조세심판원 심판청구 양도소득세

보유기간을 취득일부터 제2차관리처분계획 변경인가일까지로 볼 수 없다면 제1차관리처분계획 변경인가일로 보아 장기보유특별공제 적용 주장의 당부

사건번호 조심-2019-서-2274 선고일 2020.09.02

제1차 관리처분계획 변경인가를 조합원입주권 전환일로 보는 것이 타당하다고 판단되므로 처분청이 최초 관리처분계획 인가일을 부동산에서 조합원입주권으로 변경된 날로 보아 이 건 양도소득세를 부과한 것은 잘못이 있다고 보이므로 장기보유특별공제액을 재계산하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단됨

[주 문] OOO대지 144.5㎡ 및 그 지상건물(시멘트 블럭조 점포 및 주택) 132.97㎡의 보유기간을 취득일로부터 OOO제1차 관리처분계획 변경인가일(2011.3.25.)까지로 보아 장기보유특별공제액을 재계산하고 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하며, 나머지 청구는 기각한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 2008.1.22. OOO대지 144.5㎡ 및 그 지상건물(시멘트 블럭조 점포 및 주택) 132.97㎡(대지와 건물을 합하여 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 상속을 원인으로 취득하였다.
  • 나. 2006.4.20. OOO쟁점부동산을 포함한 OOO일대 47,161.8㎡를 OOO으로 지정(이하 관련 사업을 “OOO도시정비사업”이라 한다)하였고, OOO2008.5.30.(이하 “최초 관리처분계획 인가일”이라 한다) 관리처분계획을 인가하였으나, 일부 조합원들이 서울행정법원에 OOO도시정비사업조합을 상대로 관리처분계획 무효확인 소송을 제기하여 원고 패소하였고, 이에 서울고등법원에 항소하여 원고승소의 무효판결(서울고등법원 2010.10.20. 선고 2009누28461 판결)을 받았다.
  • 다. OOO도시정비사업 조합은 2011.3.25.(이하 “제1차 관리처분계획 변경인가일”이라 한다) 최초 관리처분계획의 흠을 보완하여 OOO구청장으로부터 관리처분계획 변경인가를 받았고, 정비사업 시행기간이 만료(2014.1.31.)된 이후인 2017.

5. 26.(이하 “제2차 관리처분계획 변경인가일”이라 한다) 다시 관리처분계획 변경인가를 받았다.

  • 라. 청구인은 2017.6.13. OOO도시정비사업조합 아파트를 분양ㆍ신청하여 D동 2102호를 배정받아 이를 2017.9.20. OOO에 양도하고, 쟁점부동산의 보유기간을 9년 이상(2008.1.22.∼제2차 관리처분계획 인가일)으로 하여 장기보유특별공제 OOO(양도차익의 27%)을 적용하여 2017.11.30. 양도소득세 OOO을 예정신고・납부하였다.
  • 마. 처분청은 청구인의 2017년 과세연도에 대한 양도소득세 세무조사(조사기간: 2018.5.16.∼2018.6.4.)를 실시하여 쟁점부동산의 보유기간을 3년 미만(2008.1.22.∼최초 관리처분계획 인가일)으로 보고 장기보유특별공제 전액을 부인하여 2018.10.25. 2017년 귀속 양도소득세 OOO경정・고지하였다.
  • 바. 청구인은 이에 불복하여 2019.1.17. 이의신청을 거쳐 2019.6.7. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장

(1) (주위적 청구) 제2차 관리처분계획 변경인가일(2017.5.26.)에 쟁점부동산이 부동산을 취득할 수 있는 권리로 전환되었으므로, 보유기간 9년 이상의 장기보유특별공제율 27%를 적용해야 한다. (가) 「도시 및 주거환경정비법(2016.

3.

29. 법률 제14113호로 개정된 것, 이하 “도정법”이라 한다)」 에 의하여 2008.5.30. 최초 관리처분계획 인가되었으나, 2010.10.20. 서울고등법원이 최초 관리처분계획 인가가 절차 및 내용상 흠이 중대하고 명백하여 무효로 판결(서울고등법원 2010.10.20. 선고 2009누28461 판결)함에 따라 이를 보완하여 2011.3.25. OOO구청장이 제1차 관리처분계획을 변경 인가하였다. (나) 2011.5.20. 사업시행 변경인가 고시로 사업시행 기간이 2007.5.31.부터 2014.1.31.까지 80개월로 연장되었으나, 2011.8.27. 시공사 3개 업체가 모두 계획을 해지하는 등 사업이 중단되는 바람에 사업시행기간이 2014.

