처분청이 쟁점운반용역을 이 건 부지의 성토를 위하여 공급받은 용역으로 보아 쟁점운반용역매입세액 전부가 매입세액불공제 대상이라는 전제 하에 청구법인의 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨
처분청이 쟁점운반용역을 이 건 부지의 성토를 위하여 공급받은 용역으로 보아 쟁점운반용역매입세액 전부가 매입세액불공제 대상이라는 전제 하에 청구법인의 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨
OOO세무서장이 2019.3.25. 청구법인에게 한 부가가치세 2013년 제2기분 OOO과 2014년 제1기분OOO 및 2017년 제2기분OOO 합계 OOO에 대한 경정청구 거부처분은 <별지> 기재 매입세액 합계 OOO(2013년 제2기 OOO, 2014년 제1기 OOO, 2017년 제2기 OOO)을 매출세액에서 공제하여 그 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 OOO에게 이 건 석탄재 반출용역을 제공하고 이에 대한 대가로 운송지원비를 받은 것이므로 이 건 석탄재 반출용역은 과세대상용역이고, 쟁점운반용역은 이 건 석탄재 반출용역을 수행하기 위하여 공급받은 용역이므로 부가가치세법 제38조 제1항 제1호 에 따라 쟁점운반용역매입세액을 전액 공제하여야 한다. (가) 청구법인은 이 건 과세기간에 OOO으로부터 이 건 석탄재를 반출하는 대가로 운송지원비(운송지원비는 청구법인이 이 건 하청업체들에게 지급하여야 할 쟁점운반용역매입액의 70% 수준에서 결정하였다)를 지급받기로 하는 계약(이하 “이 건 석탄재 재활용계약”이라 한다)을 체결하였는데, 이 건 석탄재 재활용 계약에서 청구법인은 이 건 석탄재를 일정 기간 이내에 반출 개시하여야 하는 의무를 부담하고(특수조건 제4조), 청구법인은 OOO에게 운송지원비를 청구하며(일반조건 제7조 제2항), 이에 대하여 OOO은 운송지원비를 지급할 의무를 부담한다(일반조건 제7조 제3항)고 명시하고 있으므로 이 건 석탄재 재활용계약의 본질은 청구법인이 OOO에게 이 건 석탄재 반출용역을 제공하고 OOO으로부터 이에 대한 대가를 지급받는 것인바, 이 건 석탄재 반출용역은 폐기물관리법 상 사업장폐기물을 처리하는 것(OOO은 청구법인으로부터 이 건 석탄재 반출용역을 제공받기 이전에는 별도로 조성한 석탄재 처리장에 석탄재를 매립하고 해당 처리장이 포화상태가 되면 추가로 석탄재 처리장을 조성하여 석탄재를 매립하고 있었다)으로 부가가치세법 제26조 에서 열거하고 있는 면세 대상 용역에 해당하지 않으므로 과세대상 용역이다[청구법인은 이 같은 판단에 따라 이 건 석탄재 반출용역에 대하여 매출세금계산서를 발급하고 관련 매출세액을 신고ㆍ납부하였고, 관련 유권해석(부가가치세과-217, 2014.3.24.)에서도 사업장폐기물처리용역을 과세대상으로 판단하고 있다]. (나) 부가가치세법 제38조 제1항 제1호 는 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용할 목적으로 공급받은 용역에 대한 부가가치세액의 경우 그 전부를 공제하도록 규정하고 있는데, 여기서 자기의 사업과 관련성이 있는지 유무에 대한 판단은 지출의 목적과 경위, 사업의 내용 등에 비추어 그 지출이 사업의 수행에 필요한 것이었는지를 살펴 개별적으로 판단하여야 하는바(대법원 2012.7.26. 선고 2010두12552 판결, 같은 뜻임), 청구법인은 이 건 하청업체들과 별도의 계약을 체결하여 이들로 하여금 이 건 석탄재를 반출하도록 하였으므로 쟁점운반용역매입세액은 자기의 사업을 위하여 사용할 목적으로 공급받은 용역에 대한 부가가치세액으로서 그 전부가 공제되어야 한다.
