처분청에서 쟁점토지가 처분일 현재 3년 이상 계속하여 청구법인의 고유목적사업에 직접 사용된 고정자산이 아니라고 보아 해당 처분이익에 대하여 법인세를 부과한 이 건 처분에는 잘못이 없다고 판단됨
처분청에서 쟁점토지가 처분일 현재 3년 이상 계속하여 청구법인의 고유목적사업에 직접 사용된 고정자산이 아니라고 보아 해당 처분이익에 대하여 법인세를 부과한 이 건 처분에는 잘못이 없다고 판단됨
심판청구를 기각한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 이 건 과세처분에는 해명자료 제출안내문 및 과세예고통지서를 받지 못하는 등 납세자의 권리를 침해하는 중대한 절차적 하자가 있으므로 취소되어야 한다. 처분청은 쟁점토지 양도와 관련하여 국세청 전산상 ‘법인비사업용토지 양도소득자료’가 생성되어 청구인에게 2019.2.20. 해명자료 제출안내문을 팩스로 발송하였다고 주장한다. 그러나 처분청이 청구인에게 팩스로 발송한 것은 단순히 관련 물건의 목록만을 기록한 서류였고, 과세해명요구에 있어서도 전화로 자료요구를 하면서 해명의 범위를 자의적으로 계속 확장했으며, 청구법인으로 하여금 자료를 제출할 기회를 주지 않은 채 이 건 과세처분을 하였다. 해명자료 제출안내문은법인세 사무처리규정에 따른 법정 서식인바, 처분청은 동 안내문을 통하여 과세자료 발생 경위, 과세자료의 내용(과세자료명, 귀속년도, 발생처, 과세자료 발송금액), 제출할 해명자료 등을 문서로 고지하여야 함에도 불구하고 처분청은 단순히 물건의 목록만 팩스로 발송한 후 전화로 자료를 계속 추가 요구하면서 해명대상을 비사업용토지 여부, 매매시점으로 소급하여 3년간 종교목적사용, 대표자 상여에 이르기까지 계속 자의적으로 범위를 확장하였다. 청구법인은 위와 같은 처분청의 행정처리에 문제가 있음에도 불구하고 처분청을 존중하여 성실하게 관련 자료를 제출하였다. 처분청은 쟁점토지가 비사업용토지에 해당하지 않음이 밝혀진 이후에도 추가적인 해명 요구를 문서가 아닌 전화로 계속하였고, 쟁점토지의 종교목적사용 여부와 관련하여 해명자료 제출 시간을 부여해 달라는 청구법인의 요청을 무시하면서 이 건 과세처분을 부과하였는데, 그 과정에서 청구법인은 과세예고통지서조차 받지 못하였다. 위와 같이 과세처분을 함에 있어 법정 서식을 갖춘 문서로 된 해명자료 제출안내문 및 과세예고통지서를 청구법인에게 보내지 아니한 처분청의 행위는 과잉금지원칙에 위배되고, 청구법인은 평등하게 대우받아야할 권리를 침해받았으며, 과세 해명자료 제출을 위한 시간을 제공받지 못함으로써 납세자로서 정당한 권리를 보장받지 못하였다.
(2) 쟁점토지는 처분일 현재 3년 이상 계속하여 청구법인의 고유목적사업에 직접 사용되었으므로 해당 처분이익은법인세법상 과세소득에 해당하지 아니한다. (가) 청구법인은 1957년 쟁점토지에서 ‘OOO’로 변경됨, 이하 “쟁점교회”라 한다)를 창립하여 성전 부지로 사용하여 오다가 인근 부지를 매입하여 신(新)성전을 건축하고 성전을 2003년 이전하였다. 하지만 구(舊)성전 인근 고령의 성도들의 예배 관련 불편함과 OOO 주거지역에 대한 복음 전도의 필요성으로 쟁점토지에 컨테이너를 설치하면서 이를 ‘OOO’(제2성전)으로 명명하고 쟁점토지를 양도하는 날까지 예배시설로 사용하였는바, 이에 대한 근거는 다음과 같다.
1. 쟁점토지 위에 컨테이너 예배실을 설치하고 예배를 한 이유는 쟁점토지의 경우 쟁점교회가 60여년간 예배를 드려온 중요한 역사적 장소이기도 하고, 신규 인구 유입이 되는 OOO의 복음화를 위해 필요한 곳이었기 때문이다.
