[요지] 청구인이 ◎◎◎으로부터 수취한 매입세금계산서와 관련하여 청구법인이 ◎◎◎ 또는 다른 업체로부터 실제로 실물을 매입한 거래가 있었는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단됨
[요지] 청구인이 ◎◎◎으로부터 수취한 매입세금계산서와 관련하여 청구법인이 ◎◎◎ 또는 다른 업체로부터 실제로 실물을 매입한 거래가 있었는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단됨
[참조결정] 조심2014중4633 / 조심2011중0378
[주 문] OOO세무서장이 2019.1.10. 및 2019.4.4. 청구법인에게 한 2013년 제2기 부가가치세 OOO각 부과처분은 청구인이 2013년 제1기 및 제2기에 주식회사 OOO으로부터 수취한 OOO매입세금계산서와 관련하여 주식회사 OOO또는 다른 사업자로부터 실물을 매입하였는지 여부, 뿐만 아니라 실물을 매입한 경우 선의의 거래당사자에 해당하는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하고 나머지 심판청구는 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
(1) 처분청이 청구인에게 한 2013년 귀속 종합소득세 부과처분은 아무 근거가 없는 처분으로 취소되어야 한다. (가) 처분청이 과세처분의 근거로 삼은 쟁점판결(확정판결인 대법원 2017.9.21. 선고 2017두46141 판결 포함)의 판결서는 청구인이 처분청을 상대로 제기한 부가가치세 부과처분 취소소송에 대한 것으로 종합소득세와는 아무 관련이 없다. (나) 판결서의 판결내용을 살펴보면 먼저, 매출거래와 관련하여 처분청이 부인한 주식회사 OOO매출세금계산서 OOO대하여 ① 청구인(원고)과 OOO간 지은 거래관계를 맺게 된 경위에 대한 청구주장과 이를 뒷받침하는 증거가 상세하고 구체적이며 자연스러운 점, ② OOO에서도 청구인(원고)으로부터 지은을 공급받은 사실을 인정하면서 그에 관한 구체적 자료를 제시하고 있는 점 등을 들어 청구인이 2013년 제1기 및 제2기에 창성에 지은을 공급하였다고 봄이 타당하다고 하여 청구주장을 인용하였다. 반면, 매입거래와 관련하여 처분청이 부인한 매입세금계산서 합계 OOO경우 OOO제외한 주식회사 OOO등 3개 업체로부터의 매입 합계 OOO대해서는 청구주장을 받아들여 정상세금계산서로 판단하였으나, OOO으로부터의 매입 OOO대해서는 청구주장을 배척하고 거짓세금계산서로 판단하였다. (다) 처분청은 쟁점판결이 부가가치세와 관련된 판결임에도, 이를 근거로 하여 필요경비 불산입하여 종합소득세를 과세하였으나(OOO으로부터의 매입이 위장매입인지 여부에 대해서는 전혀 검토하지 아니하였음), 판결서 이유부분에 기재된 내용(“매출처인 OOO으로부터 돈이 입금되면 OOO돈을 지급하고 이어 OOO당일 또는 2〜3일 후에 OOO등 그 매입처에 거래대금을 송금하는 등”)으로 볼 때 청구인은 OOO아니라 해도 누군가로부터는 분명히 지은을 공급받아 OOO납품한 사실이 있었다고 할 것이고, 그렇다면 가공거래가 아닌 위장거래에 해당하므로 매입원가에 대해서는 필요경비로 인정하여야 할 것이다. (라) 청구인이 OOO지은을 납품하였다는 사실을 법원이 인정하고 있음이 처분청이 과세근거로 삼은 판결서에 분명히 적시되어 있음에도 처분청은 이를 무시하고 아전인수격으로 판결서를 해석하여 위법한 과세처분을 하였는바, 동 과세처분은 매입 없는 매출이 발생한 것일 뿐만 아니라 이익율도 50%에 이르는 것으로서 누가 보더라도 이치에 맞지 않는 부당한 과세처분으로 볼 수밖에 없다. 따라서 단순히 판결서에 근거하여 종합소득세 과세처분을 하는 것은 근거과세에 위배되므로 처분청은 청구인으로부터 매출에 대응하는 원가 관련 증빙서류 등을 제출받아 이를 근거로 종합소득세 부과처분을 하여야 할 것이다.
