AA구청장이 청구인의 이러한 주장을 인정하여 쟁점주택에 대하여 소급하여 매입임대주택으로 등록해준바 처분청이 이 건 청구인아파트의 양도가 1세대 1주택의 양도가 아니라고 보아 과세한 이 건 양도소득세 부과처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨
AA구청장이 청구인의 이러한 주장을 인정하여 쟁점주택에 대하여 소급하여 매입임대주택으로 등록해준바 처분청이 이 건 청구인아파트의 양도가 1세대 1주택의 양도가 아니라고 보아 과세한 이 건 양도소득세 부과처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨
[주 문] OOO세무서장이 2019.2.27. 청구인에게 한 2016년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다. [이 유]
(1) 배우자는 2017.1.10. 임대목적으로 쟁점주택 외 11호를 한꺼번에 매입하여 2007.4.24. OOO구청장에게 임대주택법제6조 제1항에 따른 임대사업자 등록신청을 하여 ‘OOO구-임대사업자-3212호’로 등록증을 교부받았으며, 2007년부터 현재까지 매년 쟁점주택 외 11호 전부에 대하여 사업장 현황신고를 이행하면서 종합소득세를 신고ㆍ납부해왔을 뿐만 아니라 쟁점주택을 취득할 당시 청구인 세대는 구성원이 6명으로 43.5㎡의 쟁점주택에 거주할 수도 없었고 실제로 이 건 청구인아파트 등에 거주하였음이 전입신고 당시 확정일자를 받은 내역 등에서 확인되는 점을 보더라도 배우자가 쟁점주택만을 임대주택으로 등록하지 않을 이유가 전혀 없다.
(2) 배우자는 2007.10.4. 처분청에게 쟁점주택 외 11호 전부를 종합부동산세 합산배제 임대주택으로 신고하였고, 이에 따라 처분청 역시 쟁점주택 외 11호가 종합부동산산세 과세대상이 아니라고 보고 종합부동산세를 결정ㆍ고지하지 않다가 쟁점주택이 소득세법 시행령제155조 제19항 제2호의 장기임대주택이 아니라고 하여 과세한 이 건 처분은 처분청이 한 선행행위에 반하는 부당한 처분이다.
(3) 배우자는 2018년 9월경 OOO구청으로부터 쟁점주택이 임대주택으로 등록되지 않았다는 사실을 통보받고, OOO구청 담당자를 찾아가 2007.4.24. 쟁점주택 외 11호 전체에 대하여 임대사업자등록을 한 사실, 6명의 가족이 이 건 청구인아파트 등에서 거주한 사실, 쟁점주택에 대한 임대소득을 신고ㆍ납부해 온 사실 등을 설명하자 OOO구청은 자신들의 업무착오를 인정하고 2018.9.13. 직권으로 쟁점주택을 매입임대주택으로 등록해 준 것인데도 처분청이 이를 OOO구청장의 근거 없는 행정이라고 규정하는 것은 지나친 주장이다.
(4) 쟁점주택 외 11호에 대한 2018년 1기 재산세를 보면 쟁점주택이 OOO원이고 나머지 11호는 OOO원부터 OOO원이어서 재산세 금액만으로 쟁점주택이 임대주택으로 등록되어 있지 않음을 알 수 없는 상황이었고 처분청의 주장대로 양도차익을 실현할 목적으로 쟁점주택을 임대주택으로 등록하지 않았다면 2007.1.10. 취득 후 5년 안에 양도하였어야 하나 현재까지도 이를 보유하면서 임대하고 있는 것을 보면 청구인 및 배우자가 쟁점주택을 임대주택으로 인지하고 있었다는 사실을 반증하는 것이다.
(1) 청구인은 배우자가 쟁점주택만을 임대주택으로 등록하지 않을 이유가 없다고 주장하나, 임대주택법이 매입임대주택의 경우 임대사업자등록일로부터 5년간 매각을 제한(제12조 제1항 제4호)하고 있고, 이를 어길 경우 2년 이하의 징역 또는 OOO원 이하의 벌금에 처하도록 규정(제22조 제3호)하고 있어 여러 호의 주택을 임대하는 사업자들이 양도를 통한 자금마련 등의 목적으로 1∼2호를 임대주택으로 등록하지 않는 것이 일반적인 점에 비추어 보면 배우자 역시 의도적으로 쟁점주택을 제외하고 나머지 11호만을 임대주택으로 등록하였을 개연성이 충분하다.
