쟁점부동산의 양도가 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면요건을 충족한 것으로 보기 어려움

심판청구를 기각 한다.

• 가. 청구인은 아래 <표1>과 같이 OOO외 9필지 토지(이하 “쟁점토지”라 한다)를 1981.7.20. 피수인 등 6명(이하 “공동상속인들”이라 한다)과 공동으로 부친 OOO으로부터 상속받거나 매매 등으로 취득하였고, 쟁점토지 지상에 아래 <표2>와 같이 1982년(본관) 및 2009년(신관) 건물(이하 “쟁점건물”이라 하고, 쟁점토지와 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)을 신축하여 장애인 특수학교인 OOO설립․운영하였다. <표1> 쟁점토지 내역 (단위: ㎡, 원) <표2> 쟁점건물 내역 (단위: ㎡, 원)
• 나. 공동상속인들이 청구인을 상대로 제기한 쟁점토지 지분 인도 청구 소송에서 대법원은 2015.1.21. 청구인에게 쟁점건물을 철거하여 쟁점토지 중 공유지분을 공동상속인들에게 인도하라는 취지로 판결(2014다76367)한 이후, 청구인과 공동상속인들은 2015.8.31. 쟁점부동산을 OOO에게 양도하였으며, 청구인은 쟁점부동산 소유지분의 양도가 ｢조세특례제한법｣(이하 “조특법”이라 한다) 제77조 규정의 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면대상에 해당되는 것으로 보아 2015.10.30. 동 감면을 적용하여 2015년 귀속 양도소득세 OOO신고․납부하였다.
• 다. 처분청은 2019.2.25.～2019.6.16. 기간 동안 청구인에 대해 양도소득세 조사를 실시하여 쟁점부동산의 양도는 공익사업에 따른 수용에 해당되지 않는 것으로 보아 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면적용을 배제하여 2019.4.11. 청구인에게 2015년 귀속 양도소득세 OOO경정․고지하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2019.7.3. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 조특법 제77조 제1항 제3호에서 ｢공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률｣이나 그 밖의 법률에 따른 토지 등의 수용으로 인하여 발생하는 소득으로서 해당 토지 등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지 등을 2015년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 15에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 있고, ｢학교시설촉진법｣ 제10조 제1항 및 제2항에서 사업시행자는 학교시설사업을 위하여 그 시행지 안의 특정의 토지, 건축물, 그 밖에 토지의 정착물이나 그에 대한 소유권 외의 권리가 필요한 경우에는 그 토지, 건축물, 그 밖에 토지의 정착물이나 그에 관한 소유권 외의 권리를 수용 또는 사용할 수 있으며, 여기서 수용 또는 사용에 관하여 이 법에 특별한 규정이 있는 경우 외에는 ｢공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률｣을 적용한다고 규정하고 있다. OOO ｢학교시설촉진법｣ 제3조에 따라 동 법의 적용을 받는 특수학교로서 서울특별시에서 1981.10.5. 쟁점토지 중 OOO일대에 대해 ｢국토의 계획 및 이용에 관한 법률｣ 제30조 및 같은 법 시행령 제25조, 서울특별시 도시계획조례 제25조 등의 규정에 따라 “도시계획시설(학교) 결정 및 지형도면 승인 고시”(서울특별시고시 제395호)를 하였고, OOO협의하여 쟁점토지에 대해 3회에 걸쳐 학교용지로 지목변경을 승인하는 한편, OOO건물 신축시에 ｢학교시설사업촉진법｣ 제4조 제7항 에 따라 학교시설사업시행계획승인 및 고시를 한 바도 있어 OOO청구인 및 공동상속인들로부터 쟁점부동산을 협의 매수한 것은 ｢학교시설사업촉진법｣에 따른 것으로 같은 법 제10조 제2항 규정에 따라 ｢공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률｣을 적용받아 취득한 것으로 볼 수 있으므로 청구인의 쟁점부동산 보유 지분의 양도는 조특법 제77조 제1항 제3호 규정에 따라 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면을 적용하여야 한다.
• 나. 처분청 의견

(1) 조특법 제77조에서 규정하고 있는 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면은 ｢공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률｣ 제4조에 해당하는 사업에 따른 수용 내지 공익사업에 따른 사업 인정고시일 이후의 협의매수 방법으로 양도하는 경우여야 할 것이나, 이 건의 경우 처분청이 OOO쟁점부동산 매입 관련 근거법령 등을 요청하여 회신받은 바에 의하면 공익사업이 아니라 단 순 협의 매입으로 취득하였다는 취지여서 이에 해당하지 않고, 청구인과 공동상속인들이 쟁점부동산을 OOO양도하게 된 경위를 보면 공동 소유자들 간의 재산권 분쟁이 발생하여 OOO경영자였던 청구인이 학교폐쇄를 OOO통보하면서 국가에 경영을 요구한 사항으로 공익사업을 위해 부득이하게 수용으로 양도하는 자의 부담을 완화해 주기 위한 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면의 취지에도 부합하지 않는다.

