쟁점토지 양도가액을 쟁점합의서에 기재된 매매대금으로 보아야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려움

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2012.10.29. 토지거래허가구역 내인 OOO 임야 39,669㎡(이하 “쟁점토지”라 한다) 일원에서 OOO 다목적부두를 건립하는 합작사업을 추진하기 위하여 자신이 대표이사로 있는 OOO(이하 OOO이라 한다) 및 OOO(이하 OOO이라 한다)와 합의서를 작성한 결과, 청구인이 OOO에게 쟁점토지 1/2 지분을 OOO에 매도하고, OOO이 OOO에게 다목적부두 건설 관련 기술용역을 제공하고 OOO을 지급받는 것으로 각 계약을 체결하였다(이하 쟁점토지 매매계약 및 기술용역계약을 합하여 “쟁점계약”이라 한다).
• 나. OOO은 쟁점계약에 따른 대금 OOO을 모두 지급하였으나, 청구인 및 OOO은 쟁점토지에 대한 토지거래허가 문제로 지분이전 및 기술용역을 제공하지 못하였고, 이후 OOO의 요청으로 쟁점토지에 대하여 기지급한 대금 OOO원 등을 피담보채권으로 하는 근저당권이 설정되었다(채권최고액 합계OOO원, 1, 2순위).
• 다. 한편, OOO은 2013.9.12. OOO의 특수관계법인 OOO(이하 OOO이라 한다)와 OOO 사업의 추진을 위해OOO이 소유하는 자회사(이하 OOO라 한다) 주식을 OOO에 양도하는 계약을 체결하였는데(OOO은 1차 양도대금 OOO은 지급하였음), 위 주식 양도가 이루어지지 않는 경우 OOO은 OOO에게 양도대금을 반환하고 그 반환의무가 이루어지지 않을 경우 쟁점토지를 양도하는 것으로 약정한 다음, 쟁점토지 이전의무의 이행을 담보하기 위해 매매예약을 체결하여 OOO이 쟁점토지 1/2 지분을 OOO에 매수할 수 있도록 하였다.
• 라. 이후 청구인의 OOO에 대한 쟁점토지의 소유권이전등기의무 및 OOO의 OOO에 대한 자회사 주식 양도의무가 이행불능에 이르게 되자, 청구인, OOO은 2014년 7월 각 당사자 사이의 채권채무관계를 정산하는 합의(이하 “쟁점합의”라 한다)를 하였는바, 이에 따르면 청구인이 쟁점토지의 소유권을 OOO에게 이전하고, OOO과 OOO은 청구인과 OOO에 대하여 가지고 있는 모든 잔여채권을 청구하지 않는 것으로 하였다.
• 마. 쟁점합의에 따라 청구인은 2014.7.21. OOO에게 쟁점토지를 양도한 후 2014.9.30. 쟁점토지의 양도가액을 OOO으로 하여 양도소득세를 신고하였다.
• 바. OOO지방국세청장은 OOO에 대한 법인세 세무조사를 실시하여 청구인에 대한 양도소득세 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 청구인에 대한 세무조사 결과 쟁점토지의 양도가액을 OOO으로 보아 2019.7.16. 청구인에게 2014년 귀속 양도소득세 OOO을 경정·고지하였다.
• 사. 청구인은 이에 불복하여 2019.9.23. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 다음과 같은 이유로 쟁점토지의 양도가액은 OOO으로 봄이 타당하다.

(1) OOO의 OOO 주식 양수 실패에 따른 담보 실행으로 쟁점토지의 소유권이 이전된 것이므로 OOO이 OOO에게 지급한 1차 양도대금 OOO을 쟁점토지 양도가액에 포함시킬 수 없다. OOO은 OOO 주식 중 50%를 OOO에게 양도하기 위하여 주식양수도계약을 체결하고 1차 양도대금 OOO을 지급받아 운영자금으로 사용하였다. 위 주식양수도계약 이행을 담보하기 위하여 청구인은 자신이 소유하는 쟁점토지의 1/2 지분을 담보로 제공하였는데, 이후 실제로 주식양도가 이행불능에 이르게 되었다. 여기에 OOO 합작사업이 실패로 확정되자, 청구인을 비롯한 OOO 등 4자는 2014년 7월 최종적으로 쟁점합의를 통하여 쟁점토지의 가치를 OOO으로 책정하고 청구인이 OOO에게 양도한 것이다. (2)OOO이 OOO에게 기술용역계약 명목으로 지급한 OOO은 ‘투자금’ 내지 사업참여비 성격의 ‘보상금’으로 보아야 하고, 이를 쟁점토지 양도가액에 포함시킬 수 없다. OOO은 OOO의 노력과 비용으로 선박급유기지 민간사업이 우선협상대상자 지정에 이른 점을 평가하여 사업참여비로 OOO을 OOO에 지급하였는바, 해당 금액은 OOO이 OOO 등 OOO 다목적부두 건설계획에 대한 자본투자를 할 목적으로 지급하였거나, 향후 OOO 터미널사업에 참여하기로 함에 따라 지급한 보상금 성격의 비용이다.