(2) 이 건 부가가치세 과세처분은 청구인이 당초 심판청구한 세액을 초과하여 불이익변경금지의 원칙에 위배되고, 근거 없이 과세되었으므로 취소되어야 한다. (가) 청구인이 당초 처분청을 상대로 심판청구한 부가가치세는 2013년 제1기 OOO조세심판원은 청구인이 취소를 주장하는 세액전체에 대하여 “기각”결정하였다. (나) 청구인은 조세심판원의 결정에 불복하여 심판청구와 동일한 세액으로 행정소송을 제기하고, 1심 법원이 원고(청구인)의 청구를 모두 “기각”한다는 판결을 하자 청구인은 이에 불복하여 서울고등법원에 항소하였으며, 동 법원은 2017.5.11. 쟁점판결에서 “피고가 원고(청구인)에게 한 2013년 제1기 부가가치세 OOO부과처분 중 OOO초과하는 부분은 취소한다.”고 판결하면서 처분청이 과세한 2013년 제2기 부가가치세는 정당하게 부과한 세액으로 보았고, 대법원도 상고를 기각하여 판결이 확정되었다(대법원 2017.9.21. 선고 2017두46141 판결). 따라서 대법원 판결로 확정된 세액에 더하여 과세한 이 건 부가가치세는 불이익변경금지의 원칙에 위배되므로 취소되어야 한다.
(3) 처분청은 쟁점판결(서울고등법원 2017.5.11. 선고 2016누5488 판결)을 근거로 2017년 6월 청구인에게 2013년 제3기 부가가치세 OOO부과하였다가, 청구인이 동 처분이 부당하다고 민원을 제기하자 2017.11.2. 직권으로 동 처분을 직권 결정취소하였고, 청구인은 처분청의 공식견해를 신뢰하였다. 그럼에도 불구하고 처분청은 청구인의 신뢰를 저버리고 과세기준자문신청을 하여 그에 대한 해석(법령해석과-555, 2018.2.28.)을 받아 2019.1.7. 이 건 부가가치세를 다시 부과하였는바, 이는 신의성실의 원칙에 위배된다.
(4) 청구인은 OOO쟁점거래에 있어서 선량한 관리자로서 의무를 다한 선의의 거래당사자이므로 관련 세금계산서의 매입세액을 불공제하는 것은 부당하다.
(1) 청구인이 매입과 관련한 어떠한 증거자료도 제시하지 못하고 있으므로 이 건 종합소득세 과세처분은 정당하다. (가) 쟁점판결에서 매출거래를 정상거래로 인정하고 있으므로 매입거래도 인정하여야 하는바, 추가로 처분청은 위장매입 여부 등을 확인 하여 처분하였어야 하고, 이익률이 50%에 육박하므로 증빙서류의 제시를 통해 처분하여야 한다는 청구주장에 대하여 쟁점판결에서 인정된 사실관계상 ‘OOO청구인 간의 거래는 가공거래’라는 사실은 법원의 최종판결을 통하여 확정되었기 때문에 이 건 종합소득세 과세처분은 당연무효라 할 수 없다. 따라서 청구인이 “처분청이 과세근거로 삼은 판결서에 분명히 청구인이 OOO에 지은을 납품하였다는 사실을 서울고등법원이 인정하고 있으나 처분청이 이를 무시하고 자신에게 유리한 방향인 아전인수 격으로 판결문을 해석하여 위법한 과세처분을 하였다.”는 청구주장은 수익과 비용의 확정은 개별적으로 이루어져야 된다는 사실 및 쟁점판결의 해석 측면에서 타당하지 않다. (나) 청구인은 “위장매입 및 그에 따른 원가 확인 후 과세처분을 하였어야 한다.”고 주장하고 있으나 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평 등을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증토록 하는 것이 합리적인 경우에는 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에 부합한다(대법원 2004.9.23. 선고 2002두1588 판결, 같은 뜻임). 