과세사업장에서 제조한 재화를 자기의 다른 겸영사업장에 면세사업용 자재로 사용하기 위해 반출한 거래로 세금계산서 의무 발급대상이 아니라는 청구주장

[주 문] OOO세무서장이 2019.3.25. 청구법인에게 한 부가가치세 OOO의 부과처분은 이를 취소한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 창호 등 건축자재 제조업(이하 “과세사업장”이라 한다)과 국민주택 규모 이하의 공동주택 등의 건설업(이하 “면세사업장”이라 한다)을 영위하는 과․면세 겸영 사업자인바, 과세사업장에서 생산․반출하여 면세사업장의 건설자재 등으로 사용한 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)에 대하여 부가가치세를 신고․납부하였으나 세금계산서를 교부하지 아니한 것으로 하여 2016년 제2기 부가가치세 예정신고를 하면서 세금계산서 미발급 가산세 OOO원(이하 “쟁점세액”이라 한다)을 신고․납부하였다.
• 나. 청구법인은 2018.11.16. 쟁점금액의 경우 면세전용으로 세금계산서 발급 대상에 해당하지 아니한다는 사유를 들어 쟁점세액의 감액․환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 해당 거래를 외부거래와 동일하게 세금계산서 발급대상에 해당하는 것으로 보아 2018.11.29. 청구법인의 경정청구를 거부․통지하였다가 납세의무자 및 과세기간이 다름을 확인하고 직권으로 쟁점세액을 환급․결정한 후 쟁점금액에서 부과제척기간 경과분을 제외 한 OOO원(이하 “쟁점①금액”이라 한다)은 세금계산서를 발급하여야 하는 거래로 보아 2019.3.25. 청구법인에게 부가가치세 OOO을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.5.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 쟁점거래는부가가치세법제10조 제1항의 면세전용 거래에 해당하므로, 청구법인은 쟁점거래에 대하여 세금계산서를 발급할 의무가 없다. (가) 쟁점거래의 재화는 청구법인이 자기의 과세사업과 관련하여 생산한 PC(프리캐스트 콘크리트)를 자기의 면세사업을 위하여 직접 사용한 것이므로 쟁점거래는 면세전용에 해당하기 위한 관련 세법 규정의 요건을 모두 충족한다.

① 청구법인은 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자로서부가가치세법제2조 제3호에 따른 사업자에 해당하고, 쟁점거래의 PC(프리캐스트 콘크리트)는 청구법인이 자기의 과세사업인 건축자재 제조업과 관련하여 생산한 재화이다.

② 쟁점거래의 PC(프리캐스트 콘크리트)는 청구법인의 A사업장에서 매입세액이 공제된 취득 원재료로 생산한 재화이고, 청구법인은 쟁점거래의 PC(프리캐스트 콘크리트)를 청구법인의 B사업장에서 면세사업인 국민주택 건설사업을 위하여 건축자재로 직접 사용하였다. 따라서 쟁점거래는부가가치세법상 면세전용이 되기 위해 갖추어야 할 4가지 요건을 모두 충족하므로 쟁점거래는 면세전용에 해당한다.

(2) 쟁점거래를 면세전용으로 보는 것은 면세전용의 입법취지에 부합하다. 쟁점거래에서 당초 A사업장에서 매입세액공제를 받은 재화가 매출세액을 발생시키지 않고 B사업장에서 사용·소비되면 부가가치세 전가가 중단될 수 있기에 쟁점거래와 같은 유형의 거래를 면세전용으로 보아 재화의 간주공급으로 부가가치세를 과세하는 것은 면세전용의 입법취지에 비추어 타당하다 따라서 쟁점거래의 경우 청구법인이 자기의 과세사업과 관련하여 생산한 자재(창호 등)를 자기의 면세사업을 위하여 직접 사용하였으므로부가가치세법제10조 제1항의 면세전용 요건을 충족하고 있고, 해당 거래는 사업장이 복수인 청구법인의 사업장 사이에서 재화가 반출된 것이므로 같은 법 제9조에서 규정하고 있는 재화의 실질공급에 해당하지 아니하므로 청구법인의 경청청구를 거부한 처분은 부당하다.