2. 청구법인은 2003년 교회를 새성전으로 이전한 후 쟁점토지 위천막에서 예배를 드리다가 2009년 6월 컨테이너를 구입하여 2013년 쟁점토지 양도일까지 예배를 계속하여 드렸는바, 그 사실은 예배사진(2013년 3월 OOO 권사 특별찬송사진 등) 및 다음카카오 항공사진, 교회 주보 내용에서 명백하게 확인된다.
3. 쟁점토지 6필지에 대하여는 당시 OOO 고시[OOO]에 의하여 도로계획이 설정된 상태였으므로 건축행위가 제한되었고, 이에 청구법인은 교회가 할 수 있는 최선의 방안으로 컨테이너 예배실을 설치하여 예배를 드릴 수밖에 없었다.
4. 처분청의 쟁점토지에 대한 현장조사는 위법하다.
5. 쟁점토지는 양도일까지 계속하여 청구법인의 고유목적사업에 사용된 점을 인정받아 재산세가 비과세되어 왔다. 처분청은 취득세가 비과세 되는 경우 조사 없이 재산세도 비과세될 수 있다는 OOO 세무과 직원의 구두진술을 근거로 제시하고 있으나, 개인의 사견을 과세근거로 내세우는 것은 합당하지 아니하고 심지어 해당 직원은 쟁점토지가 고유목적사업에 사용되었는지가 문제되는 2009년∼2013년 당시에는 OOO 세무과에 근무하지 않았던 것으로 확인된다. 또한 쟁점교회 목사가 OOO 세무과장과 세무팀장들에게 질의한 바에 의하면 “종교단체의 비과세처리는 합리적인 업무절차에 따라 쟁점토지가 고유목적사업에 사용하고 있는 것에 대하여 건물 및 구조물을 확인하고 비과세처리한다”라고 하였다. 기본적으로 토지와 건물의 종교목적 사용 및 비과세 여부의 판단은 지방자치단체 세무과의 고유한 의무인 점에서 OOO가 쟁점토지에 대하여 재산세를 비과세처리해 왔던 것은 존중되어야 한다.
6. 쟁점교회가 신성전으로 이전한 이후에도 제2성전을 계속 유지했다는 사실은 “OOO” 등 교회 내부자료가 아닌 지역사회에 배포된 객관적인 자료에 의해서도 확인된다.
7. 쟁점교회 성도들은 쟁점토지에 컨테이너를 설치하여 자신들이 새벽기도, 주일 저녁 예배 그리고 구역예배 등의 장소로 사용하였다는 확인서를 작성하고 제출하였고, 교회 성도가 아닌 제3자인 지역 이장 및 마을 주민들도 같은 내용의 사실확인서를 제출하였다. (나) 처분청 의견에 대한 반박
1. 처분청은 청구법인이 2009.6.10. 컨테이너를 구입한 ‘ OOO’의 개업일자가 2011.8.18.로 나타나는 점에서 청구법인이 제출한 거래명세표가 신빙성 없는 자료라는 의견이다. 그러나 쟁점교회 담임목사는 2009년 OOO에서 컨테이너를 분명히 구입하였다고 진술하였고, 2009년 다음카카오 지도의 거리뷰를 보면 OOO가 존재하고 있는 것으로 확인된다. 한편 처분청은 OOO와 다른 사업자인 OOO가 발급한 거래명세표를 객관적인 자료로 볼 수 없다는 의견이나, OOO는 OOO를 동생 OOO으로부터 인수하였고 쟁점교회가 2009년 6월경에 컨테이너를 구입한 것에 대해 매출원장을 확인하고 거래명세표를 발급해 주었다고 직접 확인하였다. <표2> OOO 사업자등록 현황
2. 처분청은 쟁점토지 지상에 설치된 컨테이너가 계속하여 변경되었으므로 청구법인의 고유목적사업에 직접 사용하였다고 보기 어렵다는 의견이다. 그러나 컨테이너를 구입하여 제일 먼저 설치한 OOO는 토사 유실 등의 문제가 있어 2011년 복토공사 이후 OOO으로 옮기고 옆 토지는 주차장으로 사용하였다. 그런데 복토한 토지에 비가 오면 토사가 밑으로 흘러 내려 컨테이너가 위험하다는 지적이 제기되어 2012년 다시 컨테이너를 보다 안전한 OOO로 옮기게 되었다. 따라서 컨테이너의 위치를 2회 옮긴 것은 강수로 인한 토사 유실과 복토공사라는 분명한 이유가 있었기 때문이고 오히려 이러한 사실은 쟁점교회가 고유사업목적을 영위하기 위해 쟁점토지를 유지·관리하였다는 증거로 보아야 한다.
