쟁점상속주택이 조특법 제97조의2 신축임대주택 양도소득세 감면요건 충족하여 주택 수에서 제외되는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 2018.1.15. OOO(이하 “쟁점거주주택”이라 한다)를 양도하면서 1세대 3주택 중과세율을 적용하여 2018년 귀속 양도소득세 OOO을 신고‧납부하였으나, 이후 부친(이하 “피상속인”이라 한다, 상속개시일: 2016.12.16.)으로부터 상속받은 OOO(이하 “쟁점상속주택”이라 한다)를 소득세법 시행령제155조 제20항 제2호에 따른 장기임대주택으로 보아 주택 수에서 제외하고 1세대 1주택 비과세 특례를 적용하여 2018.6.27. 기납부한 양도소득세 중 OOO의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였다.
• 나. 처분청은 쟁점거주주택 양도일 현재 청구인이소득세법제168조에 따른 사업자등록을 하지 아니하였고 쟁점상속주택이민간임대주택에 관한 특별법제5조에 따라 민간임대주택으로 등록되지 아니하였음을 이유로 2018.8.27. 경정청구 거부처분을 하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2018.10.22. 이의신청을 거쳐 2019.1.23. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 쟁점상속주택은조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제97의2 【 신축임대주택에 대한 양도소득세의 감면특례 】 에 의한 건설임대주택 감면요건에 해당한다. 쟁점상속주택은 위 규정에 따라 1999.8.20.〜2001.12.31. 기간 내인 2001.12.3. 다세대주택 12호를 신축한 국민주택으로서 5년 이상 임대 후 양도하는 경우에 양도소득세를 100% 감면하게 되어 있다. 이에 따라 쟁점상속주택은소득세법제89조 제1항 제3호 가목에 의한 1세대 1주택 판정 시 주택 수에서 제외되므로 청구인이 2018. 1.15. 양도한 쟁점거주주택은 1세대 1주택으로 비과세되어야 한다. 따라서 처분청에서 이와 달리 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하므로 취소되어야 한다.

(2) 처분청 의견에 대한 반박 (가) 처분청은 신축임대주택에 관한 조특법 제97조의2는 같은 법 제97조 제2항부터 제4항까지의 규정을 준용하는바, 해당 감면을 받으 려는 자는 주택임대에 관한 사항을 주택의 임대를 개시한 날로부터 3월 이내에 주택임대신고서를 관할 세무서장에게 제출하고 세액의 감면신청을 하여야 한다고 규정하고 있으므로 이 건에 적용할 수 없다는 의견이나, 피상속인은 신축임대주택인 쟁점상속주택에 대하여 2001.12.18. 보존등기 이전인 2001.11.20. OOO에 임대사업자등록을 하고, 신축주택의 임대사업을 개시한 날로부터 3월 이내에 OOO세무서에 사업자등록신청서와 주택임대신고서를 제출하여 사업자등록증을 발급받았으므로 쟁점상속주택은 조특법 제97의2에 의한 건설임대주택 감면요건에 해당하여 1세대 1주택 판정 시 주택 수에서 제외된다. 청구인은 2020.1.31.공공기관의 정보공개에 관한 법률제10조 제1항 및법원정보공개규칙제4조에 따라 OOO세무서에 피상속인이 2002.4.1. 제출한 사업자등록신청서와 주택임대신고서 사본을 요청한 정보공개청구서를 제출하였는데, 2020.2.4. 해당 서류들은 보존기간 경과로 제공할 서류가 존재하지 않는다는 내용의 통지를 받았다. 또한 세액의 감면신청을 하여야 한다는 규정은 쟁점상속주택에 대하여 양도할 때 양도소득세의 세액감면신청을 해야 한다는 규정이므로 이 건 쟁점거주주택의 양도와는 무관하다. (나) 처분청은 피상속인이 조특법 제97조의2 신축임대주택 양도소득세 과세특례 적용대상 주택을 청구인이 상속받아 양도하는 경우까지 열거하고 있지 않고 비과세요건에 조세법규 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장·유추해석하는 것은 허용되지 않으므로 청구주장이 부당하다는 의견이나, 피상속인이 2001.12.18. 신축하여 임대한 쟁점상속주택의 경우 조특법 제97의2 감면요건을 충족하기만 하면 무조건소득세법제89조 제1항 제3호를 적용할 때 해당 신축임대주택은 그 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다고 법문에 명확하게 열거하고 있으므로 처분청이 주장하는 조세법규 법문을 합리적인 이유없이 확장·유추해석한 것이라고는 볼 수 없다. (다) 처분청은 상속인은 감면신청서 등을 제출하지 않았을 뿐만 아니라 사업장 현황신고 및 임대소득에 대한 종합소득세 신고 등을 이행하지 않았고 쟁점거주주택의 양도일 이후에 임대주택에 대한 사업자등록을 한 점에서 경정청구 거부처분이 정당하다는 의견이나, 만약 청구인이 조특법 제97조의2 신축임대주택에 해당하는 쟁점상속주택을 양도한 것이라면 당연히 세액의 감면신청을 하여야 하나, 이 건에서 양도한 주택은 쟁점상속주택이 아니라 쟁점거주주택이므로 세액감면신청은 해당이 없다. 또한 사업장현황신고 및 종합소득세 신고 유무는 이 건과 아무런 연관성이 없고, 2018년 귀속 사업장현황 신고를 하였음이 확인되며, 임대수입금액이 OOO 이하는 종합소득세 신고의무가 없음을 처분청에서 잘 알고 있음에도 종합소득세 신고불이행을 문제 삼는 것은 부당하다. 그리고 쟁점거주주택 양도일 이후에 임대주택에 대한 사업자등록 유무는 청구인이 당초 주장하였다가 철회하였던 소득세법 시행령 제155조 제20항 의 적용 여부에 문제되는 것으로서 새롭게 주장하는 조특법 제97조의2 신축임대주택에 따른 1세대 1주택 판정과는 전혀 관련이 없다.

