조세심판원 심판청구 법인세

청구법인이 2017사업연도에 중소기업특별세액감면 적용대상 소기업에 해당되는지 여부

사건번호 조심-2019-중-0384 선고일 2019.06.05

“법률 제13560호조세특례제한법일부개정법률 시행 당시”는 유예기간 전체로 해석하는 것이 타당한 것으로 보이는 점, 청구법인은 2017사업연도 매출액이 ooo백만원으로 종전규정에 따른 소기업 기준을 초과한 점 등에 비추어 처분청이 중소기업특별세액감면 적용을 배제하여 청구법인에게 2017사업연도 법인세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없음

주 문

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은 1994.10.7. 설립되어 건설 비계구조물해체공사업을 주업으로 영위하고 있고, 2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정된 「조세 특례제한법 시행령」(2016.2.5. 개정전 시행령을 이하 “종전 시행령”이라 하고, 개정후 시행령을 이하 “개정 시행령”이라 한다) 부칙 제22조 규정에 따라 중소기업특별세액 감면 적용대상인 소기업에 해당되는 것으로 보아 동 감면을 적용하여 2017사업연도 법인세를 신고하였다.
  • 나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2018.8.27.~2018.9.13. 기간 동안 처분청에 대한 종합감사를 실시하여 청구법인의 2017사업연도 매출액이 OOO백만원이어서 종전 시행령에서 규정한 중소기업특별세액 감면 적용대상 소기업 매출액 기준(OOO억원 미만)을 충족하지 못하였으므로 2017사업연도분 법인세는 동 감면 적용대상이 아니라는 취지로 처분청에 감사결과를 통보하였고, 처분청은 이에 따라 중소기업특별세액감면 적용을 배제하여 청구법인에게 2018.11.15. 2017사업연도 법인세 OOO을 경정․고지하였다.
  • 다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.12.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장 개정 시행령 부칙 제22조에서 개정 시행 당시(2016.1.1.) 종전의 같은 법 시행령 제6조 제5항에 따라 소기업에 해당하던 기업이 2016.2.5. 개정된 같은 법 시행령 제6조 제5항에 따른 소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 동 개정된 시행령에도 불구하고 2019.1.1.이 속하는 사업연도까지는 소기업으로 본다고 규정하고 있고, 조세심판원에서도 개정 규정 시행일인 2016.1.1.에는 2016년 매출액이나 종업원수가 확정되지 아니하였으므로 직전 사업연도인 2015년말을 기준으로 소기업 해당 여부를 판단하여야 한다는 취지로 결정(조심 2017전4105, 2018.2.12.)하였는바, 청구법인의 경우 2015년말을 기준으로 종업원수(16명) 및 매출액(OOO억여원)이 종전 시행령에 따라 중소기업특별세액감면 적용대상 소기업에 해당하였으므로 2019사업연도까지 동 감면적용 대상이다.
  • 나. 처분청 의견

(1) 종전 시행령에서 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용대상 소기업을 상시근로자수 및 매출액을 기준으로 판정하다가 개정 시행령에서 매출액 기준으로 단일화함과 동시에 부칙 제22조에서 “2016.1.1. 현재 개정전 규정에 따라 소기업에 해당하는 기업이 개정규정에 따른 소기업에 해당하지 않는 경우에는 2019.1.1.이 속하는 과세연도까지 소기업으로 본다”라고 경과규정을 두었는바, 개정 시행령 부칙 제22조의 의미는 종전 시행령을 적용하여 소기업에 해당하는 기업이 개정 시행령을 적용하게 되면 소기업에 해당하지 않는 경우에 적용되는 것으로 청구법인의 2017사업연도 매출액은 OOO백만원으로 종전 시행령에 따른 소기업 매출액 기준(OOO억원 미만)을 초과하였으므로 청구법인은 2017사업연도에 중소기업특별세액감면 적용대상 소기업에 해당되지 않는다.

(2) 중소기업특별세액감면 적용대상 소기업 여부는 과세연도 단위로 당해 사업연도를 기준으로 판단하는 것이고, “경과조치”는 법령 개정으로 인해 예상하지 못한 불이익을 방지하기 위해 적용시한을 연기하는 제도(대구고등법원 2010.7.2. 선고 2009두2550 판결)이나, 청구법인은 2017사업연도에 종전 시행령 규정을 적용하더라도 매출액 기준에 의해 소기업에 해당하지 않아 법령 개정으로 인해 불이익을 받은 경우가 아니라서 경과조치 입법취지에 비추어 보더라도 적용대상으로 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 청구법인이 2017사업연도에 중소기업특별세액감면 적용대상 소기업에 해당되는지 여부
  • 나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2015.12.15. 법률 제13560호로 개정된 것) 제7조【중소기업에 대한 특별세액감면】① 중소기업 중 다음 제1호의 감면 업종을 경영하는 기업에 대해서는 2017년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면 비율을 곱하여 계산한 세액상당액을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권에 있는 경우에는 모든 사업장이 수도권에 있는 것으로 보고 제2호에 따른 감면 비율을 적용한다.

