법인세법제55조의2 제1항 제3호의 비사업용 토지 양도소득에 대한 과세특례를 한시적으로 배제하도록 규정하고 있는바, ‘취득한 자산’을 일반적인 매매취득만을 한정하지 아니하고, 분할에 의한 취득(소유권이전)을 제외하고 있지도 아니한 점 등에 비추어 분할신설법인이 분할로 인하여 승계받은 자산의 취득시기는 분할등기일로 보는 것이 타당함
법인세법제55조의2 제1항 제3호의 비사업용 토지 양도소득에 대한 과세특례를 한시적으로 배제하도록 규정하고 있는바, ‘취득한 자산’을 일반적인 매매취득만을 한정하지 아니하고, 분할에 의한 취득(소유권이전)을 제외하고 있지도 아니한 점 등에 비추어 분할신설법인이 분할로 인하여 승계받은 자산의 취득시기는 분할등기일로 보는 것이 타당함
OOO이 2019.4.15. 청구법인에게 한 2013사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 법인세법상 과세체계 및 유사한 유권해석에서 ‘물적분할은 자산의 양도로 본다’고 명확하게 규정하고 있고, 분할신설법인의 자산취득일을 분할등기일로 의제하고 있으므로 물적분할을 통해 분할신설법인인 청구법인이 분할법인으로부터 승계한 쟁점토지 취득일 역시 분할등기일(소유권이전등기일)로 보는 것이 타당하다.
(2) 또한, 분할유형, 적격여부 등은 과세특례 방식을 구분하는 기준일 뿐 그 자체가 소유권이전 유무를 특정하여 자산의 취득시기에 영향을 주지 아니하고, 2009.5.21. 개정된 법인세법부칙 제4조에서 ‘취득한 자산’이라고 기재되어 있을 뿐 매매에 의한 취득만이 해당된다거나 적격물적분할에 의한 취득은 제외한다고 규정하고 있지 않다.
(3) 따라서 청구법인이 OOO 물적분할을 통해 쟁점토지를 취득한 것에 대하여, 비록 쟁점토지가 비사업용 토지에 해당한다 하더라도 위 법인세법부칙 제4조에 의해 토지 등 양도소득 과세특례 적용대상에서 제외하여야 하므로 처분청이 청구법인에게 부과한 2013사업연도 토지 등 양도소득에 대한 법인세는 취소되어야 한다. < 예비적 청구 >
(4) 설령 적격물적분할에 의한 자산취득이 2009.5.21. 개정된 법인세법부칙 제4조 적용대상이 아니라 할지라도 ‘적격물적분할로 인하여 발생한 소득’에 대해서는 토지 등 양도소득 과세특례 적용을 배제하도록 규정하고 있으므로, 청구법인이 장부에 계상한 OOO원을 쟁점토지의 취득가액으로 보아 2013사업연도 토지 등 양도소득에 대한 법인세의 과세표준은 OOO원으로 경정되어야 한다.
(1) 물적분할에 대한 과세이연제도는 기업구조조정을 원활히 하는데 목적이 있고, 비사업용 토지에 대한 법인세 추가과세는 우월한 자금능력을 보유한 법인에 대하여 개인과의 과세형평을 추구하고 부동산 시장의 왜곡을 방지하기 위함에 목적이 있는바, 각각의 규정이 다른 입법목적을 가지고 있으므로 법 적용에 있어서도 이에 따른 합목적적인 해석이 이루어져야 한다.
(2) 청구법인은 적격물적분할의 당사자(분할신설법인)로서 과세이연대상이라는 점과 ‘모회사의 사업부가 완전자회사로 분리되었을 뿐, 기업의 실질적인 이해관계에 변동이 없다’는 점을 스스로 인정한다. 그럼에도 형식적인 등기상 명의이전일에 실질적인 양도가 있는 것으로 보아 2009.5.21. 개정된 법인세법부칙 제4조를 적용하여 토지 등 양도소득에 대한 법인세 과세처분이 부당하다는 청구주장은 타당하지 아니하고 실질과세원칙에도 부합하지 않는다. < 예비적 청구 >
(3) 분할법인의 물적분할로 사업부가 분리되어 분할신설법인인 청구법인이 완전자회사로 조직이 개편되었을 뿐 실질적인 이해관계의 변동이 없음에도, 물적분할시 시가로 평가하여 계상된 장부가액을 토지 등 양도소득에서 차감하는 쟁점토지의 취득가액으로 인정하는 것은 기존 법령해석사례와 배치되는 것으로 받아들일 수 없다. 만약 청구법인의 주장을 받아들인다면 물적분할 여부에 따라 부담하는 세액이 달라져 공평과세에 부합하지 않을 뿐만 아니라 물적분할이 본래의 취지와 다르게 조세회피목적으로 악용될 여지가 있으므로 이는 인정되어서는 아니된다.
