대주주가 양도하는 중소기업 비상장주식에 대하여 10%의 양도소득세율을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2016.4.28. 비상장 중소기업인 AA여객 주식회사의 보유주식 63,717주(이하“쟁점주식”이라 한다)를 25억 5,500만원(주당 40,104원)에 양도하고 2016.5.31. 쟁점주식의 양도가 대주주가 양도하는 주식에 해당하는 것으로 보아 양도소득세율 20%를 적용하여 2016년 귀속 양도소득세 371,382,190원을 예정신고납부하였다.
• 나. 청구인은 쟁점주식과 같은 비상장 중소기업 주식의 경우 대주주등에 대하여 법령에 아무런 규정이 없으므로 10%의 양도소득세율이 적용되어야 한다는 사유를 들어 2017.11.2. 위 양도소득세중 185,691,090원의 감액 경정․환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나 처분청은 2018.12.28. 청구인의 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2019.1.8. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 소득세법 제94조 제1항 제3호 는 상장주식 대주주의 범위에 대해서만 하위법규에 정할 것을 위임하였음에도 소득세법 시행령 제157조 제4항 에서 법률에서 위임한 범위를 넘어 비상장법인의 대주주의 경우에도 20%의 양도소득세율을 적용할 수 있도록 규정한 것은 헌법에서 규정하고 있는 조세법률주의에 위반되는 점, 소득세법에서 비상장중소기업 대주주의 범위를 정하는 어떠한 규정이 없는 점등에 비추어 쟁점주식에 대하여 대주주가 양도하는 비상장 중소기업에 해당한다는 사유를 들어 청구인의 경정청구를 거부한 이건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 2015.12.15. 개정된 소득세법 제104조 제1항 제11호 나목의 대주주는 같은법 제94조 제1항 제3호 가목에서 그 범위를 대통령령에 위임하고 있는 대주주와 동일한 것으로 보아야 하는 점, 소득세법 제94조 제1항 제3호 가목은 양도소득의 범위에 대하여 규정하면서 주권상장법인의 주식등으로서 소유주식의 비율․시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주가 양도하는 것 이라고 규정하고 있으므로 동 규정의 대주주는 상장법인 뿐만 아니라 비상장법인의 대주주를 포함하는 것으로 해석되는 점 등에 비추어 청구주장은 이유 없다. 처분청은 최초 세무조사시 청구법인이 제출한 자료를 바당으로 이 건 법인세를 경정결의하였는바, 최초 세무조사시 청구법인이 제출한 자료를 바탕으로 이 건 세액을 부과한 이번 재조사는 국세기본법상 열거된 재조사 사유에 해당하지 않으므로 청구법인에게 법인세를 과세한 이 건 처분은 위법하다.

• 가. 쟁점 대주주가 양도하는 중소기업 비상장주식에 대하여 10%의 양도소득세율을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련법령 (1) 소득세법 제104조 (양도소득세의 세율) (2) 소득세법 제94조 (양도소득의 범위) (3) 소득세법 시행령 제157조 (증권예특증권 및 대주주의 범위)
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2016.4.28. 쟁점주식(지분율11%)을 양도하였고, 쟁점주식이 비상장 중소기업의 주식에 해당한다는 점에 대하여 청구인과 처분청간 이견이 없다.

(2) 2015.12.15. 법률 제13558호로 일부개정되기 전 소득세법 제104조 제1항 제11호 나목은 모든 중소기업 주식의 양도소득에 대하여 10%의 양도소득세 세율이 적용되는 것으로 규정하였다가 2015.12.15. 개정되면서 중소기업 주식 중 “대주주가 아닌자가 양도하는 경우”에만 10%의 양도소득세율이 적용되는 것으로 규정하였고, 이와 관련하여 같은 법 제94조 제1항 제3호 가목은 양도소득의 범위에 대하여 규정하면서 2015.12.15. 개정전후 모두 “주권상장법인의 주식등으로서 소유주식의 비율․시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주가 양도하는 것”이라고 하여 “대주주”에 대하여 규정하면서 대주주는 모두 위 제94조 제1항 제3호 가목의 “대주주”와 동일한 의미로 사용하는 것으로 규정하고 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령등을 좋바하여 살피건대, 2015.12.15. 개정된 소득세법 제104조 제1항 제11호 나목의 대주주는 같은법 제94조 제1항 제3호 가목에서 그 범위를 대통령령에 위임하고 있는 대주주와 동일한 것으로 보아야할 것인바, “주권상장법인의 주식등으로서 소유주식의 비율․시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주가 양도하는것”이라고 규정하고 있으므로 문언해석상 “대주주”는 상장법인ㅇ 및 비상장법인의 대주주를 모두 포함한다고 해석하는 것이 타당한 점등에 비추어 처분청이 쟁점주식에 대하여 20%양도소득세율 적용대상이라고 보아 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.