사실상의 현황이 분명하지 아니한 경우에는 공부상의 등재현황에 의하는 것인 점, 처분청이 상시 주거용으로 공할 수 있는 건축물에 해당한다거나 별장으로 사용된 사실을 확인할 수 있는 내부사진 등 증거서류를 제시한 바 없는 점 등에 비추어 쟁점부동산을 별장으로 보아 토지등 양도소득에 대한 과세특례를 적용하여 법인세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨
사실상의 현황이 분명하지 아니한 경우에는 공부상의 등재현황에 의하는 것인 점, 처분청이 상시 주거용으로 공할 수 있는 건축물에 해당한다거나 별장으로 사용된 사실을 확인할 수 있는 내부사진 등 증거서류를 제시한 바 없는 점 등에 비추어 쟁점부동산을 별장으로 보아 토지등 양도소득에 대한 과세특례를 적용하여 법인세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨
[주 문] OOO세무서장이 2019.3.29. 청구법인에게 한 2013사업연도 토지등 양도소득에 대한 법인세 OOO부과처분은 이를 취소한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 가방, 핸드백, 지갑 등을 AAA, BBB에서 제조하여 수출하는 업체로, 2000.5.18. 쟁점부동산을 사업장 소재지로 하고, 상호는 주식회사 OOO제주지사(이하 ‘쟁점지점’이라 한다)로 하며, 업종을 기타숙박업, 한식업, 매점업으로 하여 사업자등록을 하고 쟁점부동산을 취득하여 정관상 목적사업인 청소년수련시설OOO및 관광숙박업을 영위하기 위하여 숙박시설로 건축허가를 신청하였으나, 인근에 향교가 있어 숙박업 허가를 받지 못하고 근린생활 시설 및 기숙사로 허가를 받았고, 이후 제주도에 중국인 관광객이 급증하여 숙박시설이 부족해짐에 따라 제주도 정책상 숙박시설로 변경하라고 권장하여, 2010년 12월 OOO비용을 들여 낡은 기숙사 시설을 숙박시설로 보수 공사하고, 2013.6.7. OOO으로부터 숙박시설(여관)로 용도변경 허가를 받았다.
(2) 청구법인은 보유기간 동안 쟁점부동산을 사무실(디자인 부속 연구소)과 직원 기숙사로 사실상 사용하였고, 쟁점부동산에 대한 OOO건물분 재산세부과내역에도 일반건축물의 사무실용도(용도코드 311) 350.55㎡, 기숙사용도(용도코드 189) 526.77㎡로 구분하여 재산세가 과세된 사실이 확인되며, 건축물대장상에도 건물의 용도는 일반건축물인 사무실과 기숙사로 되어 있는데, 쟁점부동산의 과거사용현황에 대하여 가장 잘 알 수 있는 해당 지방자치단체 공무원들이 매년 과세기준일 현재 쟁점부동산의 사용현황을 조사한 결과 이를 일반건축물로 파악하여 오랜 기간 재산세를 부과해 온 것이므로, 재산세 과세내역 상 용도구분은 현재로서 쟁점부동산의 실제 사용용도에 대한 가장 신뢰할 수 있는 증거라 할 것이고, 처분청이 이에 반하여 쟁점부동산이 별장 용도로 사용되었다는 사실을 객관적인 과세근거에 의하여 밝히지 못하고 있으므로, 쟁점부동산은 일반건축물로 봄이 타당하다. <표1> 쟁점부동산(건물) 재산세 과세 내역 주요 내용 (단위: ㎡)
(3) 토지분 재산세 부과내역에는 916㎡를 종합합산토지로 분류하였으나, 3122번지와 3124번지의 총면적 5,569㎡ 중 1,029.6㎡와 3125-3번지의 총면적 280㎡가 사실상 도로로 이용되고 있는 점이 항공사진 및 지적도에 의하여 확인되므로 이는 비사업용 토지에서 제외하여야하고, 이 경우 건축물 바닥면적의 7배를 초과하는 토지가 없으므로 비사업용 토지에 해당하지 아니한다. <표2> 쟁점부동산(토지) 재산세 과세 내역 주요 내용 (단위: ㎡) (4) 청구법인은 2013.8.22. 쟁점부동산의 대지면적은 근린생활시설분 2,394㎡, 기타숙박시설분 3,596㎡의 합계액 5,990㎡이고, 건축면적은 근린생활시설분 350.55㎡, 기타숙박시설분 526.77㎡의 합계액 877.32㎡으로 하며, 양도가액은 대지분 OOO별도로 하여 양수인에게 양도하였고, 청구법인은 2013.9.10. 쟁점지점에 대하여 폐업신고하였으며, 2013.10.24. 건물분 공급가액 OOO에 대한 부가가치세 확정신고를 하고, 2013년 제2기 부가가치세 OOO납부하였는데, 처분청은 쟁점부동산을 주거용 건축물로서 상시 주거용으로 사용하지 아니하고 휴양ㆍ피서ㆍ위락 등의 용도로 사용하는 건축물과 그 부속토지로 판단한 바, 이에 대한 입증책임은 처분청에 있으나 처분청은 쟁점부동산이 별장이라는 입증을 하지 못하고 있고, 차량처분손익을 토지등 양도에 대한 법인세 과세표준에 포함하고, 무신고가산세를 부과였으며, 주거용 건물이 아닌 근린생활시설 350.55㎡까지 별장으로 보는 등 사실관계에 대한 확인도 제대로 하지 않고 부과제척기간 만료일인 2019.3.31. 직전인 2019.3.29. 이 건 법인세 부과처분을 하였다.
