청구법인이 이 건 토지를 취득한 후 신고한 사업을 영위하기 위한 사업장을 설치하지도 아니한 채 이를 나대지 상태로 매각한 경우까지 신고한 사업에 사용한 경우라 볼 수는 없으므로 종합부동산세 부과처분의 당부를 다투는 이 건에서 선행 심판결정과 다른 사정이 나타나지 아니하므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단됨
청구법인이 이 건 토지를 취득한 후 신고한 사업을 영위하기 위한 사업장을 설치하지도 아니한 채 이를 나대지 상태로 매각한 경우까지 신고한 사업에 사용한 경우라 볼 수는 없으므로 종합부동산세 부과처분의 당부를 다투는 이 건에서 선행 심판결정과 다른 사정이 나타나지 아니하므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단됨
심판청구를 기각한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 처분청은 OOO 토지가 건축 중인 건축물의 부속토지에 해당하지 아니한다고 보아 종합합산과세대상으로 변경하여 이 건 종합부동산세 등을 부과하였으나, 청구법인은 2014.5.21. OOO 토지에 착공신고 후 2014.5.30. 규준틀 설치, 2014.6.16. 터파기 공사 시작, 2014.6.18. 터파기 공사 완료, 2014.11.10. 설계변경으로 인한 공사중지, 2015.5.12. 터파기 착공, 2015.5.29. 터파기 완료, 2015.6.12. OOO 차수공사를 완료하는 등 공사를 진행하였고, 이는 청구법인이 ㈜OOO과 도급계약을 체결하고 2014.12.5. OOO원을 기성금으로 지급한 사실에서도 확인할 수 있는바, 이와 같이 청구법인은 OOO청장의 환매통보로 인하여 2015.10.25. 공사가 중지되기까지 OOO 토지에 건축물을 건축하기 위하여 실제 공사를 진행하였으므로 2014년도 및 2015년도 재산세 과세기준일 현재 건축 중인 건축물의 부속토지로서 별도합산과세대상에 해당한다.
(2) 처분청은 이 건 토지에 대하여 외국인투자기업에 대한 지방세 등 감면대상에 해당하지 아니한다고 보아 기감면된 종합부동산세 등을 과세하였으나, OOO장이 외국인투자기업인 청구법인의 재산세 등을 추징한 사유는 조세특례제한법제121조의5 제3항에 열거되어 있지 아니한 사유로서, 청구법인은 기획재정부에 신고한 “Bio분야 연구개발” 사업을 영위하기 위하여 이 건 토지를 취득하였으므로 조세특례제한법 제121조의2 제1항 및 제4항 등에 따른 재산세 등 감면대상에 해당하고, 개발사업을 시작할 당시부터 현재까지 OOO의 외국인투자비율을 유지하면서 사업을 영위하고 있는바, 재산세 등의 감면 대상이 아니라고 보아 종합부동산세 등을 부과한 이 건 처분은 부당하다.
(3) 처분청은 관련 재산세의 부과처분이 취소되지 않는 한 이 건 종합부동산세 부과처분을 취소할 수 없다는 의견이나, 이 건 종합부동산세 부과처분의 절차가 행정안전부장관의 과세자료 통보에 따른 것이라 하더라도 이 건 부과처분은 이 건 토지가 별도합산과세대상인지 종합합산과세대상인지 여부에 따라 결정되는 것이고, 토지가 종합합산과세대상인지는 과세기준일 현재 6개월 이상 공사가 중단된 토지에 해당하는지 여부가 되어야 하는바, 재산세 부과처분이 아직 취소되지 아니한 경우라 하더라도 종합부동산세에 관한 심판청구에서 종합부동산세 과세의 적법 여부를 다툴 수 있다고 보아야 한다.
① OOO 토지가 건축 중인 건축물의 부속토지로서 별도합산과세대상에 해당하는지 여부
② 이 건 토지의 환매에 대하여 조세특례제한법 제121조의2 에 따라 감면받은 종합부동산세 등을 과세한 처분의 당부
(1) 종합부동산세법 제6조(비과세 등) ① 지방세특례제한법 또는 조세특례제한법에 의한 재산세의 비과세ㆍ과세면제 또는 경감에 관한 규정(이하 "재산세의 감면규정"이라 한다)은 종합부동산세를 부과함에 있어서 이를 준용한다. 제11조(과세방법) 토지에 대한 종합부동산세는 국내에 소재하는 토지에 대하여 지방세법 제106조 제1항 제1호 에 따른 종합합산과세대상(이하 "종합합산과세대상"이라 한다)과 같은 법 제106조 제1항 제2호에 따른 별도합산과세대상(이하 "별도합산과세대상"이라 한다)으로 구분하여 과세한다. 제17조(결정과 경정) ③ 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 때에는 이를 경정 또는 재경정하여야 한다.
