농민이 아닌 사업자로부터 농산물을 매입ㆍ판매함에 따라 발생한 소득이 쟁점감면 소득에 해당함.

OOO장이 2018.11.8. 청구법인에게 한 법인세 2014사업연도분 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구법인은 2011.8.18. OOO에서 개업하여 쌀, 잡곡 등 곡물을 포장․판매하는 도소매업 등을 영위하는 사업자로, 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제68조 제1항에 따른 농업회사법인 등에 대한 법인세의 감면(산출세액의 OOO로, 이하 “쟁점감면”이라 한다)을 적용하여 법인세 2014사업연도분 OOO원을 각각 신고․납부하였다.
• 나. OOO장은 2018.6.14.～2018.7.3. 기간 동안 처분청에 대한 종합감사를 실시하여, 농민이 아닌 사업자로부터 상품을 매입ㆍ판매하는 도소매업에서 발생한 청구법인의 소득은 쟁점감면의 적용대상이 아니라는 내용의 감사결과를 통보하였고, 이에 따라 처분청은 쟁점감면의 적용을 배제하여 2018.11.8. 청구법인에게 법인세 2014사업연도분 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.1.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 농업회사법인인 청구법인이 사업자로부터 상품을 매입하여 판매하는 경우에도 농어업경영체를 육성하고 농어촌사회의 안정을 목적으로 하는 쟁점감면의 취지에 어긋나지 아니하고, 법규정에서 농민으로부터 매입하는 경우에만 감면을 적용하는 요건이 없음에도 불구하고 그러한 요건에 위배된다고 본 처분은 부당하다. 청구법인은 주로 곡물의 유통과정에서 다양한 매입처로부터 곡물을 구입하여 이를 소분, 혼합 등을 하여 다양한 가족형태에 맞도록 적게는 400g부터 많게는 4㎏까지의 상품을 만들어 소비자에게 공급하고 있다. 청구법인의 매입처는 매우 다양한데, 곡물을 주로 거래하는 곳이고, 그 중 상당수는 영농조합법인이나 농업회사법인이다. 영농조합법인이나 농업회사법인은 농업인들의 소득증대 등을 목적으로 설립된 회사로, 국민에게 안전한 농수산물과 식품을 안정적으로 공급하고, 나아가 농어촌사회의 안정과 국가 발전에 이바지함을 목적으로 하는 회사이다. 과세관청은 청구법인의 업종이 단지 곡물 도매업이고, 농민과의 직접거래가 없다는 이유만으로 감면세액 전체를 부인하였으나, 이는 영농조합법인이나 농업회사법인이 농업인이 단독으로 사업을 영위하여서는 규모의 경제를 실현하기 어려우므로 농업인의 조합 등을 장려하여 농업인의 소득을 증대하기 위한 당초취지와도 어긋난다. 따라서 과세관청은 법조문에 구체적으로 감면배제되는 등의 내용이 없음에도 불구하고 이를 임의로 좁게 해석하여 농업인과의 직접 거래 외의 모든 거래에 대하여 감면을 배제하는 과세한 처분은 부당하다.

(2) 설령, 전체소득이 감면대상이 아니라고 하더라도 적어도 영농조합법인이나 농업회사법인을 매입처로 하여 발생한 소득에 대하여는 감면을 적용하는 것이 타당하다.

• 나. 처분청 의견

(1) 농민이 아닌 일반사업자로부터 상품을 매입하여 판매하는 도소매업의 소득은 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률의 목적과 부합하지 아니하므로 쟁점감면의 적용대상이 아니다. (가) 쟁점감면은 농업의 경영이나 농산물의 유통ㆍ가공ㆍ판매를 기업적으로 하여 농어업경영체를 육성하고 농어업의 공동경영을 활성화하며 국민에게 안전한 농수산물과 식품을 안정적으로 공급하고, 나아가 농어촌사회의 안정과 국가 발전에 이바지함을 목적으로 하는 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률의 취지에 따라 정책목적으로 농업회사법인의 법인세를 면제하는 것이고, 조세감면에 관한 규정은 엄격하게 해석하는 것이 조세법률주의 및 조세공평의 원칙에 부합한다. 따라서 조특법 시행령 제65조 제2항 제3호에서 규정하는 “농산물 유통·가공·판매 및 농작업 대행에서 발생한 소득”은 위 쟁점감면의 입법취지에 따라 농민으로부터 농산물을 직접 매입하여 유통ㆍ가공ㆍ판매 등을 하여 발생한 소득으로 한정적으로 해석함이 타당하다. (나) 청구법인의 소득은 사업자로부터 매입한 곡물을 판매하여 발생한 것으로, 일반적인 도소매업의 소득과 동일하므로 쟁점감면의 적용대상으로 볼 수 없다.

(2) 농업회사법인 등으로부터의 매입액도 다른 일반사업자와 달리 취급할 특별한 이유가 없다.

