쟁점상가의 분양예정가액을 기준으로 각 호실로 안분된 필요경비가 소득세법제69조 제3항에 부합하는 것으로 인정하기 어려우므로 소득세법제69조 제3항 및 소득세법시행령제129조 제1항에 부합하는 토지등매매차익을 재조사하여 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단됨
쟁점상가의 분양예정가액을 기준으로 각 호실로 안분된 필요경비가 소득세법제69조 제3항에 부합하는 것으로 인정하기 어려우므로 소득세법제69조 제3항 및 소득세법시행령제129조 제1항에 부합하는 토지등매매차익을 재조사하여 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단됨
[주 문] OOO세무서장이 2019.8.13. 및 2019.9.16. 청구인에게 한 종합소득세 합계 OOO의 부과처분은 청구인이 2016년～2018년 기간 중 신축ㆍ판매한 OOO라는 명칭의 건물 68개호의 토지등매매차익을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정한다. [이 유]
① 청구인은 2016년 1월～2018년 8월 기간 중 쟁점상가의 68개호 를 각각 분양할 때마다 처분청으로부터 양도소득세 예정신고 안내문을 받았고 그 때마다 처분청에 방문하여 쟁점사업장의 사정을 설명한 후 처분청 소속 담당자(인사 이동 후의 담당자 포함)로부터 ‘청구인이 쟁점사업장에서 부동산임대업과 헬스장운영업을 영위하면서 일시적 으로 쟁점상가를 신축ㆍ분양하는 것에 대해서는 양도소득세 예정신고를 할 필요가 없이 종합소득세 확정신고만 하면 된다’는 답변을 듣고 이를 신뢰하여 그대로 이행한 점, ② 만약 쟁점상가의 양도가 토지등 매매차익 예정신고ㆍ납부의 대상에 해당된다면 처분청이 소득세법 시행령 제129조 제3항에 따라 ‘즉시 그 매매차익과 세액을 결정’하 여 청구인에게 통지하여야 했으나 처분청은 그러지 않은 점, ③ 당초 세 무 조사 당시 쟁점상가의 양도에 대한 처분을 하지 않은 점 등을 감안할 때, 청구인이 쟁점상가의 양도에 대해 토지등매매차익 예정신고ㆍ납 부를 하지 않은 것은 앞서 제시한 과세관청의 답변 등을 신뢰한 것 에 기인하고 이는 국세기본법 제48조 제1항 에 따른 가산세 면 제의 정당한 사유에 해당한다. (3) (예비적으로) 이 건 과세처분 중 2016년분은 중복조사금지의 원 칙에 위배되어 부적법하다.
① 청구인이 2018.3.28.∼2018.5.7. 기간 중 OOO지방국세청장으로부터 2014년∼2016년 기간을 대상으로 하는 개인통합조사(이하 “당초 세무조사”라 한다)를 받아 적출된 세액을 납부한 점, ② 청구인이 다 시 OOO지방국세청장으로부터 2016년～2018년 기간의 이 건에 대한 해명자료 제출안내문을 받았고 이는 과세관청이 질문조사권을 행사한 것으로 보아야 하므로 이 건 과세처분 중 2016년 귀속분은 국세기본법 제81조의4 제2항 에서 금지하는 재조사(중복조사)에 해당한다. 한편 처분청은 OOO지방국세청장이 청구인에게 이 건 감사와 관 련한 어떠한 자료도 요청하지 않았으므로 당초 세무조사에 대한 재조사가 아니라는 의견이나, OOO지방국세청장이 2016년에 대한 당초 세무조사를 종결한 후 국세기본법 제81조의4 제2항 에 따른 예외사유 없이 이 건 감사 당시 질문검사권을 행사하여 청구인에게 자료 요구 를 한 것만으로도 중복조사에 해당하므로 처분청의 의견은 부당하다.
