청구법인이 직접 쟁점철도차량을 국가에 귀속시키며 그 대가를 국가로부터 수령하지 않는 이상, 국가에 쟁점철도차량을 무상으로 공급한 것으로 보아 부가가치세 면제대상으로 볼 수 있는 점, 청구법인이 다른 철도시설 처리와 달리 쟁점철도시설만 별도로 공급할 이유가 없어 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점철도차량을 직접 국가에 이전하였다는 청구주장이 타당함.
청구법인이 직접 쟁점철도차량을 국가에 귀속시키며 그 대가를 국가로부터 수령하지 않는 이상, 국가에 쟁점철도차량을 무상으로 공급한 것으로 보아 부가가치세 면제대상으로 볼 수 있는 점, 청구법인이 다른 철도시설 처리와 달리 쟁점철도시설만 별도로 공급할 이유가 없어 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점철도차량을 직접 국가에 이전하였다는 청구주장이 타당함.
[주 문] OOO세무서장이 2019.7.24. 및 2020.1.23. 청구법인에게 한 부가가치세 2014년 제1기분 OOO의 부과처분은 각각 이를 취소한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 OOO과 관련 없이 쟁점철도차량을 포함한 철도시설물 일체를 국가에 귀속시켰으므로 쟁점철도차량은 부가가치세 면제대상이다. (가) 쟁점철도차량이 철도의 건설 및 철도시설 유지관리에 관한 법률(이하 “철도건설법”) 제2조 제6호에서 정의하는 ‘철도시설’에 포함되지는 않으나, 당사자 간에 위·수탁협약을 통하여 누구에게 어떤 방식으로 귀속시킬 것인지 정할 수 있는 것으로 위·수탁 협약서에서 정한 철도시설물과 철도건설법에 따른 ‘철도시설’을 동일하게 보아서는 안 된다. T2 연결철도 위·수탁 협약서상 철도차량구입비를 총사업비에 포함하고 있음에도 같은 협약서 제11조에서 철도차량의 귀속을 달리 정하고 있지 않은 것은 청구법인이 국가에 이관하는 철도시설물에 철도차량을 포함하고 있기 때문이다. 실제로 청구법인은 2019.12.24. 쟁점철도차량을 포함한 OOO 건설사업의 취득자산에 대하여 철도건설법 제17조 에 따라 국가귀속 승인을 국토교통부에 요청한 상태이다. 따라서 쟁점철도차량도 다른 철도시설물과 동일하게 청구법인이 국가에 이관한 것으로 보아야 한다. (나) 이 건 사업의 사업비로 구매한 쟁점철도차량만 다른 철도시설의 처리와 분리하여 따로 처리할 특별한 이유가 없다. 청구법인이 쟁점철도차량을 포함한 철도시설물을 직접 국가로 이관하는 합리적인 거래방식을 두고 쟁점철도차량만 별도로 OOO에 공급하고 OOO이 OOO로 공급하는 복잡한 방법을 선택할 필요가 없다. 청구법인이 OOO에 철도차량을 공급하고 OOO이 국가에 공급한다고 하여도 세금계산서를 상호 발급하였더라면 실제 납부하여야 할 부가가치세는 OOO인 거래인데 굳이 사실과 다른 거래방식을 취할 이유가 전혀 없다. (다) 청구법인이 직접 국가에 인도한 것이 객관적인 사실임에도 불구하고 실질과세 원칙을 들어 ‘거래 자체를 사실과 달리 재구성’ 하는 것은 판례에서도 인정하지 않는다. OOO 위·수탁 협약서 제11조에 따라 국토교통부·청구법인·OOO 소유, 운영 및 유지보수에 관한 협약 서’ 제4조에 따라 쟁점철도차량을 포함한 본 사업시설을 준공과 동시에 국가에 귀속하도록 하였음에도 불구하고 거래 자체를 사실과 달리 재구성하여 부가가치세 과세대상에 해당한다는 처분청 의견은 부당하다.
