쟁점토지의 공부상·현황상의 지목이 ‘농지’(전)으로 나타나므로 소득세법제104조의3 제1항 제1호 가목에서 농지의 경우 사업용 토지로 인정받기 위해서는 사업용 토지 기준기간 재촌·자경요건을 충족하여야 하나, 쟁점토지에서 재촌·자경한 사실이 확인되지 아니하므로 재산세 분리과세대상 여부와 관계없이 비사업용 토지임
쟁점토지의 공부상·현황상의 지목이 ‘농지’(전)으로 나타나므로 소득세법제104조의3 제1항 제1호 가목에서 농지의 경우 사업용 토지로 인정받기 위해서는 사업용 토지 기준기간 재촌·자경요건을 충족하여야 하나, 쟁점토지에서 재촌·자경한 사실이 확인되지 아니하므로 재산세 분리과세대상 여부와 관계없이 비사업용 토지임
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
(1) 쟁점토지는 2010.11.24. 도시개발법제17조 및 제19조에 따라 전용목적인 도시개발사업에 따라 도시개발용도(공동주택용지)로 전용사용되었고, 지방세법제106조 제1항 제3호 마목에서 “가목부터 라목까지의 토지와 유사한 토지 중 분리과세하여야 할 타당한 이유가 있는 것으로서 대통령령이 정하는 토지”를 분리과세대상으로 규정하면서, 지방세법 시행령제5항 제24호에서 “도시개발법제11조에 따른 도시개발사업의 시행자가 그 도시개발사업에 제공하는 토지(주택건설용 토지와 산업단지용 토지에 한정한다)”로 규정하고 있는바, 쟁점토지는 위 규정에서 정한 토지에 해당하여 관할 지방자치단체에서 2011년부터 재산세를 분리과세 하고 있었다.
(2) 소득세법제104조의3 제1항 제4호에서 지방세법또는 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지와 지방세법제106조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지는 비사업용 토지에서 제외하도록 규정하고 있는바, 쟁점토지는 동 규정에 따라 비사업용 토지에서 제외되는 토지에 해당한다.
(3) 또한, 쟁점토지는 2004.3.13. 취득하였고, 2008.1.14. 도시개발구역으로 지정되었으며, 이때부터 도시개발법제9조 제5항에 따라 건축물의 건축, 공작물의 설치 및 토지형질변경 등을 할 수 없게 사용이 제한되었고, 2010.11.24. 실시계획인가 되었으며, 도시개발법제19조 제1항에 따라 도시개발사업에 사용하기 위해 농지전용되었고, 관할 OOO시청은 2011년부터 쟁점토지를 대지로 전환하여 지방세법제106조 제1항 제3호의 규정에 따라 분리과세대상 토지로 재산세를 부과하고 있는바, 이때부터 쟁점토지는 사실상, 법률상 농지가 아니라 공동주택용 대지이므로 소득세법제168조의3 제4호에 해당하며, 같은 조 제2항과 같은 법 시행령 제168조의14 제1항 제1호에 의한 ‘토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지로 도시개발법에 의한 실시계획인가일부터 양도일까지 사용이 금지 또는 제한된 기간’이므로 소득세법 시행령제168조의6의 규정에 해당하여 쟁점토지는 비사업용 토지에서 제외되는 토지에 해당한다.
(1) 청구인은 지목이 대지로서 재산세가 분리과세 되었으므로 비사업용 토지에 해당하지 않는다고 주장하나, OOO이 회신한 토지특성조사표상 토지이용상황이 “전”으로, 재산세 과세내역서를 보면 공부상 및 현황상 지목이 “전”으로 각 기재되어 있다. 따라서 쟁점토지의 지목이 “대지”로서 재산세 분리과세 되었으므로 비사업용 토지에 해당하지 않는다는 청구인의 주장은 타당하지 않다.