④ 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제2항 및 제3항에 따른 경정 및 재경정 사유가 지방세법 제115조 제2항 에 따른 재산세의 세액변경 또는 수시부과사유에 해당되는 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 종합부동산세의 과세표준과 세액을 경정 또는 재경정하여야 한다. (2) 종합부동산세법 시행령 제9조(결정ㆍ경정) ① 법 제17조 제1항의 규정에 의한 결정은 법 제21조 제2항 내지 제4항의 규정에 의하여 행정안전부장관이 국세청장에게 통보한 과세자료에 의한다.
② 법 제17조 제2항 및 동조 제3항의 규정에 의한 경정ㆍ재경정 또는 추징은 제8조의 규정에 의한 신고서 및 그 첨부서류에 의하거나 현황 등에 대한 실지조사에 의한다.
③ 법 제17조 제4항의 규정에 의한 경정ㆍ재경정 또는 추징은 법 제22조의 규정에 의하여 시장ㆍ군수가 관할세무서장 또는 관할지방국세청장에게 회신한 자료에 의한다.
(3) 지방세법 제106조(과세대상의 구분 등) ① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.
1. 종합합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지는 종합합산과세대상으로 보지 아니한다.
2. 별도합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지. 다만, 제1호 가목 및 나목에 따른 토지는 별도합산과세대상으로 보지 아니한다.
1. 특별시ㆍ광역시(군 지역은 제외한다)ㆍ특별자치시ㆍ특별자치도 및 시지역(다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 지역은 제외한다)의 공장용 건축물의 부속토지로서 공장용 건축물의 바닥면적(건축물 외의 시설의 경우에는 그 수평투영면적을 말한다)에 제2항에 따른 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 범위의 토지
2. 건축물(제1호에 따른 공장용 건축물은 제외한다)의 부속토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 건축물의 부속토지를 제외한 건축물의 부속토지로서 건축물의 바닥면적(건축물 외의 시설의 경우에는 그 수평투영면적을 말한다)에 제2항에 따른 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적 범위의 토지
1. 삭제 <2015.12.31.>
건축법 제18조 에 따라 착공이 제한된 건축물
3. 건축법에 따른 건축허가를 받거나 건축신고를 한 건축물로서 같은 법에 따른 공사계획을 신고하고 공사에 착수한 건축물[개발사업 관계법령에 따른 개발사업의 시행자가 개발사업 실시계획의 승인을 받아 그 개발사업에 제공하는 토지(법 제106조 제1항 제3호에 따른 분리과세대상이 되는 토지는 제외한다)로서 건축물의 부속토지로 사용하기 위하여 토지조성공사에 착수하여 준공검사 또는 사용허가를 받기 전까지의 토지에 건축이 예정된 건축물(관계 행정기관이 허가 등으로 그 건축물의 용도 및 바닥면적을 확인한 건축물을 말한다)을 포함한다]. 다만, 과세기준일 현재 정당한 사유 없이 6개월 이상 공사가 중단된 경우는 제외한다.
4. 가스배관시설 등 행정안전부령으로 정하는 지상정착물
② 제101조 및 제102조에 따른 공장용 건축물의 범위에 관한 사항은 행정안전부령으로 정한다.
(5) 조세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12173호로 일부개정되기 전의 것) 제121조의2(외국인투자에 대한 법인세 등의 감면) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하기 위한 외국인투자(외국인투자촉진법 제2조 제1항 제4호 에 따른 외국인투자를 말한다. 이하 이 장에서 같다)로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대해서는 제2항부터 제5항까지 및 제12항에 따라 법인세, 소득세, 취득세 및 재산세를 각각 감면한다.
