청구종중은 법인으로 보는 단체로 승인 받은 사실이 확인되고 양도소득에 대한 납세의무자는 청구종중으로 보아야 하는 점 등에 비추어 청구종중을 소득세법에서 규정하는 1거주자로 보는 단체로 보아 양도소득세 경정청구를 거부한 것은 잘못이 있다고 판단됨
청구종중은 법인으로 보는 단체로 승인 받은 사실이 확인되고 양도소득에 대한 납세의무자는 청구종중으로 보아야 하는 점 등에 비추어 청구종중을 소득세법에서 규정하는 1거주자로 보는 단체로 보아 양도소득세 경정청구를 거부한 것은 잘못이 있다고 판단됨
OO세무서장이 2018.11.28. 청구법인에게 한 2017년 귀속 양도소득세 OOO원의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.
(1) 청구종중이 양도한 쟁점토지 양도차익은 법인세로 과세되어야 하고 청구종중이 사망한 전 대표자 주민등록번호를 기재하여 잘못 신고한 양도소득세는 취소되어야 한다. 쟁점토지는 종중원들의 명의로 되어 있다가 2000.12.12. 명의신탁 해지를 원인으로 하여 청구종중으로 등기가 이전되었고 법인 소유의 부동산(법인등기번호: OOO)으로 존재하다가 2017.8.21. 매도되었다. 청구종중은 양도한 쟁점토지의 양도차익을법인세법제3조 제3항 제5호에 따라 청구종중 관할인 OO세무서장에게 법인세로 신고하였으나, 사망한 청구종중의 전대표자 주민등록번호가 착오로 기재 되어 작성된 매매계약서를 근거로 신고된 양도소득세는 처분청에게 접수되어 동일한 부동산 양도 건에 대하여 이중 신고가 되었다. 청구종중은 OO시청에 종중 등록을 한 후 OO세무서에서 비영리법인으로 사업자등록증을 교부받았고 1996사업연도부터 매년 결산을 하여 법인세 신고를 하였으며 쟁점토지를 양도한 2017사업연도에도 법인세를 신고하였다. OO세무서장은 쟁점토지를 양도한 2017사업연도의 부동산 양도차익에 대하여 청구종중이 고유목적사업에 사용하였는지 여부를 확인하기 위하여 법인세 해명자료 제출 안내 공문을 발송하여 소명자료를 요구하였는데, 그 내용은 청구종중이 제출한 서류를 검토한 결과 쟁점토지를 고유목적사업에 사용하지 않은 토지로 보아 법인세를 과세할 예정이고 청구종중이 사망한 전 대표자 주민등록번호로 신고한 양도소득세는 신고 자체가 잘못되었으므로 처분청에 경정청구를 하라는 것이었다. 따라서 처분청에서 비영리법인인 청구종중을 법인으로 보지 않고 1거주자로 보는 단체로 보아 경정청구를 거부한 것은 부당하다.
(2) 처분청 답변서에 대한 항변사항은 다음과 같다. (가) 양도된 쟁점토지가 청구종중에 의해 관리되었다는 입증자료 전무하다는 의견에 대한 항변 처분청은 쟁점토지를 종중법인이 관리한 내역이 전혀 없다는 의견이나, 청구종중이 작성한 정기총회 및 결산서류에서 확인되는 바와 같이 2017년 양도될 때까지 쟁점토지는 청구종중 결산 시 결산서 재산목록에 등재되었고 매년 관련 지방세도 청구종중 통장에서 납부되었으며 승인 이후 매년 OO세무서에 법인세 신고까지 하였다. (나) 2017년에 법인세 신고서가 갑자기 변경되었다는 의견에 대한 항변 비영리법인의 법인세 신고는 수익사업(이자소득만 있는 법인 등)과 관련하여 신고서 서식이 변동되는데 답변서를 작성한 처분청 담당 공무원이 이를 오인한 것으로 보이고, 청구종중은 법인 등록 후 오랜 기간 매년 법인세를 신고하였는데 경정청구를 하기 위해 법인세를 신고하였다는 처분청의 의견은 부당하다. (다) 양도소득금액 귀속자가 불분명하다는 의견에 대한 항변 법인사업자등록번호로 납부한 법인 예금통장은 청구종중 명의로 2011.3.2. 