쟁점국고분손실보전준비금은 예수부채로서 청구법인의 순자산을 증가시키는 재원으로 보기 어려운 점, 금융감독원 회신문, 소방방재청 회계처리기준에 의하면, 쟁점국고분손실보전준비금은 청구법인이 위험 등을 부담하는 부분이 아니므로 수익인식 대상이 아닌 선수금(부채)으로 회계처리하도록 되어 있는 것으로 보이는 점 등에 비추어 손금불산입 세무조정 대상으로 보기는 어려움
쟁점국고분손실보전준비금은 예수부채로서 청구법인의 순자산을 증가시키는 재원으로 보기 어려운 점, 금융감독원 회신문, 소방방재청 회계처리기준에 의하면, 쟁점국고분손실보전준비금은 청구법인이 위험 등을 부담하는 부분이 아니므로 수익인식 대상이 아닌 선수금(부채)으로 회계처리하도록 되어 있는 것으로 보이는 점 등에 비추어 손금불산입 세무조정 대상으로 보기는 어려움
[주 문] OOO세무서장이 2019.7.3. 청구법인에게 한 2013∼2014사업연도 법인세 경정청구 거부처분은 2013사업연도 법인세 신고시 손금불산입한 국고분손실보전준비금 OOO에 대하여 손금불산입(익금산입) 대상에서 제외하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점국고분손실보전준비금은 손금불산입에서 제외하여야 한다. 법인세 과세표준을 계산함에 있어서 손금불산입 세무조정이 발생하기 위해서는 우선 법인세법상 인정되지 않는 비용의 회계처리가 선행되어야 하나, 쟁점국고분손실보전준비금의 적립은 선수금으로 회계처리된 국가 몫의 재보험료를 대체하는 회계처리만 존재할 뿐이고, 청구법인 비용으로 회계처리된 금액은 전혀 없으므로 손금불산입할 대상이 존재하지 않는다. 쟁점국고분손실보전준비금은 그 내용을 볼 때 예수부채의 성격으로 볼 수 있는데 예수부채의 기본적인 사례로는 부가가치세 예수금이 있고, 부가가치세 예수금에 대해서 수익과 비용의 회계처리가 없고, 관련 세무조정이 발생하지 않는 것과 마찬가지로 비용의 회계처리가 없는 쟁점국고분손실보전준비금에 대해서도 세무조정 사항이 발생하지 않는 것이 타당하다. 청구법인의 비용이 아닌 국가에 귀속될 재보험료를 재원으로 적립하여 국가가 부담할 위험 발생 시에만 사용하고, 미사용시 국가에 반환하는 쟁점국고분손실보전준비금은 그 적립을 위해 청구법인이 부담한 비용이 존재하지 않는 예수부채의 성격을 가진다고 할 것이므로 임의 충당부채 세무조정에 포함된 쟁점국고분손실보전준비금은 손금불산입 세무조정 대상에서 제외되어야 한다.
