「소득세법」상 사업자등록을 하지 않은 장기임대주택이 1세대 1주택 판정시 주택 수에서 제외되는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 2017.7.3 OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 OOO원에 양도한 후 양도소득세를 무신고하였고, 쟁점주택 양도 당시 쟁점주택 외에 3개(대체주택 1주택 포함)의 주택을 소유하고 있었다. 한편, 청구인은 소유주택 중 OOO 2개의 도시형생활주택(이하 “쟁점임대주택”)에 대하여 2014.5.12. 민간임대주택특별법 제5조에 따라 OOO에게 임대사업자 등록은 하였으나, 소득세법 제168조 에 따른 사업자등록은 하지 아니하였다.
• 나. 처분청은 소득세법상 사업자등록이 되어 있지 않은 쟁점임대주택은 1세대 1주택 판정시 주택 수에서 제외되지 아니한다고 보아 쟁점주택의 양도를 과세대상으로 하여 2019.7.1. 청구인에게 2017년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2019.7.29. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 2014.12.23. 소득세법개정으로 주택임대소득이 연간 OOO원 이하인 자에 대하여는 2014∼2018년의 기간 동안 한시적으로 소득세가 비과세되므로 소득세법상 사업자등록의무가 없고, 사업자등록 의무가 없는 경우까지 사업자등록을 특례적용의 요건으로 보는 것은 부당하다. 청구인은 연간 주택임대소득이 OOO원에 불과하여 사업자등록 의무가 없으므로 쟁점임대주택이 사업자등록이 되어 있지 아니하다는 이유로 1세대 1주택 비과세를 적용하지 아니한 처분은 잘못이다.
• 나. 처분청 의견 쟁점임대주택에 대해 소득세법 시행령 제155조 제19항 에 따른 1세대 1주택 비과세 특례규정을 적용받기 위해서는 장기임대주택에 대해 소득세법 제168조 에 따른 사업자등록 및 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자 등록을 하여야 하는 것인바, 청구인은 쟁점주택 양도 당시 쟁점임대주택에 대해 소득세법상 사업자등록을 하지 않아 1세대 1주택 비과세 특례규정을 적용받을 수 없다.

• 가. 쟁점 소득세법상 사업자등록을 하지 않은 장기임대주택이 1세대 1주택 판정시 주택 수에서 제외되는지 여부
• 나. 관련 법령 (1) 소득세법 제104조(양도소득세의 세율) ④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 부동산 보유기간이 2년 미만인 경우에는 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항 제2호 또는 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다.

1. 제104조의2 제2항에 따른 지정지역에 있는 부동산으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 제168조(사업자등록 및 고유번호의 부여) ① 새로 사업을 시작하는 사업자는 사업장 소재지 관할 세무서장에게 등록하여야 한다. 다만, 분리과세 주택임대소득만 있는 사업자의 경우에는 그러하지 아니하다. (2) 소득세법 시행령 제155조(1세대1주택의 특례) ⑳ 제167조의3 제1항 제2호에 따른 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 다음 각 호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 "거주주택"이라 한다)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.(후문 생략)

1. 거주주택: 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록 및 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자의 등록을 한 날 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것

2. 장기임대주택: 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있을 것 제167조의3(1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위) ① 법 제104조 제4항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.

2. 법 제168조에 따른 사업자등록과 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자 등록(이하 이 조에서 "사업자등록등"이라 한다)을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다). 다만, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 "기존사업자기준일"이라 한다) 현재 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자등록을 하였으나 법 제168조에 따른 사업자등록을 하지 아니한 거주자가 2004년 6월 30일까지 동조동항의 규정에 의한 사업자등록을 한 때에는 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자 등록일에 법 제168조에 따른 사업자등록을 한 것으로 본다.

• 가. 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제3호 에 따른 민간매입임대주택을 1호 이상 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 아니하는 주택
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 심리자료에 나타나는 내용은 아래와 같다. (가) OOO장이 2014.5.12. 청구인에게 발행한 “임대사업자등록증”에 따르면 임대시작일을 2014.5.12.로 하여 쟁점임대주택이 매입임대주택으로 등록되어 있다. (나) 처분청의 사업자등록증 등에 따르면, 청구인은 쟁점임대주택의 임대에 대하여 소득세법 제168조 에 따른 사업자등록을 하지 아니하였다가 쟁점주택 양도(2017.7.3.) 후인 2019.6.3. 처분청에 사업자등록한 것으로 나타난다. (다) 2014.10.19. 및 2014.11.30. 체결된 쟁점임대주택에 대한 임대차계약서에 따르면, 임대조건은 각각 보증금 OOO원에 월세 OOO원으로 나타나고, 그 조건대로 계산한 연간 임대소득의 합계액은 OOO원으로 계산된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점임대주택이 소득세법상 사업자등록 되었는지와 무관하게 1세대 1주택 비과세 판정시 주택수에서 제외되어야 한다고 주장하나, 1세대 1주택 비과세 판정시 주택 수에서 제외되는 장기임대주택은 소득세법 제168조 에 의한 사업자등록과 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자 등록을 갖춘 것에 한정된다 할 것(조심 2016광3644, 2016.12.14. 같은 뜻임)인바, 소득세법 제168조 에 따른 사업자등록이 되지 아니한 쟁점임대주택은 1세대 1주택 판정시 주택 수에서 제외되지 아니한다고 봄이 타당하므로, 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.