• 나. 처분청 의견 부가가치세법제6조 제1항에서 부가가치세는 사업장마다 신고․납부하여야 하는 것으로 규정(사업장 과세의 원칙)하고 있는바, 과세사업장과 면세사업장을 각각 영위하고 있는 사업자가 과세사업장에서 생산․취득한 재화를 면세사업장으로 반출하는 경우에는 외부거래와 동일한 재화의 공급에 해당하여 세금계산서를 발급하여야 함에도 청구법인이 세금계산서를 발급하지 아니하여 세금계산서미발급가산세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구법인이 과세사업장에서 제조한 재화를 자기의 다른 겸영사업장에 면세사업용 자재로 사용하기 위해 반출한 거래로 세금계산서 의무 발급대상 거래가 아니라는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 심판청구서 및 처분청의 심리자료 등에 의하면, 아래와 같은 사실들이 나타난다. (가) 청구법인은 구 OOO 주식회사로 2015.9.2. 구 OOO 주식회사와 합병하였으며, 양사가 합병한 후에 상호를 ‘OOO 주식회사’로 변경하였고, 이 과정에서 구 OOO 주식회사에 속한 ‘구 OOO과 구 OOO을 폐업하고 현 OOO’(이하 “쟁점사업장” 이라 한다)을 신설하였으며, 이 건과 관련한 사업장의 내역은 다음과 같다. (나) 청구법인은 사업장이 둘 이상인 사업자(사업자단위 및 총괄납부 사업자가 아님)로 쟁점사업장에서는 PC(프리캐스트 콘크리트) 등 건축자재 제조업을 영위하고 있고, 쟁점사업장에서 생산한 제품을 외부에 직접 판매하거나 청구법인의 건설사업장에 반출하고 있으며, 건설사업장은 사업용 건물 및 국민주택규모 초과의 과세사업과 국민주택 규모 미만의 면세사업을 영위하고 있는 과·면세 겸영 사업자에 해당된다. (다) 청구법인은 과세사업장에서 생산한 창호 중 면세사업장의 건설공사의 자재로 사용한 쟁점금액을 간주공급(간주매출)으로 보아 부가가치세를 신고․납부하였으나 동 금액에 대하여는 세금계산서를 발행하여 교부하지 아니하였고, OOO은 청구법인의 지점으로서 부가가치세 신고시 위 금액에 대하여 매입세액으로 공제받지 아니하였으며, OOO의 법인세는 청구법인이 신고․납부하였다. (라) 청구법인은 쟁점금액에 대하여 2016년 제2기 부가가치세를 예정신고하면서 세금계산서 미발급 가산세 OOO원을 신고․납부하였다. (마) 청구법인은 2018.11.16. 쟁점세액 전액의 환급을 구하는 이 건 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2018.11.26. 청구법인의 경정청구를 거부하였다. (바) 처분청은 2019.4.10. 쟁점금액의 경우 청구법인의 당초 신고(2016년 제2기)와 달리 2016년 제2기 이전(2011년 제2기～2015년 제2기)에 매출이 이루어진 것으로 보아 직권으로 쟁점세액 전액에 대하여 환급결정하고, 2014년 제1기～2015년 제2기 부가가치세 합계 OOO원을 경정․고지(환급 충당)하였다. (사) 청구법인의 사업장별 세금계산서 미발급 금액 및 처분청의 가산세 과세내역은 아래 <표1>과 같다. <표1>사업장별 세금계산서 미발급 금액 및 가산세 내역

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대,부가가치세법제10조 제1～3항에서 “자가공급은 면세전용, 비영업용 승용자동차와 그 유지를 위한 재화, 판매목적의 타사업장 반출에 한하여 부가가치세를 과세한다”고 규정하고 있고, 부가가치세법 시행령제71조 제1항 제3호에서 “자가공급, 개인적 공급, 사업상 증여, 폐업시 잔존재화에 해당되는 경우에는 세금계산서 발급의무가 면제된다. 다만 직매장반출에 해당하는 경우로서 재화의 공급으로 보는 경우에는 세금계산서를 발급하여야 한다”고 규정하고 있는바, 청구법인은 사업장이 둘 이상인 사업자이고, 청구법인에 속한 충주 및 음성 소재 사업장(A사업장)은 PC(프리캐스트 콘크리트) 등 건축자재 제조업을 영위하고 있으며, 청구법인에 속한 국내 각처의 건설사업장들(B사업장)은 공동주택 등을 건축하는 건설업을 영위하고 있고, 청구법인의 A사업장(과세사업장)에서 생산한 PC(프리캐스트 콘크리트)를 B사업장(겸영사업장)에서 국민주택 규모의 건설공사(면세사업)의 자재로 사용하기 위하여 B사업장으로 반출하였으므로 자가공급으로 볼 수 있는 점, 청구법인은 과세사업장에서 생산한 창호 중 면세사업장의 건설공사의 자재로 사용한 쟁점금액을 재화의 공급(간주공급)으로 보아 부가가치세를 신고․납부한 사실이 확인되는 점, 쟁점①금액 거래의 경우 청구법인이 자기의 과세사업과 관련하여 생산한 자재(창호 등)를 자기의 면세사업을 위하여 직접 사용한 것으로 자가공급 중 면세전용에 해당되어부가가치세법제10조 제1항의 면세전용 요건을 충족하고 있어 같은 법 제33조 제1항 및 같은 법 시행령 제71조 제1항 3호에 의하여 세금계산서 발급의무가 면제되는 거래에 해당하는 것으로 볼 수 있는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점①금액에 대하여 세금계산서 발급 대상으로 보아 세금계산서미발급가산세를 적용하여 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 (1) 부가가치세법 제6조(납세지) ① 사업자의 부가가치세 납세지는 각 사업장의 소재지로 한다. 제9조(재화의 공급) ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다. 제10조(재화 공급의 특례) ① 사업자가 자기의 과세사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화(이하 이 조에서 "자기생산ㆍ취득재화"라 한다)를 자기의 면세사업을 위하여 직접 사용하거나 소비하는 것은 재화의 공급으로 본다.

