조세심판원 심판청구 법인세

쟁점①ㆍ②토지를 비사업용 토지로 보아 법인세를 과세한 처분의 당부 등

사건번호 조심-2019-서-1809 선고일 2020.09.10

청구법인과 처분청이 제시한 자료만으로는 쟁점 토지들의 구체적인 사용면적 및 사용기간 등이 불분명하므로 이를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정함이 타당함

주 문

OOO세무서장이 아래 <표2>와 같이 청구법인에게 한 2013사업연도 법인세 합계 OOO원의 부과처분은 OOO 토지를 비사업용 토지에서 제외하고, OOO 토지 중 비사업용 토지 제외대상 면적을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하며, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은 시멘트 및 레미콘 제조․판매업을 영위하고 있는 법인사업자로 OOO 소재 공장(이하 “OOO”이라 한다) 관련 토지(이하 아래 <표1>의 쟁점

① ․②․③토지를 합하여 “쟁점토지”라 한다) 취득내역은 아래 <표1>과 같고, 쟁점①토지 중 OOO(이하 “쟁점①송유관부지”라 한다) 및 쟁점②토지 중 OOO(이하 “쟁점②송유관부지”라 하고, “쟁점①송유관부지”와 합하여 “쟁점송유관 부지”라 한다)이 국방부 송유관 부지로 지정․고시됨에 따라 1985.12.23. 국방부에 수용되었으며, 국방부에서 2006.11.6. 쟁점송유관부지에 대해 송유관 폐쇄고시를 함에 따라 청구법인은 쟁점송유관부지를 수의계약 방식으로 아래 <표1>과 같이 재취득(괄호부분)하였다. OOO

  • 나. 한편, 청구법인은 <표1>과 같이 쟁점토지 전부를 2013년 중 양도하였으나, 쟁점토지가법인세법(2013.6.7. 법률 제11873호로 개정된 것, 이하 같다) 제55조의2 제2항 규정의 “비사업용 토지”에 해당되지 않는 것으로 보아 2013사업연도 법인세 신고시 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 별도 신고․납부하지 아니하였다.
  • 다. 처분청은 청구법인 쟁점토지 양도에 대한 사후검증을 실시한 결과 쟁점토지 중 일부는 아래 <표2>와 같이 위법인세법조항의 “비사 업용 토지”에 해당되어 토지 등 양도소득 법인세 과세대상에 해당되는 것으로 보아 청구법인에게 2013사업연도 법인세 합계 OOO원을 경정․고지하였다. OOO
  • 라. 청구법인은 이에 불복하여 2019.4.4. 및 2019.6.10. 각각 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 OOO 사업을 위해 쟁점토지를 취득하여 계속적 사업에 사용하던 중 1985년말 일부 토지가 국방부 송유관 설치로 수용됨에 따라 2010년 재취득시까지의 기간은 부득이한 사유로 비사업용 토지에 해당하는 기간에서 제외되어야 하므로 이 경우 쟁점①․②토지는 비사업용 토지의 기간기준을 정하고 있는 법인세법 시행령제92조의3 제1호 다목의 기간기준에 해당되지 않게 되어 비사업용 토지로 볼 수 없다. (가) 청구법인이 쟁점토지 소유기간 중 사업용 토지에 해당되는 기간의 비율이 92.1% 내지 95.5%(법령상 기준 80% 이상)로서 비사업용 토지에 해당되지 않는다. OOO

1. (취득일~1985년말) OOO에 인접한 OOO(철도역)을 통해 청구법인 OOO에서 OOO으로 운반되는 시멘트 제품 및 원·부자재를 야적하기 위해서 하치장 및 작업공간, 자재 보관장소 등으로 사용하였다.

2. (쟁점송유관부지 수용) 1980년 초 당시 국방부에서 군사용 송유관이 쟁점토지의 한가운데를 지나가는 것으로 계획하여 1985년말공공용지의 취득 및 손실보상에관한 특례법에 따라 쟁점토지 가운데 부분인 쟁점송유관부지가 분할․수용되었다.

3. (1986년~2010년)법인세법제55조의2 제3항, 같은 법 시행령 제92조의11 제1항 제3호 및 같은 법 시행규칙 제46조의2 제1항 제13호에 의하면 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지의 경우 당해 사유가 발생한 기간은 비 사업용 토지로 보지 아니하는 것이므로 쟁점송유관부지 수용 이후 이를 청구법인이 재취득할 때까지의 기간은 쟁점토지상에 건물을 신축하거나 시설물 등을 설치하기 위해서는 사실상 국방부의 승인이 필요하였는 등 아래와 같은 근거로 비사업용 토지 기간에서 제외되어야 한다.

