일부 개정되기 전의법인세법 시행규칙에 따라 안분계산하는 것이 합리적인 점 등에 비추어 쟁점제품개발비를 국내원천소득과 국외원천소득에 공통적으로 관련된 간접비용으로 보아 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산한 금액을 국외원천소득에서 차감하는 것이 타당한 것으로 판단됨
일부 개정되기 전의법인세법 시행규칙에 따라 안분계산하는 것이 합리적인 점 등에 비추어 쟁점제품개발비를 국내원천소득과 국외원천소득에 공통적으로 관련된 간접비용으로 보아 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산한 금액을 국외원천소득에서 차감하는 것이 타당한 것으로 판단됨
[주 문] OOO세무서장이 2019.3.21. 청구법인에게 한 법인세 합계 OOO의 부과처분은
1. 제품개발비 중 국내출시차종 개발비 합계 OOO을 국내ㆍ외원천소득에 공통적으로 관련된 간접비용으로 보아 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산한 금액을 국외원천소득에 대응하는 비용에 포함하고,
2. 처분청이 국외원천소득에 대응하는 간접비용으로 본 선행연구비 합계 OOO 중 단기 시제품이 아닌 중장기적으로 미래차량의 기초기술과 관련된 비용, 국 외출시차 종과 관련이 없는 비용 및 상용화 전 선행연구단계에서 중단된 프로젝트와 관련된 비용 등이 얼마인지를 재조사하여 그 결과에 따라 이를 제외한 나머지 금액에 대하여 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산한 금액을 국외원천소득에 대응하는 비용에 포함하여,
청구법인의 외국납부세액공제 한도금액에 따라 그 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다. [이 유]
(1) 청구법인은 해외현지법인으로부터 로열티를 수취하면서 ‘공용차종 개발비 중 국내출시차종 개발비’(이하 “쟁점차종개발비”라 한다)와 이와 관련된 ‘국내출시차종엔진ㆍ변속기 개발비’(이하 “쟁점엔진개발비”라 하고, 쟁점차종개발비와 합하여 “쟁점제품개발비”라 한다)를 차량생산대수로 안분하여 로열티 산정원가에 포함하였는바, 쟁점제품개발비는 국외원천소득에 직접 대응하는 비용에 해당하므로 쟁점제품개발비를 차량생산대수에 따라 안분OOO하여 국외원천소득에서 추가로 차감하여야 한다.
(2) 청구법인은 해외현지법인으로부터 로열티를 수취하면서 선행연구비 중 일부를 로열티 산정원가에 포함하였는바, 선행연구비는 국외원천소득에 간접으로 대응하는 비용에 해당하므로 선행연구비를 매출액(국내차량매출 대 해외로열티수입)에 따라 안분계산(선행연구비 국외분OOO원)하여 국외원천소득에서 추가로 차감하여야 한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
1. 2019년 시행령 제94조 제2항은 종전 법인세법 시행령에서 외국납부세액 공제한도를 계산함에 있어서 직접비와 간접비의 개념에 대해 법령에 정의규정을 두진 않았기 때문에 기존의 대법원 판례와 유권해석상으로 인정되어 오던 외국납부세액공제에서의 직접비와 간접비의 개념을 명확하게 확인하는 정의 규정을 두었다.
2. 해당 조문에 따르면 간접비용을 국외원천소득과 그 밖의 소득에 공통적으로 관련된 비용으로 먼저 정의하고, 간접비용에 해당하지 아니하는 비용으로서 국외원천소득에 직접적으로 관련된 비용을 직접비용으로 정의하고 있는데, 이와 같이 간접비용을 먼저 정의한 이유는 특정 비용을 국외원천소득과 국내원천소득으로 안분한 후의 금액을 다시 직접비용으로 볼 수 있는 것이 아닌지에 대한 논란의 소지를 차단하기 위한 것이다. 즉, 국외원천소득과 국내원천소득에 공통적으로 관련성 있는 비용은 직접비 및 간접비에 대한 일반적인 개념과는 무관하게 외국납부세액공제 한도액 계산에 있어서는 간접비용으로서 법령에서 규정된 방법에 따라 안분하여야 한다.
3. 이렇게 해석하여야만 동일한 비용에 대하여 납세자별로 회계처리방법과 집계방식 등이 다른 경우에도 필요경비가 차이가 발생하는 문제점이 발생하지 않고, 과세형평이 유지되어 세법상 동일한 기준으로 이중과세 조정금액이 결정된다. (나) 국외원천소득에서 차감할 직접비용 및 간접비용의 구분은 법인세법 시행령 제94조 제2항 에 근거하여 판단하여야 하므로 법령에 근거 없이 쟁점제품개발비를 차량생산대수로 안분한 후의 금액을 직접비용으로 보는 것은 타당하지 않다. 1) 법인세법 시행령 제94조 제2항 에 따라 국외원천소득과 국내원천소득에 공통적으로 관련되어 안분이 필요한 비용인 경우 간접비용일 수밖에 없고, 직접비용은 간접비용에 해당하지 아니하는 비용이어야 하므로 처분청의 주장과 같이 국내외소득으로 안분하면서도 직접비용인 경우는 시행령 조문 해석상 존재할 수 없다. 따라서 처분 청의 주장과 같이 쟁점제품개발비를 ‘직접비용’에 해당한다고 보면서도 국내원천소득과 국외원천소득에 안분하여 공제하는 것은 위 시행령 규정에 위반하는 것이다.
2. 처분청의 주장과 같이 쟁점제품개발비를 국외원천소득의 ‘직접비용’으로 보기 위해서는 법문상 국내원천소득과 국외원천소득에 공통적으로 관련된 비용이 아니어야 하고, 국외원천소득에만 관련된 비용이어야 하며, 국내 차량판매수입의 창출(국내원천소득)과 아무런 관련성이 없어야 하나, 이는 청구법인이 쟁점제품개발비를 지출한 목적, 쟁점제품개발비와 국내원천소득 창출 사이의 인과관계 등을 고려할 때 상식에 반하는 주장이다.
3. 청구법인이 쟁점제품개발비를 지출한 사업상의 목적은 크게 ① 국내 차량제조 및 국내판매를 통한 수익창출, ② 국내 제조차량의 해외수출을 통한 수익창출)의 2가지 목적으로 구분할 수 있다. 쟁점제품개발비의 경우 청구법인이 국내에서 차량을 제조·수출하기 위하여 필수적으로 지출하는 비용으로 국내차량매출과 관련성이 있고, 동시에 당해 비용 지출을 통한 개발결과물을 기반으로 해외출시차종을 개발하는 것이기 때문에 해외로열티수입에 관련된 것으로 법령에서 규정한 간접비용으로 보는 것이 타당하다. (다) 쟁점제품개발비를 차량생산대수로 안분한 금액을 국외원천소득에 직접 귀속된 비용으로 인정하기 어렵다. (라) 청구법인의 로열티 산정방법과 외국납부세액 필요경비 차감액 산정은 별개의 사안으로 서로 관련이 없다.
1. 처분청은 청구법인이 해외법인에 청구한 로열티 산정시 쟁점제품개발비를 차량생산대수로 안분한 금액을 원가항목에 포함하였으므로 외국납부세액 필요경비 차감액 산정 시에도 동일한 방법으로 차감하여야 한다는 의견이나, 국외원천소득 금액의 계산문제는 납세자가 자의적으로 정할 수 있는 회계처리 방법이나 로열티 산정방식 등 가변적인 요소들을 배제하고, 세법상 일정한 기준으로 이중과세 조정금액이 결정되어 납세자간 과세형평이 유지되어야 하는 사안이다. 즉, 청구법인의 로열티 산정방법은 청구법인이 채택한 이전가격 정책의 문제로 외국납부세액 공제한도 산정과는 직접 관련이 없는 별개의 문제이다.
2. 처분청의 의견대로라면 동일한 사실관계로 동일한 연구개발비용을 지출하는 경우에도 납세자별 로열티 산정방법이 다른 경우 이중과세 조정시 국외원천소득 금액과 외국납부세액 공제한도액이 달라지는 문제가 발생한다. 동일한 연구개발비를 지출하였고 동일한 금액의 로열티를 수취하였음에도 불구하고, 단지 로열티를 어떻게 구성하였는지에 따라 세법상 일률적으로 정해져야 하는 외국납부세액 공제한도액이 전적으로 달라지는 모순이 발생하는 것이다. 청구법인이 향후 이전가격 정책으로 로열티 산정방법을 변경하는 경우에도 동일한 문제가 발생한다. (마) 기획재정부는 청구법인 사안과 동일한 사안에 대하여 유권해석을 통해 2019년 시행령 및 기획재정부령 제730호로 2019.3.20. 개정된 법인세법 시행규칙(이하 “2019년 시행규칙”이라 한다)을 적용하는 것이고, 해당 법령 적용시 국내출시차종 개발비는 간접비용에 해당하므로 매출액 비율로 안분하는 것이 타당하다고 판단하였다.
