조세심판원 심판청구 부가가치세

토지와 건물의 양도가액이 불분명한 것으로 보아 기준시가에 의하여 안분계산하여 부가가치세를 과세한 처분의 당부

사건번호 조심-2019-인-3597 선고일 2020.07.13

양도 당시 쟁점건물은 철거되지 아니한 상태에서 양도되었고, 매매 이후 약 10개월이 지난 시점에 철거되었으며, 철거비용을 전액 양수법인이 부담한 점 등에 비추어 쟁점토지와 쟁점건물의 양도가액이 불분명한 경우에 해당한다고 보이므로 전체 양도가액을 기준시가로 안분계산하여 청구인들에게 부가가치세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨

주 문

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요
  • 가. 청구인들은 OOO에서 2013.12.2.부터 2017.12.6.까지 OOO(이하 “쟁점사업장”이라 한다)이란 상호로 부동산 임대업을 영위한 사업자로 2014.1.13. OOO 소재 임야 404㎡(이하 “쟁점①토지”라 한다) 및 같은 동 OOO 소재 대지 1,580㎡(이하 “쟁점②토지”라 하고, 쟁점①토지와 쟁점②토지를 합하여 “쟁점토지”라 한다)와 쟁점②토지 소재 근린생활시설 5개동(이하 “쟁점건물”이라 하고, 쟁점토지와 쟁점건물을 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)을 각 1/3 지분으로 취득하였다가 2017.12.1. OOO(이하 “양수법인”이라 한다)에 이를 OOO에 양도하고 2017.12.6. 폐업하면서 부가가치세를 신고하지 아니하였다.
  • 나. 처분청은 쟁점토지와 쟁점건물의 가액이 불분명한 경우에 해당된다고 보고 쟁점부동산의 매매가액 OOO을 매매계약일인 2017.11.17. 현재 기준시가로 안분·계산한 OOO을 쟁점건물의 과세표준으로 하여 2019.3.8. 청구인들에게 2017년 제2기 부가가치세 OOO을 결정·고지하였다.
  • 다. 청구인들은 이에 불복하여 2019.4.22. 이의신청을 거쳐 2019.9.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구인들 주장

(1) 청구인들과 양수법인이 쟁점토지와 쟁점건물을 OOO에 일괄 매매하면서 합의한 쟁점건물의 거래가격은 OOO이다. (가) 양수법인은 오래전부터 쟁점부동산을 매수하여 주차장 등으로 사용할 계획으로, 당초부터 매매 당시 활용 가치가 없는 쟁점건물은 가격산정의 대상이 아니였고, 최초 작성한 매매계약서(이하 “수정전 계약서”라 한다) 상 매매대금도 “토지 OOO, 건물 OOO”으로 기재되어 있었으며, 양수법인이 잔금 청산시에는 건물의 가격이 따로 명시되지 않은 계약서를 사용하자고 제안하여 수정전 계약서에서 “토지 OOO, 건물 OOO”을 삭제한 계약서(이하 “수정후 계약서”라 한다)를 다시 작성하였으나, 이는 계약서 형식의 보완일 뿐, 실질을 변경한 것이 아니므로 수정전 계약서가 거래의 실질을 반영하는 계약서로 보아야 한다. (나) 양수법인의 계정별원장(토지)에는 2017.12.1.(쟁점부동산 등기부접수일) “토지 OOO”이 기재되어 있는바, 이는 양수법인 또한 매매대금 OOO 전부를 토지가액으로 보고 있고 쟁점건물에 대한 가격을 인식하지 않고 있다는 것을 알 수 있으며, 처분청은 양수법인 직원의 확인서를 근거로 매매대금 OOO에는 쟁점건물가액도 포함되어 있다고 주장하나, 해당 직원은 매매를 주관하였던 이사의 보조직원으로 위 확인서에는 회사직인도 없고, 그 내용도 개인적으로 아는 내용들을 진술한 것에 불과하여 신빙성이 없다. (다) 또한 처분청은 매매계약서상 철거 관련 특약사항이 없어 거래당시 쟁점건물의 철거합의가 있었다고 보기 어렵다고 주장하나, 양수법인의 쟁점부동산 이용계획자료(2016년 7월)을 보면, 양수법인은 이미 쟁점부동산을 양수법인의 주차장 부지 증설계획에 포함하고 있었고, 쟁점건물 취득 이후의 이용계획 도면(2018년 4월)에는 쟁점건물에 “기존건축물철거” 표시가 있으며, 쟁점부동산의 주차장 부지 설계계약서의 계약일은 2018.3.23.이고, 쟁점부동산 관련 증축신고 처리 공문(OOO구청장, 2018.3.29.)상 건축신고일이 쟁점부동산 계약일 10일 후인 2017.11.28.로 기재되어 있는바, 쟁점건물은 양도 당시 철거가 예정되어 있었다는 것을 알 수 있다