1. 31.로 만료된 후 2017.5.26. 제2차 관리처분계획이 변경 인가되었다. (다) 이와 같이 OOO도시정비사업에 관한 최초 관리처분계획 인가는 서울고등법원의 무효판결 로 인하여 그 효력을 상실하였고, 2011.3.25. 제1차 관리처분계획 변경인가는 2014.1.31. 사업시행기한이 만료됨에 따라 그 효력이 실효되었다. 이상의 OOO도시정비사업조합의 관리처분계획 (변경)인가 진행과정을 정리하면 아래 <표1>과 같다. <표1> OOO관리처분계획 (변경)인가 진행과정(주위적 청구) (라) 따라서 부동산의 양도일인 2017.9.20. 현재 유효한 관리처분계획 인가는 2017.5.26. 제2차 관리처분계획 변경인가 뿐이므로 이 날을 부동산에서 부동산을 취득할 수 있는 권리 (이하 “쟁점입주권”이라 한다)로 변경된 날로 보아 쟁점부동산의 보유기간 9년 이상의 장기보유특별공제율 27%를 적용하여 양도소득세 과세표준과 세액을 계산하여야 한다.

(2) (예비적 청구) 쟁점부동산이 쟁점입주권으로 전환되는 시점을 제2차 관리처분계획 변경인가일로 볼 수 없다면 그 시점을 제1차 관리처분계획 변경인가일(2011.3.25.)로 보아, 보유기간 3년 이상의 장기보유특별공제율 10%를 적용해야 한다. (가) OOO도시정비사업 조합에 대한 당해 사건인 대법원의 판결(대법원 2013.7.25. 선고 2010두24678 판결)에 따르면 당초 관리처분계획이 경미한 사항을 변경하는 경우와 달리 주요 부분을 실질적 으로 변경하는 내용으로 새로운 관리처분계획을 수립하여 시장・군수의 인가를 받은 경우에는 당초 관리처분계획은 달리 특별한 사정이 없는 한 효력을 상실한다고 판시하였고, 원심판결(서울고등법원 2010.

10.

20. 선고 2009누28461 판결)에서 원고들이 무효로 승소한 이유는 최초 관리처분 계획이 총회소집 통지절차 및 의결정족수 산정의 절차상 하자와 주택공급기준 위반 등 내용상 중대한 하자 때문임을 알 수 있다. 또한 OOO도시정비사업조합이 2011.2.22. OOO구청장에게 관리처분계획 변경인가를 신청하여 2011.3.25. 새로운 관리처분계획 인가를 받은 사실 등으로 볼 때, 제1차 관리처분계획은 최초 관리처분계획의 절차상 하자를 보완하고 그 주요 부분을 실질적으로 변경한 것으로서 최초 관리처분계획이 별개의 새로운 관리처분계획으로 변경됨으로써 그 효력을 상실하였다고 볼 수 있다(국세청 서면4팀-3187, 2006.

9.

15. 참조). 제1차 관리처분계획과 관련한 쟁점부동산에 관한 관리처분 계획 (변경)인가 과정을 도표로 정리하면 아래 <표2>와 같다. <표2> OOO관리처분계획 (변경)인가 진행과정(예비적 청구) (나) 따라서 주위적 청구에서 쟁점부동산 에 대한 조합원입주권으로 전 환되 는 시점을 제 2차 관리 처분계 획 변경인가일(2017.5.26.)로 볼 수 없다면, 그 시점 을 최초 관리처분계획 인 가(2008.5.30.) 가 무효판 결(서울고등법원 2010.10.20. 선고 2009누28461 판결)됨에 따라 절차상 및 내용 상 그 하자 등의 주요한 부분을 새로이 보완한 제1차 관 리 처분계획 변경인가 일 (2011.3.25.)로 보아 하는바, 이 경우 쟁점부동산의 보유기간은 3년 이상(2008.1.22.~제1차 관리처분계획 변경인가일) 이므로 장기보유특별공제율 10%를 적용해야 한다.

