청구법인이 특수관계인으로부터 쟁점신주인수권을 고가에 매입한 것으로 보아 법인세법상 부당행위계산 부인규정에 따라 소득금액변동통지한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 2017.4.19. 자신의 주주인 OOO으로부터 OOO 주식회사(이하 “OOO”이라 한다)가 발행한 신주인수권부사채에서 분리된 신주인수권OOO을 양수하는 계약을 체결하고, OOO원을 그 양수대금으로 정하였다가 상속세 및 증여세법(이하 “상증법”이라 한다)에 따른 쟁점신주인수권의 평가액을 기준으로 정산하기로 하였다. 청구법인과 OOO은 OOO에 OOO 발행주식에 대한 상증법상 평가를 의뢰하였는데, OOO은 2017.6.23. ‘비상장법인인 OOO 발행주식 1주당 가치를 상증법 제63조 제1항 제1호 나목 및 동법 시행령 제54조 내지 56조에 따른 보충적 평가방법(1주당 순손익가치와 1주당 순자산가치를 3:2로 가중평균하는 방법)으로 1주당 OOO원으로 산정하고, OOO의 최대주주는 청구법인(64%)이고 OOO은 청구법인의 특수관계인으로 상증법 제63조 제3항에 따른 30%의 할증평가대상이므로 이를 반영하면 1주당 OOO원이다’라고 제시하였고, 청구법인 등은 동 가격에서 행사가격 OOO원을 차감한 OOO원이 쟁점신주인수권 1개의 상증법상 평가액이라고 보고 이에 따라 쟁점신주인수권 양수대금을 정산하고, OOO은 이를 근거로 양도소득세․증권거래세를 신고․납부하였다.
• 나. 처분청은 쟁점신주인수권 자체는 상증법 제63조 제3항에 따른 할증평가 대상이 아니므로, 신주인수권의 상증법상 평가액 산정시 OOO 발행주식을 평가함에 있어서도 할증평가 대상에 해당하지 아니한다고 보아 쟁점신주인수권 1개의 평가액을 OOO원으로 평가하고, 청구법인이 특수관계자인 OOO으로부터 쟁점신주인수권을 고가로 매입한 것으로 보아 2018.10.1. 청구법인에게 ＜별표＞ 기재의 2017년 귀속 소득금액(상여) 합계 OOO원을 변동통지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.12.28. 심판청구를 제기하였다

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 상증법상 보충적 평가방법에 따라 OOO 발행주식을 평가하고 이에 인수가액을 차감하여 쟁점신주인수권을 평가하였는데, OOO은 OOO의 특수관계인으로 그들이 보유한 OOO 발행주식은 상증법 제63조 제3항에 따른 30%의 할증평가대상에 해당한다. 이에 청구법인은 상기와 같이 OOO 발행주식을 상증법상 보충적 평가방법에 따라 평가한 후 그 인수가액을 차감하는 방식으로 쟁점신주인수권을 평가하였으므로 이는 쟁점신주인수권의 상증법상 시가에 해당한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 쟁점신주인수권을 평가하면서, OOO 발행주식을 상증법상 보충적 평가방법으로 평가하고 이에 상증법 제63조 제3항에 따른 30%의 할증평가를 적용한 후 인수가액을 차감하였다. 신주인수권 자체는 상증법 제63조 제3항에 따른 할증평가 대상이 아니므로, 쟁점신주인수권의 상증법상 평가액을 산정하기 위해 OOO 발행주식을 상증법상 보충적 평가방법으로 평가할 때도 상증법 제63조 제3항에 따른 30%의 할증평가를 적용할 수 없음에도 이를 적용하였으므로 이는 시가에 해당하지 아니한다.