1. 이 사건과 동일한 쟁점에 대해 OOO가 기획재정부에 질의한 사안에 관하여, 기획재정부는 국세예규심사위원회 심의를 거쳐 쟁점사안은 2019년 시행령 제94조 제2항 및 2019년 시행규칙 제47조를 적용하여 직·간접비용을 판단하고 간접비용의 안분기준을 적용하도록 회신하였다(국제조세제도과-468, 2019.10.24.으로 이하 “쟁점유권해석”이라 한다). 나아가 쟁점차종개발비는 간접비용이고, 2019년 시행규칙 제47조에서 정한 매출액비율 등으로 안분계산한 금액이 국외원천소득에 대응하는 비용이라는 취지로 회신하였다.
2. 쟁점유권해석에서는 쟁점차종개발비에 대하여 회신하였으나, 해당 회신내용을 쟁점엔진개발비에 적용할 경우 쟁점차종개발비와 마찬가지로 쟁점엔진개발비 또한 국외원천소득과 국내원천소득에 공통적으로 관련된 비용이므로 간접비용에 해당하고, 따라서 매출액 비율로 안분한 금액을 기준으로 국외원천소득에서 차감하여야 한다.
3. ‘국세심판사무처리규정’(국세청 훈령 제2306호, 2019.5.1.) 제22조에서는 처분청의 처분이 명백히 위법·부당한 처분으로 청구인의 심판청구에 이유가 있다고 인정되는 경우, 그 처분을 직권으로 취소(일부감액경정을 포함)하고, 청구인에게 그 결과를 서면으로 통지하도록 규정하면서 “예규 등에 위배된 처분”을 그 사유 중 하나로 열거하고 있는바, 쟁점유권해석의 경우 국세예규심사위원회가 2019.8.14. 개최되면서 이 건 처분과 관련된 조사청의 처분 근거에 관한 의견진술은 물론 관련 증빙자료를 국세예규심사위원회에 제출함에 따라 조사청의 주장이 위원회에서 충분히 검토된 후 회신된 유권해석이므로 처분청은 지금이라도 ‘국세심판사무처리규정’에 근거하여 이 건 처분 내용 중 쟁점제품개발비를 매출액비율로 재계산한 뒤 초과하여 고지한 세액은 직권감액 경정하여야 한다.
(2) 선행연구비는 연구단계 발생비용으로 그 자체로는 차량매출 또는 로열티수입을 발생시키기 위한 지출비용에 해당하지 않으므로 국외원천소득에 대응되는 비용이 아니다. (가) 청구법인의 연구개발은 OOO을 연구하는 선행연구와 실제 양산할 차량을 개발하는 제품개발OOO로 구분되는데, 이를 기업회계기준에서는 연구단계와 개발단계로 구분하여 규정하면서 연구단계 발생비용은 무형자산으로 인식할 수 없고 관련 지출을 발생시점에 비용으로 처리하도록 규정하고 있다. 즉, 선행연구비의 경우 차량개발에 그대로 적용되는 기술이 아니어서 차량생산판매 또는 로열티 회수를 통한 경제적 효익을 창출할 수 없어 발생시점에 즉시 비용으로 처리하는 것이다. 따라서 선행연구비는 해외로열티수입 수취에 원천이 되는 무형자산 권리에 해당하지 않아 국외원천소득에 대응되는 비용이 아니다. (나) 해외현지법인에 허여한 기술은 차량생산 관련 기술이고, 선행연구 관련 결과물은 해외현지법인에 허여하지 않는다. 청구법인이 해외현지법인에 완성차 생산에 대한 기술허가 계약을 체결시 차량 및 부품에 대한 설계․제조․조립․품질보증․생산관리와 관련된 기술정보를 허여하고 그 대가로 로열티를 수취하고 있다. 즉, 선행연구 관련 연구결과물은 차량생산에 직접적으로 활용되는 것이 아니어서 해외현지법인에 허여한 바가 없고 따라서 해외 로열티와 관련성이 없다. (다) 최근 대법원에서 확정된 게임회사 관련 판결(대법원 2019.9.26. 선고 2019두43023 판결, 서울고등법원 2019.5.15. 선고 2018누47303판결)에서도 법원은 “막연한 가능성만으로 상용화되기 전 단계의 게임 연구개발비용 전부를 일괄적으로 국내·외 원천수입에 대한 공통비용으로 취급하는 것은 타당하지 않고, 국외 진출이 구체화되어야 비로소 관련 비용을 국외원천수입금액에 대응하는 손금으로 처리할 수 있다”라고 하면서 처분청이 구체적 기준을 제시하지 않고 막연한 관련성만으로 이를 국내외 원천수입에 관련된 공통비용으로 보아 안분한 것을 부당한 과세로 판단한바 있다. (라) 외국납부세액공제 한도금액 계산시 차감할 비용에 대하여 2018.12.24. 법률 제16008호로 개정된 법인세법(이하 “2019년 법인세법”이라 하고, 2019년 시행령과 2019년 시행규칙을 합하여 이하 “2019년 법령”이라 한다)은 과세기간을 단위로 대응되는 비용에 한하여 차감하도록 규정하고 있는데, 선행연구비의 경우 기업회계기준에 따라 발생 즉시 비용처리하고 있고(이를 법인세법에서도 인정하므로 지출사업연도 손금에 산입), 당해 연구결과가 미래 어느 시점에 어떤 차종개발에 사용될지 알 수 없어 관련 익금의 귀속시기와 손금의 귀속시기가 일치하지 않는다. 따라서 설사 선행연구비가 해외로열티수입과 관련성이 있다 하더라도 과거에 개발완료하여 현재 해외로열티를 수취하고 있는 해외차량개발과는 그 귀속되는 과세기간이 일치하지 않아 외국납부세액공제 한도금액 계산시 차감대상 비용으로 볼 수 없다.
1. 청구법인이 주장하는 2019년 법인세법은 2019.1.8. 기획재정부 공고 제2019-11호로 공고되고, 그 시행일은 2019.1.1.이후이므로 이 사건에 적용될 수 없고, 2019년 법령 중 법인세법 시행규칙 제47조 는 2019.3.20. 시행으로 전문개정된 내용이며, 개정 전과는 전혀 다른 내용이다. 청구법인의 주장과 같이 국외원천수입금액에서 차감되어야 하는 직·간접 대응 금액의 의미에 관한 2019년 시행령 규정이 확인적 규정이라고 한다면, 2019년 법령이 아니라 2020.2.11. 시행된 법인세법 시행령 제94조 제2항 제1호 및 제2호 규정이 고려되어야 한다.
2. 조세법률주의와 조세공평의 이념에서 비롯된 엄격해석의 원칙은 과세요건에 해당하는 경우 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다는 원칙을 명백하게 위반한 것이므로(대법원 2007.7.12. 선고 2005두15021 판결 등) 청구법인만 예외로 하여 현행 법령을 소급적용하여 달라는 주장으로 공평과세를 해치는 결과가 된다.
3. 2019년 법령 개정전 법인세법, 판례 및 해석사례에는 법인세법 제57조 제1항 제1호 에 따라 외국납부세액공제가 적용되는 경우의 국외원천소득은 해당 사업연도의 과세표준을 계산할 때 손금에 산입된 금액으로서 국외원천소득에 직접 또는 간접으로 대응하는 금액이 있는 경우에는 이를 차감한 금액으로 규정하고 있고, 다수의 판례에서도 국내외 원천수입 모두와 직·간접으로 관련된 손금이 있는 경우 그 손금은 발생원인에 따라 적정하게 안분하여 국외원천수입금액에서 차감되어야 한다고 판시하고 있다(서울행정법원 2018.4.27. 선고 2016구합72921 판결). (나) 설령 청구법인의 주장과 같이 이 건이 2019년 법령이 적용되어야 하더라도, 아래와 같은 이유로 처분청의 이 건 처분은 2019년 시행령에 부합한다.
