유상감자대금과 자산 양도 대금을 상계한 것에 대해 부당행위계산 부인규정을 적용하여 법인세를 부과한 처분의 당부

00세무서장이 2019.8.9. 청구법인에게 한 2016사업연도 법인세 0,000,000,000원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구법인은 1998.11.6. 설립되어 건설폐기물 처리·수집 운반업 등을 영위하고 있고, 2013년~2016년 기간 중 아래의 거래 등을 하였다.

(1) 000유한회사(이하 “모회사”라 한다)는 2013.5.23. 및 2013.11.12. 청구법인의 주주인 000으로부터 각각 청구법인의 발행주식 000주 및 000주를 000원 및 000원에 양수하였고, 2013.11.12. 청구법인이 1주당 000원에 유상증자한 000주를 전부 인수하여 2016년 6월말 현재 청구법인의 발행주식 중 96.9% 상당인 000주를 보유중이었다.

(2) 청구법인은 2016.7.26. 발행주식 중 39.9% 상당인 000주를 모든 주주에 대하여 균등한 1주당 000원에 유상감자(이하 “쟁점유상감자”라 한다)하되, 주주 000에게 지급할 감자대가를 현금으로 지급하고 다른 주주 000유한회사에게 지급할 감자대가 000원을 미지급(미지급금으로 회계처리)하였다.

(3) 청구법인은 2013.9.4. 경기도 화성시에 청구법인과 동일한 사업을 영위할 목적으로 000주식회사(이하 “자회사”라 한다)를 설립하여 그 발행주식인 000주의 전부를 보유 중이었는데, 2016.8.29. 모회사에게 “상속세 및 증여세법”상 비상장주식의 보충적 평가방법으로 평가한 1주당 000원을 적용하여 000원에, 청구법인이 보유한 자산으로서 자회사가 발행한 신종자본증권(이하 “쟁점증권”이라 하고 자회사 주식과 합하여 “쟁점자회사자산”이라 한다)을 000원에 각각 양도하되, 모회사로부터 받을 해당 양도대금의 합계액 000원과 모회사에게 미지급한 쟁점감자대가를 상계하고 모회사에게 차액 000원을 현금으로 지급(자본거래로 회계처리)하였다.

• 나. 000청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2019.4.3.~2019.5.17. 기간 중 법인통합조사를 실시한 결과, 청구법인이 모회사로부터 쟁점자회사자산의 양도대가로 쟁점유상감자의 대상인 ‘모회사가 보유한 청구법인 발행주식’의 시가 상당액을 받은 것으로 보고, 법인세법 제52조 및 같은 법 시행령 제88조 제1항 제3호에 따른 부당행위계산 부인규정을 적용하여 청구법인이 모회사에게 쟁점자회사자산을 쟁점감자대가 000원과 해당 주식수에 쟁점유상감자 당시 청구법인 발행주식을 상속세 및 증여세법 상 비상장주식의 보충적 평가방법으로 평가한 1주당 000원을 적용한 000원(시가)의 차액인 000원(이하 “쟁점금액”이라 한다)만큼 저가로 양도한 것으로 하여 법인세를 부과하도록 과세자료를 통보하자, 처분청은 2019.8.9. 청구법인에게 2016사업연도 법인세 000원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2019.11.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 쟁점유상감자와 쟁점자회사자산의 양도는 각각 경제적 합리성이 있는 별개의 거래이고 이를 통한 조세회피가 없음에도 이를 하나의 거래로 재구성하여 부당행위계산 부인규정을 적용한 이 건 처분은 위법 부당하
• 다. 납세자는 거래 목적 달성의 효율성, 조세 등의 비용을 고려하여 거래의 방식을 선택할 수 있고, 그 선택한 방법이 가장행위 또는 비합리적인 것이 아닌 이상 해당 방법이 존중되어야 하며, 국세기본법 제14조 제3항 의 실질과세원칙을 적용하려면 납세자가 선택한 거래의 법적 형식 또는 과정이 처음부터 조세회피목적을 이루기 위한 수단에 불과한 것으로 볼 수 있어야 하고, 이에 반하여 납세자가 선택한 방법으로 법률관계가 형성되었다면 조세의 내용 또는 범위가 그 법률관계에 맞추어 개별적으로 결정되어야 하는 바, 이 건의 경우 처분청이 실질과세원칙을 적용하여 쟁정유상감자와 쟁점자회사자산의 양도를 하나의 거래로 보려면 거래당사자들에게 어떠한 조세회피 목적이 있었는지 및 쟁점유상감자가 가장행위 또는 비합리적인 것에 해당하는지에 관한 입증을 하여야 한다.

