[요지] 청구법인의 경우 과세매출의 발생과 무관하게 사업장 유지 등에 쟁점매입세액이 발생하고 있는바, 청구법인은 매입한 재화나 용역의 최종소비자의 지위에 있었던 것으로 보아야 할 것임 따라서 쟁점매입세액은 사업과 직접 관련이 없는 것으로서 공제대상이 아니라고 보이므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단됨
[요지] 청구법인의 경우 과세매출의 발생과 무관하게 사업장 유지 등에 쟁점매입세액이 발생하고 있는바, 청구법인은 매입한 재화나 용역의 최종소비자의 지위에 있었던 것으로 보아야 할 것임 따라서 쟁점매입세액은 사업과 직접 관련이 없는 것으로서 공제대상이 아니라고 보이므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단됨
[주 문] OOO장이 2019.6.5. 청구법인에게 한 2018년 제2기 부가가치세 OOO원의 심판청구는 각하하고, 나머지 심판청구는 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) (매입세액 공제 관련) 과세매출이 없다 하여 매입세액 전액을 면세사업과 관련된 것으로 보아 불공제한 처분은 부당하다. (가) 청구법인은 과․면세 겸영사업자로, 2015년 제2기를 제외하면 부가가치세 과세매출과 면세매출 모두 발생하지 아니하였는데 쟁점매입세액을 전부 면세사업과 관련된 것으로 보는 것은 부당하고, 과․면세매출이 모두 발생하지 아니한 경우 매입세액은 전액을 공제하여야 하며, 과·면세매출이 발생한 기간에는 과·면세사업에 실지 귀속시키거나 안분계산하여야 한다. (나) 청구법인이 대부업을 사업자등록에 추가한 기간은 2014.6.10.～2015.11.3. 및 2018.2.9.부터 현재까지의 기간이고, 청구법인은 OOO장이 승인한 대부업의 업무범위인 대부채권 매입추심업무만 취급하였다. 청구법인이 취급하는 금전대부업(대부채권매입추심업무)은 부가가치세법상 면세하는 금융보험 용역의 범위에 해당하나, 예금이나 대여로 인한 이자수입이나 유가증권 투자로 인한 배당수익 등은 은행법에 따른 예금·적금의 수입이나, 자금의 대출 및 자본시장과 금융투자에 관한 법률에 따른 단기금융업에 해당하지 않는다. OOO장이 대부채권매입추심을 업무범위로 대부업등록을 허여 한 바, 대부채권매입추심으로 인한 매출만이 청구법인의 부가가치세법상 면세매출에 해당한다. 실제로 청구법인은 2015년 제2기에 부실채권(NPL)을 매입하여 처분함으로써 처분이익 OOO원이 발생(2015.10.16.) 하였는데 이는 면세매출에 해당한다. (다) 청구법인의 임직원들은 대부분 과세사업인 부동산 분양·시행업을 위해서 지속적으로 활동하고 있다.
1. 2014년부터 2018년까지 해외 부동산 개발사업을 위해 OOO 및 OOO에 임원이 38차례 해외 출장하여 부동산시장 동향을 파악하였고, 2019년에는 OOO 현지법인에 부동산개발사업 활동비 목적으로 OOO을 송금하였다. 또한 국내에서 부동산개발 및 신축사업을 위해 14건(2017～2018년)의 부동산 시행 사업건을 구체적으로 검토하였으며 이는 신축사업의 타당성을 함께 검토하였던 OOO㈜에 확인해 보면 사실 여부를 알 수 있다. 부동산 분양시행업은 프로젝트가 큰 사업이므로 사전에 면밀한 사업검토와 타당성 조사가 필수적으로 전제되어야 하므로 준비에 많은 시간이 소요된다. 청구법인은 양질의 타당성 높은 부동산 개발사업권을 발굴하기 위하여 임직원(3～5명)에게 연간 OOO원의 인건비를 지급하고 있다.
