재산세 경감토지의 경감비율에 해당하는 토지 등을 분리과세 대상으로 볼 수 없으며, 종합부동산세 과세대상 토지로 본 처분은 적법함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 산하에 ｢고등교육법｣ 제4조 에 따른 OOO 부속 병원을 설치·운영하고 있는 학교법인으로, 보유 중인 부동산에 대하여 2015년부터 2018년까지 OOO원을 신고·납부하였으나, 종합부동산세 과세대상 물건으로 신고한 종합합산토지 및 별도합산토지 중 의료업에 직접 사용하여 지방 세인 재산세가 경감되는 토지(이하 “재산세 경감토지”라 한다)의 경감 비율에 해당하는 부분은 재산세 분리과세대상에 해당하므로 종합부동 산세 과세대상이 아니고, 나머지 토지에 대한 공시가격도 재산세 경감 비율만큼 줄여야 한다는 이유로 2019.3.26. 처분청에 2015∼2018년 귀속 OOO원을 환급하여 달라는 경정청구를 하였다.
• 나. 처분청은 종합부동산세는 지방세인 재산세의 후행세목으로서 재산세 경감토지가 분리과세대상에 해당한다면 관할 지방자치단체장의 재산세 경정이 선행되어야 할 것이나, 관할 지방자치단체장으로부터 해당 토지 관련 재산세의 부과 취소 또는 경정 등의 변동자료를 통보받은 사실이 없다는 이유로 2019.5.30. 위 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.8.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 ｢지방세법｣ 제106조 제1항 제1호 나목 및 제2호 단서에서 재산세 경감토지의 경감비율에 해당하는 토지는 종합합산 및 별도합산 과세대상이 아닌 것으로 규정하고 있다. 대법원은 “구 ｢지방세법｣ 제106조 제1항 은 재산세 과세대상인 토지를 분리과세대상·별도합산과세대상·종합합산과세대상으로 분류하고 있으므로 쟁점토지 중 재산세가 경감되는 50/100에 해당하는 부분 역시 어느 하나에 반드시 포섭되어야 한다. 그런데 구 ｢지방세법｣ 제106조 제1항 은 ‘ 법령에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지’를 별도합산과세대상으로 보지 않고, 종합합산과세대상으로도 보지 않으므로, 위 토지가 명시적으로 구 ｢지방세법｣ 제106조 제1항 제3호 소정의 분리 과세대상에 해당하지 않더라도 정책적인 고려에 따라 마련된 구 ｢지방 세법｣ 제106조 제1항 제2호 단서, 제1호 단서 나목의 규정으로 인하여 별도합산과세대상이나 종합합산과세대상이 아닌 분리과세대상으로 간주 되어야 한다(대법원 2018.11.29. 선고 2018두45725)”고 판시하였다. 이와 같이 재산세 분리과세대상에 해당하는 재산세 경감토지의 경감 비율(2015･2016년 75%, 2017･2018년 50%)에 해당하는 토지는 종합부 동산세 과세대상에서 제외되어야 하고, 나머지 토지의 공시가격도 경감 비율만큼 줄어들어야 함에도, 처분청이 이를 종합부동산세 과세대상에 해당하는 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분은 위법하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 대법원 판결을 근거로 재산세 경감토지의 경감비율에 해당하는 토지가 종합부동산세 과세대상이 아닌 재산세 분리과세대상 토지라고 주장하나, 종합부동산세 과세대상 토지의 분류는 ｢지방세법｣ 에 따르는 것으로, 이 건 재산세 경감토지의 경감비율에 해당하는 토지에 대하여 관할 지방자치단체장이 재산세 분리과세대상으로 변경하지 않는 이상 처분청이 이에 따라 재산세 경감토지의 경감비율에 해당하는 토지를 종합부동산세 과세대상으로 분류한 것은 적법하다(조심 2012중4596, 2013.1.29. 같은 뜻임).

• 가. 쟁 점 재산세 경감토지의 경감비율에 해당하는 토지는 분리과세대상이므로 종합부동산세 과세대상에서 제외되어야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인이 제출한 연도별 재산세 경감토지 현황은 <표1>과 같다. (2) 청구법인이 환급을 구하는 종합부동산세 및 농어촌특별세의 상세 내역은 <표2>와 같다.