(2) 청구인들이 쟁점부동산의 양도소득세 신고시 건물가액을 안분계산하여 신고한 것은 단순히 소득세법 규정에 따른 것으로, 쟁점건물의 실질가액을 반영한 것은 아니다. 처분청은 청구인들이 쟁점부동산의 양도소득세를 쟁점토지와 쟁점건물로 안분계산하여 신고하였으므로 건물의 가치를 인정한 것이고, 그에 따라 부가가치세를 부담하는 것이 타당하다고 주장하나, 양도소득세는 소득세법 제100조 제2항 및 제3항의 규정에 따라 신고한 것일 뿐, 쟁점건물이 가치가 있다는 증빙은 될 수 없다.

(3) 쟁점건물의 양도는 특수 관계인이 아닌 3자간의 거래로, 매매 당사자간 합의한 실지거래가격 OOO을 부가가치세법상 공급가액으로 보아야 한다. 이 건 거래당사자들이 합리적으로 산정한 쟁점건물의 거래가액은 OOO이고, 부가가치세법은 실지거래가액을 공급가액으로 함을 명시하고 있으며, 토지가액과 건물가액의 구분이 불분명한 경우에만 안분계산하도록 하고 있는바, 쟁점건물의 실지거래가액인 OOO을 공급가액으로 보아야 하고, 만일 쟁점토지가 인접한 토지보다 높은 가격에 거래되었다면 쟁점건물에 대한 소정의 대가를 합의한 것으로 추정할 수도 있겠지만, 처분청은 이에 대한 증빙을 제시하지 못하고 있다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 쟁점건물은 당초 청구인들이 매매가 아닌 임대를 목적으로 홍보하였던 만큼 사용가치가 있는 건물로서, 쟁점부동산의 매매가액 OOO에는 쟁점건물가액이 포함되어있다고 보아야 한다. (가) 쟁점부동산의 매매계약은 공인중개사가 없는 쌍방계약으로, 양수법인이 쟁점부동산 앞 임대홍보 현수막을 보고 먼저 청구인들에게 임대가 아닌 매도를 조건으로 매매를 진행한 점을 볼 때 양도 당시 쟁점건물은 관리가 안 된 허름한 상태였다는 청구주장과는 달리 임대할 정도의 가치를 가진 상태였을 것으로 보인다. (나) 또한 청구인들은 쟁점부동산의 수정전 계약서와 수정후 계약서는 형식만 다를 뿐 실질은 동일하다고 주장하나, 최종계약서인 수정후 계약서는 건물가액이 명시적으로 기재되지 않았고, 양수법인은 매매가액에 건물이 포함되어 있는 사실을 확실하게 하고자 계약서를 변경한 것으로 보이며, 쟁점부동산의 매매과정을 진행하였던 양수법인의 실무자가 매매금액인 OOO에는 토지 및 건물가액이 포함되었고, 수정후 계약서가 최종 계약서임을 확인하였다.

(2) 쟁점부동산의 계약서상 쟁점건물의 철거 조건에 대한 내용이 없고, 양수법인 직원이 매매과정에서 철거조건 등을 논의되지 않았다고 진술한바, 계약 당시 쟁점건물을 양수법인이 철거하기로 구두 합의하고 쟁점부동산을 계약하였다는 청구인의 주장은 신빙성이 없다.