3. 처분청은 쟁점토지 항공사진 중 2009년과 2013년의 경우에는 컨테이너가 확인되지 않는 점에서 청구주장을 받아들이기 어렵다는 의견이다. 그러나 2013년 항공사진의 경우 쟁점토지 양도일이 2013.3.25.이므로 해당 시점 이후에 촬영된 것이라면 컨테이너가 나타나지 않는 것이 당연하다(청구법인은 쟁점토지 촬영일자에 대한 문의를 하였으나, 다음카카오는 확인해 줄 수 없다는 공식답변을 함). 또한 2009년 및 2013년 항공사진을 보면, 쟁점토지 주위에 있는 밭에 검은 비닐이 덮여 있고 밭에 곡식이 없는 것으로 확인되는데, 이 모습은 4월 농사를 파종하는 기간으로 추정된다. 따라서 쟁점토지의 촬영시기를 4월로 본다면 쟁점교회가 컨테이너를 구입한 시기는 2009.6.10.이고 쟁점토지 양도일은 2013.3.25.인 점에서 해당 위성사진(2009년, 2013년)상에 컨테이너가 나타나지 않는 것은 당연한 것이다. <표3> 쟁점토지 항공사진 시기 분석
4. 처분청은 쟁점교회 홈페이지의 교회 연혁이 수정된 점을 들어 과세처분의 정당성을 주장하나, 교회 홈페이지에 어떤 역사를 기재할 것인지는 전적으로 교회의 자유이고 많은 교회들이 창립 관련 사실과 담임목사 이·취임 관계만 기록하고 있는 실정이며 교회 홈페이지 내용은 이 건 과세처분의 정당성과 직접적인 관련이 없다.
(1) 국세부과제척기간이 임박하여 부과한 이 건 과세처분의 경우 처분청에서 해명자료 제출안내문 및 과세예고통지서를 청구법인에게 발송하지 아니한 것은 관련 규정에 따른 적법한 행정처분이다. 청구법인이 2013년 3월 쟁점토지를 양도한 이후 2018년 10월 처음으로 국세청 전산상 ‘ 법인비사업용토지 양도소득자료’가 부과제척기한 임박자료로 생성되었다. 법인세 사무처리규정제126조 제4항은 과세가 예상되거나 납세자의 해명이 필요한 경우 법인세 해명자료 제출안내문을 납세자에게 발송하여야 한다고 규정하면서, 고지예정일로부터 국세부과제척기간의 만료일이 3개월 이하인 경우에는 동 안내문 발송을 생략할 수 있다고 규정하고 있고, 국세기본법제81조의15에도 과세예고통지일부터 국세부과제척기간의 만료일이 3개월 이하인 경우에는 과세예고통지를 생략할 수 있다고 규정하고 있다. 따라서 국세부과제척기간까지 1개월 남짓 남아 있었던 이 건 과세처분의 경우 처분청에서 해명자료 제출안내문 및 과세예고통지서를 청구법인에게 발송하지 아니하였다 하더라도 이는 적법한 행정처분에 해당한다.