1. 청구법인은 간접비용을 해석함에 있어 국외원천소득과 국내원천소득에 “공통적으로 관련되어 안분이 필요한 경우” 무조건 간접비용이라고 주장하나, 2019년 시행령 개정안을 살펴보면, 국외원천소득에서 차감되는 ‘직접비용’은 “국외원천소득에 직접 관련된 비용”, ‘간접비용’은 “국외원천소득과 그 외의 소득별로 구분할 수 없는 공통비용을 아래 산정방법으로 구분계산한 금액”이라고 기재되어 있다. 즉, 공통비용이라 하여 무조건 간접비용에 해당하는 것이 아니라 공통비용 중에 국외원천소득과 국내원천소득별로 구분할 수 없는 비용만이 간접비용인 것이다.
2. 최근 선고된 게임회사 관련 2심 판결(서울고등법원 2019.5.15. 선고 2018누47303 판결, 대법원 2019.9.26. 선고 2019두43023 판결)에서도 안분의 대상인 공통비용에 관하여 “국내·외 중 어느 특정 시장을 대상으로 개발된 것으로서 특정 국내·외 원천수입금액에 관련성을 갖는 경우에는 그 개발비용은 실지 귀속에 따라 특정 국가의 원천소득금액을 계산하는 데에만 반영되도록 하는 것을 원칙으로 하되, 그 비용의 실지 귀속을 도저히 확인할 수 없는 경우에만 보충적으로 국내·외 원천소득과 모두 관련된 공통비용으로 취급하여 안분하는 것이 보다 합리적이다.”라고 판시하였다. 따라서 실지 귀속을 확인할 수 있는 경우에도 국내 ㆍ 외원천소득과 관련이 있는 비용이기만 하면, ‘간접비용’이라는 취지의 청구법인의 주장과 쟁점유권해석은 대법원 판례의 입장에 명백히 배치된다.
3. 청구법인의 주장과 같이 직ㆍ간접비용의 의미를 ‘소득별 대응 가능 여부’가 아니라 ‘소득별 관련 여부’로만 판단한다면, 간접비 원가요소가 들어간 모든 비용이 간접비용에 해당되게 되므로 국내원천소득에 대하여 납부하여야 할 법인세의 일부로 외국법인세액을 납부하도록 하는 불합리한 결과를 초래하게 된다(대법원 2015.3.26. 선고 2014두5613 판결).
4. 청구법인 스스로 직접비용이라고 판단한 “국외전용차종 개발비(공용차종개발비 중 ‘해외출시차종 개발비’ 포함)”도 재료비 등의 직접비와 업무시간별로 안분되어 계산된 인건비 등의 간접비의 원가요소로 구성되어 있다는 점에 비추어 볼 때, 청구법인의 이러한 주장은 자신이 한 신고와도 논리적으로 모순된 주장에 불과하다. (다) 처분청의 직접비용 배부가 적절하지 않다는 청구법인의 주장에 대한 반박은 다음과 같다.
1. 청구법인은 스스로 쟁점제품개발비를 모두 로열티 산정원가에 포함하였으므로 쟁점제품개발비가 국외원천소득과 관련이 없다는 청구법인의 주장은 스스로 산정한 로열티 금액을 부정하는 것으로 타당하지 않다.
2. 청구법인의 ‘로열티산정(안)’ 자료 등에 따라 로열티수입 산정시 공용차종 개발비의 일부가 로열티 산정원가에 포함된 것이OOO와 같이 확인되고, 이러한 인과관계에 따라 차종별로 추적가능하여 집계한 비용(해외분)은 로열티수입에 직접 대응하는 금액이므로 외국납부세액 한도액 계산시 로열티수입에서 차감되어야 한다.
3. 국외원천소득에서 차감하는 비용은 상대국에서 과세한 국외원천소득에 대응하는 비용인지 여부에 따라 공제 여부가 결정되는 것이지, 그 비용의 발생원인에 따라 공제 여부가 결정되는 것이 아니므로 외국납부세액 공제한도 계산시 공제되어야 하는 비용에 관한 법리와 무관한 청구법인의 주장은 타당하다고 볼 수 없다.
4. 또한 청구법인의 주장은 자신이 대응시키지 말아야 할 원가를 대응시킴으로써 과다하게 로열티 금액(정상가격)을 잘못 산정하였다는 것을 전제로 삼고 있다고 볼 수 있다. 그러나 이러한 청구법인의 주장은 청구법인과 해외현지법인 사이의 이전가격세제 논란을 발생시킬 수 있는 것으로서 적절하지 않을 뿐 아니라, 실제로 해외현지법인 소재 국가에서 이를 문제삼지 않는 한 청구법인이 원가가산방법에 따라 산정한 로열티 산정금액을 잘못되었다고 단정지을 수는 없으므로 이를 부정하는 청구법인의 주장은 그 자체로 타당하지 않다.
5. 청구법인은 차량생산대수로 쟁점제품개발비를 배부하게 될 경우 차량 대당원가가 국가별로 차이가 발생한다고 주장하나, 청구법인의 주장대로 매출액을 기준으로 하였을 때에도 대당원가가 국가별로 차이가 난다는 점에서 이는 처분청의 과세방법을 지적하는 논거가 될 수 없음이 명백하다.
6. 청구법인은 특히 중국의 경우 로열티수입의 대응비용이 로열티수입을 초과하여 국외원천소득에 대한 외국납부세액공제를 전혀 받지 못하는 불합리가 발생한다고 주장하나,OOO 로열티 산정(안)을 살펴보면, 청구법인이 로열티 산정시 ‘② 선행연구비(① 제품개발투자비×연구비비율)’를 애당초 너무 적게 포함시킨 까닭에, 간접비용인 선행연구비를 국내차량매출과 중국 로열티수입으로 안분하였음에도 국외원천소득에 간접적으로 대응하는 금액이 종전보다 커지게 됨으로써 발생한 극히 예외적인 현상일 뿐, 국외원천소득에 직접적으로 대응하는 금액의 구분과 관련한 문제로 발생된 현상이 아니다. 무엇보다 국외원천소득보다 차감하는 직ㆍ간접 대응 금액이 크다고 하여 이를 무조건 불합리한 것으로 보는 것도 타당하지 않다.
7. 또한OOO에 따르면, 청구법인도 중국 현지법인으로부터 선행연구비를 단계적으로 적용할 필요성을 인식한 것으로 확인되므로 중국법인만 해당되는 예외인 사항으로 처분청의 과세논리가 불합리하다고 주장하는 것은 타당하지 않다. (라) 청구법인은 쟁점유권해석에 따라 쟁점제품개발비와 관련된 처분을 직권으로 경정하여야 한다고 주장하나, 쟁점유권해석은 ‘국내출시차종 개발비’와 ‘국외변형차종 개발비’는 별개라는 왜곡된 사실관계를 바탕으로 질의한 것이어서 이 건 처분에 적용할 수 없다.
1. 조사청은OOO 조사시 확인하지 못한 연구개발본부 및 OOO 등에서 작성한 ‘연구개발과정’ㆍ‘제품개발 집행품의’ㆍ‘개조차 프로젝트 완료보고서’ㆍ‘로열티산정(안)’ 등 청구법인의 내부문서 및 자료에 근거하여 차량의 개발 및 로열티 수취과정의 구체적인 사실관계를 파악하였다. 그 결과 공용차종개발비 중 시험차개발비는 처음부터 전 세계 동시생산·판매를 목표로 개발한 것으로 국내 생산판매만을 위해 개발한 것이 아니라는 것이 확인되었고, 공용차종개발비 중 해외변형차종 개발비는 로열티수입과 직접적인 인과관계가 있음을 확인하였으나, 쟁점유권해석에는 조사청이 확인한 청구법인의 사실관계가 반영되지 않았다.
2. OOO 국세예규심사위원회에서 제시한 사실관계와 조사청이 청구법인 조사과정에서 확인한 사실관계가 명백히 다르고, 쟁점유권해석도 구체적인 사실관계를 고려하여 판단할 사항이라고 언급하고 있으므로 조사청이 확인한 사실관계에 기초하여 국외원천소득에 대응하는 금액을 산정하는 것이 타당하다.