① [주위적 청구] 적격물적분할로 분할신설법인이 분할법인으로부터 승계한 쟁점토지의 취득시기를 언제로 볼 것인지
② [예비적 청구] 분할신설법인이 적격물적분할로 쟁점토지 승계시 시가로 평가하여 장부에 계상한 금액을 취득가액으로 하여 양도차익을 계산하여야 한다는 청구주장의 당부
(1) 처분청은 청구법인이 2013년 비사업용 토지인 쟁점토지를 양도하였으나 법인세법제55조의2에 따른 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 신고하지 아니한 것으로 보아 청구법인에게 2013사업연도 토지 등 양도소득에 대한 법인세 OOO원을 경정․고지하였는바, 쟁점토지 양도가액OOO에서 최초 분할모법인인 주식회사 OOO이 계상한 쟁점토지 취득시의 장부가액OOO을 차감하여 양도차익을 산정하였다. <표> 쟁점토지의 양도소득금액 산정내역 * 과세표준: OOO원(양도가액) - OOO원(최초 취득가액/주식회사 OOO)
(2) 쟁점토지는 주식회사 OOO(OOO)이 OOO 및 OOO에 최초 취득한 후 OOO (인적)분할하면서 OOO 주식회사로, 다시 OOO 주식회사(주식회사 OOO)가 OOO (물적)분할하면서 분할신설법인인 청구법인으로 소유권이전 되었다가 2013.8.19. OOO에게 거래가액 OOO원에 양도되었으며, 최초 취득 당시의 취득가액은 OOO원, OOO 분할당시 청구법인이 분할법인으로부터 승계받아 장부에 계상한 가액은 OOO원이
(3) 청구법인의 주장 및 제시논거를 구체적으로 살펴보면 다음과 같다. (가) 법인세법과세체계상 분할법인이 물적분할을 통한 승계의 방법으로 분할신설법인에게 자산을 이전한 것은 자산의 양도로 본다는 명확한 규정이 있다. 1) 2009.12.31. 법인세법개정을 통해 분할과 관련한 과세체계를 선진화함으로써 기업구조개편을 통한 경쟁력 제고를 목적으로 2010.7.1. 이후로 최초 분할하는 분부터 분할법인과 분할신설법인에 대해 각각 청산소득과 분할평가차익으로 과세하던 것을 분할법인의 양도손익으로 과세하도록 하였다. 즉, 분할법인은 분할하는 사업부문의 순자산 시가를 분할신설법인으로부터 취득한 주식의 가액을 양도가액으로 하여 그 양도가액과 분할하는 사업부문의 세무상 장부가액과의 차액을 처분손익으로 인식하도록 하고, 분할신설법인에는 분할로 양도받은 자산과 부채의 가액은 분할등기일 현재의 시가로 계상하도록 하여 그 시가가 취득가액이 되며, 분할신설법인이 해당자산을 처분할 때 그 취득가액을 인정하여 이중과세가 방지되도록 규정하고 있다. 따라서 분할은 양도에 해당하며 이때 발생하는 양도차익은 분할법인과 분할신설법인에게 각각 나누어 자신의 양도차익에 대해서만 납세의무를 부담한다. 2) 법인세법제46조의2 제1항은 ‘분할신설법인등이 분할로 분할법인등의 자산을 승계한 경우에는 그 자산을 분할법인등으로부터 분할등기일 현재의 시가로 양도받은 것으로 본다’고 규정하고 있고, 같은 법 제47조 제1항에서 ‘분할법인이 물적분할에 의하여 분할신설법인의 주식등을 취득한 경우로서 제46조 제2항 각 호의 요건(적격분할 요건)을 갖춘 경우 그 주식 등의 가액 중 물적분할로 인하여 발생한 자산의 양도차익에 상당하는 금액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 분할등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입할 수 있다’고 규정하고 있으며, 동 규정에서 인용하고 있는 같은 법 제46조 제1항에서는 ‘내국법인이 분할로 해산하는 경우에는 그 법인의 자산을 분할신설법인에 양도한 것으로 보며, 그 양도에 따라 발생하는 양도손익은 분할법인이 분할등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입한다’고 규정하고 있다.