  • 나. 처분청 의견 (1) OOO도시정비사업의 사업시행자는 정비사업을 중지 또는 폐지한 사실이 없으며 사업시행자가 변경된 사실도 없다. (가) OOO도시정비사업은 2007.6.8. 사업시행인가를 받은 후 2008.5.30. 최초로 관리처분계획이 인가되었고, 이후 아래 <표3>과 같이 2008.8.22. 관리처분계획 변경인가(경미한 사항), 2011.3.25. 제1차 관리처분계획 인가, 2017.5.26. 제2차 관리처분계획 인가 등 3차례에 걸쳐 관리처분계획이 변경인가되었는데 이는 당초의 관리처분계획의 일부분을 변경한 것에 불과할 뿐 새로운 사업시행계획에 따른 별개의 관리처분계획이 아님을 알 수 있다. <표3> 관리처분계획 변경 내역 (나) 2008.5.30. 인가된 최초 관리처분계획의 내용상·절차상 하자는 2011.3.25. 관리처분계획 변경인가를 통하여 치유가 된 것으로 볼 수 있고, 이후에도 변경되는 사업시행 인가 및 관리처분계획 인가에 대한 OOO구청의 고시문 OOO 에는 쟁점입주권에 대한 최초 사업시행인가일(2007.5.31.)이 변경없이 계속하여 기재되어 있으므로 무효라 할 수 없다. (다) 또한 OOO구청 도시환경정비팀의 OOO도시정비사업 담당 주무관에게 유선 확인한 바, OOO도시정비사업은 최초의 사업시행계획 및 관리처분계획이 승인된 이후 몇 차례 변경인가만 이루어졌을 뿐, 청구인 주장처럼 2017년에 새로운 정비사업이 시행된 것은 아니라고 확인한 사실이 있다. (라) 2008.5.30. 최초 관리처분계획 인가일로부터 2017.5.26. 최종(제2차) 관리처분계획 인가일까지 권리가격에 미세한 변동은 있었으나 쟁점입주권은 계속하여 사업시행구역 내에 있었으며, 토지·건물에 대한 면적 및 종전가격이 불변인 점을 고려하면 ‘관리처분계획인가 무효확인’ 소송결과로 인하여 2008.5.30. 최초 관리처분계획 인가가 실효되었다고 볼 수 없다. (2) 청구인은 2008.5.30. 최초 관리처분계획 인가일부터 쟁점부동산 양도일까지 조합원의 자격을 계속 유지하여 왔다. (가) 부동산이 조합원입주권으로 전환되는 시점은 관리처분계획인가일이며, 이 날은 도정법에 따른 조합원입주권의 권리가 확정된 날로서 지방자치단체의 공보에 고시된 날이라 할 것인바(서면4팀-1289, 2005.7.22.), 청구인은 OOO도시정비사업의 사업계획 및 최초의 관리처분계획이 인가되어 OOO구보에 고시된 날인 2008.5.30.부터 쟁점입주권을 양도한 2017.9.20.까지 조합원으로서의 자격을 계속 유지하고 있었으며, 쟁점입주권은 조합원입주권으로서 권리관계에 변동이 생긴 사실이 없다. (나) 또한 최초 관리처분계획에서 종전 자신의 부동산을 출자하여 조합원입주권을 취득하였다가 조합에서 탈퇴하고 관리처분계획의 변경인가로 현금청산을 받았다고 하더라도 조합원입주권을 양도한 것으로 보는 것이지 토지 등 부동산을 양도한 것으로 볼 수 없다는 여러 해석사례를 비추어 보더라도 쟁점입주권은 2008.5.30.부터 부동산에서 조합원입주권으로 변경되었다고 보아야 함이 명백하다 할 것이다(부동산거래관리과-550, 2012.10.12., 법규과-1614 2010.10.28. 