3. 2019년 시행규칙은 2019.1.1. 이후 개시하는 사업연도부터 적용하는 것이고, 이 사건 처분은 2013 ∼ 2017년 귀속 과세사항이므로 쟁점유권해석을 적용하는 것은 법규의 소급적용에 해당한다. (마) 청구법인은 그동안 주먹구구식으로 외국납부세액공제 제도를 형해화하여 정상금액보다 과다하게 세액공제를 신고해왔다. OOO에 불과한 것으로 확인된다. 외국납부세액공제 한도의 도입 취지가 국내에서 납부하여야 할 법인세의 일부로 외국법인세액을 납부하는 결과를 막기 위함인데, 청구법인의 경우 외국납부세율OOO이 국내 실효세율보다 높게 되어 외국납부세액공제 한도 규정이 그 동안 제 기능을 상실했다 볼 수 있고, 결국 외국납부세액공제 제도의 본질적 문제인 국내 납부세액의 일부로 외국 과세당국의 법인세를 보충하는 기형적인 모습으로 과세소득을 신고해 왔던 것이다. (바) 청구법인은 연구개발비 지출시 OOO와 같이 국가로부터 매년 일정비율로 세액공제를 받는 혜택을 제공받아 왔다. 이러한 연구개발비는 청구법인의 로열티수입에도 동일한 비율로 영향을 미치는데, 청구법인은 연구개발비세액공제보다도 적은 금액(2013∼2014년) 또는 총소득 대비 연구개발비 비율에 훨씬 못 미치는 금액(2015∼2017년)을 관련비용으로 차감하여 국외원천소득금액을 과다하게 산출하였다. 청구법인의 계산은 차등적 세제지원을 받는 연구개발비의 특성을 고려하지 않은 계산이다.
(2) 선행연구비가 로열티수입과 관련되어 있음이 조사결과 확인되었으므로 국외원천소득에서 차감하는 것이 타당하다. (가) ‘선행연구활동’이란 차량의 기능 및 성능 관련 기초기술을 연구하는 활동으로서 선행연구활동에 따라 얻게 된 기초기술은 전반적인 차량의 기능 및 성능과 관련되어 청구법인이 생산하는 OOO에 사용되고 있다. 청구법인의 선행연구비는 OOO원이 지출되는 등 청구법인 전체 연구개발비의 절반이 넘는 약 OOO%를 차지하고 있고, 이러한 선행연구활동에는 청구법인의 주장과 같이 OOO 관련 기초기술만 있는 것은 아니며,OOO와 같이 생산중인 차량에 사용되는 기능ㆍ성능 관련 기술개발비용이 포함되어 있다. 다만 선행연구비는 특정차량별로 관련 비용을 집계하고 있지는 않기 때문에 차종별 추적이 불가능할 뿐이다. (나) 이처럼 선행연구비용은 OOO생산에 사용되고 있고, 청구법인은 로열티 산정시 선행연구비용의 일부를 로열티 산정원가에 포함된 것이 확인되므로 선행연구비가 로열티수입 발생과 전혀 관련이 없다는 청구법인의 주장은 사실과 다르다. 이와 같은 사실관계에 따라 조사청은 로열티수입과 관련되어 있으나, OOO 추적이 불가능한 선행연구비를 로열티수입에 간접 대응하는 금액으로 판단하여 매출비율(국내OOO매출 대 해외로열티수입)로 안분하였다. (다) 선행연구비에 대한 과세쟁점은 유사 선행 심판사건에서 조세심판원은 ‘선행연구개발비는 미래 수익을 얻기 위한 지출로 국내·외 수입과 간접적으로 대응되는 비용이다’라고 청구주장을 기각 결정(조심 2018서3465, 2019.5.15.,)한 바 있으므로 이 건에 대해서도 일관성 있게 판단되어야 한다.
(3) (예비적 주장) 설령 국외원천소득에 관련한 비용을 기존해석이나 개정세법을 준용하여 계산하더라도 재조사를 통해 구체적인 사실관계를 확인한 후 정확히 산정해야 한다. (가) 쟁점유권해석이나 2020년 세법 개정시 신설된 연구개발비 특례산정방법이 국외원천소득 계산방식으로 준용된다 하더라도, 이는 이 건 조사가 종결된 이후 새롭게 제안된 방법들이기 때문에 조사 당시에는 이에 대한 충분한 사실관계 조사가 이루어지지 못했다.
1. 2020년 개정된 법인세법 시행령 제94조 는 국외원천소득 계산시 해당 국외원천소득에 직접적으로 관련되어 대응되는 비용은 직접비용으로 직접 차감하되, ‘기획재정부령으로 정하는 비용’ 즉, 연구개발활동에 지출된 비용만을 예외적으로 특례산정방법을 선택하여 적용할 수 있다고 규정하고 있다. 여기에서 ‘연구개발활동에 지출된 비용’을 어디까지 인정할 것인지에 대해서는 논란의 여지가 있으므로 법원 판례로 정립되기 전까지는 사실판단 영역에 속하므로 과세관청의 추가적인 조사 및 판단에 의해서만 결정될 수밖에 없다.
2. 쟁점유권해석에서도 특정 연구개발비가 국내·외 원천소득에 공통적으로 관련되었는지 또는 직접적으로 관련되었는지 여부는 구체적인 사실관계를 고려하여 판단할 사항임을 분명히 밝힌바 있다.
3. 청구법인의 연구개발비에는 현지생산시 필요한 직접적인 금형제작, 도장 등 단순 용역수수료가 포함되어 있고, 위탁받아 수행하는 연구활동이 포함되어 있어 공용차종개발비와 관련한 위탁연구비가 포함되어 있을 수 있으므로 해당 비용들은 특례대상 연구개발비에서 제외하여 국외원천소득에 대한 직접 관련비용으로 재분류한 후 국외원천소득에 대응하는 비용을 산정해야 하고, 이를 위해 자료수집 및 추가적인 보완조사가 요구된다. (나) 선행연구비에 해외에서 생산중인 차량의 성능개선을 위한 기술개발이 포함되어 있지 않은 지를 검증하기 위해서 연구개발활동에 대한 추가적인 보완조사가 필요하다. 아울러 선행연구시 국내생산과 해외생산 거점별로 개발차종에 대한 코드번호를 사전에 부여한 후 국내연구개발이 시작되는 점을 고려할 때, 선행연구비는 국내·외 구분이 충분히 가능하다. 따라서 정확한 비용산출을 위해 과거 부여된 개발코드별로 국내와 국외를 구분하고, 이들 코드별로 비용을 집계하는 작업이 필요하다. (다) 방송프로그램에 대한 해외로열티 사건에서 법원은 국외원천소득 계산시 차감하는 공통경비는 매출액 기준이 아닌 총제조원가를 기준으로 안분하는 방법이 합리적이라 판시함으로서 이종업종에 대한 안분방식(개별손금액에 비례하여 안분)이 보다 적합한 방법이라고 판단하였다. 이 건의 경우 방송프로그램 허여거래와 그 사업구조면에서 다르지 않으므로 이종업종으로도 분류하여 매출액이 아닌 개별 손금액 기준으로 배부할 수 있다. 따라서 국내 자동차생산과 해외무형자산 허여거래가 동일업종인지 이종업종인지 구분은 매우 중요한 사안이므로 이에 대한 추가적인 보완조사도 필요하다.
① 제품개발비 중 국내출시차종 개발비 및 관련 국내출시차종 엔진·변속기 개발비를 국외원천소득에 직접 대응하는 비용으로 보아 국내·외 차량생산대수의 비율로 안분한 금액을 국외원천소득에서 차감하는 것으로 하여 공제한도금액을 재계산하여 과세한 처분의 당부
② 선행연구비를 국외원천소득에 간접 대응하는 비용으로 보아 매출액 비율로 안분한 금액을 국외원천소득에서 차감하는 것으로 하여 공제한도금액을 재계산하여 과세한 처분의 당부
(1) 청구법인의 연구개발활동 및 관련 회계처리 등의 내역은 다음과 같다. (가) 청구법인의 연구개발활동은 선행연구활동과 제품개발활동으로 구분되고, 제품의 개발은 기획 ㆍ 디자인 ㆍ 설계 ㆍ 시험단계로 이루어진다. (나) 청구법인이 생산·판매하는 차종은 국내공장에서만 생산·판매하는 ‘국내전용차종’, 해외현지법인에서만 생산·판매하는 ‘국외전용차종’, 국내·국외 동시에 생산하는 ‘공용차종’으로 구분할 수 있는데, 생산차종의 예는OOO과 같다. (다) 청구법인은 선행연구비는 전 차종에 사용되고 있어 특정 생산차종별로 관련비용을 집계하지 않고, 제품개발비는 생산차종별로 별도의 프로젝트로 구분하며, 관련 비용을 프로젝트별로 집계하고 있다(재료비 등의 직접비와 업무시간별로 안분되어 계산된 인건비 등의 간접비를 프로젝트별로 배부). (라) 공용차종개발비는 국내 및 해외현지법인 공장에서 양산 전 단계인 국내출시차종을 제작하여 양산성을 검증하는 데까지 소요된 개발비OOO와 이를 국외출시차종으로 변형하는데 소요되는 개발비OOO제품 개발비]로 구분되고, 일부 국내형으로 변형하는데 소요되는 개발비도 존재한다OOO (마) 청구법인의 연구개발비 구분 및 회계처리 내역은 OOO과 같다.