  • 가) 청구법인이 1997년 OOO에 제출한 ‘토지가격의견제출서’(OOO 관련)에 “상기 토지는 송유관 부지와 접하여 건축 등의 제약요인이 있고 또한…”라고 되어 있는데, 이는 쟁점토지상에 사실상 행위제한이 존재하였다는 사실을 방증하는 것이다.
  • 나) 군수사령부에서 2010.3.26. 청구법인에 송달한 공문에 의하면 “아래 표시 국(국방부) 재산(→쟁점송유관부지)으로 인해 인접 개인사유지 재산권 행사에 제한사항이 있음을 감안, 귀하께서 그동안 사용한 부분에 대한 변상금을 징수하는 조건으로 수의매각 하기로 결정되었음을 통보하오니…”로 명시되어 있는데, 이는 쟁점송유관부지로 인해 연접부지의 건축제한 등 재산권 행사에 상당한 지장이 있었음을 인정하여 수의계약 방식으로 청구법인에게 쟁점송유관부지의 재매입 우선권을 보장해 준 것이고, 또한, 송유관폐쇄일(2006년)부터 공문발송 직전까지 변상금을 청구한 사실이 나타나 이는 쟁점송유관부지를 야적장, 주차장 등으로 계속 사용하고 있었다는 것으로 당연히 그 연접부지인 쟁점토지 또한 같은 용도로 사용되었음을 방증하는 것이다. 다)송유관 안전관리법제10조 제1항에서 송유관설치자는 타인의 식물이나 그 밖의 장애물이 송유관의 보존에 지장을 주거나 줄 우려가 있다고 인정하면 그 식물이나 그 밖의 장애물을 변경하거나 제거할 수 있다고 규정하고 있는데, 이는 쟁점송유관부지 인근의 쟁점토지상에 사실상 행위제한이 있다는 점을 방증하는 것이다. (나) 쟁점①토지 중 OOO 토지는 재산세 별도합산과세 대상 토지로서 비사업용 토지에서 제외되었는데, 쟁점토지 지적도 등과 같이 쟁점토지 나머지 부분이 모두 연접부지로서 취득 이후 계속하여 같은 용도로 사용되었던 토지로서 사실상 재산세 별도합산과세대상 토지에 해당되는 것으로 보아야 한다. (2) 청구법인은 쟁점토지의 양도차익에 대해서 각 사업연도 소득금액에 포함하여 적법하게 신고하는 등 제반 납세의무를 성실히 수행하였으므로 이는국세기본법제48조 제1항에 따라 가산세를 면제할 만한 정당한 사유가 존재하는 것으로 보아야 할 것이므로 신고불성실가산세는 면제되어야 한다.
  • 나. 처분청 의견

(1) 청구법인이 쟁점①․②토지를 보유한 기간(1973년~2013년) 중 쟁점송유관부지가 국방부에 수용된 1985년 이전의 경우 청구법인은 사업용으로 사용한 사실을 입증할 수 있는 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있고, 1985년 이후의 경우 쟁점토지가 법인세법 시행규칙제46조의2 제1항 제13호 규정에 따른 “도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지”에 해당되지 아니하므로 이 건 토지 등 양도차익에 대한 법인세를 과세한 처분은 정당하다. (가) (취득일~1985년) 청구법인은 쟁점토지가 포함된 OOO 전체 지적도를 근거로 작성된 지도와 공장, 하역장, 철도 등 위치를 이유로 사업용으로 사용되었다고 추정하는 자료 외에 구체적이고 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있다. (나) (1986~2010년) 처분청이 확인한 바에 의하면 ① 육군본부 국유재산집행담당자는 통상 송유관은 너비 8인치, 깊이 2미터로 매설되고, 양쪽으로 4m씩 총 8m를 제외하고는 건축승인에 제한이 없다는 취지로 진술한바 있고, ②송유관 안전관리법제10조에는 구체적인 건축허가의 제한사항이 제시되어 있지 않으며, ③ 청구법인은 위 기간 중 건축허가 등을 신청한 사실이나 관계기관이 이를 거절한 사실을 증명할 만한 아무런 자료도 제시하지 못하고 있다. 따라서 1985년부터 2011년까지 쟁점토지가 법인세법 시행규칙제46조의2 제1항 13호에 따른 “도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지”에 해당한다고 볼 수 없다 할 것이다. (2) 국세기본법제48조 제1항에서 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있으나, 청구법인은 이 건 쟁점토지 양도소득에 대한 법인세를 신고․납부하지 아니하였고, 납세의무을 이행하지 아니한 데에 대한 정당한 사유로 볼 만한 근거를 제시하지 못하고 있어 청구주장을 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점