① 이 건 과세처분이 근거과세원칙에 위배된 처분인지 여부
② 가산세 면제의 정당한 사유가 있는지 여부
③ (예비적 청구) 2016년분이 중복조사 금지원칙에 위배된 처분인지 여부
(1) 처분청이 확인한 사실관계 등은 아래와 같다. (가) 청구인은 2002.8.10. OOO에서 부동산임대업을 영위하는 쟁점사업장의 사업자등록을 한 후 2015.12.7.～2019.6.8. 기간 중 2010.9.9. 비주거용건물신축판매업, 2011.4.1. 헬스장 운영업 등 6회에 걸쳐 부업종을 추가하였고, 쟁점사업장의 소재지 는 쟁점상가의 소재지(같은 구 OOO)와 다르다. (나) 청구인은 위 <표> 기재와 같이 2016년 3월～2018 10월 기 간 동안 쟁점상가(70호) 중 68호를 OOO에 양도하였고, 이에 대 한 토지등매매차익 예정신고를 하지 아니하였으며, 쟁점상가의 신축판매소득에 대하여 2016년～2018년 귀속 종합소득세 확정신고를 하였다. (다) OOO지방국세청장은 위 <표> 기재의 쟁점상가 양도가액OOO에서 필요경비등을 공제하기 위하여 청구인에게 이에 관한 자료의 제출을 요구하였으나 감사종결일까지 제출된 자료가 없다는 이유로 청구인의 종합소득세 신고서 신고내용(재무상태표, 손 익계산서, 원가명세서)을 통하여 쟁점상가와 관련한 토지원가OOO, 건설원가OOO, 건설자금이자OOO를, 세금계산서를 통해 분양수수료OOO 등 합계 OOO의 필요경비를 확인하였다. (라) OOO지방국세청장은 위 쟁점상가의 필요경비OOO 중 토지원가ㆍ건설원가 및 건설자금이자는 쟁점상가의 분양예정가액 비율(분양홍보내용에서 확인한 것)로, 분양수수료는 발생연도와 판매연도에 따라 분양예정가액 비율로 배분(2014년～2016년 발생분은 2016년 판매된 60개호에, 2017년 발생분은 2017년 판매된 6개호에, 2018년 발생분은 2018년 판매된 1개호에 각 배분)하였다. (마) OOO지방국세청장은 토지등기부등본을 통해 확인한 보유기간으로 토지의 장기보유특별공제를 OOO으로 산정한 다음, 앞서 산정ㆍ배분한 필요경비, 장기보유특별공제 등을 반영하여 월별 토지등매매차익을 산정하였다.
(2) 청구인이 제출한 증빙자료 등은 아래와 같다. (가) 청구인은 선행 세무조사에 따른 고지로 2016년 귀속 종합소득 세를 세액을 납부하였다고 주장하면서 서울지방국세청장이 2018.5.18. 청구인 에게 보낸 ‘세무조사 결과통지 공문’을 제출하였고, 이를 보면 OOO지방국세청장이 청구인에게 2016년 귀속 종합소득세 등 합계 OOO의 세액이 고지될 예정인 것으로 나타나나, 위 세무조사가 쟁점상가의 토지등매매차익 예정신고에 대한 것인지를 입 증하는 자료는 제출되지 아니하였다. (나) 청구인은 서울지방국세청장이 이 건 감사시 위 안내문을 통 해 질문조사권을 행사하였다고 주장하면서 처분청이 2019.2.12. 청구인 에게 보낸 ‘해명자료 제출 안내문’(2019.2.12. 시행)을 제출하였고, 이 를 보면 처분청이 청구인에게 ‘예정신고 무신고에 따른 가산세 검토 및 그 적용대상인 경우 예상납부세액 계산’을 위하여 예정신고 무신고 적정 여부에 관한 서류의 제출을 안내한 것으로 나타난다. (다) 청구인은 쟁점상가의 신축ㆍ판매가 일시적이었으므로 부동산매매업의 영위로 볼 수 없다고 주장하면서 처분청으로부터 받았다는 ‘양도소득세 예정신고ㆍ납부 안내문’(시행일ㆍ수취일 미기재)을 제출하였고, 이를 보면 처분청이 청구인에게 2019.2.18.까지 경기도 파주시 소재의 상가(2018.12.17. 양도된 109호)에 대한 양도소득세 예정신고ㆍ납부를 안내한 것으로 나타난다.