(2) 처분일 현재 3년 이상 계속하여 쟁점토지를 청구법인의 고유목적사업에 직접 사용하였다는 객관적이고 명확한 증빙이 확인되지 않으므로 이 건 과세처분은 정당하다. 청구인은 쟁점토지에 장막 및 컨테이너를 설치하여 예배를 드려왔다고 주장하면서 관련 증빙을 제출하였으나, 해당 자료는 다음과 같은 이유로 신빙성 있는 것으로 보기 어렵다. (가) 청구인이 제출한 예배 사진(2013년 3월)을 검토한 바, 컨테이너의 내부만 촬영되어 해당 사진만으로는 컨테이너가 쟁점토지에 위치하였는지 알 수 없다. 또한 청구법인은 쟁점토지를 양도한 후 컨테이너를 쟁점교회 마당으로 옮겼다고 주장하나, 교회 앞마당의 두 개의 컨테이너는 2011년 이전부터 위치하고 있음이 항공사진을 통해 확인된다. (나) 청구인이 제출한 컨테이너 구입증빙(거래명세표)을 검토한 바, 공급자 OOO는 OOO에 소재하는 컨테이너 도소매 업종 개인사업자로 2011.8.18. 개업한 것이 국세청 전산망에서 확인된다. 그러나 청구법인이 제출한 거래명세표에는 2009.6.10. 컨테이너 1개를 OOO에 거래하였다고 적혀있으나, 해당 거래날짜는 공급자의 개업일보다 2년 빠른 날짜이다. 이의신청 심리담당자의 조사에 따르면, OOO 대표자 OOO는 OOO을 인수하면서 A/S문제가 있을 수 있어 OOO의 매출장부를 보관하였고, 2019년 3월경 장부 확인 후 청구인에게 거래명세표를 발행하였으나 현재는 장부를 폐기하였다고 진술하였다. 그러나 거래명세표를 발행한 직후 장부를 폐기하였다는 진술은 상식적으로 납득하기 어렵고, OOO와 명백히 다른 사업자인 OOO가 발급한 거래명세표는 객관적인 자료로 인정될 수 없다. (다) 쟁점토지의 위성사진(카카오맵 2008년〜2013년)을 확인한 바, 컨테이너로 추정되는 물건은 2010년〜2012년 위성사진에서 확인되나, 쟁점토지를 양도한 2013년 위성사진에는 컨테이너 추정물건이 확인되지 않는 점에서 양도일 현재 쟁점토지에 컨테이너가 있었는지 여부는 확인할 수 없다. 또한 2010년〜2012년 위성사진에서 컨테이너로 추정되는 물건은 매년 위치를 이동하고 있고, 승용차 2대 정도의 작은 크기로 교회성전으로 사용하였다고 하기에는 무리가 있다고 보인다. 2009년〜2010년 위성사진을 살펴보면, 인근 토지에 빌라신축공사가 진행 중인 것으로 확인되는데, 주변 공사가 진행 중인 쟁점토지에서 예배를 드린다는 것은 상식적으로 납득이 가지 않는다. (라) 청구법인이 제출한 확인서를 검토한 바, 청구법인은 쟁점토지에 컨테이너를 설치하고 새벽기도 및 예배를 드리는 장소로 사용하였다는 내용의 확인서를 제출하였으나, 청구법인 산하 쟁점교회의 구성원인 성도 및 지역주민의 확인서는 객관적인 증빙이 될 수 없다. (마) 쟁점교회 인터넷 사이트를 살펴보면, 이 건 처분 이전 쟁점교회 연혁에는 구(舊)성전에서 신(新)성전으로 신축이전(2013.10.3.)하였다는 내용만이 확인되었으나, 이 건 처분 이후 쟁점토지에서 계속 예배를 드렸다는 내용으로 교회 연혁을 수정한 것이 확인된다. (바) 쟁점토지를 예배당으로 사용하게 된 경위에 대하여 확인한 바, 청구법인은 ‘OOO’에 OOO제2성전을 세우고 새벽기도나 저녁예배를 드리다가, 임대 계약 기간이 만료된 후 쟁점토지로 예배당을 옮겼다고 주장하고 있다. 그러나 청구법인이 제출한 임대차 계약서상 임차인은 청구법인이 아닌 OOO(쟁점교회 장로)로, 실제 건물의 사용자가 쟁점교회임을 입증할 수 없고 추가서류로 제출한 위임장은 사후작성이 가능한 것으로 신(新)성전에 입당하고 6년이 지난 시점에 구(舊)성전 신도를 위한 컨테이너를 설치하였다는 청구주장은 신빙성이 없다. 신(新)성전과 쟁점토지의 거리는 약 1km로 승용차로 4분, 도보로 15분 거리로, 구(舊)성전 신도들은 어렵지 않게 신(新)성전에 접근가능한 점에서 구(舊)성전 신도들을 위해 쟁점토지에 컨테이너를 설치하였다는 청구주장은 납득하기 어렵다. (사) 청구법인은 처분청의 쟁점토지 현장방문에 문제점이 있다고 주장하는바, 이에 대하여 살펴본다. 처분청은 2019.6.4. 인근주민의 진술을 확보하기 위해 쟁점토지 및 쟁점교회에 현장방문하였는데, 쟁점토지 인근에는 유동인구가 거의 없어 인근 주민을 만나 사실 여부를 확인할 수 없었다. 쟁점토지는 대로변에 위치하지 않아 접근성이 떨어졌고 인근에는 신축빌라 10여채만 존재한 것으로 확인되는바, 극소수의 성도들을 위하여 예배장소를 설치하였다는 청구주장은 신빙성이 없다. 