(2) 청구법인의 차세대 전산시스템 구축개발을 위한 위탁용역비용은 연구인력개발비세액공제 대상이다. 조특법상 세액공제 대상에서 제외되는 ‘전사적 기업자원 관리설비 등 시스템’은 전사적 기업자원 관리설비와 동종의 시스템만을 의미하고, 조세심판원 선결정례(조심 2009서3678, 2010.9.1.)에 의하면, ERP 등 시스템 개발비를 세액공제대상에서 제외하도록 조특법을 개정한 취지는 “기업의 ERP 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 소프트웨어 구입비용의 일종으로서 단순 자산의 취득행위에 해당하는 것”이라고 판단하였는바, 청구법인의 차세대 전산시스템은 대중화ㆍ상용화된 단순 ERP시스템과 달리 기술적 진전을 위한 시스템 개발이므로 세액공제 대상에 해당한다. 조특법 제9조 제5항에서 ‘연구개발’은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말한다고 규정하고 있고, 관련 대법원 및 하급심 판례에 의하면, 금융기관의 전산시스템 구축은 대형 금융업의 실현, 핵심 영업 및 서비스 경쟁력 제고, 정보통신기술 운영의 최적화 및 효율화를 달성하기 위한 체계적, 종합적 시스템으로서 기술적 진전을 이루기 위한 활동이라고 판시하고 있다(서울행정법원 2013.5.3. 선고 2012구합32949 판결 등 다수, 참고). 차세대시스템은 단순한 ‘IT시스템 구축’이 아닌 비즈니스 차별화를 위한 마케팅세일즈 시스템 구축이므로 대용량 거래의 신속한 처리, 데이터 통합 및 공유, 고객에 대한 24시간 365일 무중단 서비스 등을 목적으로 80% 이상 비용(인건비)이 상품처리계 구축에 소요되고 있으며, 정보분석계 일부(10% 내외)만 ERP에 해당하므로 정보분석계 일부를 제외한 개발비용은 조특법상 연구개발비에 해당한다. 또한, 2013.2.15. 대통령령 제24368호로 개정된 조특법 시행령 [별표6] 제1호 나목 1)에서 전담부서 등에서 직접 수행한 부분에 한정하여 공제가능한 연구개발에 해당한다고 규정하고 있는바, 여기서 ‘전담부서 등에서 직접 수행한다’는 의미를 ‘전담부서 직원이 직접 수행’하는 것만을 의미하는 것으로 해석하는 것은 관련 법령(기초진흥연구 및 기술개발지원에 관한 법률제17조에서 전담부서 직원은 타사를 위한 연구개발 용역을 수행할 수 없는 것으로 규정)과 상충되고, 서울행정법원 판례(2013.5.3. 선고 2012구합37920 판결)에서도 “2013.2.15. 조특법 시행령 별표 개정과 관련하여 재위탁업체도 연구기관 또는 전담부서의 보유 요건을 충족해야 세액공제 대상임을 규정하였다”고 판시하여 해당 규정을 ‘전담부서 직원의 직접 수행’이 아닌 ‘전담부서 보유기업의 직접 수행’을 의미한다는 취지로 해석하였으므로 개정세법이 적용되는 2013.1.1. 이후 개시하는 사업연도 이후에도 전담부서를 보유한 기업에 위탁한 연구개발용역은 여전히 세액공제 대상으로 보는 것이 합리적이며, 다만 재위탁시 재수탁업체가 전담부서를 보유하지 않는 경우는 공제대상이 아닌 것으로 해석하는 것이 타당하다.
(1) 쟁점국고분손실보전준비금은 익금에 포함되어야 한다. 국가가 보험계약자가 부담하는 보험료의 일부를 지원하면서, 풍수해보험의 일정 책임을 부담시키기 위하여 풍수해보험법상 보험료(위험보험료 + 부가보험료) 중 위험보험료로 4.5%를 내부에 적립하게 하고 해당 금액을 회계기준에서 선수금으로 회계처리한다고 하더라도 청구법인의 법인세법상 익금은 보험료 상당액이므로 쟁점국고분손실보전준비금은 청구법인의 익금에 포함되는 것이 타당하다. 청구법인이 풍수해보험법 제20조 및 풍수해보험약정서에 따라 보험사 내부에 적립한 쟁점국고분손실보전준비금은 법인세법 및 조세특례제한법상 손금으로 인정되는 항목으로 열거되어 있지 아니한바, 해당 금액은 국가가 지급을 요청하여 지급할 때, 국가와의 풍수해보험 사업 약정 해지로 국가에 지급할 때 등 지급사유가 발생하였을 때 손금산입하는 것이 타당하다.