3. 따라서 법인세법상의 과세체계 및 유사 유권해석에서 물적분할은 자산의 양도로 본다고 명확하게 규정하고 있고, 분할신설법인의 자산취득일을 분할등기일로 의제하고 있으므로 물적분할을 통해 분할신설법인인 청구법인이 분할법인으로부터 승계한 쟁점토지 취득일 역시 분할등기일(소유권이전등기일)로 보는 것이 타당하다. (나) 법인세법 시행령제68조에서 자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 소유권이전등기일 등으로 명시하고 있다. 1) 법인세법 시행령제92의2 제6항에서 ‘토지 등 양도소득의 귀속사업연도, 양도시기 및 취득시기에 관하여 법인세법 시행령제68조를 준용한다’고 규정하고 있고, 제68조 제1항 제3호는 ‘상품 등 외의 자산의 양도는 그 대금을 청산한 날. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용 수익하는 경우에는 그 이전등기일(등록일을 포함한다)․인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날로 한다’고 규정하고 있다.
2. 물적분할은 상법상 분할계획서에 따라 자산을 승계하고 이에 따라 소유권이전등기가 행하여지는 법률행위로서 상품 등외의 자산의 양도에 해당되는바, 법인세법 시행령제68조 제1항 제3호에 따라 쟁점토지의 취득시기는 분할신설법인이 새롭게 취득한 시점인 분할등기일(소유권이전등기일)로 보는 것이 타당하다.
3. 또한, 법인세 집행기준27-49-2 [부동산 용도별 유예기간 및 기산일]에서도 ‘분할신설법인이 분할법인으로부터 승계받은 부동산에 대한 업무무관자산 유예기간 기산일은 그 분할에 의한 소유권 이전등기일로 한다’고 규정하고 있고, OOO 유권해석에 의하면 ‘자산재평가법제5조 규정의 재평가자산 범위를 판정함에 있어 기업분할로 인하여 분할신설법인에게 소유권이 이전되는 토지 등은 분할신설법인의 설립등기일을 그 취득시기로 하여 적용하는 것’이라고 회신OOO한바 있다. (다) 분할유형, 적격여부 등은 과세특례 방식을 구분하는 기준일 뿐, 그 자체가 소유권이전 유무를 특정하는 것은 아니다.
1. 법인세법제55조의2 제1항에서 ‘내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다’고 규정하고 있고, 같은 조 제4항 제3호 및 같은 법 시행령 제92조의2 제4항 제2호는 적격분할, 적격물적분할 등으로 발생하는 토지 등 양도소득에 대하여는 과세특례 규정을 적용하지 아니하도록 규정하고 있는바, 이는 비사업용 토지 등을 양도하는 경우 일반적인 법인세 외에 추가로 법인세를 더 과세한다는 규정으로, 분할의 경우 해당 행위의 발생시점을 자산의 양도로 보아 양도소득을 산정하되, 일정요건을 충족하면 분할유형에 관계없이 그 부담을 면제하여 분할시점에서 과세문제가 발생하지 않도록 하겠다는 것이다. 즉, 물적분할하는 경우 분할신설법인에 승계되는 모든 자산의 양도가 이루어지고 이에 따라 자산의 양도차익이 발생되나 일정요건을 충족한 적격물적분할의 경우는 예외적으로 추가과세하지 않겠다는 것으로, 법인세법제55조의2에서도 명확히 자산의 양도가 이루어졌음을 전제로 하고 있다. 특히 적격물적분할의 경우 일반부동산은 양도로 보아 분할등기일을 취득일로 보는 것이나 비사업용 토지의 경우에만 양도로 보지 않고 당초 분할법인의 취득일을 취득시기로 보아야 한다는 법령 규정은 없다.
2. 또한, 각 사업연도소득에 포함되는 양도소득 계산 시에는 분할을 양도로 보아 계산하면서 거기에 추가하여 과세하는 법인세법제55조의2 규정을 적용할 때만 분할을 양도로 보지 않는다는 것은 논리적으로 모순된다.
3. 따라서 분할유형, 적격여부 등은 과세특례 방식을 구분하는 기준일 뿐 그 자체가 소유권이전 유무를 특정하여 자산의 취득시기에 영향을 주지 아니하므로, 적격물적분할의 경우 비사업용 토지에 대해서는 당초 분할법인의 취득일을 취득시기로 보아야 한다는 처분청의 주장은 지나친 확대해석이다. (라) 2009.5.21. 개정된 법인세법부칙 제4조에 적격물적분할로 취득한 자산은 제외한다는 규정이 없다.