(2) (예비적 청구) 처분청의 의견대로 청구법인이 쟁점철도차량을 구입하여 OOO에 공급한 것으로 본다고 하더라도 이는 위탁거래에 해당하고, 수탁자인 청구법인은 쟁점철도차량의 공급에 대하여 세금계산서 발급의무가 없다. 또한 준정부기관인 청구법인은 쟁점철도차량과 철도시설물 공급에 있어서 위탁수수료를 수취하지 아니하였으므로 이에 대한 세금계산서 발급대상이 없다.
(3) (예비적 청구) 처분청의 의견대로 청구법인이 OOO에게 쟁점철도차량을 공급한 것으로 본다 하더라도 그 공급시기는 부가가치세법 제15조 제1항 제1호 에서 규정한 재화가 인도된 시기인 2017년 제2기로 보아야 한다. 처분청은 부가가치세법 시행령 제28조 제3항 제3호 에 따른 대가를 받은 때를 공급시기로 보아 이 건 부가가치세를 과세하였으나, T2 연결철도 위·수탁 협약서에는 대가의 지급시기나 지급금액 등이 기재되어 있지 않아 중간지급조건부로도 볼 수 없으므로 쟁점철도차량의 공급시기는 그 인수인계일인 2017.11.17.로 보아 재처분하여야 한다.
(1) (주위적 청구) 쟁점철도차량의 공급은 철도시설물 건설용역과는 별개의 재화의 공급에 해당되며, 부가가치세가 과세되는 거래에 해당한다. (가) 부가가치세 과세대상은 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급이며, 재화 또는 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것이고 청구법인은 OOO과의 위․수탁계약에 기인하여 OOO으로부터 사업비를 수령하고, T2 연결철도 건설 및 철도차량을 공급하였는바, 쟁점철도차량의 최종 귀속이 국가라 할지라도 동 거래의 직접적인 계약당사자인 OOO을 거래의 상대방으로 봄이 타당하다. (나) T2 연결철도 위·수탁 협약서상 청구법인이 동 시설물을 국가로 귀속시키는 절차를 이행하도록 되어 있으나, 이는 업무의 효율성 등 사유로 철도시설 관련업무 전문기관인 청구법인이 이관절차를 대행한 것으로 보아야 하며, 실질적으로 관련 비용을 부담한 OOO이 해당 철도시설물을 청구법인으로부터 공급받아 국가로 기부채납한 주체로 보아야 한다. (다) 청구법인은 쟁점철도차량 구입 대가로 OOO으로부터 총 OOO을 수령하고, 공급자인 OOO에 물품구매대금으로 총 OOO을 지출함으로써 상당액의 매매차익이 발생하여 수익자에게 단순히 실비만을 청구한 것이 아니라 사실상 청구법인의 수익활동의 일환으로 봄이 타당하다. 처분청이 쟁점철도차량만을 별도로 다른 철도시설과 분리하여 청구법인이 OOO에게, OOO이 OOO에 공급한 것으로 본다고 주장하나, 처분청은 연결철도 시설물 중 쟁점철도차량만이 별개의 공급 흐름을 띤다고 본 것이 아니라, 쟁점철도차량은 다른 철도시설과는 달리 부가가치세 과세대상에 해당된다고 본 것이다. (라)조세특례제한법제106조 제1항 7호에서는 부가가치세가 면제되는 철도시설로 철도산업발전기본법제3조 제2호에 따른 철도시설을 규정하고 있으며, 철도산업발전기본법제3조 제2호를 살펴보면, 각목에 열거되어 있는 철도시설에 철도차량은 해당되지 아니한다. 국세청 해석사례OOO를 보면, OOO이 철도차량의 구매대행 업무를 수행하는 경우 해당 철도차량의 공급자 및 OOO은 부가가치세법제10조 제7항 또는 같은 법 시행령 제69조 제2항에 따라 세금계산서를 발급하는 것으로 해석하고 있다. 또 따른 국세청 해석사례 등OOO을 살펴보면, 철도차량의 공급은 철도시설을 건설하는 용역의 공급이 아닌 재화의 공급에 해당하며, 철도건설용역이 아닌 철도차량을 공급하는 경우는 부가가치세가 과세되는 것으로 해석하고 있음을 알 수 있다.