(2) 청구법인의 차세대 전산시스템 구축개발을 위한 위탁용역비용은 연구인력개발비세액공제 대상이 아니다. 조특법 제9조 제2항 제1호에서는 “연구·인력개발에 필요한 비용 중 대통령령으로 정하는 비용”을 “연구·인력개발비”라 정하였고, 같은 조 제5항은 “제1항에 따른 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하고, 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다”고 하였으며, 같은 법 시행령 제8조 제1항은 “법 제9조 제2항 제1호에서 ‘대통령령으로 정하는 비용’이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 [별표6]의 비용을 말한다”고 정하고, [별표6]의 제1호 나목 1)은 “다음의 기관에 과학기술 분야의 연구개발용역을 위탁함에 따른 비용(전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다. 이하 이 목에서 같다) 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용”이라고 정하고 있는바, 전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 연구인력개발비 세액공제 대상에서 제외된다고 규정하고 있다. 조특법 제5조의2 제1호에서 “전사적 기업자원 관리설비(ERP)”란 구매ㆍ설계ㆍ건설ㆍ생산ㆍ재고ㆍ인력 및 경영정보 등 기업의 인적ㆍ물적 자원을 전자적 형태로 관리하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기ㆍ소프트웨어ㆍ통신설비, 그 밖의 유형ㆍ무형의 설비로서 감가상각 기간이 2년 이상인 설비”를 의미한다고 규정하고 있으므로 이는 기업의 인적ㆍ물적 자원을 전자적 형태로 관리하기 위한 포괄적인 전산시스템을 의미하는 것이고, 청구법인이 차세대시스템이라고 주장하는 전산시스템은 확장형 ERP로서 기업의 인적ㆍ물적 자원을 전자적으로 관리한다는 측면에서 조특법상 전사적 기업자원 관리설비와 본질적인 속성에 차이가 없다. 전사적 기업자원 설비투자는 조특법 제24조의 생산성향상시설투자 세액공제대상으로서, 청구법인도 같은 법 시행령 별표6 제1호 나목 1의 규정이 개정되기 전에는 해당 시스템 구축비용에 대해 연구인력개발비 세액공제를 받았고, 개정 후에는 생산성향상시설투자세액공제를 받았으며, 조특법상 전사적 기업자원 관리설비에 대해 명확하게 정의하고 있으므로 전산시스템의 명칭을 어떻게 정하느냐에 따라 세액공제 여부가 결정되는 것은 타당하지 아니하다. ERP를 청구법인의 주장대로 일반기업이 ERP라는 명칭으로 판매하는 소규모 소프트웨어 등으로 국한하여 해석한다면, 자금력이 부족한 중소기업 등에는 불이익을 주고, 대기업의 대규모 전산시스템을 개발할 수 있는 외국계 기업이나 대기업 등의 영업을 지원하게 되어 조특법상 중소기업 지원취지와도 맞지 아니하므로 쟁점위탁비용을 조특법 제10조의 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제 대상에 해당하지 아니한다고 보아 경정청구를 거부한 이 건 처분은 정당하다.
① 국가에 귀속되는 쟁점국고분손실보전준비금은 세무조정대상이 아니므로 손금불산입을 취소하여 법인세를 경정하여야 한다는 청구주장의 당부
② 청구법인의 차세대 전산시스템 구축개발을 위한 위탁용역비용이 연구인력개발비세액공제 적용 대상인지 여부
(1) 법인세법 제15조(익금의 범위) ① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산(純資産)을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 이익 또는 수입[이하 "수익"(收益)이라 한다]의 금액으로 한다.
③ 수익의 범위 및 구분 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 "손비"(損費)라 한다]의 금액으로 한다.
② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.
③ ｢조세특례제한법｣ 제100조의18 제1항 에 따라 배분받은 결손금은 손금으로 본다.
④ 손비의 범위 및 구분 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 풍수해보험법 제20조(손실보전준비금의 조성) ① 보험사업자는 보험재정의 안정 등 보험사업을 원활하게 운영하기 위하여 손실보전준비금을 적립하여야 한다.