(3) 청구인이 쟁점부동산 양도 후 양도소득세 신고시 쟁점건물의 양도가액을 OOO으로 신고한바, 이는 건물가액이 OOO이 아니라는 점을 청구인 스스로 인정하는 것이다. 청구인은 양도소득세 신고시 건물가액을 기재하여 신고한 이유는 토지의 권리행사를 위해서는 건물소유권 이전등기해 줄 수밖에 없어 건물가액을 기재한 것이라고 주장하나, 공부상 건물이전 등기와 양도소득세 신고시 건물가액을 기재하는 것은 별개이고, 건물가액이 실제 OOO이라면 양도소득세 신고시에도 건물가액을 OOO으로 기재하여 신고를 하였어야 하며, 처분청이 2019.5.7. 쟁점부동산의 양도소득세 신고서를 작성한 공인회계사와 통화한 결과, 청구인 중 OOO에게 수정후 계약서와 함께 양도소득세 신고대행을 위임받아 계약서 내용대로 매매금액 전체를 토지 및 건물에 대한 대가로 보아 건물 및 토지의 기준시가대로 안분계산한 금액을 건물가액으로 신고하였고, 건물철거 조건 관련 이야기는 듣지 못하였다는 것을 확인하였다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 토지와 건물의 양도가액이 불분명한 것으로 보아 기준시가에 의하여 안분계산하여 부가가치세를 과세한 처분의 당부
  • 나. 관련 법령

(1) 부가가치세법 제9조(재화의 공급) ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다. 제29조(과세표준) ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.

③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우: 그 대가. 다만, 그 대가를 외국통화나 그 밖의 외국환으로 받은 경우에는 대통령령으로 정한 바에 따라 환산한 가액

2. 금전 외의 대가를 받는 경우: 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

3. 폐업하는 경우: 폐업 시 남아 있는 재화의 시가

⑦ 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가로 받은 금액에 부가가치세가 포함되어 있는지가 분명하지 아니한 경우에는 그 대가로 받은 금액에 110분의 100을 곱한 금액을 공급가액으로 한다.

⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다. (2) 부가가치세법 시행령 제64조(토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산)법 제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.

1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)에 대한 소득세법 제99조 에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률 제2조 제4호 에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.

2. 토지와 건물 등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우: 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.

(3) 소득세법 제99조(기준시가의 산정) ① 제100조 및 제114조 제7항에 따른 기준시가는 다음 각 호에서 정하는 바에 따른다.

1. 제94조 제1항 제1호에 따른 토지 또는 건물

  • 가. 토지 부동산 가격공시에 관한 법률에 따른 개별공시지가(이하 "개별공시지가"라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할 세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 고려하여 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 금액으로 하고, 지가(地價)가 급등하는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역의 경우에는 배율방법에 따라 평가한 가액으로 한다.
  • 나. 건물 건물(다목 및 라목에 해당하는 건물은 제외한다)의 신축가격, 구조, 용도, 위치, 신축연도 등을 고려하여 매년 1회 이상 국세청장이 산정·고시하는 가액(이하 생략) 제100조(양도차익의 산정) ② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.
  • 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인들은 쟁점토지②와 쟁점건물을 사업장으로 하여 사업자 등록 후 2013.12.2. 개업하여 2017.12.6.까지 부동산 임대업을 영위하였고, 쟁점부동산 양도 후 2018.3.12. 양도가액을 쟁점토지와 쟁점건물의 기준시가로 안분계산하여 아래 <표1>와 같이 양도소득세를 신고하였다. OOO(2) 쟁점부동산 매매계약서를 보면, 수정전 계약서에는 매매대금 “OOO(토지 OOO, 건물 OOO)”으로 기재되어 있었으나, 수정후 계약서에는 매매대금 OOO으로 기재되어 “건물가액 OOO” 등이 삭제되었고, 거래당사자의 합의에 따라 계약서를 재작성한 사실에 대하여는 청구인들과 처분청간 이견이 없다. (3) 등기부등본 및 건축물대장에 나타나는 쟁점토지와 쟁점건물의 현황은 아래 <표2>, <표3>과 같다. OOO(4) 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구인들은 사업장 관련 종합소득세를 추계신고하여 쟁점토지와 쟁점건물의 가액을 장부에 계상하지 않았고, 쟁점부동산의 취득시와 양도시의 기준시가는 아래 <표4>와 같다. OOO (나) 쟁점부동산의 매매과정을 진행한 양수법인 기획팀 직원 OOO의 확인서(2019.4.23.)에는 양수법인은 쟁점부동산의 임대현수막을 보고 쟁점부동산 매도의사를 타진하였고, 수정후 계약서가 쟁점부동산의 최종계약서이며, 매매금액 OOO에는 토지 및 건물가액이 포함된 것이고, 쟁점건물의 철거는 2018년 9월경 시작되었으며, 매매시 쟁점건물의 철거조건은 논의되지 않았다는 취지의 내용이 나타난다. (다) 쟁점건물 철거와 관련하여, 양수법인의 법인계좌에서 철거업체 OOO 로 철거비용 OOO 송금되었고 2019.8.19. 위 업체는 양수법인에 전자세금계산서를 발급한바, 쟁점건물의 철거비용은 전부 양수법인이 부담한 것으로 나타난다.