① 청구법인은 매출액에 비하여 자본금이 너무 커서 청구법인의 회사로서의 가치가 저평가되고 있음을 시정하기 위하여 2013.11.12. 선행 유상감자의 사례를 참조하여 1주당 000원으로 모든 주주를 상대로 균등하게 쟁점유상감자를 하였고 그 재원을 마련하고자 쟁점자회사자산을 양도한 것으로, 각 거래의 경제적 합리성이 있는 점, ② 주식의 감자에 관한 상법 조항에는 회사의 자본구조 변경에 따른 주주의 이해관계에 미치는 영향이 커서 주주총회의 특별결의로 감자를 하도록 하는 등의 요건을 규정하고 있을 뿐 감자대가의 산정에 관한 규정이 없고 청구법인은 관련 상법 규정에 따라 이사회 및 주주총회 특별결의를 거쳐 쟁점유상감자를 한 점, ③ 상증법에는 불균등감자를 통하여 주주간에 이익을 분여하는 것에 대해 시가와 감자대가 간의 차액에 대해 증여세를 부과하도록 규정하고 있을 뿐 균등감자시 주식발행법인과 주주 간의 관계에 있어서 과세 요건 또는 적정한 감자대가에 관한 규정이 없으며 과세관청도 균등감자에 대해 부당행위계산 부인규정이 적용되지 않는 것으로 해석(국세청 법인-843, 2009.7.22.)한 점, ④ 쟁점자회사자산의 양도와는 이해관계가 전혀 없는 청구법인의 다른 주주인 000도 쟁점유상감자의 조건을 수용한 점(000은 해당 조건이 시가보다 높아서 의제배당으로 과세되는 세액이 커지는 것을 감수하였음), ⑤ 쟁점유상증자는 모든 주주의 지분율이 유지되는 균등감자이어서 만약 처분청 의견대로 쟁점유상감자 대상인 청구법인 주식의 1주당 시가를 000원이 아닌 000원으로 보아야 한다면 청구법인으로서는 단지 감자대상 주식수만을 늘리기만 하면 쟁점유상감자 대가와 동일한 금액을 지급하게 되는 점 등을 감안할 때, 쟁점유상감자는 쟁점자회사자산의 양도와는 구별되는 거래로 보아야 한다. 한편 처분청은 청구법인이 선택한 거래 방식의 부당성에 대하여 구체적인 입증을 제시하지 않은 채로 단지 청구법인이 쟁점유상감자 및 쟁점자회사자산의 양도에 관한 사전 자문을 받았다는 이유로 이들 거래를 하나로 보아 부당행위계산 부인규정을 적용하여야 한다는 의견이나, ① 회사가 대규모 거래를 하면서 세무 부담을 포함한 법률관계의 검토를 할 수 있고 이러한 검토를 거친 거래가 명백한 조세회피임이 입증되지 않는 한 경제적 합리성이 없는 조세회피 목적이 있는 것으로 단정할 수 없는 점, ② 청구법인의 모회사는 사모투자전문회사가 완전 지배하는 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 상 투자목적회사로 앞서 제시한 일반적인 회사의 의무뿐만이 아니라 해당 법률 상의 투자자에 대한 의무도 부담하므로 청구법인이 위 거래들을 하면서 사전 자문을 받은 것은 당연한 점, ③ 이 건의 거래로 각 거래당사자들이 회피한 조세가 없는 점, ④ 설령 조세의 일정 부분이 감소되었더라고 이 건의 거래가 부당행위계산 부인규정의 유형에 해당되는 것으로 볼 수 없는 점 등을 감안할 때, 처분청의 의견은 부당하다.

