쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 부과제척기간 10년을 적용하여 이 건 부가가치세 등을 부과한 것이 부당하다는 청구주장의 당부 등

[주 문] OOO세무서장이 2019.1.9. 청구법인에게 한 부가가치세 2011년 OOO원의 부과처분 관련 심판청구는 각하하고, 나머지 심판청구는 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 2010.9.2. OOO을 사업장으로 하여 설립된 후, 배전반 관련 제조업을 영위하다가 2013.1.1. 폐업한 법인이다.
• 나. 청구법인은 2011년 제1기 및 제2기 부가가치세 과세기 간 중 OOO에서 비철금속 도매업을 영위한(2011.3.2. 개업, 2012.9.27. 폐업) OOO으로부터 공급가액 합계 OOO의 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 함)를 수취한 후, 해당 과세기간에 대한 부가가치세 및 법인세 신고시 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하고, 사업연도 소득금액 계산상 손금에 산입하였다.
• 다. OOO세무서장은 2013.11.29.부터 2014.1.3.까지 쟁점거래처에 대한 부가가치세 조사를 실시하여 쟁점세금계산서가 실물거래 없이 청구법인에게 교부된 가공세금계산서로 판단하였고, 동 조사사항을 처분청에 과세자료로 통보하였다.
• 라. 처분청은 이에 따라 쟁점세금계산서 상 매입세액을 매출세액에서 불공제한 후, 2019.1.9. 청구법인에게 부가가치세 2011년 OOO원을 경정․고지하였고, 2019.1.14. 청구법인에게 2011사업연도 법인세 OOO원을 경정․지하였다.
• 마. 청구법인은 이에 불복하여 2019.4.12. 이의신청을 거쳐 2019.9.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인은 2011년 4월부터 2011년 12월까지 쟁점거래처로부터 LS차단기, 재활용차단기, 전선 등을 매입하여 청구법인의 주 생산품인 분전반, MCCB속판을 제조하여 거래처에 납품하였는바, 이는 청구법인 거래처원장의 일자별 매입거래내역 및 쟁점거래처에게 매입대금을 송금한 내역이 나타나는 금융증빙자료에 의해 확인된다. 청구법인은 2013.1.1. 폐업한 관계로 쟁점거래처로부터 거래 당시 수취한 거래명세표 등 증빙서류를 모두 폐기하거나 분실하여 현재는 보관하고 있지 아니하고, 법적 보관의무 기간도 경과하여 추가적인 증빙확보가 불가능하며, 입증서류로 제시한 금융거래 자료는 2011년 당시 청구법인이 거래한 은행의 지점장을 겨우 수소문하여 두 달여 만에 어렵게 확보한 자료이다. 결국, 청구법인이 거래처원장 및 금융거래 증빙자료 등을 쟁점세금계산서 거래가 정상거래임을 입증하였음에도 OOO세무서장의 쟁점거래처에 대한 조사 당시 대표이사가 진술한 사항만을 바탕으로 하여 쟁점세금계산서를 가공자료로 보아 이 건 부가가치세 등을 부과한 처분은 부당하다. 또한, 처분청은 이 건 부가가치세 등 부과처분에 있어 국세부과제척기간을 10년으로 적용하였으나, 위에서 본 바와 같이 쟁점세금계산서 거래는 실물이 동반된 정상적인 거래이므로 이를 사기․기타 부정한 행위로 보는 것은 부당하므로 이 건 부가가치세 등 부과처분은 국세부과제척기간이 도과된 것으로 부당하다.

