[요지] 쟁점산식 괄호부분을 둔 취지는 신축주택 취득자의 감면대상 양도소득금액을 신축주택 취득일로부터 5년 동안 발생된 양도소득금액으로 안분계산하기 위한 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단됨
[요지] 쟁점산식 괄호부분을 둔 취지는 신축주택 취득자의 감면대상 양도소득금액을 신축주택 취득일로부터 5년 동안 발생된 양도소득금액으로 안분계산하기 위한 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
3. 심리 및 판단
(1) 조세특례제한법 제98조의3【미분양주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자 또는소득세법제120조에 따른 국내사업장이 없는 비거주자가 서울특별시 밖의 지역(소득세법제104조의2에 따른 지정지역은 제외한다)에 있는 대통령령으로 정하는 미분양주택(이하 이 조에서 "미분양주택"이라 한다)을 다음 각 호의 기간 중에주택법제54조에 따라 주택을 공급하는 해당 사업주체(20호 미만의 주택을 공급하는 경우 해당 주택건설사업자를 포함한다)와 최초로 매매계약을 체결하고 취득(2010년 2월 11일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 경우를 포함한다)하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 OOO수도권과밀억제권역인 경우에는 OOO)에 상당하는 세액을 감면하고, 해당 미분양주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 해당 미분양주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액(수도권과밀억제권역인 경우에는 양도소득금액의 OOO에 상당하는 금액)을 해당 주택의 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 이 경우 공제하는 금액이 과세대상소득금액을 초과하는 경우 그 초과금액은 없는 것으로 한다.
1. 거주자인 경우: 2009년 2월 12일부터 2010년 2월 11일까지의 기간
2. 비거주자인 경우: 2009년 3월 16일부터 2010년 2월 11일까지의 기간
② 제1항을 적용할 때 자기가 건설한 신축주택으로서 2009년 2월 12일부터 2010년 2월 11일까지의 기간 중에 공사에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)하고, 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 주택을 포함한다. 다만, 다음 각 호의 경우에는 이를 적용하지 아니한다. 1.도시 및 주거환경정비법에 따른 재개발사업 또는 재건축사업, 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법에 따른 소규모재건축 사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 관리처분계획에 따라 취득하는 주택
2. 거주하거나 보유하는 중에 소실·붕괴·노후 등으로 인하여 멸실되어 재건축한 주택 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도하는 경우에는 그 신축주택을 취득한 날부터 양도일까지 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 빼며, 해당 신축주택을 취득한 날부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 다만, 해당 신축주택이소득세법제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가 주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우: 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 따른 주택조합 또는도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령으로 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택은 제외한다.
2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 따른 주택조합 또는도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합을 통하여 대통령령으로 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우: 신축주택취득기간에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택
② 소득세법제89조 제1항 제3호를 적용할 때 제1항을 적용받는 신축주택과 그 외의 주택을 보유한 거주자가 그 신축주택 외의 주택을 2007년 12월 31일까지 양도하는 경우에만 그 신축주택을 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.
③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.
④ 제1항에 따라 양도소득세 과세대상소득금액에서 빼는 양도소득금액의 계산 및 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
(2) 조세특례제한법 시행령 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면】① 법 제99조의3 제1항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 지역"이란 서울특별시, 과천시 및택지개발촉진법제3조에 따라 택지개발지구로 지정ㆍ고시된 분당ㆍ일산ㆍ평촌ㆍ산본ㆍ중동 신도시지역을 말한다.
② 법 제99조의3 제1항에 따른 양도소득세 과세대상소득금액에서 빼는 양도소득금액(이하 이 조에서 "감면대상 양도소득금액"이라 한다)은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한다. 이 경우 새로운 기준시가가 고시되기 전인 경우에는 직전의 기준시가를 적용한다.
