조세심판원 심판청구 양도소득세

법원의 화해조서 상에 기재된 쟁점대물변제액 등을 쟁점토지의 면적을 기준으로 안분한 쟁점금액으로 산정하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부 등

사건번호 조심-2019-전-4358 선고일 2021.09.13

화해조서 상에 기재된 쟁점대물변제액을 쟁점토지 등의 실지거래가액이라고 단정하기는 어려운 점 등에 비추어 처분청이 이 건 환산취득가액을 배제하고 쟁점대물변제액 등을 쟁점토지 등에 대한 실제취득가액으로 보아 청구인에게 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨

[주 문] OOO 세무서장이 2019.9.10. 청구인에게 한 2019년 귀속 양도소득세 합계 OOO원(2019.4.9. 예정신고분 OOO원, 2019.4.12. 예정신고분 OOO원, 2019.4.29. 예정신고분 OOO원)의 부과처분은 OOO 등 6필지 합계 2,191㎡에 대한 취득가액은소득세법제97조 제1항 제1호 나목에 따른 환산취득가액을, 산출세액은 양도 물건별 소득금액에 누진세율을 각각 적용하여 그 과세표준과 세액을 경정한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 2004.8.17. 대물변제 약정(매매)을 원인으로 취득한 OOO 등 6필지 합계 2,191㎡(이하 “쟁점토지”라 한다) 및 같은 동 OOO 외 8필지 합계 5,219㎡(쟁점외토지), 총 15필지 합계 7,400㎡(쟁점토지와 쟁점외토지를 합하여, 이하 “양도토지”라 한다)를 2019.2.28.과 2019.3.31. (주)AAA 및 OOO 등에게 총 OOO원에 각각 양도한 후, 4회로 나누어 양도소득세 예정신고를 하면서 쟁점토지의 취득가액이 불분명하다고 보아 환산취득가액(합계 OOO원)을 적용하였다.
  • 나. 처분청은 2019.8.8.∼2019.8.27. 기간 동안 청구인에 대한 양도소득세조사를 실시한 결과, 쟁점토지는 청구인이 법원의 화해조서에 따라 전소유자인 AAA(청구인의 남동생)로부터 대물변제 약정을 원인으로 하여 취득한 OOO 외 16필지(각 지분 2/10) 합계 13,823.4㎡(이하 “쟁점토지 등”이라 한다) 중 일부로서, 동 조서 상에 기재된 청구인의 AAA에 대한 대물변제액 OOO원(이하 “쟁점대물변제액”이라 한다)과 AAA의 2004.9. 30. 양도소득세 예정신고서 상에 기재된 양도가액(OOO원)이 서로 일치하는 것으로 확인한 후, 청구인이 신고한 쟁점토지의 환산취득가액을 부인하고 실지거래가액인 쟁점대물변제액과 소득세법 시행령제163조 제10항 제1호의 특수관계인 간 저가양수에 따른 증여이익의 합계액(이하 “쟁점대물변제액 등”이라 한다)을 쟁점토지의 면적을 기준으로 안분한 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 취득가액으로 산정하였고, 4회로 나누어 양도소득세 예정신고를 하면서소득세법제107조 제2항에 따라 이미 신고한 양도소 득금액을 합산하지 아니한 것 등 으로 보아 2019.9.10. 청구인에게 2019년 귀속 양도소득세 합계 OOO 원을 각각 경정․고지하였다.
  • 다. 청구인은 이에 불복하여 2019.11.11. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장 (1) 청구인은 AAA로부터 쟁점토지 등의 소유권을 대물변제 약정을 원인으로 이전받기는 하였으나,소득세법제114조의 실제취득가액을 확인할 수 없는 경우에 해당하므로 양도토지 중 쟁점토지의 취득가액을 산정함에 있어 쟁점금액이 아니라 환산취득가액을 적용하여야 한다. (가) 청구인은 1989년경 부친의 사망으로 어머니, 동생 2명(AAA, BBB)과 함께 쟁점토지 등 외 다수의 토지를 상속으로 취득한 후, 과수원을 주도적으로 경작할 사람이 없다보니 잘 다니고 있던 직장을 그만두고 영농에 직접 종사할 수밖에 없었다. (나) 한편 AAA는 1996년경부터 음식점 및 단란주점을 영위하면서 쟁점토지 등에 대한 상속지분을 담보로 사채업자, 상호신용금고 및 금융기관 등으로부터 많은 금액을 차입할 뿐 아니라 타인의 채무에 대한 연대보증을 한 후 약정대로 상환을 할 수 없게 되자, 채권자들은 어머니, 청구인 및 동생 등에게 그 채무를 대신 변제할 것을 종용하였고 심지어는 쟁점토지 등에 대한 상속지분의 압류 및 재산권 행사를 못하게 하겠다는 등 온갖 협박과 회유를 하였다. (다) 