쟁점교회 앞마당에는 2개의 컨테이너를 보관 중이었고, 두 개의 컨테이너 모두 내부가 상당히 어둡고 여러 가지 물품이 쌓여있는 모습이었다. 청구법인은 위 현장방문을 비밀리에 진행된 조사라고 표현하였으나, 이는 조사가 아닌 단순 현장방문으로 처분청이 현장방문계획을 청구법인에게 통지할 의무는 없다. (아) 청구인은 쟁점토지에 대한 지방세가 비과세이므로 법인세 또한 비과세대상이라고 주장하고 있으나,법인세법제4조 제3항 제5호에 의하면 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입에 대하여 원칙적인 과세대상으로 정하고 있고, 예외적으로 같은 법 시행령 제3조 제2항에서 ‘고정자산의 처분일 현재 3년이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 자산’일 경우 그 처분수입에 대하여 비과세대상으로 규정하고 있을 뿐 지방세 비과세에 대한 별도의 규정이 없다. 또한국세기본법제14조에 따라 쟁점토지의 실제 이용현황에 따라 법인세 과세여부를 결정해야할 것인바, 실제 고유목적사업에 사용하였음을 확인하기 위해서는 구체적이고 객관적인 증빙이 필요하고 그 입증책임은 청구법인에게 있다. 따라서 쟁점토지에 대한 지방세가 비과세되었다는 사유만으로는 법인세법령상 비과세대상이라고 볼 수는 없다. 처분청은 2019.12.30. 쟁점토지를 담당하는 OOO에 공문을 발송하여 쟁점토지의 건물 및 구조물 확인, 고유목적사업에 사용여부 확인 등을 조회하였으나, ‘보관자료 없음’으로 회신받았다. (자) 청구법인은 쟁점토지의 컨테이너 이동이 불가피하였다고 주장하면서 복토 중장비 대금 관련 금융자료를 제출하였다. 그러나 항공사진으로 확인한 쟁점토지 지상의 컨테이너는 매년 이동하고 있는데, 2010년 항공사진을 살펴보면 쟁점토지 중 OOO에 컨테이너가 위치하고 있고 나머지 5개 필지는 나대지 상태로 확인된다. 2011년 및 2012년 항공사진에도 계속하여 컨테이너가 이동하는 것으로 확인되는 점에서 쟁점토지 6필지 중 고유목적사업에 3년 이상 계속하여 사용된 필지는 단 하나도 없는 것으로 나타난다. 청구법인은 토사유실 등의 문제로 복토하기 위하여 컨테이너의 위치 변경은 불가피하였다고 주장하나, 보유기간 중 고유목적사업에 직접 사용하지 못한 부득이한 사유발생은 법인세 비과세 판단시 고려할 요소가 아니다. 따라서 청구주장대로 쟁점토지에 컨테이너를 설치하고 고유목적사업에 사용했다고 보더라도 컨테이너가 위치하지 않은 5개의 필지는 고유목적사업에 직접 사용하였다고 볼 수 없다.
① 이 건 과세처분에는 해명자료 제출안내문 및 과세예고통지서를 받지 못하는 등 납세자의 권리를 침해하는 중대한 절차적 하자가 있다는 청구주장의 당부
② 쟁점토지를 처분일 현재 3년 이상 계속하여 청구법인의 고유목적사업에 직접 사용하였다는 청구주장의 당부
(1) 법인세법 제3조【과세소득의 범위】
③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 ‘수익사업’이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.
5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 (2) 법인세법 시행령 제2조【수익사업의 범위】
② 법 제3조 제3항 제5호에서 ‘대통령령으로 정하는 것’이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다.
(3) 지방세법 제186조【용도구분에 의한 비과세】 다음 각 호에 규정하는 재산(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 재산세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 당해 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 당해 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대하여는 그러하지 아니하다.
1. 제사ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ기예 그 밖의 공익사업을 목적으로 하는 대통령령이 정하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 부동산.(단서 생략)
(4) 지방세특례제한법 제50조【종교 및 제사 단체에 대한 면제】
① 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다.