2. 처분청은 청구법인이 자금운용업을 주된 사업으로 영위하고 있다고 보았으나, 청구법인은 2007년 7월 OOO 현지법인과 합작(청구법인의 지분율 OOO%)하여 부동산개발사업을 해외에서 시작하였고, OOO 법에서 외국법인의 직접 시공을 제한하여 현지법인에 출자하는 형태로 사업에 참여하였으나 실제 부동산개발사업은 청구법인이 수행하였으며 2013년에 그 개발사업이 완료되어 투자지분에 대한 배당금과 원금을 회수하였다. (라) 처분청이 면세사업으로 본 2013․2014사업연도의 이자·배당 소득은 OOO 법인에 부동산개발사업을 실지 수행하고도 투자형식을 빌어 참여함으로써 발생한 소득일 뿐, 유가증권 투자나 자금의 대여만을 사업목적으로 하여 발생한 소득이 아니다. 청구법인의 정관에는 부동산개발 컨설팅업, 부동산 분양업, 부동산 시행업, 주택건설업, 수출무역업, 전자상거래업, 온라인정보제공업으로 되어 있으며, 유가증권 투자나 자금대여업을 사업목적으로 하고 있지 않다. 청구법인이 유가증권에 투자하거나 이자수익을 얻는 것은 효율적인 자금관리의 한 방편에 불과한 것이다. (마) 처분청은 OOO㈜에 수수료를 지급하지 않은 것에 대하여 문제를 제기하나, 이는 부동산개발사업의 특성상 개발사업권에 대한 계약이 성공하지 않은 경우 수수료를 지급하지 아니하는 업계의 관행때문이고, 인건비를 지출하고 있는 것이 곧 부동산개발사업을 위한 비용의 지출인 것이다. (바) 처분청은 부가가치세 과세사업을 영위하고 있는 점에 대하여는 청구법인이 각 과세기간마다 입증하여야 한다는 의견이나, 대법원(2012.7.26. 선고 2010두12552 판결)은 공제되는 매입세액은 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급이나 수입에 대한 세액에 해당하는 이상 그 전부를 공제하도록 규정함으로써 그 기준을 사업관련성에 두고 있다고 보면서 사업관련성의 유무는 지출의 목적과 경위, 사업의 내용 등을 종합하여 그 지출이 사업수행에 필요한 것인지 개별적으로 판단하여야 한다고 판시하였다. 쟁점매입세액의 대부분은 사무실 임차료이고, 청구법인의 사무실은 부동산개발사업을 위한 것이어서 쟁점매입세액은 사업과 관련된 것으로서 공제대상으로 봄이 타당하다.
(2) (중복조사 관련) OOO장은 2011～2014사업연도에 대한 법인통합조사를 90일간 실시(이하 “선행세무조사”라 한다)하였던바, 선행세무조사와 이 건 현장확인은 중복조사에 해당하고, 2014년 제1기 및 제2기분 부가가치세 부과처분은 중복조사에 따른 것이어서 부당하다.
(3) (신의성실원칙 관련) 선행세무조사시에는 매입세액 공제를 인정하였다가 이 건 현장확인시에 매입세액 공제를 부인하는 것은 국세기본법 제15조에 따른 신의성실의 원칙에 위반된다.
