비감면사업의 귀속세액을 한도로 5년간 이월공제가 적용되는 것으로 보아야 할 것인 점 등에 비추어 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨.
비감면사업의 귀속세액을 한도로 5년간 이월공제가 적용되는 것으로 보아야 할 것인 점 등에 비추어 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨.
OOO세무서장이 2018.12.18. 청구법인에게 한 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.
○ 지역감면(대산) 지역감면(여수) 비감면사업 (감면미개시) × <표2> 청구법인의 경정청구 전 공제․감면 적용 현황 (단위: 백만원)
- 다. 청구법인은 2015.1.28. 비감면사업에서 발생한 쟁점투자세액공제액을 법인 전체의 산출세액(비감면사업은 귀속세액이 없으므로 결국 감면사업의 귀속세액)에서 공제하여야 한다고 하여 처분청에 쟁점사업연도의 법인세 합계 OOO(2011사업연도분 OOO2012사업연도분 OOO2013사업연도분 OOO)의 감액을 구하는 경정청구를 제기하였다.
- 라. 처분청은 감면사업과 비감면사업을 구분경리하는 경우 후자에서 발생한 투자세액공제는 동 사업에 귀속되는 세액을 한도로 하여야 하는데, 해당 세액이 없으므로 공제할 세액도 없다는 이유로 2015.7.31. 이를 거부하였다.
- 마. 청구법인은 이에 불복하여 2015.10.21. 심판청구를 제기하였고, 우리 원은 2018.8.24. 비감면사업에서 발생한 쟁점투자세액공제액을 법인 전체의 산출세액(비감면사업은 귀속세액이 없으므로 결국 감면사업의 귀속세액)에서 공제하는 것은 타당하지 않으나(주위적 청구에 대하여는 기각결정), ｢ 조세특례제한법｣ 제121조의2 에 의한 외국인투자에 대한 법인세 등의 감면이 적용되지 않는 사업에서 발생한 같은 법 제26조에 의한 고용창출투자세액공제액 중 비감면사업에 귀속되는 산출세액이 없어 공제받지 못한 세액은 해당 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 5년 이내에 끝나는 각 사업연도에 이월하여 그 이월된 각 사업연도의 비감면사업에 귀속되는 산출세액의 범위 안에서 공제하여야 한다(예비적 청구에 대하여는 인용결정)는 취지로 결정(조심 2015전5379, 이하 “당초결정”이라 한다)하였다.
- 바. 청구법인은 당초결정을 근거로 2018.9.7. 처분청에 2015～2017사업연도 법인세 OOO의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2018.12.18. 이를 거부하였다.
- 사. 청구법인은 이에 불복하여 2018.12.28. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
- 가. 청구법인 주장
(1) 조세심판원의 당초결정 주문대로 청구법인의 쟁점사업연도 여수신공장에서 발생하여 공제받지 못한 투자세액공제금액은 이월하여 2015～2017사업연도 여수신공장에 귀속되는 산출세액에서 공제되어야 한다. 처분청은 조세심판원의 당초결정이 부적법하고, 이 건에 기속력이 없다는 의견이나, ｢ 국세기본법｣ 제80조 에 의하면 경정청구 거부처분의 취소를 구하는 심판청구에서 단순 취소 처분 뿐만 아니라, ‘필요한 처분’의 결정을 할 수 있으므로 당초결정은 적법한 결정으로서 기속력이 있는 것으로 보아야 하고, 국세청 유권해석과 국세기본법 집행기준(서면1팀-436, 2005.4.22. 외)에서도 심판청구의 결정이 있는 경우 과세관청은 결정의 취지에 따라 필요한 처분을 하여야 하는 것이며, 심지어 그 결정에 오류가 있음에도 불구하고 재결청의 결정은 기속력이 있음을 분명히 밝히고 있다.
(2) 처분청은 당해 사업연도에 발생한 세액을 당해 사업연도에 공제할 때에는 법인 내의 사업을 별도의 독립된 사업장으로 전제하고 해당 사업장별 산출세액을 한도로 세액공제 하여야 한다고 하면서, 해당 사업장에 산출세액이 없어 공제 받지 못한 세액공제액은 법인 전체적으로는 산출세액이 있기 때문에 이월할 수 없다는 의견이나, 사업장별로 구분경리가 수행되어 비감면사업의 귀속세액을 한도로 하는 경우에는 해당 사업에서 발생한 세액을 공제하는 것으로 허용하였는바, 세액공제의 이월도 구분경리한 비감면사업을 기준으로 이월된다고 보는 것이 합리적인 법적용이다.