② 제1항의 단체가 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산(대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지를 포함한다)에 대하여는 재산세(지방세법제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및지방세법제146조 제2항에 따른 지역자원시설세를 각각 면제한다. 다만, 수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대하여는 면제하지 아니한다.
(5) 국세기본법 제81조의15【과세전적부심사】
② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사[이하 이 조에서 "과세전적부심사"라 한다]를 청구할 수 있다. 다만, 법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 사항에 대해서는 국세청장에게 청구할 수 있다.
1. 제81조의12에 따른 세무조사 결과에 대한 서면통지
2. 제1항 각 호에 따른 과세예고통지
③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항을 적용하지 아니한다.
3. 세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우
(1) 이 건 심판청구서, 처분청 답변서, 국세청 대내포털시스템 등의 심리자료를 종합하면, 다음의 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 1954.8.27. OOO 각 지교회의 예배 및 전도교육, 자선 사업에 필요한 토지 건물 및 설비품을 소유 관리함을 목적으로 설립된 비영리법인으로, 복음전도, 교회당 건축, 기독교 교육, 자선사업, 의료 선교 등의 고유목적사업을 영위하고 있다. (나) 쟁점교회는 청구법인 산하 6개 지방회 중 OOO 소속 교회로서 1957년 5월 창립되었고, 1995년 1월 쟁점토지 인근 새로운 부지(OOO)를 매입하여 2003년 10월 신(新)성전을 건축하여 이전하였다. (다) 청구주장에 따르면, 쟁점교회가 새성전으로 이전한 후에도 인구유입이 많은 OOO 주거지역에 대한 전도의 필요성으로 건물(OOO)을 임차하여 ‘제2성전’으로 종교활동을 하였고 임차기간(2006년 1월∼2007년 12월) 만료 이후에는 쟁점토지 지상에서 캐노피 천막 및 컨테이너를 통하여 2013년 쟁점토지 양도일까지 종교활동을 한 것으로 나타난다. <표4> 쟁점토지(OOO 등) 지상 종교활동 내역
(2) 청구법인이 증빙으로 제출한 심리자료는 다음과 같다. (가) OOO에서 발급한 2009년∼2012년 토지 정기과세 내역서상 쟁점토지에 부과된 재산세는 없는 것으로 확인된다. (나) 청구법인은 쟁점토지 지상에 장막을 설치하여 예배를 드리다 장막을 철거하고 컨테이너를 구입하여 예배를 드렸다고 주장하면서 당시 OOO(제2성전)과 관련된 상황이 기재되어 있는 쟁점교회의 주보를 제출하였다. (다) 청구법인은 처분청이 2013년에는 쟁점토지에 컨테이너가 확인되지 않는다며 제시한 위성사진은 촬영일을 파악할 수 없어 위성사진만으로는 쟁점토지의 사용현황을 파악하는 것이 불가능하다고 주장하며, ‘항공사진 촬영일 문의에 대해 정확한 촬영날짜를 파악하기 어렵다’는 다음카카오 고객센터의 답변을 제출하였다. (라) 청구법인은 컨테이너를 구입한 증빙으로 거래명세표와 컨테이너 업체 사진, OOO(컨테이너 전소유자)의 금융거래내역 등을 제출하였다. (마) 쟁점교회 성도들이 쟁점토지의 컨테이너에서 새벽기도회와 주일예배, 저녁예배를 드렸다는 내용의 확인서와 같은 내용을 기재한 지역 이장, 주민들의 확인서, 컨테이너에서의 예배 사진(2013년 3월 OOO 권사 특별찬송사진 등)을 제출하였다. (바) 청구법인은 컨테이너를 2회 이전하게 된 이유와 관련하여 쟁점토지의 토목공사(복토) 확인서와 공사대금의 금융거래자료를 제출하였다. (사) 청구법인은 당시 쟁점토지에 대한 건축행위 제한으로 천막 및 컨테이너를 예배당으로 사용할 수밖에 없었다고 주장하면서 쟁점토지 토지이용계획확인원을 제출하였다. (아) 청구법인은 쟁점토지 양도 후 컨테이너를 쟁점교회 마당으로 옮겼다고 주장하면서 2019.6.18. 촬영한 사진을 제출하였다. (자) 청구법인은 OOO 제2성전이 신(新)성전 이전 후에도 존재하였다는 사실에 대한 증빙으로 OOO 내 건물 임대계약서와 회의록, OOO 등을 제출하였다. (차) 이밖에도 청구법인은 처분청이 2013년에는 쟁점토지에 컨테이너가 확인되지 않는다며 제시한 위성사진에 대하여 촬영일을 파악할 수 없어 위성사진만으로는 쟁점토지의 사용현황을 파악하는 것이 불가능하다고 주장하면서, ‘항공사진 촬영일 문의에 대해 정확한 촬영날짜를 파악하기 어렵다’는 다음카카오 고객센터의 답변을 제출하였다.