청구인은 어쩔 수 없이 1999년경 자신이 가용할 수 있는 재산 및 주변의 지인들에게 차용한 금전 등으로 수십 건에 달하는 쟁점대물변제액 상당의 채무를 대신 변제하고 AAA로부터 더 이상의 채무를 발생시키지 않겠다는 확인서 및 각서를 받았으나 이후에도 AAA는 쟁점토지 등의 상속지분을 담보로 개인사채업자로부터 수 십여 차례 자금을 추가로 차입하였고 이 사실을 알게 된 청구인은 상속재산을 지켜야 한다는 일념으로 1999년 12월경부터 2004년 7월경까지 약 5년여 기간 동안 쟁점대물변제액보다 훨씬 많은 금액의 사채 등을 변제하면서 AAA의 확인서 및 각서를 터잡아 OOO지방법원 OOO지원에 제소전 화해신청을 하였으며, 2004.7.13. 동 법원의 화해결정에 따라 쟁점토지 등에 대한 AAA의 지분을 이전받게 되었다. (라) 청구인은 대물변제에 따른 AAA의 양도소득세 뿐 아니라 특수관계인 간 저가양수도(공시지가 OOO원, 대가 OOO원)에 따른 이익(약 OOO원)과 관련한 증여세 OOO원까지 부담하게 되었다. (마) 배우자와 자녀를 두고 있던 AAA가 쟁점대물변제액(OOO원)의 대가로 청구인에게 쟁점토지 등(공시지가 OOO원의 23.35 %, BBB감정평가법인 감정평가액 OOO원의 16.81%)에 대한 소유권을 이전해 준다는 것은 사회통념과 부합되지 않는다. (바) 청구인은 1999년 12월말 작성한 AAA의 확인서 및 각서 상기재된 쟁점대물변제액 외에도 위 법원의 화해결정이 있은 날까지 AAA의 사채 빚을 추가로 변제하였으나, 오랜 기간이 경과되다 보니 관련 증빙을 보관하지 못하였고 그 변제금액이 얼마인지를 정확하게 기억할 수도 없는 상태이다. (사) 따라서소득세법제100조 제1항에 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 환산취득가액을 적용할 수 있다고 규정하고 있고 처분청이 청구인의 환산취득가액을 부인할 뿐, 쟁점금액이 쟁점토지 등에 대한 실지거래가액임을 객관적으로 입증하지 못하고 있으므로 청구인에게 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 위법ㆍ부당하다. (2)소득세법제105조 제1항 제1호는 “제94조 제1항 제1호, 제2호 및 제4호에 따른 자산을 양도한 경우에는 그 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 내에 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다”고 규정하고 있는바 과세대상 자산의 양도일이 속하는 달의 말일부터 2월 이내에 예정신고를 하고, 여러 건의 양도가 있을 경우 각각의 건별로 예정신고를 하고 다음 연도에 양도소득세 확정신고 시 예정신고를 합산하여 신고ㆍ납부하면 되는 것으로, 예정신고 시 일부의 오류나 착오 등이 있었다 하더라도 확정신고할 수 있는 권리를 침해해서는 아니되고 같은 법 제107조 제2항을 준용하여 같은 월에 양도한 여러 건을 합산하여 예정신고를 하여야 하는 것으로 해석ㆍ적용할 경우 양도소득세의 과세기간은 1년이 아니라 1월이 되는 모순이 된다. 따라서 처분청이 양도토지에 대한 양도소득세 확정신고기간이 도래되지 아니하였음에도 예정신고 시 이미 신고(경정)한 양도소득금액을 합산하지 아니하였다는 이유로 청구인에게 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 위법ㆍ부당하다.
  • 나. 처분청 의견 (1) 청구인은 2004.8.17. 법원의 화해결정(2004.7.13.)에 따라 대물변제 약정을 원인으로 쟁점토지 등에 대한 AAA의 상속지분(공시지가 OOO원)을 취득하였고, AAA는 2004.9.30. 쟁점토지 등에 대한 실제양도가액을 쟁점대물변제액인 OOO원으로 하여 2004년 귀속 양도소득세 OOO원을 예정신고․납부하였으며, 이후 처분청은 청구인이 AAA로부터 쟁점토지 등을 저가로 양수(시가 OOO원, 대가 OOO원)하여 OOO원의 이익을 얻은 것으로 보아 청구인에게 2004.8.17. 증여분 증여세 OOO원을 추가 결정․고지하였는바, 이는 청구인 및 AAA가 쟁점대물변제액과 증여이익 등을 쟁점토지 등의 실지거래가액으로 인정한 것으로, 처분청이 청구인의 환산취득가액을 부인하고 쟁점대물변제액 등을 쟁점토지의 면적을 기준으로 안분한 쟁점금액을 취득가액으로 산정하여 청구인에게 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 정당하다.

