신축병원 완공 이후 실제 사용면적이 확정되는 과세기간에 같은 조 제5항 규정에 따라 공통매입세액을 정산할 수도 있는 점 등에 비추어 처분청들이 청구법인들의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨
신축병원 완공 이후 실제 사용면적이 확정되는 과세기간에 같은 조 제5항 규정에 따라 공통매입세액을 정산할 수도 있는 점 등에 비추어 처분청들이 청구법인들의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨
OOO세무서장 및 OOO세무서장이 2019.2.28. 및 2019.2.25. 청구법인들에게 한 경정청구 거부처분은 이를 취소한다. [이 유]
2. 청구법인들 주장 및 처분청 의견
(2) OOO병원 내 주차장 및 구내식당의 운영으로 발생된 수입은 부가가치세가 면제되는 의료용역의 부수용역에 따른 수입이므로 관련 부가가치세를 환급하여 달라는 취지로 제기한 경정청구 거부처분에 대한 행정소송(이하 “쟁점소송”이라 한다)에서 심급별로 각각 상이한 판결이 선고되었고, 현재 대법원에 계류 중이라는 사유로 처분청은 대법원의 최종 확정판결 결과에 따라 처리할 예정이라서 이 건 경정청구 거부처분은 정당하다는 의견이나, 소송사건이 종결되는 경우 종결시점에 재정산할 수 있는 방법이 세법에 규정되어 있어 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때
2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때
(2) 부가가치세법 제38조【공제하는 매입세액】① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.
1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)
2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액
② 제1항 제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.
③ 제1항 제2호에 따른 매입세액은 재화의 수입시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다. 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
7. 면세사업 등에 관련된 매입세액(면세사업 등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액 제40조【공통매입세액의 안분】사업자가 과세사업과 면세사업 등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업 등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액 (이하 "공통매입세액"이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 "공통매입세액 안분기준"이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다. 제41조【공통매입세액 재계산】감가상각자산에 대하여 공통매입세액의 안분계산에 따라 매입세액이 공제된 후 공통매입세액 안분기준에 따른 비율과 감가상각자산의 취득일이 속하는 과세기간(그 후의 과세기간에 재계산한 때는 그 재계산한 과세기간)에 적용되었던 공통매입세액 안분기준에 따른 비율이 5퍼센트 이상 차이가 나면 대통령령으로 정하는 바에 따라 납부세액 또는 환급세액을 다시 계산하여 제49조에 따른 해당 과세기간의 확정신고와 함께 관할 세무서장에게 신고ㆍ납부하여야 한다. (3) 부가가치세법 시행령 제81조【공통매입세액 안분 계산】① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업 등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)이 있는 경우 면세사업 등에 관련된 매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우를 제외하고, 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(면세사업 등에 대한 공급가액과 사업자가 해당 면세사업 등과 관련하여 받았으나, 법 제29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액을 말한다. 이하 이 조부터 제83조까지의 규정에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다. 면세사업 등에 관련된 매입세액 ＝ 공통매입세액 × 면세공급가액 총공급가액
④ 제1항을 적용할 때 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업 등의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당 과세기간에 대한 안분 계산은 다음 각 호의 순서에 따른다. 다만, 건물 또는 구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업 등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.
1. 총매입가액(공통매입가액은 제외한다)에 대한 면세사업 등에 관련된 매입가액의 비율
2. 총예정공급가액에 대한 면세사업 등에 관련된 예정공급가액의 비율
3. 총예정사용면적에 대한 면세사업 등에 관련된 예정사용면적의 비율
⑤ 제4항 단서에 따라 토지를 제외한 건물 또는 구축물에 대하여 같은 항 제3호를 적용하여 공통매입세액 안분 계산을 하였을 때에는 그 후 과세사업과 면세사업 등의 공급가액이 모두 있게 되어 제1항의 계산식에 따라 공통매입세액을 계산할 수 있는 경우에도 과세사업과 면세사업 등의 사용면적이 확정되기 전의 과세기간까지는 제4항 제3호를 적용하고, 과세사업과 면세사업 등의 사용면적이 확정되는 과세기간에 제82조 제2호에 따라 공통매입세액을 정산한다. 제82조【공통매입세액의 정산】사업자가 제81조 제4항에 따라 매입세액을 안분하여 계산한 경우에는 해당 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업 등의 공급가액, 과세사업과 면세사업 등의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고 할 때에 다음 각 호의 계산식에 따라 정산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율, 총사용면적에 대한 면세 또는 비과세 사용면적의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다.
2. 제81조 제4항 제3호에 따라 매입세액을 안분하여 계산한 경우 가산되거나 공제되는 세액 ＝ 공통매입세액 × (1- 과세사업과 면세사업 등의 사용면적이 확정되는 과세기간의 면세사용면적) － 이미 공제한 세액 과세사업과 면세사업 등의 사용면적이 확정되는 과세기간의 총사용면적 제83조【납부세액 또는 환급세액의 재계산】① 법 제41조에 따른 납부세액 또는 환급세액의 재계산은 감가상각자산에 대한 매입세액이 법 제38조 제1항, 이 영 제81조 및 제82조에 따라 공제된 후 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율과 해당 감가상각자산의 취득일이 속하는 과세기간(그 후의 과세기간에 재계산하였을 때에는 그 재계산한 기간)에 적용하였던 비율 간의 차이가 5퍼센트 이상인 경우에만 적용한다.