등). (3) 정비사업 시행기간이 도과되어 사업시행 변경인가 및 관리처분계획 변경 인가가 있었다고 하여 종전의 사업시행인가 및 관리처분계획인가가 소급하여 무효가 되는 것은 아니다. (가) 도정법에서는 사업시행기간이 경과된 경우, 새롭게 사업시행계획인가 또는 관리처분계획 인가과정을 다시 밟도록 하는 규정이 존재하지도 않으며 도정법에 따른 사업시행인가시 정비사업 시행기간을 정하는 것은 인가하는 지방자치단체의 고유 권한으로서, 정비사업 시행자는 사업시행 기간 내에 사업상의 계약에 의하여 사업에 필요한 타인 소유의 토지를 양수하거나 수용ㆍ재결할 수 있는 기간에 불과할 뿐이지 시행기간이 경과하였다 하여 종전의 사업시행 인가 및 관리처분계획이 소급하여 무효가 되는 것도 아니다. (나) 청구인은 당초 관리처분계획의 주요 부분을 실질적으로 변경하는 내용으로 관리처분계획을 수립하여 시장ㆍ군수의 인가를 받은 경우에는 당초 관리처분계획은 특별한 사정이 없는 한 그 효력을 상실(대법원 2012.3.22. 선고 2011두6400 판결 참조)한다고 보고 있지만 동 대법원 판결 이후에는 종전의 관리처분계획은 변경시점까지 유효하게 존속하다가 장래를 향하여 실효되는 것일 뿐 소급적으로 무효가 되지는 않는다고 변경된 내용을 일관되게 판시(대법원 2015.11.26. 선고 2014두15528 판결)하고 있다. (다) 또한 당초 관리처분계획이 효력을 상실한다는 것은 당초 관리처분계획이 유효하게 존속하다가 변경시점을 기준으로 장래를 향하여 실효된다는 의미이지 소급적으로 무효가 된다는 의미가 아니므로(대법원 2016.6.23. 선고 2014다16500 판결, 대법원 2015.11.26. 선고 2014두15528 판결 등) 청구인의 주장처럼 관리처분계획이 변경됨으로써 종전의 관리처분계획이 소급하여 실효된다면 관리처분계획에 일부분의 변경이 필요한 경우마다 새롭게 관리처분계획을 수립하여 인가받아야 하나, 도정법을 보더라도 재개발 사업진행 중 당초 관리처분계획의 일부를 변경할 경우 그 부분에 대하여만 변경하여 인가 또는 신고를 하도록 되어 있는 것으로 보아 이는 시간적․물리적인 행정력 낭비를 막고자 하는 목적으로 보인다. (4) 양도소득세 과세대상 물건이 부동산에서 쟁점입주권으로 변동되는 시점을 제2차 관리처분계획 변경인가일(2017.5.26.)로 볼 경우 법적안정성이 심각히 훼손될 수 있다. 양도소득세는 과세대상 물건이 부동산인지 조합원입주권인지에 따라 과세방법(양도차익 산정, 장기보유특별공제, 세율 등)이 다르고 조합원입주권을 주택으로 의제하여 1세대1주택으로 비과세하거나 다주택자에 대한 중과세율 등을 적용하는 등 차이를 두고 있으며, 조세특례제한법에서도 부동산인 경우에는 감면이 적용되나 조합원입주권인 경우에는 감면이 배제되는 경우가 있는 등 양도되는 물건이 무엇인지에 따라 과세방법에 큰 차이가 생겨 OOO도시정비사업과 같이 수차례 관리처분계획이 변경되는 경우 조합 또는 조합원으로부터 입주권을 취득한 자가 정비사업구역내 과세물건을 양도하거나 취득하는 시점에 따라 과세대상이 달라지는 심각한 문제가 발생한다.