(1) (매입세액 공제 관련) 청구법인은 과세매출이 발생하지 아니하고 있고, 이자․배당소득 및 채권처분이익 등의 수익을 얻고 있어 하는 자금운용을 목적으로 사업하고 있으므로 쟁점매입세액은 과세사업에 사용되지 않는 매입분에 대한 것이므로 공제되는 매입세액에 해당하지 아니한다. (가) 청구법인은 ① 과세사업인 서비스/부동산분양, 시행업과 ② 면세사업인 금융서비스/채권자산의 매입·관리 및 중개업(OOO에 대부업등록하여 대부채권매입추심업) 등을 영위하는 과․면세 겸영사업자이다. 과·면세겸영사업자의 경우 과세사업과 관련된 매입세액만 공제받을 수 있는데 청구법인은 2014년 제1기 예정신고 이후 과세매출이나 면세매출이 발생하지 않아 매입세액을 안분하려 해도 안분할 수 있는 기준이 없어 결국 당해 법인에서 실제로 발생한 수익이 무엇인지에 따라 매입세액 공제 여부를 판단하여야 한다. (나) 2013․2014사업연도의 경우 차입금이자 지급액이 각각 OOO원이 계상되어 있고, 이에 대응하는 이자·배당소득 및 채권 처분이익이 OOO원 계상된 사실로 보아 자금을 차입하여 수익성이 좋은 금융상품 및 해외주식 등에 투자하여 수익을 얻은 사실이 확인되므로 자금운용을 주된 목적으로 하는 사업을 영위하는 것으로 보아야 할 것이다. (다) 2015사업연도 이후에는 차입금이 없이 기존에 축적된 자금 (2015사업연도말 기준 이익잉여금 OOO원)으로 금융기관에 예금하거나 채권 등에 투자하여 OOO원의 금융소득이 발생한 사실이 확인되고 기타 수익사업은 없는 것으로 볼 때 기존 축적된 자금을 기반으로 수익성이 높은 투자안을 찾아 투자하고 좋은 투자안건이 확인되지 않는 경우 예금이나 채권등에 자금을 투입하여 금융소득을 획득하였던 사실로 볼 때 면세사업인 자금운용업을 주된 사업으로 영위하고 있는 것으로 보인다. (라) 청구법인은 부동산개발업을 목적으로 계속 사업을 영위하였다 주장하나, 부가가치세 과세사업을 영위하고 있는 점에 대하여는 청구법인이 각 과세기간마다 입증하여야 하는바, 2014사업연도 이후 구체적으로 특정된 부동산 개발내역을 확인할 수 없고, 사업개발을 위한 지출내역도 확인되지 않으며, 단지 많은 투자안에 대한 제안서 등을 검토하는 정도에서 그친 것으로 보이므로 청구법인이 특정 부동산 개발업을 영위하였다 볼 수 없다. (마) 따라서 부가가치세 과세매출 없이 금융소득이 발생하여 과세사업에 사용되지 않은 매입분의 매입세액은 공제대상 매입세액에 해당하지 아니한다.
(2) (중복조사 관련) 2016년에 실시된 선행세무조사는 2011∼2014사업연도분 법인세에 대한 것이고, 이 건 처분은 2018년 제2기분 부가가치세 환급 현장확인에 따른 것이므로, 각각 세목과 과세기간을 달리하고 있어 중복조사에 해당하지 않는다. 2016년 조사 당시 이후 업종·상호·대표자·법인명등 사정의 변경이 다수 있었고, 현장확인 결과 과세사업을 영위하지 않은 것으로 확인되어 2018년 제2기 부가가치세 고지하면서 동일한 사안에 대하여 수정신고를 권유하였으나 이를 이행하지 않아 납세고지한 것이므로 2014년 귀속에 대한 처분은 중복조사에 기초한 것이 아닌 정당한 처분이다.
3. 심리 및 판단
① 2018년 제2기 부가가치세 부과처분에 대한 심판청구가 적법한지 여부
② 쟁점매입세액을 불공제하여 부가가치세를 과세한 처분의 당부
③ 2014년 귀속분에 대한 과세는 중복조사에 따른 것이어서 부당하다는 청구주장의 당부
④ 신의성실의 원칙에 반하여 부당하다는 청구주장의 당부
(1) 국세기본법 제15조(신의ㆍ성실) 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다. 제68조(청구기간) ① 심판청구는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다. 제81조4(세무조사권 남용 금지) ① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.
② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.
1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우
2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우
3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우
4. 제65조 제1항 제3호 단서(제66조 제6항과 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의15 제4항 제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우(결정서 주문에 기재된 범위의 조사에 한정한다)
5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우
6. 제81조의11 제3항에 따른 부분조사를 실시한 후 해당 조사에 포함되지 아니한 부분에 대하여 조사하는 경우
7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우
(2) 국세기본법 시행령 제63조의2(세무조사를 다시 할 수 있는 경우) 법 제81조의4 제2항 제7호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 부동산투기, 매점매석, 무자료거래 등 경제질서 교란 등을 통한 세금탈루 혐의가 있는 자에 대하여 일제조사를 하는 경우
2. 각종 과세자료의 처리를 위한 재조사나 국세환급금의 결정을 위한 확인조사 등을 하는 경우
3. 조세범 처벌절차법 제2조 제1호에 따른 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우. 다만, 처음의 세무조사(법 제81조의2 제2항 제1호에 따른 세무조사를 말한다. 이하 이 장에서 같다)에서 해당 자료에 대하여 조세범 처벌절차법 제5조 제1항 제1호에 따라 조세범칙조사심의위원회가 조세범칙조사의 실시에 관한 심의를 한 결과 조세범칙행위의 혐의가 없다고 의결한 경우에는 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료로 인정하지 아니한다.