(2) 처분청의 이 건 부가가치세 등 경정고지가 이루어진 시점은 처분청이 OOO세무서장으로부터 과세자료를 통보받은 2014년부터 5년여가 경과된 때로 쟁점세금계산서 거래가 있었던 2011년을 기준으로 하면 무려 7년, 정확하게는 2,466일이 경과되어 부과처분을 한 것이다. 처분청의 실무적인 부분을 고려하더라도 조사통지 후 5년이나 경과된 시점에서 부가가치세 등을 경정․고지하면서 납부불성실가산세를 산정한 것은 지나치게 부당하므로 과다하게 산정된 납부불성실가산세를 취소하여야 한다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구법인이 장부 보존기간 5년이 경과되었음에도 불구하고 쟁점거래처에 대한 거래처별원장 및 금융거래 증빙자료 등을 제출한 사실은 있으나, 쟁점거래처의 대표자가 세무조사 당시 청구법인과의 거래가 위장 금융거래 등을 통해 이루어진 가공거래라는 사실을 인정한 점, 청구법인은 처분청이 쟁점거래처의 대표자 진술에만 의존한다는 주장이나, 조사 당시 쟁점거래처의 대표자가 허위세금계산서 발행사실을 인정할 경우 자료상으로서 고발되는 상황에서 거짓 진술을 할 이유가 전혀 없어 보이는 점 등에서 쟁점세금계산서 거래는 가공거래로 보인다. 또한, 청구법인은 쟁점거래처와의 거래가 실지거래이므로 부과제척기간을 5년 적용해야 한다는 주장이 나,국세기본법제26조의2 제1항 제1호의 규정에 의하면, 납세자가 ‘사기・기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급・공제받는 경우’에는 10년의 국세부과제척기간을 적용하도록 하고 있고, 납세의무자가 자료상에 해당되는 거래상대방으로부터 가공세금계산서 등의 자료를 수취하여 관련 매입세액을 공제받은 때에는 사기 기타 부정행위가 있었다고 보아 10년의 부과제척기간을 적용하는 것이 타당하다 할 것이므로(조심 2010서1287, 2010.11.3. 외 다수 같은 뜻임), 쟁점세금계산서가 자료상인 쟁점거래 처로부터 수취한 가공세금계산서에 해당하는 이상, 이에 대한 부과제척기간을 10년으로 보아 부가가치세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다.

(2) 납부불성실가산세는 정상적으로 납부한 자와의 형평성을 유지하기 위한 성격으로 부과되는 것으로 국세부과제척기간 내에 정당한 부과권을 행사한 경우 납부불성실가산세의 면제대상이 되지 아니하므로, 이 건 납부불성실가산세가 지나치게 과다하므로 이를 취소(경정)하여 달라는 청구주장은 타당하지 아니하다.

• 가. 쟁 점

① 부가가치세 부과처분 관련 심판청구가 적법한지 여부(직권심리)

② 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 부과제척기간 10년을 적 용하여 이 건 부가가치세 등을 부과한 것이 부당하다는 청구주장의 당부

③ 납부불성실가산세가 과다하게 부과되었다는 청구주장의 당부

• 나. 관련 법률: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 국세통합전산망 조회자료에 의하면, 청구법인의 2011년 제1기부터 2012년 제2기까지 부가가치세 과세기간에 대한 부가가치세 신고내역은 아래 <표1>과 같은바, 같은 기간 중 청구법인과 동일한 업종(312000)의 부가가치율(매출액-매입액/매출액)은 2011년 40.16%, 2012년 40.15%로 청구법인의 각 부가가치율보다 10∼30% 정도 높은 것으로 나타난다. (2) 처분청의 청구법인에 대한 부가가치세 및 법인세 경정·결의내역은 아래 <표2>와 같은바, 쟁점세금계산서상 매입세액을 해당 과세기간의 매출세액에서 불공제하고, 2011사업연도 법인 소득금액 계산상 손금에 불산입한 것으로 나타난다.

(3) OOO세무서 조사담당자가 2013.11.29.부터 2014.1.3.까지 쟁점거래처의 2011년도 세금계산서 거래에 대하여 부가가치세 조사를 실시한 후 작성한 조사종결보고서의 주요 내용은 다음과 같다. (가) 쟁점거래처의 대표자 OOO은 심문조서에서 실물거래 없이 매입처 및 매출처와의 거래실적을 부풀리기 위하여 거짓으로 세금계산서를 수수하였고, 실제 거래인 것처럼 위장하기 위하여 은행계좌를 통해 매입처에 대한 지급과 매출처에 대한 수취를 맞춰놓았다고 인정하였으며, 실행위자 OOO은 거짓 세금계산서 수수혐의(조세범처벌법제10조 제3항 위반)로 검찰에 즉시 고발되었다. (나) 매입처에 대한 조사사항으로, 가공매입자료로 파생된 OOO 외 4 개 사업자에 대한 각 관할 세무서장의 조사내용과 같이 매입 공급가액 OOO원 전액을 가공매입으로 확정하였다. (다) 매출처에 대한 조사사항으로, 청구법인 외 6개 사업자에 대한 매출 공급가액 OOO원을 가공매출로 확정하고 거래처에 자료 파생하였다.