(2) 청구인은 쟁점토지가 도시개발법에 의한 실시계획인가일부터 양도일까지 ‘법령에 따라 사용이 금지․제한된 토지’에 해당하므로 비사업용 토지에 해당하지 않는다고 주장하나, 청구인은 쟁점토지를 장기보유하면서도 한번도 쟁점토지의 소재지에 거주하거나 스스로 경작한 사실이 없는 점, 최근 판례(OOO행정법원 2017.7.14. 선고 2016구합83785 판결, OOO행정법원 2017.9.26. 선고 2017구단5488 판결)에서 도시개발구역으로 지정·고시된 토지를 소득세법제104조의3 제2항 및 같은 법 시행령 제168조의14 제1항에서 규정한 ‘법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지’로 보기는 어렵다고 판시한 점, 소득세법제104조의3 제2항 및 같은 법 시행령 제168조의14 제1항 제1호의 취지는 당초 토지를 사업용으로 사용하다가 법령의 제한으로 사용이 제한되었다면 그 사업용으로 사용된 토지에 대하여 비사업용 토지에서 제외한다는 의미이지 보유토지가 당초부터 비사업용 토지였다면 법령에 의해 그 사용이 제한되었다 하더라도 비사업용 토지로 보지 않는다는 것은 아니라 할 것(서울행정법원 2017.10.14. 선고 2016구합83785 판결)인 점 등으로 볼 때 쟁점토지는 사용이 금지․제한된 토지로 인한 비사업용 토지에서 제외될 수 없다. 설령 쟁점토지가 법령에 의해 그 사용이 제한된 것으로 본다 하더라도, 도시개발의 시행방법 중 환지방식은 도시개발법제35조에 따라 환지예정지가 지정되고 같은 법 제36조 제1항에 따라 환지예정지 지정공고가 되면 종전의 토지에 대하여 사용하거나 수익할 수 없다고 규정되어 있으므로, 법령에 의해 그 사용이 제한된 시점은 도시개발구역 지정일(2008.1.14.) 또는 실시계획인가일(2010.11.24.)이 아니라 환지예정지 지정일(2014.6.13.)로 보아야 하고 그로부터 양도일(2016.4.29.)까지의 기간(1년 10월 17일)만을 비사업용 토지로 보지 않아야 할 것이다.
(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다. (가) 청구인은 쟁점토지를 2004.3.13. 취득하였고, 2008.1.14. OOO 도시개발사업지구로 지정·고시(OOO 고시 제2008-004호)된 후 2014.6.13. 환지예정지로 지정·고시(OOO 도시개발사업조합 공고 제2014-6호)되었다. (나) 이후 2016.4.29. 청구인은 쟁점토지를 주식회사 OOO에 양도한 후, 이를 사업용 토지로 보아 일반세율 및 장기보유특별공제를 적용하여 양도소득세 신고를 하였으나, 처분청은 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제 적용을 배제하고 중과세율을 적용하여 2016년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다. (다) 쟁점토지가 포함된 OOO 도시개발사업의 진행경과는 다음과 같다. OOO
1. OOO의 2008.1.14.자 OOO 도시개발구역지정 및 개발계획 고시문(OOO 고시 제2008-4호)을 보면, 도시개발구역의 명칭은 OOO 도시개발구역이고, 도시개발구역의 위치는 OOO 일원이며, 그 면적은 743,446㎡이고, 도시개발구역의 지정목적은 주거환경이 열악한 지역에 대하여 계획적이고 체계적인 도시개발사업으로 도시기반시설 확보 및 쾌적한 도시환경을 조성하기 위한 것으로 기재되어 있으며, 도시개발사업의 제안자는 가칭 OOO 도시개발사업조합 대표 박OOO이고, 그 시행방식은 환지방식인 것으로 나타난다.