• 가. 쟁점

① 농민이 아닌 사업자로부터 농산물을 매입․판매함에 따라 발생한 소득이 쟁점감면의 적용대상인지 여부

② 농업회사법인 및 영농조합법인으로부터 매입한 농산물의 판매로 발생한 소득은 쟁점감면의 적용대상이라는 청구주장의 당부

• 나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법 제6조(창업중소기업 등에 대한 세액감면) ① 2015년 12월 31일 이전에 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 중소기업(이하 "창업중소기업"이라 한다)과 중소기업창업 지원법 제6조 제1항 에 따라 창업보육센터사업자로 지정받은 내국인에 대해서는 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업 개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 제68조(농업회사법인에 대한 법인세의 면제 등) ① 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률에 따른 농업회사법인(이하 "농업회사법인"이라 한다)에 대해서는 2015년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 식량작물재배업소득 전액과 식량작물재배업소득 외의 작물재배업에서 발생하는 소득 중 대통령령으로 정하는 범위의 금액에 대하여 법인세를 면제하고, 작물재배업에서 발생하는 소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득에 대한 법인세를 제6조 제1항을 준용하여 감면한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제65조(농업회사법인에 대한 세액 감면 등) ② 법 제68조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 다음 각 호의 소득(이하 이 조에서 "부대사업등 소득"이라 한다)을 말한다.

1. 농어업·농어촌 및 식품산업 기본법 시행령 제2조에 따른 축산업, 임업에서 발생한 소득

2. 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령 제19조 제1항 에 따른 농업회사법인(이하 이 조에서 "농업회사법인"이라 한다)의 부대사업에서 발생한 소득

3. 농산물 유통·가공·판매 및 농작업 대행에서 발생한 소득

(3) 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제1조(목적) 이 법은 경쟁력 있는 농어업경영체를 육성하고 농어업의 공동경영을 활성화하여 국민에게 안전한 농수산물과 식품을 안정적으로 공급하고, 나아가 농어촌사회의 안정과 국가 발전에 이바지함을 목적으로 한다. 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "농업인"이란 농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법 제3조 제2호 에 따른 농업인을 말한다.

2. "농업법인"이란 제16조에 따른 영농조합법인과 제19조에 따른 농업회사법인을 말한다. 제19조(농업회사법인 및 어업회사법인의 설립 등) ① 농업의 경영이나 농산물의 유통ㆍ가공ㆍ판매를 기업적으로 하려는 자나 농업인의 농작업을 대행하거나 농어촌 관광휴양사업을 하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 농업회사법인(農業會社法人)을 설립할 수 있다.

② 농업회사법인을 설립할 수 있는 자는 농업인과 농업생산자단체로 하되, 농업인이나 농업생산자단체가 아닌 자도 대통령령으로 정하는 비율 또는 금액의 범위에서 농업회사법인에 출자할 수 있다.

⑥ 농업회사법인 및 어업회사법인의 설립ㆍ출자, 부대사업의 범위 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제20조(농업법인 및 어업법인의 지원) 국가와 지방자치단체는 농업법인 또는 어업법인의 기술개발, 경영규모의 확대 또는 농어업기계화 및 시설장비 현대화, 경영정보화, 전문인력의 확보 및 인수합병 등을 위하여 자금 및 컨설팅 등 필요한 지원을 할 수 있다. 제20조의2(실태조사) ① 주된 사무소 관할 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 농업법인 또는 어업법인의 적법한 운영과 효율적 관리를 위하여 3년마다 농림축산식품부장관 또는 해양수산부장관이 정하는 바에 따라 다음 각 호의 사항에 대하여 농업법인 또는 어업법인의 운영실태 등에 대한 조사를 실시하여야 한다.

1. 조합원(준조합원을 포함한다)의 인적 사항, 주소 및 출자 현황

3. 소유한 농지의 규모 및 경작유무 등 현황

⑤ 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 제1항에 따른 실태조사를 실시한 후 다음 각 호의 사항에 대하여 대통령령으로 정하는 기간 내에 시정하도록 명할 수 있다.

1. 조합원 5명 미만인 영농조합법인 또는 영어조합법인

2. 비농업인 또는 비어업인이 보유한 출자지분이 제19조 제2항 또는 제4항에서 정한 출자한도를 초과한 농업회사법인 또는 어업회사법인 제20조의3(해산명령) ① 농업법인 또는 어업법인의 해산명령에 관하여는 상법 제176조 에 따른 회사의 해산명령에 관한 규정을 준용한다. 이 경우 "회사"는 "농업법인 또는 어업법인"으로 본다.

② 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 다음 각 호에 해당하는 농업법인 및 어업법인에 대하여 법원에 해산을 청구할 수 있다.