• 나. 처분청 의견 쟁점유상감자는 청구법인이 모회사에게 쟁점자회사자산을 실제부담 없이 이전하기 위하여 개입된 거래로 쟁점금액만큼 순자산이 감소되었으므로 실질과세원칙에 따라 두 거래를 하나로 보아 부당행위계산 부인규정을 적용한 이 건 처분은 적법, 정당하다. 국세기본법 제14조 제3항 에 따른 ‘둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법’이란 경제적 실질상 단축된 거래를 할 수 있었음에도 합리적인 이유 없이 외관상 경제적 실질이 다른 둘 이상의 행위 또는 거래를 구성하는 것을 말하고, 납세자가 선택한 거래 형식은 원칙적으로 세법상으로도 존중되어야 하나 오직 세법상 혜택만을 받을 목적으로 거래 형식의 자유를 남용하는 것을 허용하게 되면 조세형평에 반하게 되며 조세법률주의가 형해화되므로 해당 조항을 적용하여 경제적 실질에 따른 거래의 재구성을 통하여 점차 고도화, 전문화되는 조세회피에 대응하는 것인 바, 이 건이 조세회피의 목적으로 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 ‘우회행위 또는 다단계 행위’에 해당할 경우에는 위 조항에 따라 거래의 형식을 부인하고 경제적 실질에 따라 부당행위계산 부인규정을 적용할 수 있다 할 것이다.

① 조사청은 조사 당시 청구법인이 2016.8.3. 회계법인으로부터 쟁점자회사자산의 매각과 관련한 세무자문을 받았고 이에 의하면 ‘청구법인이 모회사에게 쟁점자회사자산을 양도하는 거래와 더불어 쟁점유상감자를 병행할 예정으로 모회사로 하여금 쟁점감자대가로 위 양도대금을 충당하도록 할 계획’이 있었던 것을 확인하였음을 감안하면, 청구주장대로 쟁점유상감자 대금을 마련하고자 쟁점자회사자산을 양도한 것이 아니라 실제로는 모회사에게 쟁점자회사자산을 아무런 부담없이 이전하기 위하여 치밀하게 쟁점유상감자를 계획한 것으로 보아야 하는 점, ② 이는 위 세무자문에서 여러 방안 중 세무상 부담이 가장 적은 것을 선택하였고 2016.7.29. 청구법인과 모회사 간에 체결된 쟁점자회사자산의 매매계약서에서 쟁점유상감자의 종결일에 해당 매매대금과 쟁점감자대가를 상계하는 등의 정산방법이 기재된 것으로 뒷받침되는 점, ③ 이 건의 거래가 사전에 계획되지 않았다면 각 거래대금이 서로 000원 상당으로 동일하기 어려웠을 것인 점, ④ 이러한 일련의 거래를 통해 청구법인의 모회사가 청구법인의 자회사를 직접 지배할 수 있게 되고 청구법인이 공정가치가 000원 상당인 쟁점자회사자산을 모회사에 이전하면서 쟁점유상감자를 통해 시가 000원 상당의 자기주식을 받아 소각함으로써 쟁점금액만큼 순자산이 감소되어 그 상당액만큼 법인세 부담이 감소된 점, ⑤ 청구법인이 쟁점유상감자 등에 대한 경제적 합리성 또는 경영상의 필요성에 대한 구체적인 입증을 하지 못하는 점 등을 감안할 때, 청구법인이 부당하게 특수관계인인 모회사로부터 쟁점자회사자산의 양도대가를 쟁점금액만큼 적게 받은 것으로 보아야 한다.