- 나. 처분청 의견
(1) 조세심판원 결정의 효력은 그 결정의 대상인 처분의 구체적 위법사유에 관한 판단에만 미치는 것이므로, 당초 불복의 대상이 되는 거부처분의 범위를 넘어선 당초결정의 주문 내용은 이 건 경정청구 거부처분을 기속하지 아니한다. (가) ｢국세기본법｣ 제55조 에서 불복은 권리나 이익을 침해당한 자가 제기할 수 있는 것으로, 청구법인이 당초 제기한 심판청구의 경우 처분청의 경정청구 거부처분의 대상이 되는 사업연도는 쟁점사업연도였고, 청구법인의 예비적 청구는 2015년 이후 사업연도에 대한 경정을 요구하는 청구여서 당초부터 적법한 청구라고 할 수 없어 각하 결정의 대상이다. (나) 심판청구에 대한 인용결정이 있게 되면 ｢국세기본법｣ 제80조 에 따라 해당 결정의 기속력에 근거하여 행정청은 즉시 결정의 취지에 따라 필요한 처분을 하여야 하는 것인데, 필요한 처분은 거부처분의 대상 사업연도인 쟁점사업연도에 대하여 즉시 결정의 취지에 따른 필요한 결정을 하여야 하는 것이나, 조세심판원 당초 결정의 주문 내용은 필요한 처분의 대상 사업연도와 무관한 2014년 이후 사업연도에 대한 결정이어서 필요한 처분 자체가 존재하지 않으므로 현실적인 기속력도 존재하지 않는다. (다) 한편, 당초 결정 주문의 취지대로 이월세액공제를 적용하여 경정을 하기 위해서는 불가피하게 ‘경정청구’의 절차를 거치게 되는데 만약 기속력을 인정하게 되면 당초 불복의 대상도 아니고, 불복을 거친 적도 없는 2014년 이후 사업연도에 대한 행정청의 경정권한이 근거 없이 제한되는 결과를 초래할 뿐만 아니라, 이 건의 경우 경정청구의 내용(사업연도, 소득의 구분, 소득의 귀속 사업연도 등 신고내용)에 따라 세액의 공제 여부를 재차 판단하여 경정할 수밖에 없어 새로운 분쟁을 야기하게 되는 바, 주문의 내용이 모호하면 기판력(본 건의 경우 기속력)의 객관적 범위가 불분명해질 뿐만 아니라 집행력·형성력 등의 내용도 불확실하게 되어 새로운 분쟁을 일으킬 위험이 있으므로 판결주문에서는 청구를 인용하고 배척하는 범위를 명확히 하여야 한다는 대법원 판결(대법원 2006.9.28. 선고 2006두8334 판결)의 취지에도 부합하지 않는다. (라) 아울러, 경정청구의 절차를 거쳐 경정을 하는 경우 당초결정에 따라 처분청이 필요한 처분을 하여야 하는 기속력과 ｢국세기본법｣에 따른 경정청구 절차에 따른 처분청의 경정권한이 상충되어 반복적인 불복제기 등 기속력과 경정청구 절차와의 절차상·개념상 모순이 발생하는 문제점을 피할 수 없다. (마) 결국, 기속력의 범위는 결정서의 주문 및 그 전제로 인정된 요건사실들에 대해서만 미치는 것으로 이는 부당한 처분이나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자가 ‘필요한 처분’에 관하여 불복을 청구하고 이러한 청구의 범위 내에서만 결정된 주문의 효력만을 인정할 수 있는바, 당초결정 주문의 내용 중 예비적 청구에 대한 주문은 필요한 처분의 범위를 넘어선 부적법한 청 구에 대한 ‘새로운 처분’에 관한 한 결정이므로 명백하게 ｢국세기본법｣ 을 위배한 것이므로 그 기속력을 인정받기는 어렵다.
