금융감독원의 쟁점감독지침 발표를 국세기본법 제45조의2 제2항에서 규정하는 후발적 경정청구 사유에 해당하는 것으로 인정하기 어려운 것으로 판단됨
금융감독원의 쟁점감독지침 발표를 국세기본법 제45조의2 제2항에서 규정하는 후발적 경정청구 사유에 해당하는 것으로 인정하기 어려운 것으로 판단됨
심판청구를 기각한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 과거에 자산으로 계상한 개발비를 수정하여 2018년의 기초이익잉여금의 감소로 처리하는 경우 당초 개발비가 발생한 시점의 손금에 해당한다. 청구법인은 2008사업연도～2012사업연도에 개발비의 자산화 요건 충족여부를 검토하여 생물학적 동등성 시험계획 승인 시점 이전부터 발생한 쟁점연구개발비도 자산으로 계상하였으나, 2019.9.19. 쟁점감독지침에 따라 쟁점연구개발비를 비용(경상연구개발비)으로 수정하여 2018사업연도 3분기 보고서를 공시하였다. 한국채택 국제회계기준 제1008호 문단41에 의하면 중요한 오류를 후속기간에 발견하는 경우 해당 후속기간의 재무제표에 비교표시된 재무정보를 소급·재작성하여 수정하도록 하고 있으나, 법인세법 상으로 전기 오류수정손익을 세무상 당기의 손금·익금으로 인정할 경우 각 사업연도의 소득금액의 조작을 허용하는 결과를 초래할 수 있기 때문에 당해 오류항목에 대한 손익의 귀속시기는 당초 순손익을 과소계상한 사업연도의 순손익으로 보도록 해석하고 있다. 따라서 쟁점감독지침에 의할 경우 무형자산의 정의에 부합하지 아니하는 쟁점연구개발비를 전기오류수정손실(잉여금 감소)로 처리하는 경우 해당 금액은 그 지급이 확정된 사업연도의 손금에 산입하여야 하는 것이다. 금융감독원의 지침을 받아들여 과거에 자산으로 계상한 개발비를 수정하여 2018년의 기초이익잉여금의 감소로 처리하는 경우 당초 개발비가 발생한 시점의 손금에 해당하는 바, 2008년부터 2012년까지 자산계상 개발비의 손금계상을 누락함으로 인해 2008년부터 2012년까지 법인세 과다신고․납부한 세액은 환급되어야 한다.
(2) 쟁점감독지침 발표는 후발적 경정청구 사유인 ‘과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우’와 유사한 경우에 해당한다. 국세기본법 제45조의2 제2항 및 같은 법 시행령 제25조의2 제1호 및 제5호는 ‘최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우’ 및 이와 유사한 사유에 해당하는 경우를 후발적 경정청구 사유로 들고 있다. 쟁점감독지침은 형식적으로는 기업 자율에 따른 회계오류의 수정이나, 해당 감독지침에 의하면 금융감독원이 개발비 자산화 시점의 기준점을 제시하고 이를 따르지 않았을 경우, (1) 기준과 달리 회계처리시 감리과정에서 면밀히 검토할 것을 경고함과 동시에 (2) 2018년 3분기 이전에 회계오류 수정 조치시 별도 조치가 없을 예정이라고 한시적 유인책을 제시하고 있는 것을 확인할 수 있으므로, 이는 단순히 기업 및 감사인의 자율에 따른 오류수정이 아닌 ‘관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우’와 유사한 경우로 인정되어야 한다.
(1) 국세기본법 제45조의2[경정 등의 청구] (2) 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.
1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때
2. 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때
3. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때
4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때
5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때 (2) 국세기본법 시행령 제25조의2[후발적 사유] 법 제45조의2 제2항 제5호에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우
2. 최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우
3. 최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 장부 및 증거서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당 사유가 소멸한 경우
4. 제1호부터 제3호까지의 규정과 유사한 사유에 해당하는 경우
(3) 법인세법 제23조[감가상각비의 손금불산입] (3) 제1항에도 불구하고 내국법인이 이 법과 다른 법률에 따라 법인세를 면제받거나 감면받은 경우에는 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 감가상각비를 손금에 산입하여야 한다. 제40조[손익의 귀속사업연도] (1) 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다. (4) 법인세법 시행령 제24조[감가상각자산의 범위] (1) 법 제23조 제1항에서 "건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령으로 정하는 유형자산 및 무형자산"이란 다음 각 호의 유형자산 및 무형자산(제3항의 자산은 제외하며, 이하 "감가상각자산"이라 한다)을 말한다.
2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 무형자산
(1) 금융감독원은 2018.9.19. 다음과 같은 내용이 기재된 제약·바이오 기업의 연구개발비 회계처리 관련 감독지침을 발표하였다.
(2) 청구법인은 2008사업연도～2012사업연도 법인세 신고시 쟁점연구개발비를 무형자산으로 계상하였다가 쟁점감독지침에 따라 쟁점연구개발비를 비용(경상연구개발비)으로 수정하여 2018사업연도 3분기 보고서를 공시하였고, 쟁점연구개발비를 손금으로 산입하여 계산한 2008사업연도～2012사업연도 법인세 환급금 OOO및 2008년도 농어촌특별세 OOO환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나 처분청은 이를 거부하였다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 청구법인은 쟁점감독지침에 의하면 금융감독원이 개발비 자산화 시점의 기준점을 제시하고 이를 따르지 않았을 경우, 기준과 달리 회계처리시 감리과정에서 면밀히 검토할 것을 경고함과 동시에 2018년 3분기 이전에 회계오류 수정 조치시 별도 조치가 없을 예정이라고 한시적 유인책을 제시하고 있는 것을 확인할 수 있으므로, 이는 국세기본법 시행령 제25조의2 에서 후발적 경정청구 사유로 규정하는 ‘관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우’와 유사한 경우로 인정되어야 한다고 주장한다. 그러나 국세기본법이 후발적 경정청구제도를 둔 취지는 납세의무 성립 후 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는 데에 있고(대법원 2011.7.28. 선고 2009두22379 판결 참조), 후발적 경정청구는 당초의 신고나 과세처분 당시에는 존재하지 아니하였던 후발적 사유를 이유로 하는 것이므로 단순히 법령에 대한 해석이 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정 당시와 달라졌다는 사유는 후발적 경정청구 사유에 포함되지는 않는다 하겠다(대법원 2014.11.27. 선고 2012두28254 판결 참조). 쟁점감독지침은 국제회계기준의 합리적인 해석범위 내에서 감독업무의 구체적 지침을 마련하여 이를 관련 업계와 공유하여 시장의 불확실성을 해소하기 위한 것으로서 새로운 회계기준이나 기준 해석이 아니라고 명시하고 있고, 회사는 개별 상황에 따라 합리적인 이유를 근거로 동 지침과 달리 판단하여 회계처리할 수 있다고 밝히고 있으므로, 금융감독원의 쟁점감독지침 발표를 국세기본법 제45조의2 제2항 에서 규정하는 후발적 경정청구 사유에 해당하는 것으로 인정하기는 어려운 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.