(2) 처분청이 쟁점제품개발비가 로열티수입에 직접 대응된다며 제시한 자료는 다음과 같다. (가) 청구법인은 공용차종개발비 최초 기획단계부터 글로벌 판매를 목표로 연구개발비에 해외생산분을 포함하여 예산품의를 기안하고 있다. (나) 청구법인은 해외현지법인과 기술허가 계약을 체결하고, 그 대가로 로열티 산정원가에 Mark-up 금액과 기간이자를 가산하여 로열티를 수취하고 있다.
(3) 처분청은 쟁점제품개발비를 차량별 국내 ㆍ 외 차량생산대수 비율로 배분하였고, 선행개발비는 전체차량매출과 전체로열티수입 비율로 배분하였으며, 배분 기준은OOO와 같다. 한편 청구법인은 쟁점제품개발비를 공용차종의 매출액 및 그에 상당하는 로열티수입 비율로 배분하여야 한다고 주장하고, 배분기준은 OOO와 같다.
(4) 청구법인의 외국납부세액공제 신청내역 및 이에 대한 처분청의 경정내역은 OOO과 같다. (나) 처분청은 OOO과 같이 청구법인의 연구개발비를 재분류하고, OOO와 같이 국외원천소득에서 차감하는 비용을 산정하여 외국납부세액공제 한도금액을 재계산한 후, 이 건 법인세를 과세하였다.
(5) 청구법인의 예비적 청구에 따른 쟁점제품개발비 및 선행연구비 안분 금액 및 외국납부세액공제 한도금액은 OOO과 같다.
(6) 그 밖에 청구법인이 제시한 자료는 다음과 같다. (가) 청구법인이 제시한 OOO의 예규질의에 대한 기획재정부의 회신 내역(기획재정부 국제조세제도과-468, 2019.10.24.)은 다음과 같다. 1.법인세법제57조 제1항 제1호에 따라 외국납부세액의 세액공제방법이 적용되는 경우의 국외원천소득은 같은 법 시행령 제94조 제2항(대통령령 제29529호로 2019.2.12. 개정된 것)에 따라 국외원천소득에 대응하는 직․간접비용을 뺀 금액으로 하는 것으로, 이 경우 간접비용은 해당 국외원천소득과 그 밖의 소득에 공통적으로 관련하여 같은 법 시행규칙(기획재정부령 제730호로 2019.3.20. 개정된 것)에서 정하는 방법에 따라 안분계산하여 국외원천소득에 배분되는 비용을 말하며(법인령 §94②2), 직접비용은 위 간접비용에 해당하지 않는 비용으로서 해당 국외원천소득에 직접적으로 관련되어 개별적으로 대응되는 비용을 말하는 것입니다(법인령 §②1).
2. 귀 질의 중 국내․외 공용차종(기본형 차종, 국내변형 차종 및 국외변형 차종)에 관련된 연구개발비의 경우 관련 연구개발비 중 간접비용은 국외원천 사용료소득과 국내원천소득에 공통적으로 관련된 연구개발비(기본형 차종에 관한 연구개발비)로서 그 중 같은 법 시행규칙 제47조에서 정하는 방법에 따라 안분계산한 비용을 말하며, 직접비용은 관련 연구개발비에서 국외원천 사용료소득과 국내원천소득에 공통적으로 관련된 연구개발비를 차감한 잔여 연구개발비 중 국외원천 사용료소득에 직접적으로 관련되어 개별적으로 대응되는 연구개발비(국외변형 차종에 관한 연구개발비)가 해당되는 것입니다.
3. 다만 특정 연구개발비가 국내․국외 원천소득에 공통적으로 관련되었는지 또는 직접적으로 관련되었는지 여부는 구체적인 사실관계를 고려하여 판단할 사항입니다. (나) 2019.2.12. 대통령령 제29529호로 일부 개정된 법인세법 시행령제94조 제1항ㆍ제2항ㆍ제6항 및 제15항의 개정이유에는 “외국납부세액 공제제도의 운영상 미비점을 보완하기 위해 외국납부세액을 공제할 때 조세조약에 따른 비과세ㆍ면제ㆍ제한세율에 관한 규정에 따라 계산한 세액을 초과하는 세액은 제외하도록 하고, 국외원천소득 계산시 차감하는 직접비용 및 간접비용의 개념을 규정하며, 외국납부세액 중 이월공제 대상에서 제외되는 세액의 계산방법을 규정하는 등 관련 규정을 명확하게 함”으로 나타난다. (다) 국외원천소득에 대응되는 직․간접비용과 관련한 2020년 세법개정 보도자료에 나타나는 내용은 다음과 같다. ㅇ 연구개발비에 대한 국외원천소득 대응 비용 특례 신설 (소득칙 §60, 법인칙 §47) < 시행령 개정내용 >
□ 연구개발비에 대한 국외원천소득 대응 비용 은 별도 계산방법으로 산출 가능하도록 근거 마련 국외원천소득 대응 비용: 외국납부세액 공제한도 계산시 국외원천소득에서 차감 직접비용 ‣ 국외원천소득에 직접 관련된 비용 배분비용 ‣ 소득 원천별로 국내ㆍ국외로 구분할 수 없는 공통비용을 기획 재정부령으로 정하는 방법 에 따라 구분계산한 금액 (동일업종) 수입금액 비례 안분, (다른 업종) 개별손금액 비례 안분 현 행 개 정 안 <신 설> ※ 외 국납부세액 공제한도액 = 국내외 원천소득에 대한 산출세액 × 국외원천소득 – 국외원천소득 대응비용 해당 사업연도의 과세표준 (해당 과세기간의 종합소득금액)
□ 연구개발비에 대한 국외원천소득 대응비용 특례 신설 ① 매출액 방법(Sales method) R&D활동 국외원천소득 대응비용 국내〉국외 연구개발비용×50%× 외국자회사 등 매출 내국법인 총 매출 + 외국자회사 등 매출 국내〈국외 (연구개발비용× 50%) + (※ 위의 산식으로 계산된 금액) R&D 활동이 50%를 초과하여 수행된 지역을 국내・외로 구분 거주자ㆍ내국법인이 50% 이상 직간접 출자 외국법인 ② 매출총이익 방법(Gross income method) R&D활동 * 국외원천소득 대응비용 국내〉국외 연구개발비용×75%× 국외원천 사용료 (royalty) 〔매출총이익+국외원천 사용료 (royalty)〕 국내〈국외 (연구개발비용×25%) + (※ 위의 산식으로 계산된 금액) ㅇ 납세자는 ① 또는 ② 방법 중 선택 가능 (5년 적용). 단, 다음 요건 해당시 별도 산출 요건 국외원천소득 대응비용 ① 방법 × 50% > ② 방법 ① 방법 × 50% <개정이유> 과세 명확성 제고를 통한 분쟁 예방 및 납세 편의 제고 <적용시기> 20 21.1.1. 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용 (라) 청구법인이 제시한 연구개발비 총액 대비 차감되는 직․간접비용의 비율은OOO와 같다. (마) 청구법인은 자동차 제조·판매가 주된 활동이고, 별도의 연구개발업을 영위하는 것이 아니므로 차량매출과 로열티매출은 업종이 동일한 것으로 보는 것이 타당하다며 아래의 자료를 제시하였다. 구분 법인세법 시행규칙 제75조 (구분경리의 범위) 한국표준산업분류 총설 법령 ② 법률에 의하여 법인세가 감면되는 사업과 기타의 사업을 겸영하는 법인은 제1항과 제76조 제6항 및 제7항의 규정을 준용하여 구분경리하여야 한다. 이 경우 제76조 제6항 제2호 및 제3호의 규정에 의한 업종의 구분은 한국표준산업분류에 의한 소분류에 의하되, 소분류에 해당 업종이 없는 경우에는 중분류에 의한다.·산업결정방법: 생산단위의 산업활동은 그 생산단위가 수행하는 주된 산업활동(판매 또는 제 공하는 재화 및 서비스)의 종류에 따라 결정된다. 이러한 주된 산업활동은 산출물에 대한 부가가치의 크기에 따라 결정되어야 하나, 부가가치 측정이 어려운 경우에는 산출액에 의하여 결정한다.·산업분류적용원칙: 산업활동이 결합 되어 있는 경우에는 그 활동단위의 주된 활동에 따라서 분류하여야 한다. 사례 [통계청, 기준02210-20, 2002.1.16] 한국표준산업분류는 통계작성 목적분류로서 통계청장이 사업체에서 수행하는 주된 산업활동을 기준으로 분류하고 있는바, 방송수신기 및 기타영상ㆍ음향기기 제조활동과 기계장비 조립용 플라스틱 제조활동을 주로 수행하면서, 제품제조와 관련된 전문적인 기술을 해외사업체에 제공하고 일정수수료를 받는 경우 주된 산업활동의 특성에 따라 각각 달리 분류될 수 있다. [국심 2002서0779, 2002.6.19] 청구법인은 제조업을 주업으로 하고있고, 1991.8.1. 이후 해외자회사에 청구법인의 사업과 관련한 노하우를 제공하고 로열티수입이 발생하였으며, 한국표준산업분류에 관한 질의·회신에서 제품제조와 관련된 전문적인 기술을 해외사업체에 제공하고 일정수수료를 받는 경우 동제조활동과 같은 산업활동으로 분류하고 있으므로, 쟁점수입액은 제조업등에서 발생한 사업소득으로 보아 중소제조업에 대한 특별세액감면대상에 해당한다고 봄이 타당한 것으로 판단된다. (7) 2020.2.11. 