(4) 청구법인은 쟁점거래처와의 실물 거래에 따라 쟁점세금계산서를 수취하였다고 주장하며, 그 증빙으로 거래처별원장과 유동성 거래내역조회서 등을 제시하였는바, 거래처별 원장(외상매입금)에는 청구법인이 2011년 제1기 부가가치세 과세기간에 합계 OOO원의 전선, 동판, 동스크랩 등을 매입한 것으로 나타나고, 2011년 제2기 과세기간에 합계 OOO원의 재활용차단기 등을 외상매입한 것으로 나타나며, 유동성 거래내역조회서에는 같은 기간 총 9회에 걸쳐 합계 OOO원을 쟁점거래처로 이체 송금한 것으로 나타난다. (5) 이상의 사실관계 및 관련 법률을 종합하여 먼저, 청구법인에 대한 이 건 2011년 제1기 및 제2기 부가가치세 부과처분 관련 심판청구가 적법한지 여부에 대하여 살펴보면, 등기우편물 종적조회서에 청구법인 대표이사 OOO의 배우자가 처분청이 2019.1.7. 발송한 2011년 제 1기 및 제2기 부가가치세 납세고지서를 2019.1.9.자로 수령하여 배달 이 완료된 것으로 나타나는바, 청구법인은 그 송달일부터 90일 이내인 2019.4.9.까지 불복을 제기하였어야 함에도 3일이 도과한 2019.4.12.(우편일부인)에야 이의신청을 제기하였으므로 그 이의신청은 부적법하고, 따라서 이 건 심판청구도 적법한 전심절차를 거치지 않았으므로 부적법하다고 판단된다.

(6) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점거래처에 대한 거래처별 원장 및 금융거래 증빙자료 등에 의하여 쟁점세금계산서 거래가 정상거래임이 입증됨에도 이를 가공거래로 보아 10년의 부과제척기간을 적용하여 법인세 등을 부과한 것은 부당하다고 주장하나, 쟁점거래처가 조사관서에 의해 자료상으로 고발되었고, 쟁점거래처의 대표이사가 세무조사 당시 쟁점세금계산서 거래를 포함한 매입·매출거래 대부분이 실물거래가 동반되지 아니한 가공거래이며, 금융거래는 쟁점세금계산서 거래를 실제 거래인 것처럼 위장하기 위하여 이루어진 것이라고 확인한 점, 그 밖에 쟁점세금계산서 거래가 실물이 동반된 정상적인 거래임을 입증할 수 있는 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있는 점, 납세의무자가 자료상에 해당되는 거래상대방으로부터 가공세금계산서 등의 자료를 수취하여 관련 매입세액을 공제받는 것은 사기 기타 부정행위에 해당하는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 10년의 부과제척기간을 적용하여 이 건 법인세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

(7) 마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구법인은 처분청이 OOO세무서장으로부터 과세자료를 통보받은 시점부터 5년여가 경과되어 이 건 법인세 등을 지연 과세하면서 납부불성실가산세를 지나치게 과 다 부과하였으므로 부당하다고 주장하나, 납부불성실가산세는 정상적으로 세금을 납부한 자와의 형평성을 유지하기 위하여 부과되는 것으로, 국세부과제척기간 내에 정당한 부과권이 행사되었다면 설령 과세처분이 지연되었다 하더라도 이를 이유로 가산세를 면제할 수 있는 정당한 사유가 존재한다고 보기는 어려우므로, 처분청의 이 건 납부불성실가산세 부과처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 부적법한 청구에 해당하거나, 청구주장이 이유 없으므로국세기 본 법 제81조, 제65조 제1항 제1호 및 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한