쟁점조합원입주권 양도 당시 청구인은 쟁점임대주택 외에 쟁점조합입주권과 다른 주택을 보유하고 있었으므로 1세대1주택 판정시 주택 수에서 제외하는 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제2호의 장기임대주택으로 보기도 어려운 점에 비추어 1세대1주택 특례대상이라는 청구인의 주장을 받아들이기 어려움
쟁점조합원입주권 양도 당시 청구인은 쟁점임대주택 외에 쟁점조합입주권과 다른 주택을 보유하고 있었으므로 1세대1주택 판정시 주택 수에서 제외하는 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제2호의 장기임대주택으로 보기도 어려운 점에 비추어 1세대1주택 특례대상이라는 청구인의 주장을 받아들이기 어려움
심판청구를 기각 한다.
(1) (쟁점조합원입주권 양도 관련) 쟁점조합원입주권은 기존주택의 연장이고 1세대1주택 판단시 주택으로 간주되므로 장기임대주택 비과세 특례 적용시 거주주택에 쟁점조합원입주권도 포함되어 소득세법 시행령제155조 제19항에 의한 1세대1주택 특례규정을 적용하여야 한다. 1세대1주택 비과세는 주택이라는 물건에 대하여 비과세하는 것이 아니라 주택에서 발생한 소득에 대하여 과세권을 행사하지 아니하는 것이며, 1세대1주택 비과세 특례의 경우 장기임대주택자의 거주주택 양도의 경우 장기임대주택은 주택 수에서 제외된다고 규정하고 있는바, 이는 거주주택에 대한 양도소득을 비과세하는 경우에는 장기임대주택을 주택 수에서 제외하겠다는 의미이다.
(2) 한편, 쟁점조합원입주권의 경우 관리처분계획인가로 기존주택이 입주권으로 전환되었으므로 쟁점조합원입주권의 양도소득은 기존주택부분 소득과 분양권 소득으로 구분되는바, 조합원입주권이 주택으로 의제되지 않는다면 기존주택이 쟁점조합원입주권으로 전환된 후 주택에서 발생한 소득부분만은 1세대1주택에 따른 비과세소득으로 보아야 하고, 분양권 소득에 대하여만 과세되어야 한다.
(3) (가산세 감면 관련) 청구인은 OOO를 이용하여 양도소득세를 신고하였으나, OOO상 비과세를 선택하는 경우 자동적으로 양도차익이 계산된 후 비과세 양도차익이 표시되면서 양도소득금액이 줄어들고 산출세액이 작아지도록 구축되어 있다. 이는 납세자가 산출세액까지 신고하고 비과세 신고하고 싶어도 못하게 되어 있는 상태로 OOO를 이용하여 신고한 납세자에게는 과소신고의 귀책사유가 없다. 과세관청은 비과세의 경우에도 산출세액까지 신고할 수 있도록 시스템을 운영하여야 함에도, 시스템상의 미비를 이유로 OOO로 신고한 청구인에게 신고불성실가산세를 부과하는 것은 부당하다. 즉, 과세관청은 OOO를 이용하여 양도소득세 비과세 신고를 하는 경우에도 신고불성실가산세를 피해갈 수 있도록 시스템을 구축하였어야 한다.
(1) (쟁점조합원입주권 양도 관련) 조합원입주권 양도에 따른 1세대1주택은 소득세법 시행령제155조 제17항에서 일정요건을 갖춘 경우에 한하여 주택으로 간주하여 비과세를 규정하고 있는바, 그 요건은 ‘관리처분인가일 현재 제154조 제1항에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대에 한한다’고 규정되어 있다. 즉, 관리처분계획인가일 현재 당해 양도물건 하나만을 보유하고 있는 경우에 한하여 주택으로 간주되는 것이다. 또한, 소득세법 시행령제155조 제19항에서 장기임대주택을 주택 수에서 제외하고 있는바, 그 요건은 거주주택을 양도할 때 장기임대주택을 주택 수에서 제외하고, 조합원입주권 양도시에는 주택 수에서 제외하지 않고 있는바, 청구인은 관리처분계획인가일 현재 쟁점임대주택을 소유하고 있어 위 요건을 충족하지 못하므로 쟁점조합원입주권은 주택으로 간주되지 아니하고 부동산을 취득할 수 있는 권리에 해당한다. 따라서 쟁점조합원입주권은 소득세법 시행령제155조 제17항 및 제19항을 적용할 수 없으므로 1세대1주택 비과세 적용대상에 해당되지 않는다.