(2) 청구인은 1981.10.5. OOO도시계획시설 변경결정, ｢국토의 계획 및 이용에 관한 법률｣ 제30조 및 같은 법률 시행령 제25조 등의 규정에 따라 쟁점토지 중 일부의 지목이 학교용지로 변경되었고, 학교건물은 건축허가시부터 교실로 신축된 사실을 근거로 이는 ｢학교시설사업촉진법｣에 따른 공익사업에 해당되고, 쟁점부동산의 양도는 조특법 제77조 제1항 제3호 규정에 따른 감면대상이라는 취지로 주장하나, 공익사업에 따른 양도에 해당되는지 여부는 양도시점을 기준으로 판단하여야 할 것인데, 쟁점부동산이 보유 기간 중 공익사업에 해당되는 ｢학교시설사업법｣에 따라 지목변경, 건축 등이 이루어졌다 하더라도 서울특별시 교육청의 회신내용, 언론 보도내용 등에 의하면 쟁점부동산 양도시점에는 공익사업에 따른 양도가 아니라 공동 소유자들 간의 다툼으로 인한 단순 양도에 해당된다.

(3) 공동상속인들이 청구인과 함께 쟁점부동산 보유 지분을 OOO양도하였으나, 조특법 제77조 규정에 따른 감면을 적용하지 아니한 채 양도소득세를 신고․납부하였다.

• 가. 쟁점 쟁점부동산의 양도가 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면대상인지 여부
• 나. 관련 법령 (1) 조세특례제한법 제77조【공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득으로서 해당 토지 등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지 등을 2015년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 15[토지 등의 양도대금을 대통령령으로 정하는 채권으로 받는 부분에 대해서는 100분의 20으로 하되, ｢공공주택 특별법｣ 등 대통령령으로 정하는 법률에 따라 협의매수 또는 수용됨으로써 발생하는 소득으로서 대통령령으로 정하는 방법으로 해당 채권을 3년 이상의 만기까지 보유하기로 특약을 체결하는 경우에는 100분의 30(만기가 5년 이상인 경우에는 100분의 40)]에 상당하는 세액을 감면한다.

1. ｢공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률｣이 적용되는 공익사업에 필요한 토지 등을 그 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

2. ｢도시 및 주거환경정비법｣에 따른 정비구역(정비기반시설을 수반 하지 아니하는 정비구역은 제외한다)의 토지 등을 같은 법에 따른 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

3. ｢공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률｣이나 그 밖의 법률에 따른 토지 등의 수용으로 인하여 발생하는 소득

(2) 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제4조【공익사업】이 법에 따라 토지 등을 취득하거나 사용할 수 있는 사업은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업이어야 한다.

2. 관계 법률에 따라 허가·인가·승인·지정 등을 받아 공익을 목적으로 시행하는 철도·도로·공항·항만·주차장·공영차고지·화물터미널·궤도(軌道)·하천·제방·댐·운하·수도·하수도·하수종말처리·폐수처리·사방(砂防)·방풍(防風)·방화(防火)·방조(防潮)·방수(防水)·저수지·용수로·배수로·석유비축·송유·폐기물처리·전기·전기통신·방송·가스 및 기상 관측에 관한 사업

3. 국가나 지방자치단체가 설치하는 청사·공장·연구소·시험소·보건시설·문화시설·공원·수목원·광장·운동장·시장·묘지·화장장·도축장 또는 그 밖의 공공용 시설에 관한 사업

4. 관계 법률에 따라 허가·인가·승인·지정 등을 받아 공익을 목적으로 시행하는 학교·도서관·박물관 및 미술관 건립에 관한 사업

5. 국가, 지방자치단체, ｢공공기관의 운영에 관한 법률｣ 제4조 에 따른 공공기관, ｢지방공기업법｣에 따른 지방공기업 또는 국가나 지방자치단체가 지정한 자가 임대나 양도의 목적으로 시행하는 주택 건설 또는 택지 및 산업단지 조성에 관한 사업

6. 제1호부터 제5호까지의 사업을 시행하기 위하여 필요한 통로, 교량, 전선로, 재료 적치장 또는 그 밖의 부속시설에 관한 사업

7. 제1호부터 제5호까지의 사업을 시행하기 위하여 필요한 주택, 공장 등의 이주단지 조성에 관한 사업

8. 그 밖에 다른 법률에 따라 토지 등을 수용하거나 사용할 수 있는 사업

(3) 학교시설사업촉진법 제1조【목적】이 법은 초등학교ㆍ중학교ㆍ고등학교 및 특수학교의 시설의 설치ㆍ이전 및 확장을 위한 사업 시행에 필요한 절차를 간소화 하고, 건축허가 등에 관한 특례를 규정하여 학교시설사업을 쉽게 함으로써 학교환경 개선과 학교교육 발전에 이바지함을 목적으로 한다. 제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "학교시설"이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 시설을 말한다.

