법원이 결정한 지분가액과 상이한 지분가액을 요구할 경우 납세자는 자신이 책임질 수 없는 사정으로 이월과세를 적용 받을 수 없게 되어 납세자권리가 침해되는 결과가 되는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점차액을 쟁점법인의 부채로 보아 그 금액에 상응하는 양도소득에 대한 이월과세의 적용을 배제한 처분에는 잘못이 있다고 판단됨
법원이 결정한 지분가액과 상이한 지분가액을 요구할 경우 납세자는 자신이 책임질 수 없는 사정으로 이월과세를 적용 받을 수 없게 되어 납세자권리가 침해되는 결과가 되는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점차액을 쟁점법인의 부채로 보아 그 금액에 상응하는 양도소득에 대한 이월과세의 적용을 배제한 처분에는 잘못이 있다고 판단됨
OOO세무서장이 2019.1.7. 청구인에게 한 2018년 귀속 양도소득세 OOO의 부과처분은 이를 취소한다..
(2) 쟁점법인은 쟁점부동산을 현물출자 받은 대가로 청구인에게 쟁점부동산의 평가액OOO에서 실제채무액OOO을 뺀 OOO을 출자지분(자본)으로 발행하였어야 함에도, 실제채무액이 아닌 채권최고액OOO을 뺀 OOO 의 출자지분만을 발행하였는바, 차액 OOO(이하 “쟁점차액”이라 한다)의 성격은 부채라고 보아, 쟁점차액에 대한 이월과세적용을 배제하였다.
(1) 축산업(종계사육)은 오ㆍ폐수로 인한 환경오염과 악취로 인한 민원발생이 빈번하여 인ㆍ허가가 매우 까다롭기에 방대한 자연경계림이 요구되는데, 쟁점임야는 이들 문제를 사전에 방지ㆍ차단하기 위한 경계ㆍ방역림의 역할을 하고 있는바, 축산업 영위를 위해 반드시 필요한 부동산이다.
(2) 쟁점차액은 현물출자 당시 착오로 부채로 계상하였을 뿐, 회계적․법률적․실질적 성격은 부채가 아니라 자본에 해당한다. (가) 처분청은 쟁점차액을 출자지분이 아닌 부채로 처리하였다며, 현물출자가 아닌 일반유상양도로 보고 있으나, 쟁점차액의 법률적ㆍ실질적 성격은 쟁점법인의 자본잉여금(주식발행초과금)으로, 부채가 아닌 자본을 구성하므로 출자지분으로 발생한 것과 동일하다. (나) 현물출자 당시 회계담당자의 단순한 착오로 쟁점차액을 부채로 회계처리하였으나, 법인세신고를 앞두고 결산과정에서 이를 수정하여 재무제표에는 자본(주식발행초과금)으로 기재되어 있다. (다) 처분청 주장에 따라 쟁점차액이 부채가 되려면 청구인의 쟁점법인에 대한 채권자 지위가 인정되어야 하나, 청구인은 청구법인의 출자자(100% 지분소유)일 뿐, 채권자는 아니다.
(1) 쟁점임야는 광대한 자연림 상태(129,083㎡, 39,115평)로서, 단순히 울타리나 담장에 갈음하는 경계림으로 볼 수 없고, 이월과세 신청 시, 청구인이 제출한 쟁점법인의 농업경영체 등록확인서(2018.5.28. 등록)의 사육시설에도 제외되어, 쟁점임야가 축산업에 반드시 필요한 부동산이라는 청구주장은 받아들이기 어렵다.
(2) 쟁점법인은 쟁점부동산을 현물출자 받은 대가로 청구인에게 언제든지 쟁점차액을 추가로 지급할 수 있어, 이월과세요건인 출자지분을 발행한 것이 아니며, 잠재적 채권․채무 상태가 유지되고 있는 것인바, 유상양도와 다르게 볼 이유가 없다.
(3) 청구인은 쟁점차액을 일시적인 착오로 부채로 계상한 것에 불과하다고 주장하나, 기업회계기준상 부채와 자본은 임의 변경이 불가하고, 부채는 출자전환 과정을 거치기 전에는 자본화할 수 없을 뿐만 아니라, 이에 대해 양도소득세의 이월과세를 인정한다는 근거도 없으므로 청구주장은 납득할 수 없다.
① 쟁점임야는 사업용고정자산에 해당한다는 청구주장의 당부
② 쟁점차액은 자본의 구성항목이라는 청구주장의 당부
6. “이월과세(移越課稅)”란 개인이 해당 사업에 사용되는 사업용고정자산 등(이하 이 호에서 “종전사업용고정자산등”이라 한다)을 현물출자(現物出資) 등을 통하여 법인에 양도하는 경우 이를 양도하는 개인에 대해서는 ｢소득세법｣ 제94조 에 따른 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니하고, 그 대신 이를 양수한 법인이 그 사업용고정자산 등을 양도하는 경우 개인이 종전사업용고정자산등을 그 법인에 양도한 날이 속하는 과세기간에 다른 양도자산이 없다고 보아 계산한 같은 법 제104조에 따른 양도소득 산출세액 상당액을 법인세로 납부하는 것을 말한다. 제32조(법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세) ① 거주자가 사업용 고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도·양수의 방법에 따라 법인으로 전환하는 경우 그 사업용 고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다.
