종합부동산세 계산시 공제되는 재산세액을 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 산정하는 것이 타당한지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 2016년～2018년 종합부동산세 과세기준일(매년 6.1.) 현재 보유하고 있는 과세물건(주택, 종합합산토지 및 별도합산토지)에 대하여 종합부동산세법 시행령제4조의2 제1항, 제5조의3 제1항 및 제2항의 규정(이하 “쟁점규정”이라 한다)에 따라 종합부동산세 계산시 공제되는 재산세액을 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 2016년～2018년 귀속 종합소득세를 신고․납부하였다.
• 나. 이후 청구법인은 2019.4.8. 종합부동산세액에서 공제할 재산세액 계산시 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 재산세액이 과소공제 되었다면서 종합부동산세 및 농어촌특별세 OOO의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2019.6.12. 이를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.7.18. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 대법원 2015.6.23. 선고 2012두2986 판결은 “종합부동산세의 과세기준금액을 초과하는 부분에 대한 재산세액은 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율’의 산식을 기초로 계산되고, 같은 부분에 대한 종합부동산세액은 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율’의 산식을 기초로 계산된다. 그런데 이 두 금액은 ‘공시가격 - 과세기준금액’ 부분에 관하여 각각 재산세와 종합부동산세가 부과되는 것을 뜻하므로 그 중 서로 중첩되는 부분, 즉 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율’ 보다 적거나 같은 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율’ 부분은 중복하여 재산세가 부과되는 부분에 해당”한다고 판시하면서, “재산세 공정시장가액비율이 종합부동산세 공정시장가액비율보다 적거나 같은 2009년도 종합부동산세의 경우 주택 등 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액은 ‘(공시가격 – 과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율’의 산식에 따라 산정하여야 한다.”고 판시하였다. 위 판결 취지에 의하면, 2008.12.26. 종합부동산세법과 2009.2.6. 지방세법이 개정되면서 과세표준 산정시 연도별 적용비율이 폐지되고 공정시장가액비율이 도입되었으나, 양자는 동일한 기능을 하는 것이고 과세기준초과분에 대하여 종합부동산세와 중복 부과되는 재산세액을 공제하려는 기본취지에는 변화가 없는데도 2009.9.23. 기획재정부령 제102호로 개정된 종합부동산세법 시행규칙 별지 3호 서식에 의해 계산하면 ‘(공시가격-과세기준금액)×종합부동산세 공정시장가액비율’보다 적거나 같은 ‘(공시가격-과세기준금액)×재산세 공정시장가액비율’ 부분의 공제를 배제하여 결과적으로 재산세가 중복부과 되도록 한 것은 상위 법령의 취지에 위배되고 법령의 위임이 없음에도 법령에 규정된 처분 요건에 해당하는 사항을 부령에서 변경하여 위법하다고 판단하였다. 위 대법원 판결 후 2015.11.30. 종합부동산세법 시행령을 개정하여 쟁점규정에 종전 시행규칙 산식을 그대로 옮겨 정하였는바, 위 대법원 판례에서 지적한 위임입법의 위법은 시정되었으나, 종전 시행규칙 산식과 마찬가지로 쟁점규정에서도 ‘(공시가격-과세기준금액)×종합부동산세 공정시장가액비율’보다 적거나 같은 ‘(공시가격-과세기준금액)×재산세 공정시장가액비율’ 부분의 공제를 배제하고 있으므로 종합부동산세와 재산세의 이중과세 문제는 여전히 존재한다. 따라서 무효인 쟁점규정에 의하여 부과된 종합부동산세 및 농어촌특별세와 종합부동산세법이 본래 예정한 공제할 재산세액에 의하여 계산한 종합부동산세 및 농어촌특별세의 차액(2016～2018년도 재산세 공정시장가액비율: 토지 및 건축물 70%, 주택 60%, 종합부동산세 공정시장가액비율: 80%) 부분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 2009.9.23. 개정된 종합부동산세법 시행규칙별지3호 서식에 의해 종합부동산세를 계산한 것은 동일한 과세대상에 재산세와 종합부동산세를 중복하여 부과한 것으로 이중과세에 해당한다고 판시한 대법원 2015.6.23. 선고 2012두2986 판결을 근거로 이 건 부과처분이 위법하다고 주장하나, 이후 2015.11.30. 쟁점규정이 개정되어 이중과세 논란 및 과세근거가 명확해졌다. 따라서, 위 개정된 쟁점규정에 따라 종합부동산세액 계산시 공제되는 재산세액을 산정함에 있어 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용한 이 건 처분은 적법하다.

• 가. 쟁 점 종합부동산세 계산시 공제되는 재산세액을 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공장시장가액비율을 모두 적용하여 산정하는 것이 타당한지 여부
• 나. 관련법령: <별지> 기재_생략
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 청구법인은 2016년～2018년 종합부동산세 과세기준일(매년 6.1.) 현재 보유하고 있는 과세물건에 대하여 개정된 쟁점규정에 따라 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액을 계산하여 신고하였다가 종합부동산세액에서 공제할 재산세액 계산시 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 재산세액이 과소공제 되었다면서 종합부동산세 및 농어촌특별세 합계 OOO의 환급을 구하는 경정청구를 한 것으로 나타난다.

(2) 기획재정부 발간 ‘2015 간추린 개정세법’에 따르면, 기획재정부는 종합부동산세액 계산시 ‘기납부한 재산세액’의 과다 공제 방지를 위해 2015.11.30. 대통령령 제26670호로 종합부동산세법 시행령 제4조의2 및 제5조의3의 계산식을 아래와 같이 개정하였다. 종 전 개 정

□ 종합부동산세 계산시 기납부한 재산세 공제액 산식 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 종합부동산세 과세표준에 대한 재산세 표준세액 전체 재산세 표준세액

□ 공제액 산식 명확화 재산세로 부과된 세액의 합계액 × {(주택 또는 토지의 공시가격 합계액 - 과세기준금액) × 종부세 공정시장가액비율} × 재산세 공정시장가액비율] × 재산세 표준세율 전체 재산세 표준세액 (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 2016년～2018년 귀속 종합부동산세 계산시 ‘공제되는 재산세액’을 계산하면서 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 산정한 처분이 부당하다고 주장하나, 종합부동산세법상 재산세액 공제 규정은 종합부동산세 과세표준 금액에 부과된 재산세를 ‘납부할 종합부동산세’에서 공제함으로써 이중과세 문제를 조정하고자 함에 그 제도적 취지가 있는바, 종합부동산세법에서 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 종합부동산세의 과세표준으로, 지방세법에서 시가표준액에 재산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 재산세 과세표준으로 하도록 각 규정하고 있고, 2015.11.30. 종합부동산세법 시행령개정․시행으로 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액을 규정한 같은 법 시행령 제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항의 각 계산식에서 분자에 해당하는 ‘종합부동산세 과세기준금액 초과분에 대하여 재산세로 부과된 세액’이라 함은 ‘종합부동산세 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 종합부동산세 과세표준 상당액에 다시 재산세 공정시장가액비율 및 재산세 표준세율을 적용한 금액’으로 규정하고 있는 점 등에 비추어 처분청이 종합부동산세액 계산시 ‘공제되는 재산세액’을 산정함에 있어 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 종합부동산세를 과세하는 것이 적법하다고 보아 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2019서1042, 2019.7.1. 외 다수, 같은 뜻임).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다