(5) 청구법인은 근린생활시설 및 기숙사로 건축허가를 받았으나, 실제로는 쟁점부동산을 청구법인의 디자인 부속연구소와 사무실, 직원을 위한 기숙사로 사용하였고, 쟁점부동산은 양도 당시 사실상 근린생활시설과 숙박시설이었으며, 양수인은 쟁점부동산을 인수하여 현재까지 호텔사업을 영위하고 있고, 청구법인은 폐업후 건물분에 대하여 부가가치세를 양수인으로부터 징수하여 납부하였으며, 양수인은 같은 금액에 대하여 매입세액을 공제하였는바, 처분청이 쟁점부동산을 주거용 건축물로 보아 토지 등 양도소득에 대한 과세특례를 적용하였다면 근린생활시설에 대한 처분이익은 과세제외되어야 하고, 청구법인이 양도할 당시 공부상 및 사실상 현황이 숙박시설인 여관의 양도로 하여 건물분 공급가액 OOO대한 부가가치세를 신고․납부하였으므로, 이에 대한 부가가치세도 환급하여야 한다.
(1) 청구법인은 2000.5.18. 쟁점지점 사업자등록을 하였으나, 2000년 개업일부터 2013년 양도일까지 약 13년의 기간 동안 숙박업과 관련된 매출실적이 전혀 없고(2007년 제1기 중기대여업체에 대한 매출 공급가액 OOO유일함), 청구법인은 쟁점부동산에 대해 실제로는 숙박시설이 아닌 OOO및 직원 기숙사로 사용하였다고 주장하나 본사인 청구법인은 가방 등을 AAA, BBB에서 제조하는 업체임에도 사무실 및 직원 기숙사가 제주도에 소재하는 객관적 사유와 그 실제 사용을 입증할 수 있는 증빙을 전혀 제시하지 못하였다.
(2) 쟁점부동산은 제주특별자치도 CCC시 DDD의 자연 경관이 유명한 OOO입구 앞에 위치하고 있고, 쟁점부동산에서 차로 5∼10분 거리에는 OO해변과 OOO 해안 등이 위치하고 있어 유명 관광지로 소개되는 장소이며, 항공사진에 확인되는 바에 의하면 건물의 외관 등 외부시설이 휴양에 적합하고 쟁점부동산의 위치나 주변환경, 시설 등이 업무용으로보다는 오히려 별장의 용도에 더 적합한 것으로 판단된다.
(3) 별장은 공부상의 용도에 불구하고 주거용으로 공할 수 있도록 된 건축물로서 법인 또는 단체가 소유하는 경우 그 임ㆍ직원 등이 이용하고, 건축법령에서 별장은 건축물의 용도분류에서 별도의 분류대상으로 되어 있지 아니하며, 지방세법령에서도 이를 판단함에 있어 그 소재 지역, 구조, 규모, 휴양시설의 구비 여부 등에 관한 특정한 기준을 정하지 아니하고 있으므로 별장 여부를 판단함에 있어서는 쟁점부동산이 휴양 등에 적합한 지역에 위치하는지, 건물의 규모, 이용자의 범위와 이용목적과 형태 등 구체적 사정을 종합적으로 고려하여 업무시설로 볼 수 있는지 여부를 객관적․합리적으로 판단하여야 하고, 업무용의 주된 용도로 취득할 특별한 사정에 관한 반증이 없는 한 이를 별장의 용도로 보는 것이 타당하다(대법원 19xx.x.xx. 선고 9x누xxxxx 판결 참고).
(4) 청구법인은 쟁점부동산의 공부상 용도를 근거로 OOO및 직원 기숙사로 사용하였음을 주장하나 실제 사용을 입증할 수 있는 증빙을 전혀 제시하지 못하고 있고, 청구법인은 쟁점부동산의 OOO근무했던 직원들의 인건비에 대한 원천세를 본사에서 신고하였음을 주장하나 해당 직원에 대한 주거지 확인을 위한 인적사항 및 거소확인을 위한 근무자의 실제 카드 사용내역 등의 근거자료는 제시하지 못하고 있으며, 쟁점부동산의 부가가치세 신고서 상 매입내역에는 달리 연구소 관련 기계 및 장비 또는 집기류와 소모품 등의 연구소와 기숙사에 관련된 매입내역이 확인되지 아니하고, OOO전기요금, 주식회사 OOO통신요금 등만이 처분청에 의해서 확인되었을 뿐이다.