② 제1항은 새로 설립되는 법인의 자본금이 대통령령으로 정하는 금액 이상인 경우에만 적용한다.
③ 제1항을 적용받으려는 거주자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 이월과세 적용신청을 하여야 한다.
④ 제1항에 따라 설립되는 법인에 대해서는 제31조 제4항부터 제6항까지의 규정을 준용한다. 제68조(농업회사법인에 대한 법인세의 면제 등) ③ 대통령령으로 정하는 농업인이 2018년 12월 31일 이전에 농업회사법인에 ｢농업·농촌 및 식품산업 기본법｣ 제3조 제1호에 따른 농작물재배업·축산업 및 임업에 직접 사용되는 부동산(제2항에 따른 농지 및 초지는 제외한다)을 현물출자하는 경우에는 이월과세를 적용받을 수 있다. 이 경우 제66조 제9항 및 제10항을 준용한다. 제66조(영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등) ⑨ 제7항을 적용받은 농업인이 현물출자로 취득한 주식 또는 출자지분의 100분의 50 이상을 출자일부터 3년 이내에 처분하는 경우에는 처분일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 제7항에 따른 이월과세액(해당 영농조합법인이 이미 납부한 세액을 제외한 금액을 말한다)을 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도소득세로 납부하여야 한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제28조(중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등) ①법 제31조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 중소기업 간의 통합”이란 …… 당해 기업의 사업장별로 그 사업에 관한 주된 자산을 모두 승계하여 사업의 동일성이 유지되는 것으로서 다음 각호의 요건을 갖춘 것을 말한다.
2. 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액이 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액(통합일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다. 이하 같다)이상일 것 제29조(법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세) ⑤법 제32조 제2항에서 “대통령령으로 정하는 금액”이란 사업용고정자산을 현물출자하거나 사업양수도하여 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액으로서 제28조 제1항 제2호의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다. 제65조(농업회사법인에 대한 세액 감면 등) ⑤ 법 제68조 제1항 또는 제3항에 따라 법인세를 감면받거나 이월과세를 적용받으려는 자는 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액감면신청서, 면제세액 계산서 또는 이월과세적용신청서와 농어업경영체 등록확인서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 이월과세적용신청서는 농업회사법인과 함께 제출하여야 한다.
(3) 상법 제289조(정관의 작성, 절대적 기재사항) ①발기인은 정관을 작성하여 다음의 사항을 적고 각 발기인이 기명날인 또는 서명하여야 한다.
4. 액면주식을 발행하는 경우 1주의 금액
제317조(설립의 등기) ②제1항의 설립등기에 있어서는 다음의 사항을 등기하여야 한다.
1. 제289조 제1항 제1호 내지 제4호, 제6호와 제7호에 게기한 사항
3. 발행주식의 총수, 그 종류와 각종주식의 내용과 수
(4) 농업·농촌 및 식품산업 기본법 제3조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. "농업"이란 농작물재배업, 축산업, 임업 및 이들과 관련된 산업으로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다.
(5) 농업·농촌 및 식품산업 기본법 시행령 제2조(농업의 범위) 농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법(이하 "법"이라 한다) 제3조제1호에 따른 농업은 다음 각 호와 같다.