개설되어 현재까지 사용하고 있으므로 당초 신고내용을 경정청구 받기 위하여 임시로 만든 통장이 아닌 것으로 확인된다. 청구종중 통장 개설 후 모든 수입과 지출은 청구종중 소유 통장에서 집행되고 있으며 청구종중은 280세대 종중원 1100명의 감시를 받고 있으며 매년 예금통장 실사 등 엄격한 감사를 실시하고 있다. 통장에서 대체(2017.8.24.)된 내용은 청구종중 수입을 위하여 정기예금에 입금되어 현재까지 정기예금으로 존재하고 있다. 처분청은 기본적인 관련내용도 파악하지 않고 거액을 인출하였다는 주장과 함께 쟁점토지 양도대금의 실지 귀속자가 불분명하고 세금을 부당하게 회피하기 위하여 우회거래를 하였다고 하는 것은 근거 없는 명백한 허위주장이다. (라) 매매계약서에 전 대표자 개인의 주민등록번호를 기재하여 작성하였으므로 청구종중을 양도자로 볼 수 없다는 의견에 대한 항변 쟁점토지 부동산매매계약서를 보면 성명 란에는 OO종회라고 청구종중이 기재되어 있다. 주민등록번호란에 법인등기번호를 기재하지 않고 사망한 전 대표자의 주민등록번호를 기재한 것은 계약서 작성을 위해 중개사 사무소에 서류 제출 시 동 주민등록번호가 기재된 사업자등록증을 제출한 것이 원인으로 밝혀졌는바, 그 이유는 당초 OO세무서에서 사업자등록증을 변경교부 시 잘못 교부한 것에 기인한다. 사망한 최OO은 청구종중의 전 대표자일 뿐 청구종중 소유 토지와는 무관하다. 만약에 처분청 의견과 같이 쟁점토지가 최OO 개인 소유였다면 상속인들이 소유권을 주장했을 것이고 부동산 매각대금이 종중법인 통장에 남아있지 않았을 것이다. (마) 쟁점토지는 그 위치와 주변 환경으로 종중의 고유목적으로 사용될 수 없다는 의견에 대한 항변 쟁점토지는 청구종중의 소유라고 주장했을 뿐이고 종중 고유목적사업용으로 사용하였다고 주장한 사실이 없는바, “종중법인 고유목적 사업용으로 사용불가”라는 점은 이 건 쟁점과 무관하다. (바) 주민등록번호가 기재된 양도소득세 신고서는 정당하다는 의견에 항변 양도소득세 신고서를 살펴보면 성명 란에 청구종중 개인 대표자 이름을 기재하지 않고 청구종중 명칭인 OO종회라고 기재되어 있어 종중법인이 신고한 것임을 명백히 알 수 있음에도 이를 1거주자로 보는 것은 부당하다.
(1) 청구종중은 종중이 작성한 정기총회 및 결산서류에 재산목록이 등재되어 있고 매년 법인세 신고를 한 사실로 미루어 쟁점토지를 법인으로 직접 소유 및 관리하여국세기본법제13조 제2항 제2호에서 규정하는 “사단·재단 그 밖의 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유·관리할 것”이라는 규정에 부합한다고 주장한다. 처분청에서 청구중중이 주장하는 법인세 신고내용을 검토한 결과, 위 법인세 신고내역은 청구종중이 소유한 금융재산에서 발생하는 이자소득에 관련된 신고일 뿐이며 종중에서 재산을 독립적으로 소유·관리하고 있음을 표방하는 신고내역은 확인할 수 없었다. 따라서 이는 청구종중이 직접 쟁점토지를 소유‧관리했다는 주장에 대한 적절한 근거가 될 수 없다. 또한 청구종중이 이 건 심판청구에서 입증자료로 제시하는 종중회의록 및 결산서 재산목록은 언제든지 소급하여 임의작성이 가능한 문서로 객관적인 진위여부를 판단하기 어려울 뿐만 아니라, 문서의 진위 여부를 판단함에 앞서 청구종중의 쟁점토지 처분과 관련하여 어떤 신분적 지위(법인 또는 거주자)에서 행위가 진행되었는지를 판단하는 이 건 청구취지와 관련 없는 주장이다.