(5) 처분청이 2019년 6월 OOO조회 확인한 바, 2013년 이전 자료는 OOO보존기한 만료로 내용확인이 불가하였고, 쟁점부동산에 설치된 계량기 두 대 중 한 대는 사용전력이 없으며, 나머지 한 대는 1,349kWh의 소량의 전력 사용량만 확인되는데, 이는 2013년 한국전력통계상 제주특별자치도 CCC시 사업장 평균 전력사용량의 약 30%에 불과하여 쟁점부동산을 사업목적으로 사용하였다고 보기 어렵다.
(6) 청구법인은 2010년 이후 가방제조업 관련 사업이 어려워지고 제주도 관광 활성화, 주변환경을 고려하여 쟁점부동산을 통한 사업수익을 발생시킬 목적으로 숙박업을 재개하기 위해 2010년 OOO들여 낡은 기숙사 및 연구소사무실을 정비하여 숙박업으로 변경하려 하였다고 주장하나, 숙박시설의 영업허가가 관련 사업영위를 위한 필수요건 중 하나이나 2000년 청구법인이 당초 쟁점부동산을 취득할 당시 인근 향교시설로 인해 숙박시설로 등록하지 못한 사실을 고려한다면, 쟁점부동산에 공사비용을 투입하기 이전에 OOO으로부터 용도변경허가를 득한 후 투자를 하는 것이 일반적이라 할 것이고, 선공사비 투입 후 허가를 득한다는 것은 숙박시설로 용도허가를 받지 못한 전례를 비추어 보았을 때, 수익이 없는 법인이 사업에 투자를 먼저 하는 것으로, 일반적 사회통념상 타당하지 아니하며, 해당 비용을 손익계산서 상에 반영하지 아니하여 청구주장은 설득력이 부족하다.
(7) 청구법인은 OOO쟁점부동산에 대한 재산세과세내역 상 전체 5,990㎡ 중 종합합산과세분 916㎡, 별도합산과세분 5,042㎡, 면제 32㎡로 분류된 사실을 들어 별도합산과세분 토지를 사업용 토지로 보아야 한다고 주장하나, 처분청이 CCC시에 쟁점부동산의 재산세 부과내역 및 판단근거를 공문으로 요청하였으나 종합합산과세분 토지와 별도합산과세분 토지의 판단에 대한 근거자료를 제시하지 아니하여 재산세 별도합산토지 판단의 명확한 근거를 알 수 없고, 실제로 쟁점부동산을 사업용으로 사용한 사실이 객관적으로 확인되지 않는 점 등을 고려하였을 때, 쟁점토지를 사업용으로서 실제 사용하고 있지 않은 경우 단지 지방세가 분리과세 되었다는 이유만으로 막연히 이를 사업용 토지로 볼 수 없다고 봄이 타당하다(대구고등법원 20xx.x.xx. 선고 20xx누xxxx 판결 참조). (8) 법인세법 제55조의2 에 의한 법인의 비업무용토지에 대한 과세규정의 입법 취지는, 법인이 토지등을 실제 사업에 사용할 목적으로 보유하지 아니함으로써 발생할 수 있는 비생산적인 투기의 방지, 기업자금의 건전화, 토지의 효율적 이용, 국민 경제의 건전화 등에 있으므로 토지를 투기 등의 목적이 아닌 법인의 실수요에 따라 사업목적의 용도로 사용한 사실을 입증할 책임은 법인에게 있는 것이나, 청구법인은 당초 고지 직후부터 이의신청에 의한 심사 시까지 일관되게 연구소가 존재했지만 실재여부를 객관적으로 입증할 자료가 없다는 주장만을 되풀이 하였고, 심판청구시에 2008년 청구법인이 OOOAAA현지법인으로 이전함에 따라 쟁점부동산의 OOO기숙사를 폐쇄한 후 휴업상태에서 양도 시까지 관리하였다는 주장을 새롭게 하고 있으나, 쟁점지점이 휴업신고를 한 사실이 확인되지 아니하며, 쟁점부동산의 실제 사업용 사용사실을 전혀 입증하지 못하는 상태에서 해외로 OOO이전했다는 진술을 인정하기 어렵고 비사업용 토지로 보지 아니하는 부득이한 사유에도 해당하지 아니한다.
