[요지] 이 건 용도변경을 거쳐 보유기간이 3년 이상된 쟁점주택의 경우에는소득세법제95조 제2항 표2를 단순적용하여 1세대1주택으로서 고가주택에 적용하는 24%의 장기보유 특별공제율을 적용하는 것이 타당하다고 판단되나, 이와 같이 결정할 경우 심판청구를 제기한 처분보다 청구인에게 불리하게 되므로국세기본법제79조 제2항에 따라 처분청이 부과처분을 유지하는 것으로 함
[요지] 이 건 용도변경을 거쳐 보유기간이 3년 이상된 쟁점주택의 경우에는소득세법제95조 제2항 표2를 단순적용하여 1세대1주택으로서 고가주택에 적용하는 24%의 장기보유 특별공제율을 적용하는 것이 타당하다고 판단되나, 이와 같이 결정할 경우 심판청구를 제기한 처분보다 청구인에게 불리하게 되므로국세기본법제79조 제2항에 따라 처분청이 부과처분을 유지하는 것으로 함
[참조결정] 조심2012서4437 / 조심2018중1824
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
3. 심리 및 판단
(1) 소득세법(2016.12.20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것) 제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득
② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법 제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 표1 보유기간 공제율 3년 이상 4년 미만 100분의 10 4년 이상 5년 미만 100분의 12 5년 이상 6년 미만 100분의 15 6년 이상 7년 미만 100분의 18 7년 이상 8년 미만 100분의 21 8년 이상 9년 미만 100분의 24 9년 이상 10년 미만 100분의 27 10년 이상 100분의 30 표2 보유기간 공제율 3년 이상 4년 미만 100분의 24 4년 이상 5년 미만 100분의 32 5년 이상 6년 미만 100분의 40 6년 이상 7년 미만 100분의 48 7년 이상 8년 미만 100분의 56 8년 이상 9년 미만 100분의 64 9년 이상 10년 미만 100분의 72 10년 이상 100분의 80
③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.
④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다.(단서 생략)
(2) 소득세법 시행령(2016.12.5. 대통령령 제27653호로 개정되기 전의 것) 제154조(1세대1주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 1세대 1주택”이란 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 “1세대”라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것을 말한다.(단서 및 각 호 생략)
③ 법 제89조 제1항 제3호를 적용할 때 하나의 건물이 주택과 주택외의 부분으로 복합되어 있는 경우와 주택에 딸린 토지에 주택외의 건물이 있는 경우에는 그 전부를 주택으로 본다. 다만, 주택의 연면적이 주택 외의 부분의 연면적보다 적거나 같을 때에는 주택외의 부분은 주택으로 보지 아니한다.
⑧ 제1항에 따른 거주기간 또는 보유기간을 계산함에 있어서 다음 각 호의 기간을 통산한다.
1. 거주하거나 보유하는 중에 소실·도괴·노후 등으로 인하여 멸실되어 재건축한 주택인 경우에는 그 멸실된 주택과 재건축한 주택에 대한 거주기간 및 보유기간
2. 비거주자가 해당 주택을 3년 이상 계속 보유하고 그 주택에서 거주한 상태로 거주자로 전환된 경우에는 해당 주택에 대한 거주기간 및 보유기간
3. 상속받은 주택으로서 상속인과 피상속인이 상속개시 당시 동일세대인 경우에는 상속개시 전에 상속인과 피상속인이 동일세대로서 보유한 기간 제160조(고가주택에 대한 양도차익등의 계산) ① 법 제95조 제3항에 따른 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. 이 경우 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하거나 일부만 양도하는 때에는 9억원에 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.
1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익 법 제95조 제2항에 따른 양도차익 × 양도가액 - 9억원 양도가액
2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유 특별공제액 법 제95조 제2항에 따른 장기보유 특별공제액 × 양도가액 - 9억원 양도가액
(3) 국세기본법 제79조(불고불리, 불이익변경금지) ② 조세심판관회의 또는 조세심판관합동회의는 제81조에서 준용하는 제65조에 따른 결정을 할 때 심판청구를 한 처분보다 청구인에게 불리한 결정을 하지 못한다.