(2) 청구종중은 쟁점토지 매매계약서상의 매도자 란에 OO종회라고 기재되어 있는 점에서 청구종중이 법인으로 계약한 것이고 종중 명칭과 함께 사망한 전 대표자 주민등록번호를 기재한 것은 OO세무서에서 사업자등록증을 잘못 교부함으로 인한 착오라고 주장한다. 그러나 토지 매매계약서 작성 및 등기 이전에 관한 전반적 사항, 양도소득세 신고 등은 납세자의 자유의지로 진행되는 일련의 과정으로서 그 과정의 책임 소재는 행위 당사자에게 있는 것이다. 청구종중이 주장하는 매매계약서에 종중 명칭으로 계약이 이루어 졌고 전 대표자 주민등록 번호가 기재되어 있다는 사실관계에 비추어보면, 첫째, 종중 명칭으로 계약했다는 것만으로는 청구종중이 법인으로서의 지위에서 계약을 했다는 사실에 대한 입증이 될 수 없고, 둘째, 법인으로서의 지위에서 종중 소유의 부동산을 매매했다면 세무서장이 발급한 법인 고유번호등을 기재하여 법인의 지위에서 계약의 당사자로 참여했음을 거래 당사자들 간에 인지하고 계약에 대한 일체의 행위를 하여야 함에도 청구종중은 전 대표자 주민등록 번호를 사용한 것으로 미루어 볼 때 법인으로서의 지위에서 쟁점토지를 처분했다고 볼 수는 없다. 이러한 사실관계에 기초하여 과거 청구종중이 처분청에 신고한 2015‧2018년 주식 매매계약서를 보면 법인 고유번호로 계약한 것이 확인되는바, 이는 청구종중이 종중에 귀속되는 모든 재산의 관리에 있어 법인격을 대외적으로 표방할 수 있는 고유번호로 계약해야 함을 인지하고 있었던 것으로 보이는 점에서 이 건 쟁점토지의 매매 계약시에만 고유번호를 기재하지 않은 것은 청구종중이 거주자로 보는 단체로서 쟁점토지의 양도소득세를 신고한 것이라 할 것이다.
(3) 한편 청구종중은 쟁점토지의 등기부등본 명의자가 종중이므로 이를 종중 소유로 볼 수 있다고 주장하나, 쟁점토지의 등기부등본에 기재된 번호 OOO은 종중이 부동산에 관한 등기를 하기 위해부동산등기법에 의하여 시·군·구청장으로부터 부동산 등기용 등록번호를 부여받은 경우이고,국세기본법상 법인으로 보는 단체에서 규정하는 종중 자신이 “주무관청에 등록”한 것에 포함되지 않는 것이며(징세 46101-42, 1996.1.5.), 위 등록번호는 현재 과세관청에서 1거주자 단체로 등록되어 매년 종합부동산세 고지‧납부가 되고 있다.
(1) 국세기본법 제13조【법인으로 보는 단체】
① 법인(법인세법제1조 제1호 및 제3호에 따른 내국법인 및 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 "법인 아닌 단체"라 한다) 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것 은 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.
1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단, 재단, 그 밖의 단체로서 등기되지 아니한 것
2. 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것
② 제1항에 따라 법인으로 보는 사단, 재단, 그 밖의 단체 외의 법인 아닌 단체 중 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 것도 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 해당 사단, 재단, 그 밖의 단체의 계속성과 동질성이 유지되는 것으로 본다.
1. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 조직과 운영에 관한 규정을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있을 것
2. 사단, 재단, 그 밖의 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유·관리할 것
3. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것
④ 제1항과 제2항에 따라 법인으로 보는 법인 아닌 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다)의 국세에 관한 의무는 그 대표자나 관리인이 이행하여야 한다. (2) 국세기본법 시행령 제8조【법인으로 보는 단체의 신청ㆍ승인 등】
① 법 제13조 제2항에 따라 승인을 받으려는 법인(법인세법제1조 제1호 및 제3호에 따른 내국법인 및 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 "법인 아닌 단체"라 한다)의 대표자 또는 관리인은 다음 각호의 사항을 적은 문서를 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.