(2) 쟁점운반용역은 사업용폐기물인 이 건 석탄재를 처리한 용역과 토지성토용역이 모두 포함된 용역이므로 적어도 쟁점운반용역매입세액 중 이 건 석탄재 처리부분에 대한 매입세액은 공제되어야 한다. (가) 청구법인은 OOO으로부터 석탄재를 반출하여 제3자에게 판매한 경우 이 건 하청업체들에게 지급한 운반비용에 대한 매입세액을 정상적으로 공제받았는데, 이 건 석탄재를 반출 후 OOO 일원 15,463,982㎡(이하 “이 건 OOO기업도시부지”라 한다)의 성토재로 사용하였다는 사후적인 사정만으로 쟁점운반용역매입세액을 전액 불공제하는 것은 불합리하다. (나) 예를 들어 청구법인이 석탄재 처리ㆍ판매만을 담당하는 법인(이하 “분할신설법인”이라 한다)을 신설하고 OOO으로부터 이 건 석탄재를 반출하여 청구법인에게 판매하였다고 가정하면, 분할신설법인은 OOO에게 제공한 이 건 석탄재 반출용역과 관련하여 지급받은 운송지원비(70) 및 이 건 석탄재를 청구법인에게 판매한 대가(30)에 대한 매출세액을 신고ㆍ납부할 것이고 이 건 하청업체들에게 지급한 운반비용(100)에 대해서는 매입세액공제를 받을 것인데, 청구법인이 분할신설법인으로부터 이 건 석탄재를 구매하여 토지성토작업에 사용할 경우 구매시 지출한 매입대가(30)에 대한 매입세액(3)은 공제받지 못할 것이므로 결과적으로 보면 쟁점운반용역에 대한 비용(100) 중 30에 대해서는 매입세액공제를 받지 못하고 나머지 70에 대해서는 매입세액공제를 받을 수 있다는 결론이 도출되는바, 이와 같이 실질이 동일한 상태에서 거래구조 변경을 통하여 매입세액 공제가 가능한 점을 고려할 때 쟁점운반용역매입세액 전액을 불공제하는 것은 조세평등주의에 위배된다. (다) 이 건 석탄재 반출용역을 석탄재 취득을 위한 것으로 보더라도, 부가가치세법 시행령제80조 제3호가 ‘토지의 현실적 가치를 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액’의 경우 불공제하도록 규정하고 있으므로 이 건 OOO기업도시 부지의 가치를 증가시키기 위하여 청구법인이 실제로 지출한 비용은 이 건 하청업체들에게 쟁점운반용역의 대가로 지불한 비용에서 OOO으로부터 받은 운송지원비를 차감한 금액이고, 따라서 쟁점운반용역매입금액에서 그 차감한 금액을 제외한 금액에 관한 세액OOO을 폐기물처리용역 관련 매입세액으로 보아 매출세액에서 공제하는 것이 타당하다.
(1) 대법원은 토지에 대한 자본적 지출이라 함은 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는데 소요된 비용을 말한다는 입장인바, 청구법인은 이 건 OOO 부지의 성토작업이라는 토지의 가치를 증가시키기 위하여 쟁점운반용역을 공급받은 것이므로 쟁점운반용역매입세액은 토지 관련 매입세액으로 불공제대상이다. (가) 청구법인의 2017사업연도 감사보고서에 따르면 청구법인은 이 건 OOO에 관광, 상업, 주거 및 산업단지(이하 OOO라 한다) 등을 조성하고 그 일부를 분양하거나 골프장 및 테마파크로 직접 운영하기 위하여 설립된 법인이지 석탄재 처리용역을 수행하기 위하여 설립된 법인이 아니다(청구법인의 등기사항전부증명서에도 사업목적으로 폐기물처리업이 등록되어 있지 않고, 청구법인은 단순히 폐기물 처리신고를 하였을 뿐이다). (나) 청구법인이 이 건 석탄재 재활용과 관련하여 OOO군수에게 신고한 내용에 따르면 청구법인은 이 건 석탄재의 용도를 ‘OOO 부지의 배수층 골재로 재활용’이라고 명시하고 있고, 청구법인이 OOO에 이 건 석탄재 반출용역과 관련하여 발급한 매출세금계산서에는 ‘석탄재 반입’이라고 되어 있을 뿐 폐기물처리용역이라고 되어 있지 않는 등 청구법인은 처음부터 이 건 석탄재를 이 건 OOO의 부지 조성작업에 사용할 목적으로 외형상 석탄재 처리라는 형식을 빌려 이 건 석탄재를 취득한 것이다. (다) OOO는 간척지로 성토작업이 필수적인데, 쟁점운반용역매입액은 흙으로 성토작업을 했을 때도 필연적으로 발생하는 운반비에 불과하므로 성토작업을 흙이 아닌 이 건 석탄재로 하였다고 하여 달리 볼 것은 아니고, 이 건 매출OOO에 비하여 쟁점운반용역매입액OOO이 오히려 더 높으며, 청구법인 역시 이 건 매출과 쟁점운반용역매입액의 차액OOO을 이 건 OOO 부지의 취득원가로 회계처리하였다. (라) 청구법인이 이 건 석탄재를 성토재로 사용한 OOO부지는 아래 <표1>과 같이 그 가치가 증가한 것으로 나타나므로 쟁점운반용역매입액은 OOO기업도시 부지와 관련된 자본적 지출에 해당한 것으로 보아야 한다.