(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 청구인은 2002년 10월 이 건 부동산을 취득한 후, 아래 ＜표＞와 같이 2013년 3월까지 1층(81.6㎡) 및 2층(81.6㎡)을 상가, 3층을 주택(81.6㎡)으로 사용하다가, 2013년 3월 2층의 용도를 상가에서 주택으로 변경하여 보유하던 중 2016.6.27. 양도하였다. (나) 청구인은 이 건 부동산의 1층 및 2층(쟁점주택)의 양도차익 중 주택의 보유기간(3년)에 대해서는 1세대1주택의 장기보유 특별공제율(24%)을, 상가의 보유기간(7년)에 대해서는 일반부동산의 장기보유 특별공제율(21%)을 각 계산하여 이를 합산한 45%의 장기보유 특별공제율을 적용하였다. (다) 처분청은 쟁점주택과 같이 용도변경된 건물 및 토지의 장기보유 특별공제액은 상가의 보유기간(10년)에 따른 공제율(30%)과 주택 보유기간(3년)에 따른 공제율(24%) 중 큰 30%를 적용하여 과세를 하였다. (라) 처분청이 청구인에 대하여 양도소득세를 경정한 내역은 아래 ＜표＞와 같다.
(2) 청구인의 항변(2019.4.3.) 내용은 아래와 같다. (가) 조심 2012서4437, 2013.12.4. 관련 처분청은 조세심판원 결정례(조심 2012서4437, 2013.12.4.)의 경우, “양도한 건물의 용도가 주택으로 사용한 기간과 주택 외로 사용한 기간에 대한 장기보유 특별공제율 적용시 주택으로 사용한 기간의 공제율만 적용토록 결정하였다”는 의견이나, 해당 심판결정의 주된 요지는 “장기보유 특별공제율 적용 시 양도일 현재 주택 면적이 주택 외 면적보다 크다고 하여 겸용주택 전체 보유기간을 주택보유기간으로 인정하는 것이 아니라, 주택 면적이 주택 외 면적보다 커서, 전체를 주택으로 인정하는 기간만 주택보유기간으로 보는 것이 타당하다”는 내용이며, 아울러 “장기보유 특별공제는 토지와 건물, 주택의 보유기간에 따라 각각 그에 해당하는 공제율을 적용하는 것”으로 정의하고 있다. 사례에서 주택으로 사용한 기간인 7년 4개월에 대한 장기보유 특별공제율을 적용하라고 결정한 이유는, 법령상 장기보유 특별공제율의 적용은 3년 이상 보유한 토지, 건물, 주택을 대상으로 10년 이상의 보유기간은 10년을 한도로 적용받게 함에 따라, 사례의 주택 보유기간이 7년 4개월로 1세대1주택의 공제율을 적용하고 하면, 나머지 기간 2년 8개월은 3년 미만으로 적용할 공제율이 없게 됨에 연유한 것이지, 주택 외의 용도로 사용한 기간을 인정받지 못한 것이 아니다. 즉, 비록 상가로서 5년 3개월을 보유하였지만, 주택으로 공제받은 기간이 7년 4개월이므로 상가로서 공제받을 기간은 2년 8개월에 불과하고, 2년 8개월은 3년 미만으로 적용할 장기보유 특별공제율이 없게 된 것이다. 따라서, 위 심판례는 처분청의 의견처럼, 주택으로 사용한 기간의 공제율만 적용토록 결정한 것이 아니다. (나) 조심 2018중1824, 2018.12.14. 관련 위 심판례에서 “장기보유 특별공제는 자산의 보유기간이 장기일수록 양도가액이 상승하여 양도소득금액이 과다하게 산정되면 단기 보유자의 투기억제를 목적으로 하는 양도소득세의 본질에 배치되므로 일정기간 이상의 장기 보유자에게 양도차익에서 보유기간별 일정률의 해당금액을 공제하는 제도”라고 정의하고, 또한, 위 심판례(조심 2012서4437, 2013.12.4.)