2. OOO의 2010.11.24. OOO 도시개발사업 실시계 획인가 고시문(OOO 고시 제2010-374호)을 보면, 도시개발법제17 조 규정에 의거 실시계획인가가 이루어졌다는 등의 내용이 나타난다.
3. OOO 도시개발사업조합(이하 “OOO”이라 한다)이 OOO에게 환지계획인가(OOO시 도시개발과-4446호, 2014.5.22.)를 득하여 2014.6.13. 도시개발법제35조 제2항 및 제3항에 따른 환지예정지 지정공고를 하였다. (라) 쟁점토지에 대한 OOO시의 연도별(2005～2014년) 개별공시지가 토지특성조사표 및 재산세 과세내역서 등에 의하면, 쟁점토지의 공부상 지목과 현황지목은 “전”으로 나타나고, 2005년부터 2010년까지는 종합합산과세대상으로, 2011년부터 2014년까지는 분리과세대상으로 보아 재산세가 부과된 것으로 나타난다. OOO OOO (마) 청구인이 제시한 OOO의 OOO 도시개발사업구역 내 경작금지 안내 현수막(가로 5미터, 세로 0.9미터) 게시 관련 자료를 보면, OOO이 2008.9.29. OOO 도시개발사업구역 내 지장물에 대하여 향후 철거가 진행될 예정이오니 경작을 금지한다는 문구를 기재한 현수막 7기를 설치한다고 되어 있다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 도시개발사업 실시계획인가(2010.11.24.)로 인해 쟁점토지의 지목이 전(田)에서 사실상 대지로 전환되어 2011년부터 분리과세대상으로 재산세가 부과되었으므로 비사업용 토지에 해당한다고 주장하나, 쟁점토지의 토지특성조사표 및 재산세 과세내역서상 공부상․현황상의 지목이 ‘농지’(전)으로 나타나는 점, 그렇다면 소득세법제104조의3 제1항 제1호 가목에서 농지의 경우 사업용 토지로 인정받기 위해서는 사업용 토지 기준기간 재촌․자경요건을 충족하여야 하나, 청구인은 쟁점토지에서 사업용 토지 기준기간(양도일 직전 5년 중 3년 이상․3년 중 2년 이상 및 토지소유기간의 60% 이상) 동안 재촌․자경한 사실이 확인되지 아니하므로 재산세 분리과세대상 여부와 관계없이 쟁점토지는 비사업용 토지로 볼 수 있는 점, 쟁점토지가 도시개발사업으로 인하여 관계 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 시기는 2014.6.13. 환지예정지 지정일로 보는 것이 타당하고, 그로부터 청구인이 쟁점토지를 양도하는 날(2016.4.29.)까지는 ‘사업용 기간’으로 의제되나, 동 기간이 비사업용 토지에서 제외되기 위한 기간기준, 즉 사업용 토지 기준기간 요건(양도일 직전 5년 중 3년 이상․3년 중 2년 이상 및 토지소유기간의 60% 이상 사업용으로 사용)을 충족하지 못하는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제 적용을 배제하고 중과세율을 적용하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2019중3093, 2019.12.24., 같은 뜻임).
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령
(1) 소득세법(2016.1.19. 법률 제13796호로 개정되기 전의 것) 제104조의3(비사업용 토지의 범위) ① 제104조 제1항 제8호에서 "비사업용 토지"란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.
1. 농지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것
4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지
② 제1항을 적용할 때 토지 취득 후 법률에 따른 사용 금지나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 그 토지가 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 토지를 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다. (2) 소득세법 시행령(2016.6.21. 대통령령 제27245호로 개정되기 전의 것) 제168조의6(비사업용 토지의 기간기준) 법 제104조의3 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.
1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간
② 법 제104조의3 제1항 제1호 가목 본문에서 "소유자가 농지소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지"란 농지의 소재지와 동일한 시(특별자치시와제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법제10조 제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 조에서 같다), 연접한 시·군·구 또는 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내에 있는 지역에 사실상 거주(이하 "재촌"이라 한다)하는 자가 조세특례제한법 시행령제66조 제13항에 따른 직접 경작(이하 "자경"이라 한다)을 하는 농지를 제외한 농지를 말한다. 이 경우 자경한 기간의 판정에 관하여는 조세특례제한법 시행령제66조 제14항을 준용한다.
③ 법 제104조의3 제1항 제1호 가목 단서에서 "농지법이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농지의 경우를 말한다. 1.농지법제6조 제2항 제2호·제3호·제9호·제10호 가목 또는 다목에 해당하는 농지 2.농지법제6조 제2항 제4호에 따라 상속에 의하여 취득한 농지로서 그 상속개시일부터 3년이 경과하지 아니한 토지 3.농지법제6조 제2항 제5호에 따라 이농당시 소유하고 있던 농지로서 그 이농일부터 3년이 경과하지 아니한 토지 4.농지법제6조 제2항 제7호에 따른 농지전용허가를 받거나 농지전용신고를 한 자가 소유한 농지 또는 같은 법 제6조 제2항 제8호에 따른 농지전용협의를 완료한 농지로서 당해 전용목적으로 사용되는 토지
5. 농지법 제6조 제2항 제10호 라목부터 바목까지에 따라 취득한 농지로서 당해 사업목적으로 사용되는 토지
10. 농지법 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 기획재정부령이 정하는 농지
⑤ 법 제104조의3 제1항 제1호 나목 단서에서 "소유자가 농지소재지에 거주하여 자기가 경작하던 농지"라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농지를 말한다.
1. 법 제104조의3 제1항 제1호 나목 본문의 규정에 따른 도시지역에 편입된 날부터 소급하여 1년 이상 재촌하면서 자경하던 농지
2. 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 농지 제168조의14(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등) ① 법 제104조의3 제2항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간 동안 법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지(이하 "비사업용 토지"라 한다)에 해당하는지 여부를 판정한다.