(2) 한편, 청구인은 쟁점조합원입주권의 양도소득을 주택부분 소득과 분양권 소득으로 나누어 주택부분 소득에 대해서는 비과세하고 분양권부분 소득만을 과세하여야 한다고 주장하나, 비과세 규정은 법령에 규정된 경우에 한해 적용하므로 청구인의 주장은 그 법적근거를 찾을 수 없으므로 마땅히 배척되어야 한다.
(3) 청구인은 OOO를 이용하여 양도소득세 신고시 비과세를 선택하게 되면 자동으로 산출세액이 감소하므로 신고불성실가산세를 부과하는 것이 부당하다고 주장하나, 국세기본법제47조의3 규정을 보면 과소신고세액에 대해 가산세를 부과하도록 하고 있고, 같은 법 제48조의 가산세 감면 규정을 보더라도 OOO 방법으로 신고하였다 하여 이를 ‘납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우’로 보기도 어려우므로 이 건 신고불성실가산세 부과는 정당하다.
① (주위적 청구) 쟁점조합원입주권 양도에 대하여 1세대1주택 비과세 특례규정을 배제하고 양도소득세를 과세한 처분의 당부
② (예비적 청구) 쟁점조합원입주권의 양도소득 중 주택부분 소득을 비과세하여야 한다는 청구주장의 당부 및 신고불성실가산세를 감면할 정당한 사유가 있는지 여부
(1) 소득세법(2016.1.19. 법률 제13796호로 개정되기 전의 것) 제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득
② 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 도시 및 주거환경정비법제48조에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위[같은 법에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)으로 한정하며, 이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 "조합원입주권"이라 한다]를 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 제1항에도 불구하고 같은 항 제3호를 적용하지 아니한다. 다만, 도시 및 주거환경정비법에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우나 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. (2) 소득세법 시행령(2016.6.21. 대통령령 제27245호로 개정되기 전의 것) 제154조(1세대1주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 "1세대"라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것을 말한다. (단서생략)
⑤ 제1항의 규정에 의한 보유기간의 계산은 법 제95조 제4항의 규정에 의하고, 동항의 규정에 의한 거주기간은 주민등록표상의 전입일자부터 전출일까지의 기간에 의한다.
⑪ 법 제89조 제1항 제3호 나목에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 제155조에 따른 1세대1주택의 특례에 해당하여 이 조를 적용하는 주택을 말한다. 제155조(1세대1주택의 특례) ⑰ 법 제89조 제2항 본문에 따른 조합원입주권(이하 "조합원입주권"이라 한다)을 1개 소유한 1세대{도시 및 주거환경정비법제48조에 따른 관리처분계획의 인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제154조 제1항에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대에 한한다}가 당해 조합원입주권을 양도하는 경우 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 법 제94조 제1항 제2호 가목에도 불구하고 제154조 제1항에 따른 1세대1주택으로 본다.
1. 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우
2. 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 소유한 경우로서 해당 1주택을 취득한 날부터 3년 이내에 해당 조합원입주권을 양도하는 경우(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)
⑲ 제167조의3 제1항 제2호에 따른 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 다음 각 호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 "거주주택"이라 한다)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택이 민간임대주택에 관한 특별법제5조에 따라 민간임대주택으로 등록한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주주택을 말한다. 이하 "직전거주주택"이라 한다)이 있는 거주주택(이하 이 항에서 "직전거주주택보유주택"이라 한다)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.
1. 거주주택: 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록 및 민간임대주택에 관한 특별법제5조에 따른 임대사업자의 등록을 한 날 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것
2. 장기임대주택: 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 민간임대주택에 관한 특별법제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있을 것 제167조의3(1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위) ① 법 제104조 제4항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.
