청구인들이 정당하게 납부한 세액에 대하여 별다른 사유 없이 경정청구대로 환급결정하였다가 당초의 자진 신고·납부세액으로 다시 경정·고지하면서 청구인들이 당초 기한 내에 과소하게 신고·납부하였음을 이유로 납부불성실가산세를 부과하였는데, 청구인들에게는 해당 미납행위에 대한 귀책사유를 지우기 어려운 정당한 사유가 있다고 봄이 타당하다
청구인들이 정당하게 납부한 세액에 대하여 별다른 사유 없이 경정청구대로 환급결정하였다가 당초의 자진 신고·납부세액으로 다시 경정·고지하면서 청구인들이 당초 기한 내에 과소하게 신고·납부하였음을 이유로 납부불성실가산세를 부과하였는데, 청구인들에게는 해당 미납행위에 대한 귀책사유를 지우기 어려운 정당한 사유가 있다고 봄이 타당하다
OOO세무서장이 2019.4.29. 청구인들에게 한 2013년 귀속 양도소득세 합계 OOO의 부과처분은 납부불성실가산세를 부과하지 않는 것으로 하여 그 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.
(1) 쟁점주식은 주식 양도일 현재 중소기업의 주식이므로 10%의 세율이 적용되어야 한다. (가) 처분청은 중소기업기본법 시행령제3조 제1항 제2호 나목에 근거하여 쟁점법인을 중소기업이 아니라고 보았으나, 해당 의견은 다음과 같은 이유로 부당하다. 중소기업기본법 시행령제3조의3은 중소기업 여부의 판단 시점에 대하여 그 기업의 직전 사업연도의 상시근로자수등을 기준으로 하되 중소기업 여부의 적용기간은 직전 사업연도 말일에서 3개월이 경과한 날부터 1년간으로 하고(제1항), 중소기업 여부의 판단에 관한 세부 사항은 중소기업청장 고시인 “중소기업 범위 관련 운영요령”(이하 “쟁점고시”라 한다)에서 따로 정하도록 규정하고 있다(제2항). 시행령의 위임을 받은 쟁점고시 제3조 제1항 제1호는 직전 사업연도의 사업기간이 12개월 이상인 기업의 경우 직전 사업연도의 상시근로자수등이 영 제3조의 기준을 모두 갖춘 경우에는 직전 사업연도 말일에서 3개월이 경과한 날부터 1년간을 중소기업 적용기간으로 규정하고 있다. 그러나 쟁점고시 제3조 제2항 제2호는 “제1항에도 불구하고 상호출자제한기업집단에 속하는 경우 또는 자산총액이 OOO 이상인 기업이 100분의 30 이상을 직·간접적으로 소유한 최다출자자인 경우 해당 기업은 ‘해당 사유가 발생한 날부터’ 중소기업에 해당하지 아니한다.”라고 규정하여 직전 사업연도 기준이 아니라 해당 사유가 발생한 날을 기준으로 중소기업 여부를 판단하도록 하여 사유발생일 즉시 중소기업의 혜택에서 배제하도록 규정하고 있다. 그런데 이와는 반대의 경우로 어떤 기업이 당해 사업연도에 해당 사유가 해소되는 경우 해당 사유발생일에 이를 중소기업으로 볼 수 있는지와 관련하여, 독립성 기준을 만족하지 못하게 된 중소기업들의 혜택을 배제하고자 하는 쟁점고시의 취지를 고려하면 반대로 새롭게 독립성 기준을 충족하게 된 기업들에 대해서는 해당 사유가 발생한 날부터 중소기업에 해당한다고 해석하는 것이 타당하다. 예컨대 일방 기업이 직전 사업연도 기준으로는 독립성 기준을 충족하지 못하여 중소기업에 해당하지 않았지만 다음 연도에 (i) 상호출자제한기업집단에서 탈퇴하거나 (ii) 최다출자자가 자산총액 OOO 미만의 자 또는 30% 미만의 주식을 소유한 자로 변경되는 경우로서 출자관계를 해소하게 되는 경우에는 대기업집단이나 대기업에 준하는 집단이 자신이 사실상 지배하는 해당 기업을 통해 이익을 얻을 가능성이 사라지므로, 다시 독립성 요건을 충족한 위 기업에게 중소기업의 혜택을 부여하지 않을 이유가 없기 때문이다. 이러한 논리는 중소기업청이 발간한 중소기업 범위해설에서도 명시적으로 여러 차례 확인되는바, 위 해설은 상호출자제한기업집단에 지정되었던 기업이 사업연도 도중에 지정해제되는 경우로서 다른 업종별 기준이나 독립성 기준을 충족하는 경우에는 상호출자제한기업집단에서 지정해제가 된 날부터 중소기업에 편입된다고 밝히고 있다. 