에서 장기보유 특별공제는 토지와 건물, 주택의 보유기간에 따라 각각 그에 해당하는 공제율을 적용하는 것이라고 정의하면서도 위 심판례(조심 2018중1824, 2018.12.14.)에서 상가로서 사용한 기간에 대해서 보유기간을 인정하지 않은 것은 장기보유한 점에 대한 인센티브인 장기보유 특별공제제도의 취지를 고려하면 이해하기 어렵다. 또한, 위 심판례에서 쟁점부동산을 양도시점에 1세대1주택으로 보아 과세대상 및 비과세 양도차익을 계산하는 반면, 장기보유 특별공제액 산정 시에는 상가로 사용한 기간을 고려하여 그 기간에 상응하는 공제율을 합산하는 것은 타당하지 아니하다고 보았으나, 이는 다음과 같은 관점에서 오히려 법령에 배치되는 확장된 논리로 타당하지 않다. 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 대한 장기보유 특별공제액은 다음과 같이 계산하게 된다. 법 제95조 제2항에 따른 장기보유 특별공제액 × 양도가액 - 9억원 양도가액 즉, 산식은 소득세법 제95조 제2항에 따라 양도한 자산의 전체 양도차익에 대한 장기보유 특별공제액을 계산하여 확정한 후 9억원을 초과하는 비율만큼 안분하여 장기보유 특별공제액을 산출하는 것으로 규정하고 있다. 이는 9억원 이하에 대하여 비과세하는 것과 장기보유 특별공제액을 계산하는 것은 각각의 규정과 각각의 제도 취지에 따른 것으로, 1세대1주택 비과세 제도의 취지를 들어 장기 보유한 자산에 대한 세부담의 결집효과를 완화하여 주는 장기보유 특별공제제도의 취지를 몰각할 수는 없는 것이다. 그리하여 법령에서도 비과세 양도차익을 산정하기 전에 먼저 전체 장기보유 특별공제액을 계산하는 것으로 규정하고 있음을 알 수 있다. 즉, 장기보유 특별공제제도는 심판례에서 설시한 바와 같이, 물가상승과 양도소득의 결집효과를 완화하기 위해 적용하는 제도로서 양도시점이 아닌 보유기간에 대한 인센티브인 것이다. 다만, 양도시점에 1세대1주택인 경우 주택으로서의 보유기간에 대하여는 주택의 공제율을 적용받을 수 있는 것일 뿐, 처분청 의견처럼 다른 용도로 보유한 기간을 없는 것으로 하는 것은 법령 어느 규정에도 없으며, 제도의 취지에도 부합하지 아니한다. 또한, 용도별로 장기보유 특별공제액을 합산하는 경우, 장기보유 특별공제율이 1세대1주택 최대공제율인 80%를 초과하여 산출될 수 있어 불합리하다고 하나, 이 또한 그러한 경우는 발생하지 않는다. 왜냐하면, 장기보유 특별공제율은 3년 이상 보유한 토지, 건물, 주택을 대상으로 10년 이상의 보유기간은 10년을 한도로 적용받게 됨에 따라, 3년 미만의 보유기간과 10년 이상의 보유기간은 적용대상 보유기간이 아니기 때문이다. 예를 들면, 주택으로 9년 1개월, 상가로서 3년 1개월을 보유하였다고 하여 주택으로서의 공제율 72%와 상가로서의 공제율 10%를 합산하여 82%를 공제받는 것이 아니라, 10년의 범위 내에서 상가로 인정받을 수 있는 기간은 11개월에 불과하여 3년 미만이 되므로 상가는 공제대상이 아니게 되어, 적용되는 장기보유 특별공제율은 72%가 된다. 따라서, 1세대1주택으로서의 장기보유 특별공제 최대한도인 80%를 초과하는 경우는 어느 경우에도 발생하지 않게 되는 것이다. 오히려 청구인의 경우, 1세대1주택으로서 3년 2개월을 보유하였음에도 불구하고 주택의 보유기간에 따른 공제는 전혀 받지 못하고, 법령과 달리 선심 쓰듯이 상가로서의 공제율만 적용받게 되는 불합리한 점이 있는 것이다. (다) 대법원 2014.9.4. 