2. 법 제168조에 따른 사업자등록과 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자 등록(이하 이 조에서 "사업자등록등"이라 한다)을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다). (단서 생략)
3. 조세특례제한법 제97조 ㆍ제97조의2 및 제98조의 규정에 의하여 양도소득세가 감면되는 임대주택으로서 5년 이상 임대한 국민주택(이하 이 조에서 "감면대상장기임대주택"이라 한다)
③ 제1항 제2호의 규정에 의한 장기임대주택의 임대기간의 계산은 조세특례제한법 시행령제97조의 규정을 준용한다. 이 경우 사업자등록등을 하고 임대주택으로 등록하여 임대하는 날부터 임대를 개시한 것으로 본다.
(3) 조세특례제한법(2010.1.1. 법률 제9921호로 개정된 것) 제97조(장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면) ① 대통령령으로 정하는 거주자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 국민주택(이에 딸린 해당 건물 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다)을 2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 그 주택(이하 "임대주택"이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 임대주택법에 따른 건설임대주택 중 5년 이상 임대한 임대주택과 같은 법에 따른 매입임대주택 중 1995년 1월 1일 이후 취득 및 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 임대주택(취득 당시 입주된 사실이 없는 주택만 해당한다) 및 10년 이상 임대한 임대주택의 경우에는 양도소득세를 면제한다.
1. 1986년 1월 1일부터 2000년 12월 31일까지의 기간 중 신축된 주택
2. 1985년 12월 31일 이전에 신축된 공동주택으로서 1986년 1월 1일 현재 입주된 사실이 없는 주택
② 소득세법 제89조 제1항 제3호 를 적용할 때 임대주택은 그 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다. (4) 조세특례제한법 시행령(2014.2.21. 대통령령 제25211호로 개정된 것) 제97조(장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면) ① 법 제97조 제1항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 거주자"란 임대주택을 5호 이상 임대하는 거주자를 말한다.
⑤ 법 제97조 제4항의 규정에 의한 임대주택에 대한 임대기간(이하 이 조에서 "주택임대기간"이라 한다)의 계산은 다음 각 호에 의한다.
1. 주택임대기간의 기산일은 주택의 임대를 개시한 날로 할 것
4. 5호 미만의 주택을 임대한 기간은 주택임대기간으로 보지 아니할 것
5. 제1호 또는 제3호의 규정을 적용함에 있어서 기획재정부령이 정하는 기간은 이를 주택임대기간에 산입할 것
(5) 국세기본법 제47조의3(과소신고·초과환급신고가산세) ① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 교육세법 제9조 에 따른 신고 중 금융·보험업자가 아닌 자의 신고와 농어촌특별세법에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고(이하 이 조 및 제48조에서 "과소신고"라 한다)하거나 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조 및 제48조에서 "초과신고"라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 "과소신고납부세액등"이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 산출방법을 적용한 금액을 가산세로 한다.
1. 부정행위로 과소신고하거나 초과신고한 경우: 다음 각 목의 금액을 합한 금액
2. 제1호 외의 경우: 과소신고납부세액등의 100분의 10에 상당하는 금액 제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.
1. 제6조제1항에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우
2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우
3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우
