청구법인은 AA유통공사로부터 ○을 구매하여 회원들에게 공급하고 ㎏당 일정액을 일반회비로 수령하였고 그 거래의 실질을 보면 청구법인은 이러한 ○의 유통과정에서 회원들로부터 거래이익을 얻은 것이므로 처분청이 청구법인이 유통공사로부터 ○을 매입하여 회원사에게 공급한 것을 수익사업으로 보아 법인세를 과세한 것은 정담함.
청구법인은 AA유통공사로부터 ○을 구매하여 회원들에게 공급하고 ㎏당 일정액을 일반회비로 수령하였고 그 거래의 실질을 보면 청구법인은 이러한 ○의 유통과정에서 회원들로부터 거래이익을 얻은 것이므로 처분청이 청구법인이 유통공사로부터 ○을 매입하여 회원사에게 공급한 것을 수익사업으로 보아 법인세를 과세한 것은 정담함.
심판청구를 기각한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 일반회비를 수익사업으로 보아 한 법인세 과세처분 청구법인은 비영리사단법인으로 ｢법인세법｣ 제3조 제3항 제1호 에 따른 수익사업에 해당하는 OOO 자격시험 응시자로부터 수령한 응시료는 수익사업에서 발생한 소득이므로 법인세를 신고·납부하였으나, 협회를 운영하면서 회원들로부터 수납한 일반회비는 수익사업이 아닌 고유목적사업을 수행함에 따른 것임에도 처분청은 이를 수익사업으로 보아 이 건 법인세를 과세하였다. 처분청은 청구법인이 고유목적사업에 필요한 회비의 조달방법의 일환으로 OOO 구매량 kg당 OOO원을 일반회비를 수납하여 협회운영비로 사용된 부분에 대하여 동 회비가 수익사업에서 발생된 소득으로 보아 법인세를 과세하였는바, 청구법인은 협회의 감독기관이 식품의약품안전처에서 승인된 정관에 따라 일반회비 조달방법으로 수납된 일반회비를 수익사업으로 보아 법인세를 과세한 이 건 처분은 부당하다. 청구법인은 매년 감독기관에 세입·세출 결산보고서를 제출하여 감독을 받고 있는 실정으로 세출의 허위계상은 있을 수도 없고 매년 결산의 집행결과 감사절차를 거쳐 OOO명이나 되는 회원들에게 보고가 이루어져 투명한 세입․세출 결산이 진행하고 있는바, 일반회비 수납부분을 수익사업으로 해석한다고 하더라도 수익비용의 대응원칙에 따라 제비용은 손금으로 인정하여야 함에도 처분청은 관련 제비용을 인정하지 않고 일반회비를 모두 과세소득으로 하여 이 건 법인세를 과세하였다.
(2) 청구법인은 매년 감독기관에 세입·세출 결산보고서를 제출하여 감독을 받고 있는 실정으로 세출의 허위계상은 있을 수도 없고 매년 결산의 집행결과 감사절차를 거쳐 OOO명이나 되는 회원들에게 보고가 이루어져 투명한 세입․세출 결산이 진행하고 있는바, 일반회비 수납부분을 수익사업으로 해석한다고 하더라도 수익비용의 대응원칙에 따라 제비용은 손금으로 인정하여야 함에도 처분청은 관련 제비용*을 인정하지 않고 일반회비를 모두 과세소득으로 하여 이 건 법인세를 과세하였다.
(3) 계산서 미발급 가산세 과세처분 청구법인은 OOO로부터 OOO을 수령하여 회원들에게 배부된 OOO에 대한 OOO의 결제대금에 일반회비로 수납된 회비를 합한 쟁점금액에 계산서 미발급 가산세OOO를 과세하였는바, 이는 동 OOO가 전국의 OOO명 회원들을 상대로 일일이 거래하는 것은 현실적으로 불가능하므로 청구법인이 조직망을 이용하여 각 회원의 소요량 파악 등을 대신하고 OOO의 결제대금에 부과하여 회원들로부터 일반회비를 수령한 것인바, 이는 비수익사업이므로 청구법인은 이에 대하여 계산서를 교부할 의무는 없다. 또한, 만일 청구법인이 계산서를 교부할 의무가 있다고 하더라도 ｢국세기본법｣ 제49조 제1항 제2호 에 따라 ｢법인세법｣ 제76조 제3항 및 제5항부터 제7항까지, 제9항(제4호는 제외한다), 제10항 및 제13항에 따른 가산세 명시로 되어 있는 제9항(제4호는 제외한다)의 개정된 제4호의 제외규정은 부칙 제11604호에 따라 2013년 1월 1일부터 시행되는바, 같은 법 제9항 제4호에 따라 부과되는 가산세의 한도폐지는 이 법 시행 후 계산서 등을 발급하거나 발급받는 분부터 적용되므로 가산세 한도금액OOO을 초과한 이 건 가산세 과세처분은 부당하다. 처분청은 청구법인이 의도적으로 쟁점금액에 대하여 계산서를 발급하지 않았다는 의견이나, 청구법인이 동 계산서를 발급하였다면 전국 OOO명의 회원들이 부가가치세 신고시 의제매입세액공제OOO를 적용받아 의제매입세액 공제금액인 OOO원OOO의 절세혜택이 발생함에도 청구법인이 고의적으로 계산서를 발급하지 않았다는 것은 받아들이기 어렵다.
