쟁점법인이 「소득세법」 제104조 제1항 제11호 나목 및 같은 법 시행령 제167조의8의 중소기업에 해당한다는 청구주장의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2013.11.4. OOO(이하 “쟁점법인”이라 한다)의 주식 1,026주를 양도하고, 2014.2.28. 처분청에 양도소득세 과세표준 신고 시 10%의 세율을 적용하였다.
• 나. 처분청은 2019.2.20.～2019.3.11. 기간 동안 청구인에 대한 양도소득세 세무조사를 실시한 결과, 자산총액이 OOO이상인 해외법인 OOO(이하 “쟁점해외법인”이라 한다)가 쟁점법인의 주식을 간접적으로 44.44%를 소유하고 있어 쟁점법인이 중소기업기본법 시행령(2011.12.28. 대통령령 제23412호로 일부개정된 것) 제3조 제1항 제2호 나목(이하 “쟁점규정”이라 한다)에 따라 중소기업에 해당하지 아니하는 것으로 보아 20%의 세율을 적용하여 2019.4.4. 청구인에게 2013년 귀속 양도소득세 OOO경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2019.4.12. 이의신청을 거쳐 2019.8.7. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 쟁점법인의 주식 44.44%를 직접 소유한 OOO(이하 “쟁점모법인”이라 한다)이 쟁점규정에 따른 최다출자자에 해당함에도 쟁점해외법인을 최다출자자로 보아 쟁점법인이 중소기업에 해당되지 아니한다고 판단하여 20% 세율을 적용한 이 처분은 부당하다.

(2) 쟁점규정 후단에서 ‘최다출자자는 해당 기업의 주식등을 소유한 법인 또는 개인으로서 해당 기업의 주식을 가장 많이 소유한 자’으로 규정하고 있을 뿐 ‘직접적 또는 간접적으로 소유’라고 명시되지 아니한바, 최다출자자인지 여부는 직접 지분만을 기준으로 하여 판단함이 타당하다.

(3) 쟁점규정 전단에서 ‘자산총액이 OOO이상인 기업이 주식등의 100분의 30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 경우’라고 규정한 것은 쟁점모법인의 쟁점법인 소유지분 계산시 간접지분을 포함하라는 의미에 불과하다.

• 나. 처분청 의견 중소벤처기업부 발간 책자에 의하면 최다출자자인지 여부는 간접소유를 포함하여 판단하여야 하고, 자산총액이 OOO이상인 쟁점해외법인이 쟁점법인 주식의 30% 이상(44.44%)을 간접적으로 소유한 최다출자자에 해당하므로 쟁점법인은 소유와 경영의 실질적인 독립성이 없는바, 쟁점법인은 중소기업에 해당하지 아니하는 것으로 보아 청구인에게 20%의 세율을 적용하여 양도소득세를 과세한 이 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점법인이 소득세법 제104조 제1항 제11호 나목 및 같은 법 시행령 제167조의8의 중소기업에 해당한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련법령

(1) 소득세법(2013.1.1. 법률 제11611호로 일부개정된 것) 제104조【양도소득세의 세율】

① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상의 세율에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.

11. 제94조 제1항 제3호에 따른 자산

• 가. 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서 "중소기업"이라 한다) 외의 법인의 주식등으로서 대주주가 1년 미만 보유한 주식등 양도소득 과세표준의 100분의 30
• 나. 중소기업의 주식등 양도소득 과세표준의 100분의 10
• 다. 그 밖의 주식등 양도소득 과세표준의 100분의 20 (2) 소득세법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23588호로 일부개정된 것) 제167조의8【중소기업의 범위】 법 제104조 제1항 제11호 가목에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 주식등의 양도일 현재 중소기업기본법 제2조 에 따른 중소기업에 해당하는 기업을 말한다. (3) 중소기업기본법 시행령(2011.12.28. 대통령령 제23412호로 일부개정된 것) 제3조【중소기업의 범위】

① 중소기업기본법(이하 "법"이라 한다) 제2조 제1항 제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.

1. 해당 기업이 영위하는 주된 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다.

• 가. 상시 근로자 수가 1천명 이상인 기업
• 나. 자산총액이 5천억원 이상인 기업
• 다. 자기자본이 1천억원 이상인 기업
• 라. 직전 3개 사업연도의 평균 매출액이 1천5백억원 이상인 기업

2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업

• 나. 제1항 제1호 나목에 따른 법인(외국법인을 포함하되, 제3조의2제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다)이 주식등의 100분의 30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 경우로서 최다출자자인 기업. 이 경우 최다출자자는 해당 기업의 주식등을 소유한 법인 또는 개인으로서 단독으로 또는 다음의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 해당 기업의 주식등을 가장 많이 소유한 자를 말하며, 주식등의 간접소유 비율에 관하여는 국제조세조정에 관한 법률 시행령 제2조 제2항 을 준용한다.