(9) 법인세는 신고납부세목이므로 납세의무자가 신고내용에 대한 입증자료를 제출하는 것이 타당한바, 쟁점부동산이 비사업용 토지에 해당하지 아니한다는 사실은 이를 주장하는 청구법인이 입증하여야 한다고 봄이 타당하다 할 것이나(의정부지방법원 20xx.x.xx. 선고 20xx구합xxx 판결 참고), 청구법인은 아무런 근거자료를 제시하지 아니하고 있다.
(1) 법인세법 제55조의2【토지등 양도소득에 대한 과세특례】① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 “토지등”이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.
3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지 등의 양도소득에 100분의 30(미등기 토지 등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액
② 제1항 제3호에서 “비사업용 토지”란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다
4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지
5. 지방세법제106조 제2항에 따른 주택 부속토지 중 주택이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적을 초과하는 토지
6. 주거용 건축물로서 상시 주거용으로 사용하지 아니하고 휴양․피서․위락 등의 용도로 사용하는 건축물(이하 이 호에서 “별장”이라 한다)과 그 부속토지. 다만, 지방자치법 제3조 제3항 및 제4항에 따른 읍 또는 면에 있으면서 대통령령으로 정하는 범위 및 기준에 해당하는 농어촌주택과 그 부속토지는 제외하며, 별장에 부속된 토지의 경계가 명확하지 아니한 경우에는 그 건축물 바닥면적의 10배에 해당하는 토지를 부속토지로 본다.
7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지에 규정된 토지와 유사한 토지로서 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 대통령령으로 정하는 토지 (2) 법인세법 시행령 제92조의3【비사업용 토지의 기간기준】법 제55조의2 제2항 각호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 기간”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.
1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점부동산이 법인세법제55조의2 제2항 제6호에 따른 별장에 해당한다는 의견이나, 해당 규정을 적용함에 있어서 토지의 판정은 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 사실상의 현황에 의하는 것이나, 사실상의 현황이 분명하지 아니한 경우에는 공부상의 등재현황에 의하는 것인 점, 쟁점부동산 중 본관동과 제19호의 경우 공부상 용도가 근린생활시설로 확인되고, 재산세 과세내역서 상 해당 건축물의 용도구분이 ‘311(사무실용 건물)’로 확인되는 바, 쟁점부동산이 업무시설이 아니고 별장에 해당한다는 입증책임은 일반원칙에 따라 과세관청인 처분청에 있는 것이나, 처분청이 위 공부상 용도에도 불구하고 실제 해당 건축물이 상시 주거용으로 공할 수 있는 건축물에 해당한다거나 별장으로 사용된 사실을 확인할 수 있는 내부사진 등 증거서류를 제시한 바 없는 점, 쟁점부동산 제1호～제18호의 경우 건축물대장 상 용도는 숙박시설로 확인되고, 재산세 과세내역서 상 해당 건축물의 용도구분이 ‘189(사원아파트주택일반건물)’로 확인되며, 각 호실의 면적이 최소 24.5㎡에서 최대 35㎡ 규모인 독채형 숙박시설로서 그 규모나 형태가 별장으로 사용하기에 적합하다고 보기 어렵고, 오히려 직원기숙사로 사용하기에 적합해 보이며, 처분청이 달리 쟁점부동산에 수영장 등 여가 시설이 설치되어 있다거나 호실 내부에 고급 가구 등이 설치되어 있다는 등 쟁점부동산이 별장으로 사용된 것으로 추정할 만한 과세근거를 제시한 바 없는 점, 재산세는 쟁점부동산 소재지 지방자치단체장이 매년 과세기준일 현재 사용현황을 파악하여 과세하는 것으로, 부과처분일로부터 6년～19년의 과거 기간에 쟁점부동산의 실제사용 현황을 파악할 수 있는 객관적인 증거서류를 양측이 모두 제시하지 못하는 상황에서 재산세 과세내역서 상 용도구분은 해당 부동산의 실제 사용용도를 파악하는데 비교적 객관적인 근거가 된다고 할 것이어서, 특별한 반증이 없는 한 해당용도(사무실, 사원아파트)로 사용된 것으로 봄이 타당한 점, 청구법인은 쟁점부동산 보유기간 동안 쟁점부동산을 자산으로 계상하고 감가상각비를 손금으로 계상하였고, 처분청은 쟁점부동산 소유 당시인 2012년에 2009사업연도 법인세에 대한 통합조사를 실시하였으나, 세무조사시 쟁점부동산에 대한 감가상각비를 업무무관비용으로 손금불산입하여 과세한 사실이 없는 것으로 확인되는바, 당시에도 쟁점부동산을 법인의 업무와 무관한 별장에 해당하는 것으로 판단하지 아니한 점 등에 비추어 처분청이 쟁점부동산을 법인세법제55조의2 제2항 제6호에 따른 별장으로 보아 토지등 양도소득에 대한 과세특례를 적용하여 법인세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.