(3) 처분청에서 과세근거로 제시한 심리자료는 다음과 같다. (가) 쟁점토지 위성사진을 살펴보면, 컨테이너를 구입하였다는 2009년 사진 및 쟁점토지를 양도한 2013년 사진에는 해당 컨테이너가 발견되지 아니하고, 나머지 기간에도 아래 <표5>와 같이 컨테이너의 위치가 계속하여 이동하여 쟁점토지 6필지 중 종교활동에 3년 이상 ‘계속하여’ 사용된 필지는 단 하나도 없는 것으로 나타난다. <표5> 컨테이너 이동 현황 (나) 처분청에서 2019.6.4. 쟁점교회를 현장방문한 결과, 방문일 현재 두 개의 컨테이너는 모두 창고로 사용되고 있었고 컨테이너 내부는 어둡고 여러 가지 물품이 쌓여있는 모습으로 청구법인이 제출한 컨테이너 내부사진과는 상이한 모습으로 확인된다. (다) OOO의 대표자 OOO는 동생 OOO의 사업을 인수하면서 A/S문제가 있을 수 있어 매출장부를 보관하였고, 2019년 3월청구법인의 요청에 의하여 장부 확인 후 거래명세표를 발행하였으나 현재는 그 장부를 폐기하여 자세한 확인이 불가하다고 답변하였다. (라) 컨테이너는 가설건축물에 해당하여건축법제20조에 따라 대통령령으로 정하는 존치 기간, 설치 기준 및 절차에 따라 시장 등에게 가설건축물 축조신고를 한 후 착공하여야 하며, 신고를 하지 아니한 경우에는 같은 법 제111조에 의거 200만원 이하의 벌금에 처하도록 되어 있다. 처분청에서 2019.7.25. OOO 건축녹지과 주택팀에 유선상으로 문의한바, 쟁점토지에 청구법인 혹은 쟁점교회 목사 명의로 가설건축물 축조신고를 한 내역이 없으며 벌금이 부과된 적도 없다고 답변하였다. (마) 처분청에서 2019.6.11. OOO 재산세 담당자(OOO)에게 토지 정기과세 내역에 대해 유선상으로 문의한바, 부과된 지방세가 없는 것은 맞으나, 재산세 과세시 전수조사가 힘들고 건물 위주로 조사를 하기 때문에 취득세가 비과세인 경우에는 재산세도 비과세가 되는 경우가 많으며 쟁점토지는 별도의 조사가 없었다고 답변하였다. 쟁점토지는 당초 교회부지였으므로 재산세가 비과세될 수 있으나 신(新)성전으로 이전 이후에도 계속하여 비과세가 유지된 것은 관할 지방자치단체의 현장확인이 없었던 것으로 추측되는바, 이에 처분청은 2019.12.30. OOO에 공문을 발송하였고 동 출장소는 고유목적사업 사용여부 확인내역에 관한 보관자료가 없다고 회신하였다. (바) 처분청에서 2019.7.10. 확인서를 제출한 쟁점교회 성도들에게 확인서 내용에 대해 유선상으로 문의한바, 확인서에 16년간 쟁점교회에 다니고 있다고 기재한 성도는 2012.6.11. OOO으로 전입하였으며 확인서와 다르게 OOO에서 주일 1부·2부 예배를 드렸고 OOO 담임목사가 직접 예배를 인도하였다고 답변하였고, 쟁점교회에서 15년간 신앙생활을 했다고 기재한 다른 성도는 신앙생활을 오래하지 않았다고 답변하였고 OOO에서 주일 2부 예배를 드렸으며, 한 성도는 본인이 컨테이너에서 새벽예배를 주로 드렸고 예배 인도는 교회의 오래된 권사들이 하였으며 컨테이너에 선풍기 외에 별도의 냉·난방시설이 없었다고 답변하였다. (사) 쟁점교회 항공사진을 보면, 청구법인이 쟁점토지 양도 후 예배장소로 사용하던 컨테이너를 2013년 3월에 쟁점교회로 옮겼다고 주장하였으나 동일한 위치에 2011년 이전부터 컨테이너 2동이 설치되어 있는 것으로 확인된다. (아) 쟁점토지에서 신(新)성전까지 거리는 1.08㎞로 승용차로 4분, 도보로 15분 소요되는 비교적 짧은 거리로 확인되는바, 이러한 정도의 거리를 구(舊)성전 신도들의 편의를 위해 쟁점토지에 컨테이너를 설치하여 예배를 하였다는 청구주장이 경험칙에 반한다(교회버스도 운행하고 있어 접근성이 떨어지지 아니함). (자) 이밖에도 쟁점교회 인터넷 사이트를 살펴보면, 이 건 처분 이전 쟁점교회 연혁에는 구(舊)성전에서 신(新)성전으로 신축이전(2013.10.3.)하였다는 내용만이 확인되었으나, 이 건 처분 이후 쟁점토지에서 계속 예배를 드렸다는 내용으로 교회 연혁을 수정한 것이 확인된다.