3. 대표자 또는 관리인의 성명과 주소 또는 거소
6. 정관 또는 조직과 운영에 관한 규정
② 관할 세무서장은 제1항에 따라 법인 아닌 단체의 대표자 또는 관리인이 제출한 문서에 대하여 그 승인 여부를 신청일부터 10일 이내에 신청인에게 통지하여야 한다.
③ 제2항에 따라 승인을 받은 법인 아닌 단체에 대해서는 승인과 동시에 부가가치세법 시행령제12조 제2항에 따른 고유번호를 부여하여야 한다. 다만, 해당 단체가 수익사업을 하려는 경우로서법인세법제111조에 따라 사업자등록을 하여야 하는 경우에는 그러하지 아니하다.
④ 제2항에 따라 승인을 받은 법인 아닌 단체가 법 제13조 제2항 각 호의 요건을 갖추지 못하게 되었을 때에는 관할 세무서장은 지체 없이 그 승인을 취소하여야 한다.
(3) 소득세법 제2조【납세의무】
① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 개인은 이 법에 따라 각자의 소득에 대한 소득세를 납부할 의무를 진다.
2. 비거주자로서 국내원천소득이 있는 개인
③ 국세기본법제13조 제1항에 따른 법인 아닌 단체 중 같은 조 제4항에 따른 법인으로 보는 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다) 외의 법인 아닌 단체는 대통령령으로 정하는 바에 따라 국내에 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소를 둔 경우에는 거주자로, 그 밖의 경우에는 비거주자로 보아 이 법을 적용한다. (4) 소득세법 시행령 제3조의2【거주자 또는 비거주자로 보는 단체의 구분】 법 제2조 제3항에 따라 거주자 또는 비거주자로 보는 법인 아닌 단체에 대해서는 다음 각 호의 구분에 따라 법을 적용한다.
1. 구성원 간 이익의 분배방법이나 분배비율이 정하여져 있거나 사실상 이익이 분배되는 것으로 확인되는 경우에는 해당 구성원이 공동으로 사업을 영위하는 것으로 보아 구성원별로 과세
2. 구성원 간 이익의 분배방법이나 분배비율이 정하여져 있지 않거나 확인되지 않는 경우에는 해당 단체를 1 거주자 또는 1 비거주자로 보아 과세
(5) 법인세법 제3조【과세소득의 범위】
③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.
5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 (6) 법인세법 시행령 제2조【수익사업의 범위】
② 법 제3조 제3항 제5호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다.
(1) 이 건 심판청구서, 처분청 답변서 및 OOO 등 심리자료를 종합하면, 다음의 사실이 나타난다. (가) 청구종중은 1996.1.1. OO세무서장으로부터 비영리법인 사업자등록증(등록번호: 000-00-00000)을 발급받았고, 대표자변경 등을 이유로 2016.8.3. OO세무서장으로부터 발급받은 사업자등록증을 보면 법인등록번호에 청구종중 전 대표자 최OO(2015.10.3. 사망)의 주민등록번호(000000-0000000)가 기재되어 있는 것으로 확인된다. (나) 청구종중은 2017.8.30. 쟁점토지를 주식회사 OOO 외 1인에게 OOO원에 매도하면서 다음과 같이 부동산 매매계약서를 작성하였는데, 동 계약서 서식의 성명 란에는 청구종중 명칭이 기재되어 있으나 주민등록번호 란에는 법인등록번호가 아니라 당시 사망한 전 종중대표 최OO의 주민등록번호가 기재된 것으로 나타난다. (다) 청구종중은 쟁점토지 양도와 관련한 세금 신고 시법인세법시행규칙57조의2에 의한 서식인 “비영리 내국법인의 양도소득 과세표준예정신고서”를 제출하는 대신 소득세법 시행규칙별지 제84호 서식인 “양도소득과세표준 신고 및 납부계산서” 서식으로 신고하였는데, 동 신고서 성명 란에는 청구종중 명칭인 OO종회를 기재하였고 주민등록번호 란에는 사망한 청구종중 전 대표자의 주민등록번호를 기재한 후 전 대표자 주소지 관할인 처분청에 이를 접수하였다. (라) 청구종중은 신고서 