개정된 법인세법 시행령 제94조 및 2020.3.13. 개정된 같은 법 시행규칙 제47조에 따라 양측이 계산한 국외원천소득 에 대응하는 비용내역은OOO과 같다. (가) 청구법인은 <표23>과 같이OOO원(총연구개발비 대비 비율: OOO%) 이 국외원천소득에 대응하는 비용이라며 산정내역을 제시하였다. (나) 반면 처분청은OOO와 같이 총연구개발비 중 국내출시차종개발비 및 선행연구비 OOO원을 위 시행규칙에 따라 계산한 OOO원을 간접비용으로 보고, 국외전용개발비 OOO을 합한 금액인OOO이 국외원천소득에 대응하는 비용이라고 주장한다. (8) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다. 1) 2017.12.19. 법률 제15222호로 일부 개정되기 전의법인세법제57조 제1항에는 내국법인의 각 사업연도의 과세표준에 국외원천소득이 포함되어 있는 경우, 그 국외원천소득에 대하여 대통령령으로 정하는 외국납부세액을 세액공제를 적용받을 수 있다고 규정하고 있고, 2018.2.13. 대통령령 제28640호로 일부 개정되기 전의 같은 법 시행령 제94조 제15항에는 “…외국법인세액의 공제가 적용되는 경우의 국외원천소득은 해당 사업연도의 과세표준을 계산할 때 손금에 산입된 금액으로서 국외원천소득에 직접 또는 간접으로 대응하는 금액이 있는 경우에는 이를 차감한 금액으로 한다.”고 규정하고 있으나, ‘직접 또는 간접으로 대응하는 금액’에 대한 의미나 그 산정방법에 대한 구체적인 규정이 없는바, 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다고 할 것이다(대법원 2008.2.15. 선고 2007두4438 판결, 같은 뜻임). 2) 청구법인은 기업회계기준에 따라 연구개발비와 매출액과의 직접적인 관련성을 판단한 후, 국외원천소득에 대응되는 해외출시차종개발비는 국외원천소득에서 차감하되, 쟁점제품개발비는 차감하지 아니하였으므로 기업회계기준과 관행의 적용에 따라 기신고한 연구개발비만 국외원천소득에 대응하는 비용으로 보아야 한다고 주장하나, 2019년 법인세법 시행령 제94조 에는 ‘간접비용’을 “해당 국외원천소득과 그 밖의 소득에 공통적으로 관련된 비용 중 기획재재정부령으로 정하는 방법에 따라 계산한 국외원천소득 관련 비용”으로, ‘직접비용’을 “간접비용에 해당하지 않은 비용으로서 해당 국외원천소득에 직접적으로 관련된 비용”으로 정의하고 있고, 그 개정 이유로 “외국납부세액 공제제도의 운영상 미비점을 보완하기 위해 국외원천소득 계산 시 차감하는 직접비용 및 간접비용의 개념을 규정하는 등 관련 규정을 명확하게 한다.”고 밝히고 있으므로 이를 준용하여 해석하는 것이 합리적인 점, 이 건에서 국외원천소득에 대응하는 직접비용 또는 간접비용은 국외원천소득의 원천이 되는 청구법인의 무형자산 취득과 관련하여 지출한 금액이고, 동 무형자산이 국내출시차종과 해외출시차종에 공통적으로 관련이 있으면 간접비용으로, 해외출시차종에만 관련이 있으면 직접비용으로 구분하는 것이 합리적인 점, 국내․외 공용차종은 처음부터 국내․외 동시 생산을 목표로 개발하고 있고, 쟁점제품개발비는 양산 전 단계인 기본형차종을 제작하여 양산성을 검증하는데 소요된 개발비이고, 이후 기본형차종을 국내외변형차로 개발하면서 추가적인 개발비가 소요되는 것인바, 쟁점제품개발비는 국내외 출시차종에 공통적으로 관련된 간접비용에 해당한다고 봄이 타당하므로 쟁점제품개발비를 국외원천소득에서 차감하지 아니하여야 한다는 청구법인의 주위적청구는 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. 3) 청구법인은 쟁점제품개발비를 국외원천소득에 대응되는 비용으로 보더라도 국내․외원천소득에 공통적으로 관련된 간접비용이므로 매출액의 비율로 안분해야 한다고 주장하는 반면, 처분청은 쟁점제품개발비를 국내·외 차량생산대수의 비율로 안분하여 산정한 금액이 국외원천소득에 직접 대응하는 비용이므로 이를 국외원천소득에서 차감하여야 한다는 의견이나, 2018.3.21. 기획재정부령 제671호로 일부 개정되기 전의 법인세법 시행규칙제76조 제6항 제2호에는 비영리법인이 수익사업과 기타의 사업의 공통손금의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산하도록 규정하고 있고, 동일한 취지로 2019년 법인세법 시행규칙 제47조 제1호 에도 국외원천소득과 그 밖의 소득의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 국외원천소득과 그 밖의 소득별로 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산하도록 규정하고 있는바(기획재정부 국제조세제도과-468, 2019.10.24., 같은 뜻임), 앞서 살펴본 바와 같이 쟁점제품개발비는 국내원천소득과 국외원천소득에 공통적으로 관련된 간접비용 에 해당하므로 2018.3.21. 기획재정부령 제671호로 일부 개정되기 전의 법인세법 시행규칙제76조 제6항 제2호 또는 2019년 법인세법 시행규칙 제47조 제1호 에 따라 안분계산하는 것이 합리적인 점, 처분청과 같이 쟁점제품개발비를 차량생산대수 비율로 안분계산할 경우에는 직접비용인 경우에는 국내에서 지출됨에 따른 혜택이 있음에도 국외원천소득에서 대응하는 비용으로 전액 차감되거나 해외현지법인에 유보된 소득에 대응하는 비용까지 청구법인의 국외원천소득에 대응하는 비용으로 과다하게 차감하여 산정될 수 있는 점, 물론 청구법인이 주장하는 방법도 총액 개념인 청구법인의 매출액과 순액 개념인 사용료소득의 비율로 계산하게 되므로 국외원천소득에 대응하는 비용이 과소하게 산정되는 측면이 있기는 하나, 청구법인의 경우에는 앞에서 살펴본 바와 같이 직접비용이 과도하게 국외원천소득의 대응비용으로 차감되는 측면이 있으므로 이를 함께 감안하면, 처분청의 과세방식보다는 청구법인이 주장하는 방법이 더 합리적으로 국외원천소득에 대응하는 직․간접비용이 산정된다고 보이는 점, 청구법인이 사용료소득을 원가가산의 방법으로 수취하였더라도 이는 당사자들 사이에 사용료 산정의 한 방식을 선택한 것에 불과하고, 당사자들 간에 원가산정에 있어서 세법상 인정되는 방법으로 객관적으로 산정하였다고 보기 어려워 이를 근거로 쟁점제품개발비를 차량생산대수로 안분계산하기는 곤란한 점 등에 비추어 쟁점제품개발비를 국내원천소득과 국외원천소득에 공통적으로 관련된 간접비용으로 보아 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산한 금액을 국외원천소득에서 차감하는 것이 타당한 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살펴본다. 1) 처분청은 선행연구비의 내역과 관계없이 전체를 국외원천소득에 간접 대응하는 비용으로 보아 이 건 과세처분을 하였으나, 연구단계에서 발생하는 선행연구비의 경우 미래의 경제적 효익을 창출할 무형자산이 존재한다는 것을 제시할 수 없기 때문에 발생시점에 비용처리하는 것인바OOO, 장래의 개발차종에 관련이 있다는 막연한 가능성만으로 상용화(商用化) 전단계에서 발생한 선행연구비 전부가 로열티소득을 창출한다거나 로열티소득과 관련하여 지출된 공통비용으로 보기 어려운 측면이 있다. 