(3) 청구인(대리인)과 처분청은 2020.9.15. 개최된 조세심판관회의에 출석하여 각각 당초 청구주장과 이에 대한 답변과 같은 취지의 진술을 하였고, 청구인은 처분청이 이 건 과세처분시 산정한 월별 토지등매 매차익이 실제 비용을 각 호실별 분양예정가액(합계 OOO 상당)으로 안분하여 산정된 것인데, 해당 분양예정가액은 실제분양가액(OOO 상당)과 OOO 상당의 차이가 있고, 부동산매매업자가 매월 분양가액은 알 수 있으나 이에 대응하는 실제 비용을 알 수 없음을 감안하면 실 제분양가액을 기준시가로 환산한 금액을 필요경비로 하여 월별 토지등매매차익을 산정하여야 한다는 취지로 진술하였으며, 처분청은 분양예정가액과 실제분양가액 간의 차이가 있으나 전자가 각 호실별 원가 투입현황을 반영하므로 이를 기준으로 실제 비용을 안분하여 쟁점상가의 월별 토지등매매차익을 산정하는 것이 타당하다는 취지로 진 술하였다.
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다. 청구인은 2012년부터 부동산임대업 등 여러 업종의 쟁점사업장 을 운영하여 오다가 일시적으로 쟁점상가를 신축ㆍ판매한 것에 대하여 처분청이 부동산매매업만을 영위한 경우와 동일하게 토지등매매차익 예정신고의무가 있다고 보는 것은 부당하다고 주장하나, 청구인이 오 랜 동안(2016년 3월～2018년 10월) 대규모의 쟁점상가를 신축ㆍ분양한 것을 두고 일시적인 것이라 인정하기 어렵고 오히려 청구인에게 이를 통한 부동산매매업의 사업소득을 얻을 목적이 있었다고 보이며, 설 령 청 구인이 다른 여 러 업종을 영위하였더라도 쟁점상가의 신축ㆍ분양 이 부동산매매업에 해 당하는 이상, 청구인에게 토지등매매차익의 예정 신고의무가 있는 것으로 봄이 타당하므로 청구인의 주장을 받아들이기는 어렵다 하겠다. 한편 소득세법 제69조 제3항 에서 토지등매매차익의 산출세액은 매매가액에서 같은 법 제97조를 준용하여 계산한 필요경비를 공제한 금액에 같은 법 제104조에 따른 세율을 곱하여 계산하도록 규정하고 있고, 같은 법 제97조 제1항에서 ‘양도가액에서 공제할 필요경비’는 실지거래가액 또는 이를 확인할 수 없는 경우에 한하여 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액으로 하며, 같은 조 제2항에서 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우와 그 밖의 경우로 나누어서 각 필요경비의 산출방법을 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제129조 제1항에 의하면 토지등매매차익은 부동산매매업자가 그 예정신고시 제출한 증빙자료 또는 비치ㆍ기장한 장부ㆍ증빙자료에 따라 계산하되(제1호) 같은 영 제143조 제1항 각 호와 같이 장부ㆍ증빙자료가 없거나 허위인 등의 경우에는 같은 조 제3항의 추계결(경)정의 방법으로 계산하는 것인바(제2호), 쟁점상가의 토지등매매차익은 청구인이 비치ㆍ기장한 장부 등이 있는 경우에는 이를 근거로 쟁점상가의 양도가액에서 직접 필요경비를 차감하는 방법으로 계산하되 그 필요경비는 실지거래가액 또는 이를 확인할 수 없는 경우에 한하여 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액으로 하며, 장부 등이 없는 경우에는 추계결(경)정의 방법으로 계산하는 것이라 할 것이다. 처분청은 청구인의 납세신고서상 전체 필요경비를 각 호실별 분 양예정가액(합계 OOO 상당)을 기준으로 안분한 금액이 ‘ 소득세법 제97조 에 따른 실지거래가액인 필요경비’에 해당하므로 이를 전제로 산정된 토지등매매차익, 산출세액 및 가산세(이 건 과세처분의 세액)가 적법하다는 의견이나, 쟁점상가의 분양예정가액이 실제분양예 정가액(OOO 상당)에 비하여 OOO 상당의 차이가 있고 이를 무의미한 것으로 보기 어려운 점, 토지등매매차익 예정신고는 매매일 이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 하는 것으로, 공사가 진행되는 기간 중에는 실제 지출된 필요경비의 규모를 확정하기가 어려워서 실 지거래가액을 필요경비로 하여 해당 예정신고를 하기도 어려운 점 등에 비추어 볼 때, 쟁점상가의 분양예정가액을 기준으로 각 호실로 안분된 필요경비가 소득세법 제69조 제3항 에 부합 한 것으로 인정하기는 어렵다 하겠다. 