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 해명자료 제출안내문 및 과세예고통지서를 받지 못하는 등 납세자로서 보장받아야 할 절차적 권리가 침해되었으므로 이 건 부과처분이 취소되어야 한다고 주장하나, 법인세 사무처리규정(국세청 훈령 제2285호, 2019.2.1.) 제126조 제4항 단서는 과세자료의 내용이 명확하여 납세자의 해명이 필요 없는 것으로 과세관청에서 인정한 사안인 경우 법인세 해명자료 제출안내문 발송을 생략할 수 있다고 규정하고 있고, 국세기본법제81조의15 제3항 제3호는 과세예고통지일부터 국세부과제척기간의 만료일이 3개월 이하인 경우에는 과세예고통지를 생략할 수 있다고 규정하고 있는 점 등에 비추어 이 건 과세처분 부과절차에 있어 해당 처분의 합법성을 희생할 정도로 중대·명백한 하자가 있다고 보기 어렵다고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대,법인세법제3조 제3항 제5호, 같은 법 시행령 제2조 제2항 전문은 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산의 처분이익만을 법인세 과세소득에서 제외하도록 규정하고 있고, 비영리법인이라도 보유하고 있는 고정자산을 처분함으로써 수입이 발생할 경우 이를 수익사업에서 생기는 과세대상 소득으로 취급하는 것을 원칙으로 하되, 고정자산의 처분일을 기준으로 3년간 고유목적사업에 직접 사용하였다는 객관적인 사실관계가 인정된다면 비영리법인의 활동목적을 존중하여 예외적으로 비과세대상으로 하도록 규정하고 있는바, 이와 같은 예외적 감면규정은 엄격하게 해석하여야 할 것으로 모든 비과세‧감면규정의 적용을 결정함에 있어 법문에 규정되어 있지 않더라도 그 요건을 충족하지 못한 것에 정당한 사유가 있는지를 별도로 심사하여 과세대상 여부를 판정하여야 한다고 볼 수는 없다고 할 것이다(대법원 2013.5.23. 선고 2013두1829 판결, 같은 뜻임). 이 건의 경우 쟁점토지의 위성사진을 보면 해당 기간 청구법인이 종교활동으로 사용하였다는 컨테이너는 매년 이동하고 있어 쟁점토지 6필지 중 청구법인의 고유목적사업에 3년 이상 계속하여 직접 사용된 필지는 없는 것으로 보이는 점, 청구법인은 토사 유실 등 안전상의 문제로 인한 복토공사로 컨테이너의 위치 변경이 불가피하였다고 소명하고 있으나, 법인세 비과세규정 요건을 충족하지 못한 것에 정당한 사유가 있는지를 별도로 심사하여 과세대상 여부를 판정하여야 한다고 볼 수는 없는 점, 청구법인이 제출한 심리자료만으로는 쟁점토지의 처분일을 기준으로 3년간 고유목적사업에 직접 사용하였다는 객관적인 사실관계를 인정하기가 어려운 점 등에 비추어 처분청에서 쟁점토지가 처분일 현재 3년 이상 계속하여 청구법인의 고유목적사업에 직접 사용된 고정자산이 아니라고 보아 해당 처분이익에 대하여 법인세를 부과한 이 건 처분에는 잘못이 없다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.