다만 청구법인의 선행연구비는 제품개발 이전에 차량의 기능 및 성능과 관련한 기초기술을 연구개발하는 단계에서 지출된 수많은 당기비용의 합계액으로서, 청구법인의 주장과 같이 상용화된 제품과 관련이 없는 미래차량의 기초기술을 연구하는 비용 등이 포함되어 있는 것으로 보이지만, 처분청의 의견과 같이 단지 차종별 추적이 불가능할 뿐, 생산중인 차량의 기능 및 성능과 관련된 기술을 연구하는 비용 등도 포함되어 있을 가능성을 배제할 수 없는 것으로 보인다. 2) 한편 처분청은 국내 자동차생산과 해외무형자산 허여거래가 동일업종인지 이종업종인지 구분에 대한 추가적인 보완조사가 필요하다는 의견이나, 한국표준산업분류방법상 생산단위의 산업활동은 그 생산단위가 수행하는 주된 산업활동의 종류에 따라 결정되는바, 청구법인의 경우와 같이 자동차 제조를 주로 수행하면서 제품제조와 관련한 전문적인 기술을 해외에 제공하고 일정수수료를 받는 경우 동 제조활동과 같은 산업활동으로 보아야 할 것으로 보이고, 처분청도 이 건 과세시 국내 자동차생산과 해외무형자산 허여거래가 동일업종으로 보아 선행연구비를 매출액 비율로 안분하였으므로 이를 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다. 3) 따라서 처분청이 국외원천소득에 대응하는 간접비용으로 본 선행연구비 중 단기 시제품이 아닌 중장기적으로 미래차량의 기초기술과 관련된 비용, 국외출시차 종과 관련이 없는 비용 및 상용화 이전 선행연구단계에서 중단된 프로젝트와 관련된 비용 등이 얼마인지를 재조사하여 그 결과에 따라 이를 제외한 나머지 금액에 대하여 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산한 금액을 국외원천소득에 대응하는 비용으로 보아 외국납부세액공제 한도금액을 재산정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기본법제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령
(1) 법인세법(2017.12.19. 법률 제15222호로 개정되기 전의 것) 법인세법 제43조 (기업회계기준과 관행의 적용) 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산·부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용하거나 관행(慣行)을 계속 적용하여 온 경우에는 이 법 및 조세특례제한법에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 그 기업회계의 기준 또는 관행에 따른다. 제57조(외국 납부 세액공제 등) ① 내국법인의 각 사업연도의 과세표준에 국외원천소득이 포함되어 있는 경우 그 국외원천소득에 대하여 대통령령으로 정하는 외국법인세액(이하 이 조에서 “외국법인세액”이라 한다)을 납부하였거나 납부할 것이 있는 경우에는 제21조 제1호에도 불구하고 다음 각 호의 방법 중 하나를 선택하여 적용받을 수 있다.
1. 제55조에 따라 산출한 해당 사업연도의 법인세액(토지등 양도소득에 대한 법인세액과 제56조에 따른 미환류소득에 대한 법인세액은 제외한다)에 국외원천소득이 해당 사업연도의 과세표준에서 차지하는 비율(조세특례제한법이나 그 밖의 법률에 따라 면제되거나 세액 감면을 적용받는 경우에는 대통령령으로 정하는 비율)을 곱하여 산출한 금액을 한도(이하 이 조에서 “공제한도”라 한다)로 외국법인세액을 해당 사업연도의 법인세액에서 공제하는 방법
2. 국외원천소득에 대하여 납부하였거나 납부할 외국법인세액을 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하는 방법
② 외국정부에 납부하였거나 납부할 외국법인세액이 공제한도를 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 해당 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 5년 이내에 끝나는 각 사업연도에 이월하여 그 이월된 사업연도의 공제한도 범위에서 공제받을 수 있다.
⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정에 따른 국외원천소득의 계산방법, 세액공제 또는 손금산입에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제113조(구분경리) ① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산·부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.
⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정에 따른 구분경리의 방법, 동일사업을 하는 법인의 판정, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 법인세법 시행령(2018.2.13.대통령령 제28640호로 개정되기 전의 것) 제94조(외국납부세액의 공제) ① 법 제57조 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 외국법인세액”이란 외국정부(지방자치단체를 포함한다. 이하 같다)에 의하여 과세된 다음 각 호의 세액(가산세 및 가산금은 제외한다)을 말한다. 다만, 국제조세조정에 관한 법률제10조 제1항에 따라 내국법인의 소득이 감액조정된 금액중 국외특수관계인에게 반환되지 아니하고 내국법인에게 유보되는 금액에 대하여 외국정부가 과세한 금액을 제외한다.
1. 초과이윤세 및 기타 법인의 소득 등을 과세표준으로 하여 과세된 세액
2. 법인의 소득 등을 과세표준으로 하여 과세된 세의 부가세액
3. 법인의 소득 등을 과세표준으로 하여 과세된 세와 동일한 세목에 해당하는 것으로서 소득외의 수익금액 기타 이에 준하는 것을 과세표준으로 하여 과세된 세액
② 법 제57조 제1항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비율”이란 다음의 비율을 말한다.
③ 법 제57조 제1항에 따른 외국납부세액은 해당 국외원천소득이 과세표준에 산입되어 있는 사업연도의 산출세액에서 공제하거나 필요경비로 산입한다. 이 경우 법 제57조 제1항을 적용받으려는 내국법인은 법 제60조에 따른 신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 외국납부세액공제세액계산서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.
⑥ 제96조는 외국납부세액에 대한 세액공제의 한도액을 계산함에 있어서 이를 준용한다.
⑦ 법 제57조 제1항 제1호의 규정에 의한 공제한도를 계산함에 있어서 국외사업장이 2 이상의 국가에 있는 경우에는 국가별로 구분하여 이를 계산한다.
⑮ 법 제57조 제1항의 규정이 적용되는 국외원천소득은 국외에서 발생한 소득으로서 내국법인의 각 사업연도 소득의 계산에 관한 규정을 준용하여 산출한 금액으로 한다. 이 경우 법 제57조 제1항 제1호에 따라 외국법인세액의 공제가 적용되는 경우의 국외원천소득은 해당 사업연도의 과세표준을 계산할 때 손금에 산입된 금액으로서 국외원천소득에 직접 또는 간접으로 대응하는 금액이 있는 경우에는 이를 차감한 금액으로 하며, 그 차감된 금액에 대해서는 법 제57조 제2항을 적용하지 아니한다. <신설 2013. 2. 15.> 제156조(구분경리) ①법 제113조 제1항부터 제5항까지의 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산·부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 구분경리하여야 한다. (3) 법인세법 시행규칙(2018.3.21. 기획재정부령 제671호로 개정되기 전의 것) 제47조(외국납부세액공제) 영 제94조제2항에서 “기획재정부령이 정하는 금액”이라 함은 조세특례제한법 기타 법률에 의한 면제 또는 세액감면의 대상이 되는 국외원천소득에 당해 면제 또는 감면 비율을 곱하여 산출한 금액을 말한다. 제75조(구분경리의 범위) ① 영 제156조의 규정에 의한 구분경리를 할 때에는 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산·부채 및 손익을 각각 독립된 계정과목에 의하여 구분기장하여야 한다. 다만, 각 사업 또는 재산별로 구분할 수 없는 공통되는 익금과 손금은 그러하지 아니하다.