• 가. 쟁점 청구법인이 쟁점유상감자시 청구법인의 모회사에게 지급할 쟁점감자대금을 미지급한 후 이와 유사한 금액으로 평가되는 쟁점자회사자산을 양도하고 그 양도대금을 쟁점감자대금과 상계한 것에 대하여, 부당행위계산 부인규정을 적용하여 감자대상 주식의 시가를 000원 상당으로 보아 그 차액만큼 쟁점자회사자산을 저가양도한 것으로 하여 청구법인에게 법인세를 부과한 처분의 당부
• 나. 관련 법률: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점자회사자산의 시가는 000원이고, 쟁점유상감자는 상법에 따른 균등감자인 점에 대해서는 청구법인과 처분청 간에 다툼이 없다.

(2) 처분청이 확인한 사실관계 등은 아래와 같다. (가) 청구법인의 장부에는 2016년 6월말 현재 000원 상당의 자본잉여금이 있었고, 쟁점유상감자 후 000원 상당의 자본조정을 계상하였으며, 쟁점자회사자산의 양도대금과 쟁점유상감자 대금을 상계한 후 쟁점자회사주식의 시가와 장부가액 간의 차액을 처분손실로 계상하였다[해당 시가와 쟁점금액 간의 관계 및 이 건 과세처분과 관련한 세무조정 내역은 제시되지 아니하였다]. (나) 청구법인의 주주인 000은 쟁점유상감자와 관련하여 000원 상당의 의제배당에 대한 종합소득세 신고를 하였다. (다) 청구법인이 2016.8.3. 쟁점자회사자산의 양도와 관련하여 세무법인으로부터 받았다는 세무자문을 보면, 청구법인이 쟁점자회사자산의 양도와 더불어 쟁점유상감자를 병행할 예정으로 쟁점감자대가를 해당 양도대금으로 충당할 계획이고, 이 건의 거래 등 2개 거래방법의 절차, 각 단계별 세무상 고려사항이 기재되어 있으며, 쟁점유상감자로 보이는 절차에서 ‘모회사에게 지급하여야 할 쟁점유상감자 대금을 모회사로 회수하여야 할 쟁점자회사자산 양도대금과 일치하되 그 감자주식수를 1주당 000원을 기준으로 상정하는 것’으로 기재되어 있고, 조사청은 이러한 기재내용을 근거로 청구법인이 모회사에게 쟁점자회사자산을 아무런 부담없이 이전하기 위하여 쟁점유상감자를 개입시킨 것이므로 쟁점유상증자와 쟁점자회사자산의 양도를 하나의 거래로 보아 부당행위계산 부인규정을 적용하여야 하는 것으로 보았다. (라) 2016.7.29. 청구법인과 모회사 간에 체결된 쟁점자회사자산의 매매계약서를 보면 이들이 쟁점유상감자가 종결되는 날(2016.8.29.) 쟁점자회사자산의 양도대금과 쟁점감자대가를 상계하기로 한 것으로 나타난다. (마) 청구법인의 201.7.25.자 이사회 및 2016.7.26.자 임시주주총회 개최내역을 보면, 청구법인은 2016.7.25. 이사회를 개최하여 1주당 000원에 쟁점유상감자를 하고, 모회사에게 쟁점자회사자산을 양도하기로 의결하였고, 다음날인 2016.7.26. 임시주주총회를 개최하여 2016.7.25. ~ 2016.8.2. 기간 중 쟁점유상감자를 하는 것으로 의결하였다.

(3) 청구법인은 모회사가 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 상 투자목적회사로 같은 법률상 투자자에 대한 의무를 부담한다고 주장하면서 2018.11.9. 모회사가 발행한 사원명부를 제출하였고, 이를 보면 사모투자전문회사가 모회사 출좌지분의 전부를 소유하고 있는 것으로 나타난다.