(3) 부가가치세법 제3조(납세의무자) 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로서 개인, 법인(국가ㆍ지방자치단체와 지방자치단체조합을 포함한다), 법인격이 없는 사단ㆍ재단 또는 그 밖의 단체는 이 법에 따라 부가가치세를 납부할 의무가 있다.
1. 사업자
2. 재화를 수입하는 자 제26조(재화 또는 용역의 공급에 대한 면세) ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.
11. 금융ㆍ보험 용역으로서 대통령령으로 정하는 것 제29조(과세표준) ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.
⑧ 사업자가 과세사업과 면세사업 및 부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(이하 "면세사업등"이라 한다)에 공통적으로 사용된 재화를 공급하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다. 제31조(거래징수) 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제29조 제1항에 따른 공급가액에 제30조에 따른 세율을 적용하여 계산한 부가가치세를 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 징수하여야 한다. 제38조(공제하는 매입세액) ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.
1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)
② 제1항 제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다. 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
4. 사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액
7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액
② 제1항에 따라 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제40조(공통매입세액의 안분) 사업자가 과세사업과 면세사업 등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 "공통매입세액 안분기준"이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다. 제57조(결정과 경정) ① 납세지 관할 세무서장, 납세지 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 이 조에서 "납세지 관할 세무서장등"이라 한다)은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 해당 예정신고기간 및 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한다.
1. 예정신고 또는 확정신고를 하지 아니한 경우
2. 예정신고 또는 확정신고를 한 내용에 오류가 있거나 내용이 누락된 경우
3. 확정신고를 할 때 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표에 기재사항의 전부 또는 일부가 적혀 있지 아니하거나 사실과 다르게 적혀 있는 경우
4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 부가가치세를 포탈(逋脫)할 우려가 있는 경우
(4) 부가가치세법 시행령 제40조(면세하는 금융ㆍ보험 용역의 범위) ① 법 제26조 제1항 제11호에 따른 금융ㆍ보험 용역은 다음 각 호의 용역, 사업 및 업무에 해당하는 역무로 한다.
1. 은행법에 따른 은행업무 및 부수업무로서 다음 각 목의 용역
2. 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 다음 각 목의 사업
18. 금전대부업(어음 할인, 양도담보, 그 밖에 비슷한 방법을 통한 금전의 교부를 업으로 하는 경우를 포함한다)
② 제1항 각 호에 따른 사업 외의 사업을 하는 자가 주된 사업에 부수하여 같은 항의 금융ㆍ보험 용역과 같거나 유사한 용역을 제공하는 경우에도 법 제26조 제1항 제11호의 금융ㆍ보험 용역에 포함되는 것으로 본다. 제77조(사업과 직접 관련이 없는 지출) 법 제39조 제1항 제4호에 따른 사업과 직접 관련이 없는 지출의 범위는 소득세법 시행령 제78조 또는 법인세법 시행령 제48조, 제49조 제3항 및 제50조에서 정하는 바에 따른다.