1. 주식등을 소유한 자가 법인인 경우: 그 법인의 임원

2. 주식등을 소유한 자가 1)에 해당하지 아니하는 개인인 경우: 그 개인의 친족

• 다. 관계기업에 속하는 기업의 경우에는 제7조의4에 따라 산정한 상시 근로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액(이하 "상시근로자수등"이라 한다)이 별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업 (4) 국제조세조정에 관한 법률 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23600호로 일부개정된 것) 제2조【특수관계의 세부기준】

② 제1항 제1호부터 제3호까지 및 제5호에서 규정하는 주식의 간접소유비율은 다음 각 호의 방법으로 계산한다.

1. 어느 한 쪽 법인이 다른 쪽 법인의 주주인 법인(이하 "주주법인"이라 한다)의 의결권 있는 주식의 100분의 50 이상을 소유하고 있는 경우에는 주주법인이 소유하고 있는 다른 쪽 법인의 의결권 있는 주식이 그 다른 쪽 법인의 의결권 있는 주식에서 차지하는 비율(이하 "주주법인의 주식소유비율"이라 한다)을 어느 한 쪽 법인의 다른 쪽 법인에 대한 간접소유비율로 한다. 다만, 주주법인이 둘 이상인 경우에는 주주법인별로 계산한 비율을 합계한 비율을 어느 한 쪽 법인의 다른 쪽 법인에 대한 간접소유비율로 한다.

3. 다른 쪽 법인의 주주법인과 어느 한 쪽 법인 사이에 하나 이상의 법인이 개재되어 있고 이들 법인이 주식소유관계를 통하여 연결되어 있는 경우에도 제1호와 제2호의 계산방법을 준용한다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료를 보면, 아래와 같은 사실이 확인된다. (가) 쟁점법인의 2013사업연도 주식등변동상황명세서 등에 의하면, 청구인은 쟁점법인의 주식 1,026주를 2009.4.20. 취득하여 2013.11.19. 양도하였고, 쟁점모법인의 쟁점법인에 대한 지분율은 2012.12.31. 기준 44.44%이다. (나) 이 건 관련 처분청의 이의신청결정서(이의 제2019-0001호, 2019.5.21.)를 보면, 2012.12.31. 기준 쟁점해외법인의 자산총액은 OOO이고, 쟁점모법인의 자산총액은 OOO 쟁점해외법인은 쟁점모법인의 지분을 간접적으로 100% 소유 하고 있어 쟁점해외법인의 쟁점법인에 대한 간접소유비율은 44.44%(쟁점모법인의 쟁점법인에 대한 직접소유비율과 동일)이다. (다) 국세청 전산자료에 의하면, 쟁점법인은 2012사업연도 법인세 신고 당시 중소기업이 아니라 일반법인으로 하였다. (라) 중소벤처기업부에서 2014년 10월 발간한 ‘알기 쉽게 풀어 쓴 중소기업 범위해설’ 등에 의하면, 독립성 기준은 기업이 규모가 커지거나 사업영역을 다각화 할 경우 출자를 통해 별도의 기업을 설립하거나 인수하여 자회사를 보유하는 경우가 많은데 개별기업은 중소기업 규모라 하더라도 대기업의 자회사이거나 계열사들과 합한 규모가 중소기업 규모기준을 초과하는 기업도 중소기업으로 인정하는 것에 대한 불합리성이 꾸준히 제기됨에 따라 이와 같은 기업들을 중소기업에서 배제하여 중소기업 지원 예산의 효율적 분재와 합리적 지원을 위해 1995년 도입되었고, 쟁점규정은 직접적인 소유관계 뿐만 아니라 간접적으로 소유한 경우에도 적용되며, 간접 소유는 모회사가 자회사를 거쳐서 손자회사의 주식을 소유하는 것을 말하고, 2009.11.19. 중소기업기본법 시행령 개정으로 ‘자산총액 OOO이상인 법인이 30% 이상의 주식을 소유한 기업이라 하더라도 그 대기업이 최대주주가 아니면 중소기업으로 인정 하도록 완화하여 중소기업에 대한 투자유치를 원활히 하였다’고 기재되어 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점규정의 최다출자자인지 여부를 판단함에 있어 간접소유를 제외하여야 한다고 주장하나, 쟁점법인을 쟁점해외법인의 실질적인 자회사로 보아 중소기업에서 제외하는 것이 대기업의 자회사를 중소기업에서 배제하려는 입법취지에 부합하는 점, 쟁점규정 전단에서 최다출자자인지 여부를 판단함에 있어 간접소유를 포함하고 있고 쟁점규정 후단에서는 “이 경우”라고 규정하여 전단의 간접소유 관계를 전제하고 있는 것으로 보이는 점 등에 비추어 위와 같은 청구주장을 받아들이기 어렵다 하겠다. 따라서 처분청이 쟁점법인을 중소기업에 해당하지 아니하는 것으로 보아 청구인에게 양도소득세를 과세한 이 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.