(2) 청구인은 2019.2.28. 및 2019.3.31. 양도토지를 각각 양도한 후, 4회(2019.4.8., 2019.4.9., 2019.4.12., 2019.4.29.)로 나누어 양도소득세 예정신고ㆍ납부를 하였으나,소득세법제105조 제1항은 자산을 양도한 경우 그 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 내에 예정신고를 하여야 한다고, 제107조 제2항은 “해당 과세기간에 누진세율 적용대상 자산에 대한 예정신고를 2회 이상 하는 경우로서 거주자가 이미 신고한 양도소득금액과 합산하여 신고하려는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 제2회 이후 신고하는 예정신고 산출세액으로 한다”고, 제114조 제2항은 “납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 한 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다”고 각각 규정하고 있는바, 처분청이 청구인의 예정신고 시 이미 신고(경정)한 양도소득금액을 합산하여 청구인에게 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점

① 쟁점토지에 대한 취득가액을 산정함에 있어 청구인이 신고한 환산취득가액을 부인하고, 법원의 화해조서 상에 기재된 쟁점대물변제액 등을 쟁점토지의 면적을 기준으로 안분한 쟁점금액으로 산정하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부

② 4회로 나누어 2019년 귀속분 양도소득세 예정신고 시 이미 신고(경정)한 양도소득금액을 합산하여야 하는지 여부

  • 나. 관련 법령 (1) 소득세법 제88조(정의) 이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

5. "실지거래가액"이란 자산의 양도 또는 취득 당시에 양도자와 양수자가 실제로 거래한 가액으로서 해당 자산의 양도 또는 취득과 대가관계에 있는 금전과 그 밖의 재산가액을 말한다. 제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지[공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득 제97조(양도소득의 필요경비 계산)

① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액(지적재조사에 관한 특별법제18조에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한하여 나목의 금액을 적용한다.

  • 가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액
  • 나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.

1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항 제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.

  • 가. 제1항 제1호 가목에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액
  • 나. 제1항 제1호 나목 및 제114조 제7항에 따라 환산취득가액에 의하여 취득 당시의 실지거래가액을 계산하는 경우로서 법률 제4803호 소득세법 개정법률 부칙 제8조에 따라 취득한 것으로 보는 날(이하 이 목에서 "의제취득일"이라 한다) 전에 취득한 자산(상속 또는 증여받은 자산을 포함한다)의 취득가액을 취득 당시의 실지거래가액과 그 가액에 취득일부터 의제취득일의 전날까지의 보유기간의 생산자물가상승률을 곱하여 계산한 금액을 합산한 가액에 의하는 경우에는 그 합산한 가액
  • 다. 제7항 각 호 외의 부분 본문에 의하는 경우에는 해당 실지거래가액

⑤ 취득에 든 실지거래가액의 범위 등 필요경비의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

⑦ 제1항 제1호 가목을 적용할 때 제94조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 자산을 양도한 거주자가 그 자산 취득 당시 대통령령으로 정하는 방법으로 실지거래가액을 확인한 사실이 있는 경우에는 이를 그 거주자의 취득 당시의 실지거래가액으로 본다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 해당 자산에 대한 전 소유자의 양도가액이 제114조에 따라 경정되는 경우 제100조(양도차익의 산정) ① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액·환산취득가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액·환산취득가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다 제105조(양도소득과세표준 예정신고) ① 제94조 제1항 각 호(같은 항 제3호 다목 및 같은 항 제5호는 제외한다)에서 규정하는 자산을 양도한 거주자는 제92조 제2항에 따라 계산한 양도소득과세표준을 다음 각 호의 구분에 따른 기간에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