따라서 처분청이 청구인 등 부동산매매업자 가 예정신고할 때 적용가능한 것으로, 소득세법 제69조 제3항 및 같은 법 시행령 제129조 제1항에 부합하는 토지등매매차익을 재조사 하여 이 건 과세처분의 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다 고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 쟁점①에서 관련 법령에 따라 청구인에게 토지등매매차익 예정신고의무가 있는 것으로 본 이상, 설령 처분청 소속 공무원이 청구인에게 이에 반하는 안내를 하 였다 하더라도 청구인에게 비과세 관행에 준하는 가산세 감면의 정당한 사유가 있는 것으로 인정하기 어려우므로 청구인에게 해당 사 유가 있다는 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다. (다) 마지막으로 쟁점③(예비적 청구)에 대하여 살피건대, OOO지 방 국세청장이 이 건 감사시 청구인에게 보낸 해명 안내문은 단순한 사 실관계의 확인 또는 통상적으로 이에 수반되는 간단 한 질문조사에 해당되는 것으로 보일 뿐만 아니라 청구인이 이에 대 한 회신을 하지 아니한 점에 비추어 볼 때, 이 건 감사는 세무조사권이 남용될 염려가 없는 조사행위라 할 것이므로 이 건 감사가 ‘납세자에게 일정한 기간 동안 장부ㆍ서류ㆍ물건 등을 검사ㆍ조사하는 세무조사’에 해당한다는 청구인의 주장도 받아들이기 어렵다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세 기본법 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같 이 결정한다. <별지> 관련 법령 등 (1) 국세기본법(2018.12.31. 법률 제16097호로 일부개정되기 전의 것) 제47조의2(무신고가산세) ① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법 에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 교육세법 제9조에 따른 신고 중 금융·보험업자가 아닌 자의 신고와 농어촌특별세법 및 종합부동산세법에 따른 신고는 제외한다)를 하지 아니한 경우에는 그 신고로 납부하여야 할 세액(이 법 및 세법 에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 "무신고납부세액"이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 곱한 금액을 가산세로 한다.
2. 제1호 외의 경우: 100분의 20 제47조의4(납부불성실·환급불성실가산세) ① 납세의무자(연대납세의무자, 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)가 세법에 따른 납부기한까지 국세의 납부(중간 예 납·예정신고납부·중간신고납부를 포함한다)를 하지 아니하거나 납 부 하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 "과소납부"라 한다)하거나 환급받 아야 할 세액보다 많이 환급(이하 "초과환급"이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다. (단서 생략)
1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율 제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다. 제81조의4(세무조사권 남용 금지) ② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.