(3) 쟁점합의는 이면합의가 아니라 최종적으로 쟁점토지의 매도대금을 공식 문서로 명확히 정한 정식합의서이다. OOO의 OOO 대표이사는 그동안 투자한 OOO 관련 사업투자비OOO 및 쟁점토지 1/2 지분 매수대금OOO과 OOO이 지급한 1차 양도대금OOO, OOO이 청구인에게 개인적으로 대여한 금액 OOO 중 OOO 등 합계 OOO을 쟁점토지 매매대금으로 회계처리하고자 하였다. 이에 청구인은 OOO의 위 시도에 대하여 이의를 제기하면서 각 회사들의 투자손실을 감안하여 최초 OOO이 OOO과 공동으로OOO 사업에 참여하면서 취득한 쟁점토지 1/2 지분 가격OOO을 기준으로 쟁점토지 전체 매매대금을 정하는 것이 합리적이라고 주장하였고, OOO이 동의하여 4자간 쟁점합의를 통하여 최종적으로 쟁점토지의 매매대금이 OOO으로 결정된 것이다. 즉 쟁점합의는 이면합의가 아니라, 오히려 OOO 측의 사업투자 실패에 따른 대금을 청구인에게 요구할 수 없다는 내용이 합의된 사항을 공식적인 문서로 명확히 한 당사자 간의 정식합의로 보아야 한다.

(4) 인근 토지가 협의 취득된 수용가액을 고려할 때, 쟁점토지의 매매대금 OOO은 적정한 것이다. 쟁점토지 인근에 소재하는 ‘입도’OOO는 2016.6.30. 공공용지의 협의 취득에 의하여 OOO에국가가 취득하였고, 이후 OOO 부두로 편입되어 민간사업으로 개발되고 있다. 따라서 ㎡당 가격으로 환산하여 보면, 쟁점토지OOO의 거래금액을 OOO으로 체결한 것은 통상적인 거래로 보인다.

• 나. 처분청 의견 다음과 같은 이유로 쟁점토지의 양도가액은 OOO으로 봄이 타당하다.

(1) 청구인은 OOO 주식 양수 실패에 따른 담보 실행으로 쟁점토지의 소유권이 이전된 것이라 주장하나, 이는 청구인이 OOO에게 반환하여야 할 1차 양도대금 OOO을 쟁점토지로 대물변제한 것이다. 즉 OOO에게 반환해야 할 OOO에 OOO의 대표이사 OOO이 청구인에게 개인적으로 대여한 OOO 중 OOO을 더한 OOO을 대물변제한 것이다.

(2) 청구인은 OOO 사이의 기술용역계약에 따른 OOO을 투자금 내지 보상금으로 보아야 한다고 주장하나, 기술용역계약서에 따라 발급받은 세금계산서가 실제 용역의 제공이 없는 가공세금계산서임이 OOO 대표이사 OOO에 의하여 확인되었다. 또한 청구인이 주장하는 대로 위 기술용역계약에 따라 지급한 OOO이 자본투자금 내지 보상금이라면 가공의 기술용역계약서가 아닌 투자계약서나 감정평가서 등 적정한 산정 근거에 따른 영업보상을 하는 형태로 체결되었어야 한다. 그러나 청구인은 투자금 내지 보상금이라고 주장만 할 뿐 그 주장을 근거할 투자 이익금 및 손실금의 배분에 대한 서류 또는 보상금 산정에 대한 서류 등 이를 입증할만한 어떠한 증빙도 제시하지 못하고 있다.