(2) (예비적 청구) 청구법인과 OOO간의 쟁점철도차량 거래가 위탁매매에 해당한다고 하더라도 해당 거래형태상 청구법인은 OOO에 세금계산서를 발행하여야 하므로 위탁매매여서 세금계산서 발급의무가 없다는 청구법인의 주장은 타당하지 않다. (가) 청구법인과 OOO과의 거래가 “위탁매매”에 해당한다면, 위탁매입의 경우 원칙적으로 공급자가 위탁자 또는 본인을 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급하여야 하나, 청구법인은 철도차량을 제작하여 납품한 OOO과 위탁매입의 형태로 계약을 체결하지 않았을 뿐만 아니라, 관련 매입세금계산서도 OOO이 아닌 청구법인이 직접 수취하였다. 위탁매입의 경우 해당 거래 또는 재화의 특성상 또는 보관․관리상 위탁자 또는 본인을 알 수 없는 경우에는 거래상대방은 수탁자(대리인)에게, 수탁자(대리인)는 위탁자(본인)에게 재화를 공급한 것으로 보아 세금계산서를 각각 발급하여야 하다. (나) 2019.2.12. 대통령령 제29535호로 일부 개정된 부가가치세법 시행령제75조 제9호에는 거래의 실질이 위탁매매 또는 대리인에 의한 매매에 해당함에도 불구하고 거래 당사자 간 계약에 따라 위탁매매 또는 대리인에 의한 매매가 아닌 거래로 하여 세금계산서를 발급받은 경우로서 그 거래사실이 확인되고 거래당사자가 법 제48조 및 제49조에 따라 납세지 관할 세무서장에게 해당 납부세액을 신고하여 납부한 경우 매입세액공제가 가능한 것으로 규정하고 있는바, 실질이 위탁매매임에도 위탁매매가 아닌 거래로 하여 세금계산서를 각각 발급하는 경우를 인정하고 있다. 따라서 청구법인이 주장하는 바와 같이 OOO과의 거래가 “위탁매매”에 해당한다면 원칙적으로 청구법인은 수탁자로서 OOO과 계약시 위탁매매의 형태로 계약을 체결하고 OOO이 위탁자인 OOO에게 세금계산서를 발급하도록 해야 하나, 청구법인은 OOO과 위탁매매에 의한 매매가 아닌 거래로 계약을 체결하고 OOO으로부터 직접 세금계산서를 수취하였으므로,부가가치세법제10조 제제7항 단서 조항 등에 따라 수탁자인 청구법인이 위탁자인 OOO에게 다시 세금계산서를 발급하였어야 함에도 세금계산서를 발급하지 아니하였다.
(3) (예비적 청구) 청구법인은 T2 연결철도 위·수탁 협약서상 대가의 지급시기나 지급금액 등이 기재되어 있지 아니하여 중간지급조건부로 볼 수 없으므로 철도차량 인수인계일인 2017.11.17.을 재화의 공급시기로 재처분하는 것이 타당하다고 주장하나, 2012년 2월에 최초 작성된 위․수탁 협약서상 붙임문서를 보면 연차별 투자계획에 따라 3차례에 걸쳐 차량구입비가 집행되도록 계획되어 있고, 실제로 2014년, 2015년, 2017년 3차례에 걸쳐 차량구입비가 지급되었으며, 이 지급금액 중에서 차량공급자인 OOO에 10차례에 걸쳐 대금을 지급하고 중간지급조건부 거래로 세금계산서를 수취한바, 청구법인과 OOO과의 대금지급관계 또한 동일한 거래형태이므로 달리 재화의 인도일을 공급시기로 볼 이유가 없다.
