쟁점토지의 취득시기가 등기원인일인지, 아니면 소유권이전등기접수일인지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. OOO(이하 “청구종중”이라 한다)은 OOO 임야 290,182㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를부동산 소유권이전등기 등에 관한 특별조치법(이하 “특별조치법”이라 한다)에 의해 2008.5.23. 소유권이전등기(등기원인일: 1990.1.3.) 하였다가 2017.12.27. 양도하고, 등기원인일을 취득시기로 보고 취득가액을 환산가액으로 하여 2018.2.23. 2017년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고‧납부하였다.
• 나. 청구종중은 2018.6.1.국세기본법제13조 제2항의 법인으로 보는 단체로서 비영리법인에 해당하므로 양도소득세 납세의무가 없다고 보아 양도소득세를 환급하여 달라는 내용의 경정청구를 하였으나, 처분청은 청구종중이 쟁점토지 양도 이후인 2018.3.12. 법인으로 보는 단체로 승인 받았기 때문에 양도 당시에는 법인으로 보는 단체에 해당하지 아니하며, 법인세법 시행령제3조에 따라 최초 사업연도의 기간이 1년을 초과하므로법인세법이 적용되지 않는다는 이유로 2018.7.25. 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구종중은 2018.10.8. 쟁점토지의 취득시기를 소유권이전등기 접수일(2008.5.23)로 보아 양도소득세를 산정해 달라는 내용의 이의신청을 거쳐 2019.2.11. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구종중은 쟁점토지를 2008.5.23. 특별조치법에 따라 소유권이전등기를 하여 취득한바, 취득 당시 제출한 보증서를 보면 매매대금도 기재되어 있지 아니하고, 대금 청산에 관한 내용도 없어 등기원인일인 1990.1.3.은 소유권이전등기를 하는 과정에서 임의로 기재한 것에 불과하고 매매대금이나 매매대금을 지급한 날도 정확히 알지 못한다고 할 것이다. 특별조치법에 의해 자산을 취득하더라도 취득 관련 증빙이 없어 잔금청산일이 분명하지 아니한 경우에는소득세법제98조에 따라 등기부 등록부 등에 기재된 등기 등록일 또는 명의개서일을 그 취득시기로 보는 것인바, 특별조치법에 의하여 등기이전된 쟁점토지는 청구종중이 당해 부동산을 사실상 소유하고 있다는 사실을 확인하고 있을 뿐이고, 확인서에 기재되어 있는 양수일에 매매대금을 지급하였음을 증명하는 것이 아님을 알 수 있다. 따라서 대금청산일이 분명하지 아니한 쟁점토지의 취득시기를 소유권이전등기접수일인 2008.5.23. 보아 취득가액을 산정하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구종중은 소유권이전등기를 위하여 쟁점토지를 OOO으로부터 1990.1.3. 매수하여 사실상 보유하고 있음을 OOO에 확인 신청하였고, 쟁점토지가 소재한 마을의 주민 3인도 그러한 사실을 연대 보증한 점, 2018.2.23. 2017년 귀속 양도소득세 과세표준 신고시 청구종중은 취득시기를 등기원인일인 1990.1.3.로 기재하여 제출한바 있으며, 쟁점토지의 매매대금 및 잔금지급일자가 불분명하다고 주장할 뿐 등기원인이 허위임을 입증할 만한 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있는 점, 취득당시 양도인의 명칭이 OOO으로 표기되어 있어 대대로 내려오는 종중소유의 토지임을 유추할 수 있는 점 등을 종합하여 볼 때, 처분청이 등기원인일인 1990.1.3.을 쟁점토지의 취득시기로 보아 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 특별조치법에 따라 등기한 쟁점토지의 취득시기가 등기원인일(1990.1.3.)인지, 아니면 소유권이전등기접수일(2008.5.23.)인지 여부
• 나. 관련법령

(1) 소득세법 제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다. 부칙<제4803호, 1994.12.22.> 제8조(양도자산의 취득기간에 관한 의제) 제94조 제1호에 규정하는 자산으로서 1984년 12월 31일 이전에 취득한 것은 1985년 1월 1일에 취득한 것으로 보며, 동조 제2호 내지 제5호에 규정하는 자산의 경우로서 대통령령이 정하는 자산에 대하여는 대통령령이 정하는 날에 취득한 것으로 본다. (2) 소득세법 시행령 제162조(양도 또는 취득의 시기) ① 법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의개서일

⑥ 법률 제4803호 소득세법 개정 법률부칙 제8조에서 "대통령령이 정하는 자산"이라 함은 다음 각호의 자산을 말한다.

1. 1984년 12월 31일 이전에 취득한 법 제94조 제1항 제2호 및 제4호의 자산

3. 1985년 12월 31일 이전에 취득한 법 제94조 제1항 제3호의 자산

⑦ 법률 제4803호 소득세법 개정 법률부칙 제8조에서 "대통령령이 정하는 날"이라 함은 다음 각 호의 날을 말한다.