따라서 쟁점고시 제3조 제2항 제2호가 가목과 나목을 함께 규정하고 있는 점에서 상호출자제한기업집단에서 지정해제된 경우뿐만 아니라 최다출자자 요건을 해소하게 되는 경우에도 마찬가지로 해석되어야 한다. (나) 위 (가)의 해석례를 토대로 이 건을 살펴보면, 직전 사업연도 기준 자산총액이 OOO 이상이자 쟁점법인의 44.44%의 지분을 보유했던 최다출자자는 OOO이었는데, OOO의 100% 자회사인 OOO이 보유주식 8,000주 중 6,000주를 양도함으로써 2013.9.27. 쟁점법인의 최다출자자가 OOO로 변경되었다. 따라서 쟁점법인의 경우 직전 사업연도 기준으로는 OOO가 최다출자자이므로 독립성 기준을 만족하지 못하나, OOO의 자회사 OOO이 주식을 양도함으로써 최다출자자가 OOO로 변경된 2013.9.27.부터는 독립성 기준을 충족하여 중소기업에 해당하였음이 명백하다. 결국 청구인들은 쟁점법인이 중소기업이 된 이후인 2013.9.30. 및 2013.12.3. 쟁점주식을 양도하였고, 이는 “주식 양도일 현재” 기준으로 중소기업의 주식을 양도한 것임이 명백함에도 처분청에서 쟁점주식 양도에 대하여 양도세율 20%를 적용하여 청구인들에게 이 건 양도소득세를 부과한 것은 위법하다.
(2) 설령 쟁점주식이 중소기업 주식에 해당하지 않는다 하더라도 청구인들에게는 가산세를 면제받을 수 있는 정당한 사유가 존재한다. (가)국세기본법제48조 제1항은 세법상 의무불이행의 귀책사유가 납세자에게 없는 경우에는 가산세를 부과할 수 없도록 규정하고 있고, 대법원도 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 ① 세법해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 ② 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없다”고 판시하고 있다(대법원 2002.8.23. 선고 2002두66 판결 등 참조). 또한 조세심판원도 ① 납세의무자가 일부 용역을 면세대상으로 보아 경정청구에 대해 처분청이 이를 인정하고 달리 과세처분을 아니하였다가 그 이후 5년이 경과한 시점에 이르러서야 다시 부가가치세 부과처분을 한 사안에서 가산세 면제의 정당한 사유가 있다고 보아 가산세 부과처분을 취소한 바 있고(조심 2014서937, 2014.5.19.), ② 납세의무자가 임시투자세액공제 사유를 근거로 경정청구를 하고 처분청이 이를 인용한 뒤 다시 법인세 부과처분을 한 사안에서, 청구법인에게 미납행위에 대한 귀책사유를 인정하기 어렵다고 판단하여 가산세 부과처분을 취소한 사례가 존재한다(조심 2011서2460, 2012.4.20.). (나) 이 건의 경우를 살펴보면, 청구인들은 성실하게 양도소득세를 신고·납부하였으므로 어떠한 세법상 의무불이행이 있었다고 볼 수 없고 쟁점주식의 양도소득세액과 관련하여 경정청구 절차 및 처분청의 공적인 견해표명을 신뢰하고 관련 세액을 환급받았던 것인바, 청구인들에게 세금 미납행위에 대한 귀책사유가 있다고 보기 어렵다. 또한 처분청은 청구인들의 경정청구를 인용한 뒤 아무런 언급이 없다가 세액 환급시점으로부터 약 5년 가까이 지난 지금에 와서야(국세부과제척기간이 임박한 것으로 추측된다) 청구인들에게 납부불성실가산세를 부과한 것은 과세관청의 잘못을 납세자에게 떠넘기는 것으로서 법리적으로나 상식적으로 매우 납득하기 힘들다. 만약 이 건과 같은 사안에서 청구인들이 가산세를 부담해야 하는 것으로 해석된다면 납세자들은 자신의 경정청구가 제대로 된 것인지 과세관청이 경정청구를 인용하더라도 추후 가산세를 부과받을 가능성은 정말 없는 것인지 등에 대하여 끊임없이 살펴보아야 하는바, 위와 같은 해석이 부당한 것임은 많은 설명을 필요로 하지 않는다. 또한 위와 같은 해석은 납세자에게 세무공무원 이상의 세법적 판단을 강요함으로써 납세자들의 경정청구 시도 자체를 억제하는 결과를 초래한다는 점에서도 역시 부당하다. 결국 청구인들에게는 세법상 의무불이행을 탓할 수 없는 정당한 사유가 존재하므로 이 건 처분 중 납부불성실가산세 부과처분은 취소되어야 한다.