선고 2012두28025 판결 관련 처분청은 위 대법원 판례가 재건축아파트와 관련된 판례이므로 이 건에 적용할 수 없다는 의견이나, 위 대법원 판례의 요지는 상가면적이 큰 겸용주택이 재건축되어 양도일 현재 1세대1주택인 경우에도 재건축되기 전 주택부분이 작은 겸용주택의 상가부분은 주택으로 볼 수 없음에 따라, 상가부분에 상응한 주택부분은 종전 겸용주택의 상가부분과 새로운 주택부분 각각 그 보유기간을 계산하여 소득세법 제95조 제2항의 표1과 표2에 규정된 장기보유 특별공제율을 별도로 적용하여야 한다는 것이다. 즉, 종전 상가부분의 보유기간을 인정하여 상가에 해당하는 공제율을 적용하고 있는 것이다. 재건축아파트의 경우, 청산금 납부분에 대한 장기보유 특별공제액을 계산하기 위해 관리처분계획인가일을 기준으로 양도차익을 구분계산하여 합하는 것일 뿐, 일반부동산의 양도와 달리 재건축의 경우만 종전의 부동산 보유기간을 인정하는 것은 아닌 것이다. 즉, 재건축의 경우 양도일 현재 종전건물이 멸실되어 없는 경우에도 구분된 보유기간에 대하여 장기보유 특별공제액을 계산하고 있으며, 더욱이 이 건과 같이 용도변경의 경우 종전건물이 사라진 것도 아니며, 그대로 건물의 연속선상에 있음에도 불구하고, 오히려 용도변경전 부분의 보유기간에 대한 장기보유 특별공제를 적용받지 못하게 된다면, 이는 장기보유 특별공제제도의 취지와 그에 따른 법령을 잘못 적용하는 결과가 되는 것이다. 따라서, 위 대법원에서 설시한 바와 같이 용도변경전 상가부분의 보유기간과 용도변경후 주택부분의 보유기간을 각각 계산하여 소득세법 제95조 제2항의 표1과 표2에 규정된 장기보유 특별공제율을 별도로 적용하여야 한다.
(3) 청구인의 항변에 대한 처분청의 추가답변(2018.4.24.) 내용은 아래와 같다. (가) 조심 2012서4437, 2013.12.4. 관련 소득세법 제95조에서 보유기간 10년 이상인 경우 공제율을 100분의 30 또는 1세대1주택인 경우 100분의 80을 적용하는 것으로 규정하고 있을 뿐, 청구주장과 같이 10년을 한도로 적용한다고 규정하고 있지 아니하다. 또한, 청구주장에 따르면, 상가에서 주택으로 용도변경한 경우 주택 보유기간에 대해서 1세대1주택의 공제율을 적용하고, 상가 보유기간에 대해서 일반 공제율을 적용하여 합산해야 하는바, 당초 상가로 2년 10개월을 보유하다 주택으로 용도변경하여 2년 10개월 보유하고 양도하는 경우를 가정한다면, 주택 및 상가 모두 보유기간이 3년에 미달하여 총 보유기간이 5년 8개월임에도 장기보유 특별공제를 적용할 수 없어 납세자에게 불리한 측면이 있다. (나) 조심 2018중1824, 2018.12.14. 관련 해당 심판결정례와 같이 국세청은 용도변경한 주택 양도시 장기보유 특별공제액 계산에 대하여 상가의 보유기간에 따른 표1과 주택의 보유기간에 따른 표2의 공제율 중 큰 공제율을 적용하는 것으로 반복하여 회신(국세청 기준-2018-법령해석재산-217, 2019.3.19. 등)하고 있다. (다) 대법원 2014.9.4. 선고 2012두28025 판결 관련 상가에서 주택으로 용도변경한 경우, 양도일 현재 일반 부동산의 보유기간에 따른 표1의 공제율과 주택 보유기간에 대한 표2의 공제율을 비교하여 큰 공제율을 적용하는 것으로, 청구주장과 같이 용도변경 전 보유기간에 대한 장기보유 특별공제의 적용을 배제하는 것은 아니다.