1. 제94조 제1항 제1호·제2호 및 제4호에 따른 자산을 양도한 경우에는 그 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월. 다만,부동산 거래신고 등에 관한 법률제10조 제1항에 따른 토지거래계약에 관한 허가구역에 있는 토지를 양도할 때 토지거래계약허가를 받기 전에 대금을 청산한 경우에는 그 허가일(토지거래계약허가를 받기 전에 허가구역의 지정이 해제된 경우에는 그 해제일을 말한다)이 속하는 달의 말일부터 2개월로 한다. 제107조(예정신고 산출세액의 계산) ② 해당 과세기간에 누진세율 적용대상 자산에 대한 예정신고를 2회 이상 하는 경우로서 거주자가 이미 신고한 양도소득금액과 합산하여 신고하려는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 제2회 이후 신고하는 예정신고 산출세액으로 한다.

1. 제104조 제1항 제1호에 따른 세율 적용대상 자산의 경우: 다음의 계산식에 따른 금액 제110조(양도소득과세표준 확정신고) ① 해당 과세기간의 양도소득금액이 있는 거주자는 그 양도소득 과세표준을 그 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지[제105조 제1항 제1호 단서에 해당하는 경우에는 토지거래계약에 관한 허가일(토지거래계약허가를 받기 전에 허가구역의 지정이 해제된 경우에는 그 해제일을 말한다)이 속하는 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지] 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

④ 예정신고를 한 자는 제1항에도 불구하고 해당 소득에 대한 확정신고를 하지 아니할 수 있다. 다만, 해당 과세기간에 누진세율 적용대상 자산에 대한 예정신고를 2회 이상 하는 경우 등으로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. 제111조(확정신고납부) ③ 확정신고납부를 하는 경우 제107조에 따른 예정신고 산출세액, 제114조에 따라 결정·경정한 세액 또는 제82조·제118조에 따른 수시부과세액이 있을 때에는 이를 공제하여 납부한다. 제114조(양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지) ② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 한 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

④ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조, 제97조 및 제97조의2에 따른 가액에 따라야 한다.

⑥ 제4항을 적용할 때 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 그 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 경우에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득 과세표준과 세액을 경정한다.

⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액(실지거래가액·매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다. (2) 소득세법 시행령 제79조(양도자산의 필요경비 계산등) ④ 영 제163조 제11항 제2호에서 "기획재정부령으로 정하는 방법"이란부동산 거래신고에 관한 법률제3조 제1항에 따라 신고(주택법제80조의2에 따른 주택 거래신고를 포함한다)한 실제거래가격을 관할 세무서장이 확인하는 방법을 말한다 제163조(양도자산의 필요경비) ① 법 제97조 제1항 제1호 가목에 따 른 취득에 든 실지거래가액은 다음 각 호의 금액을 합한 것으로 한다.

1. 제89조 제1항을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(제89조 제2항 제1호에 따른 현재가치할인차금과부가가치세법제10조 제1항 및 제6항에 따라 납부하였거나 납부할 부가가치세를 포함하되 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다)

⑩ 법 제97조 제1항 제1호 가목은 다음 각 호에 따라 적용한다. 1.상속세 및 증여세법제3조의2 제2항, 제33조부터 제39조까지, 제39조의2, 제39조의3, 제40조, 제41조의2부터 제41조의5까지, 제42조, 제42조의2, 제42조의3, 제45조의3부터 제45조의5까지의 규정에 따라 상속세나 증여세를 과세받은 경우에는 해당 상속재산가액이나 증여재산가액(같은 법 제45조의3부터 제45조의5까지의 규정에 따라 증여세를 과세받은 경우에는 증여의제이익을 말한다) 또는 그 증·감액을 취득가액에 더하거나 뺀다.

⑫ 법 제97조 제1항 제1호 나목에서 "대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액"이란 제176조의2 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 가액을 말한다 제173조(양도소득과세표준 확정신고) ① 법 제110조 제1항에 따라 확정신고를 하는 때에는 기획재정부령으로 정하는 양도소득과세표준확정신고 및 납부계산서에 제2항 각호의 서류를 첨부하여야 한다.