(5) 따라서 당초 관리처분계획이 효력을 상실한다는 것은 당초 관리처분계획이 유효하게 존속하다가 변경시점을 기준으로 장래를 향하여 실효된다는 의미이지 소급적으로 무효가 된다는 의미가 아니므로 도정법에 의하여 정비사업조합의 조합원이 취득한 조합원입주권을 양도하는 경우 최초의 사업시행인가 및 관리처분계획 인가 후 쟁점부동산 양도시점까지 변경인가만 있었고, 최초 관리처분계획 인가 후 그 사업이 중지 또는 폐지되지 않고, 또한 사업시행자가 변경되지 않은 이상 쟁점입주권은 최초 관리처분계획 인가일에 조합입주권으로 변경된 것으로 봄이 타당하다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점

① (주위적 청구) 쟁점부동산의 보유기간이 취득일로부터 제2차 관리처분계획 변경인가일(2017.5.26.)까지이므로 27%의 장기보유특별공제율을 적용해야 한다는 청구주장의 당부

② (예비적 청구) 쟁점부동산의 보유기간을 취득일로부터 제2차 관리처분계획 변경인가일(2017.5.26.)까지로 볼 수 없다면 제1차 관리처분계획 변경인가일(2011.3.25.)로 보아 10%의 장기보유특별공제율을 적용해야 한다는 청구주장의 당부

  • 나. 관련 법령 등 (1) 소득세법 제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지 [공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률에 따라 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득

  • 가. 부동산을 취득할 수 있는 권리 (건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 딸린 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다)
  • 나. 지상권
  • 다. 전세권과 등기된 부동산임차권 제95조(양도소득금액)(2016.

12.

27. 법률 제14474호로 개정된 것)

① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제48조 에 따른 관리처분계획 인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 표1 표2 보유기간 공제율 보유기간 공제율 3년 이상 4년 미만 100분의 10 3년 이상 4년 미만 100분의 24 4년 이상 5년 미만 100분의 12 4년 이상 5년 미만 100분의 32 5년 이상 6년 미만 100분의 15 5년 이상 6년 미만 100분의 40 6년 이상 7년 미만 100분의 18 6년 이상 7년 미만 100분의 48 7년 이상 8년 미만 100분의 21 7년 이상 8년 미만 100분의 56 8년 이상 9년 미만 100분의 24 8년 이상 9년 미만 100분의 64 9년 이상 10년 미만 100분의 27 9년 이상 10년 미만 100분의 72 10년 이상 100분의 30 10년 이상 100분의 80 (2) 도시 및 주거환경정비법 제4조(정비계획의 수립 및 정비구역의 지정)(2016.

3.

29. 법률 제14113호로 개정된 것)

① 자치구의 구청장 또는 광역시의 군수(이하 이 조, 제4조의 3 및 제4조의 4에서 “구청장등”이라 한다)는 기본계획에 적합한 범위에서 노후·불량건축물이 밀집 하는 등 대통령령으로 정하는 요건에 해당하는 구역에 대하여 다음 각 호의 사항이 포함된 정비계획을 수립하여 이를 주민에게 서면으로 통보한 후 주민 설명회를 하고 30일 이상 주민에게 공람하며 지방의회의 의견을 들은 후(이 경우 지방의회는 구청장등이 정비계획을 통지한 날부터 60일 이내에 의견을 제시하여야 하며, 의견제시 없이 60일이 지난 경우 이의가 없는 것으로 본다) 이를 첨부하여 특별시장·광역시장에게 정비구역지정을 신청하여야 하고, 정비계획의 내용을 변경할 필요가 있을 때에는 같은 절차를 거쳐 변경지정을 신청하여야 한다. <이하 생략>

③ 특별자치시장, 특별자치도지사, 시장 또는 군수(광역시의 군수를 제외한다. 이하 이 조, 제4조의 3, 제4조의 4 및 제82조 제1항 단서에서 같다)는 제1항 각 호의 사항이 포함된 정비계획을 수립하고 정비구역을 지정(변경지정을 포함 한다)한다. 이 경우 주민설명회, 주민공람 및 지방의회의 의견청취 등에 관하여는 제1항을 준용한다.

⑤ 특별시장, 광역시장, 특별자치시장, 특별자치도지사, 시장 또는 군수는 정비 구역을 지정 또는 변경지정하고자 하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 지방도시계획위원회의 심의를 거쳐 지정 또는 변경지정하여야 한다. 다만, 제1항 단서에 따른 경미한 사항을 변경하고자 하는 경우에는 지방도시계획위원회의 심의를 거치지 아니할 수 있다.

⑥ 특별시장, 광역시장, 특별자치시장, 특별자치도지사, 시장 또는 군수는 제2항 또는 제5항에 따라 정비구역을 지정 또는 변경지정한 경우에는 당해 정비 계획을 포함한 지정 또는 변경지정 내용을 당해 지방자치단체의 공보에 고시 하고 국토교통부령이 정하는 방법 및 절차에 따라 국토교통부장관에게 그 지정 내용 또는 변경지정내용을 보고하여야 하며, 관계 서류를 일반인이 열람할 수 있도록 하여야 한다. (이하 생략) 제28조(사업시행인가) (2016.

3.