(1) 청구인들은 쟁점주식이 2013.9.30., 2013.12.3. 양도되기 이전인 2013.9.27. OOO의 지분율 감소로 독립성 기준이 충족되어 중소기업에 해당되므로 당초 경정청구 환급이 정당하다고 주장하나, 중소기업 적용 기준은 양도 당시 시점이 아닌 직전 사업연도말(2012. 12.31.)인바, 그 시점에서 쟁점법인은 중소기업기본법 시행령제3조 제1항 제2호 나목의 독립성 기준을 충족하지 못하여 중소기업에 해당하지 아니한다. 따라서 처분청에서 쟁점주식을소득세법104조 제1항 제11호 나목상의 중소기업 주식에 해당하지 아니한다고 보아 그 양도에 대하여 20%의 양도세율을 적용한 이 건 부과처분은 정당하다.
(2) 청구인들은 가산세 감면의 정당한 사유를 인정하여 납부불성실가산세를 취소하여 달라고 주장하나, 경정청구하여 환급한 사실이 있다고 하더라도 청구인의 납세의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 않는다는 것은 이미 조세심판원의 심판결정례를 통해 확인되고 또한 납부불성실가산세는 과소납부세액에 대한 지연이자적 성격이 있으므로 이 건 납부불성실가산세를 부과한 처분은 정당하다(조심 2013서4213, 2013.12.4., 조심 2008서4124, 2009.2.10. 참조).
① 쟁점법인을소득세법제104조 제1항 제11호 나목 및 같은 법 시행령 제167조의8에서 규정하는 중소기업이 아닌 것으로 보아 쟁점주식의 양도에 대하여 중소기업 주식 양도세율(10%)의 적용을 배제하여 과세한 처분의 당부
② 납부불성실가산세 감면의 정당한 사유가 있는지 여부
(1) 소득세법104조【양도소득세의 세율】(2013.8.13. 법률 제12030호로 개정된 것)
① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상의 세율에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.
11. 제94조 제1항 제3호에 따른 자산
① 중소기업을 육성하기 위한 시책(이하 “중소기업시책”이라 한다)의 대상이 되는 중소기업자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업(이하 “중소기업”이라 한다)을 영위하는 자로 한다.
1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖추고 영리를 목적으로 사업을 하는 기업
① 중소기업기본법(이하 “법”이라 한다) 제2조 제1항 제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.
1. 해당 기업이 영위하는 주된 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다.
2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업 가.독점규제 및 공정거래에 관한 법률제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는 회사
① 제3조에 따른 중소기업 해당 여부에 대한 판단은 그 기업의 직전 사업연도의 상시근로자수등을 기준으로 하되, 중소기업 여부의 적용기간은 직전 사업연도 말일에서 3개월이 경과한 날부터 1년간으로 한다.
② 제1항에 따른 중소기업 여부의 판단 등에 관한 세부적인 사항은 중소기업청장이 따로 정한다.
(1) 쟁점법인의 지분구조(2012년도말 기준)를 보면 OOO가 OOO을 통해 쟁점법인을 30% 이상 간접소유하면서 최대출자자인 것으로 나타난다(지분율 44.44%).
(2) OOO의 100% 소유법인인 OOO은 2013년 9월 쟁점법인 발행주식 8,000주 중 6,000주를 양도하는 계약을 체결하고 양도대금을 수령함에 따라 아래 <표3>과 같이 쟁점법인의 최대출자자가 OOO로 변경되었는데, 양도 당시 OOO는 상호출자제한기업집단에 속하지 않고 자산총액 OOO 미만 기업인 것으로 확인된다. <표3> 쟁점법인 지분구조 변동내역
(3) 청구인들은 쟁점법인의 최다출자자가 2013.9.27. OOO로 변경되었으므로 이때부터는 중소기업기본법령상의 독립성 요건을 충족하여 쟁점법인을 중소기업으로 보아야 하고 이에 따라 2013.9.30., 2013.12.3.에 있었던 쟁점주식 양도에 대하여는 중소기업 주식 양도세율(10%)이 적용되어야 한다고 주장하면서 다음과 같이 쟁점고시 및 주장근거를 제시하였다. (가) 쟁점고시(중소기업청 고시 제2012-8호, 2012.4.1. 시행) 제3조(중소기업 여부의 판단 및 적용기간) ① 영 제3조의3 제2항에 따른 세부적인 중소기업 여부의 판단 및 적용기간은 다음 각 호의 구분에 따른다.
