민간임대주택으로 등록하였으나 소득세법 제168조에 따른 사업자등록을 하지 않은 경우 당해 임대주택을 장기임대주택으로 볼수있는지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1995.2.21. 취득한 OOO 65.78㎡(이하 “쟁점양도주택”이라 한다)를 보유한 상태에서 2017.8.18. OOO 84.86㎡(이하 “대체주택”이라 한다)를 취득한 다음, 2018.2.20. 쟁점양도주택을 양도하였는바, 양도 당시 배우자 OOO이 소유한 OOO 15.05㎡(이하 “쟁점임대주택”이라 한다)를 주택 수에서 제외하여 일시적 1세대 2주택 비과세 대상에 해당한다고 보아 양도소득세를 신고하지 아니하였다.
• 나. 처분청은 쟁점임대주택은 소득세법제168조에 따른 사업자등록을 하지 아니하여 소득세법 시행령제155조 제20항 제2호에 규정된 장기임대주택의 요건을 충족하지 못한 것으로 보아 2019.3.11. 청구인에게 2018년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2019.4.15. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점임대주택과 관련하여 소득세법제168조에 따른 사업자등록을 늦게 한 것(쟁점양도주택 양도 후 2018.11.28. 사업자등록을 함) 이외에는 1세대 1주택 비과세요건을 충족하고 있는바, 쟁점임대주택은 청구인의 배우자가 2017.6.28. 취득하며 2017.6.16.자로 관할관청에 임대사업자등록을 하였고, 2017년 8월부터 계속해서 임대하고 있으며, 청구인은 관할관청에 임대주택으로 등록하면 그 사실이 자동으로 관할 세무서에 통보된다고 생각하여 소득세법제168조에 따른 사업자등록을 못하였을 뿐 다른 이유는 없고, 과세관청은 사업자등록을 하지 아니하더라도 직권등록을 하여 부가가치세 등을 과세하고 있으므로 사업자등록여부가 사업자를 판단하는 척도라고 보기 어려우며, 사업자등록을 하도록 하는 이유는 과세관청으로 하여금 납세의무자와 그 사업내용의 파악을 용이하게 하여 과세행정의 편의를 도모하려는데 목적이 있다 할 것이므로 청구인이 쟁점임대주택에 대하여 사업자등록을 하지 아니하였다는 형식적인 사유만으로 장기임대주택 여부를 판단하는 것은 타당하지 아니하고, 가액기준․임대기간 기준 등 실질적인 요건을 충족하였다면, 장기임대주택 요건을 충족하였다고 보는 것이 실질과세원칙에 부합하므로 쟁점임대주택을 주택 수에 포함하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 소득세법 시행령제155조 제20항 제2호에서 1세대 1주택 특례가 적용되는 ‘장기임대주택’의 요건으로 ‘ 소득세법 제168조 에 따른 사업자등록’과 ‘ 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따라 민간임대사업자등록’을 할 것을 규정하고 있는바, 청구인은 양도 당시 부동산임대업 및 건설업 사업자등록이 되어 있고, 청구인의 배우자도 본인을 대표자로 하여 건설업을 개업(2016.11.15.)하였다가 폐업(2017.6.22.)한 사실이 있는 등 청구인과 배우자는 사업자등록에 대해서 충분히 인지하고 있음에도 쟁점양도주택 양도일까지 주택임대사업자 요건을 충족하기 위하여 세무서에 사업자등록을 신청한 사실이 없으며, 장기임대주택의 임대개시일은 소득세법 시행령제167조의3 제3항에서 ‘사업자등록 등을 하고 임대주택으로 등록하여 임대하는 날’이라고 되어 있고, 여기서 ‘사업자등록 등’이란 같은 법 시행령 제167조의3 제1항 제2호에 의하면, ‘법 제168조에 따른 사업자등록과 민간임대주택에 관한 특별법제5조에 따른 임대사업자 등록’을 의미하므로 만약 사업자등록의무를 해태한다면, 장기임대주택의 임대개시일을 확인할 수 없는 점 등에 비추어 소득세법에 따른 사업자등록을 하지 아니한 경우 해당 임대주택을 같은 법 시행령 제155조 제20항의 장기임대주택으로 보기 어려우므로 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따라 민간임대주택으로 등록하였으나, 소득세법 제168조 에 따른 사업자등록을 하지 않은 경우 당해 임대주택을 장기임대주택으로 보아 보유주택 수에서 제외할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 소득세법(2017.12.19. 법률 제15225호로 개정된 것) 제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

• 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택
• 나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택 제168조(사업자등록 및 고유번호의 부여) ① 새로 사업을 시작하는 사업자는 사업장 소재지 관할 세무서장에게 등록하여야 한다.

② 부가가치세법에 따라 사업자등록을 한 사업자는 해당 사업에 관하여 제1항에 따른 등록을 한 것으로 본다.