① 쟁점①(OOO)․②(OOO)토지를 비사업용 토지로 보아 법인세를 과세한 처분의 당부

② 가산세를 감면할 만한 정당한 사유가 있는지 여부

  • 나. 관련 법령

(1) 법인세법 제27조【업무와 관련 없는 비용의 손금불산입】내국법인이 각 사업연도에 지출한 비용 중 다음 각 호의 금액은 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1. 해당 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산으로서 대통령령으로 정하는 자산을 취득・관리함으로써 생기는 비용 등 대통령령으로 정하는 금액

2. 제1호 외에 그 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 지출금액으로서 대통령령으로 정하는 것 제55조의2【토지 등 양도소득에 대한 과세특례】① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지 등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지 등의 양도소득에 100분의 30(미등기 토지 등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

② 제1항 제3호에서 "비사업용 토지"란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지 가.지방세법이나 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지 나.지방세법제106조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지

  • 다. 토지의 이용상황, 관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것

7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지에 규정된 토지와 유사한 토지로서 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 대통령령으로 정하는 토지

③ 제1항 제3호를 적용할 때 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

⑥ 토지 등 양도소득은 토지 등의 양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 뺀 금액으로 한다. (2) 법인세법 시행령 제49조【업무와 관련이 없는 자산의 범위 등】① 법 제27조 제1호에서 "대통령령으로 정하는 자산"이란 다음 각 호의 자산을 말한다.

1. 다음 각 목의 1에 해당하는 부동산. 다만, 법령에 의하여 사용이 금지되거나 제한된 부동산,자산유동화에 관한 법률에 의한 유동화전문회사가 동법 제3조의 규정에 의하여 등록한 자산유동화계획에 따라 양도하는 부동산 등 기획재정부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 부동산을 제외한다.

  • 가. 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산. 다만, 기획재정부령이 정하는 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과하기 전까지의 기간 중에 있는 부동산을 제외한다.
  • 나. 유예기간 중에 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하고 양도하는 부동산. 다만, 기획재정부령이 정하는 부동산매매업을 주업으로 영위하는 법인의 경우를 제외한다.

2. 다음 각 목의 1에 해당하는 동산

  • 가. 서화 및 골동품. 다만, 장식・환경미화 등의 목적으로 사무실・복도 등 여러 사람이 볼 수 있는 공간에 상시 비치하는 것을 제외한다.
  • 나. 업무에 직접 사용하지 아니하는 자동차・선박 및 항공기. 다만, 저당권의 실행 기타 채권을 변제받기 위하여 취득한 선박으로서 3년이 경과되지 아니한 선박 등 기획재정부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 자동차・선박 및 항공기를 제외한다.
  • 다. 기타 가목 및 나목의 자산과 유사한 자산으로서 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 자산

② 제1항 제1호의 규정에 해당하는 부동산인지 여부의 판정 등에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다. 제92조의3【비사업용 토지의 기간기준】법 제55조의2 제2항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

  • 가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간
  • 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간
  • 다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다. 제92조의8【사업에 사용되는 그 밖의 토지의 범위】① 법 제55조의2 제2항 제4호 다목에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

7. 하치장용 등의 토지: 물품의 보관·관리를 위하여 별도로 설치·사용되는 하치장·야적장·적치장 등(건축법에 따른 건축허가를 받거나 신고를 하여야 하는 건축물로서 허가 또는 신고 없이 건축한 창고용 건축물의 부속토지를 포함한다)으로서 당해 사업연도 중 물품의 보관·관리에 사용된 최대면적의 100분의 120 이내의 토지 제92조의11【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】① 법 제55조의2 제3항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간 동안 법 제55조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 동항의 규정에 따른 비사업용 토지(이하 이 조에서 "비사업용 토지"라 한다)에 해당하는지 여부를 판정한다.