(2) 청구인은 쟁점주택의 임대주택 등록이 누락된 사실을 몰랐다고 주장하나, 쟁점주택이 민간임대주택에 관한 특별법상 임대주택으로 등록되어 있지 않아 다른 11호의 주택과 달리 50%의 재산세 감면혜택을 받지 못하고 있었음에도 11년 동안 이를 알지 못했다는 것은 쉽게 납득이 가지 않는 주장이다.
(3) 청구인은 배우자가 처분청에 쟁점주택의 종합부동산세 합산배제를 신청하였음을 근거로 처분청이 쟁점주택을 임대주택으로 인정하였다고 하나, 당시 신청을 접수한 담당자가 쟁점주택의 임대주택 등록여부를 면밀히 살피지 않은 것으로 판단되고 처분청은 임대주택법상 임대주택 여부를 판단하는 기관이 아니며 판단할 권한도 없다는 점에서 청구인의 주장은 타당하지 않다.
(4) 청구인은 배우자가 OOO구청장에게 쟁점주택 외 11호 전부에 대해서 임대주택으로 등록신청하였다고 주장하나 위 주장을 입증할만한 어떠한 증빙도 제출한 사실이 없고 배우자는 이 건 처분 전까지 OOO구청에 어떠한 주장도 하지 않다가 이 건 처분이 예상되자 이를 피하기 위하여 OOO구청에 쟁점주택을 소급하여 임대주택으로 등록하여 줄 것을 요청한 것이며, OOO구청장이 착오를 인정하여 쟁점주택을 2007.4.24.자로 소급하여 임대주택으로 등록하여 주었다고 하나 이는 오히려 아무런 근거 없이 이루어진 행정처분이므로 쟁점주택이 2007년부터 임대주택으로 등록되어 있었다고 인정하기 어렵다.
(1) 소득세법(2016.12.20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것) 제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득
⑲ 제167조의3 제1항 제2호에 따른 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 다음 각 호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 "거주주택"이라 한다)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택이 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따라 민간임대주택으로 등록한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주주택을 말한다. 이하 "직전거주주택"이라 한다)이 있는 거주주택(이하 이 항에서 "직전거주주택보유주택"이라 한다)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.
1. 거주주택: 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록 및 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자의 등록을 한 날 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것
2. 장기임대주택: 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있을 것 제167조의3(1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위) ① 법 제104조 제4항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.
1. 수도권정비계획법 제2조 제1호 의 규정에 의한 수도권(이하 이 조에서 "수도권"이라 한다) 및 광역시(다음 각목의 1에 해당하는 지역을 제외한다)외의 지역에 소재하는 주택으로서 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 당해 주택 또는 그 밖의 주택의 양도당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택
2. 법 제168조에 따른 사업자등록과 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자 등록(이하 이 조에서 "사업자등록등"이라 한다)을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다). 다만, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 "기존사업자기준일"이라 한다) 현재 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자등록을 하였으나 법 제168조에 따른 사업자등록을 하지 아니한 거주자가 2004년 6월 30일까지 동조동항의 규정에 의한 사업자등록을 한 때에는 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자등록일에 법 제168조에 따른 사업자등록을 한 것으로 본다.
1. 대지면적이 298제곱미터 이하이고 주택의 연면적(제154조제3항 본문에 따라 주택으로 보는 부분과 주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함하고, 공동주택의 경우에는 전용면적을 말한다)이 149제곱미터 이하일 것
2. 5년 이상 임대하는 것일 것
3. 취득 당시 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 3억원 이하일 것
4. 수도권 밖의 지역에 소재할 것
5. 1)부터 4)까지의 요건을 모두 갖춘 매입임대주택(이하 이 조에서 "미분양매입임대주택"이라 한다)이 같은 시·군에서 5호 이상일 것{가목에 따른 매입임대주택이 5호 이상이거나 나목에 따른 매입임대주택이 2호 이상인 경우에는 가목 또는 나목에 따른 매입임대주택과 미분양매입임대주택을 합산하여 5호 이상일 것(나목에 따른 매입임대주택과 합산하는 경우에는 그 미분양매입임대주택이 같은 시·군에 있는 경우에 한정한다)}
③ 제1항 제2호의 규정에 의한 장기임대주택의 임대기간의 계산은 조세특례제한법 시행령 제97조 의 규정을 준용한다. 이 경우 사업자등록등을 하고 임대주택으로 등록하여 임대하는 날부터 임대를 개시한 것으로 본다.