(4) 청구법인과 처분청은 2020.11.3., 2020.12.1. 각 개최된 심판관회의에 출석하여 청구이유 및 이에 대한 답변과 같은 취지로 진술하였고, 청구법인은 추가로 모회사가 당초 청구법인을 완전 지배하여 자회사인 000도 지배하고자 종전 지배주주인 000이 보유한 청구법인의 발행주식 전부를 매입하고자 하였으나 000이 그러지 않았고 이후 모회사가 청구법인을 통한 자회사의 부지 매입 등의 투자를 하고자 하여도 000이 동의하지 않으면 불균등증자의 문제가 상존하여서 이를 해소하기 위해 쟁점자회사주식의 전부를 매입하되 쟁점감자대금을 그 재원으로 하였다는 취지의 진술을 하였다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 2016.8.3. 받은 세무자문을 근거로 모회사인 000에게 쟁점자회사자산을 아무런 부담없이 이전하기 위하여 쟁점유상감자를 계획하는 등 경제적 합리성 없이 오직 조세회피 목적으로 ‘모회사에게 미지급한 쟁점감자대금을 과다하게 평가하여 모회사에게 받을 쟁점자회사자산의 양도대금과 상계’하였다는 의견이나, 국세기본법 제14조 제3항 에서 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용하도록 규정하고 있고, 이에 따라 당사자가 거친 여러 단계의 거래 등 법적 형식이나 법률관계를 재구성하여 직접적인 하나의 거래로 보고 세법을 적용하려면 납세자가 선택한 거래의 법적 형식이나 과정이 처음부터 조세회피의 목적을 이루기 위한 수단에 불과하여 그 여러 단계의 거래들이 하나의 거래를 한 것과 동일하게 평가될 수 있어야 하며, 통상 기업이 대규모 거래를 할 때 세금 부담을 포함한 법률관계의 검토를 할 수 있고 그러한 검토를 거쳐 선택한 거래 또는 행위가 명백한 조세회피임이 입증되지 아니하는 한 이를 경제적 합리성 없는 조세회피 목적의 거래로 간주하기는 어렵다 할 것인 바, 청구법인이 제시한 쟁점유상감자 및 쟁점자회사자산 양도의 이유 또는 배경(청구법인으로서는 자본과다에 따른 주식가치의 저평가를 해소할 목적으로 쟁점유상감자를 하되 쟁점자회사자산의 양도대금을 그 재원으로 하였고 모회사로서는 청구법인의 다른 주주인 000의 영향 없이 청구법인의 자회사를 직접 지배할 목적으로 쟁점자회사주식을 전부 매입하되 쟁점감자대금을 그 재원으로 하였다는 것)을 제시한 데 반하여 처분청은 이에 대한 구체적인 반박을 제시하지 못한 점(처분청은 청구주장을 입증할 객관적인 증빙자료가 제시되지 아니하였다는 의견이나 그 입증이 필요한 부분을 특정하지 아니하였다), 설령 모회사가 쟁점자회사자산을 취득하는 과정만을 보면 그 양수대금을 청구법인으로부터 받을 쟁점감자대금과 상계하여서 그 취득에 실질적인 부담이 없었던 것으로 보인다 하더라도 그 감자대상인 청구법인의 주식은 모회사가 1주당 평균 000원으로 유상취득한 것임을 감안하면 쟁점자회사자산을 대가없이 취득한 것으로 보기 어려운 점, 처분청이 쟁점유상감자 및 쟁점자회사자산 양도의 거래당사자인 청구법인과 모회사가 어떠한 조세부담을 회피하였는지 여부에 대하여 구체적으로 제시하지 아니한 점 등에 비추어 볼 때, 쟁점유상감자 및 쟁점자회사자산의 양도는 각 경제적 합리성을 가진 별개의 거래로 봄이 타당하다 하겠다. 따라서 처분청이 쟁점유상감자와 쟁점자회사자산의 양도를 하나의 거래로 보아 부당행위계산 부인규정을 적용하여 청구법인에게 법인세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.