1. 2009.5.21. 개정된 법인세법부칙 제4조에서 ‘2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지 취득한 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제55조의2 제1항 제2호 및 제3호를 적용하지 아니한다’고 규정하고 있다.
2. 법인세법에서 취득의 정의를 별도로 규정하고 있지 않다면 다른 법에서 사용하는 것과 동일하게 해석하는 것이 타당한바, 지방세법제6조에서 취득이란 ‘매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수(改修), 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성 등과 그 밖에 이와 유사한 취득으로서 원시취득, 승계취득 또는 유상ㆍ무상의 모든 취득을 말한다’고 규정하고 있으므로 법인세법상 취득의 개념 또한 매매에 의한 취득뿐만 아니라 합병․분할에 의한 취득 등 모든 유․무상의 취득을 말한다고 해석함이 타당하다.
3. 2009.5.21. 개정된 법인세법부칙 제4조에서 ‘취득한 자산’이라고 표현되어 있을 뿐 매매취득만 해당된다거나 적격물적분할에 의한 취득은 제외한다고 규정하고 있지 않으므로, 매매에 의한 취득이든 구조조정에 의한 취득이든 동일한 것으로 해석함이 타당하다. 따라서 청구법인이 2011.1.4. 물적분할을 통해 쟁점토지를 취득한 것이 확인된다면 쟁점토지가 비사업용 토지에 해당된다 하더라도 동 부칙에 따라 토지 등 양도소득 과세특례 적용대상에서 제외하여야 한다. (마) (예비적 청구) 처분청 주장과 같이 쟁점토지를 법인세법부칙 제4조의 적용대상이 아니라고 한다면, 양도차익을 계산함에 있어 분할신설법인이 물적분할 당시 시가로 평가하여 장부에 계상한 금액을 취득가액으로 적용하는 것이 타당하다.
1. 법인세법제55조의2 제4항 제3호 및 같은 법 시행령 제92조의2 제4항 제2호에 의하면 ‘적격물적분할로 인하여 발생한 소득’에 대해서는 토지 등 양도소득 과세특례 적용을 배제하도록 규정하고 있고, 별도의 과세이연․이월과세 여부 등 사후관리규정 및 분할법인과 분할신설법인의 과세표준 계산방법 등을 규정하고 있지 않다.
2. 더구나 법인세의 경우 ‘적격물적분할로 인하여 발생한 소득’에 대해서는 과세이연이 될 뿐 분할법인이 납세의무자로서 부담을 하는 것이나, 과세특례규정에 의한 추가과세에 대해서는 분할신설법인이 납세의무자로서 부담해야 한다는 처분청의 주장은 법인세 과세체계상 모순된다. 따라서 ‘적격물적분할로 인하여 발생한 소득’에 대해서는 법인세와 추가과세 모두 분할법인이 납세의무자로서 세부담해야 하는 것이나 회사분할을 통한 기업구조조정을 지원하기 위해 법인세는 과 세이연, 추가과세는 비과세라는 세제혜택을 준 것에 불과하므로 동일한 양도소득에 대해 법인세는 분할법인이 부담하되, 추과과세에 대해서만 분할신설법인이 부담해야 한다는 처분청 주장은 타당하지 않다.
3. 법인세법제55조의2 제6항에서 ‘토지 등 양도소득은 토지등의 양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 뺀 금액으로 한다’고 규정하고 있고, 분할신설법인인 청구법인은 물적분할로 인해 쟁점토지를 분할법인으로부터 분할당시 시가로 승계 받아 시가로 평가한 금액을 취득가액(장부가액)으로 계상하였다. 따라서 적격물적분할의 경우 토지 등의 양도소득을 계산함에 있어 양도 당시의 장부가액은 분할법인의 최초 취득가액으로 한다는 규정이 없다면, 쟁점토지의 양도자인 청구법인이 장부상 계상하고 있는 취득가액 OOO원을 장부가액으로 보는 것이 타당하므로, 2013사업연도 토지 등 양도소득에 대한 법인세의 과세표준은 OOO원으로 경정되어야 한다.
(4) 처분청의 의견 및 제시논거를 구체적으로 보면 다음과 같다. (가) 분할로 취득하게 된 비사업용 토지 양도소득에 대한 과세특례를 적용할 때 토지의 취득시기는 분할 전 분할법인이 해당 토지를 취득한 시점으로 보는 것이 타당하다.
