조세심판원 심판청구 양도소득세

쟁점토지를 8년 재촌·자경하였으므로 양도소득세 감면 신청을 배제하고 비사업용토지로 과세한 것이 부당하다는 청구주장의 당부

사건번호 조심-2019-전-2592 선고일 2020.06.25

처분청이 인정한 재촌기간 등을 감안하면 청구인이 쟁점토지를 8년 이상 재촌·자경한 것으로 보이는 점등에서 쟁점토지의 양도는 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면 대상에 해당된다 할 것이므로, 따라서 처분청의 이 건 양도소득세 부과처분은 잘못이 있다고 판단됨

주 문

OOO세무서장이 2018.12.6. 청구인에게 한 2017년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 1996.12.15. 취득한 OOO 273-5 43㎡, 273-6 56㎡, 273-2 2,702㎡, 168-10 505㎡(총 3,306㎡로 이하 “쟁점토지”라 한다)를 2017.11.30. 청구인의 장남 김OOO이 대표자로 있는 주식회사 OOO(이하 “매수자”라 한다)에 매매대금 OOO원에 양도한 후, 2018.1.25. 양도소득세 예정신고시조세특례제한 법(이하 “조특법”이라 한다) 제69조에 따른 양도소득세 감면(8년 자경농지에 대한 감면세액 OOO원)을 신청하였다.
  • 나. 처분청은 2018.10.12.부터 2018.10.26.까지 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시하여 쟁점토지가 8년 이상 자경농지에 해당하지 아니하고, 비사업용토지에 해당한다고 보아 청구인의 양도소득세 감면신청을 부인한 후, 2018.12.6. 청구인에게 2017년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정‧고지하였다.
  • 다. 청구인은 이에 불복하여 2019.2.21. 이의신청을 거쳐 2019.7.1. 심판청 구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장 처분청은 잘못된 탐문조사 사항과 청구인이 여성이라는 사유로 비재촌ㆍ비자경이라는 성급한 예단에 근거하여 청구인이 쟁점토지 소재 지역으로 위장전입 하였고, 실제로 농사를 짓지 않았다는 것을 전제로 8년 자경 감면 배제 및 비사업용 토지에 대한 중과세율을 적용하여 이 건 양도소득세를 부과하였는바, 아래의 사유로 쟁점토지는 8년 이상 재촌·자경한 양도당시 농지에 해당하는 토지이면서소득세법제104조의3 제1항 제1호에 규정한 비사업용 토지가 아니므로 이 건 양도소득세 부과처분은 취소되어야 한다. 청구인의 주민등록상황과 실제 거주상황이 일치하고, 국민건강보험 공단의 진료비수급 내역, 청구인 두 자녀의 양육과 관련하여 시모(박종금)에 의한 양육 돌봄 지원사실의 입증, 문화방송(MBC) 공중파에 의한 TV 방영사실, 청구인 거주지가 쟁점토지가 소재한 마을과 300여m 떨어져 있는 독립된 가옥이어서 키우게 되었던 개(犬)의 존재사실, 쟁점토지에 소재하던 청구인의 거주주택이 화재로 인해 일부가 소실되었던 사실, 부락민 5명의 인우보증서와 증인 2명의 증언인터뷰 내용, 쟁점토지 소재 주택에 인입된 전기사용내역, 덕산면장이 발급한 농지원부, 청구인의 영농을 위한 농기계ㆍ기구 보유현황, 청구인이 쟁점토지를 장소로 하여 종자업등록을 한 사실, 1996년부터 2011년까지의 배나무와 각종 채소류 식재사실 및 2012년 3월 이후부터 쟁점토지 양도일까지 삼채(일명 뿌리부추)농사를 지은 사실, 청구인이 친환경농산물인증서(무농약농산물인증서)를 발급받은 사실, 청구인이 쟁점농지에서 찍은 각종 증빙사진, 면세유 구입ㆍ직불카드사용ㆍ삼채판매 사실, 덕산농협조합원증명과 밭농업직불보조금등록증, 청구인의 농약구입 증빙, 현재 구산리 이장 이창제의 잘못된 진술내용에 대한 반증 내역, 쟁점토지가 농작업에 필수적으로 필요한 농지의 범위(밭두렁, 삼채가 식재된 토지, 트렉터와 대형트럭 회차소요면적)에 포함되는 사실, 쟁점토지가 친환경농산물 인증에 따른 경제적ㆍ법률적인 사유에 따른 농지인 사실 등에 입증되므로 쟁점토지는 8년 이상 재촌‧자경한 농지로 양도소득세 감면대상일 뿐만 아니라 비사업용토지에도 해당하지 아니한
  • 다. 나. 처분청 의견 청구인의 주민등록초본을 검토한 결과에 의하면, 아래 <표1>과 같이 쟁점토지 보유기간 동안 조특법 시행령 제66조 제1항에 따른 농지소재지 거주요건이 충족되었는지 여부가 불분명한바, 자녀 모두(2명) OOO에서 출생하여 학업을 마치고 2010.9.28. 농지소재지로 전입하였고, 전입 전 거주지는 2009년 양도된 OOO 소재 OOO이며, 1996년에 쟁점토지 소재지 인근으로 전입한 것은 쟁점토지의 취득(1996.12.15.)을 앞두고 농지취득자격증명이 필요하였던 이유이고, 2006년에 쟁점토지 소재지로 재전입한 시기는 농지원부 등록일(2006.9.18.) 직전으로 실거주 목적은 아닌 것으로 추정되는 등, 청구인의 쟁점토지 보유기간 중 재촌기간은 2011년 2월 이후부터 양도시점까지 총 7년 이내로 재촌하지 않은 기간은 최소한 6년 8개월(주민등록상 3년 6개월, 건강보험공단 병의원이용자료 조회결과 2008년∼2011년 2월) 이상인 것으로 확인된다. OOO 쟁점토지는 인터넷 포털사이트 OOO의 항공사진 및 로드뷰 등 조회화면에서 2016년까지 경작된 일부분(양도계약일 전 철거된 하우스 1동의 1/2인 376㎡)을 제외하고는 2015년부터 양도일 (2017.3.31. 계약, 2017.11.30. 잔금)까지 경작된 사실이 없는 것으로 나타나므로 쟁점토지는 양도일 현재 농지에도 해당되지 아니한다. 또한, 현장확인(2018 년 6월)중 마을 주민을 만나 탐문한 결과, 수년 전 배나무 및 삼채를 재배하던 땅을 밀고 하우스를 만들어 삼채농사를 지었고, 7년여 전부터 아들이 삼채농사를 지었다고 진술한 점, 인터 넷 포털사이트 OOO의 항공사진에 의하면 쟁점토지에서 2000년 이전에 삼채가 재배되었을 가능성이 나타나고, 2011년도 토지정리 작업 을 거쳐 하우스(9동) 및 쟁점토지에 삼채가 재배되었던 것으로 보이나, 2015년부터 양도시까지는 삼채가 재배되지 않은 것으로 보이는 점, 2011년 이후에는 자녀 중 김OOO씨가 전문적으로 삼채를 연구하며 재배 및 사업을 영위하였고, 청구인은 이를 도왔을 것으로 보이는 점, 청구인이 제출한 자경증빙 자료는 농지원부(최초등록일 2006.9.18.), 직불금(2015∼2017) 수령내역과 농약 등 농자재 구입내역(2015년 11월∼2018년 6월) 및 인우보증서로 농업경영체등록 조회 결과 2011.8.29.에 등록한 것으로 확인되는 점 등에서 청구인이 쟁점토지에 대한 농지원부 등록 이후 실제로는 2011년 2월부터 7년간 재촌하였으나, 실제 자경하였는지 여부는 확인되지 아니한다. 마지막으로, 청구인이 조특법 제104조의3 및 같은 법 시행령 제168조의6 규정에 따라 쟁점토지 양도일부터 소급하여 3년 이내 2년 이상 또는 5년 이내 3년 이상 또는 보유기간 중 60% 이상 기간 동안 쟁점토지를 자경한 사실이 확인되지 아니하여 비사업용토지에 해당한다고 보이는바, 결국 쟁점토지는 양도 당시 농지가 아닌 비사업용토지로서 8년 이상 재촌·자경한 사실이 입증되지 아니하므로 이 건 양도소득세 부과처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁 점 종자생산업자인 청구인이 양도 당시 농지인 쟁점토지를 8년 재촌·자경하였으므로 양도소득세 감면 신청을 배제하고 비사업용토지로 과세한 것이 부당하다는 청구주장의 당부
  • 나. 관련 법령 등: <별지> 기재
  • 다. 사실관계 및 판단 (1) 등기사항전부증명서에 의하면, 쟁점토지의 취득 및 양도, 분할 및 합병 현황 등은 아래 <표2>와 같은바, 쟁점토지 중 OOO및 OOO은 분할 전 모지번인 OOO에서 2017.11.27. 분할되었고, OOO는 2017.11.27. 모지번인 OOO에서 분할되었다가 쟁점토지 양도일 이후인 2018.1.12. 쟁점토지 중 1필지인 OOO과 합병된 것으로 나타나며, 쟁점토지 토지대장 및 지적도면 등에 의하면 계획관리지역에 위치한 과수원 또는 밭인 것으로 나타난다. OOO (2) 국세통합전산망 조회자료에 의하면, 청구인은 2017.11.30. 쟁점토지를 양도한 후, 2018.1.28. 양도가액을 OOO원으로 하고, 취득가액을 OOO원으로 하여 양도소득 OOO원을 산정한 후, 산출세액 OOO원을 감면세액으로 하여 양도소득세 예정신고를 하였고, 처분청은 동 감면신청을 부인하고 쟁점토지의 양도를 비사업용토지의 양도로 보아 기본세율에 10%를 가산(48%)하여 2017년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정‧고지한 것으로 나 타난다.