1. 직전 사업연도의 사업기간이 12개월 이상인 기업: 직전 사업연도의 상시근로자수 등이 영 제3조의 기준을 모두 갖춘 경우 직전 사업연도 말일에서 3개월이 경과한 날부터 1년간 중소기업에 해당한다.
2. 직전 또는 해당 사업연도에 창업하거나 합병 또는 분할(이하 “창업등”이라 한다)한 기업으로서 제1호에 해당하지 아니하는 기업: 창업등의 기준에 따라 산정한 상시근로자수 등이 영 제3조의 기준을 모두 갖춘 경우 창업 등을 한 날부터 해당 사업연도 종료 후 3개월이 되는 날까지 중소기업에 해당한다.
② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업의 경우 중소기업의 여부의 판단 등은 각각의 구분에 따른다.
1. 영 제3조 제1항 제2호 다목에 해당하는 기업: 직전 사업연도 말일에서 3개월이 경과한 날부터 1년간 중소기업에 해당하지 아니한다.
2. 영 제3조 제1항 제2호 가목 또는 나목에 해당하는 기업: 해당 사유가 발생한 날부터 중소기업에 해당하지 아니한다.
3. 창업일이 속하는 달부터 12개월이 되는 달의 말일 이전에 영 제3조 제1항 제1호에 따른 별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 같은 호 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업: 해당 사유가 발생한 날부터 중소기업에 해당하지 아니한다. (나) 중소기업기본법 시행령제3조의3 제2항은 중소기업 판단에 관한 세부사항을 쟁점고시에서 정하도록 위임하고 있고, 쟁점고시 제3조 제2항 제2호는 자산총액이 OOO 이상인 기업이 해당 중소기업 지분 30% 이상을 소유하면서 최다출자자가 되는 경우에는 “직전 사업연도 말일에서 3개월이 경과한 날”부터가 아니라 “해당 사유가 발생한 날”부터 해당 중소기업을 중소기업으로 보지 않는다고 규정하고 있다. 그렇다면 쟁점고시 규정과 같이 “30% 이상 소유 및 최다출자자”라는 사유가 ‘발생’한 것이 아니라 (이 건의 경우와 같이) ‘해소’되는 경우라면 동 조항의 반대해석상 해당 기업은 그 (해소) 사유가 있은 날부터 다시 중소기업으로 보아야 하는바, 이러한 논리는 아래와 같이 중소기업청이 발간한중소기업 범위해설에서도 명시적으로 확인되고 있다. 상호출자기업집단에 지정되었던 기업이 사업연도 도중에 지정해제되는 경우로서 다른 업종별 기준이나 독립성 기준을 충족하는 경우에는 상호출자제한기업집단에서 지정해제된 날부터 중소기업에 편입됨
(4) 쟁점법인의 경우 중소기업의 요건 중 상시근로자수 등 ‘규모 기준’과 중소기업기본법 시행령제3조 제1항 제2목 나목을 제외한 나머지 소유와 경영에 관한 ‘독립성 기준’을 충족하고 있다는 사실에 관하여는 청구인들과 처분청 사이에 다툼이 없다.