② 제1항에 따른 납부세액 또는 환급세액의 재계산에 따라 납부세액에 가산 또는 공제하거나 환급세액에 가산 또는 공제하는 세액은 다음 각 호의 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 이 경우 경과된 과세기간의 수에 관하여는 제66조 제2항 후단을 준용한다.
가산되거나 공제되는 세액 ＝ 해당 재화의 매입세액 × (1- 5 × 경과된 과세 기간의 수) × 증가되거나 감소된 면세공급가액의 비율 또는 증가되거나 감소된 면세사용면적의 비율 100
(1) 청구법인들은 신축병원의 설계도면에 따른 용도별 면적을 아래와 같이 제시하였다. (단위: ㎡)
(2) 청구법인들이 경정청구시 쟁점매입세액을 과세사업과 면세사업의 예정사용면적비율로 안분하여 계산한 내역은 다음과 같다. (단위: ㎡)
(3) 청구법인OOO의 경정청구에 대해 처분청이 한 “경정청구 유예 통지”의 주요내용은 다음과 같다.
(4) OOO주차장 수입과 구내식당 수입이 면세사업(의료용역)의 부수용역에 해당되므로 부가가치세를 환급해 달라는 취지의 경정청구에 대한 거부처분에 불복하여 OOO제기한 쟁점소송은 현재 대법원에 계류 중으로 1심 및 2심 판결의 결과는 다음과 같다.
(5) 청구법인들은 과세사업과 면세사업의 예정사업면적의 근거로 설계도면, 2014～2018년 기간 동안 신축병원 건립 관련하여 수취한 매입세금계산서 내역을 각 제시하였다. (6) ｢부가가치세법｣ 제38조 제1항 제1호 및 제39조 제1항 제7호에서 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액은 매출세액에서 공제하되, 면세사업 등에 관련된 매입세액은 공제하지 아니한다고 규정하고 있고, ｢부가가치세법｣ 제40조 에서 사업자가 과세사업과 면세사업 등을 겸영하는 경우에 과세사업과 면세사업 등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액 (이하 "공통매입세액"이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 "공통매입세액 안분기준"이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분하여 계산한다고 규정하고 있으며, 공통매입세액 안분기준에 대해 같은 법 시행령 제81조 제1항에서 공급가액 비율로 안분하는 것을 우선 적용하고, 같은 조 제4항에서 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업 등의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당 과세기간에 대한 안분 계산은 ① 매입가액비율, ② 예정공급가액비율, ③ 예정사용면적비율의 순서로 적용하되, 다만, 건물 또는 구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업 등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 ③ 예정사용면적비율을 우선하여 적용하며, 같은 조 제5항에서 토지를 제외한 건물 또는 구축물에 대하여 ③ 예정사용면적비율을 적용하여 공통매입세액 안분 계산을 하였을 때에는 그 후 과세사업과 면세사업 등의 공급가액이 모두 있게 되어 제1항의 계산식에 따라 공통매입세액을 계산할 수 있는 경우에도 과세사업과 면세사업 등의 사용면적이 확정되기 전의 과세기간까지는 예정사용면적비율을 적용하고, 과세사업과 면세사업 등의 사용면적이 확정되는 과세기간에 같은 법 시행령 제82조 제2호에 따라 공통매입세액을 정산하다고 규정하고 있다.
(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청들은 OOO병원과 관련하여 제기한 행정소송에서 병원 주차장 수입과 구내식당 수입이 부가가치세 면제대상인지 여부에 대해 1심과 2심 판결이 상이하고, 청구법인들이 제시한 신축병원 설계도에 근거한 과․면세 예정사용면적 비율이 객관적이지 아니하여 청구법인들의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 정당하다는 의견이나, 청구법인들이 이 건 경정청구시 신축병원의 공통매입세액 중 과세사업으로 분류한 장례식장, 직원식당, 주차장에서 발생된 수입은, 과세관청에서 부가가치세 과세대상 사업에서 발생된 것으로 보아 부가가치세를 과세대상으로 본 처분에 대한 쟁점소송이 현재 대법원에 계류 중으로 이에 대한 확정판결이 있기 전까지는 그 처분이 유효하므로, 이를 과세사업에 관련된 매입세액으로 보아 관련 매출세액에서 공제하는 것이 타당한 점, 신축병원 건물 관련 공통매입세액의 안분계산은 ｢ 부가가치세법 시행령｣ 제81조 제4항 에서 총예정사용면적비율을 우선 적용하도록 규정하고 있어 청구법인들이 경정청구시 건축 중인 신축병원의 설계도면에 따라 과․면세 사업의 예정사용면적비율을 안분계산한 것은 합리적인 것으로 보이고, 신축병원 완공 이후 실제 사용면적이 확정되는 과세기간에 같은 조 제5항 규정에 따라 공통매입세액을 정산할 수도 있는 점 등에 비추어 처분청들이 청구법인들의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.