1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지: 사용이 금지 또는 제한된 기간

2. 토지를 취득한 후문화재보호법에 따라 지정된 보호구역 안의 토지: 보호구역으로 지정된 기간

3. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황・취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지: 기획재정부령으로 정하는 기간 (3) 법인세법 시행규칙 제46조의2【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】① 영 제92조의11 제1항 제3호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간 동안 법 제55조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다. 다만, 부동산매매업(한국표준산업분류에 따른 건물건설업 및 부동산공급업을 말한다)을 영위하는 자가 취득한 매매용부동산에 대하여는 제1호 및 제2호를 적용하지 아니한다.

1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 해당 사업과 관련된 인가・허가(건축허가를 포함한다. 이하 같다)・면허 등을 신청한 자가건축법제18조 및 행정지도에 따라 건축허가가 제한됨에 따라 건축을 할 수 없게 된 토지: 건축허가가 제한된 기간

13. 당해 토지를 취득한 후 제1호 내지 제12호의 사유 외에 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지: 당해 사유가 발생한 기간 (4) 송유관 안전관리법 제10조【송유관의 보존】① 송유관설치자는 타인의 식물이나 그 밖의 장애물이 송유관의 보존에 지장을 주거나 줄 우려가 있다고 인정하면 그 식물이나 그 밖의 장애물을 변경하거나 제거할 수 있다.

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 2018.11.6. 신청한 과세사실판단자문 신청서 및 의결서의 주요내용은 다음과 같다. (가) 신청이유 사실관계에 청구법인이 쟁점토지 양도소득에 대한 법인세를 신고하지 않았으나, 감사원에서 이에 대해 비사업용 토지에 해당하는지 여부에 대해 검토할 것을 지시한 것으로 되어 있다. (나) 신청인(처분청) 의견의 주요내용은 다음과 같다. OOO (다) 2018.12.17. 과세사실판단자문위원회에서 쟁점①토지는 비사업용 토지에 해당하는 것으로 의결(과세)하였는데, 의결 이유는 “쟁점①토지는 재산세 종합합산과세 대상이 되는 토지에 해당하고, 사업용 토지였는지 여부를 입증할 명확한 자료 없이 회사 내부자료 및 정황증거만을 제시하므로 이를 사업용 토지로 인정할 수 없음”으로 되어 있다.

(2) 청구법인이 제시한 심리자료는 다음과 같다. (가) 청구법인은 쟁점토지 취득 이후 1985년까지 하역장 및 작업공간(골재 야적, 작업차량 주차 등)으로 사용하여 왔고, 이는 당시 청구법인의 시멘트 공장 및 레미콘공장 위치, 철도 선로 위치, 청구법인 OOO 평면도, 쟁점①토지상 사용하였던 골재 하화시설 사진 등으로 확인된다며 다음과 같은 자료를 제시하였다.

1. OOO 지적도 현황(2008년 기준)

2. 청구법의 사업장 및 쟁점토지, 송유관 현황

3. 철거전 골재 하화시설 촬영사진 및 평면도 사본 (나) 청구법인은 1985년 쟁점송유관부지가 수용된 이후 2011년 재취득 시점까지 쟁점토지상에 건축 등의 제약요인이 존재하였으므로 쟁점토지는 법인세법 시행규칙제46조의2 제1항 제13호의 규정에 따라 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지에 해당된다고 주장하며 다음과 같은 자료를 제시하였다.

1. 1997년 3월 청구법인이 대구광역시 동구청장에게 제출한 ‘토지가격의견제출서’ 사본을 제시하였는데, 주요내용은 다음과 같다. OOO

2. 군수사령관이 2010.3.26. 청구법인에 시행한 “변상금 납부 및 국유재산 매매계약 체결 계획 통보” 공문(군수과-2013) 사본을 제시하였는데 주요내용은 다음과 같다. OOO

3. 육군참모총장이 2017.4.5. 청구법인에 시행한 “한국종단송유관(KP) 폐쇄지역 건축관련 자료 요청에 대한 회신” 공문 사본을 제시하였는데, 주요내용은 다음과 같다. OOO

4. 청구법인에서 1996년에 생산된 내부품의서인 “토지임대 승인 요청” 사본을 제시하였는데, OOO 토지 868㎡를 레미콘 운반업체인 OOO에서 운행하고 있는 펌프카 주차장으로 임대 요청이 있어 이에 대한 승인(계약기간: 1996.7.1.~1997.6.30.)을 요청하는 내용으로 동 공문에 첨부된 ‘검토서’에 “임대토지에 접하여 8m 송유관(국방부 소유) 매설 및 골재 하화장 시설물 일부가 있으며, 송유관 매설로 인하여 건축 등 제약요인 관계로 적극활용치 못하고 있는 실정임. 한시적으로 임대를 하여도 공장 부지활용면에서는 문제점이 없을 것으로 사료됨.”으로 기재되어 있다.