1. OOO 질의회신OOO 및 OOO 예규OOO에서 적격물적 분할법인이 최초로 토지를 취득한 때가 비사업용 토지의 취득시기임을 분명히 하고 있고, 유사한 과세요건 검토시 일관성 있는 입장을 취하고 있다. 비사업용 5년 이상 임대주택여부 판정시 인적분할로 임대주택을 분할신설법인이 승계하여 주택임대사업을 계속 영위하는 경우 분할법인의 임대기간을 포함하여 계산하며OOO, 물적분할로 신설된 법인이 분할 전 사용인에게 제공되던 사택을 승계하여 주주 등이나 출연자가 아닌 임원 및 사용인에게 제공하는 경우 법인세법 시행령제92조의2 제2항 제2호에서 규정하는 사택제공기간은 분할 전의 사택제공기간을 포함하여 계산하도록 하고 있다OOO.
2. 이외 분할시 발생하는 과세요건에 대한 여러 해석사례에서 일관되게 분할되기 전에 분할법인이 자산을 취득하고 보유하고 있던 사실을 감안하여 과세요건을 판단하고 있는 점에 비추어 보더라도 등기상 명의이전일을 취득시기로 보아야 한다는 청구법인의 주장은 법적 안정성을 저해하는 법령 해석으로 인정할 수 없다. (나) 최초 분할모법인이 1990년 전후로 비사업용 토지를 취득한 후 청구법인이 2013년 제3자에게 토지를 양도할 때까지 회사분할에 의해 등기상 명의가 완전자회사로 변경되었을 뿐 실질적인 이해관계의 변동이 없었다는 점을 감안하면 비사업용 토지 양도소득을 산정할 때 양도가액에서 차감할 취득가액은 당초 분할법인의 취득가액으로 하는 것이 타당하다.
1. OOO은 계열사업부 분리시 물적분할의 방식을 채택하였는바, 물적분할이란 분할법인이 사업부를 분리하여 별도 법인을 만들면서 그 대가로 분할신설법인의 주식을 100% 인수하는 조직변경을 말하는데 그 결과 존속회사가 신설회사를 100% 자회사로 거느리게 되는 방식을 취하며 분할주체가 분할신설회사의 주식을 100% 소유하여 주주들은 종전과 다름없는 지분가치를 누릴 수 있다.
2. 최근 대법원 판례OOO에서도 물적분할로 인한 양도차익의 과세이연은 ‘조직형태의 변화가 있었으나 지분관계를 비롯하여 기업의 실질적인 이해관계에 변동이 없을 때 적용되는 규정’이라고 판시하고 있다.
3. 청구법인도 적격물적분할로 설립되어 과세이연의 세제혜택을 받았음을 강조하고 있는바, 제3자에게 매매로 양도되어 자산의 사용․지배권 등 실질적인 이해관계가 양수인에게 완전히 이전되는 취득과 지분관계 등 실질적인 이해관계의 변동이 발생하지 않은 청구법인의 취득이 동일하게 취급될 수 없다. 따라서 청구법인의 주장과 같이 법인세법 시행령제68조에서 규정하는 일반적인 자산의 취득시기를 문자 그대로 적용하여 등기상 명의이전시기를 비사업용 토지의 취득시기로 보아야 한다는 청구법인의 주장은 실질을 무시한 자의적인 해석이다. (다) 쟁점토지 양도소득은 법인세법제55조의2 제4항 제3호 및 같은 법 시행령 제92조의2에 따른 과세특례 적용배제 대상이 아니다.
1. 쟁점토지는 물적분할로 양도된 토지가 아니라 청구법인이 비사업용 토지로 보유하다가 제3자에게 양도한 것이다. 분할하는 회사가 보유하던 비사업용 토지를 조직변경으로 인해 부득이 분할신설법인에게 양도하는 경우 납세자로서는 비사업용 토지를 사업용으로 전용할 여지나 사업용 자산이 되기 위한 요건을 충족할 기회 없이 법인세를 추가 부담하게 되는바, 이러한 불합리를 보완하기 위해 법인세법제55조의2 제4항 제3호 및 같은 법 시행령 제92조의2에서 이와 같은 경우에 토지 양도소득에 대한 과세특례를 적용하지 않도록 하고 있는데, 이는 구조조정 전의 법적 상황이 그대로 구조조정 으로 신설되는 법인에게 승계된다는 것을 전제하여 구조조정 전․후의 상황에서 특정거래에 대하여 세부담이 달라지지 않게 하기 위함이다.