(5) 청구인들이 청구주장에 대한 증빙으로 제출한 자료는 다음과 같다. (가) 양수법인은 쟁점부동산 매수 전부터 쟁점건물 철거계획이 있었고, 쟁점부동산 매매대금 OOO 전체를 쟁점토지 가액으로 인식하였다는 증빙으로 양수법인의 쟁점부동산 이용계획 자료(5종)와 계정별원장(토지)을 제출하였다. (나) 쟁점건물은 허름하고 낡아 전혀 관리가 안 된 상태라는 주장의 증빙으로 철거 전 쟁점건물의 사진(2018.2.14.)을 제출하였고, 쟁점건물의 철거가 완료되었다는 증빙으로 철거 후 쟁점부동산의 사진(2019.1.26.)을 제출하였다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인들은 계약 당사자간 합의된 쟁점건물의 가액 OOO이 쟁점건물의 공급가액으로 인정되어야 한다고 주장하나, 부가가치세법 제29조 제1항 제9항 및 같은 법 시행령 제64조는 사업자가 토지와 건물 등을 함께 공급하였으나 그 양도 가액의 구분이 불분명한 경우 기준시가 등에 따라 안분계산한 금액을 그 공급가액으로 하도록 규정한바, 이는 토지와 건물의 가액이 토지 및 건물의 규모와 형태, 사회통념 등에 비추어 합당하지 아니한 경우에는 기준시가 등에 따라 계산한 가액에 의하여 안분계산한 가액을 공급가액으로 할 수 있다는 취지인바, 쟁점부동산의 수정전 계약서에는 “쟁점토지 OOO”, “쟁점건물 OOO”으로 매매가액이 구분되어 기재되어 있었으나, 잔금청산시 수정한 최종계약서에는 “쟁점건물 OOO”이 삭제되어 건물가액이 기재되어 있지 아니한 점, 양수법인의 기획팀 직원이 쟁점부동산 매매대금 OOO에는 쟁점건물가액이 포함되어 있다고 진술한 점, 양도 당시 쟁점건물은 철거되지 아니한 상태에서 양도되었고, 매매 이후 약 10개월이 지난 시점에 철거되었으며, 철거비용 OOO을 전액 양수법인이 부담한 점, 쟁점건물은 당초 청구인들이 임대를 목적으로 홍보하는 등 사용가치가 있는 건물로 이를 무상으로 양도하였다는 청구주장은 합리적이라고 보기 어려운 점 등에 비추어, 쟁점토지와 쟁점건물의 양도가액이 불분명한 경우에 해당한다고 보이므로 전체 양도가액을 기준시가로 안분계산하여 청구인들에게 부가가치세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)