① (주위적 청구) 청구법인이 쟁점철도차량을 OOO에 공급한 것인지(처분청), 아니면 국가에 직접 이관한 것으로 보아야 하는지(청구법인) 여부
② (예비적 청구) OOO가 쟁점철도차량을 국가에 이관하였다고 보더라도 청구법인은 위탁거래의 수탁자로 세금계산서 발급의무가 없다는 청구주장의 당부
③ (예비적 청구) OOO이 쟁점철도차량을 국가에 이관하였다고 보더라도 공급시기는 재화가 인도된 2017년 제2기로 보아야 한다는 청구주장의 당부
(1) 조세특례제한법 제106조(부가가치세의 면제 등) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호부터 제3호까지, 제4호의5 및 제9호는 2018년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하고, 제4호의2, 제5호, 제9호의2, 제9호의3, 제11호 및 제12호는 2017년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하며, 제8호 및 제8호의2는 2014년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 것에만 적용한다.
7. OOO에 따른 OOO이 철도산업발전기본법 제3조 제2호 에 따른 철도시설(이하 이 호에서 “철도시설”이라 한다)을 국가에 귀속시키고 같은 법 제26조에 따라 철도시설관리권을 설정받는 방식으로 국가에 공급하는 철도시설 (2) 부가가치세법 제7조(재화의 공급) ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다.
② 제1항에 따른 재화의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제26조(재화 또는 용역의 공급에 대한 면세) ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.
20. 국가, 지방자치단체, 지방자치단체조합 또는 대통령령으로 정하는 공익단체에 무상(無償)으로 공급하는 재화 또는 용역
(3) 철도산업발전기본법 제3조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각 호와 같다.
1. “철도”라 함은 여객 또는 화물을 운송하는 데 필요한 철도시설과 철도차량 및 이와 관련된 운영ㆍ지원체계가 유기적으로 구성된 운송체계를 말한다.
2. “철도시설”이라 함은 다음 각목의 1에 해당하는 시설(부지를 포함한다)을 말한다.
(4) 한국철도시설공단법 제7조(사업) 공단은 다음 각 호의 사업을 한다.
2. 외국철도 건설과 남북 연결 철도망 및 동북아 철도망의 건설
3. 철도시설에 관한 기술의 개발·관리 및 지원
4. 철도시설 건설에 따른 철도의 역세권 및 철도 부근 지역의 개발·운영
5. 건널목 입체화 등 철도 횡단시설사업
6. 철도의 안전관리 및 재해 대책의 집행
7. 정부, 지방자치단체, 공공기관의 운영에 관한 법률에 따른 공공기관(이하 "공공기관"이라 한다) 또는 타인이 위탁한 사업
8. 제1호부터 제7호까지의 사업에 딸린 사업
9. 제1호부터 제8호까지의 사업을 위한 부동산의 취득 및 관리 제17조(자금의 조달 등) ① 공단은 그 운영과 사업에 필요한 자금을 다음 각 호의 재원(財源)으로 조달한다.
1. 정부 또는 정부 외의 자의 출연금 또는 보조금
2. 철도시설채권의 발행으로 조성한 자금
3. 차입금(외국으로부터 차입한 자금 및 도입한 물자를 포함한다)
5. 제7조의 사업으로 생긴 수익금
② 제1항 제1호에 따른 정부 출연금의 지급·관리 및 사용에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제33조(잉여금의 처분) 공단은 매 사업연도의 결산 결과 잉여금이 생긴 경우에는 다음 각 호의 순서에 따라 처분하여야 한다.
1. 이월결손금(移越缺損金)의 보전(補塡)
2. 이월결손금 보전 후 남는 잉여금의 100분의 90을 시설준비금에 적립
(1) 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면, 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 OOO과의 협약에 따른 연차별 투자계획에 따라 OOO으로부터 총사업비와 사업관리비를 수령하였으며, 이 중 사업관리비는 OOO에 사업관리용역을 제공한 것으로 보아 수령시점마다 세금계산서를 발급하였으나, 쟁점철도차량에 대하여는 OOO에 세금계산서를 발급한 사실이 없다. (나) 청구법인은 쟁점철도차량과 관련하여 OOO으로부터 2014.3.18. OOO을 수취하였다. (다) 청구법인은 쟁점철도차량을 OOO에 제작의뢰하는 계약을 직접 체결하여 OOO에 공급하였는바, 그 계약내용은 아래 <표2>과 같다. (라) 청구법인은 OOO으로부터 아래 <표3>과 같이 세금계산서를 수취하고 공제받지 아니하는 매입세액으로 하여 각 과세기간별 부가가치세 신고를 하였다. (마) 처분청은 청구법인이 쟁점철도차량을 OOO으로부터 공급받고 OOO에 공급하였다고 보아 아래 <표4>와 같이 이 건 부가가치세를 과세하거나 환급하였다.