29. 법률 제14113호로 개정된 것)

① 사업시행자(제8조 제1항 내지 제3항의 규정에 의한 공동시행의 경우를 포함하되, 사업시행자가 시장·군수인 경우를 제외한다)는 정비사업을 시행하고자 하는 경우에는 제30조의 규정에 의한 사업시행계획서(이하 “사업시행계획서”라 한다)에 정관 등과 그 밖에 국토교통부령이 정하는 서류를 첨부하여 시장·군수에게 제출하고 사업시행인가를 받아야 한다. 인가받은 내용을 변경하거나 정비 사업을 중지 또는 폐지하고자 하는 경우에도 또한 같다. 다만, 대통령령이 정하는 경미한 사항을 변경하고자 하는 때에는 시장·군수에게 이를 신고하여야 한다. 제48조(관리처분계획의 인가 등)(2016.

3.

29. 법률 제14113호로 개정된 것) ① 사업시행자(제6조 제1항 제1호부터 제3호까지의 방법으로 시행하는 주거환경개선 사업 및 같은 조 제5항의 방법으로 시행하는 주거환경관리사업의 사업시행자는 제외한다)는 제46조에 따른 분양신청기간이 종료된 때에는 제46조에 따른 분양 신청의 현황을 기초로 다음 각호의 사항이 포함된 관리처분계획을 수립하여 시장·군수의 인가를 받아야 하며, 관리처분계획을 변경·중지 또는 폐지하고자 하는 경우에도 같으며, 이 경우 조합은 제24조 제3항 제10호의 사항을 의결하기 위한 총회의 개최일부터 1개월 전에 제3호부터 제5호까지에 해당하는 사항을 각 조합원 에게 문서로 통지하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경미한 사항을 변경 하고자 하는 때에는 시장·군수에게 신고하여야 한다.

1. 분양설계

2. 분양대상자의 주소 및 성명 (이하생략) 제49조(관리처분계획의 공람 및 인가절차 등) (2016.

3.

29. 법률 제14113호로 개정된 것) ① 사업시행자는 제48조에 따른 관리처분계획의 인가를 신청하기 전에 관계서류의 사본을 30일 이상 토지등 소유자에게 공람하게 하고 의견을 들어야 한다. 다만, 제48조 제1항 단서에 따른 대통령령으로 정하는 경미한 사항을 변경하고자 하는 경우에는 토지등 소유자의 공람 및 의견청취절차를 거치지 아니할 수 있다.

② 시장·군수는 사업시행자의 관리처분계획의 인가신청이 있은 날부터 30일 이내에 인가여부를 결정하여 사업시행자에게 통보하여야 한다. 다만, 시장·군수는 대통령령 으로 정하는 공공기관에 인가 신청된 관리처분계획의 타당성 검증을 요청하는 경우에는 관리처분계획 인가신청을 받은 날부터 60일 이내에 인가 여부를 결정하여 사업시행자에게 알려야 한다.

③ 시장·군수는 제2항의 규정에 의하여 관리처분계획을 인가하는 때에는 그 내용을 당해 지방자치단체의 공보에 고시하여야 한다.

④ 사업시행자는 제1항 또는 제3항에 따라 공람을 실시하고자 하거나 시장·군수의 고시가 있은 때에는 대통령령으로 정하는 방법과 절차에 따라 토지등 소유자 또는 분양신청을 한 자에게 공람계획 또는 관리처분계획의 인가 내용 등을 통지 하여야 한다. 제48조의2(건축물의 철거 등) (2016.

3.

29. 법률 제14113호로 개정된 것)

① 사업시행자는 제48조 제1항에 따른 관리처분계획의 인가를 받은 후 기존의 건축물을 철거하여야 한다. (3) 도시 및 주거환경정비법 시행령 제49조(관리처분계획의 경미한 변경) (2016.

2.

29. 대통령령 제27029호로 개정된 것) 법 제48조 제1항 각 호 외의 부분 단서에서 “대통령령이 정하는 경미한 사항을 변경하고자 하는 때”라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때를 말한다.