(3) 처분청 조사담당자가 2018.10.30. 작성한 이 건 양도소득세 조사종결보고서의 주요 내용은 다음과 같다. (가) 등기원인이 매매인 경우 등기사항전부증명서상 등기원인일은 부동산매매계약일인데, 이 건에 있어 부동산매매계약서상 매매계약일은 2017.3.31.이나 등본상 등기원인일은 잔금청산일인 2017.11.30.로 청구인이 양도소득세 제출한 매매계약서는 취득 당시 작성된 것으로 보기 어렵고, 2018.10.23. 실제 계약일 확인을 위하여 계약금 입금 관련 금융거래내역을 요청하였으나 제출하지 아니하였고, 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우에는 매매계약일 현재를 기준으로 한다고 규정하고 있으나 등기사항전부증명서에 의한 매매계약일로 보이는 2017.11.30. 이전에는 이미 토지개발 및 공장착공 등의 개발행위가 이루어져 양도 당시 농지라고 보기 어렵다. (나) 청구인의 주민등록상 주소지를 보면 쟁점토지를 취득한 1996년부터 8년 이상 쟁점토지 인근에 거주한 것으로 조회되나, 1998년도에 무단전출이력이 있고, 2003년 3월부터 2006년 9월까지 OOO 소재 청구인 명의의 연립 주택에 거주한 이력이 있으며, 2006년 9월부터 2010년 9월까지 4 년 여간 쟁점토지 소재지에 별도세대를 구성하였고, 청구인의 아들 김OOO(1989년생)과 김OOO(1991년생)은 모두 OOO에서 출생하여 2010.9.28. OOO으로 전입할 때까지 OOO에 주소를 두고 고등학교까지 마친 사실이 있으며(김OOO 2008년 2월 OOO 졸업, 김OOO 2010년 2월 OOO 졸업), 청구인의 요양급여조회내역(<표3>)에 의하면 2011년 3월까지 OOO 소재 병원기록이 조회되고, 주민등록상 쟁점토지 소재지 인근에 주소를 두었던 기간인 2006〜2007년에도 OOO 소재 OOO에서 사업소득이 발생한 사실이 있는 등 실제 8년 이상 재촌한 것으로 보기 어렵다. OOO (다) 직불금수령내역에 의하면, 청구인이 2015〜2016년도에 쟁점토지에 대하여 직불금을 수령한 것으로 나타나나, 2017년 직불금 수령내역에는 쟁점토지가 지급대상에서 제외된 것으로 나타나고, ㈜OOO의 거래자별 매출내역서(2015.11.19.〜2018.6.8.)는 양도시점까지 3년간 거래내역으로 8년 이상의 자경사실을 입증할 수 있는 직접적인 증빙으로 보기 어려 우며, 양도소득세 예정신고시 제출한 이OOO 외 4인의 인우보증서 는 사인간에 임의작성 가능한 서류로 자경의 입증 증거로 보기 어렵고, 쟁점토지 경작자에 대한 탐문조사(2018.6.27.)에서 마을 주민 이OOO(OOO)은 쟁점토지를 개발하기 전에 배나무 및 삼 채를 재배하다가 5〜6년 전에 쟁점토지를 밀고 하우스에는 삼채를 심 고, 일부 노지에는 삼채를 재배하였으며, 당초 부모가 하던 삼채 재배 를 7년 전부터 아들이 이어서 하였다고 확인한 바 있다. (라) 청구인은 쟁점토지에 대하여 전체 보유기간 동안 재촌 및 자경하지 않았고, 비사업용토지로 보지 아니하는 부득이한 사유도 없으므로 비사업용토지에 해당한다.

(4) 국세통합전산망 조회자료에 의하면, 청구인은 쟁점토지 중 OOO 및 OOO의 모지번인 OOO을 사업장으로 하여 2012.9.1.부터 2016.8.12.까지는 OOO라는 상호로 전자상거래 도소매업(개인사업자)을, 2017.7.20.부터 현재까지 OOO라는 상호로 작물재배업(농업)을 영위하는 것으로 나타나고, 2006년부터 2007년까지는 OOO에서, 이후 2013년부터 2017년까지는 청구인의 개 인사업장인 OOO와 OOO, OOO 등에서 연 OOO원 미만의 소득이 있었던 것으로 나타난다. (5) 청구인과 매수자간에 2017.3.31. 작성(쌍방합의)한 쟁점토지 매매 계약서에 의하면, 매매대금은 OOO원으로 하고, 계약금‧중도 금 없이 매매대금 전액을 2017.12.30. 지불하기로 하며, 특약사항에서 매수자는 매매대금을 은행 융자금액 전액으로 지불하고, 청구인은 허가에 필요한 토지사용승낙서 및 매수자가 관공서에 제출할 서류를 발급하여 주며, 매수자가 공장부지 신청 중 건축허가가 나지 않을시에는 본 계약을 무효로 한다고 하고 있다.