③ 이 법에 따라 사업자등록을 하는 사업자에 대해서는 부가가치세법 제8조 를 준용한다. (2) 소득세법 시행령(2018.2.13. 대통령령 제28637호로 개정된 것) 제154조(1세대1주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 주택법 제63조의2 제1항 제1호 에 따른 조정대상지역(이하 이 조에서 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다.(단서 생략) 제155조(1세대1주택의 특례) ⑳ 제167조의3 제1항 제2호 가목부터 라목까지의 규정에 따른 주택(같은 호 가목 단서 및 다목 단서에서 정하는 기한의 제한을 적용하지 아니한다. 이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다) 또는 제167조의3 제1항 제8호의2에 해당하는 주택(이하 "장기가정어린이집"이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 "거주주택"이라 한다)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택이 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따라 민간임대주택으로 등록하였거나 영유아보육법 제13조 제1항 에 따른 인가를 받아 가정어린이집으로 사용한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주주택을 말한다. 이하 "직전거주주택"이라 한다)이 있는 거주주택(이하 이 항에서 "직전거주주택보유주택"이라 한다)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.

1. 거주주택: 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록과 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자 등록을 한 날 또는 영유아보육법 제13조제1항 에 따른 인가를 받은 날 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것

2. 장기임대주택: 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있을 것

3. 장기가정어린이집: 양도일 현재 법 제168조에 따라 사업자등록을 하고, 장기가정어린이집을 운영하고 있을 것 제167조의3(1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위) ① 법 제104조 제4항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.

2. 법 제168조에 따른 사업자등록과 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자 등록(이하 이 조에서 "사업자등록등"이라 한다)을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다). 다만, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 "기존사업자기준일"이라 한다) 현재 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자등록을 하였으나 법 제168조에 따른 사업자등록을 하지 아니한 거주자가 2004년 6월 30일까지 동조동항의 규정에 의한 사업자등록을 한 때에는 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자등록일에 법 제168조에 따른 사업자등록을 한 것으로 본다.

• 가. 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제3호 에 따른 민간매입임대주택을 1호 이상 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 아니하는 주택

③ 제1항 제2호의 규정에 의한 장기임대주택의 임대기간의 계산은 조세특례제한법 시행령 제97조 의 규정을 준용한다. 이 경우 사업자등록등을 하고 임대주택으로 등록하여 임대하는 날부터 임대를 개시한 것으로 본다.

(3) 민간임대주택에 관한 특별법(2017.1.17. 법률 제14542호로 일부개정된 것) 제5조(임대사업자의 등록) ① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 "시장ㆍ군수ㆍ구청장"이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다.

② 제1항에 따라 등록하는 경우 다음 각 호에 따라 구분하여야 한다.

1. 기업형임대사업자 및 일반형임대사업자

2. 민간건설임대주택 및 민간매입임대주택

3. 기업형임대주택, 준공공임대주택 및 단기임대주택

③ 제1항에 따라 등록한 자가 그 등록한 사항을 변경하거나 말소하고자 할 경우 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 신고하여야 한다. 다만, 임대주택 면적을 10퍼센트 이하의 범위에서 증축하는 등 국토교통부령으로 정하는 경미한 사항은 신고하지 아니하여도 된다.

④ 제1항부터 제3항까지에 따른 등록 및 신고의 기준과 절차 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 1995.2.21. 취득한 쟁점양도주택을 보유한 상태에서 2017.8.18. 대체주택을 취득한 다음, 2018.2.20. 쟁점양도주택을 양도하였는바, 양도 당시 배우자 명의로 소유중인 쟁점임대주택을 주택 수에서 제외하여 일시적 1세대 2주택 비과세 대상에 해당한다고 보아 양도소득세를 신고하지 아니하였고, 처분청은 쟁점임대주택은 소득세법제168조에 따른 사업자등록을 하지 아니하여 같은 법 시행령 제155조 제20항 제2호에 규정된 장기임대주택의 요건을 충족하지 못한 것으로 보아 2019.3.11. 청구인에게 이 건 처분을 한 사실이 심리자료에 나타난다.

(2) 청구인이 2018.2.20. 쟁점양도주택을 양도할 때, 청구인과 세대원의 주택보유현황은 아래 <표>와 같다.

(3) 청구인이 제출한 심리자료에 의하면, 쟁점임대주택은 2017.6.7. 사용승인된 신축건물로, 취득가액은 OOO원이고, 2017.8.5.부터 2018.8.5.까지 보증금 OOO원에 임대하다가 2018.8.11.부터 2020.8.10.까지 OOO원에 임대한 것으로 나타난다.

(4) 처분청의 심리자료에 의하면, 청구인의 배우자는 2017.6.16. 민간임대주택에 관한 특별법제5조에 따라 OOO에 임대사업자로 등록한 다음, 쟁점양도주택을 2018.2.20. 양도한 후인 2018.11.26. 쟁점임대주택에 대하여 개업일을 2017.6.16.로 소급하여 소득세법제168조에 의한 사업자등록(부동산업, 주택임대)을 한 것으로 나타난다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점임대주택이 장기임대주택 요건을 충족하여 쟁점양도주택의 양도가 일시적 1세대 2주택 비과세 대상에 해당한다고 주장하나, 소득세법 시행령제155조 제20항 제2호에서 거주주택의 양도에 대하여 1세대 1주택의 비과세 특례를 적용받을 수 있는 장기임대주택의 요건으로 “양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 민간임대주택에 관한 특별법제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있을 것”을 규정하고 있는바, 청구인은 쟁점양도주택의 양도 당시 쟁점임대주택에 대하여 소득세법 제168조 에 따른 사업자등록이 되어 있지 아니하여 장기임대주택의 요건을 충족하였다고 보기 어려우므로 처분청이 쟁점양도주택의 양도에 대하여 쟁점임대주택을 주택의 수에 포함하여 양도소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.