2. 축산업: 동물(수생동물은 제외한다)의 사육업ㆍ증식업ㆍ부화업 및 종축업(種畜業)
(1) 쟁점①과 관련한 자료는 다음과 같다. (가) 현물출자 전 청구인의 축산업 종사이력은 다음과 같다. OOO (나) 항공사진상 쟁점임야는 청구인이 운영하던 제2ㆍ3종축장의 뒤편에 위치하는데, 청구인은 이를 경계림으로 주장하는 반면, 처분청은 광대한 자연림 상태로 단순한 경계림으로 볼 수 없다는 입장이다. (다) 축산업 시행령 〔별표1〕축산업의 허가 및 등록기준 OOO (2) 쟁점②와 관련한 자료는 다음과 같다. (가) 쟁점부동산의 감정평가보고서(2018.3.12.) 내용은 다음과 같다. OOO (나) 감정평가결과에 따라 청구인은 OOO지방법원 OOO지원에 신주발행의 적정성을 판단해 줄 것을 신청(2018비합3, 2018.3.27.)하여 2018.4.5. 다음과 같이 인가받았다. OOO (다) 청구인은 2018.2.14. ｢농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률｣에 따라 자본금 OOO으로 쟁점법인을 설립(청구인 지분 100%)한 후, 2018.5.1. 쟁점부동산을 현물 출자하였는데, 현물출자와 관련한 회계처리에 대한 양측의 이견은 다음과 같다. OOO (라) 2018.3.26. 체결된 현물출자계약의 주요내용은 다음과 같다. OOO (5) 이상의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여, 처분청은 쟁점임야는 방대한 자연림 상태로 단순한 울타리나 담장에 갈음하는 경계림으로 볼 수 없어, 사업용(축산업) 고정자산은 아니라는 의견이나, 쟁점법인이 일반 법인이 아닌 농업법인에 해당함을 고려하면 축사 주변에 위치한 자연림을 소유한다 하여 이를 사업용부동산이 아니라고 단정하기 어렵겠고, 축사에서 발생하는 악취나 주변에서 발생하는 민원까지 고려하면, 축산업에서의 경계림 역할이란 단순한 경계 또는 울타리의 역할이 아니라 악취를 차단하는 것이 주된 역할이어서 방대할 필요가 있다는 청구주장을 이해하지 못할 바도 아니고, 쟁점임야가 그러한 역할(악취차단 및 민원발생여지 차단)을 실제 수행한다고 인정되는 점, 처분청은 쟁점임야가 축산업허가를 위해 반드시 필요한 자산이 아니라는 점도 처분근거로 제시하나, 사업을 허가받기 위해 필요한 자산과 그 사업에 실제 사용하는 자산은 반드시 일치하는 것이 아닌 이상, 허가에 필요한 자산이 아니라는 이유로 사업용으로 사용되지 않았다고 단정할 수 없는 점, 그 밖에 비사업용으로 볼만한 객관적인 과세근거를 처분청이 제시하지 못하는 점 등에 비추어, 쟁점임야를 비사업용부동산으로 단정하여 이월과세적용 부동산에서 제외한 처분에는 잘못이 있는 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여, 처분청은 현물출자 당시 실제 부채도 아닌 채권최고액을 부채로 계상할 정당한 이유가 없음에도, 청구법인의 장부에 채권최고액을 부채로 계상한 점, 쟁점차액이 거액인 점을 고려하면 단순 실수로 부채로 계상한 것으로 인정할 수 없는 점, 추후 청구인이 언제든지 쟁점법인으로부터 자금을 인출할 수 있는 점 등에 비추어, 쟁점차액은 쟁점법인과 청구인간에 형성된 잠재적인 채권․채무관계로 보아야 한다는 의견이나, 최초 장부상 부채로 계상되었다 하더라도, 결산 및 법인세신고를 앞두고 자본으로 정정하여 신고된 이상, 쟁점차액의 조세법률관계는 부채가 아닌 자본으로 확정된 것으로 보아야 하는 점, 청구인이 쟁점부동산을 현물출자하면서 주식(지분) 외에 다른 대가를 받은 것이 확인되지 않은 이상(청구인이 부담할 쟁점부동산에 담보된 부채를 쟁점법인에게 승계시킨 부분을 유상양도로 볼지 여부는 별론으로 한다), 쟁점차액은 청구인이 수령한 지분(주식)의 가치에 내재된 것으로 보아야 하는 점, 청구인에게 발행된 주식가액이 현물출자한 부동산의 가치 보다 낮더라도, 주식의 발행가액은 표면적․형식적인 것에 불과하여 출자지분으로서의 주식가치를 정당하게 표상한다고 보기 어렵고, 주식의 진정한 가치는 발행가액 등으로 선제적으로 나타나는 것이 아니라, 법인의 (순자산등) 가치 평가에 따라 사후적으로 나타나는 것임을 감안하면, 현물출자에 따라 청구인이 받은 지분의 가치는 발행가액이 아닌 쟁점부동산이 포함된 쟁점법인의 가치로 평가되어야 하는 점, 추후 청구인이 쟁점법인으로부터 인출하는 금원은, 사외유출로 보아 대표자 가지급금이나 상여․배당 등으로 처분할 수 있음에도, 추후 인출가능성을 염려하여 쟁점차액을 잠재적인 채권․채무관계로 보겠다는 처분청의 의견은 자의적인 추정에 불과한 점, 법원은 채권최고액을 부채로 보아 신주발행가액을 산정하였는데, 세법상 이월과세적용을 위하여 법원이 결정한 지분가액과 상이한 지분가액을 요구할 경우, 납세자는 자신이 책임질 수 없는 사정으로 이월과세를 적용 받을 수 없게 되어 납세자권리가 침해되는 결과가 되는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점차액을 쟁점법인의 부채로 보아 그 금액에 상응하는 양도소득에 대한 이월과세의 적용을 배제한 처분에는 잘못이 있다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.