2. 청구법인의 경우, 조직변경으로 쟁점토지를 분할신설법인에게 양도한 경우가 아니라 비사업용 토지를 보유하다가 제3자에게 양도하여 소득이 발생한 경우에 해당되므로 법인세법제55조의2에 따라 토지 등 양도소득에 대한 법인세의 신고․납부의무가 있다.
3. 물적분할시 자산 양도차익에 대한 법인세 과세이연제도와 토지 등 양도소득에 대한 과세특례 규정의 입법취지가 다름에도, 동일한 잣대로 두 법 조항을 비교․해석한다면 비사업용 토지 양도소득에 대한 과세특례규정을 두고 있는 입법취지가 훼손되는 결과가 초래된다. 물적분할시 법인세 과세이연제도의 취지에 대하여, 대법원은 “물적분할에 대한 과세이연규정은 1998.12.28. 법인세법전부개정으로 합병․분할 등 기업조직재편세제를 도입할 때 마련된 것으로서, 회사가 기존 사업의 일부를 별도의 완전자회사로 분리하는 조직형태의 변화가 있었으나 지분관계를 비롯하여 기업의 실질적인 이해관계에 변동이 없는 때에는 이를 과세의 계기로 삼지 않음으로써 회사분할을 통한 기업구조조정을 지원하기 위함”이라고 판시하였다OOO. (라) 비사업용 토지 등에 대한 법인세 추가과세 제도취지에 대하여,
1. 비영리내국법인이 장기 보유하고 있는 비사업용 토지의 경우에 양도소득에 대한 과세특례규정을 1년간 유예하여 2007.1.1.부터 시행하도록 하고 있는데, 개인의 경우에는 2009.12.31.까지 배제하도록 하고 있어 조세평등주의에 위반되는지 여부가 문제된 사안에서, 헌법재판소는 “토지 등 양도소득에 대한 법인세 부과대상인 비사업용 토지는 비영리내국법인의 목적사업과는 직접적인 관련이 없는 것으로서 목적사업에 불요불급한 이러한 토지에 대한 투기를 방지할 필요가 절실하고, 조세감면 조치 등은 입법 당시 국가의 경제사정이나 부동산 정책 및 기업정책 등 여러가지 경제상황을 고려하여 합목적적으로 결 정하여야 할 입법 정책적 문제”라고 판시하였다OOO.
2. 법인에 대하여 토지 등 양도소득 산정시 해당 토지의 양도를 위하여 직접 지출한 판매수수료 등을 공제하도록 하는 규정을 두고 있지 않는 것이 재산권을 침해하는 것이고 개인과 법인을 차별하는 것이며 사실상 비용 상당액을 소득으로 보고 법인세를 부당하게 과세하는 것인지 여부가 문제가 된 사안에서, OOO는 토지 등 양도소득에 대한 과세특례규정의 연혁을 설시하면서 이 사건 조항이 조세평등주의 조세실질주의, 재산권 등을 침해하지 않는다고 판단하였다OOO.
(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 법인세법제47조 제1항은 분할법인이 적격물적분할에 의하여 분할신설법인의 주식을 취득한 경우 물적분할로 인한 자산의 이전도 양도차익이 실현되는 자산의 양도에 해당함을 전제로 ‘물적분할로 인하여 발생한 자산의 양도차익’을 손금에 산입할 수 있도록 하는 과세이연에 관한 특례규정을 두고 있는 점, 소득세법제88조에서 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환과 마찬가지로 법인에 대한 현물출자로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것 역시 ‘양도’에 해당하는 것으로 규정하고 있는 점, 법인세법제55조의2 제4항 제3호 및 같은 법 시행령 제92조의2 제4항 제2호에서 분할법인의 ‘적격물적분할로 인하여 발생한 소득’에 대해서는 토지 등 양도소득에 대한 과세특례 적용을 배제하도록 규정하고 있을 뿐, 적격물적분할로 인하여 발생하는 양도차익에 대하여 과세이연․이월과세 여부나 분할법인과 분할신설법인의 과세표준 계산방법 등을 별도로 규정하고 있지 않으므로, 구체적인 법령의 근거 없이 분할신설법인이 적격물적분할로 승계한 비사업용 토지에 대하여 분할법 인의 적격물적분할에 따른 양도차익까지 분할신설법인에게 추가과세하는 것은 불합리한 점, 한편, 2009.5.21. 개정된법인세법부칙 제4조에서 2009.3.16.부터 2012.12.31.까지 ‘취득한 자산’의 양도소득에 대해서는 법인세법제55조의2 제1항 제3호의 비사업용 토지 양도소득에 대한 과세특례를 한시적으로 배제하도록 규정하고 있는바, 여기서 ‘취득한 자산’을 매매로 인한 취득에 한정하지 아니하고, 이 건과 같이 분할에 의한 취득을 제외하고 있지도 아니한 점 등에 비추어 분할신설법인이 분할로 인하여 승계받은 자산의 취득시기는 분할등기일로 보는 것이 타당하다 하겠다. 그렇다면 청구법인이 쟁점토지를 취득한 시기는 분할등기일인 OOO이므로, 쟁점토지 양도에 대하여 위 법인세법부칙 제4조에 따라 법인세법제55조의2 규정의 적용을 배제하여야 한다 할 것이다. 따라서 처분청이 청구법인의 쟁점토지 양도에 대하여 법인세법제55조의2에 따라 토지 등 양도소득에 대한 과세특례를 적용하여 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
(6) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 쟁점①이 받아들여졌으므로 심리할 실익이 없어서 생략한다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령
(1) 법인세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것) 제55조의2(토지등 양도소득에 대한 과세특례) ① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.