• 가. 교사대지(校舍垈地)ㆍ체육장 및 실습지
• 나. 교사ㆍ체육관ㆍ기숙사 및 급식시설
• 다. 그 밖에 학습 지원을 주된 목적으로 하는 시설로서 대통령령으로 정하는 시설

2. "학교시설사업"이란 학교시설을 설치ㆍ이전하거나 확장하는 사업을 말한다. 제3조【적용 범위】이 법의 적용대상이 되는 학교는 초등학교ㆍ중학교ㆍ고등학교 및 특수학교(이하 "학교"라 한다)로 한다. 제4조【학교시설사업 시행계획의 승인 등】① 학교시설사업을 시행하려는 자(국가와 지방자치단체는 제외한다)는 대통령령으로 정하는 바에 따라 학교시설사업의 시행지ㆍ규모 및 재원 등이 포함된 학교시설사업 시행계획(이하 "시행계획"이라 한다)을 작성하여 ｢초ㆍ중등교육법｣ 제6조 에 따른 감독기관(이하 "감독청"이라 한다)의 승인을 받아야 한다. 다만, 이미 학교시설사업을 마치고 제13조제2항에 따른 준공검사에서 합격한 학교시설사업의 시행지 안에서 학교시설의 건축ㆍ축조ㆍ대수선(大修繕) 또는 용도변경(이하 "건축 등"이라 한다)을 하려는 경우의 시행계획에 대하여는 그러하지 아니하다.

② 제1항 본문에 따른 승인을 받은 시행계획을 변경하려는 자는 감독청의 변경승인을 받아야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 경미한 사항을 변경하려는 경우에는 그러하지 아니하다.

⑦ 감독청은 제1항이나 제2항에 따라 시행계획을 승인하거나 변경승인한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 지체 없이 제3항과 제6항에 따른 협의기관과 이해관계인에게 각각 통보하고 고시하여야 한다. 국가나 지방자치단체가 제4항에 따른 협의를 마친 경우에도 또한 같다. 제5조【다른 법률과의 관계】학교시설사업을 시행하려는 자가 시행계획에 관하여 제4조제1항 또는 제2항에 따라 승인 또는 변경승인을 받거나 같은 조 제4항에 따라 협의를 마친 경우에는 다음 각 호 중 해당 사항의 결정ㆍ허가ㆍ인가ㆍ승인ㆍ지정ㆍ동의ㆍ협의ㆍ신고 또는 해제가 있었던 것으로 본다.

1. ｢국토의 계획 및 이용에 관한 법률｣ 제30조 에 따른 도시ㆍ군관리계획의 결정 제10조【수용 및 사용】① 사업시행자는 학교시설사업을 위하여 그 시행지 안의 특정의 토지, 건축물, 그 밖에 토지의 정착물이나 그에 대한 소유권 외의 권리가 필요한 경우에는 그 토지, 건축물, 그 밖에 토지의 정착물이나 그에 관한 소유권 외의 권리를 수용 또는 사용할 수 있다.

② 제1항에 따른 수용 또는 사용에 관하여 이 법에 특별한 규정이 있는 경우 외에는 ｢공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률｣을 적용한다.

③ 제2항에 따라 ｢공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률｣을 적용할 때에 시행계획의 승인은 같은 법 제20조 제1항에 따른 사업인정으로 보고, 제4조 제7항에 따른 고시는 같은 법 제22조 제1항 및 제2항에 따른 고시로 보며, 재결신청은 같은 법 제23조 제1항 및 제28조 제1항에도 불구하고 시행계획을 승인할 때에 정한 학교시설사업의 시행기간 내에 하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 2019.3.7. OOO에게 쟁점부동산 매입 관련 근거법령 및 관계서류(매매계약서, 내부품의서)를 요청(재산세과-437)한 데 대해 OOO2019.3.8. 회신(교육재정과-5378)한 공문에 의하면 매입방법은 협의 매입으로, 매입 근거법령은 ｢민법｣ 제563조 로 각 기재되어 있고, 첨부된 “매입방법 근거 관련 공문 및 계획서”는 다음과 같다. (가) OOO교육용 재산(교지 및 교사동) 협의 매매 의견 조회(OOO→ 청구인 및 공동상속인들) 공문(교육재정과-20064, 2014.10.14.) (나) 위 공문에 첨부된 “OOO매입 세입추진 일정안” (2015.3.5.)의 주요내용은 다음과 같다.