1. 조합원이 5명 미만이 된 후 1년 이내에 5명 이상이 되지 아니한 영농조합법인 또는 영어조합법인

2. 총 출자액 중 비농업인 또는 비어업인이 보유한 출자지분이 제19조 제2항 또는 제4항에서 정한 출자한도를 초과한 후 1년 이상 경과한 농업회사법인 또는 어업회사법인

3. 제16조 제6항에 따른 사업범위에서 벗어난 사업을 하는 영농조합법인 또는 영어조합법인

4. 제19조 제6항에 따른 부대사업의 범위에서 벗어난 사업을 하는 농업회사법인 또는 어업회사법인

5. 제1항에 따라 준용되는 상법 제176조 제1항 각 호에 해당하는 농업법인 또는 어업법인

6. 제20조의2 제5항에 따른 시장ㆍ군수ㆍ구청장의 시정명령에 3회 이상 불응한 농업법인 또는 어업법인 (4) 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령 제18조(농어업인 등이 아닌 자의 출자한도) ① 법 제19조 제2항에 따라 농업인 또는 농업생산자단체가 아닌 자가 농업회사법인에 출자할 수 있는 한도는 다음 각 호와 같다.

1. 농업회사법인의 총출자액이 80억원 이하인 경우: 총출자액의 100분의 90

2. 농업회사법인의 총출자액이 80억원을 초과하는 경우: 총출자액에서 8억원을 제외한 금액 제19조(부대사업의 범위) ① 농업회사법인의 부대사업의 범위는 다음 각 호와 같다.

1. 영농에 필요한 자재의 생산 및 공급사업

2. 영농에 필요한 종자생산 및 종균배양사업

4. 농업기계나 그 밖의 장비의 임대ㆍ수리 및 보관사업

5. 소규모 관개시설(灌漑施設)의 수탁 및 관리사업

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에는 아래의 내용이 나타난다. (가) 사업자등록증 및 등기사항전부증명서 등에 따르면, 면세사업자인 청구법인의 업종은 도매업(쌀, 잡곡류), 제조업(기타곡물가공, 발아현미), 소매업(쌀․잡곡류, 전자상거래) 등이고, 대표이사 OOO과 사내이사 OOO의 지분이 각각 OOO, OOO로서 자본금 총액은 OOO원으로 되어 있다. (나) 청구법인의 각 사업연도별 과세표준 산정 및 감면세액 신고 내역은 아래 <표>와 같고, 결산서상 상품매입액의 대부분(OOO 이상)이 면세사업자로부터 받은 계산서상 매입액으로 나타난다. <표> 청구법인의 과세표준 산정 및 감면세액 신고 내역 (다) 청구법인의 매입장에 따르면, 영농조합법인 또는 농업회사법인으로부터 매입내역은 2014사업연도분은 총 193건, 합계 OOO으로 나타난다. (라) OOO장이 2018.6.20. 발행한 농업경영체확인서에는 청구법인은 2015.12.16. 농업경영체로 최초 등록하였고, 등기이사로 대표이사 OOO과 사내이사 OOO이 등재되어 있으며, 다른 항목(농지․농산물생산, 가축등 사육시설․사육규모, 직불금․정부보조금 현황 등)에는 별도로 표시된 내용이 없는 것으로 나타난다. (마) 기획재정부가 발간한 ‘2007년 간추린 개정세법’에 의하면, 2008.2.22. 대통령령 제20620호로 개정된 조세특례제한법 시행령제65조 제1항의 개정 내용 및 개정 이유는 아래와 같다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 농민으로부터 매입한 농산물을 판매하여 발생한 소득만이 쟁점감면의 적용대상이라는 의견이나, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다 할 것(대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 판결 참조)인바, 조특법 시행령 제65조 제2항 제3호에서 농업회사법인의 감면대상소득으로 “농산물 유통․가공․판매 및 농작업 대행에서 발생한 소득”을 규정하고 있을 뿐, 그 매입처에 대한 요건을 별도로 규정하고 있지 아니하므로 농민으로부터 매입한 상품을 판매하여 얻은 소득만이 쟁점감면의 적용대상으로 해석하는 것은 조세법률주의에 어긋난다고 보이는 점, 기획재정부가 발간한 2007년 간추린 개정세법에서 쟁점규정의 개정이유로, 농업․농촌기본법상 농작물 유통․가공․판매 등이 농업회사법인의 부대사업에 포함되어 있지 아니하여 세제지원되지 못하는 문제를 시정하기 위한 것으로 되어 있는 점 등에 비추어 볼 때, 농민이 아닌 사업자로부터 매입한 농작물을 판매하여 발생한 소득도 쟁점감면의 적용대상이라고 보는 것이 타당하다 할 것이다. 따라서 조특법 제68조 제1항에 따른 농업회사법인 등에 대한 법인세 감면의 적용을 배제하여 법인세를 과세한 이 건 처분은 잘못이라고 판단된다. (나) 다음으로, 쟁점②는 쟁점①이 인용됨에 따라 심리실익이 없어 그 심리를 생략한다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.