1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우
2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우
3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우
4. 제65조 제1항 제3호 단서(제66조 제6항과 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의15 제4항 제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우(결정서 주문에 기재된 범위의 조사에 한정한다)
5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우
6. 제81조의11 제3항에 따른 부분조사를 실시한 후 해당 조사에 포함되지 아니한 부분에 대하여 조사하는 경우
7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우
③ 세무공무원은 세무조사를 하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 장부등의 제출을 요구하여야 하며, 조사대상 세목 및 과세기간의 과세표준과 세액의 계산과 관련 없는 장부등의 제출을 요구해서는 아니 된다. (2) 국세기본법 시행령 제63조의2(세무조사를 다시 할 수 있는 경우) 법 제81조의4 제2항 제7호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 부동산투기, 매점매석, 무자료거래 등 경제질서 교란 등을 통한 세금탈루 혐의가 있는 자에 대하여 일제조사를 하는 경우
2. 과세관청 외의 기관이 직무상 목적을 위해 작성하거나 취득해 과세관청에 제공한 자료의 처리를 위해 조사하는 경우
3. 국세환급금의 결정을 위한 확인조사를 하는 경우
4. 조세범 처벌절차법 제2조제1호 에 따른 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우. 다만, 해당 자료에 대하여 조세범 처벌절차법 제5조제1항제1호 에 따라 조세범칙조사심의위원회가 조세범칙조사의 실시에 관한 심의를 한 결과 조세범칙행위의 혐의가 없다고 의결한 경우에는 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료로 인정하지 아니한다.
(3) 소득세법(2018.12.31. 법률 제16104호로 일부개정되기 전의 것) 제64조(부동산매매업자에 대한 세액 계산의 특례) ① 대통령령으 로 정하는 부동산매매업(이하 "부동산매매업"이라 한다)을 경영하는 거주자(이하 "부동산매매업자"라 한다)로서 종합소득금액에 제104조 제1항 제4호·제8호·제10호 또는 같은 조 제7항 각 호의 어느 하나에 해당하 는 자산의 매매차익(이하 이 조에서 "주택등매매차익"이라 한다)이 있는 자의 종합소득 산출세액은 다음 각 호의 세액 중 많은 것으로 한다. (각호 생략)
② 부동산매매업자에 대한 주택등매매차익의 계산과 그 밖에 종합소 득 산출세액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제69조(부동산매매업자의 토지등 매매차익예정신고와 납부) ① 부동산매매업자는 토지 또는 건물(이하 "토지등"이라 한다)의 매매차익과 그 세액을 매매일이 속하는 달의 말일부터 2개월이 되는 날까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여 야 한다. 토지등의 매매차익이 없거나 매매차손이 발생하였을 때에도 또 한 같다.
② 제1항에 따른 신고를 "토지등 매매차익예정신고"라 한다.
③ 부동산매매업자의 토지등의 매매차익에 대한 산출세액은 그 매매 가액에서 제97조를 준용하여 계산한 필요경비를 공제한 금액에 제104 조에서 규정하는 세율을 곱하여 계산한 금액으로 한다. 다만, 토지등의 보유기간이 2년 미만인 경우에는 제104조 제1항 제2호 및 제3호에도 불구하고 같은 항 제1호에 따른 세율을 곱하여 계산한 금액으로 한다.
④ 부동산매매업자는 제3항에 따른 산출세액을 제1항에 따른 매매 차익예정신고 기한까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서, 한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 한다. 제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.
1. 취득가액. 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한하여 나목의 금액을 적용한다.
② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한
2. 그 밖의 경우의 필요경비는 제1항 제1호 나목(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다), 제7항(제1호다목이 적용되는 경우는 제외한다) 또는 제114조 제7항(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다)의 금액에 자산별로 대통령령으로 정하는 금액을 더한 금액. (단서 생략)
1. 부동산매매업자가 토지등 매매차익예정신고시에 제출한 증빙서류 또는 비치ㆍ기장한 장부와 증빙서류에 의하여 계산한다.
2. 제143조제1항 각호의 1에 해당하는 경우에 있어서는 매매가액에 동조 제3항의 규정을 적용하여 계산한 금액으로 한다.
③ 납세지 관할세무서장은 법 제69조 제1항에 따라 토지등 매매차익예정신고 또는 토지등 매매차익예정신고납부를 한 자에 대해서는 그 신고 또는 신고납부를 한 날부터 1개월 내에, 매매차익예정신고를 하지 아니한 자에 대해서는 즉시 그 매매차익과 세액을 결정하고 제149조를 준용하여 해당 부동산매매업자에게 이를 통지하여야 한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.