② 손실보전준비금은 보험사업의 결산상 잉여금, 손실보전준비금의 운용 수익금, 차입금, 정부와 다른 기금에서 지원받은 출연금, 그 밖의 수입금으로 조성한다.(후단 생략)
③ 손실보전준비금의 관리와 운용 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제21조(잉여금과 손실금의 처리) ① 보험사업자는 보험사업의 결산상 잉여금이 생기면 손실보전준비금으로 적립하여야 한다.
② 보험사업자는 보험사업의 결산상 손실이 생기면 비상위험준비금과 손실보전준비금으로 그 손실액을 충당하여야 하며, 충당하여야 하는 손실액이 적립된 비상위험준비금과 손실보전준비금을 초과하면 그 차액을 국고에서 지원할 수 있다.
(3) 조세특례제한법 제5조의2(중소기업 정보화 지원사업에 대한 과세특례) 대통령령으로 정하는 중소사업자가 ｢중소기업기술혁신 촉진법｣ 제18조, ｢산업기술혁신 촉진법｣ 제19조 및 ｢정보통신산업 진흥법｣ 제44조 제1항 에 따라 2012년 12월 31일까지 지급받는 중소기업 정보화 지원사업을 위한 출연금 등을 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 설비에 투자하는 경우에는 그 투자금액을 ｢소득세법｣ 제32조 및 ｢법인세법｣ 제36조 를 준용하여 손금에 산입할 수 있다.
1. 구매·설계·건설·생산·재고·인력 및 경영정보 등 기업의 인적·물적 자원을 전자적 형태로 관리하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형·무형의 설비로서 감가상각 기간이 2년 이상인 설비(이하 “전사적(全社的) 기업자원 관리설비”라 한다)
2. 전자적 형태로 수요예측·수주(受注)·용역제공·상품판매·배송·대금결제·고객관리 등을 하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형·무형의 설비로서 감가상각 기간이 2년 이상인 설비(이하 “전자상거래설비”라 한다)
3. 제1호와 제2호 외에 기업의 정보화에 사용되는 설비로서 대통령령으로 정하는 설비 제9조(연구·인력개발준비금의 손금산입) ① 내국인이 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 연구개발 및 인력개발(이하 “연구·인력개발”이라 한다)에 필요한 비용에 충당하기 위하여 연구·인력개발준비금을 적립한 경우에는 해당 과세연도의 수입금액(｢법인세법｣ 제43조 의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 제10조에서 같다)에 100분의 3을 곱하여 산출한 금액의 범위에서 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 해당 금액을 손금에 산입한다.
② 제1항에 따라 손금에 산입한 연구·인력개발준비금은 다음 각 호에 따라 익금에 산입한다.
1. 해당 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 끝나는 날까지 연구·인력개발에 필요한 비용(새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다) 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 “연구·인력개발비”라 한다)에 사용한 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 해당 과세연도의 개월 수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다.
⑤ 제1항에 따른 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하고, 인력개발은 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육·훈련시키는 활동을 말하며 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다. 제10조(연구·인력개발비에 대한 세액공제) ① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2012년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.