재화의 매출을 위해서는 매입이 전제되어야 하지만, 청구인이 OOO으로부터 수취한 세금계산서가 위장 세금계산서라면 청구인은 제3의 거래처로부터 무자료 매입 후 매출하고, 원가부족분을 보충하기 위하여 허위의 세금계산서를 수취하였다는 주장으로 보이는데, 무자료 거래는 통상 현금거래이고 처분청으로서는 납세의무자가 거래사실을 증명할 수 있는 서류를 제출하거나 거래상대방이 진술하지 않는 한 필요경비의 존재를 확인하기 어려우며 부족한 원가를 보충하기 위해 거래질서를 위반한 납세의무자를 위해 처분청이 필요경비의 존재를 입증하여야 한다면 이는 당사자 사이의 형평 또는 조세공평에 반하는 것이므로 청구인이 OOO가공거래 이면에 무자료 거래를 함으로써 추가 매입이 있었다면, 그러한 거래사실을 청구인이 증명하는 것이 증명책임의 배분 및 공평과세의 측면에 부합된다고 할 것이다. (다) 청구인은 쟁점판결에 따라 쟁점거래가 가공매입으로 확정되어 부가가치세가 경정되면 종합소득세 측면에서도 당연히 원가가 부인될 것이라는 사실은 충분히 인지하고 있었을 것으로 조사청이 실시한 조사 진행과정 및 오랜 소송 과정에 추가 필요경비의 존재에 관한 소명기회 또한 충분하게 있었을 것으로 판단되고, 이러한 사유로 처분청은 새로운 추가 매입자료 소명의 필요성이 없어 쟁점판결의 결정서 내용대로 쟁점거래의 원가를 부인하여 종합소득세를 결정하였던 것이다. 청구인은 현재까지도 매출에 따른 지은의 무자료 매입 등이 있었을 것이라고 주장만 할 뿐 이에 대한 어떠한 증거 자료도 제시하지 못하고 있다.
(2) 이 건 부가가치세 과세처분은 새로운 처분에 해당하는 것이므로 당초 처분은 정당하다. (가) 청구인은 쟁점판결에 따라 오히려 더 불이익한 처분을 하는 것은 위법·부당하다고 주장하나, 쟁점판결의 내용은 당초 가공매출을 정상거래로 인정하고, 가공매입중 1곳만 허위거래로 본 것으로 새로운 사실관계에 따라 2013년 제2기 부가가치세를 경정·고지한 것이므로 이 건 부가가치세 과세처분은 정당하다. (나) 청구인이 주장하는국세기본법제79조, 제80조의 적용은 당초 처분과 기본적 사실관계가 동일한 것을 전제로 하는 것인바, 2013년 제2기 부가가치세 과세처분은 새로운 처분에 해당하는 것이므로 당초 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
① 부가가치세 부과처분 취소소송에 대한 판결에 근거하여 종합소득세를 과세한 처분은 부당하다는 청구주장의 당부
② 대법원 판결 이후 추가로 부가가치세를 과세한 처분은 불이익변경금지의 원칙에 위배된다는 청구주장의 당부
③ 처분청이 부가가치세를 과세한 처분을 취소하였다가 다시 부과한 처분은 신의성실의 원칙에 위배된다는 청구주장의 당부
④ 청구인은 OOO거래에 있어 선의의 거래당사자에 해당한다는 청구주장의 당부
(1) 국세기본법 제79조(불고불리, 불이익변경금지) ① 조세심판관회의 또는 조세심판관합동회의는 제81조에서 준용하는 제65조에 따른 결정을 할 때 심판청구를 한 처분 외의 처분에 대해서는 그 처분의 전부 또는 일부를 취소 또는 변경하거나 새로운 처분의 결정을 하지 못한다.
② 조세심판관회의 또는 조세심판관합동회의는 제81조에서 준용하는 제65조에 따른 결정을 할 때 심판청구를 한 처분보다 청구인에게 불리한 결정을 하지 못한다. 제80조(결정의 효력) ① 제81조에서 준용하는 제65조에 따른 결정은 관계 행정청을 기속(羈束)한다.
② 심판청구에 대한 결정이 있으면 해당 행정청은 결정의 취지에 따라 즉시 필요한 처분을 하여야 한다.
(2) 부가가치세법 제32조(세금계산서 등) ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.
1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭
2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호
3. 공급가액과 부가가치세액
4. 작성 연월일
5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 필요적 기재사항 이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액.