• 가. 쟁 점 청구법인이 특수관계인으로부터 쟁점신주인수권을 고가에 매입한 것으로 보아 법인세법상 부당행위계산 부인규정에 따라 소득금액변동통지한 처분의 당부
• 나. 관련 법령: 별지 참조
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2017.4.19. 주주인 OOO으로부터 OOO이 발행한 기명식 분리형 신주인수권부사채OOO에서 분리된 쟁점신주인수권을 취득하는 ‘신주인수권 양수도계약’을 체결한바, 그 계약 체결일 등에 우선 청구법인이 OOO에게 각 OOO원을 지급하되, 그 정산을 위하여 청구법인 등이 합의하여 지정하는 회계법인이 ‘2017.3.31. 기준으로 쟁점신주인수권을 상증법에 따라 가치평가하고 그 결과에 따라 정산하는 방식’으로 대금을 결제하기로 하였다.

(2) 청구법인이 제시한 OOO의 ‘주식평가산정보고서’에 따르면, 동 보고서는 ‘OOO의 요청에 따라 2017.4.18.을 평가기준일로 하여 OOO 발행주식을 상증법 제63조 제1항 제1호 나목 및 같은 법 시행령 제54조 내지 제56조에 규정된 비상장주식 평가방법을 적용하여 평가한 것’으로, 동 보고서는 OOO 발행주식을 아래 ＜표1＞과 같이 평가하였다.

(3) 청구법인과 OOO은 상기 보고서에 따른 OOO의 1주당 평가액인 OOO원에서 행사가격인 OOO원으로 차감한 OOO원을 쟁점신주인수권 1개의 상증법상 평가액으로 보고, 쟁점신주인수권의 양수도대금을 각 OOO으로 정산하고, OOO은 상기 가액을 양도가액으로 하여 각 양도소득세 OOO원과 증권거래세 OOO원으로 신고․납부하였다.

(4) 처분청은 쟁점신주인수권에 대한 상증법상 평가액 산정시, OOO 발행주식을 평가함에 있어 OOO에 대한 법인세 경정내역을 반영하고 할증평가를 적용하지 아니한 가액인 OOO원에서 행사가격인 OOO원을 차감하여, 쟁점신주인수권 1개의 평가액을 OOO원으로 산정하였다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 특수관계자인 OOO으로부터 쟁점신주인수권을 고가취득한 것으로 보아 법인세법제52조 및 같은 법 시행령 제88조 제1항 제1호에 따른 부당행위계산의 부인규정을 적용하여 이 건 과세처분을 하였는데, 쟁점신주인수권의 시가는 법인세법 시행령제89조 제2항 제2호에 따라 상증법 제63조 제1항 제2호 및 같은 법 시행령 제58조의2 제2항 제2호 다목에 따라 ‘당해 신주인수권 증권으로 인수할 수 있는 주식가액에서 신주인수가액 등을 차감한 가액’이라 할 것이다. 이에 청구법인은 ‘당해 신주인수권 증권으로 인수할 수 있는 주식가액’ 즉 OOO 발행주식을 평가함에 있어 OOO이 OOO의 발행주식총수 중 50%를 초과하여 보유하고 있으므로 쟁점신주인수권으로 인수할 수 있는 주식이 상증법 제63조 제3항에 따른 할증평가대상이라고 주장하나, 상증법 제63조 제3항에 따른 최대주주 할증평가가 적용되는 것은 같은 조 제1항 제1호의 ‘주식 또는 출자지분’ 자체를 평가하는 경우인바, 쟁점신주인수권과 같은 신주인수권을 평가하는 경우도 이를 적용하여야 한다고 보기 어렵고, 최대주주 할증평가는 지배주주가 소유하는 주식은 경영권과 관계가 있고 소액주주가 소유하는 주식에 비하여 양도성 등에 차이가 있어 거래현실상 일반적으로 가치가 높게 평가되는 점을 반영하자는 것인데 최대주주인 OOO이 보유하였던 쟁점신주인수권이 다른 주주 등이 보유한 신주인수권보다 거래현실상 일반적으로 가치가 높게 평가된다고 보기 어렵다고 할 것이다. 따라서 쟁점신주인수권의 시가를 상증법에 따라 평가하면서 그에 따라 인수할 주식가액이 상증법 제63조 제3항에 따른 할증평가대상이라는 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.