1. 취득일부터 5년 이내에 양도하는 경우 감면대상 양도소득금액은 소득세법제95조 제1항에 따라 계산한다. 다만, 재개발ㆍ재건축 되기 이전의 주택(이하 이 조에서 "종전주택"이라 한다)을 재개 발ㆍ재건축하여 취득한 법 제98조의3 제2항 각 호에 따른 신축주 택인 경우 감면대상 양도소득금액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 소득세법제95조 제1항에 따라 계산한 양도소득금액 × 양도 당시 기준시가 – 신축주택 취득 당시 기준시가 양도 당시 기준시가 – 종전주택 취득 당시 기준시가
2. 취득일부터 5년 후에 양도하는 경우 감면대상 양도소득금액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 소득세법제95조 제1항에 따라 계산한 양도소득금액 × 신축주택 취득일의 5년이 되는 날의 기준시가 – 신축주택 취득 당시 기준시가 양도 당시 기준시가 – 신축주택 취득 당시 기준시가(종전주택을 재개발․재건축하여 취득한 법 제98조의3 제2항 각 호에 따른 신축주택의 경우 종전주택 취득 당시 기준시가)
③ 법 제99조의3 제1항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 다음 각 호의 1에 해당하는 주택을 말한다. 1.주택법에 의한 주택조합 또는도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합(이하 이 조에서 "주택조합 등"이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 "잔여주택"이라 한다)으로서 법 제99조의3 제1항 제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다) 이내에 주택조합 등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택
2. 조합원(도시 및 주거환경정비법제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일(주택재건축사업의 경우에는 제28조의 규정에 의한 사업시행인가일을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 또는주택법 제15조에 따른 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다. 이하 이 호에서 같다)이 주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과 후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합 등이 조합원 외의 자와 신축주택취득기간 내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다.
④ 법 제99조의3 제1항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택"이란 2001년 5월 23일전에 주택건설업자와 주택분양계약을 체결한 분양계약자가 당해 계약을 해제하고 분양계약자 또는 그 배우자(분양계약자 또는 그 배우자의 직계존비속 및 형제자매를 포함한다)가 당초 분양계약을 체결하였던 주택을 다시 분양받아 취득한 주택 또는 당해 주택건설업자로부터 당초 분양계약을 체결하였던 주택에 대체하여 다른 주택을 분양받아 취득한 주택을 말한다. 다만, 기획재정부령이 정하는 사유에 해당하는 주택을 제외한다.
⑤ 법 제99조의3 제1항 제2호에서 "대통령령으로 정하는 조합원"이란 도시 및 주거환경정비법제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는주택법제15조에 따른 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다.
⑥ 제99조 제4항의 규정은 법 제99조의3 제3항의 규정에 의한 양도소득세의 감면신청에 관하여 이를 준용한다.
(3) 소득세법 제95조【양도소득금액】① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.
(1) 청구인이 2018.5.11. 처분청에 조특법 제99조의3에 따른 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례를 적용하여 쟁점주택 양도소득세를 환급하여야 한다는 취지의 경정청구를 하였는데, 감면대상 양도소득금액 계산근거는 다음과 같다. (가) 주위적 청구: OOO원 (나) 예비적 청구: OOO원
(2) 쟁점주택의 양도가 조특법 제99조의3 제1항 제2호 및 같은 법 시행령 제99조의3 제3항 제2호 규정에 따라 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 적용요건을 충족하였다는 점에 대해서는 처분청과 청구인 간에 다툼이 없다.
(3) 처분청은 청구인의 경정청구 중 예비적 청구를 받아들여 2018.7.10. 청구인에게 2017년 귀속 양도소득세 OOO원을 감액결정하였는데, 당초 양도소득세 신고와 차이 내역은 다음과 같다.
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점주택 양도는 쟁점산식 분모 중 괄호의 적용대상이 아닌데도 처분청이 이를 적용함으로써 감면대상 양도소득금액이 과소 산정되었다고 주장하나, 조특법 제99조의3 규정의 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례를 적용함에 있어 감면대상 양도소득금액의 계산방법을 정하고 있는 쟁점산식 분모는 원칙적으로 양도 당시 기준시가에서 취득 당시 기준시가를 차감하여 계산하되, 괄호에서 종전주택을 재개발․재건축하여 취득한 법 제98조의3 제2항 각 호에 따른 신축주택의 경우에는 종전주택 취득 당시 기준시가를 차감하도록 규정하고 있는데, 여기서 “법 제98조의3 제2항 각 호에 따른 신축주택”이라 함은 재개발․재건축으로 취득한 주택의 일반적인 유형을 의미하는 것으로 보이고, 조특법 제99조의3에서 규정하고 있는 신축주택의 취득자에 대한 감면대상 양도소득금액을 산정함에 있어 입법취지, 적용대상 등이 상이한 조특법 제98조의3 규정의 과세특례 요건을 충족하는 주택으로 보아야 한다는 청구주장은 쟁점규정의 합목적적인 해석으로 보기 어려운 점, 쟁점산식 괄호부분을 둔 취지는 신축주택 취득자의 감면대상 양도소득금액을 신축주택 취득일로부터 5년 동안 발생된 양도소득금액으로 안분계산하기 위한 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.