⑤ 법 제110조 제4항 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 당해연도에 누진세율의 적용대상 자산에 대한 예정신고를 2회 이상 한 자가 법 제107조 제2항의 규정에 따라 이미 신고한 양도소득금액과 합산하여 신고하지 아니한 경우 제176조의2(추계결정 및 경정) ① 법 제114조 제7항에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

2. 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률제2조제4호에 따른 감정평가업자(이하 이 조에서 "감정평가업자"라 한다)가 평가한 감정가액 등에 비추어 거짓임이 명백한 경우

(3) 상속세 및 증여세법(2015.12.15. 법률 제13557호로 개정되기 전의 것)

① 다음 각호의 1에 해당하는 자에 대하여는 당해 재산을 양수 또는 양도한 때에 그 대가와 시가와의 차액에 상당하는 금액으로서 대통령령이 정하는 이익에 상당하는 금액을 증여재산가액으로 한다.

1. 타인으로부터 시가보다 낮은 가액으로 재산을 양수하는 경우에는 그 재산의 양수자

2. 타인에게 시가보다 높은 가액으로 재산을 양도하는 경우에는 그 재산의 양도자

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 특수관계에 있는 자외의 자간에 재산을 양수 또는 양도한 경우에는 거래의 관행상 정당한 사유없이 시가보다 현저히 낮은 가액 또는 현저히 높은 가액으로 재산을 양수 또는 양도한 경우에 한하여 그 대가와 시가와의 차액에 상당하는 금액을 증여받은 것으로 추정하여 대통령령이 정하는 이익에 상당하는 금액을 그 이익을 얻은 자의 증여재산가액으로 한다. (4) 상속세 및 증여세법 시행령(2016.1.22. 대통령령 제26922호로 개정되기 전의 것) 제26조(저가 양수 또는 고가 양도에 따른 이익의 계산방법 등) ③ 법 제35조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 이익"이란 제1항 및 제2항에 따라 계산한 대가와 시가와의 차액에서 다음 각 호의 가액 중 적은 금액을 뺀 가액을 말한다.

1. 시가에서 대가를 차감한 가액이 시가의 100분의 30 이상이거나 대가에서 시가를 차감한 가액이 시가의 100분의 30 이상인 경우에는 시가의 100분의 30에 상당하는 가액

2. 3억원

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 국세청 전산자료에 의하면, 청구인은 2005년부터 2018년까지 CCC 주식회사의 대표이사로 재직하면서 연간 OOO원 이상을 지급받은 것으로 나타나고, 쟁점토지 등은 동 재직기간을 자경기간에서 제외할 경우 비사업용 토지로서 세율중과대상에 해당되는 것에 대하여 청구인과 처분청 간에 다툼이 없는 것으로 확인된다. (나) AAA는 1999.11.30. 및 1999.12.30. “청구인이 1999년 7월초부터 11월말까지 10여 차례에 걸쳐 자신의 채무(쟁점대물변제액 상당액)를 채권자들에게 대위변제한 사실이 있다”는 취지의 확인서와 “ 대위변제의 대가로 쟁점토지 등에 대한 소유권을 청구인에게 이전하겠다”는 취지의 각서를 각각 작성하여 청구인에게 교부하였고, 처분청은 쟁점대물변제액과 관련 증빙(차용증 등)에 대하여는 이견이 없는 것으로 확인된다. (다) 청구인은 위 대위변제와 관련하여 AAA를 상대로 OOO지원에 제소전 화해신청 (OOO지방법원OOO) 을 하여 동 법원이 2004.7.13. 화해조서를 작성하였으며, 주요내용은 다음과 같다. (라) 처분청의 청구인에 대한 양도소득세 조사종결보고서에 의하면, 청구인은 2004.8.17. 대물변제 약정을 원인으로 하여 쟁점토지 등에 대한 소유권이전등기를 하였고, AAA는 2004.9.26. 쟁점토지 등의 양도가액을 쟁점대물변제액(OOO원)으로 하여 2004년 귀속 양도소득세 OOO원을 예정신고·납부하였으며, 처분청은 청구인이 특수관계인인 AAA로부터 쟁점토지 등을 저가에 양수(시가 OOO원, 대가 OOO원)하여 증여이익(OOO원)을 얻은 것으로 보아 2005.1.3. 청구인에게 2004.8.17. 증여분 증여세 OOO원을 결정·고지(이의신청 등 불복 제기 없이 완납)한 것으로 기재되어 있다. (마) 청구인은 2019.2.28. 및 2019.3.31. (주)AAA 및 OOO에 양도토지(쟁점토지 포함)를 양도하였고, 4회로 나누어 양도소득세 예정신고를 하면서 아래 <표1>과 같이 양도 및 취득가액을 계산하였다. (바) 처분청은 쟁점 토지 등에 대한 실제취득가액(쟁점대물변제액 등) 및 쟁점토지의 실제취득가액(면적을 기준으로 안분)을 아래 <표2> ㆍ<표3>과 같이 각각 산정하였다.