(3) 청구법인 대리인은 2020.5.26. 개최된 조세심판관회의에 출석하여 2013년 6월 양도한 쟁점②토지(OOO)는 지목이 잡종지로서 양도일 이전 5년 동안 임대하였는데, 임차인이 이를 알루미늄자재 야적장으로 사용하였으므로 비사업용토지에서 제외되어야 한다며 다음과 같은 자료를 추가로 제시하였다. (가) 청구법인이 OOO[대표자 OOO, 2011년 12월 ㈜OOO로 법인전환]에 임대하였다며 관련 세금계산서 발행내역을 제시하였는데 동 세금계산서상 연도별 임대료 수수내역은 다음과 같다. OOO (나) OOO 등이 쟁점

② 토지(OOO)를 알루미늄 자재를 보관하는 장소로 활용하였다며 그 근거로 인터넷포털 OOO 지도의 2008~2013년 항공사진 5매를 각 제시하였다. (다) 쟁점

② 토지(각산동 250․250-2) 임차인 OOO이 청구법인에게 제출한 매입의향서(2013.5.14.)를 제시하였는데 OOO를 OOO원에 매입을 희망한다는 내용으로 “기타 요청 사항”의 주요내용은 다음과 같다. OOO

(4) 한편, 처분청 담당자는 2020.5.26. 개최된 조세심판관회의에 출석하여 청구법인 대리인이 추가로 제출한 자료에 대해 쟁점②토지를 임차하여 야적장 등으로 사용한 사실에 대해서는 인정하면서도 법인세법제55조의2 제2항 제4호 및 같은 법 시행령 제92조의8 제1항 제7호 규정에 따라 “법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 하치장용 등의 토지로서 물품의 보관․관리를 위하여 별도로 설치․사용되는 하치장 등”을 비사업용 토지에서 제외하는 것으로 규정하고 있으므로, 쟁점②토지는 임차인의 사업장 소재지인 OOO와 연접하고 있어 야적장 등을 별도로 설치․사용하는 야적장에 해당하지 않아 비사업용 토지에서 제외하는 규정의 적용대상으로 볼 수 없다는 의견을 제시하였다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 「법인세법」 제55조의2 제2항 제4호 다목 및 제3항, 같은 법 시행령 제92조의3 제1호에서 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 비사업용으로 사용된 기간이 ① 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간(이하 “①기준”이라 한다), ② 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간(이하 “②기준”이라 한다), ③ 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간(이하 “③기준”이라 하고, ‘①기준’, ‘②기준’ ‘③기준’을 합하여 “기간기준”이라 한다)을 각 초과하는 기간 모두에 해당하는 경우에 비사업용 토지에 해당된다고 규정하고 있고, 토지의 이용상황, 관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것은 비사업용 토지에서 제외되는 것으로 규정하고 있으며, 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다고 규정하고 있다. 한편, 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것에 대해 같은 법 시행령 제92조의8 제1항 제7호에서 물품의 보관․관리를 위하여 별도로 설치․사용되는 하치장․야적장․적치장 등으로서 당해 사업연도 중 물품의 보관․관리에 사용된 최대면적의 100분의 120 이내의 토지를 규정하고 있고, 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유에 대해 같은 법 시행령 제92조의11 제1항 제3호 및 같은 법 시행규칙 제46조의2 제1항 제13호에서 당해 토지를 취득한 후 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지는 당해 사유가 발생한 기간은 비사업용으로 사용된 기간에서 제외하는 것으로 규정하고 있다. (나) 청구법인은 쟁점①․②토지의 경우 취득일부터 쟁점송유관부지가 분할되어 국방부에 수용된 1985.12.23.까지 기간 동안에는 시멘트 제품 및 원․부자재를 야적하기 위해 하치장 및 작업공간, 자재 보관장소 등으로 사용하였고, 쟁점송유관부지가 국 방부에 수용된 날부터 이를 재취득한 날까지의 기간은 「법인세법 시행령」 제92조의11 제1항 제3호 및 같은 법 시행규칙 제46조의2 제1항 제13호 규정에 따라 비사업용으로 사용된 기간에서 제외하여야 하므로 이 경우 쟁점①․②토지 소유기간의 80% 이상을 사업용으로 사용하였으므로 ③기준을 충족하지 못하여 비사업용 토지에 해당되지 않는다고 주장하나, 쟁점송유관부지가 국방부에 수용되었다 하더라도 나머지 쟁점①․②토지의 경우 처분청이 확인한 국방부 담당자 진술 및 「송유관 안전관리법」에 의하면 건축승인에 별다른 제한이 없었던 것으로 보이고, 청구법인이 쟁점①․②토지상에 건축허가 내지 개발행위 신청 등 이를 사업용으로 사용하기 위한 인허가를 신청하거나 관할 지방자치단체 등으로부터 민원을 반려받은 사실도 없어 단지 쟁점송유관부지가 국방부에 수용되었다는 사실만으로 이를 재취득할 때까지의 기간동안 쟁점①․②토지 전체에 대해 「법인세법 시행규칙」 제46조의2 제1항 제13호 규정의 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지에 해당되는 것으로 볼 수는 없는 것으로 판단된다. 다만, 쟁점