(1) 처분청이 제시한 자료의 내용은 아래와 같다. (가) 등기우편 송달조회 자료에 따르면, 2018년 제2기 부가가치세 OOO원의 납세고지서는 2019.6.5. 송달되었고, 청구법인은 그로부터 124일이 지난 2019.10.7. 심판청구를 제기한 것으로 나타난다. (나) 2018년 제2기 과세기간의 세금계산서 수취내역에 따르면, 청구법인은 임차료 OOO원, 교육비 OOO원(OOO 부동산 매물정보 및 투자에 대한 정보․컨설팅 관련), 경비용역비 OOO원, 리조트이용료 OOO원, 기장수수료 OOO원, 일반전화 통신비 OOO원 등의 공급가액 합계 OOO원, 매입세액 OOO의 세금계산서를 수취한 것으로 나타난다. (다) OOO 사업자등록 변경내역에 따르면, 청구법인은 2007.3.27. 업종을 서비스업(부동산분양시행업)으로 사업자등록한 후 2013.10.29. 금융서비스업(채권자산의 매입, 관리 및 중개)을 부업종으로 추가하였고, 2014.6.10.～2015.10.30. 및 2018.2.9. 이후의 기간 동안 금융서비스업(대부업)을 부업종으로 추가한 것으로 나타난다. (라) 부가가치세 신고내역에 따르면, 청구법인은 2014년 제1기 과세표준 OOO원(지급보증수수료에 대한 세금계산서 2건의 공급가액 합계)을 신고하였고, 그 외의 기간에는 과세표준을 OOO으로 신고한 것으로 나타난다. (마) 법인세 신고내역 조회자료에 따르면, 청구법인은 2013～2017사업연도의 기간 동안의 영업외수익 및 영업외비용 내역은 아래 ＜표2＞와 같다. ＜표2＞ 청구법인의 영업외수익․비용 내역 (바) 처분청이 작성한 환급 현장확인보고서의 주요내용은 아래와 같다. (사) 근로소득 조회자료에 따르면, 2013사업연도 이후 청구법인의 직원 수는 매년 2～6명, 총 지급액은 연간 OOO원 이내인 것으로 나타난다. (아) 대부업등록증에 따르면, 청구법인은 2014.6.9.～2017.6.9. 기간 에 대하여 OOO장으로부터, 2018.5.31.～2021.5.31. 기간에 대하여 OOO으로부터 대부업등록증을 발급받은 것으로 나타난다. (자) OOO장이 2016.9.22. 청구법인에게 보낸 세무조사결과통지 공문에 따르면, 조사대상 세목은 “법인세”, 대상기간은 “2011.1.1.～2014.12.31.”, 조사내용은 “2011～2014년 귀속 법인제세 통합조사 결과 통지”, 예상고지세액은 OOO으로 적혀 있다.
(2) 청구법인이 과세사업(부동산분양․시행업)을 영위하고 있다고 주장하며 제시한 입증자료는 아래와 같다. (가) 청구법인의 해외출장비 계정별원장에 따르면, 2014～2018사업연도 중 39회에 걸쳐 총 OOO원을 해외출장비로 계상(주로 신용카드 지출)한 것으로 나타나고, ‘해외출장비 정산내역’보고서의 예시내용은 아래와 같다. (나) OOO에서 2019.2.26. 발행한 외화송금확인서에는 청구법인이 OOO에 있는 OOO에게 OOO를 송금한 내용이 나타난다. (다) 부동산개발 및 신축사업을 검토한 현황은 아래 ＜표3＞과 같고, 청구법인이 제출한 2018.5.3.자 OOO㈜의 “OOO 개발사업 중간 검토 보고(건)”에는 수신처가 청구법인로 되어 있고, **건설 부동산운영개발팀 이○○ 부장과의 저녁 미팅내용(토지대의 금액 협상을 유도하였으나 PFV 법인 주주들 관계가 있어서 난색 등) 등이 적혀 있다. ＜표3＞ 청구법인 제시 부동산개발 및 신축사업 검토 현황
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 (가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 2018년 제2기 부가가치세 OOO원의 납세고지서는 2019.6.5. 송달되었고, 청구법인은 그로부터 124일이 지난 2019.10.7. 심판청구를 한 것으로 나타나는바, 그에 대한 심판청구는 국세기본법 제68조에 따른 청구기간인 90일을 경과하여 제기된 것으로서 부적법한 것으로 판단된다. (나) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 과․면세 매출이 모두 없는 경우에는 발생한 매입세액을 전액 공제하여야 하고, 부동산개발업을 위한 사업활동을 계속하고 있어 쟁점매입세액은 과세사업과 관련된 것이므로 매출세액에서 공제되어야 한다고 주장한다. 