1. 계산착오·오기·누락 등에 따른 조서의 단순정정인 때(불이익을 받는 자가 없는 경우에 한한다)

2. 법 제10조의 규정에 의한 권리·의무의 변동이 있는 경우로서 분양설계의 변경을 수반하지 아니하는 때

3. 관리처분계획의 변경에 대하여 이해관계가 있는 토지등소유자 전원의 동의를 얻어 변경하는 때

4. 법 제20조 제3항 및 법 제28조 제1항의 규정에 의한 정관 및 사업시행인가의 변경에 따라 관리처분계획을 변경하는 때

5. 법 제39조의 규정에 의한 매도청구에 대한 판결에 따라 관리처분계획을 변경하는 때

6. 주택분양에 관한 권리를 포기하는 토지등소유자에 대한 임대주택의 공급에 따라 관리처분계획을 변경하는 때

7. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제8호 에 따른 기업형 임대사업자의 주소(법인인 경우에는 법인의 소재지와 대표자의 성명 및 주소)를 변경하는 때

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인의 2017년 귀속 양도소득세 경정내용은 아래 <표4>와 같다. <표4> 2017년 귀속 양도소득세 경정내용 (단위: 원) (2) OOO자료에 근거하여 청구인이 양도한 쟁점부동산에 대한 정비사업 시행(변경) 및 관리처분계획 (변경)인가 내역은 아래 <표5>와 같다. 〈 표5〉 쟁점부동산관련 정비사업시행(변경) 및 관리처분계획(변경)인가 과정

(3) OOO도시정비사업 조합으로부터 징취한 쟁점부동산에 대한 관리처분계획 변경인가 전·후의 권리변동 내역은 아래 <표6>과 같다. <표6> 관리처분계획 변경인가 전·후의 권리변동 내역

(4) 쟁점부동산 일반건축물대장에는 2009.

5.

22. OOO도시계획과-5129호(2009. 5.22.)에 따라 일반건축물대장이 말소된 것으로 기재되어 있고, 건물의 폐쇄 등기부등본에는 2009.5.22. 멸실된 것으로 기재되어 있다.

(5) OOO도시정비사업에 대하여 정비사업 시행기간을 2007.5.31.∼2012.5.31.까지 60개월로 사업시행 인가(OOO2007-17호, 2007.6.8., 사업시행 인가일 2007.5.31.)하였고, 2008.5.30. 최초로 관리처분계획을 인가(OOO고시 제2008-33호)하였다.

(6) 2008.2.1. OOO도시정비사업조합의 조합원은 서울행정법원에 관리처분계획 무효확인 소송을 제기하여 원고 패소하였으나 이에 항소하여 ‘피고가 2008.5.30. OOO구청장으로부터 인가받은 관리처분계획은 무효임을 확인한다.’는 서울고등법원의 원고승소 판결(서울고등법원 2010.

10.

20. 선고 2009누28461 판결)을 받았다.

(7) 2010.11.15. 항소심에서 패소한 OOO도시정비사업조합은 대법원에 상고하였으나, ‘새로운 관리처분계획은 당초 관리처분계획의 절차적 하자를 보완하고 그 주요 부분을 실질적으로 변경하는 것으로서 당초 관리처분계획이 별개의 새로운 관리처분계획으로 변경됨으로써 그 효력을 상실한 이상, 원고들로서는 과거의 법률관계에 불과한 당초 관리처분계획에 대하여 그 무효확인 취소를 구할 소의 이익이 없게 되었다.’라는 파기자판(각하) 판결(대법원 2013.7.25. 선고 2010두24678 판결)을 받았다.

(8) OOO구청장은 2011.3.25. OOO도시정비사업에 대하여 제1차 관리처분계획 인가(OOO제2011-16호)를 하였고, 2011.5.20. OOO도시정비사업에 대한 사업시행 변경인가(OOO제2011-27호)를 하면서 고시문에는 정비사업 시행기간이 당초 2007.5.31.∼2012.5.31.(60개월)에서 2007.5.31.∼2014.1.31.(80개월)로 변경・기재되어 있다.

(9) 2016.9.9. OOO도시정비사업에 대한 사업시행변경인가(OOO제2016-99호)를 하였고, 고시문에는 정비사업 시행기간이 종전 2007.5.31.∼2014.1.31.(80개월)에서 2007.5.31.∼2018.9.9.로 변경・기재되어 있다.

(10) 2017.

5.

26. OOO도시정비사업에 대하여 제2차 관리처분계획 변경인가(OOO제2017-59호)를 하였고, 고시문에는 정비사업의 시행기간이 종전 2007.5.31.~2018.9.9.에서 “사업시행인가일부터 2년(2018.

9. 9.)까지”라고 변경・기재되어 있다.

