건물의 공급가액을 0원으로 볼 수 있는지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 주식회사 OOO(이하 OOO이라 한다)은 OOO에 있는 지상 3층의 건물(근린생활시설이며, 이하 토지와 합하여 “이 건 부동산”이라 한다)에서 부동산임대업을 영위하다가 동 부동산을 2013.9.5. OOO외 1인에게 OOO에 일괄양도하고 폐업하였다.
• 나. 탈세제보에 따라, OOO의 본점(청구법인) 관할인 OOO세무서장은 부가가치세 신고내역을 검토한 결과, OOO이 건 부동산 중 건물 양도분에 대한 부가가치세를 신고ㆍ납부하지 아니한 사실을 확인하고 과세자료를 통보하였으며, 이에 따라 처분청은 건물의 공급가액을 기준시가에 의해 안분계산하여 2018.12.24. OOO2013년 제2기 부가가치세 OOO경정ㆍ고지하였으나 납부하지 아니하자, 2019.3.6. 청구법인을 국세기본법 제39조 제2호 에 따른 제2차 납세의무자(지분율 88.16%인 과점주주)로 지정하고 2013년 제2기 부가가치세 OOO을 납부통지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.5.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인의 실무담당자가 매매계약 당시 건물가액을 없는 것으로 구분하여 표시하지 않은 이유는 건물이 노후화되어(1995년 사용승인) 실질적으로 가치가 없었고 매수인이 건물을 철거하고 주택을 신축할 것을 알고 있었기 때문이다. 비록 매매계약서에 토지와 건물의 가액이 구분되어 있지 아니하지만 매수인이 건물을 즉시 철거하고 임대주택을 신축한 사실로 볼 때, 건물 철거가 예정되어 있었음을 알 수 있으므로 건물의 실지거래가액은 없는 것으로 봄이 타당하다.
• 나. 처분청 의견 부동산매매계약 당시 건물은 미철거 상태로서 임차인들이 존재하였고, OOO감사보고서에도 양도당시 건물가액이 OOO만원으로 계상되어 있었으므로 건물가액을 OOO원으로 보기 어렵고, 토지와 건물 가액의 구분이 불분명하므로 건물의 공급가액을 기준시가로 안분계산하여 부가가치세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 건물의 공급가액을 OOO원으로 볼 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제29조(과세표준) ⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다. (2) 부가가치세법 시행령 제64조(토지와 건물 등을 함게 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산) 법 제29조 제9항 단서에 따라 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.

소득세법 제99조 에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률 제2조 제4호 에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.

2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우: 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.

3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우: 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액 (3) 국세기본법 제39조(출자자의 제2차 납세의무) 법인의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세·가산금과 체납처분비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족한 금액을 그 법인의 발행주식 총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.

2. 주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들(이하 “과점주주”라 한 다.)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) OOO외 1인(매수인)은 2013.8.5. 이 건 부동산에 대한 매매대금을 OOO잔금지급일을 2013.9.5.로 하는 부동산매매계약을 체결하였으며, 동 매매계약서에는 토지와 건물의 양도가액이 구분표시되어 있지 않다.

(2) 이 건 부동산 매매계약일(2013.8.5.) 현재 건물의 임대차 현황은 다음과 같다.

(3) OOO외 1인은 매매계약에 따라 2013.9.5. 이 건 부동산을 양수하고 2013.10.23. 건물철거 및 토지분할을 통해 지상 3층 단독주택을 각각 신축하였다.

(4) OOO2013년 귀속 감사보고서에 의하면 동 법인은 이 건 부동산의 양도당시 장부가액을 OOO으로, 양도에 따른 투자자산처분손실을 OOO으로 계상한 것으로 나타난다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 사업자가 토지와 건물을 일괄양도한 경우 그 건물의 공급가액이 OOO원인지 여부는 매매계약서, 건물의 노후화 정도 및 사용 여부 등 양도 전후의 제반사정에 비추어 합당한 경우에 한하여 인정할 수 있다고 할 것인바, 청구법인의 지점인 OOO이 건 부동산(토지 및 건물)을 구분표시 없이 일괄하여 양도하였고, 당시 건물에는 다수의 임차인들이 임대차관계를 계속 유지하고 있었으며, OOO또한 양도당시 건물의 가액을 OOO으로 계상한 것으로 나타나므로 이 건 건물의 가액을 OOO원으로 보기는 어렵다고 하겠다. 따라서 처분청이 건물의 공급가액을 기준시가에 의해 안분하여 OOO과점주주인 청구법인에게 부가가치세를 납부통지한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.