(2) T2 연결철도 건설사업과 관련하여, 각 이해당사자들 OOO 공문(2011.10.20.) (나) T2 연결철도 건설사업 위·수탁협약서(2012년 2월) (다) T2연결철도 건설사업 실시계획 승인서(2013.7.19.) (라) T2연결철도 소유, 운영 및 유지보수에 관한 협약서(2018.1.12.) (마) 공항철도 연계시설 확충사업 외 1개 사업 국가귀속 승인요청(2019.12.24.)
(3) 청구법인의 직원 OOO은 2021.2.18. 개최된 조세심판관회의에서 “쟁점철도차량의 실제구입비용과 ‘T2 연결철도 건설사업 위·수탁협약서’ 등에서 책정된 쟁점철도차량 사업비의 차액에 대하여는 OOO에 반납할 것이다. 다만 현재 간접비와 관련하여 소송중에 있어 아직까지 정산되지 아니하였다.”는 취지로 진술하였다.
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 실질적으로 OOO으로부터 쟁점철도차량을 매입하였다가 OOO에 공급하였다는 의견이나,부가가치세법 제26조 제1항 제20호에는 국가, 지방자치단체, 지방자치단체조합 또는 대통령령으로 정하는 공익단체에 무상으로 공급하는 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다고 규정하고 있는바, ‘ T2 연결철도 건설사업 위·수탁협약서’에는 철도시설 사업을 ‘철도건설 및 횡단시설관련 수탁업무관리지침’에 따라 청구법인이 시행하되 쟁점철도차량을 구입비용 등을 포함하여 사업비를 OOO이 부담하는 것으로 나타나고, ‘T2 연결철도 소유, 운영 및 유지보수에 관한 협약서’ 제4조에는 ‘본 사업시설은 준공과 동시에 국가에 귀속된다’고 규정하고 있으며, 청구법인이 국토교통부장관에게 보낸 ‘공항철도 연계시설 확충사업외 1개 사업 국가귀속 승인요청’ 문서OOO에는 쟁점철도차량을 포함하여 철도시설에 대하여 국가귀속 승인을 요청한 것으로 나타나므로 청구법인이 직접 쟁점철도차량을 국가에 귀속시킨 것으로 볼 수 있고, 쟁점철도차량의 대가를 국가로부터 수령하지 아니한 이상, 국가에 무상으로 공급한 것으로 볼 수 있어 부가가치세 면제대상으로 볼 수 있는 점, 처분청은 청구법인이 쟁점철도차량을 구입하는 과정에서 상당한 차익을 얻었다는 의견이나, 청구법인은 ‘T2 연결철도 건설사업 위·수탁협약서’ 등에 따라 쟁점철도차량과 관련한 사업비와 구입비의 차액을 정산하여 OOO에 반환할 것으로 보이고, 청구법인은 일반 영리법인과 달리 철도시설 관련 업무를 체계적이고 효율적으로 추진하기 위하여 관련 법률에 따라 국가에 의하여 설립된 법인으로 잉여금이 발생한 경우에 국고에 납입하여야 하는 점, 청구법인이 다른 철도시설의 처리와 달리 쟁점철도시설만 별도로 OOO에 공급할 이유가 없어 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점철도차량을 직접 국가에 이전하였다는 청구주장이 타당하다고 판단되므로 처분청에서 쟁점철도차량을 청구법인이 OOO에 공급하였다고 보아 과세한 이 건 부가가치세 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. 쟁점②와 쟁점③은 쟁점①이 인용되어 별도로 심리할 실익이 없으므로 이를 생략한다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.