(3) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다. (가) 청구법인은 ｢고등교육법｣ 제4조 에 따라 그 산하에 부속병원을 설치･운영하고 있는 학교법인으로, OOO(2018년 귀속 기준)의 토지 중 수익사업을 위한 용도로 사용되는 면적을 제외한 부분을 의료업에 직접 사용하고 있다. (나) ｢종합부동산세법｣ 제11조 는 토지에 대한 종합부동산세는 국 내에 소재하는 토지에 대하여 ｢지방세법｣ 제106조 제1항 제1호 에 따른 종합합산과세대상과 같은 항 제2호에 따른 별도합산과세대상으로 구분 하여 과세하도록 규정하고 있으며, 같은 법 제6조는 종합부동산세를 부과함에 있어 ｢지방세특례제한법｣ 또는 ｢조세특례제한법｣에 의한 재산 세의 비과세·과세면제 또는 경감에 관한 규정을 준용토록 규정하고 있다. (다) 구 ｢지방세특례제한법｣(2018.12.24. 법률 제16041호로 개정되기 전의 것, 이하 같음) 제41조 제7항 제2호는 ｢고등교육법｣에 따라 설치된 의과대학 부속병원이 재산세 과세기준일 현재 부동산을 의료업에 직접 사용하는 경우, 해당 부동산에 대한 재산세를 2016년까지는 100분의 75를, 2017∼2018년까지는 100분의 50을 경감하도록 규정하고 있다. (라) 재산세 과세대상 구분은 ｢지방세법｣ 제106조 제1항 제2호 및 같은 법 시행령 제101조에서 별도합산과세대상 토지를, 같은 법 제106조 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제102조에서 분리과세대상 토지를 열거하고 있고, 위 별도합산과세대상과 분리과세대상 토지를 제외한 모든 토지를 종합합산과세대상으로 구분하고 있다. 한편, 청구법인이 소유하고 있는 이 건 의료사업용 건축물의 부속토지 중 재산세 경감토지는 지방세법령상 분리과세대상 토지로 열거되어 있지 아니하다.

(4) 최근 개정된 ｢지방세법｣(2019.12.3. 법률 제16663호로 개정된 것) 제106조의 개정이유를 보면, 재산세 경감토지의 경감비율에 해당 하는 토지 등을 종합합산과세대상 및 별도합산과세대상으로 보지 아니 하도록 규정하고 있는 취지는 과세대상 구분 체계상 종합합산･별도합산 과세대상에서 분리과세대상으로 전환하려는 것이 아니라 경감 비율에 해당하는 만큼을 과세표준에서 차감하려는 것임을 명확히 하고 있다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 구 ｢지방세법｣ 제106조 제1항 이 재산세 과세대상 토지를 분리·별도합산·종합합산 과세대상으로 분류하면서 같은 항 제1호 나목 및 제2호 단서에서 재산세 경감토지의 경감비율에 해당하는 토지는 종합합산 및 별도합산 과세대상으로 보지 않도록 규정하고 있으므로, 해당 토지는 종합부동산세 과세대상에서 제외되는 재산세 분리과세대상이라고 주장 하나, 분리과세대상은 중과세 또는 경과세의 필요가 있는 토지에 대하여 ｢지방세법｣ 제106조 및 같은 법 시행령 제102조에서 한정적으로 규정 하고 있다 할 것인 점, ｢지방세법｣ 제106조 는 같은 법 또는 관계 법령에 따라 재산세가 비과세·경감되는 토지는 종합합산 또는 별도합산과세 대상으로 보지 않는다고 규정하고 있을 뿐 분리과세대상이 된다고 규정 하고 있지 아니한 점, ｢지방세법｣ 제106조 제1항 제1호 가목, 나목 및 제2호 단서 규정의 의미를 종합 또는 별도합산과세대상이 아니면 분리과세대상이라는 의미로 해석을 한다면, 이 건 토지 중 경감되는 비율의 감면토지는 위 법령에서 분리과세대상으로 열거되어 있지 아니하여 분리과세대상으로 볼 수 없고, 종합합산 또는 별도합산과세대상에도 해당하지 아니하여 과세대상 구분체계 어디에도 속할 수 없는 논리적 모순이 발생하거나 중복적인 혜택이 부여되어 감면 정책의 취지에 맞지 아니한 점 등에 비추어 볼 때, 처분청이 청구법인의 재산세 경감토지 중 경감비율에 해당하는 토지 등을 종합부동산세 과세대상 토지로 보아 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2019지1508, 2019.12.17. 같은 뜻임).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.