• 나. 처분청 의견 신축임대주택에 관한 조특법 제97조의2는 같은 법 제97조 제2항부터 제4항까지의 규정을 준용하고 있는바, 해당 감면을 받으려는 자는 주택임대에 관한 사항을 주택의 임대를 개시한 날로부터 3월 이내에 주택임대신고서를 관할 세무서장에게 제출하고 세액의 감면신청을 하여야 한다고 규정하고 있다. 조특법 제97조의2는 신축임대주택 양도소득세 과세특례 적용대상 주택을 상속인이 상속받아 양도하는 경우까지 열거하고 있지 않고, 비과세요건에 조세법규 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장 해석하거나 유추 해석하는 것은 허용되지 않는다. 이 건의 경우 상속인은 감면신청서 등을 제출하지 않았을 뿐만 아니라 사업장 현황신고 및 임대소득에 대한 종합소득세 신고 등을 이행하지 않았고 쟁점거주주택의 양도일 이후에 임대주택에 대한 사업자등록을 한 점 등을 종합하여 볼 때 경정청구 거부처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점상속주택은 조특법 제97조의2에 의한 신축임대주택 양도소득세 감면요건을 충족하여 1세대 1주택 판정시 주택 수에서 제외되므로 청구인이 양도한 쟁점거주주택에 대하여 1세대 1주택 비과세 특례를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령 (1) 소득세법 제89조【비과세 양도소득】① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

• 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택
• 나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택 (2) 소득세법 시행령 제154조【1세대1주택의 범위】① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 주택법제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다.(단서 생략) (3) 조세특례제한법 제97조【장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면】②소득세법제89조 제1항 제3호를 적용할 때 임대주택은 그 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

③ 제1항에 따라 양도소득세를 감면받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 주택임대에 관한 사항을 신고하고 세액의 감면신청을 하여야 한다.

④ 제1항에 따른 임대주택에 대한 임대기간의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제97조의2【신축임대주택에 대한 양도소득세의 감면 특례】① 대통령령으로 정하는 거주자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 국민주택(이에 딸린 해당 건물 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다)을 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 그 주택(이하 이 조에서 "신축임대주택"이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세를 면제한다.

1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는민간임대주택에 관한 특별법또는공공주택 특별법에 따른 건설임대주택

• 가. 1999년 8월 20일부터 2001년 12월 31일까지의 기간 중에 신축된 주택
• 나. 1999년 8월 19일 이전에 신축된 공동주택으로서 1999년 8월 20일 현재 입주된 사실이 없는 주택

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는민간임대주택에 관한 특별법또는공공주택 특별법에 따른 매입임대주택 중 1999년 8월 20일 이후 취득(1999년 8월 20일부터 2001년 12월 31일까지의 기간 중에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우만 해당한다) 및 임대를 개시한 임대주택(취득 당시 입주된 사실이 없는 주택만 해당한다)

• 가. 1999년 8월 20일 이후 신축된 주택
• 나. 제1호 나목에 해당하는 주택

② 신축임대주택에 관하여는 제97조 제2항부터 제4항까지의 규정을 준용한다. (4) 조세특례제한법 시행령 제97조의2【신축임대주택에 대한 양도소득세의 감면특례】① 법 제97조의2 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 거주자"란 1호 이상의 신축임대주택(법 제97조의2 제1항의 규정에 의한 신축임대주택을 말한다. 이하 이 조에서 같다)을 포함하여 2호 이상의 임대주택을 5년 이상 임대하는 거주자를 말한다.