(6) 쟁점토지 매매계약일 이후 매수자가 쟁점토지에 대한 토지개발, 건축허가 등 절차를 진행한 것과 관련하여 OOO가 2018.10.30. 처분청에 회신한 공문 및 쟁점토지 지상 일반건축물대장 등에 의하면, 매수자는 연면적 325.68㎡의 지상 1층 일반철골구조의 물품가공공장을 건축하기 위해 아래 <표4>와 같이 2017.4.6. 형질변경 신청을 한 이후 2017.7.21. 건축허가를 득하여 2017.8.7. 착공 후 2017.12.4. 준공하여 2018.1.4. 사용승인을 얻은 것으로 나타난다. OOO (7) 처분청은 쟁점토지의 매매계약일(2017.3.31.) 전에 쟁점토지가 삼 채 등 재배를 한 농지가 아니라 잡종지 상태에 있었다는 증빙으로 국토지리정보원 및 인터넷 포털사이트 OOO의 위성사진 등에서 조회되는 연도별 사진과 지적도를 제시하였는바, 쟁점토지 일부 면적에 설 치 된 차광막(376㎡)은 2016년 말에 철거된 것이므로 쟁점토지가 양도 당시 농지로 볼 근거가 없다는 의견이다.

(8) 청구인이 쟁점토지의 양도가 8년 이상 재촌·자경 농지의 양도에 해당하고 비사업용토지에 해당하지 않는다고 하면서 제시하는 세부 주장 및 관련 증빙 등은 다음과 같다. (가) 청구인과 청구인의 배우자 김OOO의 주민등록등(초)본에 의하면, 아래 <표5>와 같이 쟁점토지 소재지에서 각 17.6년, 14.9년 거주한 사실이 나타나는데, 최초 1996.10.21. 쟁점토지 인근인 OOO으로 주민등록 이전을 한 것은 폐쇄등기부등본에 나타나듯이 OOO 및 OOO 소재 토지 및 건축물을 취득하기 위하여 전 소유자인 최OOO에게 양해와 승낙을 받아 하게 된 것이고, 다만 청구인과 청구인의 배우자가 1998.3.23. 무단전출을 사유로 주민등록이 말소된 사유는 과수원과 농작물 영농을 위하여 귀농할 당시 토착민의 텃세에 기인하여 당시 OOO 이장이 면사무소에 ‘무단전출 신고말소’를 신고하였기 때문이고, 이후 청구인과 배우자는 1998.4.15. 실제 거주하고 있던 ‘OOO’를 주소지로 하여 주민등록을 재등록한 후 현재까지 쟁점토지 소재지에 실제로 8년 이상 거주하고 있다(OOO에 주민등록을 둔 3년 6개월 제외). OOO (나) 처분청은 청구인이 1996년 12월부터 2011년 2월까지 및 2015년 1월부터 2017년 11월까지 총 17년 1개월 동안 농지소재지에 재촌하지 않았다고 하나, 아래 <표9>의 청구인의 연도별 국민건강보험공단의 의료비 수급내역에 따르면 실제로 8년 이상 쟁점토지 소재지에서 거주하였던 사실이 나타난다(OOO지역의 경우 자녀들이 거주하고 있어 주말에 올라가 의료급여를 수급한 것이다). OOO (다) 처분청은 청구인의 두 자녀가 OOO에서 출생하여 고등학교까 지 나왔기 때문에 실제로는 OOO지역에 거주하면서 주민등록지를 쟁점토지가 소재한 지역으로 등록한 것으로 추정하고 있지만, 청구인과 배우자가 귀농한 1996년 이후에는 아래 <표10>과 같이 두 자녀의 거주지와 동일한 지역에 거주하던 조모(박OOO)에 의 한 양육 돌봄 지원을 받았기 때문에 청구인과 청구인의 남편이 평일(월요일〜목요일)에는 쟁점토지 소재지의 주택에 실제로 거주하면서 생계유지 목적의 소득원 확보를 위한 농작물(배, 채소, 삼채 등) 경작에 전력을 다하였고, 주말인 토요일과 일요일에는 두 자녀가 살고 있는 OOO에 가서 가사를 돌보았던바, 청구인은 시모로부터 10여년의 기간 동안 두 자녀의 양육 돌봄 지원을 받았기 때문에 그 은혜에 보답하고자 시모가 2014년 사망한 이후 청구인 소유의 쟁점농지 소재지 일부에 시부모님(시부 김OOO은 2018.1.16. 사망) 두 분의 묘소를 두고 매일 조석으로 인사를 드려오고 있다. OOO (라) 또한, OOO 프로그램인 ‘OOO’ 녹화 동영상 자료와 2015.1.8.(목) 당시에 방영된 TV방송 캡쳐화면 등에 따르면, 청구인과 배우자가 거주하는 주택전경과 삼채수확 장면, 내부 주방시설 등이 확인되고 있고, 청구인이 거주한 주택은 마을 중심으로부터 300여 미터 떨어져 있는 독립가옥으로 방범목적으로 개를 길러온 사실도 확인되며, OOO소방서장이 2019.6.27. 발급한 화재증명원에 의하면, 2014.1.19. 