(1) 청구법인은 주무관청인 식품의약품안전처로부터 허가를 받은 비영리사단법인으로서 일반회비의 수령은 정관상 규정된 목적사업이고 회원사로부터 수취한 회비이며, 청구법인은 이를 운영비로 사용하고 있으므로 이를 수익사업으로 보아 법인세를 과세한 처분은 부당하다고 주장하나, ｢법인세법｣ 제3조 제3항 에 따라 규정하고 있는 ‘비영리내국법인의 수익사업’과 관련하여 영리목적의 유무나 정관상 규정된 목적사업을 영위하였는지 여부는 중요하지 않고 관련 행위가 수익을 창출하는 사업인지 여부를 보고 과세여부를 판단하여야 한다. 먼저, 청구법인이 회원사에게 OOO로부터 매입한 OOO을 공급한 행위가 수익사업인지를 판단하기 위하여 ｢부가가치세법｣ 제2조 에서 규정하고 있는 사업자의 정의를 확인하여 볼 필요가 있다. ｢부가가치세법｣ 제2조 제3호 에 의하면 ‘사업자란 사업 목적이 영리이든 비영리이든 관계없이 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자’를 의미하는바, 청구법인은 중앙회 역할을 하면서 OOO를 거느리고 있는 거대집단이므로 부가가치를 창출할 수 있는 정도의 독립적인 사업형태를 갖추었다고 볼 수 있다. 그리고 청구법인은 OOO에 월 2회, 연 24회의 직배신청서를 제출하여 OOO을 공급받고 있으며, 회원사들에게 계속․반복적으로 OOO을 공급하였고 OOO의 공급과정에서 회원사로부터 일반회비 명목으로 수익창출행위인 ‘유통마진’을 가산하여 수령하였는바, 사업성이 존재하는 것으로 판단된다. 결국, 청구법인이 비록 비영리법인이나 회원사에게 OOO을 공급한 행위는 ｢부가가치세법｣ 제2조 에서 규정하고 있는 사업자로서 부가가치를 창출하는 행위임을 알 수 있다. 다음으로, 부가가치 창출행위가 ｢법인세법｣ 제3조 제3항 제1호 에서 규정하고 있는 과세소득의 범위에 해당하는지에 대하여 살펴보면, OOO는 회원사와 개별적으로 OOO 공급계약을 체결하지 않고 청구법인과 공급계약을 체결하여 청구법인에게 계산서를 교부하고 있으며, 직배신청서가 OOO에게 제출되어 당월 매입량이 확정되고 대금이 결제된 후에는 OOO의 소유권이 청구법인 및 지회, 지부에게 이전된다. 따라서 청구법인은 OOO로부터 OOO을 구매하여 회원사에게 이를 공급하고 있으므로 도매업(OOO)을 영위한다고 할 수 있는바, 이러한 도매업은 ｢법인세법｣ 제3조 제3항 제1호 에 규정하고 있는 수익사업인 도매업에 해당한다. 청구이유서에 따르면 청구법인은 회원사로부터 1인당 OOO원의 대인회비를 수령하고 있고, 대인회비는 회원으로부터 재화(OOO)의 공급과는 무관하게 받는 월정액회비인바, 처분청은 이에 대해서는 익금에 산입하지 않았으나, 청구법인이 회원사에게 OOO을 공급하고 OOO 원가에 부과하여 수령한 것은 명목상은 일반회비이나 그 실질은 재화(OOO)의 공급에 따른 유통마진이므로 익금에 산입되어야 한다. 부가가치세법 기본통칙 1-0-3 및 다수의 예규(법규과-926, 2013.8.28.)에서도 실질이 사업과정에서 발생하는 수익이라면 과세대상으로 판단하고 있는바, 이는 수익사업을 영위하는 비영리법인이 수익사업과 관련된 수입금액의 명칭을 일반회비로 위장하여 부가가치세 및 법인세를 탈루하는 것을 방지하기 위함이라 볼 수 있다. 따라서, 청구법인이 일반회비 명목으로 수령한 금액은 그 실질이 OOO의 공급에 따른 수익(유통마진)이므로 ｢법인세법｣상 수익금액으로 보아 익금에 산입하여 법인세를 과세한 처분은 정당하다.