② 토지(OOO) 의 경우 청구법인은 2008년부터 2013년까지 기간 동안 OOO 등에 임대한 사실이 관련 세금계산서 등으로 확인되고, 럭키건업 등은 임차기간 동안 쟁점

② 토지(OOO) 대부분을 알루미늄 자재를 보관하는 장소로 활용한 사실이 인터넷포털(OOO)의 항공사진에 나타나며, 처분청도 이와 같은 사실관계는 인정하고 있는 점, 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지에 대해 「법인세법 시행령」 제92조의8 제1항 제7호 에서 규정하고 있는 “물품의 보관․관리를 위하여 별도로 설치․사용되는 하치장․야적장․적치장 등”의 경우 그 설치허가나 신고 등에 관한 제한 규정을 두고 있지 아니하여 별도 설치신고를 하지 아니하였다 하더라도 사실상 동 규정에 열거된 용도로 사용된 기간은 사업용 토지로 보아야 할 것(조심 2014서1249, 2014.10.29.)이고, 비사업용 토지는 직접적으로 생산활동 내지 생활에 이용되지 아니한 채 지가의 상승이익을 기대하기 위해 보유하는 토지를 의미하는 것으로서 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지의 경우 비사업용 토지에서 제외되는 요건에 대해 해당 토지 소유자가 직접 사업용으로 사용하여야 한다는 명문규정이 없어 임대 여부는 비사업용 토지에서 제외되는지 여부에 대한 판단과 무관한 사실관계로 보이는 점(조심 2016중977, 2016.9.22.) 등에 비추어

쟁점

② 토지(OOO)는 비사업용 토지 판정을 위한 기간기준 중 ①기준을 충족하지 못하는 것으로 보이므로 처분청이

쟁점

② 토지(OOO)를 비사업용 토지로 보아 청구법인에게 법인세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. 또한, 쟁점① 토지(OOO)의 경우 청구법인이 제시한 내부문서, 쟁점토지 촬영사진 등을 보면 OOO의 시멘트 및 레미콘 제조․판매업을 영위하는 과정에서 시멘트 제품 및 원·부자재를 야적하기 위한 하치장 및 작업공간, 자재 보관장소 등으로 사용된 것으로 보이나, 청구법인과 처분청이 제시한 자료만으로는 구체적인 사용면적 및 사용기간 등이 불분명하므로 이를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

(7) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지 등 양도소득에 대한 법인세를 신고납부하지 아니한 데에 가산세를 감면할 정당한 사유가 있다고 주장하나, 청구법인이 2013사업연도 법인세 신고시 쟁점토지의 양도차익을 포함하여 신고한 것은 관련 법령 등에 따른 서식에 따라 작성하여 제출한 것으로 이는 단순한 신고의무 이행 과정에서 제출한 것에 불과하고,국세기본법제48조 규정에 따른 가산세를 감면할 정당한 사유로 보기는 어려운 점, 청구주장대로라면 각 사업연도 소득에 대한 법인세 신고의무 이행 과정에서 토지 등 양도차익을 포함하여 신고하도록 되어 있어 사실상 토지 등 양도소득에 대한 법인세 부과처분에 대해서는 가산세를 부과할 수 없게 될 것인 점, 청구법인은 이외에 가산세를 감면할 정당한 사유에 대해 별다른 자료를 제시하지 못하고 있는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)