3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 30(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액
② 제1항 제3호에서 "비사업용 토지"란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.
1. 논밭 및 과수원(이하 이 조에서 "농지"라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것
④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지등 양도소득에 대하여는 제1항을 적용하지 아니한다. 다만, 미등기 토지등에 대한 토지등 양도소득에 대하여는 그러하지 아니하다.
1. 파산선고에 의한 토지등의 처분으로 인하여 발생하는 소득
2. 법인이 직접 경작하던 농지로서 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분할ㆍ통합으로 인하여 발생하는 소득
3. 도시 및 주거환경정비법이나 그 밖의 법률에 따른 환지(換地) 처분 등 대통령령으로 정하는 사유로 발생하는 소득
⑥ 토지등 양도소득은 토지등의 양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 뺀 금액으로 한다. 제46조(분할 시 분할법인등에 대한 과세) ① 내국법인이 분할로 해산하는 경우[물적분할(物的分割)은 제외한다. 이하 이 조 및 제46조의2부터 제46조의4까지에서 같다]에는 그 법인의 자산을 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방 법인(이하 "분할신설법인등"이라 한다)에 양도한 것으로 본다. 이 경우 그 양도에 따라 발생하는 양도손익(제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 금액을 말한다. 이하 이 조 및 제46조의3에서 같다)은 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방 법인(이하 "분할법인등"이라 한다)이 분할등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입한다.
1. 분할법인등이 분할신설법인등으로부터 받은 양도가액
2. 분할법인등의 분할등기일 현재의 순자산 장부가액 제46조의2(비적격 분할 시 분할신설법인등에 대한 과세) ① 분할신설법인등이 분할로 분할법인등의 자산을 승계한 경우에는 그 자산을 분할법인등으로부터 분할등기일 현재의 시가로 양도받은 것으로 본다. 이 경우 분할법인등의 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산ㆍ부채 등은 대통령령으로 정하는 것만 분할신설법인등이 승계할 수 있다. 제46조의3(적격 분할 시 분할신설법인등에 대한 과세특례) ① 제46조제2항에 따라 양도손익이 없는 것으로 한 경우 분할신설법인등은 제46조의2에도 불구하고 분할법인등의 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 한다. 이 경우 장부가액과 제46조의2 제1항에 따른 시가와의 차액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 자산별로 계상하여야 한다.
② 분할신설법인등은 제1항에 따라 분할법인등의 자산을 장부가액으로 양도받은 경우 분할법인등의 분할등기일 현재의 제13조 제1호의 결손금과 분할법인등이 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산ㆍ부채 및 제59조에 따른 감면ㆍ세액공제 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 승계한다.