② 신축임대주택의 주택임대사항의 신고ㆍ세액감면의 신청ㆍ임대기간의 계산 등에 관하여는 제97조 제2항 내지 제6항의 규정을 준용한다. 다만, 제97조 제4항의 규정을 준용함에 있어서 법 제97조의2 제1항 제2호의 규정에 의한 매입임대주택의 경우에는 제97조 제4항 각호에 규정된 서류외에 매매계약서 사본과 계약금 지급일을 입증할 수 있는 증빙서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 심판청구서, 처분청 답변서 및 국세청 대내포털시스템 등의 심리자료를 종합하면, 다음의 사실이 나타난다. (가) 청구인은 1999.10.8. 취득한 쟁점거주주택을 2018.1.15. 양도하면서 2018.3.27. 양도 당시 1세대 3주택(쟁점거주주택1, 쟁점상속주택2)으로 2018년 귀속 양도소득세 OOO을 신고‧납부한 후, 쟁점거주주택의 양도가 중과세율(일반세율＋10%) 적용대상임을 확인하고 2018.5.28. 2018년 귀속 양도소득세 OOO을 수정신고하고 추가 자진납부하였다. (나) 피상속인은 2016.12.16. 사망하였는데, 상속인들 간 이견으로 상속재산 분할이 지연되다가 2017.5.29. 상속재산에 대한 협의 분할이 이루어짐에 따라 청구인은 피상속인이 2001년 11월 직접 건축하여 장기임대주택으로 등록하여 임대하던 다세대주택 총 12채 중 2채(쟁점상속주택)를 다른 상속재산과 함께 상속받았다. (다) 쟁점상속주택의 등기사항전부증명서를 보면, 피상속인이 2001. 12.18. 소유권보존등기를 경료한 후 청구인이 2017.5.31. 협의분할에 의한 상속을 원인으로 취득한 것으로 나타난다. (라) 피상속인의 임대사업자등록증OOO을 보면, 최초등록일(2001.11.20.) 및 임대개시일(2001.11.20.)이 확인되고 쟁점상속주택은 민간임대주택에 포함되어 있는 것으로 확인된다. (마) 피상속인의 면세사업자등록증OOO을 보면, 개업연월일은 2002.4.1., 사업장소재지는 OOO, 폐업일자는 2016.12.16.로 나타난다. (바) 청구인의 임대사업자등록증OOO)을 보면, 최초등록일(2018.5.30.) 및 임대시작일(2001.11.20.)이 확인되고 민간임대주택 소재지에는 쟁점상속주택이 기재되어 있는 것으로 나타난다. (사) 청구인의 면세사업자등록증OOO을 보면, 최초등록일(2018.6.4.) 및 개업연월일[2016.12.16.(피상속인 사망일)]이 확인되고 민간임대주택 소재지에는 쟁점상속주택이 기재되어 있는 것으로 나타난다. (아) 청구인은 이밖에 증빙으로 사업장현황신고서, 정보공개청구에 대한 통지서 등을 제출하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점상속주택이 조특법 제97조의2 신축임대주택 양도소득세 감면요건을 충족하였으므로 해당 주택을 주택 수에서 제외하여 쟁점거주주택 양도에 1세대 1주택 비과세 특례규정을 적용하여야 한다고 주장하나, 신축임대주택에 대한 양도소득세 감면특례를 규정하고 있는 조특법 제97조의2 제1항 및 같은 법 시행령 제97조의2 제1항은 ‘신축임대주택을 포함하여 2호 이상 임대주택을 5년 이상 임대하는 거주자’가 신축임대주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세를 면제한다고 규정하면서 같은 조 제2항에서 준용하는 조특법 제97조 제2항은소득세법상 1세대 1주택 비과세 특례를 적용할 때 임대주택은 ‘그 거주자’의 소유 주택으로 보지 아니한다고 규정하고 있는바, 이 건의 경우 청구인은 피상속인과 달리 쟁점상속주택을 5년 이상 임대한 사실이 없고, 피상속인의 임대사업자 지위를 포괄적으로 당연승계하였다고 볼 수도 없으며, 관련 규정에서 상속의 경우 특별한 예외규정을 두고 있지 아니하는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.