1. 국내산업의 국제경쟁력 강화에 긴요한 사업으로서 외국인투자 촉진법 제27조 에 따른 외국인투자위원회의 심의를 거쳐 정하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사업
2. 외국인투자촉진법 제18조 제1항 제2호 에 따른 외국인투자지역에 입주하는 외국인투자기업이 경영하는 사업 및 제2호의2, 제121조의8 제1항 또는 제121조의9 제1항 제1호의 사업 중 외국인투자기업이 경영하는 사업으로서 다음 각 목의 위원회의 심의·의결을 거치는 사업
④ 외국인투자기업이 신고한 사업을 하기 위하여 취득·보유하는 재산에 대한 취득세 및 재산세에 대해서는 다음 각 호와 같이 그 세액을 감면하거나 일정금액을 과세표준에서 공제한다.(단서 생략)
1. 취득세 및 재산세는 사업개시일부터 5년 동안은 해당 재산에 대한 산출세액에 외국인투자비율을 곱한 금액(이하 이 항, 제5항, 제12항 제3호 및 제4호에서 "감면대상세액"이라 한다)의 전액을, 그 다음 2년 동안은 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면. 다만, 제1항 제2호의2부터 제2호의7까지 및 제3호에 따른 감면대상이 되는 사업을 하기 위하여 취득·보유하는 재산에 대한 취득세 및 재산세는 사업개시일부터 3년 동안은 감면대상세액의 전액을, 그 다음 2년 동안은 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 각각 감면한다.
⑤ 외국인투자기업이 사업개시일 전에 제1항 각 호의 사업에 사용할 목적으로 취득·보유하는 재산이 있는 경우에는 제4항에도 불구하고 그 재산에 대한 취득세 및 재산세에 대하여 다음 각 호와 같이 그 세액을 감면하거나 일정금액을 그 과세표준에서 공제한다.(단서 생략)
2. 재산세는 해당 재산을 취득한 날부터 5년 동안은 감면대상세액의 전액을, 그 다음 2년 동안은 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면. 다만, 제1항 제2호의2부터 제2호의7까지 및 제3호에 따른 감면대상이 되는 사업을 하기 위하여 취득·보유하는 재산에 대한 재산세는 그 재산을 취득한 날부터 3년 동안은 감면대상세액의 전액을, 그 다음 2년 동안은 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 각각 감면한다. 제121조의5(외국인투자에 대한 감면세액의 추징 등) ③ 지방자치단체의 장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 제121조의2 제4항·제5항 및 제12항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다. 이 경우 제1호에 해당하는 경 우에는 그 미달된 비율에 상응하는 금액에 해당하는 세액을 추징한다.
1. 제121조의2 제5항 및 제12항에 따라 조세가 감면된 후 외국투자가의 주식등의 비율이 감면 당시의 주식등의 비율에 미달하게 된 경우
2. 제121조의2 제4항 및 제12항에 따라 조세가 감면된 후 외국투자가가 이 법에 따라 소유하는 주식등을 대한민국 국민 또는 대한민국 법인에 양도하는 경우
3. 외국인투자 촉진법에 따라 등록이 말소된 경우
4. 해당 외국인투자기업이 폐업하는 경우
5. 제121조의2 제1항 제1호 외의 사업을 하는 외국인투자기업이 외국인투자신고 후 5년(고용 관련 조세감면기준은 3년)이내에 출자목적물의 납입 및 외국인투자 촉진법 제2조 제1항 제4호 나목에 따른 장기차관의 도입 또는 고용인원이 제121조의2 제1항에 따른 조세감면기준에 미달하는 경우
④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 추징할 세액의 범위, 여러 추징사유에 해당하는 경우의 적용방법 등 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (6) 조세특례제한법 시행령(2014.2.21. 대통령령 제25211호로 일부개정되기 전의 것) 제116조의2(조세감면의 기준등) ① 법 제121조의2 제1항 제1호의 규정에 의하여 법인세·소득세·취득세 및 재산세를 감면하는 외국인투자는 기획재정부장관이 연 1회 이상 외국인투자촉진법 제27조 에 따른 외국인투자위원회의 심의를 거쳐 정하는 산업지원서비스업 또는 고도의 기술을 수반하는 사업을 영위하기 위하여 공장시설(한국표준산업분류상의 제조업 외의 사업의 경우에는 사업장을 말한다. 이하 이 장에서 같다)을 설치 또는 운영하는 경우로 한다.
⑤ 법 제121조의2 제1항 제2호의2의 규정에 의하여 법인세·소득세·취득세 및 재산세를 감면하는 외국인투자는 경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법 제2조 제1호 의 규정에 의한 경제자유구역안에서 새로이 시설을 설치하는 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.