(2) 이 건 매출에 비하여 쟁점운반용역매입액이 과다하고 위 <표1>과 같이 이 건 석탄재를 성토작업에 사용한 결과 이 건 OOO 부지의 공시지가가 큰 폭으로 상승하였으며 쟁점운반용역매입액은 그 전부가 OOO으로부터 이 건 석탄재를 조달하여 토지 성토작업에 사용하는 과정에서 소요된 토지 관련 비용이므로 매입세액 안분대상이 아니다.
① (주위적) 쟁점운반용역은 폐리물처리용역인 이 건 석탄재반출용역을 위하여 공급받은 용역이므로 쟁점운반용역매입세액을 전액 공제하여야 한다는 청구주장의 당부
② (예비적) 쟁점운반용역매입세액 중 폐기물처리용역에 관련된 부분의 매입세액이 있으므로 이를 안분하여 공제하여야 한다는 청구주장의 당부
(1) 부가가치세법(2017.12.19. 법률 제15223호로 개정되기 전의 것) 제38조(공제하는 매입세액) ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.
1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)
2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액
② 제1항 제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.
③ 제1항 제2호에 따른 매입세액은 재화의 수입시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다. 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
4. 사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액
5. 개별소비세법 제1조 제2항 제3호 에 따른 자동차(운수업, 자동차판매업 등 대통령령으로 정하는 업종에 직접 영업으로 사용되는 것은 제외한다)의 구입과 임차 및 유지에 관한 매입세액
6. 접대비 및 이와 유사한 비용으로서 대통령령으로 정하는 비용의 지출에 관련된 매입세액
7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액
8. 제8조에 따른 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액. 다만, 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록을 신청한 경우 등록신청일부터 공급시기가 속하는 과세기간 기산일까지 역산한 기간 내의 것은 제외한다.
② 제1항에 따라 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 부가가치세법 시행령(2018.2.13. 대통령령 제28641호로 개정되기 전의 것) 제80조(토지에 관련된 매입세액) 법 제39조 제1항 제7호에서 "대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액"이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액
2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 매입세액
3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액
(1) 이 건 석탄재 재활용계약서, 쟁점운반용역 관련 계약서, 청구법인의 쟁점운반용역 관련 세금계산서 수취내역 등의 심리자료를 종합하면 다음의 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2007.8.6. 이 건 OOO부지 조성 등을 위하여 설립된 법인으로 OOO가 100% 지분을 보유하고 있고, 2014사업연도 기준 청구법인의 총 매출OOO 중 토지 분양 및 임대 매출OOO이 차지하고 있는 비중은 98.2%이다. (나) 청구법인은 2008.12.29. OOO에서 발생하는 이 건 석탄재를 OOO 부지의 배수층 성토재로 재활용하기 위한여 OOO과 아래 <표2>와 같은 계약을 체결[계약금액이 “운송보조비 OOO/톤(VAT 포함)”이라고 기재되어 있고, OOO을 “공급자”로 청구법인을 “계약상대자”로 지칭하고 있다]하고, 2009년 4월경부터 OOO의 석탄재 150만톤을 이 건 OOO 부지에 반입하여 토지 성토재로 매립․재활용하였다. (다) 청구법인은 OOO과 이 건 석탄재 재활용 계약을 체결한 후 아래 <표3> 및 <표4>와 같이 이 건 하청업체들과 쟁점운반용역에 관한 계약(이하 “쟁점운반용역계약”이라 한다)을 체결하였는데, 위 계약서상 사업명은 “OOO 매립회 재활용 공사”로, 공사범위는 “OOO 매립석탄재를 집토(준설)-상차-운반하여 청구법인이 지정한 위치에 적치(정지)하는 것까지”라고 기재되어 있으며, 공사계약단가는 2013년의 경우 “OOO/톤(부가가치세 별도)”, 2017년의 경우 “OOO/톤(부가가치세 별도)”라고 되어 있어 이 건 석탄재 재활용 계획에 따라 청구법인이 OOO으로부터 받기로 계약한 “OOO/톤(부가가치세 포함)”보다 많고, 특히 2017년 공사계약단가의 경우 “OOO/㎥(운반단가 OOO라고 되어 있어 운반단가를 별도로 