(2) 청구인은 다음과 같은 이유 등으로 쟁점토지 등에 대한 실제취득가액이 불분명하다고 항변한다. (가) 법원의 화해조서는 개인간의 분쟁 소지가 발생한 경우 소송으로 이어지는 것을 방지하기 위하여 소송 전에 쌍방이 서로 화해하였다는 증명서류이다. (나) 청구인은 AAA의 사업상 채무를 오랜 기간 동안에 대신 갚아왔고 그 금액을 계산하기 어려울 정도에 이르러 1999년경 작성된 AAA의 확인서 및 각서를 토대로 하여 2004년경 법원에 제소전 화해신청 및 화해결정을 받아 쟁점토지 등에 대한 AAA의 상속지분을 취득하였으며, 법원의 화해조서는 청구인과 AAA 간의 화해를 확인하고 화해증명을 확인하였을 뿐 화해금액의 적정성, 실제성을 근거로 구속력있게 화해증명을 작성하여 준 것이 아닌바 양 당사자 간의 거래금액을 확인하는 서류가 되지 아니하고 기간적으로도 너무 오래된 것이라서 쟁점토지 등의 실지거래가액을 입증하는 자료라고 단정할 수는 없다. (다) 청구인은 공시지가 비율표 및 아래의 BBB감정평가법인 감정평가서를 추가로 제시하면서 법원의 화해조서 상 쟁점대물변제액(OOO원)은 공시지가 대비 23.35%, 감정평가액(5쪽. 각주 참조) 대비 16.81%에 불과하므로, 동 변제액 등(OOO원 + 증여이익)을 쟁점토지 등의 실지거래가액이라 할 수 없다. (라) 청구인은 1999년 말경부터 법원의 화해조서 작성일(2004.7. 13.)까지의 기간 중에 쟁점대물변제액 외에 AAA의 사채 등을 추가로 대위변제하였고, 증빙으로 2020년 12월경 작성한 AAA의 확인서(청구인에게 과거 OOO원의 대위변제금액과 관련하여 확인서 및 각서를 자필로 작성하여 날인․교부한 사실이 있고 이후에도 추가로 제3자로부터 금전을 차용하는 등 채무를 발생시켜 청구인이 추가로 대위변제한 후 2004년경 위 확인서 및 각서에 터잡은 법원의 화해결정에 따라 쟁점토지 등에 대한 소유권을 이전한 사실이 있다는 내용), 신분증 및 아래와 같이 추가 대위변제 내역 등을 제시하였다.

(3) 처분청은 아래와 같이 국세청의 법령해석(서면-2018-부동산 3169, 2019.3.21.)을 제시하면서 쟁점토지의 취득가액은 환산취득가액이 아니라 쟁점금액(쟁점대물변제액 등을 쟁점토지의 면적을 기준으로 안분한 금액)으로 산정하여야 한다는 의견이다.

(4) 재정경제부(현. 기획재정부) 2000 간추린 개정세법에 의하면, 소득세법제107조의 양도소득세 예정신고 산출세액의 계산방법이 종전에 부동산 등을 2회 이상 양도한 경우 먼저 양도한 자산에서 발생한 양도소득금액을 합산하여 세액을 계산한 후 기납부세액을 공제한다에서, 원칙적으로 건별로 세액을 계산하여 신고한 후 확정신고 시 정산하되, 다만 납세자의 선택에 의하여 합산계산을 허용한다로 개정된 것으로 나타난다.