청구인이 거주하던 주택 옆 농기구 보관창고에 화재가 발생하여 전소된 사실도 나타나고, 부락민인 이OOO 외 4명이 작성하고 공동 서명‧날인한 인우보증서와 OOO 현 이장인 이OOO와 부락민 함OOO의 인터뷰 녹취록에 청구인이 쟁점토지 취득시부터 양도시까지 ‘OOO’ 소재 주택에 거주하면서 자경한 사실이 나타나며, 청구인과 배우자가 함께 재촌‧자경하면서 사용한 ‘OOO’ 소재 주택의 2007년 6월부터 2018년 10월까지의 연도별 전력사용내역표에 의하면 11년간 지속적으로 월평균사용량이 344kwh(OOO원/월)로 나타나는 등 청구인이 쟁점토지 소재지에서 8년 이상 재촌한 사실은 입증된다. (마) 청구인이 쟁점토지를 양도할 당시인 2017.10.20. OOO이 발급한 청구인 소유 토지의 농지원부에 의하면, 아래 <표11>과 같이 청구인이 2006.9.18.부터 쟁점토지 등에서 삼채를 재배하기 전의 농작물(배, 채소류 등) 재배기간을 포함하여 8년 이상 자경한 사실이 나타나고, 청구인이 현재까지 사용 중에 있는 지하수 관정시설, 비료공중살포기, 트랙터, 예초기, 육상비료살포기, 저온창고 철거 후 벽체 잔해물과 냉풍기 등 농기계ㆍ기구 사진, 농기구 면세유류관리대장(2013〜2014년), 지하수개발이용 준공신고수리 공문(2013.7.2.)과 준공확인증 등을 보더라도 청구인의 자경사실은 입증된다. OOO (바) OOO가 2014.5.13. 발급한 종자업신규등록 수리알림 공문과 OOO이 2014.5.27. 발급한 품종생산ㆍ수입판매신고증명서에 의하면, 청구인이 쟁점토지에서 재배한 삼채의 모종을 시중에 판매한 사실이 나타나고, 삼채모종 구입내역서에 의하면 청구인이 쟁점토지에 삼채를 재배하기 위하여 2012.3.9.과 2012.3.15.에 배대열로부터 OOO원에 상당하는 삼채 모종을 구입한 사실이 나타나는 등 청구인이 쟁점토지에서 삼채농사를 짓기 전의 농작물(배, 채소류 등) 재배기간을 포함하여 8년 이상 재촌·자경한 사실은 입증된다. (사) 청구인은 2013.11.27. OOO으로부터 친환경농산물인증서(무농약농산물인증 기간: 2013.11.27.〜2015.11.26.)를 발급받은 사실이 있는바, 농업인이 이를 발급받기 위해서는친환경농어업 육성 및 유기식품 등의 관리ㆍ지원에 관한 법률제34조와 같은 법 제9조ㆍ제11조ㆍ제41조에 따른 유기식품의 인정기준(경영관리, 재배포장, 용수와 종자, 재배방법, 생산물 품질관리 등)과 인증심사 절차(현장실지조사, 수질검사, 토양분석검사, 인증기간 중 중간 현장실지조사와 검사 등) 및 국립농산물품질관리원장의 인증고시 기준에 적합한 경우만 가능한 점과 해당 인증기간 동안에 농작업에 종사하지 아니한 때에는 위 인증서 발급이 원천적으로 불가능한 사실에 비추어 보더라도 청구인이 삼채농사 짓기 전의 농작물(배, 채소류 등) 재배기간을 포함하여 8년 이상 재촌‧자경 사실은 입증된다. (아) 청구인이 실제로 쟁점토지에서 삼채(2012년〜현재)와 배ㆍ무 등 의 채소(1996년〜2011년)를 재배한 사실은 연도별 현장 사진에도 나타나는데, 해당 재배농지의 면적은 28,695㎡(약 9천평)에 이를 정도로 넓어 인력 영농이 불가능함에 따라 기계영농을 해왔으며, 청구인이 제시한 연도별(2010년〜2017년) 농협계좌 예금거래 입출금 내역서를 보면 청구인의 실제 농기계 관련 면세유 구입내역과 직불카드 사용 및 삼채판매 실적[연료구입(면세유): OOO원, 직불카드: OOO원, 삼채판매 OOO원(쟁점토지 양도대금 OOO원 포함)] 등을 확인할 수 있다. (자) 쟁점토지의 2018년도 항공촬영 사진에 의하면 차광막 (비닐하우스) 시설이 설치된 것으로 나타나는바, 농지의 경우 반 드시 농작물이 식재되어 생육된 경우만 농지로 보는 것이 아니라 농작업을 위한 경작상 필요성에 따라 농지경영에 직접 필요한 농막ㆍ퇴비사ㆍ양수장ㆍ지소ㆍ농도ㆍ수로 등도 농지에 포함되므로(소득세법제88조 제8호, 조세특례제한법 시행규칙제27조 제1항), 쟁점토지는 보유 및 양도일 현재 농지임이 틀림없다. (차) 처분청은 쟁점토지가 2015년부터 양도일 현재까지 농지에 해당되지 않는다고 하지만, 청구인이 양도한 4필지의 쟁점토지 3,306㎡{구산리 273-5(43㎡), 273-6(56㎡), 168-10(505㎡), 273-2(2,702㎡)}는 농작업에 필수적인 밭 두렁 부분의 면적이 953.58㎡이고, 양도일 직전까지 삼채비닐하우스 9동이 존재하였으나, 철거된 1동 부분의 면적은 504.34㎡이며, 2017년 항공사진의 선명한 바퀴자국에 의하더라도 삼채농 작업을 위한 필수적인 농업기자재 상하차를 위한 대형트럭 진출입 농도 및 청구인 소유의 농업용 트렉터가 180도 회전할 수 있도록 회전반 경 확보를 위한 부분의 면적은 1,848.08㎡로 양도일 현재 농지에 해 당된다. 