쟁점주택의 양도에 대하여 1세대 1주택 비과세를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1989.9.21. 취득한 OOO 소재 겸용주택(주택 면적은 279.22㎡이고, 근린생활시설 면적은 427.53㎡이며, 이하 “쟁점주택”이라 한다)을 2018.4.16. 양도한 후, 그 양도가액을 OOO원, 취득가액을 OOO원으로 산정하고, 1세대 2주택자가 소유한 조정대상지역 내 주택의 양도에 대한 장기보유특별공제 배제 및 중과세율을 적용하여 양도소득세 산출세액을 OOO원으로 양도소득세 예정신고(2018.6.27.)를 하였다.
• 나. 이후 청구인은 쟁점주택 이외에 보유하고 있는 OOO(이하 “재개발주택”이라 한다)가 2017.4.12. 사용승인되어 청구인은 쟁점주택 양도당시 일시적 2주택자에 해당하므로 1세대 1주택 비과세를 적용하고, 장기보유특별공제를 적용하며, 중과세율 적용을 배제하여 기 신고․납부한 양도소득세 중 OOO원을 환급하여 달라는 경정청구를 2018.7.31. 처분청에 제기하였다.
• 다. 처분청은 청구인이 2011.9.6. 재개발주택의 종전주택OOO을 취득한 후, 동 주택이 2011.10.27.도시 및 주거환경정비법에 따라 관리처분계획인가가 이루어져 조합원입주권으로 전환되었고, 2017.4.12. 재개발주택이 사용승인되었는바, 청구인은 쟁점주택을 양도할 당시 일시적 1세대 2주택자에 해당하지 아니하므로 1세대 1주택 비과세 적용요건을 충족하지 못하고, 2017.12.19. 법률 제15225호로 개정된 소득세법제95조 제2항, 제104조 제7항 및 그 부칙(이하 “개정규정”이라 한다)에 따라 2018.4.1. 이후 1세대 2주택자가 조정대상지역 내 주택을 양도시 장기보유특별공제가 배제되며, 중과세율이 적용된다고 보아 2018.9.17. 청구인의 이 건 경정청구에 대한 거부처분을 하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2018.10.8. 이의신청을 거쳐 2019.1.2. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 청구인은 쟁점주택을 2018.4.16. 양도할 때까지 30여년을 동 주택에서 거주하여 왔고, 쟁점주택이 노후되고 겨울에 추워 동 주택에서 거주하기 어려워 새로운 주택을 구하여 거주하고자 2011.9.6. 재개발주택의 종전주택을 취득한 것이지 평생동안 부동산 투기를 한 적이 없다.

(2) OOO이 재개발주택의 종전주택에 대하여 2011.10.15. 관리처분계획인가를 한 후, 재개발주택의 종전주택은 철거되었고, 청구인은 아파트(재개발주택) 신축공사를 한 5년 동안 나대지로 지목이 변경되어 과중한 재산세를 부담하면서 장기간 기다리다가 2017.5.12. 재개발주택에 입주하게 되었으며, 2018.6.30.에 등기권리증을 수령하였다.

(3) 청구인은 약 5년 전부터 쟁점주택의 매도를 중개사무소에 의뢰하였으나 거래가 이루어지지 않다가 2018.3.28. 쟁점주택에 대한 매매계약이 체결되어 2018.4.16. 매수자에게 소유권이전등기가 경료되었다.

(4) OOO에서는 철거된 집은 주택이 아니라는 입장임에도, 처분청은 청구인이 쟁점주택을 양도하기 훨씬 전인 2011.10.7. 주택재개발사업으로 인하여 재개발주택의 종전주택이 철거되어 부존재함에도 불구하고 이를 청구인 소유의 주택수에 포함하여 청구인이 1세대 2주택에 해당한다는 의견인바, 그 이유를 이해할 수 없고 수긍하기도 어렵다.

(5) 또한, 청구인이 쟁점주택에 대한 매도계약을 2018.3.28. 체결하였음에도 쟁점주택이 매수자에게 2018.4.16.에 양도되었다 하여 처분청이 2018.4.1.부터 시행된 개정규정을 적용하여 10년 이상의 기간 동안 보유한 1세대 1주택에 대한 OOO% 상당의 장기보유특별공제를 배제하고, 기본세율에 OOO% 할증한 중과세율을 적용한 것은 과세형평을 결여한 흠결이 있는 세무행정이므로 부당하다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구인은 쟁점주택 양도에 대하여 1세대 1주택 비과세를 적용하여야 한다고 주장하나, 청구인이 쟁점주택 양도당시 재개발주택을 보유하고 있었고, 소득세법제89조 제2항 및 양도소득세 집행기준 89-156의 2-9에 따르면, 2주택 소유자의 1주택이 재개발로 인하여 조합원입주권으로 전환되고 신축주택이 준공된 후 나머지 1주택을 양도하는 경우 그 재개발로 신축된 주택의 취득일을 조합원입주권으로 전환되기 전 종전주택의 취득일로 보아 1세대 1주택 비과세가 배제된다고 규정되어 있으므로 청구인을 일시적 1세대 2주택자로 보아 쟁점주택 양도에 대하여 1세대 1주택 비과세를 적용할 수 없다.