접수 후 OO세무서에서 교부받은 청구종중의 사업자등록번호인 000-00-00000을 납부서에 기재한 후 종중 법인명의 예금계좌에서 법인 자금으로 해당 양도소득세를 납부하였고 이후 법인결산 시 이를 공과금 계정으로 처리하였다. (마) 청구종중은 OO세무서에 2017사업연도 법인세 신고 시 쟁점토지 양도차익을 법인세법 시행령제2조 제2항에 따라 비영리내국법인이 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용하는 경우로 보아 과세대상에서 제외하는 것으로 신고하였으나, OO세무서장은 쟁점토지가 청구종중의 고유목적사업에 실제 사용된 것에 대한 증빙자료 제출을 요구하는 “법인세 해명자료 제출 안내”를 발송하였다. (바) 이에 청구종중은 OO세무서장에게 기존 처분청에 양도소득세로 신고‧납부한 세액을 법인세에서 공제하여 줄 것을 경정청구(이하 “1차 경정청구”라 한다)하였으나, OO세무서장은 다음과 같은 이유로 거부하였다. (사) 위 (바) OO세무서장의 1차 경정청구 거부처분 취지에 따라 청구종중은 처분청에 이 건 경정청구를 하였으나, 처분청은 “매매계약서 및 등기신청서, 양도세 신고내역 확인 결과 1거주자로 보는 단체로서 대표자 주민등록번호를 단체의 등록번호로 하여 양도소득세를 신고‧납부한 것은 정당하다.”는 이유로 기각하였고, 청구종중은 동 거부처분에 대하여 이 건 심판청구를 제기하였다.
(2) 청구종중은 증빙으로 쟁점토지 등기사항전부증명서(소유자가 청구종중으로 기재되어 있음), 청구종중 보유 부동산 현황, 청구종중 정기총회 및 결산서류, 재산세 이체내역, 청구종중 법인예금통장사본, 사업자등록증 등을 제출하였다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 본다. (가)국세기본법제13조 제4항에 따른 ‘법인으로 보는 단체’의 범위와 관련하여 제1항의 당연 법인으로 보는 단체 외에도 제2항은 법인 아닌 단체 중 사단, 재단, 그 밖의 단체의 조직과 운영에 관한 규정을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있고, 사단, 재단, 그 밖의 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유‧관리하고 있으며, 사단, 재단, 그 밖의 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것 등의 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 경우에도 해당 단체를 ‘법인’으로 보아국세기본법과 세법을 적용한다고 규정하는 한편,소득세법제2조 제3항은 법인격이 없는 사단, 재단, 그 밖의 단체 중국세기본법제13조 제4항의 규정에 의하여 법인으로 보는 단체 외의 법인 아닌 단체는 국내에 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소를 둔 경우에는 거주자로, 그 밖의 경우에는 비거주자로 보아소득세법을 적용한다고 규정하고 있다. (나) 이 건의 경우 청구종중은 1996.1.1. 비영리법인 사업자등록증(등록번호: 000-00-00000)을 발급받아 관할 세무서장으로부터 ‘법인으로 보는 단체’로 승인받은 사실이 확인되고 이후 쟁점토지를 양도한 점에서 쟁점토지 양도소득에 대한 납세의무자는 청구종중으로 보아야 할 것인 점, OO세무서장은 청구종중의 1차 경정청구에 대하여 청구종중의 양도소득세 신고 자체가 잘못된 것임을 시인하였던 점, 청구종중이 양도소득세 신고 시 사망한 전 대표자의 주민등록번호를 기재한 것은 단순한 착오로 보이고 동 기재 또한 과세관청의 잘못 발급된 사업자등록증에 기인하는 점 등에 비추어 처분청이 청구종중을 쟁점토지 양도 당시소득세법제2조 제3항 및 같은 법 시행령 제3조의2에서 규정하는 1거주자로 보는 단체로 봄이 타당하다는 사유로 양도소득세 경정청구를 거부한 처분에는 잘못이 있다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.