설령, 처분청의 의견처럼 쟁점토지 3,306㎡가 양도일 현재 농지가 아니라고 가정하더라도 쟁점토지는 농작업에 필수적인 용도(밭두렁, 농기자재 상하차와 차량 진출입로 및 트렉터 진출입과 회전반경 확보, 기존 비닐하우스 1동 철거)로 사용하기 위한 정당한 사유로 부득이한 일시적인 휴경상태에 해당되므로 농지에 해당됨에는 변함이 없음에도 불구하고, 쟁점토지가 양도일 현재 농지가 아니라는 처분청의 의견은 법리를 오해한 잘못이다. (카) 또한, 매수자는 쟁점토지에 건축물을 신축(498㎡)하기 위하여 2017.3.31. 쟁점토지에 대한 매매계약 체결과 동시에 청구인의 인감증명서가 첨부된 토지사용승낙서를 교부받아 토지형질변경허가를 2017.5.1.에 얻었는바, 이 경우 조특법 시행령 제66조 제5항 제1호에 의하면 “양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우 매매계약일 현재의 농지 기준”으로 농지 여부를 판단하므로 위에서 살펴본 바와 같이 매매계약일 현재 농지에 해당하는 쟁점토지는 양도일 당시에도 농지에 해당한다. (타) 쟁점토지를 포함, 청구인이 소유한 8필지의 농지 28,695㎡의 경작기간과 경작 경위 등에 대하여 구체적으로 살펴보면, 1996.12.5. 쟁점토지 취득당시부터 2010년까지는 배와 채소 등을 생산·판매하였고, 2011년 상반기에는 청구인 소유 전체농지의 지표면 높낮이가 달라 농작업상 불편함을 제거하기 위한 평탄작업을 위하여 배나무를 모두 제거하고 농경지 정리 작업을 하였으며, 2011년 하반기에는 삼채재배를 위한 사전준비 작업으로 땅고르기, 비료투하, 차광막(비닐하우스) 시공작업, 지하수개발 등을 하였고, 2012년부터 현재까지 삼채종묘를 구입·식재하여 삼채와 삼채종자를 생산ㆍ판매하였으며, 2012.3.15. 최초로 삼채생산과 판매를 시작하였고, 2013.6.20. OOO주식회사로부터 지하수개발이용에 따른 원상복구비 지급보증을 받았으며, 2013.7.2. OOO으로부터 친환경농산물인증서를 발급받았고, 2014.5.13. OOO로부터 종자업등록증(제12-진천-2014-10-01)을 발급받았으며, 2014.5.27. OOO으로부터 품종생산ㆍ수입판매 신고증명서 발급을 받는 등 쟁점토지 소유기간 동안(양도시점까지) 실제로 쟁점토지를 사업용(농업)에 공하였다. (파) 청구인은 쟁점토지 양도 당시소득세법제104조의3 제1항 제1호 가목 단서와 같은 법 시행령 제168조의8 제3항 제1호 및농지법제6조 제2항 제2호에 따른 종자생산업자로서,종자산업법제37조 제1항과 같은 법 시행규칙 제5조 및 별표2에 따르면 종자생산자로서 등록한 종자업자가 소유한 농지는 농지소유자의 재촌ㆍ자경 여부에 무관하게 비사업용 토지에서 제외하도록 규정되어 있을 뿐만 아니라, 청구인이 쟁점토지의 보유기간 중 60% 이상 또는 양도일 직전 5년 중 3년 이상 또는 양도일 직전 3년 중 2년 이상을 재촌ㆍ자경하였으므로 소득세법 시행령제168조의6에 따른 기간계산을 하더라도 비사업용 토지로 보기 어렵다. (하) 처분청은 청구인의 장남 김OOO이 2011년 이후부터 삼채농사를 지었다는 탐문조사 내용(2016.1.1. OOO 이장에 보임된 이OOO가 2018.6.27. “부모가 하시던 삼채재배를 7년 전부터 아들이 이어서 하게 됨”이라고 조사한 내용)에 따라 청구인이 2011년부터 재촌‧자경하지 아니하였다고 판단하였으나, 청구인의 장남 김OOO은 2010.9.14.부터 2012.12.30.까지 호주유학 중에 있었는바, 그 그 진술에 신빙성이 있다고 보기 어렵고, 이OOO도 2019.6.26. 청구인의 대리인과의 면담에서 위 진술을 번복한 사실이 있는바, 그럼에도 이OOO에 대한 탐문조사 내용을 근거로 청구인의 재촌‧자경사실을 부인하고 비사업용토지로 본 것은 부당하다.