5. 제1항 각 호의 어느 하나에 따른 사업(이하 이 호에서 "사업"이라 한다)을 위한 연구개발 활동을 수행하기 위하여 연구시설을 새로 설치하거나 증설하는 경우로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 경우
(1) 심리자료에 나타나는 내용은 아래와 같다. (가) 청구법인은 2009.4.1. 연구개발사업, 기술시험, 검사 및 분석업 등을 목적사업으로 하고, OOO OOO 의료산업의 연구, 임상, 사업화의 프로세스를 포괄적으로 제공하는 글로벌 바이오단지를 조성하여 OOO의 대표적인 OOO를 구축하고자 의료법인 OOO가 합작하여 설립된 법인이다. (나) 청구법인은 2009.5.7. OOO에 외국인투자기업으로 등록(등록번호 OOO호)하면서 외국투자가를 OOO 국적의 “OOO”로 하고 신고(허가)된 사업을 “의학 및 약학 연구개발업OOO 등”으로 하고 외국인 투자금액 및 투자비율을 OOO으로 등록(외국인투자기업등록증명서 등록번호 OOO호, 2009.5.7.)하였다. (다) 조세감면결정통보(대외경제총괄과-3299, 2009.12.21.)에 따르면, 기획재정부장관은 2009.12.21. 청구법인에게 외국인투자신고내용을 외국투자가인 OOO(OOO)가 OOO 사업을 영위하고자 현금 OOO를 투자하는 것으로 하고, 조세감면 대상 사업·기술을 “고도기술 수반산업 및 산업지원 서비스업을 위한 연구개발 활동을 수행하기 위하여 연구시설을 새로이 설치하거나 증설하는 경우”로 하여 조세특례제한법제121조의2 제4항 및 제5항의 규정에 따라 취득세·등록세·재산세를 감면하는 것으로 조세감면 결정한 것으로 나타난다. (라) OOO청장과 청구법인이 2009년 11월에 체결한 OOO 조성사업 기본협약서 등에 따르면, OOO청장은 청구법인이 OOO 의료산업의 연구, 임상, 사업화의 프로세스를 포괄적으로 제공하는 글로벌 바이오단지를 조성할 수 있도록 OOO 206, 214 토지 205,793.3㎡를 공급하고, 청구법인은 OOO청장의 정책에 부합되도록 개발을 추진하고 OOO연구단지를 조성하며, 2010년 8월부터 단계적으로 사업을 진행하여 2013년 12월에 준공하기로 약정한 것으로 나타난다. (마) 청구법인은 2010.7.6. 및 2011.5.15. 이 건 토지에 대한 매매계약을 체결하면서, ① 청구법인은 매매계약일로부터 5년내에 이 건 토지를 본 건 사업 이외의 목적으로 근저당 설정 등의 담보로 제공하거나 제3자에게 매각할 수 없고, 토지 소유권을 이전받은 날로부터 5년 동안 외국인투자촉진법령에 따른 외국인투자기업으로 존속되어야 하며, 청구법인이 이러한 의무를 위반하는 경우에는 OOO청장이 청구법인에게 본 계약상의 매매대금에서 계약금을 공제한 금원을 지급함과 동시에 환매특약에 따라 청구법인은 이 건 토지의 소유권을 OOO청장에게 이전하고 이 건 토지를 명도하여야 한다고 약정하였고, ② 청구법인은 계약 체결일로부터 1년 이내에 건축물 등을 착공하여 동 시설물 착공일부터 2년 이내에 준공하기로 하고, 본 건축시설의 건축일정에 따라 건축물 등이 착공 및 준공되지 아니하는 등(부득이한 사유 발생시 준공 시기의 연장은 가능)의 사유가 발생할 경우 본 계약은 자동적으로 해제하기로 약정하였으며, 청구법인은 이에 따라 이 건 토지에 대한 소유권이전등기를 하면서 부동산등기부에 등기원인을 “환매특약부 매매”로 하여 환매특약 등기한 것으로 나타난다. (바) 청구법인은 2012.4.16. 및 2013.5.15. OOO청장으로부터 이 건 토지를 다음 <표3>과 같이 취득(매매)하였고, 취득세 등을 신고하면서 지방세특례제한법 제46조 에 따른 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 감면을 신청하여 취득세 등을 전액 감면받았다. <표3> 이 건 토지 취득내역 (사) 이 건 토지의 이용현황은 다음과 같다. 1) 청구법인은 이 건 토지를 포함한 OOO 등 일원 205,793㎡에 2009년부터 2020년까지(1단계: 2009∼2013) OOO를 조성하고 있다.
2. OOO 토지의 경우, 2014.3.26. 건축허가를 받아 2014.5.20. 착공신고한 것으로 나타나고, 기성금 청구서류 등에 따르면 청구법인은 2014.5.26.부터 2014.5.30.까지 규준틀을 설치하고 2014.6.16. 터파기 공사를 시작하였으나 2014.11.10.부터 2015.5.6.까지 설계변경 등을 사유로 공사를 중지하였고, 2015.5.12. 터파기 공사를 재개하고 2015.5.19.부터 2015.6.12.까지 OOO 흙막이 공사를 진행한 것으로 나타나며, 항공사진 등에는 2013년 나대지 상태인 OOO 토지에 2014년 및 2015년에 일부 공사가 진행되기는 하였으나 바닥공사 또는 골조공사가 이루어지지 아니하여 2016년 현재도 나대지 상태인 것으로 나타난다.