(2) 비감면사업에 귀속되는 산출세액이 없어 공제받지 못한 투자세액공제액은 이월하여 공제할 수 없다. (가) 미공제투자세액의 이월공제는 ｢조세특례제한법｣ 제144조 에 따라 공제할 세액 중 ① 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나, ② 제132조에 따른 법인세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 금액을 다음 과세연도 개시일부터 5년 이내에 이월하여 이월된 각 과세연도의 법인세에서 공제하는 것이므로 법인세 납부세액이 발생하는 청구법인의 경우에는 같은 법 제144조에 따른 이월공제 사유에 해당하지 않아 2011～2013사업연도에 대한 공제되지 아니한 투자세액공제액은 다음연도로 이월하여 공제할 수 없다. (나) 또한, ｢조세특례제한법｣ 제144조 외에 중소기업간 통합이나 개인기업이 법인전환 하는 경우 또는 법인이 합병하거나 분할하는 경우 등과 같이 미공제 세액의 이월 또는 승계가 필요한 경우 별도의 규정에 명시하여 세액공제의 이월을 허용하고 있는바, 모든 세액공제의 미공제세액이 발생하는 경우 당연히 이월되는 것이라는 판단에 근거하여 본 청구의 경우에도 당연히 이월공제의 대상이 된다는 주장은 타당하지 않다. (다) 아울러, 당초결정의 이유에서 ‘해당 사업연도 비감면사업에 귀속되는 산출세액이 없어 공제받지 못한 고용창출투자세액공제액이 있는 경우 이월하여 5년 이내 비감면사업에 귀속되는 산출세액의 범위 안에서 공제하는 것이 세액공제 원리상 타당하다’고 판단하였으나, ‘세액공제의 원리’란 미공제 세액공제액은 이월하여(사업범위 내에서) 공제하는 게 합리적이라는 취지의 일견 조리(條理)로 이해되는바, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장 해석하거나 유추 해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다 할 것(대법원 2002.4.12. 선고 2001두731 판결)이어서 조리 역시 조세법의 법원으로 인정할 여지가 없으므로(헌법재판소 2000.2.24. 결정 97헌마13) 당초결정에서 ‘세액공제의 원리’를 근거로 이월할 수 있다고 판단한 것은 달리보면 ｢조세특례제한법｣ 제144조 에 명시적인 규정이 없음에도 조리상 합리적이라는 판단에 근거하여 이월하는 것이 타당하다는 판단이므로 조세법률주의의 원칙상 허용되기 어려운 내용이다. (라) 한편, 국세청 역시 본건에 대하여 2014년 이후 사업연도에 미공제세액을 이월하여 공제할 수 없음을 명확하게 유권해석 하였다(기준-2015-법령해석법인-52, 2015.7.28).
(1) 국세기본법 제65조【결정】① 심사청구에 대한 결정은 다음 각 호의 규정에 따라 하여야 한다.
3. 심사청구가 이유 있다고 인정될 때에는 그 청구의 대상이 된 처분의 취소ㆍ경정 결정을 하거나 필요한 처분의 결정을 한다. 다만, 취소ㆍ경정 또는 필요한 처분을 하기 위하여 사실관계 확인 등 추가적으로 조사가 필요한 경우에는 처분청으로 하여금 이를 재조사하여 그 결과에 따라 취소ㆍ경정하거나 필요한 처분을 하도록 하는 재조사 결정을 할 수 있다. 제81조【심사청구에 관한 규정의 준용】심판청구에 관하여는 제61조 제3항ㆍ제4항, 제63조, 제65조(제1항 제1호 가목 중 심사청구와 심판청구를 같은 날 제기한 경우는 제외한다) 및 제65조의2를 준용한다. 이 경우 제63조 제1항 중 "20일 이내의 기간"은 "상당한 기간"으로 본다.
(2) 조세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12173호로 일부개정되기 전의 것) 제26조【고용창출투자세액공제】① 내국인이 2014년 12월 31일까지 대통령령으로 정하는 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자와 수도권과밀억제권역 내에 투자하는 경우는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 하는 경우로서 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도의 상시근로자 수보다 감소하지 아니한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 더한 금액을 해당 투자가 이루어지는 각 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 제127조【중복지원의 배제】② 내국인이 이 법에 따라 투자한 자산에 대하여 제5조, 제11조, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제94조 및 제104조의18 제2항이 동시에 적용되는 경우와 동일한 과세연도에 제26조 및 제30조의4가 동시에 적용되는 경우에는 각각 그 중 하나만을 선택하여 적용받을 수 있다.