(9) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구인이 쟁점토지를 8년 이상 재촌·자경한 사실이 없어 8년 자경농지에 대한 감면을 적용하기 어렵고, 비사업용토지에서 배제되는 기준에도 해당하지 아니하여 쟁점토지를 사업용토지로 보기도 어렵다는 의견이나, 처분청이 재촌·자경의 기간에서 제외한 기간인 1996년에서 2011년 2월까지의 기간 중 쟁점토지 취득 전 쟁점토지 소재지로 주민등록을 이전한 1996.10.21.부터 OOO로 주민등록을 재이전한 2003.3.12.까지의 기간과 쟁점토지 소재지로 주민등록을 재이전한 2006.9.11.부터 2011년 2월까지의 기간은 쟁점토지 인근 소재 주민들의 청구인의 쟁점토지 취득 이후 재촌·자경 사실에 대한 진술과 농지원부 작성(2006년 9월) 내역, OOO소재 의료기관 이용 현황, 연도별 전력사용 내역, 무 등 채소 재배 관련 현장사진 내역 등에 의해 적어도 1년 3개월 이상은 재촌·자경한 것으로 인정되므로 처분청이 인정한 재촌기간을 더하면 청구인이 쟁점토지를 8년 이상 재촌·자경한 것으로 보이는 점, 쟁점토지가 양도일 당시에는 농지로 볼 수 없다 하더라도 이는 매매계약일 이후 공장건물 건축을 위한 토지 형질변경 및 건축물 착공 진행에 따른 것으로 매매계약일 당시에는 농지인 사실과 경작을 한 사실이 각종 증빙에 의해 확인되므로 조특법 시행령 제66조 제5항 제1호에 따라 자경농지에 대한 양도소득세 감면 요건 중 양도일 당시 농지 요건도 충족된 것으로 보이는 점 등에서 쟁점토지의 양도는 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면 대상에 해당된다 할 것이므로, 따라서 처분청의 이 건 양도소득세 부과처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 등 (1) 조세특례제한법 제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】 ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2021년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나도시개발법또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】① 법 제69조 제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재소득세법제1조의2 제1항 제1호에 따른 거주자인 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법제10조 제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역

④ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(중략) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호에 해당하는 것을 제외한다.

⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 소득세법 시행령 제162조 에 따른 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 따른다.

1. 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우: 매매계약일 현재의 농지 기준

⑬ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하는 것

2. 거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것.

⑭ 제4항ㆍ제6항ㆍ제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중해당 피상속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 거주자 각각의소득세법제19조 제2항에 따른 사업소득금액(농업·임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외한다. 이하 이 항에서 "사업소득금액"이라 한다)과 같은 법 제20조 제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3천 700만원 이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간은 해당 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다. 이 경우 사업소득금액이 음수인 경우에는 해당 금액을 0으로 본다. (3) 조세특례제한법 시행규칙 제27조 【농지의 범위 등】① 영 제66조제4항 및 제67조 제3항의 규정에 의한 농지는 전·답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실지로 경작에 사용되는 토지로 하며, 농지경영에 직접 필요한 농막·퇴비사·양수장·지소·농도·수로 등을 포함하는 것으로 한다.

② 영 제66조 제4항 및 제67조 제3항에 따른 농지에 해당하는지 여부의 확인은 다음 각 호의 기준에 따른다.

2. 양도자가 8년 이상(중략) 농지소재지에 거주하면서 자기가 경작한 사실이 있고 양도일 현재 농지임이 다음 각 목 모두의 방법에 의하여 확인되는 토지일 것 가.전자정부법제36조 제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통한 주민등록표 초본의 확인. 다만, 신청인이 확인에 동의하지 아니한 경우에는 그 서류를 제출하게 하여야 한다.

  • 나. 시·구·읍·면장이 교부 또는 발급하는 농지원부원본과 자경증명의 확인 (4) 소득세법 제104조의3 【비사업용 토지의 범위】① 제104조 제1항 제8 호에서 "비사업용 토지"란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 농지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

  • 가. 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지. 다만,농지법이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다. 제168조의6【비사업용 토지의 기간기준】법 제104조의3 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한
  • 다. 1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간
  • 가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간
  • 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간
  • 다. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간 (5) 소득세법 시행령 제168조의8 【농지의 범위 등】③ 법 제104조의3 제1항 제1호 가목 단서에서 “농지법이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농지의 경우를 말한다. 1.농지법제6조 제2항 제2호ㆍ제3호ㆍ제9호ㆍ제10호 가목 또는 다목에 해당하는 농지 (6) 농지법 제6조 【농지 소유 제한】① 농지는 자기의 농업경영에 이용하거나 이용할 자가 아니면 소유하지 못한다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에도 불구하고 자기의 농업경영에 이용하지 아니할지라도 농지를 소유할 수 있다.