(2) 청구법인은 세입․세출결산보고서에 기재된 사항을 근거로 쟁점금액에 상응하는 경비를 손금으로 인정하여 줄 것을 주장하나, 동 보고서만으로는 관련 항목이 손금인지 알 수 없고, 청구법인은 이에 대하여 증빙(세금계산서, 신용카드매출전표, 영수증 등)을 제출하지 않아 해당 경비가 실제로 발생하였는지도 확인할 수 없다.
(3) 청구법인은 수익사업을 영위하고 있으므로 쟁점금액에 대하여 계산서를 발급할 의무가 있다. ｢법인세법｣ 제121조 에 따르면 법인이 재화나 용역을 공급하면 계산서 등을 발급할 의무가 있는 것으로 규정하고 있고, 청구법인은 회원사에게 재화(OOO)을 공급하면서 계산서를 교부하지 아니하였으므로 처분청은 ｢법인세법｣ 제76조 제9항 에 따라 계산서 미교부 가산세를 과세하여야 한다. 특히, 청구법인은 2006년 이후부터 OOO로부터 OOO을 구입하여 회원사에게 공급하였는바, 초기에는 관련 지식 등의 부족으로 회원사에게 계산서를 발급하지 못하였다고 하더라도 그간에 다른 비영리법인의 사례 등을 참고하여 이러한 거래가 계산서 발급대상임을 인지할 수 있었을 것으로 예상됨에도 고의적으로 계산서 발급의무를 위반한 것이므로 가산세 한도를 적용하지 아니하고 계산서 미교부 가산세를 과세한 이 건 처분은 정당하다.
① 청구법인이 OOO로부터 OOO을 매입하여 회원사에게 공급한 것을 수익사업으로 보아 법인세를 과세한 처분의 당부
② 세입․세출결산보고서에 기재된 사항을 근거로 쟁점금액에 상응하는 경비를 손금으로 인정하여 달라는 청구주장의 당부
③ 청구법인이 계산서를 발급하여야 하는지 여부
1. 소득세법 제81조 제1항, 제3항부터 제6항까지 및 제12항에 따른 가산세
2. 법인세법 제76조 제3항, 제5항부터 제7항까지, 제9항(제4호는 제외한다) 및 제10항에 따른 가산세 부칙 <제11604호,2013.1.1> 제8조(가산세 한도에 관한 적용례) 제49조 제1항 제2호의 개정규정 중 법인세법 제76조 제3항 에 따라 부과되는 가산세의 한도는 이 법 시행 후 가산세를 부과하는 분부터 적용하고, 같은 조 제9항 제4호에 따라 부과되는 가산세의 한도 폐지는 이 법 시행 후 계산서 등을 발급하거나 발급받는 분부터 적용한다.
(2) 부가가치세법 제2조[정의] 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. “재화”란 재산 가치가 있는 물건 및 권리를 말한다. 물건과 권리의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
2. “용역”이란 재화 외에 재산 가치가 있는 모든 역무(役務)와 그 밖의 행위를 말한다. 용역의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
3. “사업자”란 사업 목적이 영리이든 비영리이든 관계없이 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자를 말한다.(중략)
(3) 법인세법 제3조[과세소득의 범위]
③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.
1. 제조업, 건설업, 도매업ㆍ소매업, 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령으로 정하는 것(중략)
7. 제1호부터 제6호까지의 규정 외에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령으로 정하는 것 제76조[계산서의 미교부·미제출 가산세]
⑨ 납세지 관할 세무서장은 법인(대통령령으로 정하는 법인은 제외한다)이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 공급가액의 100분의 1(제4호의 경우에는 100분의 2를 말한다)에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 이 경우 산출세액이 없는 경우에도 가산세는 징수하되, 부가가치세법 제22조 제2항 부터 제5항까지의 규정에 따라 가산세가 부과되는 부분은 제외한다.
1. 제121조 제1항 또는 제2항에 따라 발급한 계산서 등에 대통령령으로 정하는 적어야 할 사항의 전부 또는 일부를 적지 아니하거나 사실과 다르게 적은 경우. 다만, 제2호가 적용되는 분(分)은 제외한다.