(1) 처분청이 제출한 심리자료에는 아래 사실이 나타난다. (가) 조사청은 2014.3.11.〜2014.5.30. 기간 동안 세무조사를 실시한 결과 청구인이 허위ㆍ가공세금계산서를 수수하였다고 보아 관련 과세결정자료를 통보하자, 처분청은 2014.6.2. 원고에게 2013년 제1기 부가가치세 OOO각 경정·고지하였다. (나) 위 과세처분에 대한 청구인의 조세불복 결과를 살펴보면, 청구인이 제기한 심판청구에 대하여 ① 2015년 4월 조세심판원 기각결정(조심 2014중4633, 2015.2.6.)이 있었고, 이에 대하여 제기한 행정소송에 대하여 ② 2016년 6월 의정부지방법원에서 패소(의정부지방법원 2016.7.1. 선고 2015구합283 판결)하였고, ③ 2017년 5월 서울고등법원에서 청구인 일부승소(서울고등법원 2017.5.11. 선고 2016누54888 판결, 쟁점판결)하였으며, ④ 2017년 9월 대법원에서 최종 확정(대법원 2017.9.21. 선고 2017두46141 판결, 쟁점판결과 내용은 동일함)된 것으로 나타난다. (다) 쟁점판결 이후 처분청의 후속처리 진행상황은 아래와 같다.
1. 2017년 6월 부가가치세 2013년 제1기분 OOO감액처분하고, 2013년 제2기분 OOO추가고지하고자 하였으나, 납세자의 민원발생 및 재검토 등 사유로 지연되었다.
2. 2018년 1월 국세청 법령해석과는 쟁점판결에 근거한 후속조치로 2013년 제2기 부가가치세 추가과세에 대한 불이익변경금지원칙 위배여부에 대한 과세기준자문 신청에 대하여 같은 해 2월 “부과처분이 불복으로 취소된 이후 위 세금계산서가 진실하다는 전제하에 새로운 부과처분을 하는 경우 당초처분과 동일하지 아니하므로국세기본법제80조 제1항(관계 행정청을 기속)이 적용되지 아니함”이라는 내용으로 회신하였다. (라) 쟁점판결에서 정상거래로 인정한 내역은 아래와 같다. (단위: 백만원) (마) 처분청은 2013년 제2기 귀속 부가가치세가 추가고지된 사유와 관련하여, 쟁점판결에 따라 가공매출 중 정상매출로 인정되어 공급가액 OOO증가하고, 가공매입 중 정상매입액은 OOO인정되어 OOO관련 매입 OOO매입세액 불공제되었고, 경정결정한 금액이 당초고지 당시 과세표준보다 증가하여 추가경정·고지하였다는 의견이다. (바) 쟁점판결서에는 쟁점거래와 관련하여 “지은 배달 사진만으로는 실물 거래가 있었다고 보기 어렵고，OOO지은을 실제로 확보하였다는 사정이 있다고 하여 원고(청구인)와 사이에 실물거래가 있었다고 단정할 수도 없다.”고 기재되어 있다.