(2) OOO홈페이지에 게시된 “학교 연혁”에 의하면 1968.3.1. 사립 OOO개교, 2015.8.31. 사립 OOO폐교, 2015.9.1. 공립 OOO개교(초등, 중학교, 고등학교, 전공/16학급, 97명)한 것으로 되어 있다.

(3) 2014.4.16.자 OOO기사의 주요내용은 다음과 같다.

(4) 청구인이 제시한 자료는 다음과 같다. (가) 1972.4.10. OOO에게 발급한 문서에 의하면 설립자 OOO1967년 12월 OOO설립을 신청한 데 대해 문교부장관이 1968.1.13. ｢교육법｣ 제85조 에 의하여 인가한 것으로 되어 있다. (나) OOO2015.8.31. 처분청에 송부한 공문(교육재정과-16895)에 의하면 “관내 국내 유일 개인운영 사립학교인 OOO경영자(청구인)는 교육청에서 지원한 지원금OOO신관건물을 증축하여 증등장애 학생을 위한 특수교육을 실시하다 2015.9.1.자로 공립학교인 OOO전환을 위하여 2015.8.31.자로 폐교하였고, 폐교재산 중 신관건물에 대하여 경영자와 우리교육청 간 부동산 대물변제 계약서를 체결하여 무상으로 반환받았음을 알려드리니 세무업무에 참고하시기 바랍니다”라고 되어 있다. (다) OOO2009.11.11. OOO시행한 “도시계획시설(학교) 변경결정 및 지형도면승인 고시” 공문(도시개발과-14377)에 의하면 “귀교에서 우리구에 요청한 OOO일대의 도시 계획시설(학교)변경결정에 대하여 ｢국토의 계획 및 이용에 관한 법률｣ 제30조 및 같은 법률 시행령 제25조와 서울특별시 도시계획조례 제68조의 규정에 의거 도시계획시설(학교) 변경결정하고, 같은 법 제32조와 ｢토지이용규제기본법｣ 제8조 및 시행령 제7조 규정에 따라 지형도면 승인․고시 하였음을 알려 드립니다.”라고 되어 있다. (라) OOO1998.9.15. 청구인에게 시행한 공문(시설 81471-1021)에 의하면 “1998.8.29. OOO승인신청한 OOO교실증축 및 기타사업에 대하여 시행계획을 승인하오니 시설사업 추진에 만전을 기하고, 사업완료시 ｢학교시설사업촉진법｣ 제13조 규정에 의한 사업준공검사를 신청하시기 바라며, 소관 행정기관과의 협의회신 내용 중 군부대 협의에 대하여는 건축승인시 검토하고, 풍치 및 전용 주거지역에 대하여는 ｢도시계획법 시행규칙｣ 제6조 및 ｢건축법 시행령｣ 제76조 규정을 적용하였음을 알려드립니다.”라고 되어 있다. (마) OOO2014.4.14. OOO시행한 공문(학교지원과-5005)에 의하면, “최근 귀교 설립․경영자가 우리교육청에 통보한 학교 폐쇄는 ｢초․중등 교육법｣ 제4조 에 의한 교육감의 인가사항으로서, 이에 위반한 학교폐쇄 통보 공문은 2014.4.14.자로 반려 처리하였습니다.”라고 되어 있다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구 인은 쟁점부동산의 양도는 조특법 제77조 제1항 등에서 규정하고 있는 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면 적용대상이라고 주장하나, 조특법 제77조 규정의 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면은 공익사업 추진 과정에서 사업시행자가 ｢공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률｣ 등 관련 법률에 따라 사업부지에 편입된 토지 소유자로부터 수용 등의 방법으로 토지를 취득하는 경우로서 토지 소유자는 본인 의사와 무관하게 관련 법률에 따라 보유 토지가 수용되어 재산권 행사에 제한을 받게 되는 점을 감안한 감면제도로 보이나, 특수학교인 OOO청구인과 공동상속인들 간의 재산권 다툼 등으로 폐교 위기에 처하자, OOO이 특수학교의 계속적 운영을 위해 협의매수한 것으로 OOO처분청에 쟁점부동산 취득 근거 법령이 ｢민법｣에 따른 사인간의 거래 였다는 취지로 회신한 점, 청구인은 ｢학교시설사업 촉진법｣ 및 ｢ 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률｣에 따라 OOO청구인과 공동소유주들로부터 쟁점부동산을 취득하 였다고 볼 수 있는 근거규정과 사실관계에 대한 제시가 없는 점, OOO청구인이 각각 선정한 감정평가법인의 감정가액의 평균가액을 토대로 가격을 결정하여 협의 매수한 사실이 나타나는 점 등에 비추어 쟁점부동산의 양도는 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면요건을 충족한 것으로 보기 어렵다고 보이므로 처분청이 동 감면 적용을 배제하여 청구인에게 양도소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.