2. 제121조 제5항에 따라 매출ㆍ매입처별 계산서합계표를 같은 조에 규정된 기한까지 제출하지 아니한 경우 또는 제출하였더라도 그 합계표에 대통령령으로 정하는 적어야 할 사항의 전부 또는 일부를 적지 아니하거나 사실과 다르게 적은 경우. 다만, 제4호가 적용되는 분의 매출가액 또는 매입가액은 제외한다. (중략)
4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우
① 법인이 재화나 용역을 공급하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산서나 영수증(이하 “계산서 등 ”이라 한다)을 작성하여 공급받는 자에게 발급하여야 한다.
② 부가가치세법 제12조 제1항 제1호 에 따라 부가가치세가 면제되는 농산물ㆍ축산물ㆍ수산물과 임산물의 위탁판매 또는 대리인에 의한 판매의 경우에는 수탁자(受託者)나 대리인이 재화를 공급한 것으로 보아 계산서 등을 작성하여 그 재화를 공급받는 자에게 발급하여야 한다. 다만, 제1항에 따라 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산서등을 발급하는 경우에는 그러하지 아니하다. (중략)
⑦ 계산서 등의 작성ㆍ발급 및 매출ㆍ매입처별 계산서합계표의 제출에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (4) 법인세법 시행령 제2조[수익사업의 범위]
① 법인세법(이하 “법”이라 한다) 제3조 제3항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 “한국표준산업분류”라 한다)에 따른 각 사업 중 수입이 발생하는 것을 말한다. (중략) (5) 법인세법 시행규칙 제1조[수익사업의 범위] 법인세법 시행령(이하 “영”이라 한다) 제2조 제1항 본문의 규정에 의한 사업은 그 사업활동이 각 사업연도의 전기간에 걸쳐 계속하여 행하여지는 사업외에 상당기간에 걸쳐 계속적으로 행하여지거나 정기적 또는 부정기적으로 상당횟수에 걸쳐 행하여지는 사업을 포함하는 것으로 한다.
(1) 청구법인이 비영리내국법인으로서 주무관청인 보건복지부 및 식품의약품안전처의 관리․감독을 받는다는 점에 대하여는 다툼이 없다.
(2) 처분청의 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 서면확인 부분종결보고서(2018년 1월)의 주요 내용은 다음과 같다. (나) 자료제출요구 공문(2017.11.30., 2017.12.27.)에 따르면 처분청은 2017.11.30., 2017.12.27. 청구법인에게 2013～2016사업연도의 신고되지 않은 경비 증빙 등의 자료를 요청한 것으로 되어 있으나, 청구법인은 각 사업연도의 세입․세출결산보고서 외에 경비를 입증할 증빙을 제출하지 않은 것으로 확인된다. (다) 청구법인의 제규정집상 ‘계정과목 해소표’에 따르면 회비는 회비(대인회비) 및 일반회비OOO로 구성되고, 대인회비는 신고업체수에 대한 90% 이상 부과, 일반회비는 OOO kg당 기준부과 수납하도록 하고 있다. (라) 청구법인의 정관에 따르면 청구법인은 이사회의 의결을 거쳐 필요한 지역에 지회, 지부를 설치할 수 있도록 하고 있고, 사업내용은 OOO 등으로 되어 있으며 회계는 일반회계(운영비)와 특별회계로 되어 있는바, 세부내용은 다음과 같고, 청구법인이 해산하는 경우에는 청산 후 잔여재산을 주무관청의 승인을 받아 청구법인과 유사한 목적을 가진 법인단체에 기부하거나
1. 2013회계연도의 일반회계 세입․세출결산을 보면 일반회비와 특별회비 등 회비로 OOO원을 수령하고, 수입금 OOO원을 합산하여 수입합계 OOO원, 사업비, 인건비, 관리비 등 지출합계 OOO원이 발생한 것으로 되어 있다.
2. 2014회계연도의 일반회계 세입․세출결산을 보면 일반회비와 특별회비 등 회비로 OOO원을 수령하고, 수입금 OOO원을 합산하여 수입합계 OOO원, 사업비, 인건비, 관리비 등 지출합계 OOO원이 발생한 것으로 되어 있다.
3. 2015회계연도의 일반회계 세입․세출결산을 보면 일반회비와 특별회비 등 회비로 OOO원을 수령하고, 수입금 OOO원을 합산하여 수입합계 OOO원, 사업비, 인건비, 관리비 등 지출합계 OOO원이 발생한 것으로 되어 있다.