1. 국가나 지방자치단체가 농지를 소유하는 경우 2.초ㆍ중등교육법고등교육법에 따른 학교, 농림축산식품부령으로 정하는 공공단체ㆍ농업연구기관ㆍ농업생산자단체 또는 종묘나 그 밖의 농업 기자재 생산자가 그 목적사업을 수행하기 위하여 필요한 시험지ㆍ연구지ㆍ실습지ㆍ종묘생산지 또는 과수 인공수분용 꽃가루생산지로 쓰기 위하여 농림축산식품부령으로 정하는 바에 따라 농지를 취득하여 소유하는 경우 (7) 농지법 시행규칙 제5조 【시험지ㆍ연구지ㆍ실습지 등의 용도로 농지를 소유할 수 있는 공공단체 등의 범위】법 제6조 제2항 제2호에서 “농림축산식품부령으로 정하는 공공단체ㆍ농업연구기관ㆍ농업생산자단체 또는 종묘나 그 밖의 농업 기자재 생산자”란 별표 2에 해당하는 단체 또는 기관을 말한다. <별표2> (2016.12.9. 개정) 실습지 등으로 농지를 소유할 수 있는 공공단체 등의 범위 구분 범위 <전략> 종자생산자 종자산업법제14조 제1항에 따라 설립된 단체 및 같은 법 제37조 제1항에 따라 등록을 한 종자업자 <후략>

(8) 농업소득의 보전에 관한 법률 제5조【농업소득보전직접지불금 지급대상 농지】① 논농업에 종사하는 농업인등에 대한 농업소득보전직접지불금 지급대상이 되는 농지는 1998년 1월 1일부터 2000년 12월 31일까지 논농업(벼, 연근, 미나리, 왕골을 재배하는 농업에 한한다. 이하 이 조에서 같다)에 이용된 농지(농지법에 따른 농지를 말한다. 이하 같다)로, 밭농업에 종사하는 농업인등에 대한 농업소득보전직접지불금의 지급대상이 되는 농지는 2012년 1월 1일부터 2014년 12월 31일까지 밭농업에 이용된 농지(농지법에 따른 농지를 말한다. 이하 같다)로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농지는 제외한다. 제6조【농업소득보전직접지불금 지급대상자】① 농업소득보전직접지불금의 지급대상이 될 수 있는 자는 제5조에 따른 농업소득보전직접지불금 지급대상 농지에서 논농업 또는 밭농업에 종사(휴경하는 경우를 포함한다)하는 농업인등으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자여야 한다.

1. 후계농업경영인, 전업농업인 등으로서 농림축산식품부령으로 정하는 요건에 해당하는 자

2. 논농업에 종사하는 농업인등으로서 2005년 1월 1일부터 2008년 12월 31일까지의 기간 중 쌀소득등보전직접지불금을 1회 이상 정당하게 지급받은 자

② 제1항 제2호에 해당하는 자 중농업·농촌 및 식품산업 기본법제3조 제5호의 농촌 외의 지역에 주소 또는 주된 사무소를 둔 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 농업을 주업으로 하는 경우에 한하여 제1항에 따른 농업소득보전직접지불금의 지급대상이 될 수 있다.

③ 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 농업소득보전직접지불금의 지급대상자가 될 수 없다. 다만, 제3호와 제4호의 경우에는 해당하는 농지분에 한하여 지급대상자가 될 수 없다.

1. 농업 외의 종합소득금액이 대통령령으로 정하는 금액 이상인 자

2. 논농업 또는 밭농업에 이용하는 농지면적이 1천제곱미터 미만인 자 3.농지법제11조 제1항에 따라 농지처분 명령을 받은 자

4. 자기의 소유가 아닌 농지를 무단으로 점유하는 자 제8조【농업소득보전직접지불금 지급대상자 등록】① 농업소득보전직접지불금을 받으려는 자는 매년 농림축산식품부장관이 정하는 날까지 농지 소재지 관할 읍장·면장 또는 동장(이하 “읍·면장”이라 한다)에게 등록을 신청하여야 한다. 다만, 경작농지가 같은 시(제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법에 따른 행정시를 포함한다. 이하 같다)·군·구(자치구를 말한다. 이하 같다) 내의 2개 이상 읍·면·동에 있는 경우에는 면적이 가장 넓은 농지 소재지의 읍·면장에게 신청하여야 한다.

② 제1항에 따른 등록신청에 필요한 사항은 농림축산식품부령으로 정한다. 이 경우 농림축산식품부장관은 관내경작자[등록을 신청하는 농지 소재지 관할 시·군·구 내에 주소를 둔 신청인(신청인의 주소지 읍·면·동을 기준으로 다른 시·군·구 중 연접한 읍·면·동 내의 농지를 경작하는 경우를 포함한다)을 말한다]와 그 외의 자를 구별하여 정할 수 있다.

③ 제1항에 따라 등록신청을 받은 읍·면장은 해당 신청인에게 접수증을 내주어야 한다. (9) 종자산업법 제37조 【종자업의 등록 등】① 종자업을 하려는 자는 대통령령으로 정하는 시설을 갖추어 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 등록하여야 한다.

② 종자업을 하려는 자는 종자관리사를 1명 이상 두어야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 작물의 종자를 생산ㆍ판매하려는 자의 경우에는 그러하지 아니하다.

결정내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)