1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지: 사용이 금지 또는 제한된 기간
(3) 지방세법(2016.1.19. 법률 제13796호로 개정되기 전의 것) 제106조(과세대상의 구분 등) ① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.
3. 분리과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지
24. 도시개발법제11조에 따른 도시개발사업의 시행자가 그 도시개발사업에 제공하는 토지(주택건설용 토지와 산업단지용 토지로 한정한다)와 종전의 토지구획정리사업법(법률 제6252호 토지구획정리사업법 폐지 법률에 의하여 폐지되기 전의 것을 말한다. 이하 이 호에서 같다)에 따른 토지구획정리사업의 시행자가 그 토지구획정리사업에 제공하는 토지(주택건설용 토지와 산업단지용 토지로 한정한다) 및 경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법 제8조의3 에 따른 경제자유구역 또는 해당 단위개발사업지구에 대한 개발사업시행자가 그 경제자유구역개발사업에 제공하는 토지(주택건설용 토지와 산업단지용 토지로 한정한다). 다만, 다음 각 목의 기간 동안만 해당한다.
(5) 도시개발법(2016.1.19. 법률 제13782호로 개정되기 전의 것) 제9조(도시개발구역지정의 고시 등) ⑤ 제7조 제1항에 따라 도시개발구역지정에 관한 주민 등의 의견청취를 위한 공고가 있는 지역 및 도시개발구역에서 건축물의 건축, 공작물의 설치, 토지의 형질 변경, 토석의 채취, 토지 분할, 물건을 쌓아놓는 행위, 죽목의 벌채 및 식재 등 대통령령으로 정하는 행위를 하려는 자는 특별시장ㆍ광역시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장 또는 군수의 허가를 받아야 한다. 허가받은 사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다. 제35조(환지 예정지의 지정) ① 시행자는 도시개발사업의 시행을 위하여 필요하면 도시개발구역의 토지에 대하여 환지 예정지를 지정할 수 있다. 이 경우 종전의 토지에 대한 임차권자등이 있으면 해당 환지 예정지에 대하여 해당 권리의 목적인 토지 또는 그 부분을 아울러 지정하여야 한다. 제36조(환지 예정지 지정의 효과) ① 환지 예정지가 지정되면 종전의 토지의 소유자와 임차권자등은 환지 예정지 지정의 효력발생일부터 환지처분이 공고되는 날까지 환지 예정지나 해당 부분에 대하여 종전과 같은 내용의 권리를 행사할 수 있으며 종전의 토지는 사용하거나 수익할 수 없다.
③ 환지 예정지 지정의 효력이 발생하거나 제2항에 따라 그 토지의 사용 또는 수익을 시작하는 경우에 해당 환지 예정지의 종전의 소유자 또는 임차권자등은 제1항 또는 제2항에서 규정하는 기간에 이를 사용하거나 수익할 수 없으며 제1항에 따른 권리의 행사를 방해할 수 없다. (6) 도시개발법 시행령 제16조(행위허가의 대상 등) ① 법 제9조제5항에 따라 특별시장ㆍ광역시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장 또는 군수의 허가를 받아야 하는 행위는 다음 각 호와 같다.
1. 건축물의 건축 등: 「건축법 제2조 제1항 제2호 에 따른 건축물(가설건축물을 포함한다)의 건축, 대수선(大修繕) 또는 용도 변경
2. 공작물의 설치: 인공을 가하여 제작한 시설물(「건축법 제2조 제1항 제2호 에 따른 건축물은 제외한다)의 설치
3. 토지의 형질변경: 절토ㆍ성토ㆍ정지ㆍ포장 등의 방법으로 토지의 형상을 변경하는 행위, 토지의 굴착 또는 공유수면의 매립
4. 토석의 채취: 흙ㆍ모래ㆍ자갈ㆍ바위 등의 토석을 채취하는 행위. 다만, 토지의 형질 변경을 목적으로 하는 것은 제3호에 따른다.
6. 물건을 쌓아놓는 행위: 옮기기 쉽지 아니한 물건을 1개월 이상 쌓아놓는 행위
7. 죽목(竹木)의 벌채 및 식재(植栽)
② 특별시장ㆍ광역시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장 또는 군수는 법 제9조 제5항에 따라 제1항 각 호의 행위에 대한 허가를 하려는 경우에 법 제11조에 따라 시행자가 이미 지정되어 있으면 미리 그 시행자의 의견을 들어야 한다.
결정내용은 붙임과 같습니다.