③ 제1항에 따라 분할법인등의 자산을 장부가액으로 양도받은 분할신설법인등은 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 양도받은 자산의 장부가액과 제46조의2제1항에 따른 시가와의 차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다. 이하 제4항에서 같다), 승계받은 결손금 중 공제한 금액 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입하고, 제2항에 따라 분할법인등으로부터 승계받아 공제한 감면ㆍ세액공제액 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 사업연도의 법인세에 더하여 납부한 후 해당 사업연도부터 감면ㆍ세액공제를 적용하지 아니한다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 분할신설법인등이 분할법인등으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우
2. 대통령령으로 정하는 분할법인등의 주주가 분할신설법인등으로부터 받은 주식을 처분하는 경우
④ 분할신설법인등은 제3항에 따라 양도받은 자산의 장부가액과 제46조의2 제1항에 따른 시가와의 차액 등을 익금에 산입한 경우에는 분할신설법인등이 분할법인등에 지급한 양도가액과 분할법인등의 분할등기일 현재의 순자산시가와의 차액을 제3항 각 호의 사유가 발생한 날부터 분할등기일 이후 5년이 되는 날까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금 또는 손금에 산입한다. 제47조(물적분할 시 분할법인에 대한 과세특례) ① 분할법인이 물적분할에 의하여 분할신설법인의 주식등을 취득한 경우로서 제46조 제2항 각 호의 요건(같은 항 제2호의 경우 전액이 주식등이어야 한다)을 갖춘 경우 그 주식등의 가액 중 물적분할로 인하여 발생한 자산의 양도차익에 상당하는 금액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 분할등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제46조 제2항 제2호 또는 제3호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 자산의 양도차익에 상당하는 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 손금에 산입할 수 있다.
② 분할법인이 제1항에 따라 손금에 산입한 양도차익에 상당하는 금액은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 사업연도에 해당 주식등과 자산의 처분비율을 고려하여 대통령령으로 정하는 금액만큼 익금에 산입한다. 다만, 분할신설법인이 적격합병되거나 적격분할하는 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 분할법인이 분할신설법인으로부터 받은 주식등을 처분하는 경우
2. 분할신설법인이 분할법인으로부터 승계받은 대통령령으로 정하는 자산을 처분하는 경우. 이 경우 분할신설법인은 그 자산의 처분 사실을 처분일부터 1개월 이내에 분할법인에 알려야 한다.
③ 제1항에 따라 양도차익 상당액을 손금에 산입한 분할법인은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 제1항에 따라 손금에 산입한 금액 중 제2항에 따라 익금에 산입하고 남은 금액을 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 분할신설법인이 분할법인으로부터 승계받은 사업을 분할등기일부터 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간 이내에 폐지하는 경우
2. 분할법인이 분할신설법인으로부터 받은 주식등의 100분의 50 이상을 처분하는 경우
④ 분할법인은 제1항에 따라 양도차익에 상당하는 금액을 손금에 산입한 경우 분할법인이 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산ㆍ부채 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 분할신설법인에 승계한다. (2) 법인세법 부칙<법률 제9673호, 2009.5.21.> 제4조(토지등 양도소득에 대한 과세특례에 관한 특례) 2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지 취득한 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제55조의2 제1항 제2호 및 제3호를 적용하지 아니한다. (3) 법인세법 시행령(2014.2.21. 대통령령 제25194호로 개정되기 전의 것) 제92조의2(토지등 양도소득에 대한 과세특례) ④ 법 제55조의2 제4항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 사유로 발생하는 소득"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득을 말한다.
1. 도시개발법 그 밖의 법률에 의한 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 체비지로 충당됨으로써 발생하는 소득. 이 경우 환지처분 및 체비지는 소득세법 시행령 제152조 의 규정에 의한 것으로 한다.
2. 적격분할·적격물적분할·적격현물출자·조직변경 및 교환(법 제50조의 요건을 갖춘 것에 한한다)으로 인하여 발생하는 소득
⑥ 제68조의 규정은 법 제55조의2 제1항의 규정에 의한 토지등 양도소득의 귀속사업연도, 양도시기 및 취득시기에 관하여 이를 준용한다. 다만, 제68조 제3항의 규정에 의한 장기할부조건에 의한 토지등의 양도의 경우에는 동조 제2항의 규정에 불구하고 동조 제1항 제3호의 규정에 의한다. 제68조(자산의 판매손익 등의 귀속사업연도) ① 법 제40조 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호의 날이 속하는 사업연도로 한다.
3. 상품 등외의 자산의 양도：그 대금을 청산한 날[한국은행법에 따른 한국은행이 취득하여 보유 중인 외화증권 등 외화표시자산을 양도하고 외화로 받은 대금(이하 이 호에서 "외화대금"이라 한다)으로서 원화로 전환하지 아니한 그 취득원금에 상당하는 금액의 환율변동분은 한국은행이 정하는 방식에 따라 해당 외화대금을 매각하여 원화로 전환한 날]. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일(등록일을 포함한다)·인도일 또는 사용수익일중 빠른 날로 한다. (4) 소득세법 제88조(정의) 이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. "양도"란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등을 통하여 그 자산을 유상(有償)으로 사실상 이전하는 것을 말한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 부담부증여(負擔附贈與)의 채무액에 해당하는 부분은 양도로 보며, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 양도로 보지 아니한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.