1. 제38조에 따른 매입세액, 그 밖에 이 법 및 다른 법률에 따른 매입세액이 공제된 재화

2. 제9항 제2호에 따른 사업양도로 취득한 재화로서 사업양도자가 제38조에 따른 매입세액, 그 밖에 이 법 및 다른 법률에 따른 매입세액을 공제받은 재화

3. 제21조 제2항 제3호에 따른 수출에 해당하여 영(零) 퍼센트의 세율을 적용받는 재화 제38조([공제하는 매입세액) ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액

② 제1항 제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

③ 제1항 제2호에 따른 매입세액은 재화의 수입시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다. (2) 부가가치세법 시행령 제71조(세금계산서 발급의무의 면제 등) ① 법 제33조 제1항에서 “세금계산서를 발급하기 어렵거나 세금계산서의 발급이 불필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역을 공급하는 경우를 말한다.

3. 법 제10조 제1항, 제2항 및 제4항부터 제6항까지의 규정에 따른 재화

(1) 청구법인은 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자로서 부가가치세법 제2조 제3호 에 따른 ‘사업자’에 해당하고, 청구법인이 자기의 과세사업인 제조업 영위 사업장에서 매입세액이 공제된 취득 원재료로 생산한 재화를 청구법인의 과·면세 사업장으로 반출하여 자기의 면세사업인 국민주택 건설사업을 위하여 건축자재로 직접 사용한 이 건 거래는 부가가치세법 제10조 제1항 면세전용(轉用)의 법률요건을 모두 충족한다.

(2) 사업자가 자기의 사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화를 자기의 사업을 위하여 직접 사용하거나 소비하는 이른바 ‘자가공급’은 부가가치세법 제9조 의 재화의 공급에는 해당하지 않으나, 동법 제10조 제1항 내지 제3항의 세 가지 경우는 자가공급에 해당하면서도 재화의 공급으로 예외적으로 의제하고 있으며 이는 사업장이 둘 이상인 사업자가 자기의 사업장 간에 재화를 반출하는 것도 포함하는 것으로서, 대법원(대법원 1992.08.14. 선고 91누13229 판결)에서 판시한 면세전용 공급의제의 취지가 부가가치세는 최종 소비자에게 전가가 예정된 간접소비세인데, 과세사업을 위하여 생산 또는 취득함으로써 그 매입세액을 공제받은 재화를 면세사업에 전용하는 경우에는 매출세액이 발생하지 아니하여 부가가치세의 전가가 중단되므로, 이러한 경우의 사업자를 최종소비자의 지위에 있는 것과 마찬가지로 봄으로써 부가가치세의 기본구조를 유지하고, 아울러 다른 면세사업자는 그와 같은 재화를 공급받는 데 부가가치세를 부담하므로, 그 사이에 과세의 형평을 유지하기 위한 데 있다는 점을 고려할 때 이 건 거래는 동법 제10조 제1항에서 면세전용(轉用)을 재화의 공급으로 의제하는 입법취지에 부합한다.

(3) 그러므로 비록 처분청은 청구법인의 과세사업장에서 생산한 재화를 과·면세 겸영 사업장에 자재로 사용하기 위해 반출한 거래를 외부거래와 동일하게 취급하여 부가가치세법 제9조 에 규정된 일반적인 재화의 공급거래에 해당하여 세금계산서를 발급해야 하는 거래로 보았으나, 이 건 거래는 동법 제10조 제1항에서 규정한 자기생산·취득재화를 자기의 면세사업을 위하여 직접 사용하거나 소비하는 것, 즉 면세전용(轉用)에 해당하여 동법 제33조 제1항 및 동법 시행령 제71조 제1항 3호에 의하여 세금계산서 발급의무가 면제되는 거래에 해당하므로, 처분청이 동법 제60조 제2항 2호에 근거하여 청구법인에게 공급가액의 2퍼센트에 상당하는 세금계산서 미발급 가산세를 부과한 이 건 처분은 부당하다.