3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 “일반연구·인력개발비”라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구·인력개발비가 발생하지 아니한 경우에는 나목에 해당하는 금액
1. 중소기업인 경우: 100분의 25
2. 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우: 다음의 구분에 따른 비율
3. 1)부터 2)까지의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우: 다음 계산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 한다) 100분의 3 + 해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구·인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1 (4) 조세특례제한법 시행령 제8조(연구 및 인력개발준비금의 범위 등) ① 법 제9조 제2항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비용”이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 [별표6]의 비용을 말한다. [별표6] 연구·인력개발비세액공제를 적용받는 비용(제8조 제1항 관련)
1. 다음의 기관에 과학기술 분야의 연구개발용역을 위탁(재위탁을 포함한다)함에 따른 비용(전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다. 이하 이 목에서 같다) 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용(2010.2.18. 신설)
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2013사업연도 법인세 신고시 풍수해보험계약과 관련하여 적립한 쟁점국고분손실보전준비금 OOO을 선수금으로 회계처리하였고 이를 손금불산입하여 세무조정을 하였다. (나) 청구법인은풍수해보험법제20조에 따라 보험재정의 안정 등 보험사업을 원활하게 운영하기 위하여 손실보전준비금을 적립하고 있고, 손실보전준비금의 적립 재원은 동조 제2호에 따라 보험사업의 결산상 잉여금, 손실보전금의 운용 수익금 및 정부에서 지원받은 출연금 등으로 조성하도록 되어 있다. (다) 국고분손실보전준비금의 수익인식과 관련한 금융감독원 회신문(보감경-35호, 2008.4.3.)에 의하면, 보험회사가 받은 보험료를 수익으로 인식하기 위해서는 보험회사가 위험을 부담하고, 그에 따른 효익도 보험회사에 귀속되어야 하므로, 귀사가 받은 보험료 중 귀사가 위험과 효익을 부담한 부분만을 수익으로 인식하는 것이 타당하다고 되어있다. (라) 풍수해보험은 행정안전부(구 소방방재청)가 관장하고 청구법인 등 민영보험사가 운영하는 정부 정책보험으로 풍수해보험법 등에서 관련 사항을 정하고 있으며, 청구법인은 풍수해보험사업을 운영하기 위하여 행정안전부와 매년 사업약정을 체결한 것으로 나타난다. (마) 위 약정서 등에 의하면, 풍수해보험사업에 따른 위험 중 손해율 180% 초과 위험의 일부를 국가가 부담하기로 하고, 그에 상응하는 대가를 재보험료로 정의하면서, 보험계약자가 납부하는 보험료 중 위험보험료의 4.5%를 국가 몫의 재보험료로 정하고 있다. (바) 소방방재청(재해영향분석과-3195호, 2014.9.22.)이 2014.9.22. 보험사OOO에 보낸 “풍수해보험사업 180% 초과 손실금 처리계획 변경통보” 공문 등에 의하면, 국고분손실보전준비금은 국가가 부담하는 위험에 사용하기 위하여 보험사업자가 이를 관리하고, 국가가 통합하여 사용하는 것으로 나타난다. (사) 소방방재청의 풍수해보험 회계기준(안) 자료에 의하면, 풍수해보험 국가재해보험료와 관련하여 선수금으로 계상하는 것으로 되어 있고, 청구법인은 동 회계기준에 따라 고객으로부터 보험료 수취 시 보험료 중 국가재보험료 해당액인 위험보험료의 4.5%를 수익으로 인식하지 않고 국고분 손실보전준비금의 선수금(부채)으로 회계처리하고 있으며, 회계처리된 선수금은 결산 시 국고분 손실보전준비금으로 대체하고 있다. (아) 청구법인은 법인세 신고시 차세대 전산시스템 개발과 관련한 쟁점위탁비용에 대해 조특법 제10조에 따른 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용하지 아니하였다는 사유로 쟁점위탁비용을 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상금액에 추가하여 2013〜2014사업연도 법인세 합계 OOO의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2010.2.18. 대통령령 제22037호로 개정된 조특법 시행령 [별표6] 시행일 현재 ERP 등 시스템의 개발과 관련한 위탁비용에 대해서는 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용할 수 없다는 이유로 2019.7.3. 이를 거부하였다. (자) 청구법인의 연구ㆍ인력개발비 세액공제금액 산정내역을 보면, 2013년부터 2014년까지 OOO 등에게 전산시스템 구축 등과 관련한 용역대가 OOO을 쟁점위탁용역비용으로 산정하였다. (차) 청구법인은 쟁점차세대시스템 구축개발을 위한 위탁용역비용이 연구인력개발비세액공제 대상이라고 다음과 같이 주장하였다.