(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다. (가) 청구인은 2004.2.2. 기존주택을 취득하여 보유하던 중 기존주택이 주택재개발정비사업으로 인하여 2012.4.6. 관리처분계획인가되어 조합원입주권으로 변경되었고, 2016.5.11. 쟁점조합원입주권을 양도한 후 1세대1주택(고가주택) 비과세 규정을 적용하여 양도소득세 신고를 하였으나, 처분청은 쟁점조합원입주권 양도의 경우 1세대1주택 판단시 장기임대주택도 주택 수에 포함하여야 하므로 소득세법 시행령제155조에 의한 1세대1주택 비과세 특례규정 적용을 배제하고 청구인에게 2016년 귀속 양도소득세 OOO을 경정․고지하였다. (나) 폐쇄등기부등본 등을 보면, 기존주택의 소재지번은 OOO, 2014.9.16. 멸실OOO, 2004.2.2. 청구인 명의로 소유권이전등기된 것으로 나타나고, 2012.4.6. 돈의문1구역도시환경정비사업 관리처분계획인가 고시(종로구 고시 제2012-21호)되었다. (다) 청구인은 OOO(청구인 등 3인 공동소유) 및 OOO(단독소유)를 신축하여 각각 임대사업자등록을 하였는바,
1. 등기부등본 및 건축물대장을 보면, 위 OOO 다세대주택은 청구인․OOO 등 3인이 2012.1.27. 소유권보존등기[1층 근린생활시설, 2～5층 다세대주택(24호), 2012.1.2. 사용승인]를, 위 OOO 다세대주택은 청구인이 2013.8.14. 소유권보존등기[1층 근린생활시설, 2～5층 도시형생활주택-원룸형(24호), 2013.7.29. 사용승인]를 한 것으로 나타나고,
2. 임대사업자등록증 2부(OOO 발급)에 의하면, ① 임대사업자는 청구인․OOO 등 3인(공동), 최초등록일은 2012.1.18. 임대주택의 소재지 및 호수는 OOO(2～5층, 건설임대주택, 다세대주택, 40㎡이하), 임대시작일은 2012.1.31.로 기재되어 있고, ② 임대사업자는 청구인(단독), 최초등록일은 2012.10.26. 임대주택의 소재지 및 호수는 OOO(2～5층, 5년 건설임대주택, 다세대주택, 40㎡이하), 임대시작일은 2012.10.26.로 기재되어 있다. (라) 청구인은 쟁점조합원입주권 양도 당시(2016.5.11.) 쟁점임대주택 이외에 단독주택 1채를 별도로 소유하고 있는데, 위 단독주택 소재지는 OOO(단층주택 지상1층/지하1층), 2015.2.27. 청구인 명의로 소유권이전등기(매매취득)된 것으로 나타난다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 소득세법제89조 및 같은 법 시행령 제155조 제19항에 따르면, 장기임대주택(양도일 현재 사업자등록 및 민간임대주택으로 등록하고 임대)과 그 밖의 1주택(2년 이상 거주)을 소유하는 1세대가 해당 거주주택을 양도하는 경우 1세대1주택 비과세대상에 해당하는바, 이 건의 경우 쟁점조합원입주권 양도 당시 청구인은 쟁점임대주택 외에 쟁점조합원입주권과 다른 주택을 보유하고 있으므로 1세대1주택 판정시 주택 수에서 제외하는 소득세법 시행령제167조의3 제1항 제2호의 장기임대주택으로 보기도 어려운 점, 청구인은 쟁점조합원입주권을 1주택으로 보아야 하므로 위 법령상 ‘그 밖의 1주택으로서 해당 거주주택을 양도하는 경우’에 해당한다고 주장하나, 조합원입주권의 경우 1세대1주택 비과세 판정시 주택 수에서 제외하도록 하고 있을 뿐 1주택(거주주택)으로 볼 수는 없으므로 소득세법 시행령제155조 제19항에 의한 1세대1주택 특례대상이라는 청구인의 주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.
(3) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점조합원입주권에 따른 양도소득 중 주택부분 소득과 분양권 소득을 구분하면서 주택부분 소득에 대하여는 비과세하여야 한다고 주장하나, 쟁점조합원입주권의 양도소득을 주택 보유기간(취득일～관리처분계획인가일)과 분양권 보유기간(관리처분인가일～양도일) 중에 발생한 소득을 별도로 구분하여 비과세 적용여부를 판단할 만한 아무런 법령상의 근거가 없으므로 청구인의 주장을 받아들이기 어려우며, 또한, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법령상 신고․납세의무 등을 위반한 경우에 법령이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의․과실은 고려되지 아니하는바, OOO 시스템은 고가주택 1세대1주택 비과세 적용을 선택하는 경우 9억원 초과분은 과세로, 9억원 이하분은 비과세로 자동계산하는 방식으로 양도차익 등을 산정하도록 구현되어 있는데, 이 건의 경우 청구인이 OOO를 이용한 양도소득세 신고시 고가주택 1세대1주택 비과세를 선택하여 양도차익을 산정하였고, 처분청은 이를 부인하여 과세한 것으로, 쟁점조합원입주권에 대한 양도소득세 신고시 1세대1주택 비과세를 잘못 선택한 데 대한 귀책사유는 청구인에게 있다 할 것이다. 따라서 처분청이 이 건 양도소득세를 과세하면서 신고불성실(과소신고)가산세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.