주택의 소유자가 종전주택을 재개발·재건축하여 신축주택을 취득하는 경우까지 신축주택 취득당시 기준시가를 적용하여 감면대상 양도소득금액을 산정하여야 한다는 근거는 없으며, 쟁점신축주택의 양도소득세 신고시 쟁점신축주택 및 종전주택에 해당하는 장기보유특별공제를 모두 적용하여 공제하면서도 감면대상 양도소득금액 계산시에는 종전주택 취득 당시부터 쟁점신축주택 양도 당시까지의 보유기간에 해당하는 분모를 적용하지 않고 쟁점신축주택 취득 당시부터 쟁점신축주택 양도 당시까지의 보유기간에 해당하는 분모의 계산식을 적용하여야 한다고 주장하고 있는 것이므로 받아들이기 어렵다[기획재정부 예규(재산세제과-455, 2017.7.21.), 국세청 과세기준자문 등 해석례도 이와 같다].

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 신축주택의 감면대상 양도소득금액을 산정함에 있어 구조세특례제한법 시행령제99조의3 제2항 제2호 계산식 중 단서 부분의 적용을 배제하여 달라는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령: ＜별지3＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인들 및 처분청이 제출한 증빙자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구인들은 ＜별지2＞와 같이 1996.6.29. 등에 종전주택을 취득하여 보유하던 중 2001.4.28. 이에 대한 재개발·재건축 사업계획 승인을 거쳐 2005.1.28. 쟁점신축주택을 취득(사용승인)하였고, 취득일부터 5년이 경과한 후인 2017.1.16. 등에 이를 양도한 후 양도소득세 감면신청과 동시에 양도소득세 과세표준 및 세액 신고를 하였다. (나) 쟁점신축주택의 양도가 조세특례제한법제99조의3에 따른 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 적용대상에 해당하고, 쟁점신축주택이 같은 법 시행령 제98조의3 제1항 각 호에 따른 신축주택에 해당하지 아니한다는 것에 대하여는 청구인들과 처분청 간에 다툼이 없다. (다) 청구인들은 다음 ＜표2＞의 계산식 1)을 적용하여 감면대상 양도소득금액을 산정하였다가, 이후 같은 ＜표2＞의 계산식 2)를 적용하여 감면대상 양도소득금액을 산정하여 달라는 취지의 경정청구를 제기하였다. ＜표2＞ 신고 및 경정청구한 감면대상 양도소득금액 계산식

① 계산식 1) 소득세법제95조 제1항에 따라 계산한 양도소득 금액 × 신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가

• 신축주택 취득 당시 기준시가 양도 당시 기준시가

• 종전주택 취득 당시 기준시가

② 계산식 2) 소득세법제95조 제1항에 따라 계산한 양도소득 금액 × 신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가

• 신축주택 취득 당시 기준시가 양도 당시 기준시가

• 신축주택 취득 당시 기준시가 (라) 쟁점규정의 개정 연혁을 살펴보면, 2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 조세특례제한법 시행령 제99조의3 제2항에서는 감면대상 양도소득금액 산정과 관련하여 제40조 제1항의 계산식을 준용하여 다음 ＜표3＞의 계산식 1)을 적용하였으나, 위 시행령이 2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정되면서 같은 ＜표3＞의 계산식 2)를 적용하게 되었고(2017.2.7. 대통령령 제27848호로 개정되기 전까지 적용), 기획재정부장관이 2016.6.30. 발간한 『2015 간추린 개정세법』에 따르면 이는 “신축주택 취득시 양도세 감면대상금액 계산방법을 명확화”하기 위한 것으로, 신축주택을 신규취득한 날부터 5년 후 양도하는 경우에는 계산식 분모 중 양도당시 기준시가에서 차감하는 시가를 “신축주택 취득당시 기준시가”로, 신축주택을 재개발·재건축을 통하여 취득한 날부터 5년 후 양도하는 경우에는 계산식 분모 중 양도당시 기준시가에서 차감하는 시가를 “종전주택 취득당시 기준시가”로 하여야 한다는 취지로 기재되어 있다. ＜표3＞ 감면대상 양도소득금액 계산식

① 계산식 1): 2016.2.5. 이전 양도분 양도소득 금액 × 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가

• 취득당시의 기준시가 양도당시의 기준시가

• 취득당시의 기준시가

② 계산식 2): 2016.2.5. 이후 2017.2.7. 이전 양도분 소득세법제95조 제1항에 따라 계산한 양도소득 금액 × 신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가

• 신축주택 취득 당시 기준시가 양도 당시 기준시가

• 신축주택 취득 당시 기준시가 (다만, 종전주택을 재개발·재건축하여 취득한 제98조의3 제1항 각 호에 따른 신축주택의 경우 종전주택 취득 당시 기준시가)