1. 감면 업종
  • 마. 제조업
2. 감면 비율
  • 나. 소기업이 수도권에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업등을 제외한 업종을 경영하는 사업장: 100분의 20 부칙 제1조(시행일) 이 법은 2016년 1월 1일부터 시행한다.(단서 생략) 제2조(일반적 적용례) ① 이 법 중 소득세(양도소득세는 제외한다) 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다. (2) 조세특례제한법 시행령(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정된 것) 제6조【중소기업에 대한 특별세액감면】⑤ 법 제7조 제1항 제2호 가목에서 “대통령령으로 정하는 소기업”이란 중소기업 중 매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」 별표 3을 준용하여 산정한 규모 기준 이내인 기업을 말한다. 이 경우 “평균매출액 등”은 “매출액”으로 본다. 부칙 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제109조의3의 개정규정은 2016년 4월 1일부터 시행한다. 제22조(소기업의 범위에 관한 경과조치) 법률 제13560호 「조세특례제한법」 일부개정법률 시행 당시 종전의 제6조 제5항에 따라 소기업에 해당되었던 기업이 법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 제6조 제5항의 개정규정에 따른 소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 제6조 제5항의 개정규정에도 불구하고 2019년 1월 1일이 속하는 과세연도까지 소기업으로 본다.

(3) 중소기업법 시행령 [별표3] 주된 업종별 평균매출액등의 소기업 규모 기준(제8조 제1항 관련) 해당 기업의 주된 업종 분류기호 규모 기준

17. 농업,임업 및 어업 A 평균매출액등 80억원 이하

18. 광업

B

19. 담배 제조업

C12

20. 섬유제품 제조업(의복 제조업은 제외한다) C13

21. 목재 및 나무제품 제조업(가구 제조업은 제외한다) C16

22. 펄프, 종이 및 종이제품 제조업 C17

23. 인쇄 및 기록매체 복제업

C18

24. 고무제품, 및 플라스틱제품 제조업 C22

25. 의료, 정밀, 광학기기 및 시계 제조업 C27

26. 그 밖의 운송장비 제조업

C31

27. 그 밖의 제품 제조업

C33

28. 건설업

F

29. 운수업

H

30. 금융 및 보험업

K 비고: 해당 기업의 주된 업종의 분류 및 분류기호는 통계법 제22조 에 따라 통계청장이 고시한 한국표준산업분류에 따른다. (4) 조세특례제한법 시행령(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 것) 제6조(중소기업에 대한 특별세액감면) ⑤ 법 제7조 제1항 제2호 가목에서 “대통령령으로 정하는 소기업”이란 중소기업 중 해당 기업에 계속하여 고용되어 있는 근로자로서 기획재정부령으로 정하는 자의 수가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 요건을 충족하는 기업을 말한다. 다만, 매출액이 100억원 이상인 경우에는 소기업으로 보지 아니한다.

1. 제조업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 100명 미만일 것

2. 작물재배업·어업·축산업·광업·건설업·출판업·물류산업 또는 운수업중 여객운송업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 50명 미만일 것

3. 기타의 사업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 10명 미만일 것

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 각 사업연도별 매출액 및 종업원수는 다음과 같다. (단위: 원, 명)

(2) 기획재정부에서 발간한 ‘2015년 개정세법 해설’ 책자에 나타난 「조세특례제한법 시행령」 제6조 의 개정취지 등을 살펴보면, 개정이유는 소기업이 고용을 늘리더라도 세제지원이 유지될 수 있도록 소기업 기준을 개선하기 위한 것으로 되어 있고, 2016.1.1. 이후 개시하는 과세연도분부터 적용하고, 경과조치로 종전규정에 따라 소기업에 해당했던 기업이 동 개정에 따라 소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우는 2019.1.1.이 속하는 과세연도까지 소기업의 유예기간을 적용한다고 기재되어 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 청구법인은 개정 조특법 시행령에 대한 부칙 제22조 “개정법률 시행 당시 종전규정에 따라 소기업에 해당되었던 기업”에서 “시행 당시”를 2016.1.1.로 보아야 하고, 이 경우 2016.1.1. 당시에는 2016년의 매출액이 아직 확정되지 아니하였으므로 2015년 매출액을 기준으로 소기업 여부를 판단하여야 하고, 이 경우 청구법인은 2017사업연도에 중소기업특별세액감면 적용대상 소기업에 해당된다고 주장하나, 법령을 제정․개정하거나 폐지함에 있어 경과조치를 두는 가장 중요한 취지는 국민이 종전에 정착된 행정법질서 내의 계속적인 법률관계나 제도가 장래에도 지속될 것이라는 합리적인 신뢰를 바탕으로 개인이 법적 지위형성을 다져왔을 때에는 그 장래에 있어서의 예측가능성, 법적안정성과 신뢰를 국가가 되도록 보호하기 위한 것(헌법재판소 1992.10.1. 선고 92헌마68․76 결정)인바, 개정 시행령 부칙 제22조 규정의 “법률 제13560호 「조세특례제한법」 일부개정법률 시행 당시”를 청구주장대로 2016.1.1.로 특정하게 되면 2015.12.31. 이전에 소기업이었던 법인은 2016.1.1. 이후 중기업으로 성장하게 되더라도 2019.1.1.이 속하는 과세기간까지 약 4년 동안 매출액 등과 무관하게 소기업 적용을 받는 혜택을 얻게 되나, 2015.12.31. 이전에 중기업이었다가 2016사업연도 이후에 종전규정에 따른 소기업에 해당하게 된 법인들은 소기업 적용에 따른 세제혜택을 받을 수 없게 되어 이익의 침해를 받을 소지가 있으므로 기존 감면제도의 틀을 유지하면서 개정규정의 시행 시기를 유예하기 위해서는 “법률 제13560호 「조세특례제한법」 일부개정법률 시행 당시”는 유예기간 전체로 해석하는 것이 타당한 것으로 보이는 점, 청구법인은 2017사업연도 매출액이 OOO백만원으로 종전규정에 따른 소기업 기준을 초과한 점 등에 비추어 처분청이 중소기업특별세액감면 적용을 배제하여 청구법인에게 2017사업연도 법인세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)