(11) OOO구청장은 2011.3.25. OOO도시정비사업에 대해 제1차 관리처분 인가(OOO제2011-16호로 고시)하였고, 청구인은 2017.

6.

13. OOO도시정비사업 조합에 아파트를 배정받기 원하는 공동주택 조합원 중 일반분양분 전환 신청서(조합원 확인용)를 제출하여 D동 2102호를 배정받았다.

(12) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 2014.1.31. OOO도시정비사업 사업기간 만료로 2011.3.25. 제1차 관리처분계획 변경인가가 그 효력을 상실하여 제2차 관리처분계획 변경인가일인 2017.5.26.에 쟁점부동산이 조합원입주권으로 전환된 것으로 보아야 한다는 청구인의 주위적 주장에 대하여 살피건대, 제2차 관리처분계획 변경인가의 주된 내용은 임대주택 및 소형주택의 부지면적 및 아파트 세대수 증가 등으로 그 변경내용이 제1차 변경인가된 관리처분계획의 주요부분을 실질적으로 변경하는 정도에 이른다고는 보이지 않는 점, 대법원은 ‘당초 관리처분계획의 주요 부분을 실질적으로 변경하는 내용으로 새로운 관리처분계획을 수립하여 시장·군수의 인가를 받은 경우에는 당초 관리처분계획은 달리 특별한 사정이 없는 한 효력을 상실하고, 이때 당초 관리처분계획이 효력을 상실한다는 것은 당초 관리처분계획이 유효하게 존속하다가 변경시점을 기준으로 장래를 향하여 실효된다는 의미이지 소급적으로 무효가 된다는 의미가 아니다. 그리고 이러한 법리는 변경된 관리처분계획이 당초 관리처분계획의 주요 부분을 실질적으로 변경하는 정도에 이르지 않는 경우에도 동일하게 적용되므로, 이와 같은 경우 당초 관리처분계획 중 변경되는 부분은 장래를 향하여 실효된다.’라고 판시(대법원 2016.6.23. 선고 2014다16500 판결 참조)하고 있는 점 등을 비추어 볼 때 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다. (나) 다음으로 2007.5.30. 최초 관리처분계획 인가는 서울고등법원판결 (서울고등법원 2010.

10.

20. 선고 2009누28461 판결)로 그 효력을 상실하여 2011.3.25. 제1차 관리처분계획 변경인가일에 쟁점부동산이 조합원입주권으로 전환된 것으로 보아야 한다는 청구인의 예비적 주장에 대하여 살펴보면, 최초 관리처분 계획 인가가 총회소집 통지절차 및 의결정족수 산정의 절차상 하자와 주택공급기준 위반 등 내용상 중대한 하자 등으로 인해 무효로 판결되고, 이어 OOO도시정비사업 조합이 상고한 대법원 판결 (대법원 2013.7.25. 선고 2010두24678 판결)에서도 ‘ 당초 관리처분계획이 경미한 사항을 변경하는 경우와 달리 주요 부분을 실질적 으로 변경하는 내용으로 새로운 관리처분계획을 수립하여 시장・군수의 인가를 받은 경우에는 당초 관리처분계획은 달리 특별한 사정이 없는 한 효력을 상실하는데, OOO도시정비사업조합의 제1차 관리처분계획은 최초 관리처분계획의 절차상 하자를 보완하고 그 주요 부분을 실질적으로 변경하는 것으로서 최초 관리처분계획이 별개의 새로운 관리처분계획으로 변경됨으로써 그 효력을 상실하였다.’라고 판시하고 있는 점 등에 비추어 볼 때 2011.3.25. 제1차 관리처분계획 변경인가일을 조합원입주권 전환일로 보는 것이 타당하다고 판단되므로 처분청이 2008.5.30. 최초 관리처분계획 인가일을 부동산에서 조합원입주권으로 변경된 날로 보아 이 건 양도소득세를 부과한 것은 잘못이 있다고 보이므로 처분청은 2011.3.25.을 조합원입주권 전환일로 보아 소득세법 제95조 제1항 및 제2항에 규정하는 방법에 따라 장기보유특별공제액을 재계산하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)