(5) 2015년 국세공무원교육원이 발간한 양도소득세 실무해설에 의하면, 누진세율 적용대상 자산 2건 이상을 양도한 경우 예정무신고 건별로 각각 예정무신고가산세를, 확정신고 시 소득금액 합산으로 산출세액이 증가된 산출세액에 대해 확정무신고가산세를 각각 부과하는 것으로 기재되어 있다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은소득세법제88조 제5호에 실지거래가액이란 자산의 양도 또는 취득 당시에 양도자와 양수자가 실제로 거래한 가액으로서 해당 자산의 양도 또는 취득과 대가관계에 있는 금전과 그 밖의 재산가액을 말한다고 규정되어 있는바, 쟁점대물변제액 등을 쟁점토지 등의 실제취득가액이라는 의견이나, 제소전 화해신청 및 법원의 화해조서는 대부분 법정 밖에서 당사자 사이에 미리 성립된 합의에 공증력 내지 집행력을 부여하기 위하여 화해의 형식을 빌리는 것으로써, 이 건 화해조서 상에 기재된 쟁점대물변제액을 쟁점토지 등의 실지거래가액이라고 단정하기는 어려운 점(조심 2010서3401, 2011.6.8., 같은 뜻임), 청구인이 AAA의 쟁점대물변제액 상당액을 대위변제하고 그 대가로 쟁점토지 등(공시지가 합계액 1,284,794,340원의 23.35%, BBB감정평가법인의 감정평가액 1,784,651,992원의 16.81%에 각각 불과함)의 소유권이전등기를 한다는 것은 건전한 사회통념 또는 정상적인 상거래 관행에 부합된다고 보기 어려운 점, 청구인이 1999년 12월경 AAA의 채무를 대신 변제하고 더 이상의 채무를 발생시키지 않겠다는 확인서 및 각서를 받은 후에도 그의 사채빚 발생 및 미상환 등을 이유로 성명미상의 채권자들로부터 상속재산의 일부인 쟁점토지 등에 대한 압류 등의 압박이 있자 그를 보존할 목적으로 추가변제(21쪽. AAA의 채무에 대한 추가 대위변제 내역 참조)하고 법원 화해조서에 따라 쟁점토지 등의 소유권이전등기를 할 수밖에 없었고, 그 후에는 변제와 관련한 증빙을 굳이 보관할 이유가 없었고 약 20년여전의 자료를 확보하는 데에 곤란함이 있다는 청구주장에 신빙성이 있어 보이는 점,소득세법제114조 제7항 및 같은 법 시행령 제176조의2 제1항에 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 그 양도 또는 취득가액을 환산취득가액 등에 따라 결(경)정할 수 있다고 규정되어 있는 점 등에 비추어 처분청이 이 건 환산취득가액을 배제하고 쟁점대물변제액 등을 쟁점토지 등에 대한 실제취득가액으로 보아 청구인에게 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 소득세법제105조 제1항에 거주자가 제94조 제1항 제1호․제2호 및 제4호에 따른 자산을 양도한 경우에는 그 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 내에 양도소득과세표준 예정신고를 하여야 한다고, 같은 법 제114조 제2항에 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다고 각각 규정되어 있는바, 양도토지에 대한 양도소득세 예정신고 시 이미 신고(경정)한 양도소득금액을 합산하는 것이 타당하다는 의견이나,소득세법 제107조 제2항은 해당 과세기간에 누진세율 적용대상 자산에 대한 예정신고를 2회 이상 하는 경우로서 거주자가 이미 신고한 양도소득금액과 합산하여 신고하려는 경우에는 합산하여 예정신고 산출세액을 산정한다고 규정하면서 그 예정신고의 회수 등에 대하여 별다른 제한을 두고 있지 아니한바, 양도 건별로 예정신고를 할지 합산하여 예정신고를 할지 여부는 납세자의 선택에 맡겨져 있는 것으로 보이는 점, 재정경제부의 2000 간추린 개정세법 및 처분청의 양도소득세 실무해설에 의하면, 부동산 등을 2회 이상 양도한 경우 예정신고 산출세액 계산방법을 원칙적으로 양도 건별로 세액을 계산하여 신고하고 확정신고시에 정산하되, 다만 납세자의 선택에 의하여 합산계산을 허용한다고, 예정무신고 건별로 각각 예정무신고가산세를 부과한다고 각각 명시되어 있는 점, 법원(서울고등법원 2020.11.27. 선고 2020누43304 판결)은 부동산매매업자가 양도 건별로 예정신고를 하는 방법과 일정한 예정신고기한 동안의 매매차익을 합산하여 예정신고를 하는 방법 중에서 하나를 자유롭게 선택․신고할 수 있는 것으로 보이기는 한다고 판시하고 있는 점, 청구인은 양도 건별 4회로 나누어 양도소득세 예정신고를 한 점 등에 비추어 처분청이 2019년 귀속 양도소득세 예정신고 시 이미 신고(경정)한 양도소득금액을 합산하여 청구인에게 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)