(2) 청구인은 이 건 심리 중 쟁점③ 및 쟁점④를 추가로 제출하면서 신고소득율(2013년 0.65%, 2014년 2.23%)과 경정 소득율(2013년 38.45%, 2014년 39.42%) 간 현격한 차이가 있고, 단순경비율에 의한 소득율은 7.3%로서 처분청의 경정소득율은 추계소득율의 534%가 되어 실물 없는 매출이 있다는 비현실적인 결론에 이르게 된다고 주장하였으며, 쟁점판결의 판결서 및 탄원서 등을 제출하였다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 해당 매출이 있기 위해서는 그에 상응하는 매입이 있는 것이므로 쟁점판결(가공거래)에 근거하여 종합소득세 필요경비를 부인·과세한 처분은 부당하다고 하면서 쟁점거래가 위장거래에 해당한다고 주장하는 반면, 처분청은 청구인이 매입과 관련한 증빙을 제시하지 못하고 있다는 의견이다. 이와 관련하여 청구법인의 매입세액 및 매출세액으로 청구법인의 매입/매출비율을 추정해 보면, 2013년 제1기 매입/매출비율은 90%인 반면, 2013년 제2기 매입/매출비율은 56%에 불과하여 차이가 과다한 것으로 보이고, 청구인이 제시한 바와 같이 신고소득율(2013년 0.65%, 2014년 2.23%)과 경정 소득율(2013년 38.45%, 2014년 39.42%) 간 현격한 차이가 있는 것으로 나타나는 점, 청구인이 OOO(종합소득세 제외)의 부가가치세 과세처분에 대한 취소심판 및 취소소송을 제기하였다가, 약 OOO부가가치세 및 종합소득세 과세처분을 추가로 받는 과정에서 처분청은 쟁점거래가 위장거래에 해당하는지 여부는 별도로 검토하지 않은 것으로 나타나는 점, 청구인은 2020.6.2. 개최된 조세심판관 회의에 참석하여 처분청의 종합소득세 과세처분과 관련된 모든 매입자료를 현재 보관하고 있다고 진술한 점, 쟁점판결에서도 쟁점거래와 관련하여 “지은 배달 사진만으로는 실물 거래가 있었다고 보기 어렵고，OOO지은을 실제로 확보하였다는 사정이 있다고 하여 원고(청구인)와 사이에 실물거래가 있었다고 단정할 수도 없다.”고 판단하여 쟁점거래가 가공거래라고 단정하지는 않고 있는 점 등에 비추어 청구인이 2013년 제1기 및 제2기에 주식회사 OOO으로부터 수취한 OOO매입세금계산서와 관련하여 청구법인이 해피금은 또는 다른 업체로부터 실제로 실물을 매입한 거래가 있었는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점판결 확정 이후 처분청이 추가로 부가가치세를 과세한 처분은 당초 심판청구한 세액을 초과하므로 불이익변경금지의 원칙에 위배되어 위법하다고 주장한다. 그러나 불이익변경금지의 원칙은 당초 처분에 대하여 조세심판관회의에서 결정을 할 때 적용하는 것으로 당초 처분보다 청구인에게 불리한 결정을 할 수 없다는 것이지 동 심판결정 이후 법원 판결에서 새로이 제시된 내용에 따라 이루어진 새로운 처분에 대하여 새로이 조세심판관회의에서 결정을 할 때 적용하는 규정은 아니라 할 것이므로 추가로 과세된 이 건 부가가치세 과세처분이 불이익변경금지의 원칙에 위배된다는 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다. (다) 다음으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구인은 처분청이 부가가치세 과세처분을 직권으로 취소하였다가 다시 과세한 처분은 신의성실의 원칙에 위배된다고 주장한다. 그러나 이의신청결정에 따른 결정취소의 경우 동일 사항에 관하여 특별한 사유 없이 이를 번복하고 다시 종전의 처분을 되풀이 할 수 없는 것(대법원 1978.1.31. 선고 77누266 판결, 같은 뜻임)이나, 이 건의 경우 처분청은 청구인의 민원 제기에 의하여 직권으로 결정취소한 것으로 나타난다. 따라서 경정처분에 오류 또는 탈루가 있는 사실이 확인된 경우에는 경정권을 통하여 세액을 다시 경정할 수 있는 것(조심 2011중378, 2011.3.2.)이므로 처분청이 직권취소한 부가가치세를 다시 과세한 처분이 신의성실의 원칙에 위배된다는 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다. (라) 마지막으로 쟁점④에 대하여 살피건대, 청구인은 OOO의 쟁점거래에 있어서 선량한 관리자로서 의무를 다한 선의의 거래당사자이므로 그와 관련하여 수취한 세금계산서의 매입세액을 불공제하는 것은 부당하다고 주장한다. 그러나 선량한 관리자로 인정받기 위해서는 실물 거래가 있었다는 사실이 전제되어야 하는바, 청구인이 OOO으로부터 수취한 매입세금계산서와 관련하여 실물을 매입한 거래가 있었는지 여부에 대해서는 위와 같이 쟁점①에서 재조사하기로 결정하였으므로 동 재조사 결과 청구인이 OOO또는 다른 업체로부터 실제로 실물을 매입한 거래가 있었다는 사실이 확인되는 경우에는 선의의 거래당사자에 해당하는지 여부도 재조사하는 것이 타당하다고 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.