(3) 민간임대주택에 관한 특별법(2015.8.28. 법률 제13499호로 전부개정된 것) 제5조(임대사업자의 등록) ① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장·특별자치도지사·시장·군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 "시장·군수·구청장"이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다.
② 제1항에 따라 등록하는 경우 다음 각 호에 따라 구분하여야 한다.
1. 기업형임대사업자 및 일반형임대사업자
2. 민간건설임대주택 및 민간매입임대주택
3. 기업형임대주택, 준공공임대주택 및 단기임대주택
(1) 쟁점주택 등의 일반건축물대장, 배우자의 임대사업자등록증, 국세청통합전산망(NTIS) 상의 배우자 사업자등록내역 및 사업장현황신고 내역 등의 심리자료를 종합하면 다음의 사실이 나타난다. (가) 청구인이 이 건 청구인아파트를 취득하여 양도한 내역 등은 아래 <표1>과 같다. OOO (나) 배우자는 2007.1.10. 쟁점주택 외 11호[쟁점주택 외 11호가 소재한 건물은 지하1층, 지하4층의 12세대로 구성된 공동주택(다세대주택)이다]를 취득하면서 같은 날 OOO세무서장에게 쟁점주택 소재지를 사업장으로 하여 부동산업(주택임대업)으로 사업자등록을 한 후 2007.4.24. OOO구청장에게 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자 등록을 하였는데, 임대사업자 등록 당시에는 쟁점주택을 제외한 11호의 주택만이 민간매입임대주택으로 등록되어 있었다가 OOO구청장이 2018.9.13. 직권으로 쟁점주택을 2007.4.24.자로 소급하여 민간매임임대주택으로 등록한 것으로 나타난다. (다) 한편, 배우자는 2007.10.4. OOO세무서장에게 쟁점주택 외 11호 주택 전부에 대하여 종합부동산세법제8조 제2항 및 같은 법 시행령 제3조 제8항에 따라 종합부동산세 과세표준 합산배제를 신고하였고 2007년부터 매년 쟁점주택 외 11호 전부를 임대한 것으로 하여 사업장현황신고서 및 주택임대사업자 수입금액 검토표를 작성․제출한 것으로 확인된다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살피건대, 처분청은 이 건 청구인아파트 양도 당시 쟁점주택이 민간임대주택에 관한 특별법제5조에 따른 민간임대주택으로 등록되어 있지 않았으므로 쟁점주택이 소득세법 시행령제155조 제19항의 장기임대주택에 해당하지 않는다는 전제 하에 이 건 청구인아파트의 양도가 1세대 3주택에 해당하는 주택의 양도라는 의견이나, 배우자가 2007.4.24. OOO구청장에게 임대사업자 등록을 하고 13년이 넘는 기간 동안 쟁점주택 외 11호 전부를 임대하면서 매년 사업장현황신고를 하여왔고 종합부동산세 합산배제 신고를 하여 쟁점주택에 대한 종합부동산세를 결정․고지받은 사실이 나타나지 않는 점으로 보아 임대사업자 등록 당시 OOO구청의 업무상 착오로 쟁점주택만이 매입임대주택목록에서 빠진 것이라는 청구인의 주장에 신빙성이 있어 보이고 OOO구청장 또한 청구인의 이러한 주장을 인정하여 쟁점주택에 대하여 2007.4.24.자로 소급하여 매입임대주택으로 등록해주었으므로 이 건 청구인아파트 양도 당시 쟁점주택이 민간임대주택에 관한 특별법제5조에 따른 임대주택으로 등록되어 있지 않았다고 보기 어려우며, 쟁점주택을 양도할 목적으로 의도적으로 임대주택으로 등록하지 않았다는 처분청의 의견은 하나의 추정일 뿐 명확한 근거가 있다고 보기 어려우므로 처분청이 이 건 청구인아파트의 양도가 1세대 1주택의 양도가 아니라고 보아 과세한 이 건 양도소득세 부과처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.