1. 2010.2.18. 대통령령 제22037호로 개정된 조특법 시행령 [별표6]의 주요내용은 아래 <표1>과 같은바, ERP의 경우 외국계 업체의 패키지소프트웨어로 한국에 도입되었으나, 초기 현지화의 어려움과 기존 시스템과의 충돌문제로 자체개발되거나 고도의 맞춤제작(커스터마이징)을 거치는 비중이 매우 높아 상용화된 범용소프트웨어 도입이 아니라고 인정되는 자체개발 부분에 대하여는 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 인정하여 왔으나, 국내 ERP 산업의 성숙, 표준화된 전산시스템의 중요성, 패키지 도입의 경제성 등을 이유로 현재는 ERP가 대부분 패키지 소프트웨어 방식으로 도입되고 있고, 이에 2010.2.18. 조특법 시행령 [별표6]을 개정하면서, ‘전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다’는 문구를 넣은 것이다. <표1> 따라서, 전산개발비 중에서 패키지 소프트웨어 방식으로 도입된 것은 상용화된 범용소프트웨어로 보아 세액공제 대상에서 배제함이 타당하나, 기업이 자체적으로 자체개발(위탁개발 포함)한 것은 기술적 진전을 이루기 위한 활동으로 보아 세액공제를 적용하여야 한다.
2. 청구법인의 차세대시스템과 ERP의 차이점은 아래 <표2>와 같은바, ① 다년에 걸쳐 수많은 인력이 투입되어 개발이 진행된 점, ② 상용 소프트웨어와 달리 개발된 프로그램 등의 저작권 및 모든 산출물 등의 소유권을 청구법인이 소유한다는 점, ③ 청구법인이 고객에게 제공하는 서비스나 환경 등을 고려하여 가장 적절한 전산시스템을 구축한 것으로 기술적 진전이라는 연구개발의 정의를 충족한다는 점에서 ERP와는 다르다. <표2> 차세대시스템과 ERP와의 차이점
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점국고분손실보전준비금을 청구법인의 순자산을 증가시키는 익금으로 보아야 한다는 의견이나, 쟁점국고분손실보전준비금은 국가가 부담할 위험에 대비하기 위하여 청구법인에 유보해 둔 예수부채로서 청구법인의 순자산을 증가시키는 재원으로 보기 어려운 점, 금융감독원 회신문과 소방방재청의 회계처리기준에 의하면, 쟁점국고분손실보전준비금은 청구법인이 위험 등을 부담하는 부분이 아니므로 수익인식 대상이 아닌 선수금(부채)으로 회계처리하도록 되어 있는 것으로 보이는 점, 쟁점국고금손실보전준비금은 청구법인의 비용이 아닌 국가에 귀속될 재보험료를 재원으로 적립하여 국가가 부담할 위험 발생시에 사용되고 당해 사업 폐지 시 등에 국가에 반환되는 점 등에 비추어 쟁점국고금손실보전준비금은 손금불산입(익금산입) 세무조정 대상으로 보기는 어렵다고 판단된다. 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 당사의 차세대전산시스템 구축개발을 위한 위탁용역비용이 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상에 해당한다고 주장하나, 청구법인의 쟁점차세대시스템은 타 회사에 위탁하여 구축된 것으로 기술적인 측면에서 보다 향상되었다 할지라도 기업 전체적으로 그 인적ㆍ물적 자원을 전자적 형태로 관리하는 것으로서 조특법상 전사적 기업자원 관리설비(ERP) 또는 이와 유사한 것으로 보이는 점, 2010.2.18. 개정된 조특법 시행령 별표에서 위탁 및 공동연구개발비용 중 “ERP 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다”고 규정(2010.1.1. 이후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용)하였는데, 이는 개정 당시 전산시스템 규모가 날로 확대되는 현실을 감안하여 연구ㆍ인력개발비 세액공제에서 제외되는 대상을 “ERP 등 시스템 개발 위탁비용”으로 규정한 것으로 보이고, 입법기술상 지속적인 과학기술의 발전에 따라 새로이 등장하는 전산시스템에 대하여 일일이 열거하는 방식을 택하기는 어려웠던 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점위탁용역 비용을 연구인력개발비 세액공제대상에 해당하지 않는 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2018서4749, 2018.12.27. 외 다수, 같은 뜻임).
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.