② 법률에 의하여 법인세가 감면되는 사업과 기타의 사업을 겸영하는 법인은 제1항과 제76조 제6항 및 제7항의 규정을 준용하여 구분경리하여야 한다. 이 경우 제76조 제6항 제2호 및 제3호의 규정에 의한 업종의 구분은 한국표준산업분류에 의한 소분류에 의하되, 소분류에 해당업종이 없는 경우에는 중분류에 의한다. 제76조(비영리법인의 구분경리) ⑥ 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통되는 익금과 손금은 다음 각 호의 규정에 의하여 구분계산하여야 한다. 다만, 공통익금 또는 손금의 구분계산에 있어서 개별손금(공통손금외의 손금의 합계액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 없는 경우나 기타의 사유로 다음 각호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는 공통익금의 수입항목 또는 공통손금의 비용항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간·사용시간·사용면적등의 기준에 의하여 안분계산한다.
1. 수익사업과 기타의 사업의 공통익금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산
2. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산
3. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 다른 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 개별 손금액에 비례하여 안분계산
(4) 법인세법(2018.12.24. 법률 제16008호로 개정된 것) 제57조(외국 납부 세액공제 등) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 과세표준에 국외원천소득이 포함되어 있는 경우로서 그 국외원천소득에 대하여 대통령령으로 정하는 외국법인세액(이하 이 조에서 “외국법인세액”이라 한다)을 납부하였거나 납부할 것이 있는 경우에는 제21조 제1호에도 불구하고 다음 각 호의 방법 중 어느 하나를 선택하여 적용할 수 있다.
1. 외국납부세액의 세액공제방법: 다음 계산식에 따른 금액(이하 이 조에서 “공제한도금액”이라 한다) 내에서 외국법인세액을 해당 사업연도의 산출세액에서 공제하는 방법 (그림삽입을 위한 공백)
2. 외국납부세액의 손금산입방법: 국외원천소득에 대하여 납부하였 거나 납부할 외국법인세액을 각 사업연도의 손금에 산입하는 방법
② 제1항 제1호를 적용할 때 외국정부에 납부하였거나 납부할 외국법인세액이 해당 사업연도의 공제한도금액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 해당 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 5년 이내에 끝나는 각 사업연도로 이월하여 그 이월된 사업연도의 공제한도금액 내에서 공제받을 수 있다.
⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정에 따른 국외원천소득의 계산방법, 세액공제 또는 손금산입에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (5) 법인세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29529호로 개정된 것) 제94조(외국납부세액의 공제) ② 법 제57조 제1항이 적용되는 국외원천소득은 국외에서 발생한 소득으로서 내국법인의 각 사업연도 소득의 과세표준 계산에 관한 규정을 준용해 산출한 금액으로 한다. 이 경우 법 제57조 제1항 제1호에 따라 외국납부세액의 세액공제방법이 적용되는 경우의 국외원천소득은 해당 사업연도의 과세표준을 계산할 때 손금에 산입된 금액(국외원천소득이 발생한 국가에서 과세할 때 손금에 산입된 금액은 제외한다)으로서 국외원천소득에 대응하는 다음 각 호의 비용(이하 이 조에서 "직·간접비용"이라 한다)을 뺀 금액으로 한다.
1. 직접비용: 제2호에 따른 간접비용에 해당하지 않는 비용으로서 해당 국외원천소득에 직접적으로 관련된 비용
2. 간접비용: 해당 국외원천소득과 그 밖의 소득에 공통적으로 관련된 비용 중 기획재정부령으로 정하는 방법에 따라 계산한 국외원천소득 관련 비용 (6) 법인세법 시행규칙(2019.3.20. 기획재정부령 제730호로 개정된 것) 제47조(외국납부세액공제) 영 제94조 제2항 제2호에서 “기획재정부령으로 정하는 방법”이란 다음 각 호의 계산 방법을 말한다.
1. 국외원천소득과 그 밖의 소득의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 국외원천소득과 그 밖의 소득별로 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산
2. 국외원천소득과 그 밖의 소득의 업종이 다른 경우의 공통손금은 국외원천소득과 그 밖의 소득별로 개별 손금액에 비례하여 안분계산
(7) 법인세법(2019.12.31. 법률 제16833호로 개정된 것) 제57조(외국 납부 세액공제 등) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 과세표준에 국외원천소득이 포함되어 있는 경우로서 그 국외원천소득에 대하여 대통령령 으로 정하는 외국법인세액(이하 이 조에서 “외국법인세액”이라 한다)을 납부하였거나 납부할 것이 있는 경우에는 제21조 제1호 에도 불구하고 다음 각 호의 방법 중 어느 하나를 선택하여 적용할 수 있다.
1. 외국납부세액의 세액공제방법: 다음 계산식에 따른 금액(이하 이 조에서 "공제한도금액"이라 한다) 내에서 외국법인세액을 해당 사업연도의 산출세액에서 공제하는 방법
2. 외국납부세액의 손금산입방법: 국외원천소득에 대하여 납부하였 거나 납부할 외국법인세액을 각 사업연도의 손금에 산입하는 방법 (8) 법인세법 시행령(2020.2.11. 대통령령 제30396호로 개정된 것) 제94조(외국납부세액의 공제) ② 법 제57조 제1항이 적용되는 국외원천소득은 국외에서 발생한 소득으로서 내국법인의 각 사업연도 소득의 과세표준 계산에 관한 규정을 준용해 산출한 금액으로 한다. 이 경우 법 제57조 제1항 제1호에 따라 외국납부세액의 세액공제방법이 적용되는 경우의 국외원천소득은 해당 사업연도의 과세표준을 계산할 때 손금에 산입된 금액(국외원천소득이 발생한 국가에서 과세할 때 손금에 산입된 금액은 제외한다)으로서 국외원천소득에 대응하는 다음 각 호의 비용(이하 이 조에서 “국외원천소득 대응 비용"이라 한다)을 뺀 금액으로 하되, 내국법인이 연구개발 관련 비용 등 기획재정부령으로 정하는 비용에 대해 기획재정부령으로 정하는 계산방법을 선택하여 적용하는 경우에는 그에 따라 계산한 금액을 국외원천소득 대응 비용으로 한다.
1. 직접비용: 해당 국외원천소득에 직접적으로 관련되어 대응되는 비용. 이 경우 해당 국외원천소득과 그 밖의 소득에 공통적으로 관련된 비용은 제외한다.
2. 배분비용: 해당 국외원천소득과 그 밖의 소득에 공통적으로 관련된 비용 중 기획재정부령으로 정하는 배분방법에 따라 계산한 국외원천소득 관련 비용 (9) 법인세법 시행규칙(2020.3.13. 기획재정부령 제774호로 개정된 것) 제47조(외국납부세액공제) ① 영 제94조 제2항 각 호 외의 부분 후단에서 “연구개발 비용 등 기획재정부령으로 정하는 비용”이란 영 제19조에 따른 손비로서 내국법인의 연구개발 활동에 지출된 비용(이하 이 조에서 “연구개발비”라 한다)을 말한다.
② 영 제94조 제2항 각 호 외의 부분 후단에서 "기획재정부령으로 정하는 계산방법"이란 다음 각 호의 방법을 말한다. 다만, 제2호에 따라 계산한 금액이 제1호에 따라 계산한 금액의 100분의 50 미만인 경우에는 제1호에 따라 계산한 금액의 100분의 50을 영 제94조 제2항에 따른 국외원천소득 대응 비용으로 한다.
1. 매출액 방법: 해당 사업연도에 내국법인의 전체 연구개발비 중 국내에서 수행되는 연구활동에 소요되는 비용이 차지하는 비율(이하 이 항에서 "연구개발비용비율"이라 한다)의 구분에 따른 다음의 계산식에 따라 국외원천소득 대응 비용을 계산하는 방법 (그림 삽입을 위한 공백)
2. 매출총이익 방법: 해당 사업연도에 내국법인의 연구개발비용비율의 구분에 따른 다음의 계산식에 따라 국외원천소득 대응 비용을 계산하는 방법
③ 영 제94조 제2항 제2호에서 “기획재정부령으로 정하는 배분방법”이란 다음 각 호의 계산 방법을 말한다.
1. 국외원천소득과 그 밖의 소득의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 국외원천소득과 그 밖의 소득별로 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산
2. 국외원천소득과 그 밖의 소득의 업종이 다른 경우의 공통손금은 국외원천소득과 그 밖의 소득별로 개별 손금액에 비례하여 안분계산
결정 내용은 붙임과 같습니다.