(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 관하여 살펴본다. (가)소득세법(2013.8.13. 법률 제12030호로 개정된 것, 이하 같다) 제104조 제1항 제11호 및 소득세법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23588호로 개정된 것, 이하 같다) 제167조의8에서 양도소득세율 10%가 적용되는 ‘중소기업’은 ‘주식 등의 양도일 현재중소기업기본법제2조에 따른 중소기업에 해당하는 기업’을 말한다고 규정하여 중소기업의 판단기준을중소기업기본법(2011.7.25. 법률 제10952호로 개정된 것, 이하 같다)에 위임하고 있다. 이에 따라중소기업기본법제2조는 중소기업의 요건을 크게 ① 상시근로자수 등의 ‘규모 기준’과 ② 소유와 경영의 독립성에 관한 ‘독립성 기준’으로 나누면서, 다시 그 구체적인 기준에 관하여 중소기업기본법 시행령(2013.10.16. 대통령령 제24799호로 개정된 것, 이하 같다)에 위임하였고, 이에 따라 동 시행령 제3조 제1항 제1호는 구체적인 규모 기준을, 제2호는 구체적인 독립성 기준을 각 규정하고 있으며, 나아가 동 시행령 제3조의2에서는 독립성 기준의 판단시점을, 제3조의3에서는 규모 기준의 판단시점과 중소기업의 적용기간 등을 각 규정하고 있다. 따라서 소득세법령에 따른 주식 양도세율 10%가 적용되는 중소기업에 해당하기 위해서는 중소기업기본법령에 따른 중소기업의 요건을 충족하여야 하므로 그 범위에 관한 중소기업기본법 시행령제3조부터 판단 및 적용기간에 관한 제3조의3 제1항에 이르기까지의 각 해당 요건이 모두 충족되어야 할 것이다. (나) 중소기업 여부의 판단 및 적용기간에 대하여 규정하고 있는 중소기업기본법 시행령제3조의3 제1항은 중소기업 해당 여부의 판단은 그 기업의 “직전 사업연도”의 상시근로자수 등을 기준으로 하되 적용기간은 직전 사업연도 말일에서 3개월이 경과한 날부터 1년간으로 규정하고 있는바, 이 건의 경우 쟁점주식 양도일의 직전 사업연도 말일인 2012.12.31. 현재 자산총액 OOO 이상인 OOO가 쟁점법인을 30% 이상 간접소유하면서 최대출자자임이 확인되는 이상 쟁점법인은 중소기업 요건 중 중소기업기본법 시행령제3조 제1항 제2호 나목에서 규정하는 ‘독립성 기준’을 충족하지 못하여 소득세법령상 주식 양도세율 10%가 적용되는 중소기업으로 볼 수 없다고 하겠다. (다) 한편 청구인들은 중소기업기본법 시행령제3조의3 제2항에서 중소기업 해당 여부에 관한 세부사항을 정하도록 위임한 쟁점고시 제3조 제2항 제2호의 반대해석상 새롭게 독립성 기준을 충족하게 된 기업에 대해서는 해당 사유가 발생한 날부터 중소기업으로 보아야 한다고 주장하나, 쟁점고시 제3조 제2항 제2호의 취지는 적용기간 중간이라도 독립성 기준을 새롭게 만족하지 못하게 되는 중소기업에 대하여는 해당 사유 발생일 즉시 그 혜택을 배제하도록 하자는 것이므로 이를 만연히 반대해석하여 그러한 사유가 해소되는 경우라고 해서 바로 중소기업으로 보아 다시 그 혜택을 부여할 수 있다고 하는 것은 해당 규정의 취지에 맞지 아니한 것으로 보이는 점, 중소기업청이 발간한중소기업 범위해설은 법규성이 없어 근거규범으로 적용할 수 없고 설령 이를 참고한다고 하더라도 ‘상호출자제한기업집단에서 지정해제된 경우’를 ‘최다출자자가 자산총액 OOO 미만의 자로 변경되는 경우’가 문제되는 이 건 사실관계에 그대로 원용할 수는 없는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. (라) 따라서 처분청에서 쟁점법인을소득세법제104조 제1항 제11호 나목 및 같은 법 시행령 제167조의8에서 규정하는 중소기업이 아닌 것으로 보아 쟁점주식 양도에 대하여 중소기업 주식 양도세율(10%)의 적용을 배제하여 양도소득세를 부과한 이 건 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.
(6) 다음으로 쟁점②에 관하여 살피건대, 세법상 가산세는 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없다 할 것인바(대법원 2002.8.23. 선고 2002두66 판결 등 참조), 이 건의 경우 처분청에서 청구인들이 정당하게 납부한 세액에 대하여 별다른 사유 없이 경정청구대로 환급결정하였다가 당초의 자진 신고·납부세액으로 다시 경정·고지하면서 청구인들이 당초 기한 내에 과소하게 신고·납부하였음을 이유로 납부불성실가산세를 부과하였는데, 청구인들에게는 해당 미납행위에 대한 귀책사유를 지우기 어려운 정당한 사유가 있다고 봄이 타당하다고 할 것이다. 따라서 처분청에서 청구인들에게 이 건 양도소득세를 경정·고지하면서 납부불성실가산세를 부과한 것은 잘못이 있다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기본법제81조, 제65조 제1항 제2호 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
“결정내용은 붙임과 같습니다.”