3. OOO 토지 및 OOO 토지의 경우, 청구법인이 취득 후 착공신고 등 공사를 진행한 사실이 없이 OOO청장에게 환매하였다.
4. 기성금 청구서류, 전자세금계산서 등에 따르면 청구법인이 OOO 토지에 건축물을 건축하기 위하여 설계용역비로 OOO원을 지급한 것으로 나타나고, 청구법인의 대리인은 2019.1.21. 개최된 조세심판관회의에 출석하여 청구법인이 당초 쟁점토지의 공사비로 책정한 OOO이 실제 투자되었고, 이 중 설계비·감리비를 제외한 OOO가 OOO 토지의 OOO 차수공사 및 터파기 공사에 소요되었다고 진술하였다. (아) 청구법인은 이 건 토지를 취득한 후 1년 6개월 내지 1년 11개월이 경과한 2014.4.8. 및 2015.11.17. 다음 <표4>와 같이 이 건 토지를 OOO청장에게 환매한 것으로 나타난다. <표4> 이 건 토지에 대한 환매내역 (자) OOO장은 당초 청구법인이 각 재산세 과세기준일 현재 보유하고 있는 이 건 토지에 대하여 다음 <표5>와 같이 과세대상을 구분하고 외국인투자기업으로 감면된 재산세를 부과하였다가, 이후 청구법인이 이 건 토지를 나대지로 방치하다가 OOO청장에 매각하여 재산세 등 감면대상에 해당하지 아니하는 것으로 보아, 2018.2.13. 청구법인에게 이 건 토지에 대하여 OOO 토지를 종합합산과세대상으로 변경하고 이 건 토지에 대하여 재산세 등 감면을 배제하여 2013년도분부터 2015년도분까지 재산세 OOO원을 부과·고지하였다. <표5> 당초 과세대상의 구분내역 및 경정내역
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 쟁점① 및 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 OOO 토지는 건축 중인 건축물의 부속토지로서 별도합산과세대상에 해당하고, 이 건 토지의 환매는 조세특례제한법제121조의5 제3항에 열거된 추징사유에 해당하지 않아 감면받은 종합부동산세를 과세한 처분은 부당하다고 주장한다. 그러나, 청구법인이 이 건과 동일한 쟁점으로 제기한 재산세 심판청구에서 우리 원(조심 2018지2027, 2019.2.12.)은 청구법인은 OOO 토지에 건축물을 건축하거나 지하 공사 또는 골조공사 등을 전혀 진행함이 없이 흙막이공사 및 일부 터파기 공사만을 진행한 후 나대지 상태로 위 토지를 OOO청장에게 환매하였고, 건축 중인 건축물의 부속토지라 함은 건축법에 따른 건축허가 및 착공신고 후 실제로 공사에 착수한 건축물의 부속토지를 의미하는 것으로서, 건축물을 건축하기 위한 공사에 착수한 것이 아니라 단순히 부지 조성을 목적으로 일부 공사를 진행한 데 그친 경우까지 건축 중인 건축물의 부속토지로 보기 어려운 점, 외국인투자기업이 신고한 사업을 영위하기 위하여 취득한 부동산 등에 대한 취득세·재산세 등의 감면은 조세특례제한법 시행령제116조의2 제1항에 따라 “고도의 기술을 수반하는 사업을 영위하기 위하여 공장시설(사업장)을 설치 또는 운영하는 경우”에 한하여 적용되는 것으로서, 이 건 토지를 취득한 후 신고한 사업을 영위하기 위한 사업장을 설치하지도 아니한 채 이를 나대지 상태로 매각한 경우까지 신고한 사업에 사용한 경우라 볼 수는 없다 할 것이므로, 청구법인이 고도의 기술을 수반하는 사업을 영위하기 위하여 공장시설을 설치 또는 운영하는 경우에 해당하지 아니하여 재산세 등의 면제대상에 해당하지 아니하는 점을 들어 심판청구를 기각하였고, 그 재산세의 후행 세목인 종합부동산세의 부과처분의 당부를 다투는 이 건에서 선행 심판결정과 다른 사정이 나타나지 아니하므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.