③ 내국인에 대하여 동일한 과세연도에 제5조, 제11조, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제30조의4, 제94조, 제104조의14, 제104조의15 및 제104조의18 제2항을 적용할 때 제121조의2또는 제121조의4에 따라 소득세 또는 법인세를 감면하는 경우에는 해당 규정에 따라 공제할 세액에 해당 기업의 총주식 또는 총지분에 대한 내국인투자자의 소유주식 또는 지분의 비율을 곱하여 계산한 금액을 공제한다.
④ 내국인이 동일한 과세연도에 제6조, 제7조, 제12조의2, 제31조 제4항·제5항, 제32조 제4항, 제33조의2, 제62조 제4항, 제63조, 제63조의2 제2항, 제64조, 제66조부터 제68조까지, 제85조의6 제1항·제2항, 제104조의24 제1항, 제121조의8, 제121조의9 제2항, 제121조의17 제2항, 제121조의20 제2항, 제121조의21 제2항 및 제121조의22 제2항에 따라 소득세 또는 법인세가 감면되는 경우와 제5조, 제8조의3, 제11조, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제30조의4, 제94조, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18 제2항, 제104조의22, 제104조의25 및 제126조의7 제8항에 따라 소득세 또는 법인세가 공제되는 경우를 동시에 적용받을 수 있는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 적용받을 수 있다.
⑤ 내국인의 동일한 사업장에 대하여 동일한 과세연도에 제6조, 제7조, 제12조의2, 제31조 제4항·제5항, 제32조 제4항, 제33조의2, 제62조제4항, 제63조, 제63조의2 제2항, 제64조, 제85조의6 제1항·제2항, 제104조의24 제1항, 제121조의8, 제121조의9 제2항, 제121조의17 제2항, 제121조의20 제2항, 제121조의21 제2항, 제121조의22 제2항과 제121조의2 또는 제121조의4에 따른 소득세 또는 법인세의 감면규정 중 둘 이상의 규정이 적용될 수 있는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 적용받을 수 있다.
⑩ 제3항과 제4항을 적용할 때 제143조에 따라 세액감면을 적용받는 사업과 그 밖의 사업을 구분경리하는 경우로서 그 밖의 사업에 공제규정이 적용되는 경우에는 해당 세액감면과 공제는 중복지원에 해당하지 아니한다. 제143조【구분경리】① 내국인은 이 법에 따라 세액감면을 적용받는 사업(감면비율이 2개 이상인 경우 각각의 사업을 말하며, 이하 이 조에서 "감면대상사업"이라 한다)과 그 밖의 사업을 겸영하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 구분하여 경리하여야 한다. 제144조【세액공제액의 이월공제】① 제5조, 제7조의2, 제8조의3, 제10조, 제11조, 제12조 제2항, 제12조의3, 제12조의4, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제29조의2, 제30조의2, 제30조의4, 제94조, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18, 제104조의22, 제104조의25, 제126조의6, 제126조의7 제8항 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 공제할 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조에 따른 법인세 최저한세액 및 소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 5년(제5조에 따라 공제할 세액으로서 중소기업이 설립일로부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 7년) 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세[사업소득(제126조의6을 적용하는 경우에는 ｢소득세법｣ 제45조 제2항 에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득을 포함한다)에 대한 소득세만 해당한다] 또는 법인세에서 공제한다.
② 각 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제할 금액으로서 제5조, 제7조의2, 제10조, 제11조, 제12조 제2항, 제12조의3, 제12조의4, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제29조의2, 제30조의2, 제30조의4, 제94조, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18, 제104조의25, 제126조의6, 제126조의7 제8항 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 공제할 금액과 제1항에 따라 이월된 미공제 금액이 중복되는 경우에는 제1항에 따라 이월된 미공제 금액을 먼저 공제하고 그 이월된 미공제 금액 간에 중복되는 경우에는 먼저 발생한 것부터 차례대로 공제한다. (3) 법인세법 제45조 【합병 시 이월결손금 등 공제 제한】① 합병법인의 합병등기일 현재 제13조 제1호의 결손금은 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액[제113조 제3항 단서에 해당되어 회계를 구분하여 기록하지 아니한 경우에는 그 소득금액을 대통령령으로 정하는 자산가액 비율로 안분계산(按分計算)한 금액으로 한다. 이하 이 조에서 같다]의 범위에서는 공제하지 아니한다.
④ 제44조의3 제2항에 따라 합병법인이 승계한 피합병법인의 감면 또는 세액공제는 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액 또는 이에 해당하는 법인세액의 범위에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 이를 적용한다.