(2) 청구인은 쟁점주택의 매도계약일이 2018.3.28.이므로 2018.4.1. 이후 1세대 2주택자가 조정대상지역 내 주택을 양도시 중과세율을 적용하고 장기보유특별공제를 배제하도록 한 개정규정을 적용하는 것이 부당하다고 주장하나, 소득세법제98조에 따른 양도시기는 대금을 청산한 날이며, 대금청산일이 불분명할 경우에는 소유권이전등기접수일을 양도시기로 보는 것인바, 청구인의 쟁점주택의 양도시기는 매매계약서상 잔금청산일인 2018.4.16.로 봄이 타당하므로 처분청이 개정규정에 따라 청구인의 이 건 경정청구를 거부한 처분은 적법하다.

• 가. 쟁 점

① 쟁점주택의 양도에 대하여 1세대 1주택 비과세를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

② 쟁점주택의 양도에 대하여 중과세율 적용을 배제하고 장기보유특별공제를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

• 나. 관련 법령

(1) 소득세법(2017.12.19. 법률 제15225호로 개정된 것) 제89조【비과세 양도소득】① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

• 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택
• 나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

4. 제2항에 따른 조합원입주권을 1개 보유한 1세대[ 도시 및 주거환경정비법 제48조 에 따른 관리처분계획의 인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제3호 가목에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대]가 다음 각 목의 어느 하나의 요건을 충족하여 양도하는 경우 해당 조합원입주권을 양도하여 발생하는 소득. 다만, 해당 조합원입주권의 가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 경우에는 양도소득세를 과세한다.

• 가. 양도일 현재 다른 주택을 보유하지 아니할 것
• 나. 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 소유한 경우로서 해당 1주택을 취득한 날부터 3년 이내에 해당 조합원입주권을 양도할 것(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)

② 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획의 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위[같은 법에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법에 따른 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)으로 한정하며, 이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 "조합원입주권"이라 한다]를 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 제1항에도 불구하고 같은 항 제3호를 적용하지 아니한다. 다만, 도시 및 주거환경정비법에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법에 따른 소규모재건축사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우나 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. 제95조【양도소득금액】① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 제98조【양도 또는 취득의 시기】자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 제104조【양도소득세의 세율】⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 1년 미만인 경우에는 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다.

1. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택 부칙 제1조【시행일】이 법은 2018년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 다음 각 호의 개정규정은 각 호의 구분에 따른 날부터 시행한다.

1. 제64조 제1항(제104조 제7항 각 호의 어느 하나에 해당하는 세율을 적용받는 자산에 한정한다), 제95조 제2항 각 표 외의 부분 본문, 제104조 제4항 제1호 및 제2호, 같은 조 제5항 제2호, 같은 조 제7항ㆍ제8항 및 제104조의2 제2항의 개정규정: 2018년 4월 1일 (2) 소득세법 시행령 제162조【양도 또는 취득의 시기】① 법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인의 쟁점주택, 재개발주택 및 그 종전주택의 소유 등과 관련한 현황은 처분개요와 같고, 이를 시계열화 하면 다음과 같다.

(2) 청구인의 쟁점주택 매매계약서(매매대금 OOO원)상 그 계약체결일자는 2018.3.28.이고, 그 잔금 OOO원에 대한 청산약정일은 2018.4.16.이며, 쟁점주택의 등기부등본상 청구인에서 그 매수인에게 소유권이전등기가 접수된 일자도 2018.4.16.로 나타난다.

(3) 재개발주택의 종전주택 등기부등본에 의하면, 청구인이 이를 2011.9.6. 취득하였고, 동 주택은 2012.10.29. 멸실등기OOO된 것으로 나타난다.

(4) 재개발주택의 집합건축물대장상 착공일자는 2014.8.28.이고, 그 사용승인일자는 2017.4.12.인 것으로 나타난다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 양도한 쟁점주택에 대하여 1세대 1주택 비과세를 적용하여야 한다고 주장하나, 청구인이 1989.9.21. 취득한 쟁점주택을 양도할 당시(2018.4.16.) 재개발주택을 소유하고 있었던 점, 양도소득세 비과세 대상이 되는 일시적 1세대 2주택의 요건과 관련하여 재개발조합의 조합원이 당해 조합에 기존의 주택을 제공하여 그 사업계획에 따라 신축주택을 취득하였다고 하더라도 기존의 주택과 별개의 주택을 취득한 것으로 볼 것은 아니라 할 것인바(대법원 2009.6.11. 선고 2009두5527 판결, 같은 뜻임), 일시적 1세대 2주택 해당 여부에 대한 판단시 청구인이 재개발주택을 취득한 날은 그 종전주택의 취득일인 2011.9.6.로 봄이 타당한 점 등에 비추어, 청구인을 일시적 2주택자로 보아 쟁점① 관련 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 1세대 2주택자가 조정대상지역 내 주택을 양도시 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용하도록 한 개정규정이 2018.4.1. 이후 양도분부터 적용되는 것인바, 그 이전인 2018.3.28. 청구인이 양도계약을 체결한 쟁점주택에 대하여 동 개정규정을 적용하는 것은 부당하다고 주장하나, 소득세법제98조에 따른 양도시기는 대금청산일이고, 그 대금청산일이 불분명할 경우에는 소유권이전등기접수일을 양도시기로 보는 것이므로 처분청이 청구인의 양도시기가 2018.4.16.인 쟁점주택에 대하여 개정규정에 따라 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용한 것은 타당하다 할 것이므로 쟁점② 관련 청구주장도 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.