4. 2016회계연도의 일반회계 세입․세출결산을 보면 일반회비와 특별회비 등 회비로 OOO원을 수령하고, 수입금 OOO원을 합산하여 수입합계 OOO원, 사업비, 인건비, 관리비 등 지출합계 OOO원이 발생한 것으로 되어 있다. (바) 청구법인의 2013～2016사업연도 세무조정계산서에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.
1. 2013사업연도 세무조정계산서에 의하면 청구법인은 2013사업연도 수입금액으로 OOO원, 과세표준으로 OOO원, 산출세액 OOO원을 신고한 것으로 확인된다.
2. 2014사업연도 세무조정계산서에 의하면 청구법인은 OOO원을 신고한 것으로 확인된다.
3. 2015사업연도 세무조정계산서에 의하면 청구법인은 OOO원을 신고한 것으로 확인된다.
4. 2016사업연도 세무조정계산서에 의하면 청구법인은 OOO원을 신고한 것으로 확인된다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 처분청이 OOO로부터 OOO을 매입하여 회원들에게 공급한 것을 수익사업으로 보아 법인세를 과세한 이 건 처분은 부당하다고 주장하나, 청구법인은 동OOO로부터 OOO을 구매하여 회원들에게 공급하고 kg당 일정액을 일반회비로 수령하였고 그 거래의 실질을 보면 청구법인은 이러한 OOO의 유통과정에서 회원들로부터 거래이익을 얻은 것이므로 청구법인은 도매업을 영위한 것으로 볼 수 있는바, 도매업은 ｢법인세법｣ 제3조 제3항 제1호 에 규정하고 있는 수익사업인 점, 청구법인이 회원사들에게 OOO을 공급하고 OOO의 공급량(kg)에 따라 회원사들로부터 일반회비를 수령하였는바, 거래상대방이 비록 회원들이라고 하더라도 청구법인은 소속 회원들과는 독립된 별개의 법인체로서 일반회비가 회원들이 아닌 청구법인에게 직접 귀속되는 것이고 청구법인이 사업상 독립하여 재화 등을 공급한 것으로 볼 수 있는 점, 이 건 일반회비는 일반적인 형태와는 달리 공급량에 비례하여 징수되므로 동 회비가 실비변상에 불과한 규모라고 하더라도 OOO의 공급과 일반회비와는 경제적 대가관계가 없다고 볼 수 없고, 처분청에 따르면 처분청은 청구법인이 부과하는 대인회비OOO에 대해서는 별도로 익금에 산입하지 않은 점 등에 비추어 처분청이 청구법인이 OOO로부터 OOO을 매입하여 회원사에게 공급한 것을 수익사업으로 보아 법인세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 세입․세출결산보고서에 기재된 사항을 근거로 쟁점금액에 상응하는 경비를 손금으로 인정하여 달라는 취지로 주장한다. 법인세과세처분 취소소송에 있어서의 과세근거로 되는 과세표준의 입증책임은 과세관청에 있는 것이고, 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의 입증책임은 과세관청에 있다 할 것이나, 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것이고 그 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 그가 입증하는 것이 손쉽다는 점을 감안해 보면, 납세의무자가 입증활동을 하지 않고 있는 필요경비에 대해서는 부존재의 추정을 용인하여 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에도 부합된다(대법원 1988. 5. 24. 선고 86누121 판결 참조)고 할 것인바, 동 보고서만으로는 관련 항목이 손금인지 알 수 없고, 청구법인은 이에 대하여 증빙(세금계산서, 신용카드매출전표, 영수증 등)을 제출하지 않아 해당 경비가 실제로 발생하였는지도 확인할 수 없으므로 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. (다) 마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구법인은 OOO가 전국에 소재한 청구법인의 OOO명 정도 규모의 회원들을 상대로 일일이 거래하는 것은 현실적으로 불가능하므로 청구법인이 조직망을 이용하여 각 회원의 소요량 파악 등을 대신하고 OOO의 결제대금에 부과하여 회원들로부터 일반회비를 수령한 것인바, 이는 비수익사업이므로 청구법인은 이에 대하여 계산서를 교부할 의무는 없다고 주장하나 ｢법인세법｣ 제121조 에 따르면 법인이 재화나 용역을 공급하는 경우에는 공급받는 자에게 계산서를 발급할 의무가 있는 점, 청구법인이 회원들에게 OOO을 공급하고 이에 대한 경제적 대가로 거래량에 따라 일반회비를 수령하였으므로 청구법인이 도매업을 영위한 것으로 볼 수 있는 점 등에 비추어 청구법인이 비수익사업을 영위하였으므로 회원들에게 OOO 등의 곡물을 공급하고 계산서를 교부할 의무가 없다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.