(3) 청구인은 쟁점합의는 이면합의가 아니라고 주장하나, OOO과 청구인은 “쟁점합의서의 체결 사실 및 내용 등에 대하여 제3자에게 유출하거나 공개할 수 없다”라고 약정하면서 “이를 위반시에는 자동적으로 무효가 된다”라고 명시하였다. 즉 해당 내용은 쟁점토지 소유권이전을 서둘러야 하는 매수인OOO 입장에서 어쩔 수 없이 양도소득세를 낮추고자 매매대금을 OOO으로 기재하자는 청구인의 요구를 따를 수밖에 없었던 정황증거로 보인다.

(4) 청구인은 인근 토지의 수용가액과 비교하여 쟁점토지 매매대금OOO은 적정하다고 주장하나, 청구인이 비교대상토지로 제시한 ‘입도’는 OOO(국가)가 소유하다가 OOO(국가)가 공공용지 협의취득으로 소유권을 이전한 토지로, 쟁점토지와 같이 개인이 소유하면서 민간투자개발이 진행된 토지와 같이 볼 수 없다.

• 가. 쟁점 쟁점토지 양도가액을 쟁점합의서에 기재된 매매대금 OOO으로 보아야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법률

○ 소득세법(2014.12.23. 법률 제12852호로 개정되기 전의 것) 제94조【 양도소득의 범위 】

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지[공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률에 따라 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득 제96조【 양도가액 】

① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 따른다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 주요 사실관계를 시간 순서에 따라 정리하면 아래 <표>와 같다. OOO

(2) 청구인과 OOO은 그 동안 발생했던 상호 간의 채권채무관계 정산을 위해 다음과 같이 쟁점합의서를 작성하였다. OOO

(3) 위 (2) 쟁점합의에 따라 쟁점토지 소유권등기는 2014.7.21. OOO으로 이전되었고 OOO은 아래와 같이 장부상 쟁점토지의 취득가액을 OOO으로 계상하였다. OOO

(4) OOO의 대표이사 OOO 및 OOO의 대표이사 OOO은 2018년 7월 OOO지방국세청 세무조사 과정에서 다음과 같은 확인서를 제출하였다. OOO

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점합의에서 쟁점토지의 전체 매매대금이 OOO으로 기재된 점 등에 근거하여 쟁점토지 양도가액을 해당 금원으로 보아야 한다고 주장하 나, OOO이 쟁점토지 매입비용으로 각각 OOO을 부담하였음에도 OOO이 쟁점토지를 단독소유하게 됨에 따라 법인세를 부과한 처분에 대한 불복에서, 우리 원은 OOO이 쟁점토지를 취득하기 위하여 지출한 금원에 대한 채권을 포기함으로써 OOO에게 OOO 상당의 자산수증이익이 발생하였다고 결정한 점(조심 2018서403, 2020.6.19.), 최초 합의서에 따르면, 청구인은 OOO에게 쟁점토지 1/2 지분을 OOO에 매도하고 자신이 대표이사로 있는 OOO이 OOO에게 OOO 다목적부두 건설 관련 기술용역을 제공하는 대가로 OOO을 지급받는 내용으로 쟁점계약을 체결한 것으로 나타나나, OOO 대표이사 OOO은 OOO지방국세청 세무조사 과정에서 제출한 확인서를 통해 위 기술용역계약에 따라 발급된 세금계산서(공급대가 OOO)가 OOO로부터 실제 용역의 제공 없이 발급받은 가공세금계산서임을 인정한 점, 과세관청이 세무조사를 하는 과정에서 납세의무자로부터 일정한 사실을 자인하는 내용의 확인서를 작성 받았다면 그 확인서가 작성자의 의사에 반하여 강제로 작성되었거나 혹은 내용의 미비 등으로 인해 구체적인 사실에 대한 입증자료로 삼기 어렵다는 등의 특별한 사정이 없는 한 해당 확인서의 증거가치는 쉽게 부인할 수 없는 점(대법원 2002.12.6. 선고 2001두2560 판결 등 참조), 이와 달리 위 OOO이 투자금 내지 보상금의 성격을 가지는 것임을 인정할만한 구체적인 증빙의 제시가 없는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.