표기하고 있다. (라) 청구법인은 2009.2.27. OOO군수에게 폐기물관리법제46조 제1항 제1호 및 같은 법 시행규칙 제66조 제2항에 따라 폐기물 처리(재활용) 신고를 하였는데 주요 신고내용은 아래 <표5>와 같다. (마) 청구법인은 쟁점운반용역에 대한 대가로 이 건 하청업체들에게 쟁점매입금액(OOO 공급대가)을 지급하고 아래 <표6>과 같이 매입세금계산서를 각 수취하였는데, 위 세금계산서의 품목란에는 “운반비” 또는 “집토 및 상차외”라고 기재되어 있다. (바) 한편, 청구법인은 청구법인 소유의 토지로 운반ㆍ적치된 위 <표6> 상당의 이 건 석탄재를 전부 이 건 OOO 부지의 성토재로 사용하였고, 이 건 매출과 쟁점운반용역매입액의 차액을 이 건 OOO 부지의 취득원가로 계상하였다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점운반용역매입세액이 전부 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로 부가가치세법상 공제대상 매입세액이 아니라는 의견이나, 부가가치세법제38조 제1항은 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 용역의 공급 등에 대한 세액을 매출세액에서 공제하도록 하고 있고, 같은 법 제39조 제1항은 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액(제4호) 및 토지에 관련된 매입세액(제7호) 등의 경우 매출세액에서 공제하지 않는다고 규정하고 있는데, 여기에서 사업 관련성의 유무는 지출의 목적과 경위, 사업의 내용 등에 비추어 그 지출이 사업의 수행에 필요한 것이었는지를 살펴 개별적으로 판단하여야(대법원 2012.7.26. 선고 2010두12552 판결, 같은 뜻임) 하고, 토지에 관련된 매입세액이란 같은 법 제39조 제1항 제7호 및 같은 법 시행령 제80조의 해석상 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 데에 소요된 비용을 의미한다(대법원 2006.7.28. 선고 2004두13844 판결, 같은 뜻임)고 할 것인바, OOO이 발전과정에서 생산된 석탄재를 비용을 들여 처리하던 것을 청구법인에게 운송비 명목의 비용을 지불하고 반출해가도록 한 이상 폐기물처리 성격의 용역을 제공받은 것은 부인할 수 없는 사실이므로 해당 용역의 공급자인 청구법인을 기준으로 한다고 하여 이 건 석탄재 반출용역의 성격이 달라진다고 볼 수 없고(이 건 석탄재가 이 건 OOO도시 부지의 성토재로 사용될 것이 예정되어 있었다고 하여 달리 볼 것은 아니다), 그렇다면 청구법인과 이 건 하청업체들간 체결한 쟁점운반용역계약의 내용 등에 비추어 쟁점운반용역 역시 폐기물처리용역의 성격이 없다고 단정하기 어려우며 그런 점에서 이 건 석탄재 반출용역과 사업관련성 또한 있어 보이므로 처분청이 쟁점운반용역을 이 건 OOO도시 부지의 성토를 위하여 공급받은 용역으로 보아 쟁점운반용역매입세액 전부가 매입세액불공제 대상이라는 전제 하에 청구법인의 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. 결국 이 건 석탄재 반출용역의 성격과 쟁점운반용역계약서 및 청구법인의 OOO군수에 대한 폐기물 재활용 신고서 등으로 보아 쟁점운반용역이 폐기물처리용역과 토지성토용역을 모두 포함하고 있는 것으로 보이므로 부가가치세법제39조 제1항 제7호 및 같은 법 제80조에 따라 폐기물처리용역에 관련된 매입세액만을 공제하여야 할 것인데, 청구법인이 OOO과 이 건 석탄재 재활용 계약을 체결하면서 받은 운송비 명목의 이 건 매출 금액OOO이 이 건 하청업체들에게 지급한 쟁점운반용역매입액OOO의 70% 수준에서 결정되었고, 청구법인이 그 차액을 이 건 OOO 부지의 취득원가로 계상한 점에 비추어 보면 쟁점운반용역매입세액OOO 중 이 건 매출 관련 세액OOO 상당의 금액을 폐기물처리용역에 관련된 매입세액이라고 보더라도 자기의 사업을 위하여 사용한 용역 등에 대하여 매입세액을 공제하도록 하는 부가가치세법제38조 제1항의 취지에 반한다고 볼 수 없으므로 (이 건 석탄재 재활용 계약을 체결함에 있어서 OOO으로서는 당연히 기존에 석탄재 처리비용보다 낮은 가격을 지불하려고 하였을 것이고, 청구법인 역시 이 건 석탄재의 활용성을 고려하여 실제로 드는 운반비 등의 처리비용보다 낮은 가격을 받고서라도 이 건 석탄재를 반출하려 하였을 것이므로 실제 이 건 석탄재에 관한 폐기물처리비용은 이 건 매출 금액보다 작지 않을 것으로 예상되고, 따라서 쟁점운반용역매입세액 중 이 건 매출 관련 세액 상당의 금액을 폐기물처리용역 관련 매입세액으로 보아 공제하더라도 이를 과다공제라고 보기는 어렵다) 이 건 과세기간의 각 매출세액에서 합계 OOO(2013년 제2기 OOO, 2014년 제1기 OOO, 2017년 제2기 OOO)을 폐기물처리용역 관련 매입세액으로 공제하여 그 과세표준 및 세액을 경정함이 합리적인 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.