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 쟁점에 관하여 살펴본다. (가) 소득세법제95조의 장기보유 특별공제액이란 토지 및 건물로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액으로 한다고 규정하고 있으면서, 공제율을 적용함에 있어 일반적으로 같은 조 제2항 표1의 공제율(보유기간 1년에 3%씩 증가되어 10년 이상 보유시 최대 30% 적용)을 적용하되, 양도한 자산이 1세대1주택인 경우에는 표2의 공제율(보유기간 1년에 8%씩 증가되어 10년 이상 보유시 최대 80% 적용)을 적용하도록 되어 있으며, 이 건의 경우처럼 상가로 보유하다가 주택으로 용도변경하여 양도하는 경우에 관하여 별도의 규정을 두고 있지 아니하다. (나) 소득세법제89조 제1항 제3호에 의하면 고가주택이 아닌 1세대 1주택은 양도소득세가 비과세되므로 결국 장기보유 특별공제의 적용대상이 되는 경우는 고가주택에 한정됨을 알 수 있고, 같은 법 시행령 제154조 제1항을 보면 1세대 1주택은 양도당시를 기준으로 주택에 해당하여야 하며 보유기간도 3년 이상이어야 하며, 같은 조 제3항은 주택의 면적이 주택 이외의 면적보다 큰 경우에는 그 전부를 주택으로 보아 양도소득세를 비과세한다고 되어 있고, 고가주택에 해당하는 1세대 1주택의 경우 같은 법 시행령 제160조에 따라 양도가액 9억원에 상당하는 양도차익까지는 양도소득세가 비과세된다. (다) 청구인이 양도한 쟁점주택은 그 이전에 상가로 보유하던 2층을 2013년 3월 주택으로 용도 변경함으로써 1세대 1주택으로서 양도가액 9억원에 상당하는 양도차익까지는 양도소득세가 비과세되었을 뿐만 아니라 상가로 사용된 1층까지 주택에 포함되면서 비과세 혜택이 더욱 커지게 되었으며, 특히 장기보유 특별공제액의 계산에 있어서도 소득세법제95조 제2항 표2의 공제율(보유기간 1년에 8%씩 증가되어 10년 이상 보유시 최대 80% 적용)이 적용되었는바, 이는 양도소득세 과세체계상 과세대상 물건이 양도 전의 보유기간에 상가로 사용하였다든지 등의 사정은 고려하지 아니하고 오로지 양도당시만을 기준으로 주택인지 여부를 판정하고 그에 따른 혜택을 적용한 결과이므로, 용도변경을 통해 주택으로서 양도한 경우에도 주택 보유기간에 상당하는 위 표2의 공제율을 단순 적용하는 것이 양도소득세 과세체계에 부합한다 할 것이고, 양도시점에는 종전 상가부분이 모두 주택으로 간주됨에 따라 별도로 위 표1의 장기보유특별공제율을 적용할 상가부분이 없는 점, 위에서 본 바와 같이 소득세법제95조에서 일반적인 경우(제2항 표1)와 1세대 1주택(제2항 표2)으로만 구분하여 장기보유 특별공제액을 규정하고 있을 뿐 용도변경 등이 있는 경우에 별도로 규정하고 있지 아니하므로, 1세대 1주택으로 사용하다가 양도시점에 주택 이외의 물건으로 양도한 경우, 특정 시점 이후부터 1세대 1주택에 해당하게 된 경우, 그 이전에 1세대 1주택이었으나 양도시점에 산정한 보유기간이 3년 미만인 경우, 이 건의 경우처럼 상가로 보유하다가 1세대 1주택으로 양도한 경우 등에 있어서, 양도 전의 보유현황에 따른 장기보유 특별공제액을 추가로 가산하거나(청구인이 주장하는 적용방식) 그러한 경우에 산출되는 공제율과 양도물건에 단순 적용한 공제율을 비교하여 그 중 더 큰 공제율을 적용(처분청의 과세방식)하는 것은 모두 허용되지 아니한다고 보아야 할 것이다. 따라서 이 건 용도변경을 거쳐 보유기간이 3년 이상된 쟁점주택의 경우에는 소득세법제95조 제2항 표2를 단순적용하여 1세대1주택으로서 고가주택에 적용하는 24%의 장기보유 특별공제율을 적용하는 것이 타당하다고 판단된다. 다만, 이와 같이 결정할 경우 심판청구를 제기한 처분(처분청 공제율 30% 적용)보다 청구인에게 불리하게 되므로 국세기본법제79조 제2항에 따라 처분청의 부과처분을 유지하는 것으로 한다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.