(1) 2018.8.24. 우리 원의 당초결정 이후 청구법인은 2018.9.7. 처분 청에 당초결정 주문내용대로 2015～2017사업연도 법인세 OOO 원을 환급하여 달라는 취지로 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2018.12.18. 이를 거부한 사실이 나타난다.
(2) 당초결정 결정서의 주요 내용은 다음과 같다. (가) 주요 사실관계
1. 청구법인은 외국인지분율이 50%이고, 대산공장과 여수공장의 소득을 구분경리하고 있다.
2. 청구법인의 쟁점사업연도 투자구분별 투자세액공제액 내역은 아래와 같다.
3. 청구법인은 쟁점사업연도 법인세 신고시 감면사업에 대해서는 외국인지분에 대한 외국인투자세액감면과 내국인지분에 대한 고용창출투자세액공제를 신청하여 세액감면 및 세액공제를 받았으나, 비감면사업에 대해서는 신규투자만 이루어지고 소득이 발생하지 아니하여 세액감면 및 세액공제를 적용받지 아니하였다.
4. 국세청장은 OOO지방국세청장으로부터 과세기준자문신청을 받아 아래와 같이 회신한 것으로 나타난다.
5. 2010년 기재부해석(조세특례제도과-284, 2010.3.23.)은 아래와 같은 내용이다.
6. 조특법 제127조 제10항을 신설한 2012년 간추린 개정세법은 아래와 같은 내용이다. (나) 예비적 청구에 대한 청구법인 주장 및 처분청 의견 (다) 주문내용
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다. 처분청은 당초결정의 주문이 각하 결정 대상인 청구주장에 대한 것이어서 위법하거나, 당초결정이 불복청구 대상기간 이후 사업 연도에 대한 것이어서 이 건 경정청구 거부처분에는 기속력이 없다는 의견이나, 당초결정의 예비적 청구에 대한 주문은 2011～2013사업연도 비감면사업에서 발생된 세액공제액의 이월공제 여부에 대한 것으로 위 사업연도 중 비감면사업에 귀속되는 산출세액이 없어 발생된 고용창출투자세액공제액이 전액 이월공제 대상이 됨에 따라 감액경정 세액이 발생하지 아니하였다는 결과만으로 동 주문이 위법하다는 취지의 처분청 의견은 받아들이기 어려운 점, 청구법인은 당초 심판청구시 예비적 청구에서 고용창출투자세액공제 이월공제 적용을 주장하였고, 처분청은 이에 대한 답변시 거부의견을 표명하였는바, 위와 같은 청구주장과 처분청 답변은 이월공제에 따라 그 세액에 영향을 미치는 2014사업연도 이후 사업연도에 대한 경정청구 및 거부처분에 준하는 절차로 볼 수 있어 당초 결정이 이 건 처분에 기속력을 갖는 것으로 볼 수 있는 점, 과세처분에 관한 불복절차에서 불복사유가 옳다고 인정하고 이에 따라 필요한 처분을 하였을 경우에는 불복제도와 이에 따른 시정방법을 인정하고 있는 위 법 규정의 취지에 비추어 동일 사항에 관하여 특별한 사유 없이 이를 번복하고 다시 종전의 처분을 되풀이할 수는 없다할 것(대법원 2016.10.27. 선고 2016두42999 판결 참조)인바, 이 건 당초결정 당시 판단의 근거가 된 사실관계 등이 이 건 처분 당시와 동일하고, 사업연도만 달리 한 것이어서 당초결정 주문 내용과 다른 과세처분 내지 결정은 타당하지 아니한 점, 설령, 처분청 의견대로 당초결정의 주문이 이 건 처분에 기속력이 미치지 않는 것으로 본다 하더라도, 2013.1.1. 신설된 조특법 제127조 제10항은 원칙적으로 세액공제와 세액감면의 중복적용을 배제하고 있으나 사업장별 엄격한 구분경리를 전제로 각 사업장별 세액감면과 세액공제를 허용하는 내용을 명문화 한 것으로 처분청도 청구법인의 감면적용대상 사업장과 비감면사업장을 각각 구분경리 하고 있는 사실에 대해서는 별다른 다툼이 없는 이상, 비감면사업에서 세액공제는 감면사업의 세액감면과 중복지원에 해당하지 않고, 비감면사업의 귀속세액을 한도로 5년간 이월공제가 적용되는 것으로 보아야 할 것인 점 등에 비추어 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.