그러나, 우리나라의 부가가치세제도는 최종소비자에 이르기 전의 각 거래단계에서 재화 또는 용역을 공급하는 사업자가 그 공급을 받는 사업자로부터 매출세액을 징수(부가가치세법 제31조)하여 국가에 납부(제29조 제1항)하고, 그 세액을 징수당한 사업자는 이를 국가로부터 매입세액으로 공제·환급받는 과정(제38조 제1항)을 통하여 그 세액의 부담을 다음 단계의 사업자에게 차례로 전가하여 부가가치세를 궁극적으로 최종소비자에게 부담시키는 전단계세액공제제도를 채택하고 있는 점, 부가가치세법 제38조 제1항에서 매출세액에서 공제하는 매입세액으로 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화나 용역에 대한 부가가치세로 규정하는 한편, 제39조 제1항 및 제40조에서 사업과 직접 관련 없는 지출에 대한 매입세액이나 면세사업 또는 부가가치세가 과세되지 않는 재화나 용역을 공급하는 사업(면세사업등)과 관련된 매입세액 및 공통매입세액 중 과세사업분 외의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 않는 것으로 규정하고 있는 점, 이 건에서 청구법인은 2014년 제1기에 지급보증수수료에 대한 세금계산서 합계 OOO원을 과세매출로 신고한 것 외에는 다른 과세매출이 없고, 2015년 제2기에 금전대부업의 면세매출 OOO원이 발생하였으며 주로 부가가치세가 과세되지 않는 금융투자수익(배당소득․이자소득) 등만이 발생한 점 등에 비추어 보면, 청구법인의 경우 과세매출의 발생과 무관하게 사업장 유지 등에 쟁점매입세액이 발생하고 있는바, 청구법인은 매입한 재화나 용역의 최종소비자의 지위에 있었던 것으로 보아야 할 것이다. 따라서 쟁점매입세액은 사업과 직접 관련이 없는 것으로서 공제대상이 아니라고 보이므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. (다) 다음으로, 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구인은 이 건 현장확인이 OOO장이 실시한 선행세무조사와 중복조사에 해당하고 중복조사에 기한 2014년 귀속 부가가치세 부과처분은 부당하다고 주장하나, OOO장은 2011～2014사업연도 제세신고의 적정성 확인을 위해 법인통합조사를, 처분청은 2018년 제2기 부가가치세 환급의 적정성 검토를 위해 현장확인을 실시한바, 선행세무조사와 이 건 현장확인은 그 대상기간과 세목 및 목적을 달리하는 것으로서 중복조사로 보기 어려운 점, 처분청은 이 건 현장확인을 실시한 후 2018년 제2기 매입세액이 공제대상이 아니라고 판단한 다음, 동일하게 과세매출이 발생하지 아니한 2014사업연도 신고분(청구법인은 2014년 제1기 예정분만 과세매출이 발생하였고, 2014년 제1기 확정분 및 2014년 제2기분은 과세매출이 없었다)에 대하여 부가가치세법 제57조 제1항에 따라 신고내용의 오류를 경정하여 이 건 처분을 한 것일 뿐 2014년 제1기분에 대한 별도의 세무조사를 실시한 것은 아닌 점 등에 비추어 볼 때, 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. (라) 마지막으로, 쟁점④에 대하여 살피건대, 일반적으로 조세법률관계에 있어서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙을 적용하기 위해서는, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하여 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 할 것(대법원 2009.10.29. 선고 2007두7741 판결 등, 같은 뜻임)이나, 선행세무조사에서 OOO장이 청구인에게 쟁점매입세액이 공제대상이라는 공적인 견해표명을 한 사실이 없을 뿐만 아니라 청구인은 당초 쟁점매입세액을 공제대상으로 처리하다가 OOO장의 세무조사에서 추징되지 아니하자 계속 기존과 같이 부가가치세를 신고하였을 뿐, OOO장의 견해표명을 신뢰하여 특별한 다른 행위를 한 사실이 없으므로 이 건 처분이 신의성실의 원칙에 위배된 것이라고 보기 어렵다 할 것인바, 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 부적법한 청구이거나 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제1호 및 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.