1. 법 제94조 제1항 제2호 및 제4호의 자산의 경우에는 1985년 1월 1일

3. 법 제94조 제1항 제3호의 자산의 경우에는 1986년 1월 1일

(3) 부동산 소유권이전등기 등에 관한 특별조치법 제3조(적용범위) 이 법은 제2조 제1호에 규정된 부동산으로서 1995년 6월 30일 이전에 매매・증여・교환 등 법률행위로 인하여 사실상 양도된 부동산, 상속받은 부동산과 소유권보존등기가 되어 있지 아니한 부동산에 대하여 이를 적용한다. 제5조(토지의 이동신청 등) ① 부동산의 사실상의 양수인, 상속받은 부동산의 소유자 또는 소유자 미복구 부동산의 사실상의 소유자는 자기명의로 대장소관청에 토지의 이동 또는 건축물표시변경의 신청을 할 수 있다.

② 제1항의 규정에 따른 신청서에는 제10조 제2항의 규정에 따른 보증서(이하 "보증서"라 한다)를 첨부하여야 한다.

③ 제1항의 규정에 따른 양수인 및 소유자는 대장의 등록사항에 오류가 있음을 발견한 때에는 대장소관청에 그 정정을 신청할 수 있다. 이 경우지적법제24조 제4항의 규정에 따른 등기필증, 등기부등본・초본 또는 등기관서에서 제공한 등기전산정보자료와 건축 관계 법령에 따른 건물의 등기필증 또는 등기부등본은 제10조의 규정에 따른 확인서(이하 "확인서"라 한다)로 갈음한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구종중의 심판청구서 및 처분청의 심리자료 등에 의하면, 아래와 같은 사실들이 나타난다. (가) 청구종중은 쟁점토지를 1990.1.3. 매매를 원인으로 하여 2008.5.23. 소유권이전등기를 하고 보유하다가 2017.12.27. 양도하였으며, 등기원인일인 1990.1.3.를 취득시기로 보고 환산가액을 취득가액으로 하여, 2018.2.23. 2017년 귀속 양도소득세 OOO원을 아래 <표>와 같이 신고한 후 2018.5.28. 양도소득세 납세의무가 없다는 내용으로 경정청구를 하였다. <표> 양도소득세 신고내역 (나) 등기부등본에 의하면, 쟁점토지에 대하여 1945.3.10. 매매를 등기원인으로 하여 OOO으로 소유권이전등기 하였다가 1990.1.3. 매매를 등기원인으로 하여 청구종중이 매수한 것으로 나타난다. (다) 처분청은 2018.10.17. 청구종중에게 등기부등본에 나타난 OOO과 청구종중과의 관계, 등기원인일을 1990.1.3.로 한 근거에 대한 보정을 요구한바, OOO은 호가 지산인 개인인 것으로 알고 있고, 소유권이전등기를 할 당시 중개사무소에서 종중이 관리한지는 20년 정도 되니 등기원인일을 1990.1.3.로 하면 된다고 하여 등기하게 되었다는 보충서면을 제출하였으며, 등기원인일이 허위임을 입증할 만한 객관적 증빙자료를 제시하지는 못하였다. (라) 청구종중이 특별조치법에 따라 소유권이전등기를 신청하기 위해 OOO에게 제출한 확인서 발급신청서에는 쟁점토지를 1990.1.3. 매수하여 현재(발급신청일) 사실상 소유하고 있음을 확인해 줄 것을 신청한 내용이 나타난다. (마) 청구종중이 확인서 발급신청시 제출한 보증서는 쟁점토지가 소재하고 있는 마을에 거주하던 3인으로부터 2007.2.3. 확인받은 것으로, 쟁점토지를 1990.1.3.부터 청구종중이 매수하여 현재까지 사실상 소유하고 있음을 연대하여 보증하며, 보증한 사항에 대하여 민‧형사상 책임을 진다는 내용이 기재되어 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 쟁점토지에 대한 소유권보존등기 및 소유권이전등기를 할 당시 OOO에게 제출한 보증서 및 확인서 발급신청서에 청구종중이 1990.1.3. 매매로 취득하여 사실상 보유하고 있다고 기재되어 있는 점, 청구종중은 쟁점토지를 양도한 후 2018.2.23. 2017년 귀속 양도소득세 과세표준 신고시 청구종중은 취득시기를 등기원인일인 1990.1.3.로 기재하여 제출한 반면에 쟁점토지의 매매대금 및 잔금지급일자가 불분명하다고 주장할 뿐 등기원인이 허위임을 입증할 만한 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점토지의 등기원인일인 1990.1.3.을 취득시기로 보아 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.