(2) 위의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, (가) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고, 합리적 이유 없이 확장 또는 유추하여 해석하는 것은 허용되지 아니한다 할 것인바(대법원 2012.11.29. 선고 2010두4810 판결 등 같은 뜻임), (나) 쟁점신축주택의 양도가 조세특례제한법 시행령 제99조의3 적용대상이고, 쟁점규정 계산식의 분모에서 ‘종전주택을 재개발·재건축하여 취득한 같은 법 시행령 제98조의3 제1항 각 호에 따른 신축주택의 경우에만 종전주택 취득 당시 기준시가를 적용한다’고 규정하고 있는데, 위 시행령 제98조의3 제1항 각 호는 미분양주택에 대한 것이어서 쟁점신축주택이 이에 해당하지 않는 점, 쟁점규정의 계산식에 따라 감면대상 양도소득금액을 계산하면 청구주장과 같이 쟁점신축주택 양도소득금액 전액이 감면대상이 되는 점, 쟁점규정이 2017.2.7. 대통령령 제27848호로 개정되었으나 그 적용시기가 2017.2.7. 이후 양도하는 분부터여서 2017.2.7. 이전에 양도한 쟁점신축주택의 양도에 적용할 수 없는 점 등에 비추어 볼 때, 처분청에서 쟁점신축주택의 감면대상 양도소득금액을 산정함에 있어 쟁점규정 계산식의 분모를 ‘양도 당시 기준시가에서 종전주택 취득 당시 기준시가를 차감’하여 산정하여야 하는 것으로 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다(조심 2017서2194, 2017.8.23. 같은 뜻임).

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지3＞ 관련 법령 등

(1) 조세특례제한법(2016.12.20. 법률 제14390호로 일부개정되기 전의 것) 제98조의3(미분양주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) ① 거주자 또는 소득세법 제120조에 따른 국내사업장이 없는 비거주자가 서울특별시 밖의 지역(소득세법 제104조의2에 따른 지정지역은 제외한다)에 있는 대통령령으로 정하는 미분양주택(이하 이 조에서 "미분양주택"이라 한다)을 다음 각 호의 기간 중에 주택법 제54조에 따라 주택을 공급하는 해당 사업주체(20호 미만의 주택을 공급하는 경우 해당 주택건설사업자를 포함한다)와 최초로 매매계약을 체결하고 취득(2010년 2월 11일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 경우를 포함한다)하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100(수도권과밀억제권역인 경우에는 100분의 60)에 상당하는 세액을 감면하고, 해당 미분양주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 해당 미분양주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액(수도권과밀억제권역인 경우에는 양도소득금액의 100분의 60에 상당하는 금액)을 해당 주택의 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 이 경우 공제하는 금액이 과세대상소득금액을 초과하는 경우 그 초과금액은 없는 것으로 한다.

1. 거주자인 경우: 2009년 2월 12일부터 2010년 2월 11일까지의 기간

2. 비거주자인 경우: 2009년 3월 16일부터 2010년 2월 11일까지의 기간 제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) ① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도하는 경우에는 그 신축주택을 취득한 날부터 양도일까지 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 빼며, 해당 신축주택을 취득한 날부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다.(단서 생략)

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우: 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 따른 주택조합 또는도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령으로 정하는 주택을 포함한다).(단서 생략)

2. (생 략)

②·③ (생 략)

④ 제1항에 따라 양도소득세 과세대상소득금액에서 빼는 양도소득금액의 계산 및 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 조세특례제한법 시행령(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 것) 제40조(구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등) ① 법 제43조 제1항에 따른 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액은소득세법제95조 제1항에 따른 양도소득금액 또는법인세법제55조의2 제1항에 따른 양도소득(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)으로서 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 이 경우 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득 또는 양도하거나 취득일부터 5년이 되는 날이 도래하는 경우에는 직전의 기준시가를 적용한다. 양도소득 금액 × 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가

• 취득당시의 기준시가 양도당시의 기준시가

• 취득당시의 기준시가 제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) ② 법 제99조의3 제1항 각 호 외의 부분을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

(3) 조세특례제한법 시행령(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정된 것) 제98조의3(미분양주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례) ① 법 제98조의3 제1항 전단에서 "대통령령으로 정하는 미분양주택"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "미분양주택"이라 한다)을 말한다.(단서 생략)

1. 주택법제38조에 따라 주택을 공급하는 사업주체(이하 이 항에서 "사업주체"라 한다)가 같은 조에 따라 공급하는 주택으로서 해당 사업주체가 입주자모집공고에 따른 입주자의 계약일이 지난 주택단지에서 2009년 2월 11일까지 분양계약이 체결되지 아니하여 2009년 2월 12일 이후 선착순의 방법으로 공급하는 주택 (이하 생략.)

② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 주택은 제외한다.

1. 매매계약일 현재 입주한 사실이 있는 주택

2. 2009년 2월 12일부터 2010년 2월 11일까지의 기간(이하 이 조에서 "미분양주택 취득기간"이라 한다) 중에 사업주체(제1항 제3호에 따른 주택건설사업자, 같은 항 제4호에 따른 주택도시보증공사, 같은 항 제5호에 따른 시공자, 같은 항 제6호에 따른 기업구조조정부동산투자회사등, 같은 항 제7호에 따른 건축주 및 같은 항 제8호에 따른 신탁업자를 포함한다. 이하 제3호, 제6항·제8항 및 제10항에서 같다)와 매매계약을 체결한 매매계약자가 해당 계약을 해제하고 매매계약자 또는 그 배우자(매매계약자 또는 그 배우자의 직계존비속 및 형제자매를 포함한다)가 당초 매매계약을 체결하였던 주택을 다시 매매계약하여 취득한 주택

3. 미분양주택 취득기간 중에 해당 사업주체로부터 당초 매매계약을 체결하였던 주택에 대체하여 다른 주택을 매매계약하여 취득한 주택 제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) ② 법 제99조의3 제1항에 따른 양도소득세 과세대상소득금액에서 빼는 양도소득금액(이하 이 조에서 "감면대상 양도소득금액"이라 한다)은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한다. 이 경우 새로운 기준시가가 고시되기 전인 경우에는 직전의 기준시가를 적용한다.

1. 취득일부터 5년 이내에 양도하는 경우 감면대상 양도소득금액은 소득세법 제95조 제1항에 따라 계산한다. 다만, 재개발·재건축되기 이전의 주택(이하 이 조에서 "종전주택"이라 한다)을 재개발·재건축하여 취득한 법 제98조의3 제2항 각 호에 따른 신축주택인 경우 감면대상 양도소득금액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 소득세법제95조 제1항에 따라 계산한 양도소득 금액 × 양도 당시 기준시가

• 신축주택 취득 당시 기준시가 양도 당시 기준시가

• 신축주택 취득 당시 기준시가

2. 취득일부터 5년 후에 양도하는 경우 감면대상 양도소득금액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 소득세법제95조 제1항에 따라 계산한 양도소득 금액 × 신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가

• 신축주택 취득 당시 기준시가 양도 당시 기준시가

• 신축주택 취득 당시 기준시가 (다만, 종전주택을 재개발·재건축하여 취득한 제98조의3 제1항 각 호에 따른 신축주택의 경우 종전주택 취득 당시 기준시가)

(4) 조세특례제한법 시행령(2017.2.7. 대통령령 제27848호로 개정된 것) 제98조의3(미분양주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례) ② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 주택은 제외한다.

1. 매매계약일 현재 입주한 사실이 있는 주택

2. 2009년 2월 12일부터 2010년 2월 11일까지의 기간(이하 이 조에서 "미분양주택 취득기간"이라 한다) 중에 사업주체(제1항제3호에 따른 주택건설사업자, 같은 항 제4호에 따른 주택도시보증공사, 같은 항 제5호에 따른 시공자, 같은 항 제6호에 따른 기업구조조정부동산투자회사등, 같은 항 제7호에 따른 건축주 및 같은 항 제8호에 따른 신탁업자를 포함한다. 이하 제3호, 제6항·제8항 및 제10항에서 같다)와 매매계약을 체결한 매매계약자가 해당 계약을 해제하고 매매계약자 또는 그 배우자(매매계약자 또는 그 배우자의 직계존비속 및 형제자매를 포함한다)가 당초 매매계약을 체결하였던 주택을 다시 매매계약하여 취득한 주택

3. 미분양주택 취득기간 중에 해당 사업주체로부터 당초 매매계약을 체결하였던 주택에 대체하여 다른 주택을 매매계약하여 취득한 주택 제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) ② 법 제99조의3 제1항에 따른 양도소득세 과세대상소득금액에서 빼는 양도소득금액(이하 이 조에서 "감면대상 양도소득금액"이라 한다)은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한다. 이 경우 새로운 기준시가가 고시되기 전인 경우에는 직전의 기준시가를 적용한다.

1. (생 략)

2. 취득일부터 5년 후에 양도하는 경우 감면대상 양도소득금액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 소득세법제95조 제1항에 따라 계산한 양도소득 금액 × 신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가

• 신축주택 취득 당시 기준시가 양도 당시 기준시가

• 신축주택 취득 당시 기준시가 (종전주택을 재개발·재건축하여 취득한 제98조의3 제2항 각 호에 따른 신축주택의 경우 종전주택 취득 당시 기준시가)